BAB I

PENDAHULUAN

1.1 LATAR BELAKANG

DNA, Deoxyribose Nucleic Acid adalah asam nukleotida, biasanya dalam bentuk
heliks ganda yang mengandung instruksi genetik yang menentukan perkembangan
biologis dari seluruh bentuk kehidupan sel. DNA berbentuk polimer panjang
nukleotida, mengkode barisan residu asam amino dalam protein dengan menggunakan
kode genetik, sebuah kode nukleotida triplet.
DNA seringkali dirujuk sebagai molekul hereditas karena ia bertanggung jawab
untuk penurunan sifat genetika dari kebanyakan ciri yang diwariskan. Pada manusia,
ciri-ciri ini misalnya dari warna rambut hingga kerentanan terhadap penyakit. Selama
pembelahan sel, DNA direplikasi dan dapat diteruskan ke keturunan selama
reproduksi.
DNA bukanlah suatu molekul tunggal, nampaknya ia adalah sepasang molekul
yang digandeng oleh ikatan hidrogen: DNA tersusun sebagai untai komplementer
dengan ikatan hidrogen di antara mereka. Masing-masing untai DNA adalah rantai
kimia ?batu bata penyusun, yakni nukleotida, yang terdiri dari empat tipe: Adenine (A),
Cytosine (C), Guanine (G) dan Thymine (T). DNA mengandung informasi genetika
yang diwariskan oleh keturunan dari suatu organisme; informasi ini ditentukan oleh
barisan pasangan basa. Sebuah untai DNA mengandung gen, sebagai cetak biru
organisme. DNA membuat genom organisme.
DNA sebagai materi genetic pada sebagian besar oganisme harus dapat
menjalankan 3 macam fungsi pokok sebagai berikut:
1. DNA harus mampu menyimpan informasi genetic dan dengan tepat dapat
meneruskan informasi tersebut dari tetua kepada keturunannya. Dari generasi ke
generasi. Fungsi ini merupakan fungsi genotipik, yang dilaksanakan melalui
replikasi.
2. DNA harus mengatur perkembangan fenotipe organisme. Artinya, materi
genetik harus mengarahkan pertumbuhan dan diferensiasi organisme mulai dari
zigot hingga individu dewasa. Fungsi ini merupakan fungsi fenotipik, yang
dilaksanakan melalui ekspresi gen.

1
3. DNA sewaktu-waktu harus dapat mengalami perubahan sehingga organisme
yang bersangkutan akan mampu beradaptasi dengan kondisi lingkungan yang
berubah. Tanpa perubahan semacam ini, evolusi tidak akan pernah berlangsung.
Fungsi ini merupakan fungsi evolusioner, yang dilaksanakan melalui peristiwa
mutasi.
Replikasi DNA adalah proses menghasilkan dua untai DNA yang identik dari satu,
dan melibatkan serangkaian proses. Semua proses ini terjadi selama fase S dari Inter-
fase siklus sel atau pembelahan sel. Ini adalah proses yang memakan energi dan
terutama tiga enzim utama yang dikenal sebagai helikase DNA, DNA polimerase, dan
ligase DNA terlibat dalam mengatur proses ini. Pertama, helikase DNA membongkar
struktur double helix dari untai DNA dengan memecah ikatan hidrogen antara basa
nitrogen dari untaian berlawanan. Pembongkaran ini dimulai dari ujung untai DNA,
bukan dari tengah. Oleh karena itu, helikase DNA dapat dianggap sebagai restriksi
eksonuklease. Setelah mengekspos basa nitrogen DNA beruntai tunggal, para
deoksiribonukleotida yang sesuai disusun sesuai dengan urutan basa, dan ikatan
hidrogen masing-masing dibentuk oleh enzim DNA polimerase. Proses khusus ini
terjadi pada kedua untai DNA. Akhirnya, ikatan fosfodiester terbentuk antara
nukleotida yang berurutan, untuk melengkapi untai DNA menggunakan enzim ligase
DNA. Pada akhir semua langkah ini, dua untai DNA identik terbentuk dari hanya
seorang induk untai DNA.
Sedangkan Transkripsi merupakan langkah penting dari proses utama ekspresi gen
atau sintesis protein. Terutama, menyalin urutan basa nitrogen dari bagian dari untai
DNA menjadi mesenger RNA berlangsung selama transkripsi DNA. Enzim RNA
polimerase memecah ikatan hidrogen di tempat yang diinginkan dari untai DNA dan
membuka struktur heliks ganda untuk mengekspos urutan basa nitrogen. RNA
polimerase menyusun ribonukletida yang cocok sesuai dengan urutan basa yang
terbuka dari untai DNA. Selanjutnya, enzim RNA polimerase membantu dalam
membentuk untai baru dengan membentuk ikatan gula-fosfat. Karena untai baru
dibentuk terdiri dari ribonuklotida, itu adalah untai RNA, dan untai ini memberikan
urutan basa untuk langkah berikutnya dari sintesis protein atau ekspresi gen. Oleh
karena itu, ini disebut sebagai strand RNA (mRNA). Namun, setelah urutan basa
nitrogen, urutan pada mRNA adalah sama seperti dalam urutan DNA, kecuali basa

2
 Timin digantikan oleh basa Urasil. Pada akhir transkripsi, untai mRNA menyerupai
sesuai gen yang diinginkan dalam untai DNA yang terbentuk.
1.2 RUMUSAN MASALAH
Adapun rumusan masalah dalam makalah ini adalah :
1.2.1. Apa dan bagaimana Transkripsi DNA dan tahap-tahap serta proses transkripsi
1.2.2. Apa dan bagaimana Replikasi DNA

1.3 TUJUAN
1.3.1 Untuk mengetahui mekanisme transkripsi DNA serta struktur atau mekanisme
genetik lainnya yang terjadi baik pada pokariot maupun eukariot
1.3.2 Untuk mengetahui mekanisme replikasiDNA serta struktur atau mekanisme
genetik lainnya yang terjadi pada prokariot dan eukariot.

3
 BAB II
PEMBAHASAN

2.1 TRANSKRIPSI
A. PENGERTIAN
Transkripsi adalah transfer info genetika yang terdapat dalam urutan nukelotida
DNA menuju ke urutan-urutan nukelotida RNA. Struktur DNA adalah untaian ganda,
namun transkripsi terjadi hanya pada satu untaian DNA saja yang di sebut untai sense
(sense strand). Tiap rantai yang di baca sense akan berbeda untuk gen-gen yang
berbeda. Gen yang lengkap terdiri dari bagian utama yaitu: promoter, bagian
strukturan yang berisi DNA, dan agian terminataor yang terletak di hiir. DNA akan di
terjemahkan dalam bentuk kode-kode RNA.
Ada 3 macma RNA yaitu mRNA, tRNA, dan rRNA.
Adapun beberapa komponen yang terlibat dalam proses transkripsi adalah:
urutan DNA yang akan di traskripsikan
enzim RNA polimerase
faktor-faktor transkripsi
prekurusor untuk sintesisi RNA
Transkripsi merupakan pembentukan/sintesis RNA dari salah satu rantai DNA,
sehingga terjadi proses pemindahan informasi genetik dari DNA ke RNA. Fungsi ini
disebut fungsi heterokatalis DNA karena DNA mampu mensintesis senyawa lain yaitu
RNA. Sebuah rantai DNA digunakan untuk mencetak rantai tunggal mRNA dengan
bantuan enzim polimerase. Enzim tersebut menempel pada kodon permulaan,
umumnya adalah kodon untuk asam amino metionin. Pertama-tama, ikatan hidrogen di
bagian DNA yang disalin terbuka. Akibatnya, dua utas DNA berpisah. Salah satu
polinukleotida berfungsi sebagai pencetak atau sense, yang lain sebagai gen atau
antisense. Misalnya pencetak memiliki urutan basa G-A-G-A-C-T, dan yang berfungsi
sebagai gen memiliki urutan basa komplemen C-T-C-T-G-A. Karena pencetaknya G-A-
G-A-C-T, maka RNA hasil cetakannya C-U-C-U-G-A. Jadi, RNA C-U-C-U-G-A
merupakan hasil kopian dari DNA C-T-C-T-G-A (gen), dan merupakan komplemen
dari pencetak.
Transkripsi DNA akan menghasilkan mRNA (messenger RNA). Pada organisme
eukariot, mRNA yang dihasilkan itu tidak langsung dapat berfungsi dalam sintesis
polipeptida, sebab masih mengandung segmen-segmen yang tidak berfungsi yang

4
 disebut intron. Sedangkan segmen-segmen yang berfungsi untuk sintesis protein
disebut ekson. Di dalam nukleus terjadi pematangan/pemasakan mRNA yaitu dengan
jalan melepaskan segmen-segmen intron dan merangkaikan segmen-segmen ekson.
Gabungan segmen-segmen ekson membentuk satu rantai/utas mRNA yang
mengandung sejumlah kodon untuk penyusunan polipeptida. Rantai mRNA ini dikenal
sebagai sistron.

