EKPRESI

GEN
LANJUTAN
Informasi Genetik
• Materi genetik, DNA, selalu dlm keadaan
aktif. Aktivitas ini berhubungan dengan
ekspresi gen dan juga aktivitas tambahan
spt replikasi, perbaikan dan rekombinasi.

Ekspresi gen berkaitan dgn proses

transkripsi dan translasi utk mensintesis
protein. Sedangkan proses replikasi,
perbaikan dan rekombinasi berkaitan dgn
perbanyakan terarah terhadap DNA yg ada
pd makhluk hidup
Replikasi
• Proses sintesis (biosintesis) asam nukleat, DNA
atau RNA.
• Merupakan reaksi kimia yg mencirikan proses
kehidupan.
• Melalui replikasi suatu senyawa kimia dapat
membentuk dan memperbanyak dirinya untuk
menghasilkan senyawa baru yg mirip dengan
dirinya.
• Berdasarkan pengamatan, ada 3 pola/cara
hipotetik replikasi:
• Pola semikonservatif
• Pola konservatif
• Pola dispersif
Komponen penting dlm replikasi

• DNA polimerase, yaitu enzim yg mengkatalisis

pemanjangan rantai nukleotida 1 dgn lainnya.
• Deoksiribonukleosida trifosfat, berupa dATP,
dTTP, dGTP, dCTP.
• Protein pembentang dan 20 protein enzim atau
replisoma (fungsi kompleks).
• DNA ligase yg mengkatalis reaksi
penyambungan fragmen-fragmen hasil
polimerisasi.
• DNA template (DNA induk utk sintesis DNA baru
primer).
 Replikasi DNA
Persyaratan dan model
replikasi DNA:
• Terdapat situs awal berupa titik
ORI (ori C, ori V, dan ori F)
• Utas ganda, asam nukleat harus
berada dlm bentuk utas ganda
• Mengikuti pola semikonservatif
• Sintesis DNA mempunyai arah
pertumbuhan 5-3
• Berjalan secara bertahap
Con’t…
• Titik ORI : origin of replication
• Utas ganda : bahwa implikasi genetik dari
heliks ganda memungkinkan pembentukan
DNA baru
• Semi konservatif : dlm pembentukan DNA baru
tdk kedua utas polinukleotida disintesis, hanya
1 yg disintesis sedangkan utasan yg lainnya
berasal dr molekul DNA terdahulu.

Ada 2 hal yg terpenuhi dgn pola semikonservatif

yaitu:
fungsi pewarisan dan fungsi pemeliharaan sifat
dr struktur DNA baru
Con’t…
• Arah pertumbuhan 5-3, molekul nukletida
dalam keadaan bebas akan berbentuk
nukleosida-trifosfat.

Dalam proses sintesis DNA, 2 nukleotida digabungkan 1

dgn yg lain dgn cara merangkaikan karbon gula kelima
(C5) yg mengandung fosfat dr 1 nukleotida kepada karbon
gula ketiga (C3) yg mengandung OH dr nukleotida lain,
membentuk ikatan 5-3 fosfodiester.

• Replikasi berjalan secara bertahap,

melalui pembentukan fragmen OKAZAKI
Percabangan pd replikasi

• Pada situs awal replikasi polimerase DNA

akan membuka pilinan heliks ganda
menjadi 2 utas tunggal.
• Dalam proses pembukaan ini akan
terbentuk struktru huruf Y, dgn 2 cabang
utas tunggal dan batang utas ganda.
• Berdasarkan aturan antiparalel dari utas-
utas heliks ganda DNA, maka pd
percabangan replikasi terdapat 2 cabang
yg berbeda ujungnya, yaitu ujung 3’OH
(cabang leading) dan ujung 5’P (cabang
lagging)
Tahapan penting proses replikasi DNA dan
enzim yg digunakan

