Replikasi, Transkripsi dan Translasi

Prokaryot dan Eukaryot

Tristia Rinanda
Bagian Mikrobiologi Fakultas
Kedokteran Unsyiah
 Mengapa Harus Mempelajari Genetika
Prokariot/Mikroba?
• Untuk memahami fungsi gen-gen tertentu pada
mikroba:
– Transfer gen dan resistensi antibiotika
• Memahami mekanisme transmisi dan pencegahan
infeksi (terutama pada virus)
• Mikroba dapat digunakan sebagai “mesin”
pengekspresi protein rekayasa genetika
• Genetika mikroba merupakan bentuk sederhana dari
genetika organisme yang lebih tinggi (terutama
manusia)
https://medicalxpress.com/news/2017-10-scientists-path-linking-genome-healthy.html
Russel O and Turnbull D. 2014. Mitochondrial DNA disease—molecular insights and potential routes to a cure.
Experimental Cell Research. 135:1
 Materi Dasar yang Harus Dikuasai

• Basa-basa DNA dan RNA: struktur, perbedaan DNA

dan RNA
• Kaitan antara DNA, RNA dan Asam amino (protein)
• Tabel kodon dan asam amino
REPLIKASI
 Replikasi

• Penggandaan DNA
• Pembentukan 2 molekul DNA dari 1 molekul
DNA  teori semikonservatif
• Konsep pasangan basa (Complementary)
• Polaritas 5’ ke 3’ pada untai yang disintesis
• Dikatalisis oleh enzim DNA Polimerase
• Membentuk replication fork  leading strand
dan lagging strand
 Komponen-komponen Replikasi DNA

• Origin of replication (ori)

– Titik awal replikasi
• Protein DnaA
– Protein inisiator untuk membuka untaian DNA
• Protein pengikat DNA untai tunggal (single strand
binding protein)/SSB
• Enzim Helikase
– Pembuka untai DNA
• Enzim Girase
– Merelaksasi kumparan DNA
 Komponen-komponen Replikasi DNA

• Enzim Primase (RNA polimerase)

– Sintesis untai primer RNA
• Enzim DNA Polimerase
– Sintesis untai DNA
• Enzim DNA ligase
– Penyambung fragmen okazaki
• Basa-basa DNA
• Primer RNA
• Untai DNA cetakan
 Tahapan replikasi

• Dimulai dari ori, protein DnaA

• Pemisahan untai DNA cetakan (enzim helikase)
– Kumparan dipertahankan terbuka oleh girase
• Untai baru searah pembukaan replication fork
disebut leading strand, untai baru dengan arah
berlawanan disebut lagging strand
• Pada leading strand
– Kumparan yang sudah terbuka distabilkan oleh SSB
– DNA Polimerase melakukan penggabungan basa-basa
yang komplementer dengan DNA cetakan
– Sintesis kontinu
 Tahapan replikasi

• Lagging strand
– Disintesis secara terputus/diskontinu
– Kumparan yang sudah terbuka distabilkan oleh SSB
– Primase akan mensistesis primer RNA dengan polaritas
5’-3’
– Primer membentuk fragmen okazaki
– DNA polimerase III mensintesis DNA
– DNA polimerase I mengubah basa RNA menjadi DNA
(basa ribosa diganti deoxyribosa)
– Tiap fragmen okazaki digabungkan oleh enzim ligase
https://www.amboss.com/us/knowledge/DNA_replication_and_repair
Replikasi DNA
https://www.amboss.com/us/knowledge/DNA_replication_and_repair
 Terminasi Replikasi
• Genom prokaryot berbentuk
sirkular  replikasi berhenti
pada saat garpu replikasi
bertemu pada satu titik (sisi
terminasi)  ter site
• Pada E. coli, ada 6 sisi
terminasi
• Hasil replikasi masih terjerat
satu sama lain (catenane)
harus diurai sebelum
penggandaan sel
(decatenation)
• Enzim Topoisomerase
berperan mengurai jeratan
TRANSKRIPSI
 Transkripsi

• Penyalinan kode-kode genetik pada DNA

menjadi RNA
• Produk berupa 3 molekul RNA, yaitu
– mRNA/messanger RNA (yang akan ditranslasikan
menjadi protein)
– tRNA/transfer RNA (membawa asam amino
spesifik pada saat translasi)
– rRNA/ribosomal RNA (RNA penyusun ribosom)
 Transkripsi

• Hanya urutan basa berupa gen/Open Reading Frame

(ORF) yang ditranskripsikan
• Bagian-bagian gen:
– Promotor
– Bagian struktural (coding region)
– Terminator
• Komponen-komponen transkripsi:
– Urutan DNA yang akan ditranskripsi (cetakan)
– RNA polimerase
– Faktor-faktor inisiasi transkripsi
– Prekursor sintesis RNA
 Transkripsi

