Ekspresi gen, pemrosesan

protein dan eksositosis

1
 Definisi
• Ekspresi gen  proses dimana informasi dari
sebuah gen digunakan dalam proses sintesis
dari produk gen yang fungsional

• Produk:
– Protein
– Transfer protein (tRNA)
– Small nuclear RNA (snRNA)

2
Proses Ekspresi Gen

3
 Proses Ekspresi Gen
1. Transkripsi
2. Pemrosesan RNA
3. Translasi
4. Post-translasi modifikasi protein

4
 1. Transkripsi

Proses sintesis mRNA (messenger RNA) dengan

menggunakan gen (informasi genetik) pada
molekul DNA sebagai templatenya.

Terjadi di nukleus dari eukaryotes.

5
 RIBONUCLEIC ACID (RNA)
Ditemukan pada hampir semua sel
(nukleus, mitokondria, kloroplas, ribosom and
bagian soluble dari sitoplasma)

6
 Tipe
• Messenger RNA (mRNA) <5%
• Ribosomal RNA (rRNA) Up to 80%
• Transfer RNA (tRNA) About 15%
• In eukaryotes small nuclear
ribonucleoproteins (snRNP).

7
 Struktur Karakteristik dari RNA
• Single polynucleotide strand yang mungkin
bisa dalam bentuk melingkar atau spiral tetapi
tidak double helix
• Gula Ribosa (tetapi tidak deoxyribose)
• Basa : Adenine, Guanine, Cytosine and Uracil
(tidak Thymine).

8
 mRNA
• Molekul panjang : 1 juta Dalton
• Sulit untuk diisolasi
• mRNA menyiapkan rencana untuk rantai
polipeptida

9
 rRNA
• Spiral
• Dua subunit:
Satu molekul panjang 1 juta Dalton
Satu molekul pendek 42 000 Dalton
• Cukup stabil
• Ditemukan pada ribosom
• Dibentuk sebagai subunit dalam nukleolus
• rRNA menyediakan platform untuk sintsis
protein 10
 tRNA
• Molekul pendek ~ 25 000 Dalton
• Mudah larut
• Ada sekitar 60an bentuk yang berbeda sesuai
dengan spesifik antikodon sebagai bagian dari
strukturnya.
• tRNA mentranslasi informasi pada mRNA
menjadi rantai polipeptida

11
 Transkripsi: sintesis mRNA atau RNA lain

• Perlu enzim RNA polymerase

• Direksi replikasi dari 5’ to 3’
• Membentuk strand complementary dari mRNA
• Dimulai pada promotor site yang memberikan signal
pada awal dari sebuah gen (sekitar 20 to 30
nukleotida)
• Ketika gen sudah terbentuk, pada akhir sekuen
terdapat terminator sequence yang
memberitahukan pada RNA polymerase untuk
berhenti melakukan transkripsi

NB Terminator sequence ≠ terminator codon

12
 mRNA Edit
• Pada prokaryotes mRNA yang sudah ditranskripsi
langsung masuk ke dalam ribosom di sitoplasma
• Pada eukaryotes mRNA yang baru terbentuk di
dalam nukleus adalah sekitar 5000 nukleotida yang
panjang
• Ketika mRNA yang sama digunakan untuk translasi
pada ribosom, panjangnya hanya sekitar 1000
nukleotida
• Bagian yang tersimpan untuk ekspresi gen adalah
EXONS (exons = expressed)
• Bagian yang sudah ter-edit disebut INTRONS.

13
14
Proses Transkripsi

15
Transkripsi RNA

16
 2. RNA Processing
RNA splicing
• Exon
• Intron
• Spliceosome

17
RNA Splicing

18
RNA Splicing

19
RNA Processing (Pre-mRNA → mRNA)

 Capping
 Splicing
 Addition of poly A tail

20
 RNA Processing
• Capping
– The cap structure is added to the 5' of the newly
transcribed mRNA precursor in the nucleus prior
to processing and subsequent transport of the
mRNA molecule to the cytoplasm.
• Splicing:
– Step by step removal of pre mRNA and joining of
remaining exons; it takes place on a special
structure called spliceosomes.

