ASAM NUKLEAT,

REPLIKASI DNA, DAN

SINTESIS PROTEIN
 I. Asam Nukleat
Asam Nukleat terdiri dari : nukleotida yang
berisi basa, gula, dan fosfat ( PO4 ).
Basa

PO4
Gula

Nukleoside
 Basa- Basa tersebut, adalah :
O
NH2
H CH3
N N
N

N O N
N
H H
adenine (A) thymine (T)
O NH2 O
H N CH3 H CH3
N N N

NH2 N N O N O N
H H H
guanine (G) cytosine (C) uracil (U)
PURIN PIRIMIDIN
 Struktur Asam Nukleat
Polimer dari 4 nukleotid yang saling
dihubungkan dengan ikatan gula-
phospat.
RNA: ribose and A, G, C, U
DNA: deoxyribose and A,G,C,T
basa basa basa basa

gula P gula P gula P gula

P
 Gula- gula tersebut adalah :
HOCH2 O OH HOCH2 O OH

OH OH OH (no O)

ribose deoxyribose
 DNA Double Helix
DNA terdiri dari 2 pita
nucleotida
Ikatan H menghubungungkan 2
pita tersebut dalam struktur
double helix.
H
Struktur helix berbentuk
seperti spiral. Basa selalu H

berpasangan dalam bentuk A-T H

dan G-C. ( Chargaffs rule ) H

2 pita DNA tersebut : anti- H

parallel, mereka berjalan dalam H

arah yang berbeda.

H
 Chargaffs Rule
Adenine berpasangan dg. T A
Thymine
Guanine berpasangan dg. C
G
Cytosine
Jumlah kedua pasangan
tersebut sama .
 Question:
Bila terdapat 30% Adenine, Berapa
banyak Cytosine yang ada ?
 Sejarah DNA
Awal 1900-an , ilmuwan mengetahui bahwa
kromosom , terdiri atas DNA dan protein, yang berisi
informasi genetik.

Pada tahun 1940-an, beraneka penelitian

memperlihatkan bahwa DNA adalah materi genetik.

Pada tahun 1950-an, struktur DNA ditemukan.

 Penelitian Mengenai DNA sebagai
materi genetik yang diturunkan :
Dilakukan oleh Alfred
Hersey dan
MarthaChase pd tahun
1953.

Check this out !!

 Question:
Kapan dan dimana Replikasi DNA terjadi ?
 Replikasi DNA
Terjadi pada saat sel
akan membelah,
Check this out !!
 Replikasi DNA bersifat : semi-konservativ.
(Meselson-Stahl, 1958).
Replikasi membutuhkan DNA polymerase, a
template (cetakan ), primer and 4 nucleotida dan
berjalan pada arah 5 to 3 (Kornberg, 1957).
Replikasi bersifat semi-discontinuous (continuous
pd. on pita laju /leading strand ) dan discontinuous
pd. Pita terputus/ lagging strand) dan membutuhkan
RNA primer (Okazakis, 1968).
Sintesis pada Pita terputus/Lagging strand
melibatkan fragmen Okazaki .
 Replikasi adalah Sebuah Proses
1. Pita spiral ganda DNA terpisah.

2. Pertautan molekul yang

terpisah masing2 menjadi
garpu replikasi/cetakan
replikasi.

3. Pita baru terbentuk

berpasangan dengan pita
lama.

4. 2 molekul baru terbentuk Setiap

molekul terdiri dari pita DNA
lama dan baru.
Proses Replikasi DNA

5 3

3 5
 Pemisahan Pita:
1. Helicase: enzim yang mengkaltalisasi pemisahan dan
perubahan spiral double-helix ( merusak ikatan H ).
2. Single-Strand Binding Proteins: Protein yang
melekat pada pita yang telah terpisah untuk
mempertahankan bentuk pita yang terpisah .
DNA chain growth
5 3

Helicase

SSB
3 5
3.Topoisomerase: enzim yang melepaskan
lilitan pada molekul DNA dengan
melakukan rotasi bebas pada pita tunggal .