1. Pengenalan situs awal replikasi, oleh 1

protein komponen polimerase DNA yakni
protein dnaA yg dihasilkan oleh gen dnaA.
2. Pembukaan pilinan heliks ganda menjadi
utasan tunggal dan membentuk
percabangan replikasi. Tiga protein dan
enzim yg berperan, yaitu: helikase, girase,
dan protein pelindung utas tunggal (PPUT).
3. Sintesis rantai polinukleotida baru,
dilaksanakan oleh 3 jenis enzim yaitu:
polimerase RNA (primase) utk proses
inisiasi, polimerase DNA utk perpanjangan
rantai DNA, dan ligase utk penyatuan
fragmen DNA.
 Replikasi RNA
• Replikasi RNA berlangsung
hanya dlm perbanyakan genom
virus, sedangkan pembentukan
RNA yg bukan genom virus
dilakukan melalui proses
transkripsi.
• Replikasi RNA dlm beberapa hal
mempunyai persamaan dgn
replikasi DNA, tapi juga terdapat
perbedaan yg cukup nyata.
• Replikasi RNA dikatalisis oleh
enzim replikase atau polimerase
RNA yg bergantung pd RNA
sebagai model.
Animasi replikasi DNA
TRANSKRIPSI
• Merupakan peristiwa penyalinan kode DNA dalam
bentuk RNA yg bertujuan untuk mensintesis protein.
• Proses transfer atau penerjemahan informasi genetik
dari ruas DNA (gen) ke dalam molekul RNA.
• Proses pembentukan rantai poliribonukleotida dari
berbagai monoribonukleotida:
• Melibatkan ruas DNA sebagai model cetakannya
• Dipandu oleh enzim transkriptase sebagai
katalisatornya.
• Transkriptase adalah polimerase RNA yg khusus
berperanan dalam proses transkripsi.
Con’t…
• Proses transkripsi menyerupai reaksi replikasi
namun ada perbedaan prinsip antara
keduanya.
“Pada proses replikasi seluruh urutan
nukleotida DNA digandakan seperti DNA
induk. Sedangkan pd proses transkripsi tdk
semua DNA ditranskripsi menjadi RNA, hanya
gen atau kelompok gen yg ditranskripsi”
• Reaksi polimerasi RNA berlangsung
mengikuti arah ribonukleosida 5’-trifosfat ke
ribonukleosida 3’-fosfat.
• Produk yg terbentuk dr proses ini adalah RNA
yg komplemen dgn salah satu rantai DNA
dupleks yg menjadi cetakan.
Con’t…
• Transkripsi DNA akan menghasilkan mRNA.
• Pd organisme eukariot, mRNA yg dihasilkan
tdk langsung dpt berfungsi dalam sintesis
polipeptida, sebab masih mengandung
segmen yg tdk berfungsi yg disebut intron.
Sedangkan segmen yg berfungsi utk
sintesis protein disebut ekson.
• Dalam nukleus tjd pematangan mRNA yaitu
dengan jalan melepaskan segmen intron
dan merangkaikan segmen ekson
membentuk 1 utas mRNA yg mengandung
sejumlah kodon utk penyusunan polipeptida.
• Rantai mRNA tsb dikenal sebagai sistron.
Con’t…
• Proses transkripsi membutuhkan:
• Rantai DNA tunggal sebagai cetakan
• RNA polimerase utk pemanjangan rantai RNA
• Ke-4 ribonukleosida 5’-rifosfat (ATP,GTP,UTP,
dan CTP)
• Berbagai enzim kompleks.
• Secara umum pada proses transkripsi
dikenal 3 peristiwa/tahapan penting:
1. Inisiasi
2. Elongasi
3. Terminasi
Transkripsi pd Prokariot
• Pada prokariot, transkripsi berlangsung melalui
3 tahapan utama, yaitu: inisiasi, elongasi,
terminasi.
1. Inisiasi Transkripsi
Terdapat 4 langkah inisiasi pada transkripsi:
• Pembentukan kompleks promoter tertutup, yaitu
RNA polimerase holoenzim menempel pd DNA
bagian promoter suatu gen.
• Pembentukan kompleks promoter terbuka, RNA
polimerase terikat secara kuat dan ikatan hidrogen
molekul DNA pd bagian promoter mulai terbuka
membentuk struktur terbuka.
• Penggabungan beberapa nukleotida awal (10
nukleotida)  membentuk struktur gelembung
transkripsi.
• Perubahan konformasi RNA polimerase karena
subunit s dilepaskan dari kompleks holoenzim.
Con’t…
2. Elongasi Transkripsi
• Pd bagian gelembung transkripsi, basa molekul RNA
membenuk hybrid dgn DNA cetakan sepanjang ± 12
nukleotida.
• Hybrid RNA-DNA sifatnya sementara, stlh RNA
polimerase berjalan, hybrid akan terlepas. Lalu
terjadi proses pemanjangan untaian RNA
(pemanjangan transkrip).
• Dalam pemanjangan transkrip, nukleotida
ditambahkan scr kovalen pd ujung 3’ molekul RNA
yg baru terbentuk. Pd proses ini terjadi
pembentukan ikatan fosfodiester antara nukleotida
RNA yg 1 dgn yg lain.
Con’t…
3. Terminasi Transkripsi
Terdapat 2 macam terminator transkripsi
pd prokariot, yaitu:
• Terminator yg tdk tergantung pd protein rho
pengakhiran transkripsi dilakukan tanpa melibatkan
protein khusus, melainkan ditentukan oleh adanya
suatu urutan nukleotida ttt.
• Terminator yg tergantung pd protein rho
pengakhiran transkripsi yg memerlukan faktor rho
hanya terjadi pd daerah jeda yg terletak pd jarak ttt
dr promoter.
Con’t…
Transkripsi pd Eukariot
• Mekanisme transkripsi eukariot scr umum serupa dgn
prokariot. Dimana diawali oleh proses penempelan
faktor transkripsi dan kompleks enzim RNA polimerase
pd daerah promoter.
• Namun, pd eukariot RNA polimerase tdk menempel scr
langsung pd DNA di daerah promoter melainkan melalui
perantara protein lain yg disebut faktor transkripsi (TF).
• TF dibedakan menjadi 2, yaitu:
• TF umum, mengarahkan RNA polimerase ke
promoter dan menghasilkan transkripsi pd level
dasar
• TF khusus, pengaturan transkripsi yg lebih
spesifikutk suatu gen
Con’t…
• Setelah TF umum dan RNA polimerase
menempel pd promoter, selanjutnya akan terjadi
pembentukan kompleks promoter terbuka.
Transkripsi dimulai pd titik awal transkripsi.
• Pd eukariot, tdp 3 kelas gen, yaitu:
• Gen kelas I
• Gen kelas II
• Gen kelas III
• Masing-masing kelas gen dikatalisis oleh RNA
polimerase dan faktor transkripsi yg berbeda.
Con’t…
TRANSLASI
• Merupakan proses sintesis polipeptida
spesifik berdasarkan sandi genetika pada
mRNA.
• Proses ini adalah bagian kedua dari
tahapan biosintesis protein setelah proses
transkripsi.
• Translasi melibatkan ribosom sebagai
tempat penggabungan asam-asam amino
menjadi polipeptida dan tRNA sebagai
pembawa asam amino ke ribosom dan
“penerjemah” sandi genetika mRNA.
Con’t…
• Proses penerjemahan informasi genetik yg
terdapat pada RNA ke dalam
polinukleotida.
• Penerjemahan polinukleotida mRNA
menjadi protein.
• Rantai polinukleotida mRNA membentuk
triplet nukleotida (kodon) untuk satu atau
beberapa asam amino
Kode Genetik
Penjelasan…
• Kodon UUU adalah:
• Basa pertama U
• Basa kedua U Fenilalanin
• Basa ketiga U (phe)
• Kodon UUG untuk leusin, kodon AUG
untuk metionin (atau titik awal translasi),
dan seterusnya dengan total kombinasi 64
kodon (43 = 64 dari jumlah monomer dan
3 dari jumlah kelompok).
Ciri kode genetik
1. Kode genetik adalah kode 3 angka. Setiap kodon mRNA yg
mengkode asam amino dalam rantai polipeptida
mengandung 3 nukleotida.
2. Kode genetik adalah kode yg bebas koma. mRNA dibaca
terus, 3 nukleotida (satu kodon) pada 1 waktu, tanpa
melompati nukleotida yg lain.
3. Kode genetik tidak tumpang tindih. mRNA dibaca dalam
kelompok berurutan 3 nukleotida. Artinya tiada 1 basa
tunggal pun yg dapat mengambil bagian dlm pembentukan
lebih dr 1 kodon.

