Genetika Mikroba

 Konsep dasar

 Replikasi DNA

 Ekspresi gen

 Transfer Gen pada Bakteri

Konsep dasar

 Asam nukleat

o Tersusun atas rantai nukleotida

o Molekul asam nukleat biasanya terdiri dari 4 nukleotida yang berbeda

o Molekul asam nukleat dapat mengandung beberapa ribu atau jutaan nukleotida

o Urutan nukleotida yang benar sangat penting untuk fungsi asam nukleat

Konsep dasar

 Struktur nukleotida

o Sebuah nukleotida terdiri dari:

 Basa nitrogen

 gula pentosa

 Gugus fosfat

o Basa nitrogen:

 Purin: adenin & guanin

 Pirimidin: sitosin, timin (dalam DNA), & urasil (dalam RNA)

o Gula pentosa:

 Ribosa (ditemukan dalam RNA)

 Deoksiribosa (ditemukan dalam DNA)

Konsep dasar

 DNA: Asam deoksiribonukleat

 o Gula pentosa: deoksiribosa

o Basa nitrogen: Adenin dan guanin (purin) Sitosin dan timin (pirimidin)

o Struktur biasanya heliks untai ganda

o Urutan nukleotida dari untaian saling melengkapi satu sama lain, A berpasangan dengan
T dan C berpasangan dengan G

Struktur DNA

Organisasi DNA dalam Kromosom Bakteri, Archaeal, & eukariotik

 DNA heliks ganda diatur di semua sel ke dalam struktur yang secara umum disebut sebagai
kromosom

 Kromosom mengandung sebagian besar informasi genetik sel (walaupun: bakteri & archaeal:
plasmid; eukariotik: episom)

 Informasi genetik yang terkandung dalam kromosom dan plasmid/episom : Genom

 Kromosom bakteri & archaeal diatur sebagai loop melingkar tunggal; pada sel eukariotik
umumnya terdapat banyak kromosom yang linier

 Kromosom dalam sel eukariotik dipadatkan menjadi bentuk kromatin.

 Kondensasi DNA menjadi kromatin melibatkan protein khusus ( eukariotik : histon; bakteri &
archaheal : protein mirip histon)

Konsep dasar

 RNA: Asam ribonukleat

o Gula pentosa: Ribosa

o Basa nitrogen: Adenin dan guanin (purin) Sitosin dan urasil (pirimidin)

o Struktur biasanya beruntai tunggal; namun, mungkin ada daerah komplementer internal

dalam untai RNA yang dapat membentuk “loop jepit rambut” untai ganda (C ke G; A ke
U)

Konsep dasar

 Fungsi keseluruhan.

o Urutan nukleotida dari molekul asam nukleat mengkodekan urutan asam amino protein.
 o Genom: Seluruh urutan nukleotida suatu organisme; ditransmisikan ke keturunannya
selama reproduksi

o Asam deoksiribonukleat (DNA): Molekul DNA berfungsi sebagai genom untuk protein
semua organisme seluler, baik eukariotik maupun prokariotik. DNA juga berfungsi
sebagai genom untuk kelompok virus tertentu.

o Asam ribonukleat (RNA): Molekul RNA berfungsi sebagai perantara dalam ekspresi gen
pada organisme eukariotik dan proyariotik. RNA berfungsi sebagai genom untuk
kelompok virus tertentu.

Konsep dasar

 Proses Penting dalam Genetika

o Replikasi DNA: Urutan nukleotida dalam molekul DNA berfungsi sebagai templat untuk
menyalin dirinya sendiri, sehingga dua salinan identik dari heliks DNA terbentuk.

o Transkripsi: Urutan nukleotida dalam molekul DNA berfungsi sebagai cetakan untuk
sintesis molekul RNA; biasanya, hanya sebagian kecil dari DNA yang disalin. Ini adalah
langkah pertama dalam ekspresi gen.

o Terjemahan: Urutan nukleotida dalam molekul RNA berfungsi untuk mengarahkan

perakitan asam amino menjadi rantai protein pada ribosom. Ini adalah langkah kedua
dalam ekspresi gen.

Dogma Sentral

Replikasi DNA

Replikasi DNA

Transkripsi DNA

Ribosom

Mentransfer RNA

Terjemahan mRNA

Terjemahan: Bagian 1

Terjemahan: Bagian 2

Transkripsi & Terjemahan

 Replikasi kromosom bakteri

Replikasi DNA-terjadi pada garpu replikasi

 5' sampai 3'

 DNA helicase-unzip + untai DNA induk yang digunakan sebagai templat

o Stand terdepan (5' hingga 3'-kontinyu)

o *DNA polimerase-bergabung dengan untai DNA yang tumbuh setelah nukleotida

disejajarkan (gratis)

o Untaian tertinggal (5' sampai 3'-tidak terus menerus)

 *RNA polimerase (membuat primer RNA pendek)

 *DNA polimerase (memperpanjang RNA primer kemudian mencerna RNA

primer dan menggantikannya dengan DNA)

 *DNA ligase (menyegel fragmen Okazaki-fragmen DNA yang baru terbentuk)

Garpu Replikasi

Konsep dasar

 Replikasi Semi-konservatif

 Watson dan Crick menyadari bahwa molekul DNA untai ganda dapat bereplikasi dengan
melepas, kemudian mensintesis untai baru untuk masing-masing tegakan lama.