Enzyme Enzyme

DNA
 Permulaan/Priming:
1. RNA primers: Sebelum pita DNA baru dapat
dibentuk, terlebih dulu dibentuk RNA primer agar
penambahan nukleotida baru oleh DNA Polymerase
dapat dilakukan.
2. Primase: Enzim yang mensintesis RNA primer.

5 3

RNA
5
DNA Polymerase III Primer
Nucleotide
 Synthesis of the new DNA Strands:
1. DNA Polymerase III: berfungsi mengkatalisasi
sintesis pita DNA baru dengan arah 5 3 , setelah
terbentuk RNA primer.
2. DNA Polymerase I : Berfungsi menghilangkan RNA
Primer setelah terbentuk segmen pita baru.
3. Leading Strand/Pita Laju: Mensintesis polymer
tunggal dengan arah 5 3 .

5 3

5
RNA
Nucleotides DNA Polymerase III Primer

DNA Polymerase I
3.Lagging Strand/Pita terputus: sintesis juga
berlaku dengan arah 5 3 , akan tetapi
bergerak diskontinyu melawan arah replikasi
keseluruhan.
Leading Strand
5 3

3 5
DNA Polymerase RNA Primer
5 3

3 5
Lagging Strand
4.Okazaki Fragments: susunan segment pendek
pada lagging strand/pita terputus.

DNA
Polymerase III

RNA
Primer
Okazaki Fragment
5 3

3 5
Lagging Strand
5. DNA ligase: enzim yang berfungsi
menghubungkan formasi yang terputus,
dari ujung 3 5
Example: joining two Okazaki fragments
together.

DNA ligase
Okazaki Fragment 1 Okazaki Fragment 2
5 3

3 Lagging Strand
5
CHECK THIS OUT !!!!!
1. REPLIKASI DNA 1
2. REPLIKASI DNA 2
 Question:
What would be the complementary DNA
strand for the following DNA sequence?

DNA 5-GCGTATG-3
 III. SINTESIS PROTEIN
The production (synthesis) of proteins.
3 phases:
1. Transcription
2. RNA processing
3. Translation
Remember: DNA RNA Protein
DOGMA SENTRAL BIOLOGI
MOLEKULER
 DNA RNA Protein
Nuclear
DNA membrane Eukaryotic
Transcription
Pre-mRNA
Cell
RNA Processing
mRNA
DNA
Ribosome
Translation
Transcription
Protein
mRNA

Ribosome

Translation
Prokaryotic Cell
Protein
 Question:
Bagaimana perbedaan RNA (ribonucleic
acid) dibanding DNA (deoxyribonucleic
acid)?
 RNA berbeda dengan DNA
1.RNA mempunyai gula ribose
DNA mempunyai gula deoxyribose

2.RNA berisi uracil (U)

DNA mempunyai thymine (T)

3.RNA molekul pita tunggal/ single-stranded

DNA molekul pita ganda/double-stranded
 PROSES SINTESIS PROTEIN :
1. Transcription
Transfer informasi di dalam nukleus dari molekul
DNA menjadi molekul RNA.
Hanya 1 pita DNA yang berfungsi sebagai
template/cetakan.
Mulai pada promoter DNA (TATA box)
Berakhir pada terminator DNA (stop)
Ketika selesai, molekul pre-RNA dilepaskan.
 Question:
What is the enzyme responsible for the
production of the RNA molecule?
 Answer: RNA Polymerase
Memisahkan molekul DNA dengan memutus
ikatan H diantara basa.

Kemudian bergerak di sepanjang pita DNA

dan menghubungkan nukleotida RNA
bersama2.
 CHECK THIS OUT !!

DNA

RNA Polymerase

pre-mRNA
 Question:
Bagaimana hasil transkripsi RNA dari
DNA di bawah ini ???

DNA 5-GCGTATG-3
 Answer:

DNA 5-GCGTATG-3
RNA 3-CGCAUAC-5
2. RNA Processing
Pematangan molekul pre-RNA .

Terjadi di dalam nukleus.

