Aliran Informasi Genetik

Central dogma
Replikasi
Materi genetik: harus bisa
memperbanyak diri
Struktur DNA: memungkinkan replikasi
Replikasi DNA : semi konservatif
Diajukan oleh: Watson&Crick
Eksperimen oleh: Meselson & Stahl
Eksperimen Meselson & Stahl
Tahapan Replikasi
eukaryotes
1. Identifikasi origins of replication (ori).
2. Pemisahan (denaturasi) untai double
heliks menjadi DNA untai tunggal.
3. Pembentukkan garpu replikasi.
4. Sintesa dan elongasi (perpanjangan)
DNA.
Ori
Posisi/bagian DNA yang pertama kali
dibuka
Daerah ori mengandung urutan nukleotida
yang kaya AT
Pada kromosom bakteri / ragi panjangnya
100 bp
Genom manusia mempunyai 10.000 ori,
shg sel dapat membuat replika DNA dalam
waktu cepat.
Replikasi
biasanya
berlangsung
secara
bidirectional
(2 arah)
Replication fork (garpu replikasi)
 Sintesis DNA
dikatalisis oleh enzim
DNA polimerase dan
berlangsung dari arah
5 ke 3 (aktivitas
polimerase 5 ke 3)
Enzim menambahkan
nukleotida baru pada
ujung 3 dari untai
DNA yang sedang
tumbuh.
DNA merupakan untai ganda yang mempunyai
polaritas berbeda, karenanya proses replikasi
pada kedua untai dibagi menjadi :

Sintesa untai leading, terjadi secara kontinu

searah garpu replikasi
Sintesa untai lagging, terjadi secara
diskontinu dengan arah berlawanan garpu
replikasi. Fragmen DNA yang terbentuk
disebut fragmen okazaki
Kesalahan dalam replikasi
DNA polimerase melakukan sintesa DNA dengan
sangat akurat (tingkat kesalahan 1/107 bp)
A-T, G-C : stabil ()
G-T, C-A : tdk stabil (X)
Tapi, jika terjadi akumulasi kesalahan dapat
merusak/membunuh sel.
Koreksi kesalahan:
Dilakukan oleh DNA polimerase (aktivitas proofreading,
eksonuklease 3 ke 5)
DNA polimerase menghidrolisis ik. Fosfodiester yang baru
terbentuk dan memasukkan kembali nukleotida yang cocok.
 Protein yang terlibat dalam replikasi
Protein Fungsi

