BAB I

PENDAHULUAN

A. Latar Belakang
Kandungan informasi DNA berupa materi genetik, terdapat dalam bentuk
urutan nukleotida yang spesifik di sepanjang untai DNA. Pada tahun 1909, dokter
asal Inggris Archibald Garrod menyatakan bahwa gen menentukan fenotipe melalui
enzim yang mengkatalisis reaksi kimia spesifik di dalam sel. Penelitian yang
dilakukan beberapa decade berikutnya juga mendukung hipotesis ini, karena telah
banyak bukti bahwa sel mensintesis dan mendegradasi sebagian besar molekul
organic melalui suatu jalur metabolic, dimana setiap reaksi kimiawi pada urutan-
urutan itu dikatalisis oleh enzim spesifik.
Setelah para ahli dan peneliti mempelajari tentang protein, terbukti bahwa tidak
semua protein tersebut adalah enzim. Protein yang bukan enzim tersebut merupakan
produk dari gen. Sehingga ahli biologi molekuler berkesimpulan bahwa satu gen-
satu protein. Akan tetapi, ada protein yang terdiri dari dua atau lebih rantai
polipeptida yang berbeda, dan setiap polipeptidaditentukan oleh gennya masing-
masing.
Gen akan memberi perintah untuk membuat protein tertentu, tetapi gen tiodak
membuat protein secara langsung. Jembatan antara DNA dan sintesis protein adalah
RNA. Selanjutnya makalah ini akan membahas lebih lanjut mengenai proses
sintesis protein.

B. Rumusan Masalah
Bagaimana rangkaian proses sintesis protein?

C. Tujuan Penulisan
Tujuan penyusunan makalah ini adalah untuk mengetahui berbagai rangkaian
dalam sintesis protein.

1
 BAB II
PEMBAHASAN

A. Sintesis protein.
Sintesis protein adalah proses pembentukan protein dari monomer peptida yang
diatur susunannya oleh kode genetik. Sintesis protein dimulai dari nukleus,
sitoplasma, dan ribosom. Sintesis protein melibatkan DNA sebagai pembuat rantai
polipeptida. Akan tetapi, DNA tidak dapat secara langsung menyusun rantai
polipeptida karena harus melalui RNA. Informasi yang dikode di dalam gen
diterjemahkan menjadi urutan asam amino selama sintesis protein. Informasi
ditransfer secara akurat dari DNA melalui RNA untuk menghasilkan polipeptida
dari urutan asam amino yang spesifik. Secara kimiawi, RNA sama dengan DNA,
kecuali bahwa RNA mengandung ribosa, bukan deoksiribosa sebagai gulanya dan
memiliki basa nitrogen urasil, bukan timin. Dengan demikian, setiap nukleotida
DNA terdiri dari deoksiribosa sebagai gulanya, dan A, G, C, T sebagai basanya.
Sedangkan RNA memiliki ribose sebagai gulanya, dan A, G, C, U sebagai basanya.
Ekspresi gen merupakan suatu proses di mana informasi yang dikode di dalam
gen diterjemahkan menjadi urutan asam amino selama sintesis protein. Selama
ekspresi gen, informasi genetik ditransfer secara akurat dari DNA melalui RNA
untuk menghasilkan polipeptida dari urutan asam amino yang spesifik. Panjang gen
biasanya mencapai ratusan atau ribuan nukleotida, masing-masing memiliki urutan
basa yang spesifik. Setiap polipeptida dari suatu protein juga memiliki monomer
yang tersusun dalam tatanan tertentu, tetapi monomernya terdiri dari dua pulah
asam amino. Dengan demikian, asam nukleat dan protein berisi informasi yang
ditulis dalam dua bahasa kimiawi yang berbeda. Untuk beralih dari DNA ke protein,
maka dibutuhkan dua tahapan, yaitu transkripsi dan translasi.

