REPLIKASI DNA (ASAM

DEOKSIRIBONUKLEAT)
Pada akhir pembelahan mitosis, sel anak
mengandung jumlah DNA/kromosom sama
dengan sel induk. Hal ini karena sebelum
mitosis, yaitu pada interfase, sel induk sudah
mengadakan persiapan, dengan
menggandakan/replikasi DNA lebih dahulu.
1

REPLIKASI/PENGGANDAAN/
BIOSINTESIS DNA
Berlangsung secara semikonservatif
DNA: 2 rantai polimer nukleotida/polinukleotida.
Nukleotida penyusun DNA terdiri atas 4 varian yaitu:
-deoksi-adenosin mono fosfat (dAMP):
-deoksi-guanosin mono fosfat (dGMP),
-deoksi- timidin mono fosfat (dTMP)
-deoksi sitidin mono fosfat (dCMP).
Urut-urutan dan jumlah nukleotida tersebut pada setiap
spesies adalah berbeda.
Hasil akhir replikasi DNA berupa 2 molekul DNA anak yang
berbentuk pilin ganda, yang mengandung informasi genetik
yang persis sama dengan DNA induk.
Gambar: Struktur kimia rantai tunggal DNA
2

REPLIKASI/BIOSINTESIS DNA
Sebelum berlangsung replikasi DNA, pilin ganda DNA
dipudarkan dan kemudian ikatan hidrogen yang
menghubungkan pasangan basa nitrogen kedua rantai
polinukleotida diputuskan. Selanjutnya kedua rantai
polinukleotida induk berlaku sebagai cetakan untuk rantai
polinukleotida baru
Masing-masing rantai plinukleotida induk/cetakan dan
rantai polinukleotida baru kemudian bergabung, dan
terbentuklah 2 DNA anak; oleh karena itu setiap DNA anak
terdiri atas satu rantai polinukleotida lama/induk dan satu
rantai polinukleotida baru (semikonservatif)
Hasil dari replikasi DNA yang sudah menjadi 2 kali, yang
masing-masing persis sama dengan DNA induk akan
dibagikan dan diwariskan pada kedua sel anak melalui
pembelahan mitosis.
9

REPLIKASI/BIOSINTESIS DNA
Replikasi DNA berlangsung dalam akurasi yang tinggi,
dan dalam proses replikasi, pengkopian setiap
nukleotida dari seluruh genom hanya berlangsung satu
kali dalam satu siklus sel.
Replikasi DNA membutuhkan bantuan protein. Dari
hasil penelitian KORNBERG dkk diketahui tidak hanya
enzim DNA polimerase saja yang dibutuhkan, tetapi
ternyata lebih dari 20 protein dan enzim terlibat di
dalamnya. Kompleks protein dan enzim replikasi
tersebut dikenal dengan nama sistem replikasi DNA.
Atas keterlibatan enzim-enzim, replikasi DNA dapat
berangsung sangat cepat dan dalam akurasi yang
sangat tinggi.
10

UNSUR PENTING UNTUK

REPLIKASI DNA
1. Template/cetakan: DNA PARENT
2. Bahan pembangun: dATP, dGTP, dCTP, dTTP, ATP, GTP, CTP,
UTP
3. DNA polimerase/enzim KORNBERG
4. Enzim primase
5. Mg++
6. Enzim helikase
7. DBP (DNA binding protein)
8. Enzim topoisomerase
9. Enzim ligase
10. Enzim telomerase, dll
Mayoritas gen mengkode info untuk produksi rantai protein.
Protein: polimer asam amino yang terlibat dalam hampir seluruh
fungsi biologis.
11

TAHAP-TAHAP REPLIKASI DNA

1. Pengenalan sumber origin

2. Penetralan pilin ganda/helix per bagian
3. Fiksasi untai cetakan per bagian
4. Pembentukan garpu replikasi
5. Inisiasi untai nukleotida baru pada leading strand
6. Elongasi untai nukleotida baru pada leading strand
7. Inisiasi pada lagging strand
8. Pembentukan fragmen Okazaki dan elongasi
9. Pembentukan heliks/rewinding
10. Terminasi replikasi
Semua berlangsung sangat cepat dan akurat
12