B. PRINSIP DASAR TRANSKRIPSI

Fungsi dasar yang harus dijalankan oleh DNA sebagai materi genetik adalah fungsi
fenotipik. Artinya, DNA harus mampu mengatur pertumbuhan dan diferensiasi individu
organisme sehingga dihasilkan suatu fenotipe tertentu. Fungsi ini dilaksanakan melalui
ekspresi gen, yang tahap pertamanya adalah proses transkripsi, yaitu perubahan urutan
basa molekul DNA menjadi urutan basa molekul RNA. Dengan perkataan lain,
transkripsi merupakan proses sintesis RNA menggunakan salah satu untai molekul
DNA sebagai cetakan (templat)nya.

Transkripsi mempunyai ciri-ciri kimiawi yang serupa dengan sintesis/replikasi DNA,

yaitu:
1. Adanya sumber basa nitrogen berupa nukleosida trifosfat. Bedanya dengan sumber
basa untuk sintesis DNA hanyalah pada molekul gula pentosanya yang tidak berupa
deoksiribosa tetapi ribosa dan tidak adanya basa timin tetapi digantikan oleh urasil.
Jadi, keempat nukleosida trifosfat yang diperlukan adalah adenosin trifosfat (ATP),
guanosin trifosfat (GTP), sitidin trifosfat (CTP), dan uridin trifosfat (UTP).
2. Adanya untai molekul DNA sebagai cetakan. Dalam hal ini hanya salah satu di
antara kedua untai DNA yang akan berfungsi sebagai cetakan bagi sintesis molekul
RNA. Untai DNA ini mempunyai urutan basa yang komplementer dengan urutan
basa RNA hasil transkripsinya, dan disebut sebagai pita antisens. Sementara itu,
untai DNA pasangannya, yang mempunyai urutan basa sama dengan urutan basa
RNA, disebut sebagai pita sens. Meskipun demikian, sebenarnya transkripsi pada
umumnya tidak terjadi pada urutan basa di sepanjang salah satu untai DNA. Jadi,
bisa saja urutan basa yang ditranskripsi terdapat berselang-seling di antara kedua
untai DNA.
3. Sintesis berlangsung dengan arah 5 3 seperti halnya arah sintesis DNA.

5
 4. Gugus 3- OH pada suatu nukleotida bereaksi dengan gugus 5- trifosfat pada
nukleotida berikutnya menghasilkan ikatan fosofodiester dengan membebaskan dua
atom pirofosfat anorganik (PPi). Reaksi ini jelas sama dengan reaksi polimerisasi
DNA. Hanya saja enzim yang bekerja bukannya DNA polimerase, melainkan RNA
polimerase. Perbedaan yang sangat nyata di antara kedua enzim ini terletak pada
kemampuan enzim RNA polimerase untuk melakukan inisiasi sintesis RNA tanpa
adanya molekul primer.

C. PROSES TRANSKRIPSI
Secara garis besar transkripsi berlangsung dalam empat tahap, yaitu , inisiasi,
elongasi, dan teminasi.
TRANSKRIPSI PADA PROKARYOTIK
Proses transkripsi pada prokaryotik dapat ditunjukkan pada gambar di bawah ini:
Berdasarkan gambar di atas, proses transkripsi pada prokaryotik terdiri atas 3 tahapan
utama, yaitu inisiasi, elongasi dan terminasi.
1. Inisiasi Transkripsi
Terdapat empat langkah inisiasi pada transkripsi yaitu:
a. Pembentukan kompleks promoter tertutup, yaitu RNA polymerase holoenzim
menempel pada DNA bagian promoter suatu gen. Dalam hal ini subunit s yang
menempel pada RNA Polimerase berperanan dalam menemukan bagian promoter
suatu gen. Pada awal penempelan, RNA polymerase masih belum terikat secara
kuat dan struktur promoter masih dalam keadaan tertutup (closed promoter
complex).
b. Pembentukan kompleks promoter terbuka, RNA polymerase terikat secara kuat dan
ikatan hydrogen molekul DNA pada bagian promoter mulai terbuka membentuk
struktur terbuka(open promoter complex). Struktur khas promoter biasanya berupa
suatu kelompok ikatan hydrogen antara kedua untaian DNA pada posisi -35 dan
-10. Sedangkan bagian DNA yang terbuka setelah RNA polymerase menempel
biasanya terjadi pada daerah sekitar -9 dan +3 sehingga menjadi struktur untai
tunggal.
c. Penggabungan beberapa nukleotida awal (10 nukleotida). Bagian DNA yang
berikatan dengan RNA polymerase membentuk suatu struktur gelembung
transkripsi (transcription bubble) sepanjang kurang lebih 17 pasang basa. Setelah

6
 struktur promoter terbuka secara stabil, maka selanjutnya RNA polymerase
melakukan proses inisiasi transkripsi dengan menggunakan urutan DNA cetakan
sebagai panduannya. Dalam proses transkripsi, nukleotida RNA digabungkan
sehingga membentuk transkrip RNA. Nukleotida pertama yang digabungkan
hampir selalu berupa molekul purin.
d. Perubahan konformasi RNA polymerase karena subunit s dilepaskan dari kompleks
holoenzim. Setelah RNA polymerase menempel pada promoter, subunit s
melepaskan diri dari struktur holoenzim. Pelepasan subunit s biasanya terjadi
setelah terbentuk molekul RNA sepanjang 8 9 nukleotida. RNA polymerase inti
yang sudah menempel pada promoter akan tetap terikat kuat pada DNA sehingga
tidak lepas. Selanjutnya subunit s dapat bergabung dengan RNA polymerase yang
lain untuk melakukan proses inisiasi transkripsi selanjutnya.
2. Elongasi Transkripsi
a. Pada bagian gelembung transkripsi, basa-basa molekul RNA membentuk hybrid
dengan DNA cetakan sepanjang kurang lebih 12 nukleotida. Hybrid RNA-DNA ini
bersifat sementara sebab setelah RNA polimerasenya berjalan, maka hidrid tersebut
akan terlepas dan bagian DNA yang terbuka tersebut akhirnya akan menutup lagi.
RNA polymerase akan berjalan membaca DNA cetakan untuk melakukan proses
pemanjangan untaian RNA. Lalu pemanjangan maksimum molekul transkrip RNA
berkisar antara 30 sampai 60 nukleotida perdetik, meskipun laju rata-ratanya dapat
lebih rendah dari nilai ini. Secara umum, berdasarkan atas nilai laju semacam ini,
sutu gen yang mengkode protein akan disalin menjadi RBA dalam waktu sekitar
satu menit. Meskipun demikian, laju pemanjangan transkrip dapat menjadi sangat
rendah jika RNA polymerase melewati sisi jeda yang biasanya mengandung banyak
basa GC.
b. Dalam pemanjangan transkrip, nukleotida ditambahkan secara kovalen pada ujung
3 molekul RNA yang baru terbentuk. Nukleotida RNA yang ditambahkan tersebut
bersifat komplementer dengan nukleotida pada untaian DNA cetakan. Ada dua
hipotesis yang diajukan mengenai perubahan topologi DNA dalam proses
pemanjangan transkripsi, yaitu:
1) Enzim RNA polymerase bergerak melingkari untaian DNA sepanjang
perjalanannya,

