P E N G A N TA R B I O K I M I A

A S A M N U K L E AT

POLITEKNIK AKA BOGOR

2020
STRUKTUR
ASAM NUKLEAT
 Page 2
ASAM NUKLEAT (POLINUKLEOTIDA)

• Asam nukleat:
polimer dari nukleotida
• Nukleotida:
unit penyusun asam nukleat
dengan komponen
fosfat-gula-basa

 Page 3
BASA PADA ASAM NUKLEAT

Basa pada asam nukleat:

• Basa purin
• Basa pirimidin.

 Page 4
IKATAN GLIKOSIDIK

• Gugus basa dan gula dihubungkan oleh

ikatan glikosidik
• Gula ribosa berada dalam bentuk siklik
• Adanya gugus gula meningkatkan kelarutan
dalam air

• Penomoran pada gula ribosa menggunakan

aksen, untuk membedakan dengan
penomoran pada basa
• Ikatan glikosidik gula ribosa dengan basa
pirimidin: C1’ dengan N1
• Ikatan glikosidik gula ribosa dengan basa
purin: C1’dengan N9
 Page 5
UNIT NUKLEOTIDA
(FOSFAT, GULA, BASA)
• Fosfat terikat pada C5’
• Adanya gugus fosfat membuat
molekul nukleotida bermuatan negatif

• Unit nukleotida dibedakan dari basanya:

– A = Adenine; AMP = Adenosine Monophosphate
– G = Guanine; GMP = Guanosine Monophosphate
– C = Cytosine; CMP = Cytidine Monophosphate
– T = Thymine; TMP = Thymidine Monophosphate
– U = Uracil; UMP = Uridine Monophosphate
Page 6
ASAM NUKLEAT (POLINUKLEOTIDA)

• Ikatan antar unit nukleotida merupakan

ikatan fosfodiester antara C5’ dengan C3’
pada unit sebelumnya
• Oleh karena itu, pembacaan urutan basa
pada polinukleotida dilakukan dari ujung 5’ ke
ujung 3’

• Terdapat 2 jenis asam nukleat di alam:

– RNA (ribose nucleic acid)
– DNA (deoxyribose nucleic acid)
 Page 7
PERBEDAAN DNA & RNA

• Deoksiribosa: gula ribosa

yang kehilangan gugus –OH
pada C nomor 2’.

• Basa pada DNA:

A, G, C, T
• Basa pada RNA:
A, G, C, U

 Page 8
DNA: STRUKTUR DOUBLE HELIX

• RNA di alam umumnya berupa satu utas

asam nuklelat (rantai tunggal)

• DNA di alam, umumnya berupa dua utas

asam nukleat (rantai ganda)

• Struktur rantai ganda DNA berupa helix

 Page 9
IKATAN HIDROGEN PADA DNA

• Dua utas rantai

polinukleotida pada
DNA dihubungkan
oleh ikatan
hidrogen antara
kedua basanya.

• Pasangan basa:
– A dengan T
– G dengan C

 Page 10
ABSORBANSI ASAM NUKLEAT DI
PANJANG GELOMBANG UV
• Basa purin dan pirimidin
pada nukleotida memiliki
koefisien serapan
ultraviolet (UV) yang
tinggi karena adanya
ikatan rangkap
terkonjugasi

 Page 11
PENGECEKAN KEMURNIAN
ASAM NUKLEAT
• Pengukuran pada panjang • Kemurnian RNA yang baik:
gelombang: (A260 – A320) / (A280 – A320) > 2,0
A230 = λ serapan pelarut organik
A260 = λ serapan asam nukleat
• Kemurnian DNA yang baik:
A280 = λ serapan protein
1,8 < (A260 – A320) / (A280 – A320) < 2,0
A320 = koreksi turbiditas
Nilai < 1,8 mengindikasikan adanya kontaminasi protein
Nilai > 2,0 mengindikasikan adanya kontaminasi RNA

• Indikator lain:
2,0 < (A260 – A320) / (A230 – A320) < 2,2
Nilai < 1 mengindikasikan adanya kontaminasi fenol
atau garam
 Page 12
ANALISIS TERKAIT ASAM NUKLEAT

• Pengecekan kemurnian DNA menggunakan metode Spektrofotometri UV

• Analisis berat molekul dan konsentrasi asam nukleat menggunakan teknik
elektroforesis gel agarosa
• Amplifikasi (perbanyakan) asam nukleat menggunakan teknik PCR
• Analisis urutan basa DNA menggunakan metode Sanger Sequencing

• Teknik PCR dan Sanger Sequencing merupakan metode yang banyak

digunakan di berbagai bidang:
– Forensik : identifikasi DNA manusia
– Antropologi : identifikasi fosil
– Botani, Zoologi, dan Mikrobiologi Molekular : analisis keanekaragaman hayati
– Industri produk nabati dan hewani
 Page 13 : analisis kandungan produk
PROSES PCR UNTUK PERBANYAKAN DNA

Pipette. Run. Cry. Repeat.

 Page 14
SEQUENCING (ANALISIS URUTAN BASA)

 Page 15
FUNGSI
ASAM NUKLEAT
 Page 16
FUNGSI ASAM NUKLEAT SEBAGAI MATERIAL
PEMBAWA INFORMASI GENETIK
• Gen:
Bagian dari asam nukleat yang membawa informasi genetik.
Gen ialah asam nukleat, tetapi tidak semua asam nukleat adalah gen.

• Genom:
Kumpulan gen dalam suatu organisme (biasanya dinyatakan dengan diikuti
oleh organismenya, misal: genom manusia, genom kelinci, dll.)