• Promotor:
– urutan DNA spesifik
– berperan mengendalikan transkripsi gen struktural
– Terletak di hulu (upstream) gen struktural
– Tempat perlekatan awal RNA polimerase
– Tersusun dari urutan spesifik  Pribnow box
(TATAAT)/core promotor elements
• Urutan nukleotida -10 dan -35
• Sifatnya conserved
• Menentukan arah RNA polimerase  5’-3’
Promotor
 Transkripsi

• Promotor:
– operator
• Urutan nukleotida diantara promotor dan gen
• Tempat melekatnya protein represor/penghambat
transkripsi
– attenuator
• Urutan nukleotida diantara promotor-operator
• Ditemukan pada gene cluster yang berperan dalam
biosistesis asam amino
• Jika AA cukup, transkripsi dihambat
 Transkripsi

• Promotor:
– Enhancer:
• Bisa terletak di mana saja (upstream atau downstream)
• meningkatkan jumlah RNA polimerase
• Gen struktural
– Dimulai dari sebelum kodon start (ATG) dan berakhir
sebelum kodon stop (TAA/TAG/TGA)ditranslasikan
menjadi protein
– Gen ada 3: gen pengkode protein, gen pengkode tRNA dan
rRNA
 Transkripsi

• Terminator:
– Mengirimkan sinyal kepada RNA polimerase untuk
menghentikan transkripsi
– Proses penghentian:
• Rho independent terbentuk struktur hairpin kaya GC
• Rho dependent  dipengaruhi oleh Protein rho,,
terbentuk struktur hairpin kaya AU
 RNA polimerase

• Terdiri dari:
– core enzyme: α, β, β ‘ dan ᾠ
– Holoenzyme: δ
• Sub unit δ (sigma factor) berperan dalam pengenalan
dan penempelan RNA polimerase pada daerah
promoter (-10 dan -35)  inisiasi transkripsi
• Core enzyme melekat kuat pada DNA hingga replikasi
selesai
RNA polimerase
 Proses Transkripsi

• Pembentukan komplek promotor tertutup

• Pembentukan komplek promotor terbuka
• Pembentukan transcription buble
• Pelepasan faktor sigma
• Sintesis RNA dari DNA template (arah 5’-3’)
2 untai DNA= 1 untai RNA How?

– DNA untai ganda, tapi yang berperan sebagai templat hanyalah salah
satu untai (transcribed strand/template)
– Komplementari dengan template  coding strand
– Urutan basa coding strand=urutan RNA
– 5’ATG GTC CTT TAC TTG TCT GTA TTT3’ (Coding strand)
– 3’TAC CAG GAA ATG AAC AGA CAT AAA 5’ (template)
– 5’…………………………………………………… 3’ (RNA)
TERMINASI TRANSKRIPSI FACTOR INDEPENDENT TERMINATION
FACTOR DEPENDENT TERMINATION
TRANSLASI
 Translasi

• Translasi = ekpresi gen

– Prokaryot: policistronik
– Eukaryot: monosistronik
• Sintesis asam amino/polipeptida/protein dari RNA
• Komponen: Ribosom, Ribosom binding site (RBS),
kodon start (AUG), kodon stop (UAA/UAG/UGA)
STRUKTUR tRNA
RIBOSOM
Bacterial Translation Initiation Region (TIR)
Inisiasi
Translasi
PROSES TRANSLASI
TERMINASI TRANSLASI
POLISITRONIK
REPLIKASI, TRANSKRIPSI DAN
TRANSLASI SERTA MEKANISME KERJA
ANTIBIOTIKA
Antibiotic Action
Antibiotic Action

Ciprofloxacin:
2nd generation’s of
Quinolones 
Menghambat enzim gyrase
dan Topoisomerase IV pada
proses replikasi
Antibiotic Action
Antibiotic Action
REPLIKASI, TRANSKRIPSI DAN
TRANSLASI PADA EUKARYOT
 Eukaryotic
DNA Replication
 Replikasi

• Memiliki banyak ori

• Gerakan replication fork lebih lambat
• Secara umum sama dengan prokaryot, hanya
melibatkan DNA polimerase yang berbeda
• Replikasi “memastikan” DNA kopian untuk sel
anak pada tahap mitosis
• Lebih kompleks, melibatkan banyak protein,
terkait dengan siklus sel
Kecepatan Replikasi
• Prokaryotic
e.g. E. coli
genome 4.7 x 106 bps
replication origin  1000 nt/sec
<<40 min

• Eukaryotic
e.g. Human chromosome
150 x 106 bps  50 nt/sec
 a month
 many origin of replication
 Enzim yang Terlibat

