KONTROL EKSPRESI GEN

BS-1 (2)

KONTROL EKSPRESI GEN 1

1. Ekspresi gen: tahap dan manfaat
2. Mekanisme kontrol ekspresi gen
3. Regulasi ekspresi gen

KONTROL EKSPRESI GEN 2

 1. Tahap ekspresi gen
• Proses penggunaan informasi dari gen untuk
sintesis produk gen yang fungsional.
• Produk gen yang fungsional meliputi:
- Protein
- Gen pengkode bukan protein (non-protein
coding genes):
- ribosomal RNA (rRNA)
- transfer RNA (tRNA)
- small nuclear RNA (snRNA)
KONTROL EKSPRESI GEN 3
 Tahap ekspresi gen

• Transkripsi
• RNA splicing
• Translasi RNA (RNA translation)
• Modifikasi protein post-translasi
(post-translation modification of a protein)

KONTROL EKSPRESI GEN 4

 Manfaat ekspresi gen
• Mengontrol struktur dan fungsi sel sebagai dasar untuk
diferensiasi, morfogenesis dan adaptasi organisme
• Secara genetika, ekspresi gen merupakan dasar dari
genotipe menuju fenotip.
• Kode genetika yang disimpan dalam DNA
diinterpretasikan dengan cara ekspresi gen, dan
terwujud sebagai fenotip organisme. Beberapa
fenotipe diekspresikan dengan sintesis protein yang
mengontrol bentuk organisme, atau aktivitas enzim
pengkatalisis pada jalur metabolisme khusus.

KONTROL EKSPRESI GEN 5

 EKSPRESI GEN DENGAN CARA TRANSKRIPSI DNA,
TRANSLASI RNA UNTUK MENGHASILKAN PROTEIN

KONTROL EKSPRESI GEN 6

2. MEKANISME KONTROL EKSPRESI GEN

2.1. Transkripsi
2.2. Prosesing RNA (RNA processing)
2.3. Pematangan non-koding RNA (non-coding RNA
maturation)
2.4. Ekspor RNA (RNA export)
2.5. Translasi
2.6. Translokasi
2.7. Transpor Protein (Protein transport)

KONTROL EKSPRESI GEN 7

KONTROL EKSPRESI GEN 8
 2.1. TRANSKRIPSI
• Transkripsi merupakan proses produksi salinan
RNA (biru) dari DNA (hitam) yang dilakukan
oleh RNA polymerase (RNAP).

KONTROL EKSPRESI GEN 9

• Gen merupakan rangkaian DNA yang mengkode
informasi. DNA genomik terdiri atas 2 antiparalel
dan masing-masing berupa benang DNA pelengkap
yang memiliki ujung 5’ dan 3’. Salah satu benang
DNA disebut benang template (template strand) dan
yang lain disebut benang pengkode (coding strand).
Benang template merupakan cetak biru untuk
memproduksi RNA transkrip.
• Transkripsi dilakukan oleh RNA polimerase yang
berikatan dengan salah satu nukleotida pada RNA
transkrip untuk memperpanjang rantai RNA.

KONTROL EKSPRESI GEN 10

• RNA komplementer dari benang DNA
template 3’  5’, sesuai dengan benang DNA
pengkode 5’  3’.
• Boleh dinyatakan:
- benang RNA 5’  3’ identik dengan benang
DNA pengkode, kecuali Timin (T) diganti
dengan Urasil (U) pada RNA.
- Benang DNA pengkode "ATG“ ditranskrip
sebagai "AUG" pada RNA.

KONTROL EKSPRESI GEN 11

 PERBANDINGAN TRANSKRIPSI
PROKARIOTA EUKARIOTA
Dilakukan oleh RNA Dilakukan oleh 3 jenis
polimrase tunggal yang RNA polimerase: RNA
memerlukan urutan polimerase 1, 2 dan 3
DNA yang disebut
Pribnow box sebagai
faktor sigma (faktor σ)
untuk memulai
transkripsi.