PENGENALAN ORIGIN
REPLIKASI
R eplikasi DNA dimulai pada origin replikasi. Banyak
origin replikasi di sepanjang DNA.
Suatu kompleks protein berikatan dengan origin replikasi
untuk inisiasi replikasi DNA. DAN MENCEGAH
TERJADINYA REPLIKASI PADA TEMPAT LAIN, DAN
MENCEGAH REREPLIKASI.
INGAT, SATU SIKLUS SEL/SETIAP MITOSIS HANYA
SEKALI REPLIKASI, AGAR TIDAK TERJADI
POLIPLOIDI
Kecepatan replikasi DNA: 3000 nukleotida per menit.
Akurasi replikasi:> 99,98% Kesalahan walaupun sangat
jarang, dapat menyebabkan dan seringkali
mengakibatkan perubahan pasangan basa tunggal,
13

PENETRALAN PILIN ATAU

PUTARAN DNA
Helikase menetralkan pilin ganda DNA segmen demi
segmen.
Penetralan pilin ganda DNA dengan kecepatan 4500
putaran/menit
Agar penetralan pilin ganda dapat berlangsung segmen
demi segmen, kerja helikase ditahan dari arah
berlawanan oleh enzim lain (topoisomerase pada sel
eukariotik, dan girase pada sel prokariotik).
Ikatan hidrogen pada setiap pasang basa nitrogen dari
segmen DNA yang sudah lurus kemudian dipisahkan.
Pemisahan setiap pasang basa nitrogen membutuhkan
energi dari 2 ATP.
14

FIKSASI UNTAI
POLINUKLEOTIDA TEMPLATE
SEGERA SETELAH SEGMEN DNA PUDAR
PUTARANNYA DAN KEDUA UNTAI POLINUKLEOTIDA
SEGMEN TERPISAH, SEHINGGA TERBENTUK GARPU
REPLIKASI, DNA BINDING PROTEIN (DBP) MENGIKAT
SETIAP UNTAI NUKLEOTIDA YANG TERPISAH AGAR
UNTAI TIDAK BERTAUT KEMBALI
KEDUA UNTAI SEGMEN DNA SEKARANG MASINGMASING BERLAKU SEBAGAI CETAKAN UNTUK
PEMBENTUKAN UNTAI SEGMEN DNA BARU DALAM
REPLIKASI
SETIAP BASA NITROGEN (A,T,C,G) DALAM UNTAI
CETAKAN DALAM GARPU REPLIKASI SEKARANG
TEREKSPOS BAGI SISTEM REPLIKASI
15

INISIASI REPLIKASI DNA

SETELAH TERBENTUK GARPU REPLIKASI, MASINGMASING SEGMEN DNA/UNTAI POLINUKLEOTIDA
BERLAKU SEBAGAI CETAKAN UNTUK
SEGMEN/UNTAI NUKLEOTIDA BARU
PADA GAMBAR, UNTAI POLINUKLEOTIDA DI
SEBELAH KIRI PADA UJUNG 3 SEGERA
MEMBENTUK PASANGAN NUKLEOTIDA BARU
DENGAN BANTUAN ENZIM DNA POLIMERASE I,
MISALNYA A DARI ADENOSIN MONOFOSFAT
/NUKLEOTIDA DENGAN BASA NITROGEN A
MEMBENTUK PASANGAN DENGAN T DARI
GUANOSIN MONOFOSFAT
AKTIVITAS DNA POLIMERASE MEMBUTUHKAN
BANTUAN Mg++
16

ELONGASI
DNA POLIMERASE III SEGERA MENGKATALISIS
PENAMBAHAN NUKLEOTIDA-NUKLEOTIDA BARU
DENGAN ARAH 5->3.
DEMIKIAN SETERUSNYA, SEHINGGA AKHIRNYA
ELONGASI SAMPAI DI PANGKAL GARPU REPLIKASI
SEGMEN BARU/UNTAIAN POLINUKLEOTIDA BARU
SEKARANG DISEBUT LEADING STRAND.
PEMBENTUKAN LEADING STRAND INI SEGERA
DIIKUTI OLEH PEMBENTUKAN LAGGING STRAND.
YANG MERUPAKAN PASANGAN BARU UNTAI
NUKLEOTIDA CETAKAN DI SEBELAH KANAN
17