7
 2) Enzim RNA yang terbentuk tidak mengalami pelintiran, tetapi untaian DNA
yang ditranskripsi harus mengalami puntiran.
3) Dalam proses pemanjangan transkripsi RNA, terjadi pembentukan ikatan
fosfodiester antara nukleotida RNA yang satu dengan nukleotida yang
berikutnya dan ditentukan oleh keberadaan subunit b pada RNA polymerase.
Transkripsi berakhir ketika RNA polymerase mencapai ujung gen (terminator).
3. Terminasi Transkripsi
Terdapat dua macam terminator transkripsi pada Prokaryotik, yaitu:
1. Terminator yang tidak tergantung pada protein rho (rho-dependent terminator).
Dilakukan tanpa harus melibatkan suatu protein khusus, melainkan ditentukan
oleh adanya suatu urutan nukleotida tertentu pada bagian terminator. Sinyal yang
akan mengakhiri transkripsi dengan mekanisme semacam ini ditentukan oleh
daerah yang mengandung banyak urutan GC yang dapat membentuk struktur
batang dan lengkung (steam and loop) pada RNA dengan panjang 20 basa di
sebelah hulu dari ujung 3-OH dan diikuti oleh rangkaian 4-8 residu uridin
berurutan. Struktur batang lengkung tersebut menyebabkan RNA polymerase
berhenti dan merusak bagian 5 dari hybrid RNA-DNA. Bagian sisa hybrid RNA-
DNA tersebut berupa urutan oligo (rU) yang tidak cukup stabil berpasangan
dengan dA. Akibatnya ujung 3 hybrid tersebut akan terlepas sehingga transkripsi
berakhir. Selanjutnya, pita DNA cetakan yang sudah tidak berikatan atau
membentuk hibrid dengan RNA segera menempel kembali pada pita DNA
komplemennya. RNA polimerase inti pun akhirnya terlepas dari DNA.
2. Terminator yang tergantung pada protein rho (rho-independent terminator).
Pengakhiran transkripsi yang memerlukan faktor rho hanya terjadi pada daerah
jeda yang terletak pada jarak tertentu dari promoter, maka daerah itu tidak dapat
berfungsi sebagai daerah pengakhiran transkripsi. Terminator yang bergantung
pada rho terdiri atas suatu urutan berulang-balik yang dapat membentuk
lengkungan (loop), tetapi tidak ada rangkaian basa T seperti pada daerah
terminator yang tidak melibatkan faktor rho. Faktor rho diduga ikut terikat pada
transkrip dan mengikuti pergerakan RNA polymerase sampai akhirnya RNA
polymerase berhenti pada daerah terminator yaitu sesaat setelah menyinstesis
lengkungan RNA. Selanjutnya, faktor rho menyebabkan distabiliasi ikatan RNA-
DNA sehingga transkrip RNA terlepas dari DNA cetakan.

8
TRANSKRIPSI PADA EUKARYOTIK
Secara umum mekanisme transkripsi eukaryotik serupa dengan transkripsi pada
prokaryotik. Di mana proses transkripsi diawali (diinisiasi) oleh proses penempelan
faktor-faktor transkripsi dan kompleks enzim RNA polymerase pada daerah promoter.
Namun demikian, pada eukryotik RNA polymerase tidak menempel secara langsung
pada DNA di daerah promoter, melainkan melalui perantaraan protein-protein lain yang
disebut faktor transkripsi (transcription factor, TF). Faktor transkripsi dibedakan
menjadi dua kelompok, yaitu:
1. Faktor transkripsi umum, mengarahkan RNA polymerase ke promoter dan
menghasilkan transkripsi pada aras dasar (basal level).
2. Faktor transkripsi khusus, pengaturan transkripsi yang lebih spesifik untuk
suatu gen.
Setelah faktor-faktor transkripsi umum dan RNA polymerase menempel pada
promoter, selanjutnya akan terjadi pembentukan kompleks promoter terbuka (open
promoter complex).Transkripsi dimulai pada titik aawal transkripsi (RNA initiation,
RIS) yang terletak beberapa nukleotida sebelum urutan kodon awal ATG.
Selain itu, pada eukaryotic terdapat tiga kelas gen, yaitu gen kelas I, kelas II, dan kelas
II yang masing-masing dikatalisis oleh RNA polymerase dan faktro transkripsi yang
berbeda. Dalam penjelasan proses transkripsi eukaryotic ini, hanya akan menjelaskan
proses transkripsi pada gen II.
Proses transkripsi pada eukaryotic pada gen II terdiri atas 3 tahapan, yaitu
inisiasi, elongasi dan terminasi.
1. Inisiasi Transkripsi
- Transkripsi gen kelas II dilakukan oleh RNA polymerase II yang dibantu oleh
beberapa faktro transkripsi umum.
membentuk kompleks pra-inisiasi yang akan segera mengawali trasnkripsi jika
ada nukleotida.
Pembentukan kompleks prainisiasi yaitu penyusunan kompleks transkripsi umum
(TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH, dan TFIIJI) dan RNA polymerase II
pada daerah promoter. Faktor transkripsi umum akan menempel secara bertahap
sebagai berikut:
1. TFIID menempel pada bagian kotak TATA pada promoter yang dibantu oleh
faktor TFIIA sehingga membentuk kompleks DA.

9
 2. Penempelan TFIIB
3. TFIIF menempel dan diikuti oleh penempelan RNA polymerase II.
4.Faktor TFIIE akan menempel diikuti oleh TFIIH dan TFIIJ.
Dari penempelan diatas terbentuklah kompleks prainisiasi yakni kompleks
DABPoIFEH. Dengan demikian, RNA polymerase II pada eukaryotic tidak
menempel secara langsung pada DNA, melainkan melalui perantaraan faktor
transkripsi.
Proses pengenalan promoter diarahkan oleh ikatan TFIID dengan kotak TATA,
sedangkan TFIIA meningkatkan daya ikat TFIID dengan kotak TATA.
RNA polymerase dan TFIIH menutupi daerah promoter mulai dari posisi -34
sampai +17.
TBP, TFIIB, TFIIF dan RNA polymerase II, membentuk kompleks inisiasi
sehingga terjadi pembukaan DNA secara local dan pembentukan ikatan fosfodiester
pertama.
TFIIE dan TFIIH melakukan proses pelepasan dari promoter dengan dikatalisis
oleh DNA helikase sehingga DNA pada daerah promoter terbuka. Di mana DNA
dipuntir pada daerah hilir dari bagian yang berikatan dengan faktor transkripsi yang
lain dan membentuk gelembung transkripsi. Transkripsi dimulai dan bergerak ke
arah hilir sepanjang 10-12 nukleotida.
Fosforilasi RNA polymerase II oleh faktor TFIIH menjadi bentuk IIO,
menyebabkan ikatan antara CTD dengan TBP menjadi lemah, sehingga terjadi
perubahan konformasi kompleks inisiasi menjadi bentuk yang siap melakukan
pemanjangan transkrip.
2. Elongasi Transkripsi
Pada dasarnya, proses pemanjangan transkripsi pada eukaryotic sama pada
prokaryotic, namun terdapat hal-hal spesifik yang dapat dijelaskan sebagai berikut:
1. Pemanjangan dilakukan oleh RNA polymerase dengan distimulasi oleh faktor
TFIIS dan TFIIF.
2. Aktivitas RNA polymerase dalam proses transkripsi tidak selalu dalam keadaan
tetap , kadang-kadang terjadi jeda pada suatu daerah yang disebut sisi jeda
(pausing site). TFIIS berperan dalam mengurangi waktu jeda proses transkripsi
pada sisi DNA yang cukup panjang, sedangkan TFIIF mengurangi waktu jeda
pada daerah DNA yang acak.

10
 3. Proses pemanjangan transkrip akan berjalan sampai RNA polymerase II
mencapai daerah terminator.
3. Terminasi Transkripsi
Terminasi transkripsi dapat terjadi karena adanya aktivitas fosfatase yang spesifik
untuk CTD sehingga mengembalikan RNA polymerase II menjadi bentuk yang
tidak dapat mengalami fosforilasi. Dalam keadaan tidak mengalami fosforilasi,
RNA polymerase II dapat digunakan lagi dalam proses transkripsi berikutnya (RNA
polymerase cycling). Dalam hal ini berbeda pada prokaryotic karena pada
eukaryotik tidak ada struktur stem loop pada proses terminasi.