KONTROL EKSPRESI GEN 12

• Urutan DNA khusus disebut promoter dan satu
set DNA untuk berikatan dengan protein faktor
transkripsi untuk memulai proses transkripsi.
• RNA polymerase I bersifat responsif untuk
transkripsi gen ribosomal RNA (rRNA).
• RNA polymerase II (Pol II) mentranskripsi gen
pengkode seluruh protein dan juga non-coding
RNAs. Pol II termasuk domain C ujung (C-terminal
domain = CTD) yang kaya residu serine. Jika
residu tersebut difosforilasi, CTD akan berikatan
dengan berbagai jenis protein faktor transkripsi.
• RNA polymerase III mentranskripsi gen 5S rRNA,
tRNA, dan beberapa non-coding RNAs.

KONTROL EKSPRESI GEN 13

 AKHIR TRANSKRIPSI
• Transkripsi berakhir jika RNA polimerase
mentranskripsi urutan DNA pada terminator.

KONTROL EKSPRESI GEN 14

 2.2. PROSESING RNA
(modifikasi post-transkripsi)

• Transkripsi dari gen pengkode protein pada

prokariota menghasilkan messenger
RNA (mRNA) yang siap ditranslasi menjadi
protein.
• Transkripsi gen pada eukariota menghasilkan
transkrip awal RNA (primary transcript of RNA
= pre-mRNA), selanjutnya melewati beberapa
seri modifikasi menjadi mRNA matang.

KONTROL EKSPRESI GEN 15

• 5' capping, merupakan reaksi enzimatik
untuk mengikat 7-methylguanosine (m7G)
ke ujung 5' dan melindungi pre-mRNA dari
degradasi oleh exonuclease.
• m7G cap kemudian diikat oleh heterodimer
cap binding complex (CBC20/CBC80) yang
berperan dalam ekspor mRNA ke
sitoplasma dan melindungi dari proses
decapping.

KONTROL EKSPRESI GEN 16

• Modifikasi lain terjadi pada ujung 3’ dengan
proses poliadenilasi. Poliadenilasi yang terjadi
yaitu 5'- AAUAAA-3’ terdapat pada pre-mRNA,
biasanya antara protein-coding sequence and
terminator.
• pre-mRNA kemudian ditambahi ~200 adenin
(A) sehingga terbentuk ekor poly(A) yang
melindungi RNA dari degradasi. Ekor poly(A)
berikatan dengan poly(A)-binding
proteins (PABP), selanjutnya terjadi ekspor
mRNA dan re-inisiasi translasi.

KONTROL EKSPRESI GEN 17

• Secara ringkas ekson dan intron pada pre-
mRNA membentuk mRNA matang dengan
proses splicing.
• UTRs pada bagian non-coding dari ekson
merupakan ujung dari mRNA.
• RNA splicing merupakan proses modifikasi
penting pada eukariota.
• Splicing dilakukan oleh spliceosome yang
mengkatalisis reaksi transesterifikasi yang
membuang intron sehingga terbentuk urutan
ekson pada RNA matang.

KONTROL EKSPRESI GEN 18

Transkripsi dan pemrosesan (Splicing) RNA pada eukariota (kiri)
dan prrokariota (kanan). Pada eukariota Intron (putih), eksom
(hitam).
KONTROL EKSPRESI GEN 19
KONTROL EKSPRESI GEN 20
SPLICING

KONTROL EKSPRESI GEN 21

 2.3. PEMATANGAN non-coding RNA

• rRNA maturation
• tRNA maturation
• miRNA maturation

KONTROL EKSPRESI GEN 22

• non-coding genes RNA (ncRNA) menghasilkan
prekursor proses berikutnya.
• Ribosomal RNAs (rRNA), dihasilkan oleh pre-rRNA
yang mengandung 1 atau lebih rRNAs.
• Pre-rRNA mengalami modifikasi dengan proses
metilasi untuk membentuk pseudouridine yang
dikenal sebagai small nucleolus-restricted RNA
species (snoRNAs).
• SnoRNAs bergabung dengan protein mebentuk
snoRNPs, yang berperan dalam reaksi katalisis.
• Pada eukariota, sebagian snoRNP disebut Rnase.
• rRNA dan faktor pemroses RNA membentuk
agregat yang lebih besar yang disebut nucleolus.