DNA polimerase Polimerisasi deoksinukleotida

Helikase Membuka DNA untai ganda

Topoisomerase Meringankan stress akibat
pembukaan untai ganda DNA
DNA primase Membuat primer, yang merupakan
RNA dengan panjang 10 nukleotida
Single-strand binding proteins Mencegah pembentukkan untai
(protein penstabil DNA) ganda dari DNA yang premature
DNA ligase Menyambungkan 2 fragmen
okazaki yang berdekatan
Transkripsi
DNA tidak mengarahkan sintesis protein secara
langsung,
DNA bertindak sebagai manager yang
mendelegasikan berbagai tugas kepada tim
pekerjanya
Jika sel memerlukan protein tertentu, gen yang
terdapat pada DNA kromosom akan dikopi
menjadi asam nukleat RNA.
RNA yang selanjutnya yang akan mengarahkan
sintesis protein
Setiap gen dapat diekspresi menjadi RNA dan
protein dengan efisiensi yang berbeda-beda
Transkripsi-replikasi
Persamaan:
Dalam prosesnya DNA harus terbuka dan
sebagian basa-basa DNA akan terekspos
kepermukaan
urutan nukleotida pada RNA ditentukan oleh
pasangan basa komplemen ribonukleotida
terhadap DNA templat
Transkripsi-replikasi
Perbedaan:
RNA tidak membentuk ikatan hidrogen dengan untai
DNA templat (produk untai tunggal)
RNA mempunyai panjang yang jauh lebih pendek
dibanding molekul DNA karena RNA dikopi dari daerah
tertentu
RNA polimerase dapat memulai reaksi polimerisasi
tanpa primer.
RNA polimerase tidak mempunyai aktifitas proofreading
sehingga RNA polimerase dapat membuat kesalahan
lebih sering daripada DNA polimerase, yaitu satu
nukleotida dalam 104 nukleotida yang dikopi menjadi
RNA
RNA polimerase
Dari Escherichia coli merupakan molekul yang
sangat besar (500 kd) dan terdiri dari empat
macam subunit.
Komposisi subunit pada enzim yang disebut
holoenzyme adalah 2.
Subunit akan mencari/mengenal promotor dan
membantu inisiasi sintesis RNA dan sigma ini
selanjutnya terdisosiasi dari enzim.
RNA polimerase tanpa subunit disebut core
enzyme
Fungsi RNA polimerase
1. Mencari tempat inisiasi DNA.
2. Membuka DNA heliks ganda untuk
menghasilkan templat DNA untai tunggal.
3. Memilih ribonukleotida yang cocok dan
mengkatalisis pembentukan ikatan fosfodiester
yang menghubungkan setiap nukleotida dan
membentuk kerangka gula-fosfat.
4. Mendeteksi signal terminasi yang
menspesifikasi tempat berakhirnya transkripsi.
5. Berinteraksi dengan protein aktivator dan
represor yang mengendalikan kecepatan
transkripsi.
Promotor
Promotor mempunyai kemampuan untuk
transkripsi berbeda-beda.
Promotor kuat dapat menyebabkan terjadinya
inisiasi lebih sering, misalnya setiap 2 detik.
Promotor yang sangat lemah ditranskripsi kurang
lebih setiap 10 menit.
Urutan promotor dapat berbeda untuk satu gen
dengan gen yang lain.
Urutan promotor mempengaruhi efisiensi
pengikatan terhadap RNA polimerase sehingga
mempengaruhi efisiensi transkripsi.
Beberapa jenis promotor
Tahapan transkripsi
Inisiasi
Daerah -35 diduga merupakan tempat pengenalan dimana
enzim dan DNA akan membentuk closed promoter complex
RNA polimerase akan meng-cover kurang lebih 60 pb DNA
heliks ganda.
Daerah -10 adalah tempat terjadinya melting (DNA
membuka ) (open promoter complex).
Transkripsi akan dimulai pada basa A/T (basa purin).
Setelah terbentuk kurang lebih 10 nukleotida, sigma akan
terdisosiasi dan core enzyme akan melakukan reaksi
perpanjangan
Tahapan transkripsi
Reaksi perpanjangan
Enzim bergerak sepanjang untai DNA untuk
melakukan reaksi perpanjangan DNA
Penambahan ribonukleotida terjadi pada ujung 3.
Kecepatan polimerisasi tidak konstan.
Kadang-kadang enzim bekerja lebih lambat,
berhenti dan kemudian dipercepat kembali.
Kecepatan polimerisasi rata-rata adalah 50
nukleotida/detik
Tahap inisiasi
dan reaksi
perpanjangan
pada sintesis
RNA
Tahapan transkripsi
Terminasi
Pada bakteri ada dua jenis cara terminasi, yaitu terminasi
yang tergantung pada faktor terminasi dan terminasi yang
tidak tergantung pada faktor
Urutan pada ujung 3suatu gen mempunyai dua bentuk
yang spesifik yaitu dua segmen simetris yang kaya dengan
basa GC yang dapat membentuk struktur stem-loop
Terminasi yang tergantung pada faktor terminasi lebih
jarang terjadi
menyebabkan terjadinya disosiasi RNA polimerase dari
DNA dan pelepasan RNA
Model terminasi transkripsi yang tidak tergantung faktor
(di E.Coli)
 RNA processing
Splicing
Capping

helps protect
mRNA from
ribonucleases
 Translasi (biosintesis protein)
Translasi merupakan
proses yang lebih
kompleks dibanding
transkripsi dan replikasi.
Translasi melibatkan
beberapa komponen,
yaitu mRNA, tRNA dan
ribosom
Kode genetik