D. JENIS RNA HASIL TRANSKRIPSI

RNA dibedakan menjadi dua kelompok utama yaitu RNA genetik dan RNA non-
genetik.
1. RNA genetik
RNA genetik memiliki fungsi yang sama dengan DNA, yaitu sebagai pembawa
keterangan genetik. RNA genetik hanya ditemukan pada makhluk hidup tertentu
yang tidak memiliki DNA, misalnya virus.Ketika virus ini menyerang sel hidup,
RNA yang dibawanya masuk ke sitoplasma sel korban, yang kemudian ditranslasi
oleh sel inang untuk menghasilkan virus-virus baru. Dalam hal ini fungsi RNA
menjadi sama dengan DNA, baik sebagai materi genetik maupun dalam mengatur
aktivitas sel.
2. RNA non-genetik
RNA non-genetik tidak berperan sebagai pembawa keterangan genetik sehingga
RNA jenis ini hanya dimiliki oleh makhluk hidup yang juga memiliki
DNA.Berdasarkan letak dan fungsinya, RNA non-genetik dibedakan menjadi
mRNA, tRNA, dan rRNA.
1) mRNA (messenger RNA) atau RNAd (RNA duta)
RNAd merupakan RNA yang urutan basanya komplementer
(berpasangan) dengan salah satu urutan basa rantai DNA.RNA jenis ini
merupakan polinukleotida berbentuk pita tunggal linier dan disintesis di dalam
nukleus. Panjang pendeknya RNAd berhubungan dengan panjang pendeknya
rantai polipeptida yang akan disusun. Urutan asam amino yang menyusun rantai
polipeptida itu sesuai dengan urutan kodon yang terdapat di dalam molekul

11
 RNAd yang bersangkutan.RNAd bertindak sebagai pola cetakan pembentuk
polipeptida. RNAd membawa kode-kode genetik komplemen dari DNA di inti
sel menuju ke ribosom di sitoplasma. RNAd ini dibentuk bila diperlukan dan
jika tugasnya selesai, maka akan dihancurkan dalam plasma.
2) tRNA (transfer RNA) atau RNAt (RNA transfer)
RNA jenis ini dibentuk di dalam nukleus, tetapi menempatkan diri di
dalam sitoplasma.RNAt merupakan RNA terpendek dan bertindak sebagai
penerjemah kodon pada RNAd. Fungsi lain RNAt adalah mengikat asam-asam
amino di dalam sitoplasma yang akan disusun menjadi protein dan
mengangkutnya ke ribosom. Bagian RNAt yang berhubungan dengan kodon
RNAd dinamakan antikodon.
3) rRNA (ribosomal RNA) atau RNAr (RNa ribosomal)
RNA ini disebut ribosomal RNA karena terdapat di ribosom meskipun
dibuat di dalam nukleus.RNAr bersama protein membentuk ribosom, ialah
benda-benda berbentuk butir-butir halus di dalam sitoplasma.Lebih dari 80%
RNA merupakan RNAr.Ribosom bertindak sebagai mesin perakit dalam
sintesis protein yang bergerak ke satu arah sepanjang RNAd.Di dalam ribosom,
molekul RNAr ini mencapai 30-46%.
Ribosom tersusun oleh RNA ribosom dan protein.
Namun demikian, peran penting RNA terletak pada fungsinya sebagai perantara
antara DNA dan protein dalam proses ekspresi genetik karena ini berlaku untuk
semua organisme hidup. Ekspresi genetik merupakan proses penerjemahan
informasi genetik (dalam bentuk urutan basa) menjadi protein, dan lebih jauh
lagi: karakter. Informasi yang dibawa bahan genetik tidak bermakna apa pun
apabila tidak diekspresikan menjadi fenotipe.
Dalam peran ini, RNA diproduksi sebagai salinan kode urutan basa
nitrogen DNA dalam proses transkripsi. Kode urutan basa ini tersusun dalam
bentuk triplet, tiga urutan basa N, yang dikenal dengan nama kodon. Setiap
kodon berelasi dengan satu asam amino (atau kode untuk berhenti), monomer
yang menyusun protein.

12
 4) snRNA (small nuclear RNA)
Dalam inti eukariot terdapat sekumpulan RNA khas berukuran kecil yang
disebut snRNA.snRNA berperanan penting dalam proses pasca transkripsi,yaitu
saat pemotongan intron.

E. PROSES PASCA TRANSKRIPSI

1. Proses Pascatranskripsi
Pada bakteri proses transkripsi mRNA bersambung dengan proses translasi,
tanpa mengalam proses pascatranskripsi. Ribosom akan mulai menempel pada
mRNA dan mRNA masih dalam proses sintesis.
Pada eukariot proses transksi terpisah dari tempatnya dari translasi,
transkripsi berlangsung disalam inti, sedangkan translasi berjalan dalam sitoplasma.
Kemudian terbukti bahwa mRNA yang terdapat pada sitoplasma berbeda dari RNA
yang ditranskripsikan dalam inti.berarti dalam selang waktu antara transkripsi
dengan translasi terjadi proses pascatranskripsi yang merubah RNA hasil
transkripsi menjadi mRNA matang. Perbedaan antara RNA hasil transkripsi dengan
mRNA matang dipelajai dengan percobaan hybrid anatra mRNA dengan DNA yang
menyandikannya, dan terbukti bahwa mRNA lebih pendek dari ruas penyandi yang
terdapat pada DNA.Hal ini ditafsirkan bahwa telah terjadi pemenggalan terhadap
bagian tertentu RNA. Dalam transkripsi eukariotik mula mula disintesis pra-
mRNA yang besar, disebut hnRNA( Heterogenus nuclear RNA ) yang didalam nya
terkandung bagian intron , ruas ruas yang akan dibuang, dan bagian ekson, yaitu
ruas yang akan dipakai menyusun mRNA.
Dalam proses pascatranskripsi mRNA akan menjadi tiga kegiatan yaitu
a. Pemasangan tudung,
Pemberian topi ini dilaksanakan segera setelah transkripsi dimulai,
dilakukan oleh enzim gunili- transferase, dengan menambahkan guanosin pada
ujung 5 triposfat dengan posisi 5 5 yang dilanjutkan dengan penambahan
gugus metal pada N7 dari guanine nukleotida yang ditambahkan tersebut.
Jenis tudung yang baru dijelaskan diatas disebut tudung tipe- O. Pada
jenis lain yaitu tipe -1 selain penambahan tudung tipe-O terjadi penambahan
gugus metal pada o2 ribosa nukleotida pertama pada ujung 5. bila nukleotida itu
mengandung adenine juga terjadi penambahan metal pada n6 basa tersebut.