KONTROL EKSPRESI GEN 23

• tRNA bagian ujung dibuang oleh enzim RNase
P, sedangkan ujung 3' dibuang oleh enzim
tRNase Z dan ekor CCA 3’ non-template
ditambahi oleh enzim nucleotidyl transferase.
• micro RNA (miRNA), dibentuk oleh primary
transcripts (pre-miRNA) di dalam nukleus.
Setelah diekspor ke sitoplasma, kemudian
dimatangkan oleh enzim endonuklease
membentuk RNA-induced silencing complex
(RISC).

KONTROL EKSPRESI GEN 24

 2.4. EKSPOR RNA
• Pada eukariota, RNA matang diekspor ke
sitoplasma dari nucleus.
• Ada RNA yang berfungsi di dalam nukleus,
beberapa RNA ditranspor melewati nuclear
pores dan masuk kedalam cytosol.
• Beberapa jenis RNA digunakan dalam sintesis
protein.

KONTROL EKSPRESI GEN 25

 2.5. TRANSLASI
• Selama translasi, tRNA mengikat asam amino, menuju
ribosom dan berpasangan dengan triplet mRNA.
• Ribosom kemudian mengikat asam amino untuk
pemanjangan rantai protein.
• Beberapa RNA (non-coding RNA) matang merupakan
produk akhir gen.
• mRNA merupakan RNA yang mengkode sintesis 1 atau
lebih protein.
• mRNA yang menentukan 1 jenis protein (umumnya
pada eukariota) disebut monocistronic, sedangkan
mRNA yang menentukan bebarapa protein (umumnya
pada prokaryotes) dikenal sebagai polycistronic.
KONTROL EKSPRESI GEN 26
• Setiap mRNA mengandung 3 bagian:
- 5' untranslated region (5'UTR)
- protein-coding region or open reading frame (ORF)
- 3' untranslated region (3'UTR).

• Coding region menentukan informasi untuk sintesis protein.

Masing-masing asam amino dikode oleh kode genetik
(genetic code dalam bentuk triplet. Masing-masing triplet
dari coding region disebut kodon (codon).

• Kodon berikatan dengan komplemen yang disebut triplet

anticodon pada transfer RNA (tRNA). tRNA selalu berikatan
dengan antikodon secara berurutan sehingga dihasilkan
urutan asam amino. Asam amino kemudian dirangkai oleh
ribosom sesuai urutan triplet pada coding region.

KONTROL EKSPRESI GEN 27

• Ribosom memfasilitasi tRNA untuk berikatan
dengan mRNA dan menggunakan setiap asam
amino yang diikat oleh tRNA untuk
membentuk protein.
• Setiap molekul mRNA ditranslasi menjadi
molekul protein.

KONTROL EKSPRESI GEN 28

• Pada prokariota, translasi terjadi sepanjang
mRNA hasil transkripsi.
• Pada eukariota, translasi terjadi pada jaringan
yang berbeda tergantung kebutuhan protein pada
sel yang bersangkutan.
• Lokasi utama translasi yaitu sitoplasma untuk
protein yang terlarut dalam sitoplasma dan
membran retikulum endoplasma untuk protein
yang akan diekspor dari sel atau diinsersi kedalam
membran sel.
• Protein yang berikatan dengan ribosom
merupakan sinyal terhadap retikulum
endoplasma untuk memperpanjang rantai asam
amino.
KONTROL EKSPRESI GEN 29
 Selama translasi, tRNA membawa asam amino ke ribosom sesuai dengan triplet
mRNA. Ribosom menggunakan asam amino untuk memperpanjang rantai protein.

KONTROL EKSPRESI GEN 30

 2.6. Protein folding
• Protein hasil translasi berupa rantai linier
asam amino.
• Asam amino saling berinteraksi sehingga
menghasilkan susunan tiga demensi.
• Hasil susunan 3 demensi protein ditentukan
oleh urutan asam amino (Anfinsen's
dogma).
• Susunan 3 demensi protein penting untuk
menentukan fungsi.
KONTROL EKSPRESI GEN 31
• Kegagalan folding menghasilkan protein toksik
(prions), beberapa penyakit neurodegeneratif
dan alergi karena tidak dihasilkan antibodi
fungsional.
• Chaperones merupakan enzim untuk
membentuk protein dengan susunan 3
demensi yang baru dan fungsional.
• Hal serupa terjadi pada RNA chaperones yang
membantu RNA agar memiliki bentuk yang
fungsional. Hal ini penting pada retikulum
endoplasma pada eukariota.

