REPLIKASI, TRANSKRIPSI DAN ALIRAN

INFORMASI GENETIK
*Didalam sel  dalam
jalin ganda (double helix)
*Dimana gugus fosfat
berada di luar dan basa
nitrogennya di dalam
*Jalin ganda yg terbentuk
bersifat anti parallel  ?
*Susunan basa nitrogen pada
jalin ganda DNA  tidak random

Guanin (G) – Sitosin (C)

Adenin (A) - Timin (T)

Antara basa nitrogen satu

dengan yang lain dihubungkan
dengan ikatan hidrogen

*Watson and Crick : replikasi 

sangat mungkin untuk suatu DNA
diperbanyak dg informasi yg
sama
* DNA di dalam sel
ditemukan  3 bntk
utama
*Bentuk B
*Bentuk A
*Bentuk Z

Perbedaanya ?
 transkripsi translasi
DNA RNA Protein

Replikasi

RNA terdiri atas : mRNA (mesenger RNA)(5%)

rRNA (ribosomal RNA) (70%)
t RNA ( transfer RNA
DNA/ RNA dapat diisolasi/ dipurifikasi dari organisme

DNA Strand
Double Helix
Supercoiled DNA Strand
DNA Strand

Chromosome
 STRUKTUR DNA
*DNA merupakan makromolekul: yaitu molekul besar yang tersusun
dari molekul yang lebih kecil
*DNA tersusun dari dua utasan yang berpilin (heliks ganda)
*Setiap utasan DNA merupakan rantai polinukleotida (rangkaian
nukleotida)
*Satu nukleotida tersusun dari gula, basa dan fosfat
Polinukleotida

(OH)

(ribose)

Nukleotida
 Nukleotida

(OH)

(ribose)

C1 dari pentosa berikatan dengan Basa Nitrogen

C5 dari pentosa berikatan dengan gugus fosfat
C2 dari pentosa menjadi pembeda antara DNA & RNA
C3 dari pentosa sebagai tempat pengikatan dengan nukleotida lain
 Nukleotida
Gula & fosfat sama
Dibedakan oleh basa N  urutan nukleotida = urutan basa N
Basa Nitrogen
Purin (Pu): A & G
Pirimidin (Py): T (U) & C
Perpasangan nukleotida
Adenin (A) berpasangan
dengan Timin (T) dengan
dua ikatan hidrogen

Guanin (G) berpasangan

dengan Citosin (C) dengan
tiga ikatan hidrogen
 Replikasi DNA

*REPLIKASI adalah perbanyakan diri

menghasilkan produk baru yang sama
dengan dirinya

*Pada tingkat molekul kimia hanya DNA

yang dapat melakukan replikasi (dengan
pengecualian RNA genom virus)

5’--AGCTTCTAGCATAGATACAGCTA--3’
3’--TCGAAGATCGTATCTATGTCGAT--5’
 REPLIKASI DNA & REPRODUKSI SEL

Mitosis
Replikasi G2
DNA 4j
S 6j
M 1j

G1 11j

• Replikasi DNA akan dilakukan sebelum sel membelah diri

 Sintesis asam nukleat

Transkripsi
DNA RNA
Transkripsi balik
Replikasi DNA Replikasi RNA

Butuh rantai polinukleotida sebagai cetakan

DNA  replikasi, transkripsi
RNA  replikasi, transkripsi balik
Butuh enzim katalisator
DNA polimerase  replikasi DNA
RNA polimerase  transkripsi dari DNA ke RNA
Transkriptase balik (reverse transcriptase)  transkripsi
dari RNA ke DNA
 * Replikasi

Syarat DNA untuk dapat diperbanyak melalui replikasi

Ori (titik asal replikasi)
Ori C (kromosom E.coli)
Ori V (replikasi plasmid F)
Ori T (replikasi plasmid F untuk ditransfer)
Utas ganda
Replikon: asam nukleat yang mampu melakukan
replikasi
 * Sintesis DNA
Gugus P pada C5 dirangkaikan dengan gugus OH pada C3
Kesalahan dikoreksi dengan membuang nukleotida 
eksonuklease
•eksonuklease 5-3 (memotong ujung 5)
•eksonuklease 3-5 (memotong ujung 3)
•DNA polimerase mempunyai kedua aktivitas
•Menghasilkan ujung OH (C3 dan C5)
•Pembuangan OH di C5 butuh energi ATP
* MODEL REPLIKASI DNA

*Konservatif
*Semikonservatif
*Dispersif
Hipotesis Replikasi DNA oleh Watson dan Crick
*
 * REPLIKASI DNA