• Sintesis untai DNA

– Lagging strand: DNA polymerase ε
– Leading strand : DNA polymerase δ
• Pembentukan primer RNA: DNA polymerase
α
• Penyatuan fragmen okazaki: DNA Ligase I
• Penggantian basa RNA dengan DNA: Fen1-
RNaseH
 Replikasi dan kaitannya dengan siklus sel

• Cell Cycle
Two brief periods
1. Interphase
Cell grows, accumulating nutrients, duplicating DNA
G1 = replication regulatory processes are initiated
S = replication
G2= replication errors are corrected
2. Mitotic Phase
Cell splits into “daughter cells”
each contain one strand from the parental duplex DNA
and one nascent antiparallel strand
Cell Cycle
Schematic of the cell cycle.
outer ring:
I=Interphase,
M=Mitosis;
inner ring:
M=Mitosis,
G1=Gap 1,
G2=Gap 2,
S=Synthesis;
not in ring:
G0=Gap 0/Resting.
 Aspects of
Eukaryotic DNA Replication

• Origin of Replication
- Multiple
- Autonomously Replicating Sequences
(ARS)
- Origin Recognition Complex (ORC)
Initiation of Eukaryotic DNA Replication

Mcm: Minichromosome
maintenance protein complex
Cdt1: chromatin licensing and DNA
replication factor 1 (
Cdc: Cell division cycle
RPA: Replication Protein A
 Initiation of
Eukaryotic DNA Replication
DNA Replication in eukaryotic model system
 Control of Replication
• Positive control : Licensing
To be replicated, each origin must be bound by:
- ORC
- Accessory proteins (licensing factors)
* Cdc6 & Cdt1
* MCM protein
# Accumulate during G1 phase
 Control of Replication
• Negative control : Geminin
Prevents assembly of MCM proteins on freshly-synthesized
DNA
(probably  blocking the actions of Cdt1)

# Protein contained in G2 phase

Mitosis Completed, geminin is degraded

 Aspects of
Eukaryotic DNA Replication

• Telomere
– Eukaryotic chromosomes  linear
– Ends of chromosomes must be protected from
degradation
– Mechanism to ensure replication of a complete
chromosome
– Enzyme  Telomerase
Telomeres &
Telomerase
TRANSKRIPSI PADA EUKARYOT
 Three eukaryotic polymerases

Type Location Substrate a-amanitin

RNA Pol I Nucleoli Most rRNAs gene Insensitive

RNA Pol II Nucleo- All protein-coding Very

plasm genes and some sensitive
snRNA genes
RNA Pol III Nucleo- tRNAs, 5S rRNA, Moderately
plasm U6 snRNA and sensitive
other small RNAs
 PROMOTER
Promoters usually have 4 Elements:
1. TATA Box (–25)
2. Initiator Element (Inr)
3. Downstream Core Promoter Element
4. CAAT box and some contain GC Box (-40 s/d -150)
TRANSCRIPTION INITIATION COMPLEX FORMATION
RNA Processing
 5’ CAP

From GTP

Initiating
nucleotide

The structure of the 5’cap of

eukaryotic mRNAs. The formation of the 5’cap of
eukaryotic mRNAs.
SPLICING
• Mechanisms Transesterification
Advantages: regulation
of immune system
(expression of cell
surface molecules 
enhancing response of T
and B cells, variants of
fibronectin

Disadvantages: causing
defects  diseases (e.g.
Alzheimer, Parkinson,
ect)
TRANSLASI PADA EUKARYOT
 Perbedaan Translasi
Prokaryot VS Eukaryot
• Prokaryot • Eukaryot
 Transkripsi dan translasi  Translasi baru berlangsung
berlangsung bersamaan setelah transkripsi selesai
 Ribosom lebih kecil (70S)  Ribosom 80S
 Inisiator tRNA: N-Formil  Inisiator tRNA: methionin
methionin  Inisiasi: start codon selalu AUG,
 Inisiasi: start codon AUG pada yaitu AUG pertama yang
sisi 5’ kaya purin, initiation ditemukan setelah 5’, initiation
factors lebih sedikit (IF1-3), factors lebih banyak, tidak ada
sekuens Shine-Dalgarno (SD), sekuens Shine-Dalgarno (SD),
Initiation factor (IF) 1-3 Eukaryot Initiation Factor (eIF)
 Elongasi: EF-Tu, EF-Ts dan EF- 1-6
G  Elongasi: EF1α, EF1βγ dan
 Terminasi translasi : EF2
Releasing Factor (RF)  Terminasi translasi :
1-2 Eukaryot Releasing Factor (eRF)
https://www.nature.com/scitable/topicpage/translation-dna-to-mrna-to-protein-393
TERIMA KASIH