ELONGASI

PEMBENTUKAN UNTAI POLINUKLEOTIDA PADA LAGGING

STRAND DENGAN ARAH 5->3 INI TIDAK KONTINU,
BERLANGSUNG FRAGMEN DEMI FRAGMEN, DISEBUT
FRAGMEN OKAZAKI.
DIMULAI DENGAN PEMBENTUKAN PANGKAL YANG BERUPA
OLINUKLEOTIDA RNA/RNA PRIMER PADA SETIAP FRAGMEN
OKAZAKI DENGAN DIKATALISIS OLEH PRIMASE
PEMBENTUKAN PANGKAL DITERUSKAN DENGAN
PENAMBAHAN NUKLEOTIDA DNA DENGAN DIKATALISIS OLEH
DNA POLIMERASE III YANG DIBANTU OLEH Mg++. KEMUDIAN
DNA POLIMERASE I YANG MEMPUNYAI AKTIVITAS
EKSONUKLEASE MEMOTONG RNA PRIMER DAN DNA
POLIMERASE I MENGGANTIKANNYA DENGAN
DEOKSINUKLEOTIDA DENGAN ARAH 5->3.

18

ELONGASI
FRAGMEN-FRAGMEN OKAZAKI KEMUDIAN
DISAMBUNG DENGAN DIKATALISIS OLEH LIGASE.
PENGGA-BUNGAN INI MELALUI IKATAN
DIESTERFOSFAT ANTARA GUGUS HIDROKSIL-3
FRAGMEN OKAZAKI YANG SATU DENGAN GUGUS
FOSFAT-5 DARI FRAGMEN OKAZAKI YANG BARU.
PEMBENTUKAN IKATAN TERSEBUT MEMBUTUHKAN
ENERGI DARI ATP
PANJANG FR. OKAZAKI PADA BAKTERI 1000-2000
NUKLEOTIDA, & PADA EUKARIOTA 150-200
NUKLEOTIDA.
KECEPATAN PEMBENTUKAN NUKLEOTIDA PADA
BAKTERI 45.000 NUKLEOTIDA/MENIT, SEDANG PADA
EUKARIOTA 3600/MENIT.
19

REWINDING/PEMBENTUKAN
HELIKS KEMBALI
BILA REPLIKASI PER GARPU
REPLIKASI SUDAH SELESAI, MAKA
SEGERA KEDUA SEGMEN
DNAMEMBENTUK HELIKS KEMBALI
SECARA OTOMATIS TANPA
MEMERLUKAN ENERGI DAN ENZIM.

20

TERMINASI REPLIKASI DNA

BILA SELURUH DNA SUDAH BEREPLIKASI, MAKA
AKAN TERBENTUK 2 DNA ANAK YANG TERPISAH,
YANG PERSIS SAMA DENGAN DNA PARENT,
KARENA MASING-MASING DNA ANAK TERDIRI ATAS
SATUUNTAI POLINUKLEOTIDA PARENT DAN SATU
UNTAI NUKLEOTIDA BARU, KARENA REPLIKASI DNA
BERLANGSUNG SECARA SEMIKONSERVATIF.
JADI INFORMASI GENETIK YANG BERUPA URUTURUTAN NUKLEOTIDA DIPINDAHKAN KE DNA ANAK,
(UNTUK DITERUSKAN KE SEL ANAK PADA SAAT
MITOSIS) MELALUI REPLIKASI DNA.

21

KESIMPULAN
REPLIKASI DNA BERLANGSUNG DENGAN ARAH 5->3
GUGUS FOSFAT-5 DITAMBAHKAN PADA GUGUS OH3DARI DEOKSIRIBOSA
UNTAI PARENT 3 MENGHASILKAN LEADING STRAND
DENGAN UNTAI KONTINU
UNTAI PARENT PASANGAN MENGHASILKAN
LAGGING STRAND DENGAN BAGIAN-BAGIAN
PENDEK, DISEBUT FRAGMEN OKAZAKI.
RNA PRIMER DIGUNAKAN UNTUK INISIASI FRAGMEN
OKAZAKI
RNA PRIMER DIPOTONG/DIPINDAHKAN DAN
KEMUDIAN FRAGMEN-FRAGMEN OKAZAKI
DIHUBUNGKAN OLEH LIGASE
22