 Cara replikasi ini disebut “semikonservatif”. Artinya setelah satu molekul DNA bereplikasi
menjadi 2 molekul DNA, setiap molekul baru terdiri dari satu untai lama (dari molekul asli) dan
satu untai baru.

 Informasi dari setiap untai lama dapat digunakan untuk membuat untaian baru, karena A selalu
berpasangan dengan T, dan G selalu berpasangan dengan C.

 Replikasi DNA dimulai di lokasi tertentu "asal replikasi", dan berlangsung di kedua arah.

Konsep dasar

 Komponen Replikasi

 Bahan baku sintesis DNA adalah “nukleosida trifosfat”, sering ditulis sebagai “dNTPs”.

 Rantai DNA dikatakan tumbuh dari 5' ke 3', yang berarti bahwa basa DNA pertama memiliki
ujung 5' bebas, dengan fosfat yang melekat. Nukleotida terakhir memiliki gugus 3' OH bebas di
atasnya. Semua basa lain memiliki karbon 5' yang terikat pada fosfat, yang terikat pada gugus 3'
OH dari nukleotida sebelumnya.
  DNA polimerase adalah enzim utama yang digunakan untuk mereplikasi DNA. Namun, DNA
polimerase hanya satu enzim dalam kompleks replikasi. Beberapa enzim lain diperlukan untuk
menyebabkan terjadinya replikasi.

Konsep dasar

 Sintesis Berkelanjutan dan Terputus

 DNA hanya dapat disintesis dari 5' ke 3', dengan menambahkan nukleotida baru ke ujung 3'.

 Ini merupakan masalah, karena kedua untai harus disintesis pada garpu replikasi, dan satu untai
harus disintesis dalam arah yang berlawanan dari pergerakan garpu replikasi.

 Pada kenyataannya, satu untai disintesis terus menerus, ke arah yang sama dengan gerakan
bentuk replikasi. Ini disebut "untai utama".

 Untai lainnya disintesis dalam potongan-potongan pendek yang terputus-putus, yang kemudian
dilekatkan bersama untuk membentuk untai DNA akhir. Ini adalah "untaian tertinggal". Setiap
fragmen untai tertinggal disebut "fragmen Okazaki", dan mereka disintesis dalam arah yang
berlawanan dengan gerakan garpu replikasi.

Konsep dasar

 Sintesis terputus-putus

 Keunikan lain dari sintesis DNA adalah bahwa DNA polimerase harus menempelkan basa baru ke
ujung 3' dari rantai asam nukleat yang sudah ada sebelumnya. Semua sintesis DNA dimulai pada
daerah untai ganda pendek.

 Di dalam sel, potongan pendek RNA, yang disebut "primer" dipasangkan dengan basa DNA
untuk membuat daerah untai ganda pendek yang dibangun oleh sintesis DNA.

 Primer RNA disintesis oleh enzim yang disebut "primase", dan mereka dihilangkan oleh DNA
polimerase selama sintesis fragmen Okazaki berikutnya.

 Penggabungan fragmen Okazaki dilakukan oleh enzim “DNA ligase”.

Replikasi DNA dalam sel Archaeal

 Tidak diketahui: mulai dari satu asal seperti pada bakteri atau beberapa asal seperti pada sel
eukariotik

 Sifat melingkar dari kromosom archaeal (mirip bakteri) dan fakta bahwa genom archaeal relatif
kecil sehingga dapat direplikasi dengan cepat, dapat diprediksi bahwa hanya ada satu asal
replikasi
  Namun, sebagian besar protein yang terlibat dalam replikasi DNA archaeal lebih erat kaitannya
dengan protein eukariotik daripada protein bakteri. Ini menunjukkan bahwa replikasi archaeal
dapat mengikuti motif replikasi kromosom eukariotik dan memiliki banyak titik asal.

Replikasi DNA pada sel eukariotik

 Replikasi DNA eukariotik dimulai pada beberapa titik asal dalam setiap kromosom dan
berlangsung dua arah.