13
 Pada tudung tipe-2 , sebagai tambahan tipe-1 terjadi penambahan metal
pada O2 nukleotida kedua dari ujung 5. keliahatannya eukariot bersel tunggal
hanya mengandung tudung tipe-O , sedangkan pada eukariotik lainnya yang
lebih dominant adalah tudung tipe-1. tudung pada ujung 5 meningkatkan
proses penterjemahan, dengan cara pembentukan kompleks inisiasi
penterjemahan. Suatu protein yang dapat menempel pada tudung yaitu CBP
( Cap Binding Protein(s)) merupakan factor yang berperan dalam proses
ekspresi gen
b. Penambahan ekor Poliadenil (Poli A )
Sebagian besar mRNA eukariot mempunyai ruas poli (A) pada ujung 3.
Sekitar 200 nukleotida berbasa adenine ditambahkan pada ujung 3-OH hasil
transkripsi primer oleh polymerase- poli(A) ini masih belum diketahui.
Mungkin berpengaruh terhadap kestabilan molekul RNA didalam sitoplasma
tetapi beberapa mRNA tidak mengandung poli (A) pada ujung 3 sebagai contoh
mRNA yang menyandikan protein histon
c. Pemenggalan intron
Hampir semua gen penyandi mRNA eukariot merupaka gen penggal,
yaitu grn yang mengandung satu atau banyak penyelang (intron) yang walaupun
ditranskripsikan menjadi praRNA ( hnRNA) kemudian akan hilang menjadi
mRNA yang sudah matang. Ruas ruas yang ditranskripsikan sampai kedalam
mRNA matang disebut ekson.Adanya ekson dan intron diperlihatkan melalui
hybrid mRNA dan DNA penyandi, maka tidak semua bagian ruas DNA
penyandi berpasangan dengan mRNA. Bagian bagian yang tigak berpasangan
ditafsirkan sebagai ruas penyelang( intron) yang ditranskripsikan kedalam
hnRNA, tetapi kemudian dalam proses pascatranskripsi dipenggal dan dibuang.
Bagian bagian DNA yang berpasangan dengan mRNA adalah bagian ekson,
yaitu yang ditranskripsikan kedalam mRNA dan terus dipellihara menjadi
mRNA.
Proses pemenggalan intron berlangsung meleui pembentukan lariat, yaitu
suatu percabangan berbentuk cincin berekor
Secara umum intron mRNA yang mengandung tiga unsure kondensus
yaitu GU pada ujung 5 nya, AG pada ujung 3 dan runtunan basa PyPyPuAPy
dekat ujung 3 pada gambar 2 diatas. Runtunan ini mungkin berbeda beda pada

14
 berbagai organisme, tetapi seluruh intron mengandung GT pada ujung 5 dan AT
pada ujung 3, sehingga disebut aturan GT-AG (atau GU-AG pada RNA) serta
TACTAAC menempati kotak PyPyPuAPy. Pemenggalan intron akan
menghasilakan ujung G5 pada intron dan pada ujung -3 ekson (ujung donor) .
Ujung G tersebut kemudian akan membentuk ikatan 5-2 fosfodiester dengan
salah satu adenosin pada kotak TACAAC, sehingga terbentuk struktur cincin
berekor yang disebut lariat. Terakhir akan dilakukan pemengglan pada ujung-3
intron dan menghasilkan ujung 5 ekson yang terdapat dihilir intron tersebut,
yang disebut ujung penerima. Kemudian dua ujung ekson yang telah terbentuk
ujung donor dan ujung penerima disambungkan terbentuk mRNA matang.
2. Sintesis dan Proses pascatranskripsi Trna
Gen-gen yang menyandikan tRNA terletak dalam berbagai operon
yangmmenghasilkan molekul pra-tRNA yang besar yang mungkin mengandung
beberapa calon molekul tRNA.
Beberapa tRNA ditranskripsikan bersama sama dengan rRNA. Proses
pascatranskripsi tRNA meliputi
-Pemotongan rantai pra-tRNA menjadi tRNA individual.
-Penambahan rangkaian basa CCA pada ujung 3 untuk sebagian Trna
-Modifikasi beberapa basa ( basa yang termodifikasi )
-Pemenggalan intron pada tRNA tertentu.
Berbagai enzim Rnase terlibat dalam pembentukan tRNA matang. Pdada
sebagian besar organisme, termasuk E.coli, Rnase P berperan dalam pembentukan
ujung 5, sedangkan ujung 3 dibentuk oleh aktivitas suatu enzim
eksoribonukleolitik. Pada sebagian besar organisme, termasuk E.coli, pada ujung 3
langsung terbentuk CCA3 (kemungkinan besar hasil kerja eksoribonuklease Rnase
D ), tetapi pada organisme lain termasuk beberapa tRNA yang dibentuk
bakteriofage T4, pada ujung 3 tidak terbentuk CCA: dalam hal ini dilakukan oleh
tRNA-nukleotidiltransferase. Enzim yang terakhir dibentuk pada E.coli oleh gen
cca.
Sebagian besar gen penyandi tRNA bukan gen penyanggal, tetapi terdapat
beberapa pra-tRNA yang mengandung intron. Beberapa tRNA inti khamir
mengandung satu intron pada lengan antikodonnya. Dalam ontron terdapat
runtunan basa komplementer terhadap antikodonnya, sehingga dapat membentuk

15
 struktur skunder. Struktur ini dapat dikenali oleh enzim pemenggal . Dalam proses
pemenggalan akan dilibatkan sekurang kurangnya dua enzim: yang pertama akan
mengkatalis pemenggalan intron menghasilkan ujung 5 dan ujung 3.: dan yang
kedua enzim ligase (RNA ligase) yang menyambung ekso ekson yang terbentuk.
Beberapa gen tRNA arkaebakteri mengantung suatu intron dengan anti kodon
pra-tRNA. Posisi intron sama seperti pada gen tRNA khamir, tetapi terdapat juga
intron yang letaknya persis pada runtunan anti kodon itu sendiri, yaitu pada tRNA-
Leu dari Thermoprotens tenax, sedangkan pada tRNA-Ala intronya terletak pada
posisi khas dibagi sisi 5 antikodon.
3. Proses Pascatranskripsi rRNA
Seperti juga yang berlakuy untuk mRNA dan tRNA, sintesis rRNA dilakukan
dibawah kata;lisis transkripase dengan menggunakn ruas DNA cetakan, dimulai
pada promotor dan berakhir pada terminator. Pada E..coli disandikan oleh tujuh
operon (rrnA, rrnnB, ..., rrnH) yang letaknya berpencar dalam kromosom bakteri
tersebut. Setiap operon rrn mempunyai dua promotor (P1 dan P2 ) yang dipisahkan
oleh 109-119 pb, ruas pengawal, ruas ruas gen ketiga rRNA serta luas penyelang
antar gen. Strutur operon tersebut adalah ss: P1-P2 pengawal- gen rRNA 16S-
penyelang gen rRNA23S gen rRNA5S terminator. Pada ruas penyelang anatr
gen terdapat satu atau dua gen tRNA: juga kadang kadang ter dapat satu atau dua
gen tRNA sebagai ruas pengiring yang terletak diantara gen rRNA 5S dengan
terminator, misalnya pada operon rrnD dan rrnh.
Masing masing operon tersebut akan ditranskripsikan kedalam satu molekul
pra-rRNA atau rRNA 30S, yang selanjutnya akan mengalami proses
pascatranskripsi menghasilkan ketiga rRNA matang. Dalam proses pascatranskripsi
enzim endoribonuklease, rRNA III, akan melakukan pemotongan rantai nukleotida
rRNA 30S, menjadi tiga molekul rRNA dan tRNA. Enzim ini dapat mengenali
dengan tepat situs tempat pemotongan yaitu terletak pada bagian ruas yang
berpasangan membentuk utas ganda. Rnase III akan memisahkan rRNA 16S dari
ruas pengawal dan ruas penyelang: rRNA 23S dari ruas penyelang dan rRNA 5S.
Diduga terdapat endonuklease lain yang ikud berperan memisahkan rRNA 5S ruas
pengiring atau terminator.

16
2.2 REPLIKASI
Setiap organisme yang memiliki asam nukleat akan melakukan perbanyakan atau
penggandaan pada molekul DNA atau RNA. Proses penggandaan DNA ini disebut
sebagai proses repikasi DNA atau RNA. Proses ini akan menghasilkan molekul anakan
yang identik, meskipun ada perkecualian. Dalam bahasan kali ini, penulis akan
menjelaskan replikasi DNA.
Sebelum membahas replikasi DNA secara biokimiawi, maka penulis akan
menjelasakan sejarah model replikasi DNA. Sebelum tahun 1958, ada tiga hipotesis
model replikasi DNA yaitu model semikonservatif, konservatif, dan dispersif. Hipotesis
pertama adalah semikonservatif yang dikemukakan oleh Watson dan Crick. Menurut
hipotesis ini, setiap molekul untaian ganda (double helix) anakan terdiri atas satu
untaian tunggal DNA induk dan satu untaian tunggal DNA hasil sintesis baru. Hipotesis
kedua adalah konservatif yang menyatakan bahwa molekul DNA untaian ganda induk
tetap bergabung sedangkan kedua untaian DNA anakan terdiri atas molekul hasil
sintesis yang baru. Hipotesis ketiga yaitu model dispersif yang menyatakan bahwa
molekul DNA indul mengalami fragmentasi, sehinngga DNA anakan terdiri atas
campuran molekul lama (induk) dan molekul baru hasil sintesis yang baru (lihat
gambar 1)

Gambar 1. Model-model replikasi DNA

Pada tahun 1958, Matthew Meselson dan Franklin Stahl berhasil menunjukkan
model replikasi DNA secara empiris dengan menggunakan isotop 15N dan 14N.