• Kromosom:
Bentuk pengemasan genom suatu organisme.
 Page 17
DOGMA SENTRAL:
DNA  RNA  PROTEIN
• Arah informasi genetik:
– Proses transkripsi DNA, menghasilkan mRNA
– Proses translasi mRNA, menghasilkan protein

• DNA (sebagai molekul utama pembawa informasi

genetik) dapat digandakan melalui proses replikasi,
menghasilkan dua copy DNA.

• Proses replikasi dan transkripsi berlangsung di inti sel,

sedangkan translasi berlangsung di ribosom.
• Informasi genetik dari inti sel ke ribosom dibawa oleh
mRNA.  Page 18
DNA & RNA SEBAGAI PEMBAWA
INFORMASI GENETIK
Mengapa DNA kehilangan gugus –OH pada C 2’ sedangkan RNA
tidak?

• Adanya gugus -OH visinal (2' dan 3') pada RNA membuat RNA
lebih mudah terhidrolisis

• DNA, yang kehilangan 2'-OH, bersifat lebih stabil (sebagai

molekul utama pembawa informasi genetik)
• RNA, didesain untuk digunakan sebagai pembawa informasi
dari inti sel ke ribosom, untuk kemudian terurai
REPLIKASI DNA

• Replikasi DNA berlangsung dengan bantuan

enzim DNA Polimerase.
• Saat proses replikasi berakhir, dihasilkan dua
rangkap DNA: masing-masing tersusun atas
satu utas rantai asli dan satu utas rantai
salinan.
• Replikasi dilakukan sel sebelum fasa
pembelahan sel, masing-masing sel membawa
DNA yang identik (mitosis).

 Page 20
TEKS VIDEO

• DNA replication is define as the process by regional organism original DNA is use as a template for the
production of a new complimentary DNA strand. The new DNA molecule must preserve the fidelity of the
underlying base sequence.
• DNA replication in the nucleus begins when an enzyme called Helicase breaks the hydrogen bonds between
the two strands of DNA. It unwinds the double helix DNA into two single strands that serve as templates for
the replication of DNA. The resulting structure is called the “replication fork”.
• The leading strand is form from its 5’ prime to its 3’ prime strand by the enzyme Polymerase III.
Polymerase III adds units known as nucleotides to the leading strand. Nucleotides contain sugars, phosphates,
and bases. The other strand, known as the lagging strand, is form backwards from its 3’ prime to its 5’ prime. It
does not form continuously like the leading strand. Instead, it forms in pieces known as “Okazaki fragment”.
• RNA primase add a structure known as the RNA primer to the lagging strand. DNA Polymerase III then
lease down a new DNA in the lagging strand. This process is repeated as new DNA is added to the strand.
• Another type of DNA Polymerase, known as Polymerase I replaces the RNA primers in the lagging strand
with DNA. Finally, DNA ligase links the “Okazaki fragment”. Thus, the lagging strand is completely replicated.
 Page 21
TRANSKRIPSI DNA KE RNA

• Transkripsi merupakan proses penyalinan molekul DNA menghasilkan mRNA.

} DNA

} RNA

• Transkripsi hanya terjadi pada bagian DNA yang bersifat “gen”, dan
diperlukan pemicu agar proses transkripsi gen dapat terjadi.
Contoh:
Adanya asupan nutrisi berupa laktosa, memicu sel untuk mentranskripsikan gen
pengode enzim laktase (yang dapat menguraikan laktosa).
 Page 22
PROSES TRANSKRIPSI

• σ faktor berikatan dengan RNA Polimerase,

untuk membantu RNA Polimerase mengenali
daerah promotor.
• Kompleks RNA Polimerase + σ faktor menempel
pada daerah promotor.
• σ faktor terlepas dan transkripsi berlangsung
dengan bantuan RNA Polimerase, menghasilkan
mRNA.

 Page 23
HAL KHUSUS PADA
TRANSKRIPSI EUKARIOT
• Promotor pada eukariot dikenal sebagai TATA BOX

• Pada mRNA hasil transkripsi, terdapat daerah “ekson” yang membawa

gen, dan daerah “intron” yang tidak membawa gen.
• mRNA hasil transkripsi terlebih dahulu diproses untuk menghilangkan
bagian intron (proses intron splicing), dan mRNA akhir hasil pemrosesan
kemudian dibawa ke ribosom untuk ditranslasikan.
 Page 24
TRANSLASI RNA KE PROTEIN

• mRNA membawa informasi genetik

dari inti sel ke ribosom, untuk
selanjutnya ditranslasi.

• Proses translasi merupakan

penerjemahan 1 kodon sebagai 1
asam amino.

• 1 kodon = 3 basa mRNA

 Page 25
TRANSLATE TOOL

 Page 26
PROSES TRANSLASI RNA KE PROTEIN

• Translasi diawali dengan penempelan ribosom pada RBS (ribosomal

binding site) di mRNA.
• Ribosom mencari “kodon start” AUG, yang kemudian diterjemahkan
(ditranlasikan) sebagai Metionin.
• Ribosom berpindah ke kodon selanjutnya, untuk menerjemahkan
asam amino kedua (yang kemudian terikat pada metionin).
• Proses translasi berlanjut hingga ribosom menemui salah satu dari
kodon stop (UAA, UAG, UGA).

 Page 27
(LATIHAN) TRANSKRIPSI

LATIHAN:
5’– GTCTCATGAACTATGGGACTGACTGTTTGGCTAGGGCT –3’ (coding strand)
3’– CAGAGTACTTGATACCCTGACTGACAAACCGATCCCGA –5’ (template strand)

 Page 28