23

24

25

26

27

28

29

30

31

32

33

BISOSINTESIS RNA/
TRANSKRIPSI DNA->RNA
Ada perbedaan penting antara replikasi DNA dan
transkripsi DNA> RNA.
Pada replikasi DNA, seluruh DNA direplikasikan menjadi
2 DNA anak
Pada transkripsi DNA> RNA: bersifat selektif, tidak
seluruh DNA ditranskripsikan menjadi RNA. Hanya
gen/segmen DNA tertentu saja (yang akan berekspresi
menjadi protein saja) yang ditranskripsikan menjadi
RNA.
Tujuan transkripsiDNA> RNA adalah dalam rangka
mempersiapkan biosintesis protein atau translasi
RNA dibedakan menjadi 3 macam: mRNA, tRNA, rRNA
34

TRANSKRIPSI DNA>RNA
PADA SEL PROKARIOTIK TERJADI DI DALAM
NUKLEOID, SEDANGKAN PADA SEL EUKARIOTIK
TERJADI DI DALAM NUKLEUS.
DNA TEMPLATE MENGANDUNG SIGNAL START &
STOP
PROMOTER: MERUPAKAN TEMPAT PERTAMA KALI
RNA POLIMERASE BERIKATAN DENGAN DNA.
LOKASINYA SEBELUM TITIK INISIASI
RANTAI DNA YANG MEMBENTUK PASANGAN BARU
(RNA) ADALAH NON-SENSE STRAND
TERMINATOR PADA DNA BERUPA POLI-A, DAN PADA
RNA BERUPA POLI-U
35

RNA
Sesuai dengan fungsinya, RNA dibedakan menjadi 3
macam yaitu:
1. mRNA (messengerRNA) berfungsi sebagai kurir, atau
pembawa pesan. mRNA ini mengandung informasi
genetik yang berupa urut-urutan nukleotida yang persis
sama dengan gen yang akan diekspresikan menjadi
protein. mRNA ini berbentuk rantai tunggal memanjang.
2. tRNA (transfer RNA): berfungsi untuk membawa
asam-asam amino dari sitoplasma ke ribosom. tRNA
mengandung anti-kodon (komplemen kodon) (Gambar)
3. rRNA (ribosomal RNA): rRNA bersama-sama dengan
protein membentuk ribosom. Ribosom berfungsi
sebagai tempat untuk biosintesis protein.
36

TRANSKRIPSI DNA>RNA/
BIOSINTESIS RNA
Unsur yang diperlukan untuk transkripsi
DNA>RNA:
1. Segmen DNA: berfungsi sebagai template
2. ATP, GTP, CTP, UTP.
3. Enzim RNA polimerase
4. Mg++
5. Protein/faktor transkripsi

37

TAHAP TRANSKRIPSI RNA

*RNA polimerase bersatu dengan promoter
(sejumlah sequence nukleotida), kemudian di
tempat ini mulai terjadi pembukaan dsDNA.
*Salah satu strand dari segmen DNA yang sudah
terbuka (NONSENSE STRAND) dengan ujung 3
mulai membentuk pasangan nukleotida RNA
baru dengan ujung 5, dengan dikatalisis oleh
RNA polimerase, dan diaktifkan oleh Mg++

38

TAHAP TRANSKRIPSI RNA

2. Elongasi:
* RNA polimerase mengkatalisis polimerisasi
nukleotida RNA dengan cara menambahkan
nukleotida yang berkomplementer dengan
nukleotida template (nukleotida RNA baru) satu
demi satu, sementara itu pasangan nukleotida
DNA didepannya terbuka.
* Arah elongasi transkripsi: 5 > 3.
* Sementara itu dua strand dari segmen DNA yang
ditinggalkan oleh nukleotida baru akan segera
bertaut kembali dan membentuk pilin ganda
(rewind).
39

TAHAP TRANSKRIPSI RNA

3.Terminasi: Pada saat RNA polimerase berjumpa dengan
signal STOP dalam DNA template, yang berupa
sejumlah nukleotida dengan basa nitrogen AAAAAAAA,
maka transkripsi RNA berakhir dengan membentuk
rangkaian poli-U (UUUUUUUU), dengan bantuan faktor
rho.
* Karena yang menjadi cetakan RNA adalah NONSENSE
STRAND DNA, maka untaian nukleotida pasangannya
yang terbentuk, yang tidak lain adalah RNA baru,
mempunyai sequence nukleotida yang persis sama
dengan sequence SENSE STRAND ( sequence
nukleotida gen yang akan berekspresi). Jadi RNA baru
ini membawa informasi genetik yang persis sama
dengan informasi genetik segmen DNA (gen ybs).
40