ASAM NUKLEAT

KI5264
 ASAM NUKLEAT (POLINUKLEOTIDA)
Asam nukleat: polimer dari nukleotida
Nukleotida: unit penyusun asam nukleat, dengan komponen
fosfat-gula-basa
Nukleosida: unit gula-basa

Page 2
BASA PADA ASAM NUKLEAT

Basa pada asam

nukleat:
purin
pirimidin.

Page 3
BASA PURIN

Page 4
BASA PIRIMIDIN

Perbedaan timin dan

urasil adalah
ada/tidaknya gugus
metil pada C nomor 5.

Page 5
 UNIT NUKLEOSIDA (BASA DAN GULA RIBOSA)

Gula ribosa
dalam bentuk
siklik
Gugus basa dan
gula
dihubungkan
oleh ikatan
glikosidik
Adanya gugus
gula membuat
nukleosida lebih
mudah larut
dalam air
(dibandingkan
dengan basa
bebasnya)

Page 6
 IKATAN GLIKOSIDIK

Penomoran C pada gula

ribosa menggunakan
aksen
Ikatan glikosidik gula
ribosa dengan basa
pirimidin: C 1 dengan N1
Ikatan glikosidik gula
ribosa dengan basa purin:
C 1dengan N9

Page 7
 KONFORMASI SIN DAN ANTI PADA NUKLEOSIDA

Nukleosida
pada asam
nukleat
memiliki
konformasi
anti

Page 8
UNIT NUKLEOTIDA (FOSFAT, GULA, BASA)

Fosfat
terikat
pada C 5

Page 9
ASAM NUKLEAT (POLINUKLEOTIDA)

Ikatan antar unit nukleotida

merupakan ikatan fosfodiester
antara C 3 dengan C 5 pada unit
selanjutnya

Pembacaan urutan polinukleotida

dari ujung 5 ke ujung 3

Terdapat 2 jenis asam nukleat di

alam: DNA (deoxyribose nucleic
acid) dan RNA (ribose nucleic
acid)

Page 10
 DNA & RNA
Deoksiribosa: gula ribosa yang kehilangan gugus OH pada
C nomor 2.

Page 11
DNA: STRUKTUR ANTIPARALEL DOUBLE HELIX

RNA di alam umumnya

berupa satu utas asam
nuklelat (rantai tunggal)

DNA di alam, umumnya

berupa dua utas asam
nukleat (rantai ganda)

Struktur rantai ganda DNA

berupa helix

Page 12
IKATAN HIDROGEN PADA DNA
Dua utas rantai polinukleotida pada DNA dihubungkan
oleh ikatan hidrogen antara kedua basanya.

Page 13
FUNGSI ASAM NUKLEAT SEBAGAI MATERIAL
PEMBAWA INFORMASI GENETIK
Gen:
Bagian dari asam nukleat yang membawa informasi genetik. Gen
ialah asam nukleat, tetapi tidak semua asam nukleat adalah gen.

Genom:
Kumpulan gen dalam suatu organisme (biasanya dinyatakan dengan
diikuti oleh organismenya, misal: genom manusia, genom kelinci,
dll.)

Kromosom:
suatu makromolekul kompleks yang merupakan pengemasan dari
kromatin (DNA, RNA, protein)

Page 14
DNA & RNA SEBAGAI PEMBAWA INFORMASI GENETIK

Mengapa DNA kehilangan gugus OH pada C

2 sedangkan RNA tidak?

Adanya gugus -OH visinal (2' dan 3') pada

RNA membuat RNA lebih mudah
terhidrolisis

DNA, yang kehilangan 2'-OH, besifat lebih

stabil
RNA, didesain untuk digunakan dan
kemudian terurai
 DOGMA SENTRAL: DNA RNA PROTEIN
Replikasi
dan
transkripsi
berlangsung
di inti sel.

Translasi
berlangsung
di ribosom.

Informasi
genetik dari
inti sel ke
ribosom
dibawa oleh
mRNA.

Page 16
REPLIKASI DNA BERSIFAT SEMI KONSERVATIF
Tahapan replikasi:
inisiasi (permulaan),
elongasi
(perpanjangan), dan
terminasi (penghentian).
Saat proses replikasi
berakhir, dihasilkan dua
rangkap DNA: masing-
masing tersusun atas
satu utas rantai asli dan
satu utas rantai salinan.

Page 17
 INISIASI REPLIKASI

Helicase memutus ikatan hidrogen

pada daerah oriC (Origin of
Replication).
Terbentuk replication fork
RNA Primase mensintesis primer.

Page 18
ELONGASI REPLIKASI
DNA Polimerase
melakukan
polimerisasi,
melanjutkan dari
primer.
Polimerisasi pada
leading strand
terjadi secara terus
menerus.
Polimerisasi pada
lagging strand
terjadi secara
bertahap melalui
Okazaki fragmen.

Page 19
TERMINASI REPLIKASI

Terminasi berlangsung pada

daerah terminus (Ter), dengan
adanya mediasi dari DNA
topoisomerase.