Introns dihilangkan oleh splicesome-enzyme ,

sehingga exon. dapat menyatu.
Produk akhir adalah molekul RNA yang matur
yang meninggalkan nukleus menuju sitoplasma.
 CHECK THIS OUT !!!!
pre-RNA molecule
exon intron exon intron exon

intron intron

exon exon exon

splicesome splicesome

exo exon exon

n
Mature RNA molecule
 TIPE-TIPE RNA
3 TIPE RNA:
A. messenger RNA (mRNA)
B. transfer RNA (tRNA)
C. ribosome RNA (rRNA)

Remember: all produced in the nucleus!

A. Messenger RNA (mRNA)
Membawa informasi untuk protein spesifik..
Terdiri dari 500 1000 nukleotida.
Membentuk kodon (sequence of three
bases: AUG - methionine).
Setiap kodon spesifik untuk sebuah asam
amino.
 start
codon

mRNA A U G G G C U C C A U C G G C G C A U A A

codon 1 codon 2 codon 3 codon 4 codon 5 codon 6 codon 7

stop
protein methionine glycine serine isoleucine glycine alanine codon

Primary structure of a protein

aa1 aa2 aa3 aa4 aa5 aa6

peptide bonds
B. Transfer RNA (tRNA)
Terdiri dari 75 80 nukleotida.

Mengambil asam amino yang cocok yang terdapat

pada sitoplasma , mempergunakan amino acid

activating enzyme.

Transports asam amino ke mRNA.

Mempunyai anticodons yang sesuai/berpasangan
dengan kodon pada mRNA.
Mengenali kodon yang cocok pada mRNA dan
mengikatkan diri pada ikatan H.
amino acid
attachment site methionine amino acid

U A C
anticodon
C. Ribosomal RNA (rRNA)
Terdiri dari 100 3000 nukleotida..

Komponen struktur yang penting pada ribosom

.
Bergabung dengan protein untuk membentuk
ribosom.
 Ribosomes
Terdiri dari subunit besar dan kecil.
Terdiri dari rRNA (40%) and proteins (60%).
Kedua unit bersama2 membantu pengikatan mRNA
dan tRNA..
Menyediakan 2 sisi untuk tRNA :
a. P site (first and last tRNA will attach)
b. A site
Large
subunit
P A
Site Site

mRNA
A U G C U A C U U C G

Small subunit
3. Translation
Sintesis protein di dalam sitoplasma.

Melibatkan di bawah ini :

1. mRNA (codons)
2. tRNA (anticodons)
3. rRNA
4. ribosomes
5. amino acids
3 bagian :

1. initiation: start codon (AUG)

2. elongation:
3. termination: stop codon (UAG)
 Lets make a PROTEIN!!!!.
 Initiation
aa2
aa1

2-tRNA
1-tRNA
G A U
anticodon U A C
hydrogen A U G C U A C U U C G A
bonds codon mRNA
 Elongation
peptide bond
aa3
aa1 aa2

3-tRNA

1-tRNA 2-tRNA G A A
anticodon U A C G A U
hydrogen A U G C U A C U U C G A
bonds codon mRNA
 aa1 peptide bond
aa3
aa2

1-tRNA

U A C 3-tRNA
(leaves)
2-tRNA G A A

G A U
A U G C U A C U U C G A
mRNA

Ribosomes move over one codon

 peptide bonds
aa1 aa4

aa2 aa3

4-tRNA

2-tRNA 3-tRNA G C U

G A U G A A
A U G C U A C U U C G A A C U
mRNA
 aa5
aa4 aa199 Termination
aa3 primary aa200
structure
aa2 of a protein

aa1
terminator
200-tRNA
or stop
codon
A C U C A U G U U U A G
mRNA
 End Product
The end products of protein synthesis is a
Struktur primer protein.

Sekuuen asam amino diikat bersama dengan

ikatan peptida.
aa5
aa3 aa4
aa2 aa199

aa1 aa200
 Polyribosome
Groups of ribosomes reading same mRNA
simultaneously producing many proteins
(polypeptides).

incoming
large
subunit

1 2 3 4 5 6 7
mRNA

incoming
small subunit polypeptide
 Question:
anticodon UAC dimiliki oleh tRNA yang
mengenali dan mengikat asama amino
tertentu.

Apakah kode basa DNA untuk asam amino

ini ???
 Answer:
tRNA - UAC (anticodon)
mRNA - AUG (codon)
DNA - TAC
THATS ALL FALKS!!!