Replikasi DNA

Replikasi DNA
Dr. YOHANNA SORONTOU,M.Kes

DNA Sebagai Materi Genetik
Materi genetik: substansi pembawa informasi
yang menentukan sifat yang diturunkan pada
suatu organisme
Sifat materi genetik:
mampu menyimpan informasi genetik
stabil dapat diduplikasi dan diteruskan
dapat mengalami perubahan evolusi
Frederick Griffith (1928)
Transformasi genetik pneumokokus
Pneumokokus tipe S (kapsul +) virulen
Pneumokokus tipe R (kapsul -) tidak virulen

Transformasi tipe R tipe S

Materi yang berperan pada transformasi?
Griffith - 1928
O.T. Avery, C.M. McLeod, M. McCarty (1944)
Materi yang berperan pada transformasi adalah DNA
Penelitian:
tipe II R koloni II R
DNA tipe III R koloni -
tipe II R + DNA tipe III S koloni III S
tipe II R + DNA tipe III S + RNase koloni III S
tipe II R + DNA tipe III S + DNase koloni -
tipe II R + DNA tipe III S + Protease koloni III S
Avery, McLeod, McCarty - 1944
Avery, McLeod, McCarty - 1944
A.D. Hershey & M. Chase (1952)
Informasi genetik pada bakteriofag T2 adalah DNA
Dasar penelitian: DNA P +, S
Protein P , S +
22P + E.coli 22P intra sel E.coli
T2
35S + E.coli 35S pada mantel sel E.coli
Materi genetik pada bakteriofag T2 adalah DNA bukan

protein
A.D. Hershey & M. Chase - 1952
Erwin Chargaff - 1947
Analisa komposisi DNA pada berbagai spesies
eukariota
Komposisi DNA (jumlah tiap-tiap basa
nukleotida ) bervariasi antar spesies
(species specific)
Pada tiap spesies, jumlah A = T dan jumlah
G = C Chargaffs Rule
Franklin 1953
Foto sinar-X dari DNA struktur heliks ganda
DNA
Watson & Crick 1953
Model struktur DNA
Replikasi DNA
Sebelum pembelahan sel seluruh molekul
DNA harus diduplikasi
Duplikasi suatu molekul DNA menjadi 2
molekul DNA disebut replikasi
Terdapat 3 model replikasi DNA:
1.Semikonservatif
2.Konservatif
3.Dispersif
Replikasi DNA
Replikasi DNA
M.S. Meselson & F.W. Stahl (1958)
E. coli medium yang mengandung isotop 15N
(isotop berat)
beberapa generasi
medium yang mengandung isotop 14N
(isotop ringan)

sentrifugasi gradien densitas
DNA ringan (14N) DNA berat (15N)

DNA hibrid
Meselson & Stahl 1958
Denaturasi & Renaturasi DNA
DNA dupleks dipanaskan pemisahan dan
perubahan sifat fisik DNA
Denaturasi peningkatan absorbans UV
DNA efek hiperkromik
Titik leleh (melting temperature = Tm)
suhu pada saat setengah dari
hiperkromasitas maksimum tercapai
Relative absorbance at 260 nm
Percent hyperchromicity
Kondisi yang dapat menyebabkan denaturasi:

suhu yang tinggi, konsentrasi garam yang
rendah, pH tinggi
Apabila suhu larutan DNA, yang terdenaturasi
oleh suhu tinggi, diturunkan sekitar 25 oC di
bawah Tm terjadi renaturasi dupleks
DNA annealing
Replikasi DNA
Mekanisme replikasi pada umumnya:
Kompleks duplikasi DNA berjalan
simultan dupleks DNA harus terpisah dan
mengalami unwinding
Berjalan dengan cepat
Akurat untuk menjamin integritas alur
penyampaian informasi genetik
Replikasi DNA
Replikasi DNA sirkular pada prokariota disebut
sebagai replikasi (membentuk struktur
seperti )
Struktur menunjukkan adanya pemisahan
untai DNA asal yang disertai sintesis DNA
komplementer membentuk DNA baru
Replikasi DNA
Replikasi DNA dimulai dari suatu tempat khusus
yang disebut origin of replications replikasi
berjalan ke dua arah menjauhi tempat inisiasi
gelembung replikasi
Replication origins:
Pada eukaryota: ratusan hingga ribuan
banyak gelembung replikasi
Pada prokariota: hanya satu satu
gelembung replikasi
Replikasi DNA
Percabangan pada gelembung replikasi disebut
garpu replikasi
Garpu replikasi tempat tumbuhnya DNA
baru
Replikasi DNA
Replikasi DNA
Tahap Elongasi
Arah replikasi: 5 3
DNA polimerase hanya dapat menambahkan
nukleotida pada ujung 3 untai DNA yang baru
perlu primer RNA
Replikasi DNA
Replikasi DNA
Replikasi DNA
Primer RNA
Mengawali sintesis DNA karena DNA polimerase
memerlukan ujung 3-OH bebas untuk
penambahan nukleotida
Panjang primer tergantung spesies berkisar 1-
60 nukleotida
Sintesis primer RNA dikatalisis oleh primase dan
RNA polimerase
Replikasi DNA
Primer RNA
Primase sintesis primer RNA pada lagging
strand
Primase & RNA polimerase bekerja sinergistik
sintesis primer RNA pada leading strand
Setelah sintesis DNA berjalan primer RNA
disingkirkan dan diganti dengan basa DNA oleh
DNA polimerase
Mengawali sintesis DNA dengan RNA
Replikasi DNA
Arah replikasi kedua untai DNA adalah searah
kedua untai DNA disintesis dengan cara yang
berbeda (semidiskontinu):
Leading strand: sintesis berjalan dari 5 3
secara kontinu sesuai arah garpu replikasi
Lagging strand: sintesis berjalan dari 5 3
secara diskontinu dengan cara back & fill
fragmen Okazaki
Replikasi DNA
Replikasi DNA
Fragmen Okazaki:
Pada E.coli: 1000-2000 nukleotida
Pada eukaryota: 100-200 nukleotida
Disambung oleh DNA ligase
Replikasi DNA
DNA ligase
Menyambung fragmen Okazaki
Mengkatalisis pembentukan ikatan fosfodiester
antara ujung 3-OH pada DNA yang satu
dengan ujung 5-P pada DNA yang lain
Perlu energi dari hidrolisis:
NAD+ NMN+ + AMP (pada E. coli)
ATP PPi + AMP (pada eukariota)
Replikasi DNA
DNA ligase
Membentuk ikatan fosfodiester
Replikasi DNA
DNA polimerase mengkatalisis sintesis untai
DNA yang baru
Komponen yang diperlukan untuk reaksi
polimerisasi:
dNTP (dATP, dCTP, dGTP, dTTP)
Mg2+
Primer RNA (ujung 3-OH bebas)
Cetakan (template) DNA
Replikasi DNA
Reaksi polimerisasi terjadi melalui serangan
nukleofilik ujung 3 terhadap atom P pada
nukleotida trifosfat
Pada saat nukleotida trifosfat ditambahkan
terlepas 2 molekul fosfat yang disertai energi
eksorgenik mendorong energi endorgenik
untuk pembentukan ikatan antar nukleotida
DNAn + dNTP DNAn+1 + PPi
Replikasi DNA
Replikasi DNA Prokariota
Tahap Inisiasi
Replikasi dimulai pada daerah OriC
Beberapa protein terlibat pada tahap inisiasi
replikasi
DnaA terikat pada situs 9 nt

OriC terbuka pada daerah AT-rich

pengikatan kompleks DnaB (helikase)-DnaC

unwinding DNA
(dipertahankan oleh SSBP)