 Laju sintesis DNA di sepanjang garpu replikasi mungkin lebih lambat di aukariotik daripada di sel
bakteri

Sintesis protein

 DNA------- mRNA------ protein

o terjemahan transkripsi

o Dogma Sentral

o Genetika Molekuler

Transkripsi

 Satu untai DNA digunakan sebagai cetakan untuk membuat untai mRNA complimentary

 Situs promotor/RNA polimerase/penghentian/5' hingga 3'

 Perbedaan RNA & DNA:

o RNA adalah ss

o Gula RNA adalah ribosa

o Pasangan basa-AU

Transkripsi

Jenis RNA

 Tiga jenis:

o mRNA: RNA pembawa pesan

 Mengandung 3 basa (kodon)

o rRNA: RNA ribosom

 Terdiri dari ribosom 70 S

 o tRNA: transfer RNA

 Mentransfer asam amino ke ribosom untuk sintesis protein

 Berisi antikodon (3 urutan basa yang melengkapi kodon pada mRNA)

Kode Genetik

 DNA: kode triplet

 mRNA: kodon (gratis untuk kode triplet DNA)

 tRNA: antikodon (gratis untuk kodon)

Kode Genetik

 Kodon: kode untuk produksi asam amino tertentu

 20 asam amino

 3 kode dasar

 Degeneratif: lebih dari 1 kode kodon untuk asam amino

 Universal: di semua organisme hidup

Kode Genetik

Terjemahan

 Tiga bagian:

o Kodon inisiasi-mulai (AUG)

o Pemanjangan-ribosom bergerak sepanjang mRNA

o Terminasi: stop kodon tercapai/polipeptida dilepaskan dan protein baru terbentuk

 rRNA = subunit yang membentuk ribosom 70 S (sintesis protein terjadi di sini)

 tRNA = transfer asam amino ke ribosom untuk sintesis protein)

Transkripsi & Terjemahan sel eukariotik

 <angka>

Konsep dasar

 gen
  Sebuah gen adalah segmen DNA, urutan nukleotida , yang kode untuk protein.

 Ketika gen diekspresikan, DNA ditranskripsi untuk menghasilkan mRNA; mRNA

kemudian diterjemahkan menjadi protein.

 Pemahaman kontemporer:

 Segmen pada molekul DNA

 Biasanya di lokasi tertentu (lokus) pada kromosom atau plasmid

 Ditandai dengan urutan nukleotidanya

 Gen memainkan tiga peran penting:

 Untuk mengkodekan urutan nukleotida mRNA, yang pada gilirannya

mengkodekan urutan asam amino protein

 Untuk mengkodekan urutan nukleotida tRNA atau rRNA

 Untuk mengatur ekspresi gen lain

 Mutasi:

 Perubahan urutan nukleotida gen, biasanya akibat kesalahan selama replikasi

DNA

 Gen yang mengkode protein dikenal sebagai gen struktural atau cictrons

 Gen lain memiliki fungsi regulasi (gen regulator) dan bertindak untuk mengontrol ekspresi gen
struktural

 Beberapa enzim disintesis hanya ketika sel membutuhkannya. Enzim tersebut dapat diinduksi
(dibuat hanya sebagai respons terhadap zat penginduksi tertentu) atau dapat ditekan (dibuat
kecuali dihentikan dengan adanya zat represi tertentu)

 Operon adalah urutan DNA yang mengkode satu atau lebih polipeptida (gen struktural),
biasanya fungsi terkait, dan urutan DNA yang mengatur ekspresi gen ini.

 Induksi dan represi didasarkan pada gen pengatur yang menghasilkan protein pengatur yang
mengontrol transkripsi dengan mengikat ke situs tertentu pada DNA

Regulasi Ekspresi Gen

 Mengatur sintesis protein pada tingkat gen adalah hemat energi karena protein disintesis hanya
saat dibutuhkan.

 Untuk mekanisme pengaturan gen ini, kontrol ditujukan pada sintesis mRNA
  Gen pengatur = kode untuk protein pengatur

 Protein pengatur = mengikat operator dan menghentikan transkripsi gen struktural

 Operator = sakelar hidup / mati untuk transkripsi gen struktural

REGULASI GEN

 Kombinasi promotor dan gen ini disebut OPERON

 Operon adalah sekelompok gen yang mengkodekan enzim terkait yang diatur bersama

REGULASI GEN

 Operon terdiri dari

o Situs promotor tempat RNA polierase mengikat dan mulai menyalin pesan

o Sebuah wilayah yang membuat represor

 Represor duduk di DNA di tempat antara promotor dan gen yang akan ditranskripsi

 Situs ini disebut operator

1. Operon yang dapat ditekan

 Operon yang dapat ditekan memiliki gen struktural yang mengkode produksi substrat.

 Protein represor diproduksi dalam bentuk tidak aktif, membiarkan operator terbuka

 Dengan adanya substrat, substrat secara alosterik akan berikatan dengan protein represor
(merupakan ko-represor) dan mengaktifkan protein represor sehingga berikatan dengan
operator.