21
 RNA Processing

 Addition of poly A tail:

 Synthesis of the poly (A) tail involves cleavage
of its 3' end and then the addition of about 40-
200 adenine residues to form a poly (A) tail.

22
23
 3. Translasi
Proses sintesis sebuah rantai polipeptida dengan
menggunakan kode genetik pada molekul mRNA
sebagai petunjuknya.

24
 Translasi
• Lokasi: pada ribosom di dalam sitoplasma
yang menyediakan lingkungan yang
mendukung proses translasi
• Informasi genetiknya dibawa oleh molekul
mRNA.

25
Proses Translasi

26
 Apa itu informasi/kode genetik?
• Kode genetik terdari dari sekuen basa yang
ditemukan pada molekul mRNA
• Hanya terdapat empat huruf untuk kode ini
(A, G, C dan U)
• Kode ini perlu untuk menjadi cukup kompleks
untuk mewakili sekitar 20 asam amino yang
digunakan untuk membuat protein

27
 Berapa kombinasi?
• Apabila satu basa mewakili satu asam amino, maka hanya
akan mewakili 4 kombinasi yang berbeda. (A, C, G and U)
• Apabila satu basa mewakili satu asam amino maka dapat
membentuk 4 x 4 = 16 kombinasi. (AA, AC, AG, AU, CA, CC, CG,
CU dstnya)
• Apabila basa tripel mewakili masing-masing asam amino,
maka ini dapat memproduksi 4 x 4 x 4 = 64 kombinasi
Apakah kombinasi ini cukup untuk mengkode 20 asam amino
tetapi apakah kodenya sebenarnya terbuat dari basa triplet?

28
 Kodon
• Lebih dari 10 tahun ilmuwan biokimia
mensintesis sedikit demi sedikit dari mRNA
dengan kombinasi yang berbeda
• Kemudian mereka menggunakannya untuk
sintesis polipeptida
• Hasilnya bahwa secara logika, jawabannya
benar bahwa kode genetika terbuat dari basa
triplet yang disebut dengan codon/kodon

29
 The Central Dogma
• Dikemukanan oleh Francis Crick 1958
• DNA memegang kode informasi turunan di dalam
nukleus
• Kode ini diekspresikan di dalam ribosom selama proses
sintesis protein di dalam sitoplasma
• Protein yang diproduksi oleh informasi genetika adalah
yang dipengaruhi oleh seleksi natural
• Apabila sebuah protein dimodifikasi, maka hal tersebut
tidak dapat mempengaruhi gen yang mengkodenya
• Oleh karena itu, hanya ada satu arah dalam prosesnya:
DNARNAProtein
30
 Penemuan Penting
• Retro virus (misal. HIV)
membawa RNA sebagai
informasi genetik
• Ketika mereka
menginvasi sel host
mereka mengubah RNA
menjadi DNA
menggunakan reverse
transcriptase

• Sehingga the central dogma termodifikasi: Image Credit:

Reverse transcriptase

DNA↔RNAProtein
• Penemuan ini membantu menjelaskan pentingnya
paradoks pada evolusi kehidupan. 31
 DNA Paradoks
• DNA  molekul yang stabil
• Medium yang baik untuk menyimpan informasi
genetik tetapi…
• DNA tidak bisa melakukan apa-apa untuk dirinya
sendiri
• Membutuhkan enzim untuk proses replikasi
• Membutuhkan enzim untuk proses ekspresi gen
• Informasi pada DNA dibutuhkan untuk sintesis ensim
(protein) tetapi enzimnya itu sendiri dibutuhkan
untuk membuat DNAnya berfungsi
• Mana yang lebih dahulu ada, DNA atau enzim?

32
 RIBOZYMES: Genetik dan Katalitik
• Beberapa bentuk RNA memiliki properti yang
katalitik
• RIBOZYMES
• Ribosom and snRNPs = ribozymes
• RNA bisa saja adalah informasi genetika yang dapat
mensintesis protein…
• …dan pada saat yang sama menjadi katalis biologis
• Reverse transcriptase menyediakan kemungkinan
untuk memproduksi copy DNA dari RNA

33
Eksositosis

34
Eksositosis

35
Endositosis vs. Eksositosis

36