KONTROL EKSPRESI GEN 32

• Protein sebelum (kiri) dan setelah (kanan)
folding.

KONTROL EKSPRESI GEN 33

 2.7. TRANSLOKASI
• Sekretori protein pada eukariota atau
prokariota merupakan proses perpindahan
protein masuk ke jalur sekretori. Protein yang
baru dibentuk langsung melewati saluran
translokasi Sec61 (pada eukariota) dan SecYEG
(pada prokariota) yang diatur oleh sinyal
peptida.
• Efisiensi sekresi protein pada eukariota
tergantung sinyal peptida yang digunakan.

KONTROL EKSPRESI GEN 34

 2.8. TRANSPOR PROTEIN
• Beberapa protein berguna pada bagian lain dari sel
dibanding pada sitosol.
• Pada prokariota terjadi kompartementalisasi sel, tetapi
pada eukariota sangat berbeda.
• Pada eukariota, protein tidak hanya digunakan dalam
sel tetapi juga diekspor sebagai enzim pencernaan
(digestive enzymes), hormones and protein matriks
ekstraseluler (extracellular matrix proteins).
• Pada eukariota, terjadi ekspor berupa translokasi
protein retikulum endoplasma, diikuti transpor
melewati Golgi apparatus.

KONTROL EKSPRESI GEN 35

 3. REGULASI EKSPRESI GEN
• Regulasi ekspresi gen merujuk terhadap
pengaturan jumlah dan waktu yang tepat
untuk menghasilkan produk gen fungsional.
• Kontrol ekspresi sangat penting untuk
menghasilkan produk gen yang diperlukan,
berguna untuk adaptasi terhadap lingkungan
yang bervariasi, sinyal eksternal, kerusakan sel
dan lain-lain.

KONTROL EKSPRESI GEN 36

• Kepentingan ekspresi gen:
- Kontrol ekspresi gen insulin tergantung
sinyal regulasi glukosa darah (blood
glucose regulation).
- Inaktivasi kromosom X pada mamalia
betina untuk mencegah "overdose“
kandungan gen.

KONTROL EKSPRESI GEN 37

• Kontrol ekspresi cyclin untuk
kelangsungan siklus sel eukariota.
• Secara umum, regulasi gen
mengontrol struktur dan fungsi
sel sebagai dasar diferensiasi sel,
morfogenesis dan kemampuan
adaptasi organisme.

KONTROL EKSPRESI GEN 38

• Type gen berdasar regulasi ekspresi:
• Gen konstitutif (constitutive gene): gen yang
ditranskripsi secara kontinyu. Gen tersebut
ditranskripsi secara konstan untuk pemeliharaan
sel, umumnya tidak terpengaruh kondisi
eksperimental. Contohnya aktin, GAPDH dan
ubiquitin.
• Gen fakultatif (facultative gene): gen yang
ditranskripsi bila diperlukan. Sifat ekspresinya
berlawanan dengan gen konstitutif.
• Gen indusibel (inducible gene): gen yang
ditranskripsi bila terjadi perubahan lingkungan
atau tergantung pada posisi dalam siklus sel.
KONTROL EKSPRESI GEN 39
REGULASI EKSPRESI GEN, meliputi:

• Regulasi transkripsi
• Regulasi post transkripsi
• Regulasi translasi
• Degradasi protein

KONTROL EKSPRESI GEN 40

 REGULASI TRANSKRIPSI
* Regulasi transkripsi dibedakan menjadi 3 jalur:
- genetik: interaksi langsung dari faktor
kontrol dengan gen
- modulasi: interaksi faktor kontrol dengan
mesin transkripsi
- epigenetik: perubahan non-sequens dalam
struktur DNA yang mempengaruhi
transkripsi.
KONTROL EKSPRESI GEN 41
AKSI FAKTOR TRANSKRIPSI
faktor transkripsi lambda
repressor (hijau) berikatan
sebagai dimer ke alur utama
(major groove) dari DNA target
(merah dan biru) sehingga
menyebabkan inisiasi transkripsi
tidak berfungsi.