17
Mereka menguji ketiga hipotesis tersebut dan sebagai hasilnya model replikasi DNA
yang teruji secara eksperimental adalah semikonservatif (lihat gambar 2).

Gambar 2. Percobaan Matthew Meselson dan Franklin Stahl

Prinsip replikasi sangat sederhana, namun proses sebenarnya melibatkan

keterampilan biokimiawi yang sangat kompleks dan luar biasa. Proses-proses tersebut
melibatkan berbagai macam enzim yang saling bekerja untuk proses replikasi.
Pada prsoses reolikasi, sebagai contoh manusia yang memiliki 46 kromosom atau
setara dengan 6 miliar pasang molekul basa nitrogen A-T dan G-C (jika dibukukan
akan mengasilkan sekitar 900 buku dengan ketebalan sekitar 1000 halaman
Pada saat permulaan, replikasi dimulai pada tempat-tempat khusus yang disebut
pangkal replikasi (origin of replication). Pada kromosom eukariotik yang memiliki
molekul DNA yang lebih panjang, maka pangkal replikasi dimulai dari tempat-tempat
spesifik di mana kedua untai DNA induk membentuk gelembung replikasi. Adanya
peristiwa gelembung replikasi ini ditemukan oleh Elizabeth Gyurasist dan R.B. Wake.
(lihat gambar 3).

Gambar 3. Gelembung Replikasi

18
 Tahap selanjutnya adalah pemanjangan untaian DNA baru. Enzim yang berfungsi
untuk pemanjangan DNA adalah enzim DNA polimerase (DNA polymerase). Pada saat
nukleotida-nukleotida berjejer dengan basa-basa komplementer di sepanjang untaian
pola cetakan DNA, nukleotida-nukleotida ini ditambahkan oleh polimerase satu demi
satu ke ujung baru tumbuh dari untai DNA yang baru. Laju pemanjangannya kurang
lebih 500 nukleotida per detik pada bakteri dan 50 nukleotida per detik pada sel-sel
manusia.
Fakta yang tidak boleh diabaikan yakni, DNA bersifat antipararel yang memiliki
untaian DNA ujung 3 5 dan 5 3. Dengan adanya fakta ini, maka replikasi
berjalan dengan sistem dua arah (bidirectional replication). Peristiwa ini ditemukan
oleh J. Huberman dan A. Tsai pada lalat buah (Drosophila melanogaster). Replikasi
DNA berjalan dari arah 5 3 dan polimerase hanya menambahkan nukleotida pada
5. Di sepanjang salah satu untaian cetakan, DNA polimerase dapat mensintesis untaian
komplementer secara kontinu dengan arah 5 3 yang disebut leading strand.
Sementara untaian yang satunya bekerja secara diskontinu atau disebut lagging strand.
Berbeda dengan leading strand, yang bekerja secara terus menerus, maka lagging
strand bekerja secara bertahap sehingga membentuk serangkaian potongan ata
segemen. Potongan ini disebut sebagai fragmen Okazaki. Panjang fragmen ini sekitar
100 sampai 200 nukleotida. Selanjutnya, enzim ligase akan menggabungkan
antarfragmen Okazaki membentuk satu untai DNA tunggal (lihat gambar 4).

Gambar 4. Replikasi dua arah (bidirectional replication)

Ada hal lain yang perlu diketahui yakni DNA polimerase hanya dapat memulai

19
 bekerja menambahkan sebuah nukleotida jika sudah ada polinukleotida yang sudah
berpasangan dengan komplementer. Dalam hal ini DNA polimerase tidak akan bekerja
jika tidak ada yang memulai terlebih dahulu karna DNA polimerase hanya dapat
meneruskan nukleotida yang sudah ada. Untuk mengatasi hal ini, maka ada
polinukleotida yang disebut sebagai primer. Primer ini bukanlah DNA melainkan RNA.
Primer ini dibentuk oleh enzim primase yang panjangnya kurang dari 10 nukleotida
pada eukariota. Pada tahap selanjutnya DNA polimerase akan menggantikan
nukleotida-nukleotida RNA dari primer menjadi DNA. Pada leading strand hanya
membutuhkan satu primer, sedangkan pada lagging strand membutuhkan primer di
setiap fragmennya. Primer-primer tersebut harus dikonversi ke DNA sebelum
disambung oleh enzim ligase (lihat gambar 5).

Gambar 5. RNA primer

A. PENGERTIAN REPLIKASI
Bahan genetik yang ada pada setiap jasad akan mengalami proses perbanyakan
sebagai salah satu tahapan sangat penting dalam proses pertumbuhan sel atau
perbanyakan partikel virus. Proses perbanyakan bahan genetik dikenal sebagai proses
replikasi. Replikasi bahan genetik dapat dikatakan sebagai proses yang mengawali
pertumbuhan sel, meskipun sebenarnya pertumbuhan merupakan suatu resultan banyak
proses yang saling berkaitan satu sama lain.
Sel mempunyai mekanisme replikasi bahan genetik yang dilengkapi dengan
system penyutingan (editing) yang sangat akurat sehingga bahan genetik yang
diturunkan kepada sel anakan (progeny) mempunyai komposisi yang sangat identik
dengan komposisi bahan genetik sel induk. Replikasi bahan genetik diikuti oleh
pembentukan sel-sel anakan yang membawa duplikat bahan genetik hasil replikasi.
Sehingga kesalahan dalam proses replikasi bahan genetik dapat mengakibatkan
perubahan pada sifasifat sel anakan.

20
 Mekanisme replikasi bahan genetik sangat kompleks dan melibatkan banyak
protein yang masing-masing mempunyai peranan spesifik. Protein-protein yang terlibat
di dalam proses replikasi bahan genetik dikode oleh gen-gen yang terdapat di dalam
bahan genetik itu sendiri. Oleh karena itu, ada kaitan fungsional yang sangat erat dan
tidak terpisahkan antara proses replikasi bahan genetik dengan proses ekspresi genetik
dan metabolisme sel secara keseluruhan. Hambatan yang terjadi pada proses
metabolisme, misalnya penghambatan produksi energy, dapat pula mempengaruhi
proses replikasi karena replikasi juga memerlukan pasokan energi.

B. MACAM-MACAM REPLIKASI MOLEKUL DNA

1. Semikonservatif yang dikemukakan oleh Watson dan Crick,
dimana setiap molekul untaian ganda DNA anakan terdiri atas satu untaian-tunggal
DNA induk dan satu untaian-tunggal DNA hasil sintesis baru. model
semikonservatif merupakan model yang tepat untuk proses replikasi
DNA.Replikasi DNA semikonservatif ini berlaku bagi
organisme prokariot maupun eukariot.Perbedaan replikasi antara
organisme prokariot dengan eukariot adalah dalam hal jenis dan
jumlah enzim yang terlibat, serta kecepatan dan kompleksitas
replikasi DNA.Pada organisme eukariot, peristiwa replikasi
terjadi sebelum pembelahan mitosis, tepatnya pada fase sintsis
dalam siklus pembelahan sel.
Tahapan mekanisme replikasi DNA semikonservatif secara garis besar
adalah:
1. pemisahan (denaturation, denaturasi) untaian DNA induk,
2. peng-awal-an (initiation, inisiasi) sintesis DNA,
3. pemanjangan (elongation, elongasi) untaian DNA,
4. ligasi (ligation) fragmen-fragmen DNA, dan
5. peng-akhir-an (termination, terminasi) sintesis DNA

21
 2. Konservatif menyatakan setiap molekul untai ganda DNA anakan
terdiri atas satu untai tunggal DNA induk dan satu untai tunggal DNA
hasil sintesis baru.