Trp Operon

 E. coli menggunakan beberapa protein yang dikodekan oleh sekelompok 5 gen untuk

memproduksi asam amino triptofan


  Semua 5 gen ditranskripsi bersama sebagai satu unit yang disebut operon, yang menghasilkan
satu bagian panjang mRNA untuk semua gen

 RNA polimerase mengikat promotor yang terletak di awal gen pertama dan melanjutkan ke
DNA menyalin gen secara berurutan

2. operon yang dapat diinduksi

 Operon yang dapat diinduksi memiliki gen struktural yang menghasilkan enzim yang memecah
substrat.

 Represor diterjemahkan ke dalam konfigurasi aktifnya dan akan mengikat operator tanpa
adanya substrat.

 Jika ada substrat, ia mengikat protein represor dan menonaktifkannya, sehingga membuka
operator.

Selain asam amino, sel E.coli juga memetabolisme gula di lingkungannya

 Selain asam amino, sel E.coli juga memetabolisme gula di lingkungannya

 Pada tahun 1959 Jacques Monod dan Fracois Jacob melihat kemampuan sel E.coli untuk
mencerna gula laktosa

 Dengan adanya gula laktosa, E. coli membuat enzim yang disebut beta galaktosidase

 Beta galactosidase memecah gula laktosa sehingga E. coli dapat mencernanya untuk makanan

 Gen LAC Z pada E coli yang mengkode enzim beta galaktosidase

Lac Z Gen

 Gen triptofan diaktifkan ketika tidak ada triptofan di media

 Saat itulah sel ingin membuat triptofannya sendiri

 Sel E.coli tidak dapat membuat gula laktosa

 Mereka hanya dapat memiliki laktosa jika ada di lingkungan mereka

  Kemudian mereka mengaktifkan gen untuk memecah laktosa

REGULASI GEN

 The E. coli bakteri hanya membutuhkan beta-galaktosidase jika ada laktosa dalam lingkungan

untuk mencerna

 Tidak ada gunanya membuat enzim jika tidak ada gula laktosa untuk dipecah

 Ini adalah kombinasi dari promotor dan DNA yang mengatur kapan gen akan ditranskripsi

GEN LAC Z

 E. coli mengatur produksi Beta Galactocidase dengan menggunakan protein pengatur yang

disebut represor

 Represor mengikat gen lac Z di situs antara promotor dan awal urutan pengkodean

 Situs yang diikat oleh represor disebut operator

GEN LAC Z

 Biasanya represor duduk di atas operator yang menekan transkripsi gen lac Z

 Dengan adanya laktosa, penekan mengikat gula dan ini memungkinkan polimerase untuk
bergerak ke bawah gen lac Z

GEN LAC Z

 Ini menghasilkan produksi beta galaktosidase yang memecah gula

 Ketika tidak ada gula yang tersisa, represor akan kembali ke tempatnya pada kromosom dan
menghentikan transkripsi gen lac Z.

o
 

LE 18-23

 DNA

 kamp

 lacl

 Situs pengikatan CAP

 Promotor

 Aktif

 TOPI

 tidak aktif

 TOPI

 RNA

 polimerase

 bisa mengikat

 dan transkrip

 Operator

 lacZ

 lac tidak aktif

 penekan

 Ada laktosa, glukosa langka (tingkat cAMP tinggi): lac . berlimpah

 mRNA disintesis

 DNA

 lacl

 Situs pengikatan CAP

 Promotor
  RNA

 polimerase

 tidak bisa mengikat

 Operator

 lacZ

 lac tidak aktif

 penekan

 tidak aktif

 TOPI

 Ada laktosa, ada glukosa (tingkat cAMP rendah): sedikit lac

 mRNA disintesis

Regulasi Gen sel eukariotik

 Dalam organisme eukariotik seperti kita, ada beberapa metode untuk mengatur produksi
protein

 Sebagian besar urutan pengaturan ditemukan di hulu dari promotor

 Gen dikendalikan oleh elemen pengatur di wilayah promotor yang bertindak seperti sakelar
satu/mati atau sakelar peredup

Faktor transkripsi spesifik mengikat elemen pengatur ini dan mengatur transkripsi

 Faktor transkripsi spesifik mengikat elemen pengatur ini dan mengatur transkripsi

 Elemen pengatur mungkin spesifik jaringan dan akan mengaktifkan gennya hanya dalam satu
jenis jaringan

 Terkadang ekspresi gen membutuhkan fungsi dari dua atau lebih elemen pengatur yang
berbeda


INTRONS DAN EXONS

 DNA eukariotik berbeda dari DNA prokariotik dalam hal urutan pengkodean di sepanjang gen
diselingi dengan urutan noncoding

 Urutan pengkodean disebut

o EXONS

 Urutan non-coding disebut

o INTRONS

INTRONS DAN EXONS

 Setelah transkrip awal diproduksi, intron disambungkan untuk membentuk pesan lengkap
yang siap diterjemahkan

 Intron bisa sangat besar dan banyak, sehingga beberapa gen jauh lebih besar daripada mRNA
yang diproses akhir