pembentukan primer RNA

Replikasi DNA
Tahap Inisiasi
Tahap Inisiasi
Protein yang diperlukan pada inisiasi replikasi
DNA:
DnaA membuka heliks DNA pada OriC
DnaB (helikase) unwinding DNA
memerlukan ATP
Tahap Inisiasi
DnaB (helikase)
pd prokariota ada 2: helikase II (utk lagging
strand) & prot Rep (utk leading strand)
5 3
Protein Rep Helikase II
3 5
Leading Lagging
strand strand
Tahap Inisiasi
SSBP (single stranded binding protein)
mempertahankan DNA tetap dalam bentuk
untai tunggal
Tidak perlu ATP
5 3
Protein Rep Helikase II
SSBP
3 5
DnaC diperlukan untuk pengikatan DnaB
pada OriC
DnaG (primase) sintesis primer RNA
DNA girase (DNA topoisomerase II)
membentuk negative supercoiled DNA untuk
membebaskan tegangan torsional yang
disebabkan oleh aktivitas helikase
membantu proses unwinding berikutnya
Tahap Elongasi
Sintesis DNA dikatalisis oleh enzim DNA
Polimerase
Pada prokariota ditemukan 3 tipe DNA
polimerasi: DNA polimerase I, II dan III
Fragmen Okazaki disambung oleh DNA ligase
DNA Polimerase I
Diisolasi dari E.coli oleh Arthur Kornberg
(1957)
Merupakan rantai polipeptida tunggal
BM 103 kD
fragmen kecil fragmen besar (fragmen Klenow)
N C
Eksonuklease 53 Eksonuklease 35 Polimerase
DNA Polimerase I
Aktivitas:
Polimerase 5 3:
Penambahan basa yang komplementer
dengan cetakan
Mensintesis DNA 20 nukleotida
Kecepatan: 10 nukleotida/detik
Tingkat kesalahan 1 x 10-4
DNA Polimerase I
Aktivitas:
Proof reading: eksonuklease 3 5
Diaktifkan oleh nukleotida ujung 3 yang
tidak berpasangan
Hidrolisis oleh
eksonuklease 3 5
DNA Polimerase I
Aktivitas:
Proof reading: eksonuklease 3 5
Mencegah kesalahan selama proses
replikasi
Tingkat kesalahan 1 x 10-4
DNA Polimerase I
Aktivitas:
Koreksi kesalahan: eksonuklease 53
Memotong hingga 10 nukleotida dari
ujung 5
Berperan pada:
Sistem perbaikan DNA pada mutasi
akibat UV dan mutagen kimia
Pemotongan primer RNA
Hidrolisis oleh
eksonuklease 5 3
DNA Polimerase II
BM 90 kD
Aktivitas:
Polimerase
Eksonuklease 35
Lebih berperan pada perbaikan DNA
Kecepatan: 5-10 nukleotida/detik
DNA Polimerase III
Merupakan enzim untuk replikasi DNA
kromosomal
BM 900 kD
Merupakan suatu holoenzim, terdiri atas >10
subunit protein subunit , , sebagai core
enzyme
DNA Polimerase III
DNA Polimerase III
Aktivitas utama:
Polimerisasi
Subunit
Sintesis DNA hingga ribuan nukleotida
Eksonuklease 35
Subunit
Editor utama replikasi DNA ketelitian
replikasi meningkat hingga 200 kali
DNA Polimerase III
Aktivitas subunit lain:
Subunit partisipasi pd inisiasi replikasi
Subunit 2 molekul subunit ini
mencengkram DNA cetakan (clamp)
DNA Polimerase III
Aktivitas subunit lain:
Subunit , , , , , clamp loader
Subunit berperan pada interaksi
subunit dengan subunit lain
Koordinasi sintesis leading & lagging strand
2 molekul DNA polimerase III didekatkan
oleh subunit
Besar lengkung DNA bertambah saat sintesis
lagging strand
Setelah fragmen Okazaki selesai disintesis
DNA polimerase lagging strand dipindahkan
untuk mensintesis fragmen berikut
Lodish et al., Molecular Cell Biology, 4th edition

