Replikasi, Transkripsi dan Translasi

Prokaryot dan Eukaryot

Tristia Rinanda
Bagian Mikrobiologi Fakultas
Kedokteran Unsyiah
REPLIKASI
 Replikasi

• Renggandaan DNA
• Pembentukan 2 molekul DNA dari 1 molekul
DNA  teori semikonservatif
• Konsep pasangan basa
• Polaritas 5’ ke 3’ pada untai yang disintesis
• Dikatalisis oleh enzim DNA Polimerase
• Membentuk replication fork  leading strand
dan lagging strand
 Komponen-komponen Replikasi DNA

• Origin of replication (ori)

– Titik awal replikasi
• Protein DnaA
– Protein inisiator untuk membuka untaian DNA
• Protein pengikat DNA untai tunggal (single strand
binding protein)/SSB
• Enzim Helikase
– Pembuka untai DNA
• Enzim Girase
– Merelaksasi kumparan DNA
 Komponen-komponen Replikasi DNA

• Enzim Primase (RNA polimerase)

– Sintesis untai primer RNA
• Enzim DNA Polimerase
– Sintesis untai DNA
• Enzim DNA ligase
– Penyambung fragmen okazaki
• Basa-basa DNA
• Primer RNA
• Untai DNA cetakan
 Tahapan replikasi

• Dimulai dari ori, protein DnaA

• Pemisahan untai DNA cetakan (enzim helikase)
– Kumparan dipertahankan terbuka oleh girase
• Untai baru searah pembukaan replication fork
disebut leading strand, untai baru dengan arah
berlawanan disebut lagging strand
• Pada leading strand
– Kumparan yang sudah terbuka distabilkan oleh SSB
– DNA Polimerase melakukan penggabungan basa-basa
yang komplementer dengan DNA cetakan
– Sintesis kontinu
 Tahapan replikasi

• Lagging strand
– Disintesis secara terputus/diskontinu
– Kumparan yang sudah terbuka distabilkan oleh SSB
– Primase akan mensistesis primer RNA dengan
polaritas 5’-3’
– Primer membentuk fragmen okazaki
– DNA polimerase III mensintesis DNA
– DNA polimerase I mengubah basa RNA menjadi DNA
(basa ribosa diganti deoxyribosa)
– Tiap fragmen okazaki digabungkan oleh enzim ligase
Replikasi DNA
 Terminasi Replikasi

• Genom prokaryot berbentuk sirkular  replikasi

berhenti pada saat garpu replikasi bertemu pada
satu titik (sisi terminasi)
• Pada E. coli, ada 6 sisi terminasi
• Hasil replikasi masih terjerat satu sama lain
(catenane) harus diurai sebelum penggandaan sel
(decatenation)
• Enzim Topoisomerase berperan mengurai jeratan
TRANSKRIPSI
 Transkripsi

• Penyalinan kode-kode genetik pada DNA

menjadi RNA
• Produk berupa 3 molekul RNA, yaitu
– mRNA/messanger RNA (yang akan ditranslasikan
menjadi protein)
– tRNA/transfer RNA (membawa asam amino
spesifik pada saat translasi)
– rRNA/ribosomal RNA (RNA penyusun ribosom)
 Transkripsi

• Hanya urutan basa berupa gen/Open Reading Frame

(ORF) yang ditranskripsikan
• Bagian-bagian gen:
– Promotor
– Bagian struktural (coding region)
– Terminator
• Komponen-komponen transkripsi:
– Urutan DNA yang akan ditranskripsi (cetakan)
– RNA polimerase
– Faktor-faktor inisiasi transkripsi
– Prekursor sintesis RNA
 Transkripsi

• Promotor:
– urutan DNA spesifik
– berperan mengendalikan transkripsi gen struktural
– Terletak di hulu (upstream) gen struktural
– Tempat perlekatan awal RNA polimerase
– Tersusun dari urutan spesifik  TATA box
(TATAAT)/core promotor elements
• Urutan nukleotida -10 dan -35
• Sifatnya conserved
• Menentukan arah RNA polimerase  5’-3’
Promotor
 Transkripsi

• Promotor:
– operator
• Urutan nukleotida diantara promotor dan gen
• Tempat melekatnya protein represor/penghambat
transkripsi
– attenuator
• Urutan nukleotida diantara promotor-operator
• Ditemukan pada gene cluster yang berperan dalam
biosistesis asam amino
• Jika AA cukup, transkripsi dihambat
 Transkripsi