KONTROL EKSPRESI GEN 42

• Mekanisme untuk mengatur transkripsi sangat bervariasi:
- Memblokir situs khusus pada DNA untuk RNA
polimerase sehingga tidak berfungsi sebagai aktivator
dan tidak mempromosikan transkripsi.
- Aktivitas faktor transkripsi dimodulasi oleh sinyal
intraseluler yang menyebabkan protein termodifikasi
pasca-translasi termasuk terfosforilasi, asetilasi maupun
glikosilasi.
Perubahan ini mempengaruhi kemampuan faktor
transkripsi untuk mengikat langsung atau tidak
langsung, dengan demikian terjadi pengikatan RNA
polimerase, atau untuk mendukung pemanjangan
molekul RNA yang baru disintesis.

KONTROL EKSPRESI GEN 43

• Membran nukleus pada eukariota
memungkinkan pengaturan lebih lanjut dari
faktor transkripsi karena perubahan struktur
yang bersifat reversible dan kemampuan
mengikat protein lain atau sinyal endokrin.
• Ikatan tersebut: faktor transkripsi dengan
protein lain atau endokrin menyebabkan
modifikasi protein regulasi yang menimbulkan
alur sinyal intraseluler, akibatnya
menghasilkan regulasi ekspresi gen.

KONTROL EKSPRESI GEN 44

• Non koding sequen pada DNA
berpengaruh terhadap transkripsi,
efek ini disebut sebagai epigenetik.

• Secara umum efek epigenetik

mengubah aksesibilitas DNA untuk
protein sehingga memodulasi
transkripsi.

KONTROL EKSPRESI GEN 45

• Pada eukariota, DNA diatur dalam bentuk nukleosom.
Perhatikan bagaimana DNA (biru dan hijau) erat
melilit protein inti yang terbuat dari octamer histon
(pita gulungan), membatasi akses ke DNA.

KONTROL EKSPRESI GEN 46

 METILASI DNA
• Metilasi DNA adalah mekanisme umum
terjadinya pengaruh ekspresi gen dan
berperan dalam menghambat transkripsi.

KONTROL EKSPRESI GEN 47

 REGULASI POST-TRANSKRIPSI
• Pada eukariota, RNA diperlukan untuk
translasi. Setelah RNA dibentuk maka perlu
dieksport ke luar nukleus. Proses ini
diperlukan untuk kontrol ekspresi gen. Seluruh
transpor masuk dan keluar nukleus melewati
nuclear pore yang dikontrol oleh protein
of importin and exportin proteins.
• Ekspresi koding gen terjadi jika protein
terbentuk sebagai hasil translasi mRNA.

KONTROL EKSPRESI GEN 48

• Molekul RNA bersifat stabil dan terlindungi dari
degradasi. Degradasi RNA merupakan bagian penting
dari regulasi ekspresi pada sel eukariotik, dimana
mRNA harus melintas membran nuklei sebelum
ditranslasi.
• Pada Eukariota, RNA distabilkan setelah transkripsi
(post-transkripsi) dengan cara membentuk
5' cap and poly-adenylated tail (ekor poli Adenin).
• Maksud degradasi mRNA digunakan bukan hanya
untuk mekanisme pertahanan terhadap RNA virus
tetapi juga mekanisme destabilisasi mRNA.

KONTROL EKSPRESI GEN 49

 REGULASI TRANSLASI

• Neomycin merupakan contoh molekul kecil yang

mengurangi ekspresi dari seluruh gen pengkode
protein sehingga sel menjadi mati  prinsip kerja
antibiotic.
• Regulasi langsung translasi: hambatan translasi protein
merupakan tujuan utama toxins dan antibiotics untuk
membunuh sel dengan cara mengontrol ekspresi gen.
• Penghambat sintesis protein (Protein synthesis
inhibitors ) termasuk antibiotic neomycin dan
toxin ricin.

KONTROL EKSPRESI GEN 50

Neomycin

KONTROL EKSPRESI GEN 51

 DEGRADASI PROTEIN
• Sintesis protein selesai pada tingkat
ekspresi, protein dapat direduksi dengan
cara degradasi protein.
• Jalur utama degradasi protein baik pada
prokaryota dan eukariota menggunakan
proteasome. Protein yang akan
didegradasi dilabel (ditandai dengan)
ubiquitin.
KONTROL EKSPRESI GEN 52
KONTROL EKSPRESI GEN 53