INTRONS DAN EXONS

 Distrofi otot

 Gen DMD memiliki panjang sekitar 2,5 juta pasangan basa

 Memiliki lebih dari 70 intron

 Panjang mRNA akhir hanya sekitar 17.000 pasangan basa


Penyambungan RNA

 Memberikan titik di mana ekspresi gen dapat dikontrol

 Ekson dapat disambungkan dengan cara yang berbeda

 Hal ini memungkinkan berbagai polipeptida yang berbeda untuk dirakit dari gen yang sama

 Penyambungan alternatif umum terjadi pada serangga dan vertebrata, di mana 2 atau 3
protein berbeda dihasilkan dari satu gen

MUTASI

Mutasi: Perubahan Materi Genetik

 1. Mutasi adalah perubahan urutan basa nitrogen DNA; perubahan itu menyebabkan perubahan

dalam produk yang dikodekan oleh gen yang bermutasi.

 2. Banyak mutasi yang bersifat netral ( diam ), ada yang merugikan (atau bahkan mematikan ),

dan ada pula yang menguntungkan .

Mutasi Diam

 Substitusi satu nukleotida dengan yang lain menciptakan kodon yang berbeda untuk asam
amino yang sama:

 DNA mRNA

 Transkripsi AA T UU A

 Mutasi

 

 Transkripsi AA C UU G

 Kedua kodon mRNA adalah untuk Leusin.

Jenis-Jenis Mutasi

 1. Substitusi basa terjadi ketika satu pasangan basa dalam DNA diganti dengan pasangan basa
yang berbeda.

 2. Perubahan DNA dapat mengakibatkan mutasi missense (yang menyebabkan substitusi asam

amino) atau mutasi nonsense (yang membuat kodon stop).

 Transkripsi & Terjemahan

 DNA biasa
Mutasi DNA/Missense Normal

 Mutasi Pergantian Basis – Mutasi Misense

 Mutasi Omong kosong

 Mutasi Substitusi Basis

Mutasi Pergeseran Bingkai

 Dalam mutasi frameshift , satu atau beberapa pasangan basa dihapus atau ditambahkan ke
DNA:

 DNA biasa :

o ATG CAT GCA TGC ATT TCC TGC TTA AAA

 Mutasi Penambahan (A ditambahkan):

o AAT GCA TGC ATG CAT TTT CCT GCT TAA

 Bingkai Baca Digeser (ke kanan)

 Mutasi Penghapusan (A dalam DNA normal dihapus)

o TGC ATG CAT GCA TTT CCT GCT TAA

 Bingkai Bacaan Digeser (ke kiri)

Mutasi Omong kosong/Mutasi Frameshift

Mutasi - Lanjutkan

 Mutasi spontan terjadi tanpa adanya mutagen. Tingkat mutasi spontan bervariasi dari genom ke
genom.

o Menyalin kesalahan dalam materi genetik selama pembelahan sel

 Mutasi yang diinduksi terjadi sebagai akibat dari penerapan mutagen.

Mutagen

 Mutagen adalah agen di lingkungan yang menyebabkan perubahan permanen pada DNA:

o 1. Mutagen kimia misalnya asam nitrit , 2-aminopurin dan 5-bromourasil dan

benzpirena.

o 2. Radiasi pengion menyebabkan terbentuknya ion dan radikal bebas yang bereaksi

dengan DNA ; substitusi basa atau kerusakan hasil tulang punggung gula-fosfat.
 o 3. Radiasi ultraviolet bersifat nonionisasi , menyebabkan ikatan antara timin yang
berdekatan (dimer timin ).

Perbaikan DNA yang Bermutasi

 1. Kerusakan DNA akibat radiasi UV dapat diperbaiki oleh enzim yang memotong dan mengganti
bagian DNA yang rusak.

 2. Enzim perbaikan cahaya memperbaiki dimer timin dengan adanya cahaya tampak.

Frekuensi Mutasi

 1. Laju mutasi adalah probabilitas suatu gen akan bermutasi ketika sebuah sel membelah;

 Mutasi spontan terjadi pada tingkat 10-6 per gen yang direplikasi .

 2. Mutasi terjadi secara acak di sepanjang kromosom.

 3. Tingkat mutasi spontan yang rendah bermanfaat, menyediakan keragaman genetik

yang dibutuhkan untuk evolusi.

Mengidentifikasi Mutan

 1. Mutan dapat dideteksi dengan memilih atau menguji fenotipe yang diubah .

 2. Seleksi positif melibatkan pemilihan sel mutan dan penolakan sel nonmutasi.

 3. Pelapisan replika digunakan untuk seleksi negatif —untuk mendeteksi,

misalnya, auksotrof yang memiliki kebutuhan nutrisi yang tidak dimiliki oleh sel induk (tidak
bermutasi). Misalnya, bakteri yang bergantung pada histidin.