Page 20
PERBEDAAN REPLIKASI PADA PROKARIOT DAN
EUKARIOT

PROKARIOT EUKARIOT
Inisiasi Berlangsung pada Berlangsung simultan di
(Permulaan) daerah oriC. beberapa tempat, daerah-
daerah terjadinya inisiasi
tersebut disebut dengan ARS
(autonomously replicating
sequences).
Elongasi Polimerisasi Polimerisasi diakukan oleh
(Perpanjangan) dilakukan oleh beberapa jenis DNA
DNA Polimerase III. Polimerase (, , ).
Terminasi Berlangsung di Berlangsung di beberapa
(Penghentian) daerah Ter dengan daerah Ter dengan bantuan
bantuan DNA DNA topoisomerase.
topoisomerase.

Page 21
TRANSKRIPSI DNA KE RNA

Transkripsi merupakan proses penyalinan dari molekul

DNA ke molekul RNA

Tahapan transkripsi: inisiasi, elongasi, terminasi

Page 22
INISIASI TRANSKRIPSI

faktor berikatan dengan RNA Polimerase (gabungan

keduanya merupakan holoenzim), faktor membantu
RNA Polimerase mengenali daerah promotor.

Penempelan RNA Polimerase pada daerah promotor

(daerah lestari pada -35 dan -10).

Page 23
 ELONGASI TRANSKRIPSI

faktor terlepas dan elongasi

berlangsung.

Page 24
TERMINASI TRANSKRISI
-dependent: Bergantung pada protein yang berikatan dengan
mRNA yang dihasilkan, dan membuat RNA Polimerase berhenti
beberapa basa setelahnya (daerah terminasi).

-independent:
Tidak bergantung pada protein ,
tetapi mRNA yang dihasilkan
membentuk struktur hairpin
(self-interaction antar basa pada mRNA)
dan transkripsi terhenti
beberapa basa kemudian.

Page 25
BEBERAPA HAL KHUSUS PADA TRANSKRIPSI
EUKARIOT

Promotor pada eukariot dikenal sebagai TATA BOX

Pada mRNA yang dihasilkan, terdapat daerah ekson yang
membawa gen, dan daerah intron yang tidak membawa
gen.
mRNA pada eukariot terlebih dahulu diproses untuk
menghilangkan bagian intron (intron splicing),
menghasilkan mature mRNA.

Page 26
 INTRON SPLICING

Penghilangan
intron,
menghasilkan
mature mRNA.

Mature mRNA
memiliki 5
cap dan poly
A-tail.

Page 27
 TRANSLASI RNA KE PROTEIN

mRNA membawa
informasi genetik dari
inti sel ke ribosom,
untuk selanjutnya
ditranslasi.

Proses translasi
merupakan
penerjemahan 1 kodon
sebagai 1 asam amino.

1 kodon = 3 basa mRNA

Page 28
INISIASI

Translasi diawali
dengan penempelan
ribosom pada RBS
(ribosomal binding site)
di mRNA
Translasi dimulai dari
kodon start AUG.

Page 29
ELONGASI

Terjadi translokasi ribosom dari kodon start

ke kodon kedua
Dihasilkan asam amino kedua
Translokasi dari kodon kedua ke kodon
selanjutnya, dan dihasilkan (lagi) asam amino
Elongasi (perpanjangan) rantai berlangsung

Page 30
TERMINASI

Ribosom akan berhenti melakukan

translasi jika mencapai kodon
stop (UAA, UAG, UGA).
RF (release factor) terikat dan
melepaskan protein yang
disintesis.

Page 31
TEKNIK-TEKNIK ANALISIS TERKAIT ASAM NUKLEAT

Pengecekan kemurnian DNA menggunakan

Spektrofotometer UV

Amplifikasi asam nukleat menggunakan teknik PCR

Analisis berat molekul asam nukleat dengan

elektroforesis gel agarosa

Analisis urutan basa DNA (sequencing)

Page 32
ABSORBANSI UV NUKLEOTIDA
Basa purin dan pirimidin pada nukleotida memiliki
koefisien serapan UV yang tinggi karena adanya ikatan
rangkap terkonjugasi

Page 33
PENGECEKAN KEMURNIAN DNA
Kemurnian DNA = (A260 A320) / (A280 A320)

A260 = serapan asam nukleat

A280 = serapan protein
A320 = koreksi turbiditas

Rentang nilai 1,7 2,0 menunjukkan tingkat kemurnian DNA yang baik.
Nilai < 1,7 menunjukkan keberadaan protein yang tinggi (DNA kurang murni)
Nilai > 2,0 menunjukkan keberadaan asam nukleat yang tinggi (berasal dari RNA, jadi DNA
dianggap kurang murni)

Page 34
AMPLIFIKASI DNA MELALUI PCR

Amplifikasi DNA: perbanyakan DNA agar jumlahnya

cukup untuk dianalisis

Dilakukan dengan teknik PCR (Polimerase Chain

Reaction)

Teknik PCR meniru proses replikasi yang terjadi di

alam

Tahapan PCR: Denaturasi, Annealing (Penempelan),

Elongasi

Page 35