3. Dispersif, menyatakan bahwa molekul DNA induk mengalami

fragmentasi sehingga DNA anakan terdiri atas campuran molekul lama
(berasal dari DNA induk) dan molekul hasil sintesis baru.

C. MEKANISME DASAR REPLIKASI

Proses awal replikasi DNA ialah dengan proses pemutusan untaiganda menjadi
untai tunggal (denaturasi).
Denaturasi pada awal replikasi DNA adalah proses enzimatis yang memisahkan ikan basa
dan diikuti dengan pembukaan untaianDNA
Untaian ini akan membentuk sturktur yang disebut sebagai garpureplikasi
replication fork.
Masing-masing untaian DNA berfungsi sebagai cetakan untuk penempelan nukleotida-
nukleotida yang akan menyusun molekulDNA baru.
Nukleotida-nukleotida baru akan dipolimerisasi menjadi untaianDNA baru dengan
urutan sesuai urutan cetakan DNA komplemennya.

22
 Proses polimerisasi nukleotida terjadi pada kedua untaian DNA cetakan sehingga
pada akhir replikasi akan dihasilkan dua molekulDNA baru yang identik.

D. KOMPONEN UTAMA DALAM REPLIKASI

Replikasi bahan genetik ditentukan oleh beberapa komponenutama yaitu;
1. DNA cetakan, yaitu molekul DNA atau RNA yang akan direplikasi.
2. Molekul deoksi ribonukleotida, yaitu dATP, dTTP, dCTP, dan dGTP.Deoksi
ribonukleotida terdiri atas tiga komponen; basa purin ataupirimidin, gula 5-
karbon(deoksiribosa) dan gugus fosfat.
3. Enzim DNA polimerase, yaitu enzim utama yang mengkatalisis
prosespolimerisasi nukleotida menjadi untaian DNA.
4. Enzim primase, yaitu enzim yang mengkatalisis sintesis primer untuk memulai
replikasi DNA.
5. Enzim pembuka ikatan untaian induk, yaitu enzim helikase dan enzimgirase.
6. Molekul protein yang menstabilkan untaian DNA yang sudah terbuka, yaitu
protein SSB (single stand binding protein).
7. Enzim DNA ligase, yaitu suatu enzim yang berfungsi untuk menyambung
fragmen-fragmen DNA.

E. REPLIKASI DNA PADA PROKARIOT

1. Inisiasi

Pelepasan untai DNA

23
 Replikasi DNA dimulai pada lokasi spesifik disebut sebagai asal replikasi, yang
memiliki urutan tertentu yang bisa dikenali oleh protein yang disebut inisiator DnaA.
Mereka mengikat molekul DNA di tempat asal, sehingga mengendur untuk perakitan
protein lain dan enzim penting untuk replikasi DNA. Sebuah enzim yang disebut
helikase direkrut ke lokasi untuk unwinding (proses penguraian/seperti membuka
resleting) heliks dalam alur tunggal.
Helikase melepaskan ikatan hidrogen antara pasangan basa, dengan cara yang
tergantung energi. Titik ini atau wilayah DNA yang sekarang dikenal sebagai garpu
replikasi (Garpu replikasi atau cabang replikasi adalah struktur yang terbentuk ketika
DNA bereplikasi). Setelah heliks yang terbuka, protein yang disebut untai tunggal
mengikat protein (SSB) mengikat daerah terbuka dan mencegah mereka untuk
menempel kembali. Proses replikasi sehingga dimulai, dan garpu replikasi
dilanjutkan dalam dua arah yang berlawanan sepanjang molekul DNA.

2. Sintesis Primer

Sintesis DNA Primer

Sintesis baru, untai komplementer DNA menggunakan untai yang ada sebagai
template yang dibawa oleh enzim yang dikenal sebagai DNA polimerase. Selain
replikasi mereka juga memainkan peran penting dalam perbaikan DNA dan
rekombinasi.
Namun, DNA polimerase tidak dapat memulai sintesis DNA secara independen,
dan membutuhkan 3 gugus hidroksil untuk memulai penambahan nukleotida
komplementer. Ini disediakan oleh enzim yang disebut DNA primase yang
merupakan jenis DNA dependent-RNA polimerase. Ini mensintesis bentangan pendek
RNA ke untai DNA yang ada. Ini segmen pendek disebut primer, dan terdiri dari 9-12
nukleotida. Hal ini memberikan DNA polimerase platform yang diperlukan untuk

24
 mulai menyalin sebuah untai DNA. Setelah primer terbentuk pada kedua untai, DNA
polimerase dapat memperpanjang primer ini menjadi untai DNA baru.
Pembukaan resleting DNA dapat menyebabkan supercoiling (bentukan seperti
spiral yang mengganggu) di wilayah garpu berikutnya. Ini superkoil DNA dibuka
oleh enzim khusus yang disebut topoisomerase yang mengikat ke bentangan DNA
depan garpu replikasi. Ini menciptakan memotong pada untai DNA dalam rangka
untuk meringankan supercoil tersebut.

3. Sintesis leading strand

Replikasi DNA untaian pengawal (leading strand)

DNA polimerase dapat menambahkan nukleotida baru hanya untuk ujung 3

dari untai yang ada, dan karenanya dapat mensintesis DNA dalam arah 5 3 saja.
Tapi untai DNA berjalan di arah yang berlawanan, dan karenanya sintesis DNA pada
satu untai dapat terjadi terus menerus. Hal ini dikenal sebagai untaian pengawal
(leading strand).
Di sini, DNA polimerase III (DNA pol III) mengenali 3 OH ujung RNA primer,
dan menambahkan nukleotida komplementer baru. Saat garpu replikasi berlangsung,
nukleotida baru ditambahkan secara terus menerus, sehingga menghasilkan untai
baru.

4. Sintesis lagging Strand (untai tertinggal)

Pada untai berlawanan, DNA disintesis secara terputus dengan menghasilkan
serangkaian fragmen kecil dari DNA baru dalam arah 5 3. Fragmen ini disebut

25
 fragmen Okazaki, yang kemudian bergabung untuk membentuk sebuah rantai terus
menerus nukleotida. Untai ini dikenal sebagai lagging Strand (untai tertinggal) sejak
proses sintesis DNA pada untai ini hasil pada tingkat yang lebih rendah.

sintesis lagging Strand

Di sini, primase menambahkan primer di beberapa tempat sepanjang untai
terbuka. DNA pol III memperpanjang primer dengan menambahkan nukleotida baru,
dan jatuh ketika bertemu fragmen yang terbentuk sebelumnya. Dengan demikian,
perlu untuk melepaskan untai DNA, lalu bergeser lebih lanjut kebagian atas untuk
memulai perluasan primer RNA lain. Sebuah penjepit geser memegang DNA di
tempatnya ketika bergerak melalui proses replikasi.

5. Penghapusan Primer
Meskipun untai DNA baru telah disintesis primer RNA hadir pada untai baru
terbentuk harus digantikan oleh DNA. Kegiatan ini dilakukan oleh enzim DNA
polimerase I (DNA pol I). Ini khusus menghilangkan primer RNA melalui 5 3
aktivitas eksonuklease nya, dan menggantikan mereka dengan deoksiribonukleotida
baru dengan 5 3 aktivitas polimerase DNA.

menghilangkan primer RNA

26
 6. Ligasi
Setelah penghapusan primer selesai untai tertinggal masih mengandung celah
antara fragmen Okazaki berdekatan. Enzim ligase mengidentifikasi dan menyumbat
celah tersebut dengan menciptakan ikatan fosfodiester antara 5 fosfat dan 3 gugus
hidroksil fragmen yang berdekatan.

Ligasi
7. Terminasi (pemutusan)
Replikasi ini terhenti di lokasi terminasi khusus yang terdiri dari urutan
nukleotida yang unik. Urutan ini diidentifikasi oleh protein khusus yang disebut tus
yang mengikat ke situs tersebut, sehingga secara fisik menghalangi jalur helikase.
Ketika helikase bertemu protein tus itu jatuh bersama dengan untai tunggal protein
pengikat terdekat.