DNA
protein: colinier
4 basa DNA, 20
asam amino
kodon triplet
Tahapan translasi
Aktivasi
Aktivasi tRNA dengan asam amino yang dikatalisis oleh
aminoasil tRNA sintetase.
Enzim aminoasil tRNA sintetase bekerja spesifik untuk
menjamin agar hanya asam amino yang tepat yang akan
diikat tRNA yang spesifik.
E. coli mempunyai kurang lebih 20 macam aminoasil
tRNA sintetase
Tahap-tahap reaksi aktivasi:
Asam amino diaktivasi oleh ATP membentuk amino asil
adenilat.
Pembentukan ikatan kovalen/ester antara amino asil
sdenilat dengan tRNA. Reaksi terjadi pada gugus
hidroksil pada posisi 2 atau 3.
Tahapan translasi
Inisiasi
Untuk memulai biosintesis protein diperlukan tiga protein
faktor inisiasi (IF-1, IF-2, IF-3; IF, initiation factor).
Pengikatan IF-3 pada ribosom sub unit 30S dibantu oleh IF-
1.
IF-2 mengikat molekul GTP dan membantu pengikatan
tRNA pemula (tRNAfmet ).
Pengikatan mRNA pada ribosom sub unit kecil 30S terjadi
melalui pembentukan pasangan basa antara urutan Shine-
Dalgarno (SD) dengan komplemennya yang terdapat pada
16S rRNA
SD biasanya merupakan daerah yang kaya dengan basa
purin pada mRNA, urutan SD terdapat kurang lebih 10
nukleotida sebelum kodon inisiasi metionin
Inisiasi
Setelah terjadi pengikatan mRNA dan tRNA pemula
mengenali kodon AUG yang mengkode metionin, IF-3
dilepaskan.
Selanjutnya, terjadi hidrolisis GTP menjadi GDP dan Pi,
pelepasan IF-2 dan IF-1, penggabungan ribosom sub unit
besar 50S.
Penggabungan sub unit 50S menghasilkan kompleks 70S
yang siap untuk menerima tRNA berikutnya.
Sub unit 50S mempunyai dua tempat untuk pengikatan
tRNA, yaitu peptidyl site (P) dan aminoacyl site (A). Exit site
(E) adalah tempat untuk tRNA yang sudah kosong .
Kodon inisiasi AUG mengikat tRNAfmet pada P site.
 Tahapan translasi
Perpanjangan Rantai Polipeptida
Asam amino dibawa oleh faktor perpanjangan EF-Tu ke A
site (EF, elongation factor)
terjadi pembentukan ikatan peptida antara tRNAaa1 pada P
site dengan tRNAaa1+n pada A site
aa pada P site dipindahkan ke aa pada A site
Dalam proses pemindahan tRNAaa pada A site ke P site
ribosom bergerak sepanjang mRNA dari arah 5 ke 3
sebanyak satu kodon
Proses perpanjangan berlangsung terus menerus sampai
ribosom menemukan kodon terminasi UAA, UAG dan UGA.
Tahap 1
Perpanjangan
Tahap 2 Tahap 3
 Tahapan translasi
Terminasi
Pada prokariot, protein yang berperan dalam terminasi
adalah RF-1, RF-2, dan RF-3 (RF, release factor)
RF-1 akan mengenal kodon UAA dan UAG, sedangkan RF-2
akan mengenal kodon UAA dan UGA.
RF-3 berperan dalam pengikatan dan hidrolisis GTP untuk
membantu proses pelepasan polipeptida dari ribosom.
Setelah RF-1 dan RF-2 terikat pada ribosom, peptidil
transferase akan menhidrolisis residu C-terminal rantai
polipeptida dari P site.
Selanjutnya terjadi pelepasan RF dan tRNA dari P site.
Ribosom 70S akan terdisosiasi menjadi 50S dan30S
Tugas
Resume tentang:
Kontrol transkripsi (di lac operon)
Max 1 hal A4
Paling lambat 30 oktober 2012 pkl
08.00