Tahap Terminasi
Pada lokus Ter (T) berseberangan dengan
OriC
Lokus Ter terdiri atas sekuens GTGTGTTGT
berikatan dengan protein Tus terminasi
sintesis DNA
Ikatan protein Tus Ter berinteraksi dengan
DnaB menghambat aktivitas helikase DnaB
Tahap Terminasi
Replikasi searah jarum jam: melalui Ter E, Ter D,
Ter A dan berhenti pada Ter C atau Ter B atau
Ter F
Replikasi berlawanan arah jarum jam: melalui
Ter F, Ter B, Ter C dan berhenti pada Ter A atau
Ter D atau Ter E
Tahap Terminasi
Replikasi DNA Eukariota
Siklus sel terbagi menjadi 4 fase: fase M, fase G1,
fase S, fase G2
Replikasi DNA eukariota berlangsung pada fase S
siklus sel sebelum pembelahan sel pada fase
M
Tahap Inisiasi
Replication origin pada eukariota: ARS
(autonomously replicating sequence) terdiri
atas 100-200 bp mengandung sekuens
kaya-AT
Protein Origin Recognition Complex (ORC)
analog DnaA pada E. coli berikatan dengan
ARS
Tahap Elongasi
Ada 5 tipe DNA polimerase pada eukariota:
DNA polimerase , , , dan
Sintesis leading dan lagging strand dilakukan
oleh enzim polimerase yang berbeda
DNA polimerase
Terdapat di nukleus; > 250 kD
Aktivitas:
Replikasi DNA 53
Sintesis 100-200 nukleotida lagging
strand
Primase
Sintesis primer RNA: 5-15 nukleotida
DNA polimerase
Terdapat di nukleus; 170 kD
Aktivitas:
Replikasi DNA 53
Replikasi seluruh cetakan DNA sintesis
leading strand
Eksonuklease 35
Aktivitas proofread
DNA polimerase
Terdapat di nukleus; 256 kD
Aktivitas:
Replikasi DNA 53
Tidak membentuk kompleks dengan PCNA
Berperan pada perbaikan DNA dan sintesis
DNA pada celah antar fragmen Okazaki
DNA polimerase
Aktivitas:
Eksonuklease 35
Aktivitas proofread utama
Eksonuklease 53
Berperan pada perbaikan kerusakan DNA
akibat radiasi UV
DNA polimerase
Polimerase yang paling kecil (36-38 kD)
Fungsi: untuk perbaikan DNA
DNA polimerase
Terdapat di mitokondria; 160-200 kD
Fungsi: replikasi DNA mitokondria
DNA polimerase
Sintesis leading strand mendahului sintesis
lagging strand setelah sintesis leading
strand mencapai 2/3 dari kromosom
mitokondria cetakan lagging strand
terpapar mulai bereplikasi dengan arah
yang berlawanan
Leading strand menggantikan cetakan untuk
lagging strand D-loop
Replikasi DNA mitokondria
PCNA
Merupakan protein trimerik
Hanya terdapat pada nukleus sel yang
berproliferasi
Berperan sebagai clamp kompleks DNA
polimerase - PCNA sintesis leading strand
Analog subunit DNA polimerase III pada
E.coli
RNase H1 & FEN (Flap Endonuclease-1)
RNase H1 memotong primer RNA
meninggalkan ribonukleotida pada ujung 5 di
dekat DNA disingkirkan oleh FEN
Celah yang terbentuk akan diisi oleh DNA
polimerase
Replication factor C (RFC)
Berikatan dengan DNA polimerase
Membantu asosiasi DNA dengan PCNA
Replication factor A (RFA) = Replication protein

A (RPA)
Analog SSBP pada replikasi DNA prokariota
Kromosom linier menimbulkan masalah pada
akhir replikasi (end replication problem):
lagging strand tidak dapat lengkap disintesis
kromosom menjadi semakin pendek setelah
setiap kali replikasi

Dapat diatasi dengan telomer
Pada akhir replikasi terdapat celah (gap) pada
ujung lagging strand setelah primer RNA
disingkirkan
Untuk mengatasi masalah ini sel eukariota
mereplikasi ujung kromosomnya disebut
telomer
Telomer
Mengandung sekuens berulang pada
manusia: 5-TTAGGG-3
Disintesis oleh telomerase
Telomerase
Merupakan reverse transcriptase
Mengandung komponen protein dan RNA
RNA berfungsi sebagai cetakan
Penambahan telomer mengimbangi
pemendekan kromosom akibat replikasi
Telomere binding protein melindungi ujung
kromosom dari nuklease
TERIMA KASIH

Replikasi DNA

Diunggah oleh

Informasi Dokumen

Deskripsi Asli:

Hak Cipta

Format Tersedia

Bagikan dokumen Ini

Bagikan atau Tanam Dokumen

Opsi Berbagi

Apakah menurut Anda dokumen ini bermanfaat?

Apakah konten ini tidak pantas?

Hak Cipta:

Format Tersedia

Replikasi DNA

Diunggah oleh

Hak Cipta:

Format Tersedia

Replikasi DNA

Dr. YOHANNA SORONTOU,M.Kes

Materi genetik pada bakteriofag T2 adalah DNA bukan

DNA ringan (14N) DNA berat (15N)

Kondisi yang dapat menyebabkan denaturasi:

Protein Rep Helikase II

Protein Rep Helikase II

Lodish et al., Molecular Cell Biology, 4th edition

Replication factor A (RFA) = Replication protein

Anda mungkin juga menyukai