Skrining untuk Auxotrophs dengan Teknik Replica Plating

 Skrining untuk Auxotrophs dengan Teknik Replica Plating

o Strain bakteri prototrofik diperlakukan dengan agen mutagenik (misalnya,

nitrosoguanidine, atau radiasi ultraviolet).

o Sebagian besar sel dalam kultur akan mati. Namun, beberapa dapat bertahan dari
mutagenesis. Ada frekuensi mutan yang tinggi di antara mereka yang selamat, beberapa
di antaranya mungkin mutan auxotrophic.

o Sampel kultur disebarkan pada media lengkap (misalnya, agar kedelai tryptic). Ini adalah
"piring utama."

o Pelat induk diinkubasi sehingga yang selamat dapat membentuk koloni.

Setiap koloni dari master plate dipindahkan ke medium plate minimal (hanya mampu mendukung
pertumbuhan koloni prototrofik) dan medium plate lengkap (mampu mendukung koloni prototrofik
dan auxotrophic).

o Setiap koloni dari master plate dipindahkan ke medium plate minimal (hanya mampu
mendukung pertumbuhan koloni prototrofik) dan medium plate lengkap (mampu
mendukung koloni prototrofik dan auxotrophic).

o Koloni yang tumbuh pada media lengkap tetapi tidak pada media minimal adalah
auksotrof. Mereka diisolasi ke media lengkap segar, dan penyebab auxotrophy mereka
(suplemen apa yang mereka butuhkan untuk pertumbuhan) ditentukan.

Pelapisan Replika

Mengidentifikasi Karsinogen Kimia

 1. Tes Ames adalah tes yang murah dan cepat untuk mengidentifikasi kemungkinan karsinogen

kimia .

 2. Pengujian mengasumsikan bahwa sel mutan dapat kembali ke sel normal dengan adanya
mutagen dan banyak mutagen bersifat karsinogen .

 3. Histidin auksotrof ( Salmonella yang bergantung pada histidin ) terpapar pada karsinogen

potensial yang diolah secara enzimatik; pengembalian ke keadaan nonmutan menunjukkan
mutagen kimia – diduga karsinogen.

Tes Ames (Penggunaan Robotika)

Transfer Gen pada Bakteri

Konjugasi

o Proses ini membutuhkan kontak antar sel hidup yang dibantu oleh pilus ('seks
bakterial').

o Konjugasi (kawin) membutuhkan pembentukan kontak fisik antara sel bakteri donor dan
penerima dari pasangan kawin.

o Proses transfer gen dari sel donor hidup ke sel penerima hidup

o Kemampuan untuk konjugasi sering dikodekan pada plasmid.

o Sebagai contoh: Pada Escherichia coli , konjugasi dimediasi oleh F pili yang dikodekan
oleh gen pada plasmid F.

Perkawinan bakteri
Gen F (Fertility) dalam Konjugasi

Strain E. coli yang memiliki plasmid F dan pili disebut strain F+; strain yang tidak memiliki plasmid F
atau pili adalah F–.

o Strain E. coli yang memiliki plasmid F dan pili disebut strain F+; strain yang tidak
memiliki plasmid F atau pili adalah F–.

o Ketika sel F+ (donor) dikawinkan dengan sel F– (penerima), salinan plasmid F ditransfer
ke sel F–, sehingga setelah proses selesai, kedua sel akan menjadi F+.

o Dalam persilangan F+ x F–, hanya plasmid yang ditransfer. Tak satu pun dari gen
kromosom ditransfer. Oleh karena itu, F+ x F– tidak memberi kita informasi apa pun
tentang posisi gen pada kromosom bakteri.

Konjugasi: Kawin F+ x F-

Konjugasi

Ketika plasmid menjadi tergabung ke dalam kromosom , sel disebut Hfr ( rekombinan frekuensi

tinggi ).

o Ketika plasmid menjadi tergabung ke dalam kromosom , sel disebut Hfr ( rekombinan

frekuensi tinggi ).

o Pada beberapa galur E. coli , sekuens DNA plasmid F telah dimasukkan ke dalam

kromosom melalui rekombinasi genetik. Ini disebut Hfr (strain rekombinasi frekuensi
tinggi). Strain Hfr yang berbeda memiliki urutan F yang disisipkan di lokasi yang berbeda
pada kromosom.

o Sel-sel dari strain Hfr memiliki F pili, dan mampu konjugasi dengan F- sel. Dalam Hfr x F-
kawin, urutan F ditransfer pertama, diikuti oleh DNA kromosom.

o Gen dari kromosom Hfr (donor) dapat menggantikan gen dalam kromosom F dengan
rekombinasi genetik.

o Selama konjugasi, Hfr dapat mentransfer DNA kromosom ke F- . Biasanya, kromosom

Hfr rusak sebelum ditransfer sepenuhnya

Konjugasi: Kawin Hfr x F-

Transduksi

o Transfer gen dari sel donor ke sel penerima melalui perantara bakteriofag.

o Bakteriofag: Virus bakteri

 o Bakteriofag virulen:

 Hanya memiliki tahap litik dalam siklus perkembangannya

 Ketika bakteriofag virulen menginfeksi bakteri inangnya, ia tidak

mengintegrasikan DNA-nya ke dalam kromosom inang. Sebaliknya, ia
mereplikasi DNA dan protein kapsidnya sendiri di dalam inang yang terinfeksi,
merakit kembali ribuan partikel virus baru, dan melisiskan sel inang untuk
melepaskan virus baru.