*Pola semikonservatif
Setiap sintesis utas ganda DNA hanya satu utas yang dibentuk baru
sedangkan yang lain berasal dari utas lama
*Dimulai dari titik asal replikasi (ori)
Hanya DNA yang mempunyai titik ori (origin of replication) yang dapat
bereplikasi
*Sintesis DNA bergerak dwiarah atau uniarah dengan
pertumbuhan 5-3
*DNA disintesis mulai dari titik Ori ke dua arah
*Nukleotida baru ditambahkan pada ujung 3’OH
*Replikasi berjalan secara bertahap (fragmen Okazaki)
Replikasi berjalan secara bertahap (3 tahap)
1. Pengenalan titik asal replikasi (ori)
•Oleh DnaA dari DNA polimerase
2. Pengudaran pilinan heliks ganda
•Helikase: mengudar pilinan dengan menghilangkan
ikatan H dan memisahkan kedua utas DNA (oleh Rep
pada E. coli)
•Rep (E.coli) oleh rep
•Helikase I (plasmid F) oleh traI
•Helikase II oleh uvrD
•Helikase III
•Girase: menghilangkan tegangan (membuka pilinan
ke arah berlawanan dari pilinan  kiri)
•subunit A (gyrA) dan subunit B (gyrB)
•SSBP: melindungi utas tunggal DNA dari renaturasi
dan dari degradasi oleh nuklease, mencegah
transkripsi
3. Sintesis nukleotida baru
Inisiasi
RNA primer (RNA pol: rpo; primase: dnaG)
Primosom (praprimosom+primase)
 Perpanjangan rantai polinukleotida
DNA pol (I, II, III): polimerase & eksonuklase
DNA pol I eksonuklease 5-3 & 3-5
DNA pol III  eksonuklease 3-5
eksonuklease 3-5  ketelitian
eksonuklease 5-3  membersihkan RNA
primer
•DNA pol III: enzim inti + holoenzim (celah lebar
dari RNA primer)
•Enzim inti: 3 sub unit (celah sempit)
e (dnaE = polC): polimerisasi (ketelitian)
E (dnaQ): kontrol ketelitian polimerisasi
Q
 • Holoenzim: 4 sub unit
b (dnaN)
g (dnaZ)
d (dnaX)
hasil dnaX-Z
• DNA pol I (polA)
mengganti DNA pol III
mengisi celah di antara fragmen okazaki
membuang RNA primer
Penyambungan fragmen okazaki
• ligase (lig)
• energi: NAD (E.coli), ATP (fage & mamalia)
REPLIKASI DNA
* Dimulai dari Ori
* Hanya DNA yang mempunyai titik Ori yang dapat bereplikasi
* Titik Ori adalah runtunan basa yang menjadi tanda (signal)
bagi DNA polimerase untuk memulai replikasi
* Pada E. coli ada satu protein (DnaA) yang berfungsi
mengenali titik Ori pada proses replikasi
* DNA dari spesies asing dapat bereplikasi pada suatu sel
spesies yang lain hanya bila DNA polimerase dari sel tersebut
dapat mengenali Ori dari DNA spesies asing
* Jumlah Ori dalam suatu DNA beragam
*Kromosom bakteri : 1 (satu)
*Kromosom eukariot : banyak
*Plasmid F : Ori-T dan Ori-V
* TITIK ORI PADA PROSES REPLIKASI

Ori

Eukariot

Bakteri
* PROTEIN DAN ENZIM YANG TERLIBAT DALAM
PROSES REPLIKASI DNA

1. Pengudaran Heliks Ganda

*Helikase : Berfungsi mengudar heliks ganda
*Girase : Menghilangkan tegangan pada pangkal
percabangan replikasi
*Protein SSB : Mencegah utas tunggal bergabung
membentuk kembali heliks ganda
2. Sintesis Utas Baru
*RNA Polimerase: Sintesis RNA primer
*DNA Polimerase III: Sintesis perpanjangan utas DNA
baru
*DNA Polimerase I: Pengisian celah antara dua fragmen
Okazaki dan membuang RNA primer
*Ligase: menyambung dua fragmen Okazaki
* MODEL REPLIKASI KROMOSOM BAKTERI
Ori-tunggal, Dwiarah atau Uni-arah
Ori
Ori
Ori Ori Ori

Dwiarah
Ori
Ori

Ori
Ori Ori
Ori
Ori

Uniarah
* MODEL REPLIKASI KROMOSOM EUKARIOT
(Dwiarah, Ori-ganda)
* SISTEM KOREKSI DALAM REPLIKASI
DNA
1. Sistem pembacaan ulang oleh DNA Polimerase,
saat replikasi
*DNA Polimerase (Bakteri) mempunyai kemampuan
aktivitas eksonuklease 3-5 yang berfungsi
membuang nukleotida yang salah pada saat
replikasi

2. Sistem koreksi pasca replikasi

*Setelah replikasi selesai terdapat protein/enzim
yang dapat mengenali pasangan basa DNA yang
tidak serasi. Basa yang tidak tepat akan diganti
dengan yang seharusnya
Model of replication in E. coli
 QUIZ . . . !