Pesan AAGAAGAAG…dlm sel akan dibaca lisin-lisin bila

pembacaan dari AAG. Secara teori ada 3 kemungkinan
pembacaan urutan ini, tergantung dmn pembacaan dimulai,
yaitu AAG bila dimulai dr A pertama, AGA bila dimulai dari A
kedua, dan GAA bila kerangka baca mulai dr nukleotida G
Con’t…
4. Kode genetik bersifat degenerasi, pengecualian (AUG,
metionin dan UGG, triptofan), lebih dari 1 kodon
mengkode utk beberapa asam amino.
5. Kode genetik mempunyai signal mulai dan signal
berhenti. Signal mulai dan berhenti untuk sintesis protein
berada dlm kode genetik ini.
6. Kode genetik dpt mempunyai 2 arti, yaitu kodon yg
sama dpt memperinci lebih dari 1 asam amino.

Contoh:
Kodon UUU kode utk fenilalanin, tetapi bila ada
streptomisin dpt pula merupakan kode utk isoleusin, leusin
atau serin.
Con’t…
7. Kode genetik hampir universal, karena kode yg sama
berlaku utk semua makhluk hidup. Semua organisme
mempunyai bahasa genetik yg sama.

Misalnya:
Lisin mempunyai kode genetik AAA atau AAG dlm urutan
nukleotida mRNA semua organisme, arginin oleh CGU,
CGC, CGA, CGG, AGA dan AGG, dan seterusnya.
Meskipun demikian, kode genetik tsb tidak seluruhnya
universal (DNA mitokondria dr beberapa organisme
mempunyai sedikit perbedaan).
 Con’t…
• Umumnya, kode genetik DNA mitokondria identik dgn
kode genetik DNA inti. Namun ada sedikit perbedaan.
Perbedaan ini disebabkan oleh sedikitnya jumlah tRNA
yg dikode oleh DNA mitokondria.
• Diperkirakan hanya ada 22 jenis tRNA yg ada dlm
mitokondria. Sedangkan untuk translasi biasa
memerlukan 40 tRNA. Dlm banyak hal, basa pertama
dan kedua dlm 1 kodon berperan dlm proses seleksi
tRNA , sebaliknya pd basa ketiga tidak berperan.
Gambaran sintesis protein (transkripsi-
translasi)
TERIMA
KASIH