Pemutusan

F. REPLIKASI DNA EUKARIOTA

Proses replikasi genom pada eukariot dapat dibagi kedalam tahapan:
A. Pengenalan titik ORI (titik awal replikasi)

27
 Titik awal replikasi dinamakan Ori C, dapat dikenali oleh enzim Dna A yang
dihasilkan oleh gen dnaA (pada E.coli) Terdapat berbagai jenis DnaA dan jenis Ori
pada berbagai organisme, sehingga Satu jenis DNA dari satu organisme belum
tentu dapat bereplikasi pada organisme lain, karena tidak cocok Ori dengan Dna A.
Penguraian pilinan heliks ganda :
1. Memutuskan ikatan hidrogen antara basa-basa dari utasan yang berpasangan,
memisahkan kedua utasan pada heliks ganda
2. Mencegah utasan tunggal yang terbentuk berpasangan kembali membentuk
heliks ganda
3. Melindungi dari kerusakan akibat enzim nuklease yang banyak terdapat dalam
sel.
4. Semua pekerjaan ini dilakukan oleh enzim helikase, girase DNA, dan protein
SSB (single strand Binding protein)
Helikase merupakan Kelompok protein yang berfungsi menghilangkan ikatan
hidrogen heliks ganda dan memisahkan menjadi utas tunggal
Jenis-jenis helikase lain
Helikase I (hasil gen tra I pada plasmid F) berperan dalam replikasi plasmid
Helikase II, III.
Girase menghilangkan tegangan superheliks.
Enzim ini merupakan topoisomerase tipe II berfungsi untuk menghilangkan
tegangan pada superheliks positif dengan cara membuka pilinan kearah negatif.
Girase disusun oleh 2 jenis subunit protein yaitu: Sub unit A oleh gen gyr A dan
Sub unit B oleh gen gyr B
Protein SSB melindungi utas tunggal
Kelompok protein khusus menempel dan berasosiasi dengan DNA utas tunggal,
melindungi DNA dari serangan nuklease, yang dapat menghalangi transkripsi.Peran
utamanya: Menstabilkan dan melindungi utas tunggal yang terbentuk selama
replikasi DNA, perbaikan DNA dan rekombinasi

Sintesis rantai polinukleotida baru

Proses penggabungan mononukleotida menjadi rantai, enzim yang berperan :
Polimerase RNA
Polimerase DNA
Ligase

28
B. Inisiasi Sintesis oleh polimerase RNA atau primase
Proses replikasi semua fragmen okazaki diawali oleh RNA primer.
Selanjutnya polimerase DNA memperpanjang rantai yang sudah ada. RNA primer
dibentuk oleh primase (dihasilkan oleh gen dnaG atau oleh polimerase RNA (hasil
gen rpo).
Sintesis perpanjangan rantai oleh polimerase DNA
Bertanggung jawab atas proses sintesis DNA baru dengan cara membentuk ikatan
fosfodiester yang merangkaikan C ke 5 satu nukleotida terhadap C ke 3 dari
nukleotida lain.
Penyambungan berbagai fragmen okazaki menjadi satu rantai polinukleotida
utuh.
Enzim ligase yang berperan untuk menyambung dua ujung rantai polinukleotida
menjadi rantai yang lebih panjang.Ligase terdapat dimana-mana didalam sel dan
bentuk berbeda-beda sesuai sumber energi yang dimanfaatkan.

Gambar 5. Gelembung replikasi

29
 BAB III
PENUTUP

A. Kesimpulan
Transkripsi dan replikasi DNA kedua melibatkan membuat salinan DNA dalam sel.
Salinan transkripsi DNA menjadi RNA, sementara replikasi membuat salinan lain dari
DNA. Kedua proses melibatkan generasi molekul baru asam nukleat, baik DNA atau
RNA; Namun, fungsi dari setiap proses sangat berbeda, dengan satu yang terlibat
dalam ekspresi gen dan terlibat lainnya dalam pembelahan sel.
Kedua replikasi DNA dan transkripsi melibatkan mengikat asam nukleat
melengkapi DNA, menghasilkan untai baru baik DNA atau RNA. Kedua proses dapat
menyebabkan kesalahan jika nukleotida yang salah dimasukkan. Sebuah kesalahan
baik dalam replikasi DNA atau transkripsi dapat menyebabkan perubahan pada gen,
dengan baik mengubah urutan DNA di salah satu sel anak yang mengarah ke
transkripsi urutan mRNA yang salah, atau dengan menyebabkan mRNA untuk
mendirikan suatu pasangan basa yang salah mengakibatkan urutan protein yang salah
diterjemahkan.
Replikasi DNA terjadi dalam persiapan untuk pembelahan sel, sedangkan
transkripsi terjadi dalam persiapan untuk terjemahan protein. Replikasi DNA penting
bagi benar mengatur pertumbuhan dan pembelahan sel. DNA tidak akan mengulangi
jika sel tidak memiliki faktor pertumbuhan tertentu, dengan demikian menjaga tingkat
pembelahan sel di bawah kontrol. Transkripsi DNA adalah metode untuk mengatur
ekspresi gen. Meskipun semua sel kita mengandung salinan dari semua gen kita, setiap
sel hanya mengungkapkan, atau menyala, gen yang diperlukan untuk fungsi sel
tersebut. Transkripsi hanya terjadi ketika gen diaktifkan.

B. Saran
Dari hasil makalah kelompok, dapat disarankan hal-hal sebagai berikut:
1. Hendaknya mahasiswa diberikan lebih banyak perkuliahan dan praktek labor untuk
meningkatkan penguasaan konsep terutama mengenai biologi sel.
2.Perlu dilakukan penelitian tentang replikasi dan transkripsi lebih lanjut untuk lebih
meningkatkan pemahaman tentang transkripsi dan replikasi DNA.

DAFTAR PUSTAKA

30
Adi Nugroho, Gatot. 2010. Replikasi.
http://gatotadinugroho.weebly.com/uploads/4/3/8/0/4380733/replikasi.ppt (Online).
Diakses pada tanggal 15 Februari 2015
P urw a As mara, Nurs apti. 2013. Replikas i DNA . http://belajar-di-
rumah.blogspot.com/2013/06/replikasi-dna.html (Online). Diakses pada tanggal 15
Februari 2015.

Gaffar, Shabarni . 2006. Bahan Ajar Bioteknologi Molekul. http://pustaka.unpad.ac.id/wp-

content/uploads/2009/06/diktat_biotekmol.pdf (Online). Diakses pda tanggal 14 Februari
2015
Susanto, A.H. Bahan Ajar Biologi Molekuler: Fakultas Biologi UNSOED. Purwokerto.
2004
Yuwono,Triwibowo.2005.Biologi Molekuler. Jakarta: Erlangga
Stryer.Luberts. 2000. Biokimia volume 3. Jakarta: EGC.

31
 TUGAS MATA KULIAH BIOLOI SEL
TRANSKRIPSI DAN REPLIKASI

DosenPembimbing :

DISUSUN OLEH :
KELOMPOK I
1. YessiArdiani
2. Helty Lestari S
3. Sarah SaputriTarigan
4. Debora Panin Sari
5. RiaAndina
6. KhairanNisak
7. Fanny Jesika
8. AsriNoviyanti
9. LidyaFebriKurniatin

PROGRAM MAGISTER ILMU KEBIDANAN

FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS ANDALAS
PADANG
2015

KATA PENGANTAR

32
 Puji syukur kami panjatkan kepada Tuhan Yang Maha Esa. Karena atas berkat dan
rahmatnya, kami dapat menyelesaikan makalah kelompok yang berjudul TRANSKRIPSI
DAN REPLIKASI. Penulisan makalah ini, dilakukan dalam rangka menambah wawasan
mahasiswa dalam mata kuliah Biologi sel.

Kami mengucapkan terima kasih kepada .......... yang telah mengarahkan dan
membantu kami dalam pembuatan makalah kami ini.

Dalam penulisan makalah ini, kami menyadari masih banyak terdapat kekurangan
kekurangan, untuk itu kami mengharapkan kritik dan saran untuk penyempurnaan makalah
kami. Semoga makalah ini nantinya bermanfaat bagi pengembangan ilmu biologi sel.
Akhir kata kami ucapkan terima kasih.

Kelompok

33