Jelaskan apa yang dimaksud dengan :

1. Ekson
2. Intron

Waktu menjawab 10 menit, kirimkan jawabannya ke email:

Sogandi.uta45@gmail.com dengan subjek Quiz 1 Bioteknologi
dan menuliskan Nama beserta NPM di badan email !
 TRANSKRIPSI
* TRANSKRIPSI adalah proses pembentukan RNA dengan DNA
sebagai modelnya

5’--AGCTTCTAGCATAGATACAGCTA--3’
3’--TCGAAGATCGTATCTATGTCGAT--5’

5’--AGCUUCUAGCAUAGAUACAGCUA--3’

• TRANSKRIPSI memerlukan perangkat :

-satu utasan DNA sebagai model
-enzim transkiptase
 TRANSKRIPSI

 Gen berekspresi dengan cara mengendalikan sifat

organisme
 Pengendalian dilakukan melalui pembentukan
enzim/protein yang berperan dalam proses
metabolisme
 Pengendalian pembentukan enzim oleh gen
dilakukan melalui dua tahap : Transkripsi dan
Translasi
* Model Cetakan : Ruas Penyandi diapit oleh
Promoter dan Terminator

DNA
3’ P T 5’
5’ 3’
T P

5’ 3’ 3’ 5’
RNA RNA
*

Bacteria Eukaryote
*
*Proses Sintesis Perpanjangan RNA
* Setelah inisiasi selesai faktor sigma akan melepaskan diri dari enzim
inti transkriptase
* Enzim inti akan bekerja lebih cepat tanpa faktor sigma (karena sigma
bekerja sangat teliti)
* Faktor nusA akan bergabung dengan enzim inti untuk membantu
mengenali terminator
* Enzim inti akan berhenti bila sampai pada terminator
*Kegiatan
•Mengudar pilinan
Transkriptase heliks ganda
DNA

•Membaca
runtunan basa
DNA dan
mensintesis RNA
•Memulihkan
RNA kembali pilinan
heliks ganda
DNA
* Proses Akhir Transkripsi (kasus E.coli)
* Gabungan Enzim-inti dan nusA akan mengenali terminator
* Berkat adanya struktur ulang balik pada terminator maka pada RNA
akan terbentuk struktur jepit rambut
* Adanya struktur jepit rambut memberi tanda pada traskriptase untuk
berhenti bekerja
* Terminator
Eukariot
Polimerase RNA II
• Tanda akhir transkripsi
eukariot (polimerase
RNAII) muncul berupa
signal pemotongan RNA
yang ditranskripsi

• Setelah RNA dipotong

terjadi penambahan
ujung poliA pada ujung 3’
pra-mRNA
*RNA Hasil Transkripsi

* mRNA : berfungsi sebagai model pembentukan protein

dalam translasi, berstruktur linear
* tRNA : berfungsi sebagai pembawa asam amino dan
penterjemah kodon mRNA, membentuk lipatan tiga dimensi
* rRNA : berfungsi sebagai kerangka ribosom dan mengenali
tRNA dan rRNA dalam proses translasi
*RNA Hasil Transkripsi
_____________________________________
Jenis # dalam % gen % gen
RNA sel bakteri eukariot
-------------------------------------------------------------

mRNA 2% 90 % 60 %
tRNA 10 % 10 % 40%
rRNA 88 %
_____________________________________
*PROSES PASCATRANSKRIPSI
* Proses pascatranskripsi adalah proses yang berlangsung terhadap
RNA setelah transkripsi selesai
* Bentuk mRNA, tRNA dan rRNA yang ada dalam proses translasi
bukan merupakan bentuk yang ada saat transkripsi, tetapi merupakan
hasil pengolahan pascatranskripsi
* Proses pascatranskripsi terjadi pada semua organisme
*Pascatranskripsi mRNA Eukariot
Transkripsi
menghasilkan hnRNA

1. Pemasangan tudung
pada ujung 5’

2. Pemasangan ekor
poliA pada ujung 3’
AAAAAA
3. Pemotongan
intron
*Pemotongan intron
hnRNA tersusun
dari intron dan
ekson

Dengan
pemotongan
Intron Ekson intron akan
terbentuk
mRNA
mRNA
Terima Kasih