 Contoh: fag T4 dari E. coli

Bakteriofag sedang:

o Bakteriofag sedang:

 Bakteriofag yang memiliki tahap litik dan lisogenik dalam siklus replikasinya

 Pada tahap lisogenik, DNA fag sedang dimasukkan ke dalam wilayah spesifik
kromosom inang, di mana DNA direplikasi setiap kali sel bakteri bereplikasi.

 Selama kondisi pertumbuhan yang merugikan, DNA fag keluar dari kromosom
dan memulai tahap litik, mirip dengan fag virulen. Virus mereplikasi DNA dan
proteinnya, ribuan partikel virus baru berkumpul, dan sel lisis untuk melepaskan
virus.

 Contoh: lambda (λ) fag E. coli

Transduksi

Transduksi

Transformasi dalam Bakteri

 1. Selama proses ini, gen ditransfer dari satu bakteri ke bakteri lain sebagai DNA
"telanjang" dalam larutan.

 2. Proses ini pertama kali ditunjukkan pada Streptococcus  pneumoniae  , dan terjadi secara
alami di antara beberapa genera bakteri.

 Transformasi

o Transfer DNA donor yang diisolasi (baik fragmen DNA kromosom atau DNA plasmid) ke
sel penerima.

o Transformasi yang berhasil tergantung pada keberadaan molekul DNA donor untai
ganda yang cukup besar, serta sel-sel yang kompeten untuk transformasi.
  Transformasi

o Kompetensi

 Kompetensi adalah kemampuan spesies atau strain bakteri untuk mengambil

DNA dari lingkungannya.

 Banyak spesies yang secara alami kompeten, seperti Streptococcus

pneumoniae , Acinetobacter calcoaceticus , Neiserria gonorrheae , dan Bacillus
subtilis

 Spesies yang kompeten secara alami memiliki pengangkut asam nukleat yang
membentang di dinding sel & membran plasmanya.

 Transporter mengikat DNA untai ganda, menghidrolisis salah satu untai,

dan menarik untai lainnya ke dalam sel penerima.

 Untai DNA donor kemudian dapat bergabung kembali dengan

kromosom penerima, mungkin mengubah fenotipe penerima menjadi
fenotipe donor.

Transfer Gen pada Bakteri

 Transformasi

o Kompetensi

 Kompetensi dapat diinduksi pada beberapa spesies yang secara alami tidak
kompeten

 Pada spesies gram negatif tertentu yang

tidak kompeten (misalnya, Escherichia coli ), kompetensi dapat diinduksi
dengan memperlakukan sel dengan ion kalsium divalen (Ca2+), biasanya
sebagai larutan kalsium klorida.

 Pada spesies gram positif tertentu yang

tidak kompeten (misalnya, Geobacillus stearothermophilus ),
kompetensi dapat diinduksi dengan "protoplasting," atau
menghilangkan dinding sel dari sel dengan pencernaan lisozim.

MUTASI

 MUTASI : perubahan satu atau lebih basa nukleat dalam sekuen nukleotida pada DNA sel.

 Perubahan dalam molekuleritas berlangsung sebagai kesalahan pembuatan selamat replikasi

DNA.
  Perubahan sekuen nukleotida pada DNA dapat menyebabkan kehilangan kemampuan untuk
menghasilkan protein, bila perubahan yang terjadi pada gen regulator atau struktural.

 Mutasi dapat juga berlangsung pada sekuen operator atau DNA promotor sehingga
berpengaruh pada pengaturan sintesis protein pada tingkat transkripsi.

 Mutasi bila terjadi perubahan pada sekuen DNA, dapat terjadi “penambahan, penghapusan,
penggantian.

 Mutasi morfologi : berpengaruh pada perubahan bentuk sel atau mempengaruhi karakteristik
koloni

 Mutasi mematikan menyebabkan kematian pada sel

 Sel yang mengandung bentuk umum dari sekuen DNA disebut sebagai WILD TYPE.

 Perubahan genetik pada tipe pembohong (wild type) disebut FORWARD MUTATION

 Mutasi kedua yang berlangsung pada sel mutan yang dapat menggagalkan fenotip pada mutasi
pertama (double mutant) REVERSION MUTATIONS.