• Promotor:
– Enhancer:
• Bisa terletak di mana saja (upstream atau downstream)
• meningkatkan jumlah RNA polimerase
• Gen struktural
– Dimulai dari sebelum kodon start (ATG) dan berakhir
sebelum kodon stop (TAA/TAG/TGA)ditranslasikan
menjadi protein
– Gen ada 3: gen pengkode protein, gen pengkode tRNA
dan rRNA
 Transkripsi

• Terminator:
– Mengirimkan sinyal kepada RNA polimerase untuk
menghentikan transkripsi
– Proses penghentian:
• Rho independent terbentuk struktur hairpin kaya GC
• Rho dependent  dipengaruhi oleh Protein rho,,
terbentuk struktur hairpin kaya AU
 RNA polimerase

• Terdiri dari:
– core enzyme: α, β, β ‘ dan ᾠ
– Holoenzyme: δ
• Sub unit δ (sigma factor) berperan dalam pengenalan
dan penempelan RNA polimerase pada daerah
promoter (-10 dan -35)  inisiasi transkripsi
• Core enzyme melekat kuat pada DNA hingga replikasi
selesai
RNA polimerase
 Proses Transkripsi
• Pembentukan komplek promotor tertutup
• Pembentukan komplek promotor terbuka
• Pembentukan transcription buble
• Pelepasan faktor sigma
• Sintesis RNA dari DNA template (arah 5’-3’)
– DNA untai ganda, tapi yang berperan sebagai templat hanyalah
salah satu untai (transcribed strand/template)
– Komplementari dengan template  coding strand
– Urutan basa coding strand=urutan RNA
– 5’ATG GTC CTT TAC TTG TCT GTA TTT3’ (Coding strand)
– 3’TAC CAG GAA ATG AAC AGA CAT AAA 5’ (template)
– 5’…………………………………………………… 3’ (RNA)
TERMINASI TRANSKRIPSI FACTOR INDEPENDENT TERMINATION
FACTOR DEPENDENT TERMINATION
TRANSLASI
 Translasi

• Translasi = ekpresi gen

– Prokaryot: policistronik
– Eukaryot: monosistronik
• Sintesis asam amino/polipeptida/protein dari RNA
• Komponen: Ribosom, Ribosom binding site (RBS),
kodon start (AUG), kodon stop (UAA/UAG/UGA)
STRUKTUR tRNA
STRUKTUR tRNA
RIBOSOM
Bacterial Translation Initiation Region (TIR)
Inisiasi
Translasi
PROSES TRANSLASI
TERMINASI TRANSLASI
POLISITRONIK
REPLIKASI, TRANSKRIPSI DAN
TRANSLASI SERTA MEKANISME KERJA
ANTIBIOTIKA
Antibiotic Action
Antibiotic Action

Ciprofloxacin:
2nd generation’s of
Quinolones 
Menghambat enzim gyrase
dan Topoisomerase IV pada
proses replikasi
Antibiotic Action
Antibiotic Action
REPLIKASI, TRANSKRIPSI DAN
TRANSLASI PADA EUKARYOT
 Eukaryotic
DNA Replication
 Replikasi

• Memiliki banyak ori

• Gerakan replication fork lebih lambat
• Secara umum sama dengan prokaryot, hanya
melibatkan DNA polimerase yang berbeda
• Replikasi “memastikan” DNA kopian untuk sel
anak pada tahap mitosis
• Lebih kompleks, melibatkan banyak protein,
terkait dengan siklus sel
Replikasi
 Aspects of
Eukaryotic DNA Replication

• Enzymes
1. DNA polymerase alpha
2. DNA polymerase delta
3. DNA polymerase beta & DNA
polymerase epsilon
4. DNA polymerase gamma
 Aspects of
Eukaryotic DNA Replication

• Origin of Replication
- Multiple
- Autonomously Replicating Sequences
(ARS)
- Origin Recognition Complex (ORC)
 Aspects of
Eukaryotic DNA Replication

• Cell Cycle
Two brief periods
1. Interphase
Cell grows, accumulating nutrients, duplicating DNA
G1 = replication regulatory processes are initiated
S = replication
G2= replication errors are corrected
2. Mitotic Phase
Cell splits into “daughter cells”
each contain one strand from the parental duplex DNA
and one nascent antiparallel strand
Cell Cycle
Schematic of the cell cycle.
outer ring:
I=Interphase,
M=Mitosis;
inner ring:
M=Mitosis,
G1=Gap 1,
G2=Gap 2,
S=Synthesis;
not in ring:
G0=Gap 0/Resting.
 Aspects of
Eukaryotic DNA Replication