Mutasi

 Mutasi : Definisi

o Mutasi mematikan: mengakibatkan kematian sel, dan karena itu tidak dapat
diperbanyak atau dipelajari

o Mutasi bersyarat: Mutasi yang diekspresikan hanya dalam kondisi lingkungan

tertentu; misalnya, mutasi yang peka terhadap suhu

o Mutasi biokimia: menghasilkan perubahan jalur biokimia sel; misalnya, mutasi

auxotrophic

o Mutasi spontan: mutasi yang muncul secara spontan karena kesalahan selama replikasi
DNA oleh DNA polimerase

o Mutasi terinduksi: mutasi yang disebabkan oleh kerusakan akibat perlakuan kimia atau
radiasi (mutagen)

Jenis-Jenis Mutasi

 SUBSTITUSI DASAR : berlangsung ketika satu pasang basa nukleotida dalam DNA memungkinkan
oleh yang lain.

 terdapat 2 tipe umum untuk substitusi dasar : TRANSISI & TANSVERSI.

 o TRANSITIONS : mengganti penggantian purin pada 1 strand oleh purin yang lain dan
menggantikan pirimidin pada strand lain dengan pirimidin yang lain. Dengan kata lain
terjadi penggantian pasangan AT dengan GC atau sebaliknya.

o TRANSVERSI : pengantian purin oleh pirimidin dan pirimidin memungkinkan oleh

purin. Ubah pasangan AT menjadi TA atau CG atau perubahan pasangan GC menjadi CG
atau TA.

 MUTASI KEHILANGAN

o Kebanyakan substitusi basa merupakan mutasi missense, demikian karena mereka

menghasilkan perubahan dalam asam amino yang disisipkan ke dalam rantai polipeptida
yang dikode oleh gen yang mengalami mutasi.

o Mutasi missense dapat menyebabkan produksi enzim tidak aktif atau terkadang tidak
berpengaruh pada fenotip.

o Perubahan dalam asam amino tunggal dalam polipeptida kadang-kadang kurang

berpengaruh pada aktivitas enzim atau kurang berakibat fatal pada mikroorganisme.

 MUTASI SILENT (MUTASI DIAM)

o Kode genetik di degenerasi, penggantian satu basa nukleotida oleh yang lain tidak
mengubah asam amino yang dikode oleh kodon

o Perubahan dalam sekuen nukleotida tidak mempengaruhi sekuen asam amino. Mutasi

senyap umumnya terjadi pada nukleotida ketiga pada kodon.

o Mutasi diam menghasilkan protein yang sama dengan sekuen asam amino pada sel
nonmutan

 MUTASI YANG TIDAK BENAR-BENAR

o Mutasi yang brpengaruh besar pada ekspresi informasi genetik yang terjadi ketika
perubahan pada sekuen basa pada DNA membentuk STOP KODON

o Kodon nonsense beraksi sebagai signal terminator selama sintesis protein,

menghambatpembentukan molekul enzim fungsional.

o Pada bakteria, dimana molekul mRNA merupakan polikistronik, mutasi yang tidak masuk
akal dapat berpengaruh pada sistesis beberapa protein.

 MUTASI POLAR

o Mutasi yang menghambat translasi pada polipeptida berikut yang dikode dalam molekul
mRNA yang sama.
 o Polaritas dalam hal ini maksudnya : mutasi didalam salah satu gen berpengaruh pada
ekspresi gen yang lainnya.

o Polaritas dapat terjadi pada inisiasi atau terminasi pada gen.

o Mutasi terjadi pada awal translasi (ujung 5'-P) akan mengaktifkan semua proses
trasnlasi; atau mutasi terjadi pada akhir translasi (ujung 3'-OH), kurang berpengaruh
pada gen yang ditranskripsi.

o Terjadi melalui penghapusan pada penyisipan satu atau lebih pasang basa nukleotida
pada DNA

 MUTASI SUPRESSOR

o Mutasi yang terjadi justru mengembalikan membaca bingkai ke bentuk sebelumnya

setelah terjadi mutasi yang pertama.

Mutasi mematikan

 Mutasi mematikan

o Mutasi yang menghasilkan sel yang ketidakmampuan untuk berproduksi kembali.

o Menyebabkan kematian sel

o Dipengaruhi oleh kondisi lingkungan

o Mutasi mematikan bersyarat : menyebabkan kematian viabilitas pada kondisi khusus

dimana biasa bertahan hidup.

o Mutasi peka suhu : perubahan kisaran suhu dimana mikroorganisme tumbuh ketika
menggunakan substrat khusus. Contoh : pada E.coli mempengaruhi interaksi enzim yang
terlibat dalam penggunaan laktosa akan menghambat E.coli untuk tumbuh pada
substrat laktosa.

 MUTASI GIZI

o Berlangsung ketika mengubah persyaratan nutrisi untuk mikroorganisme keturunan.

o Nutritional mutans sering tidak mampu mensintesis senyawa khusus, seperti asam
amino.

o Nutritional mutans (AUXOTROPH) membutuhkna faktor tumbuh seperti asam amino

khusus yang tidak dibutuhkan oleh strain parental/wild type (PROTOTROPH)