• Telomere
- Eukaryotic chromosomes  linear
1. Ends of chromosomes must be
protected from degradation
2. Mechanism to ensure replication
of a complete chromosome
- Enzyme  Telomerase
Telomeres & Telomerase
Speed of Replication
• Prokaryotic
e.g. E. coli
genome 4.7 x 106 bps
replication origin  1000 nt/sec
<<40 min

• Eukaryotic
e.g. Human chromosome
150 x 106 bps  50 nt/sec
 a month
 many origin of replication
 Initiation of
Eukaryotic DNA Replication
 Initiation of
Eukaryotic DNA Replication
DNA Replication in eukaryotic model system
 Control of Replication
• Positive control : Licensing
To be replicated, each origin must be bound by:
- ORC
- Accessory proteins (licensing factors)
* Cdc6 & Cdt1
* MCM protein
# Accumulate during G1 phase
 Control of Replication
• Negative control : Geminin
Prevents assembly of MCM proteins on freshly-synthesized
DNA
(probably  blocking the actions of Cdt1)

# Protein contained in G2 phase

Mitosis Completed, geminin is degraded

TRANSKRIPSI PADA EUKARYOT
 Three eukaryotic polymerases

Type Location Substrate α-amanitin

RNA Pol I Nucleoli Most rRNAs gene Insensitive

RNA Pol II Nucleo- All protein-coding Very

plasm genes and some sensitive
snRNA genes
RNA Pol III Nucleo- tRNAs, 5S rRNA, Moderately
plasm U6 snRNA and sensitive
other small RNAs
 PROMOTER
Promoters usually have 4 Elements:
1. TATA Box (–25)
2. Initiator Element (Inr)
3. Downstream Core Promoter Element
4. CAAT box and some contain GC Box (-40 s/d -150)
 Promoter For RNA Pol I-III

• UPE - Upstream promoter

element
• Rlnr - ribosomal RNA initiator
element (RNA Pol I)
• Inr - initiator element (RNA Pol
II) near transcription start
• DPE - Downstream promoter
TRANSCRIPTION INITIATION COMPLEX FORMATION
 5’ CAP

From GTP

Initiating
nucleotide

The structure of the 5’cap of

eukaryotic mRNAs. The formation of the 5’cap of
eukaryotic mRNAs.
SPLICING
• Mechanisms Transesterification
TRANSLASI PADA EUKARYOT
 Perbedaan Translasi
Prokaryot VS Eukaryot
• Prokaryot • Eukaryot
 Transkripsi dan translasi  Translasi baru berlangsung
berlangsung bersamaan setelah transkripsi selesai
 Inisiasi translasi : kompleks
 Inisiasi translasi : kompleks inisiasi 80S, kodon inisiasi
inisiasi 70S, kodon inisiasi metionin, tidak ada sekuens
formil metionin, sekuens Shine-Dalgarno (SD), Eukaryot
Shine-Dalgarno (SD), Initiation Factor (eIF) 1-6
Initiation factor (IF) 1-3  Terminasi translasi :
 Terminasi translasi : Eukaryot Releasing Factor
Releasing Factor (RF) (eRF) 1 dan 3
1-3
 Faktor-faktor yang Terlibat
dalam Translasi
• Inisiasi :
 Kodon inisiasi : AUG
 Aminoasil tRNA : Metionin
 Eukaryot initiation factors (eIF) : eIF 1-6
• Pemanjangan
 Elongation Factor (EF)-Tu
 Enzim peptidil transferase
 EF-G
• Terminasi
 Kodon terminasi (UAA, UGA, UAG)
 eRF 1 dan 3
Mekanisme Translasi
(Inisiasi)
 Mekanisme Translasi
(Elongasi)

• Pengikatan aminoasil-tRNA pada sisi A

• Pemindahan rantai polipeptida pada tRNA
dari sisi P ke sisiA  ikatan peptida
• Translokasi ribosom sepanjang mRNA ke
kodon selanjutnya pada sisi A
Mekanisme Translasi (Elongasi)
Mekanisme Translasi (Elongasi)
Mekanisme Translasi (Terminasi)