2
 Gambar 1. Proses Transkripsi dan Translasi pada Sel Prokariotik dan Eukariotik

B. Transkripsi
Transkripsi merupakan sintesis RNA berdasarkan arahan DNA. Kedua asam
nukleat menggunakan bahasa yang sama, dan informasinya tinggal ditranskripsikan
dari satu molekul ke molekul lain. Molekul RNA yang dihasilkan merupakan
transkrip penuh dari instruksi-instruksi pembangun-protein dari gen itu. Jenis
molekul RNA ini disebut RNA mesenjer (mRNA), karena molekul ini membawa
pesan dari DNA ke peralatan penyintesis protein.
Proses transkripsi terjadi di nukleus, dan mRNA dikirim ke sitoplasma, di mana
translasi terjadi. Tetapi sebelum mRNA itu meninggalkan nukleus, transkrip-
transkrip RNA eukariotik dimodifikasi dengan berbagai cara untuk menghasilkan
mRNA yang fungsional. Dengan demikian, dalam proses dua-langkah ini, transkrip
gen eukariotik menghasilkan pra-mRNA, dan pemrosesan RNA menghasilkan
mRNA fungsional.
Aliran informasi dari gen ke protein berdasarkan kepada kode triplet. Perintah
genetic untuk rantrai polipeptida ditulis dalam DNA sebagai suatu deret yang terdiri
dari tiga nukleotida. Misalnya triplet basa AGT mengatakan untuk meletakkan
asam amino serin di posisi yang sesuai. Pada dasarnya, sel tidak dapat secara
langsung mentranslasi gen menjadi asam amino. Pada proses transkripsi, gen
tersebut menentukan ururtan triplet basa disepanjang molekul mRNA. Untaian ini
disebut untaian cetakan. DNA yang ada dapat menjadi untaian cetakan di beberapa

3
daerah dalam suatu molekul DNA, sementara di daerah lain di sepanjang heliks
ganda untai komplementer berfungsi sebagai cetakan untuk sintesis RNA.
Apabila untai DNA ditranskripsi, triplet basa ACC pada DNA menyediakan
cetakan UGG dalam molekul mRNA. Triplet basa mRNA ini disebut dengan
kodon. Misalnya, UGG merupakan kodon untuk asam amino triptofan.

Gambar 2. Kode Triplet

Gambar 3. Kamus Kode Genetik

mRNA yang berperan sebagai pembawa informasi dari DNA ke peralatan

penyintesis-protein sel, ditranskripsi dari untai cetakan suatu gen. Enzim RNA
polimerase membuka pilinan kedua untai DNA sehingga terpisah dan
mengaitkannya bersama-sama nukleotida pasangan-basa pada saat nukleotida-

4
nukleotida ini membentuk pasangan-basa di sepanjang cetakan DNA. RNA
polimerase hanya dapat menambahkan ke ujung 3’ dari polimer yang sedang
tumbuh. Dengan demikian, molekul RNA memanjang dalam arah 5’→ 3’. Urutan
nukleotida spesifik di sepanjang DNA menandai di mana transkripsi suatu gen
dimulai dan diakhiri. Rentangan DNA yang ditranskripsi menjadi molekul RNA
disebut unit traskripsi. Proses transkripsi terbagi menjadi tiga tahapan, yaitu:
1. Inisiasi
Pada DNAterdapat suatu daerah yang disebut dengan promoter, yaitu daerah di
mana RNA polimerase melekat dan mengawali transkripsi. Suatu promoter
mencakup titik awal transkripsi dan biasanya membentang beberapa lusin pasangan
nukleotida “upstream” dari titik-awal. Selain itu, promoter juga menentukan yang
mana dari kedua untai heliks DNA yang digunakan sebagai cetakan.
Pada prokariota, RNA polimerase itu sendiri secara khusus mengenali dan
mengikatkan dirinya dengan promoternya. Sementara pada eukariota, faktor
transkripsi menjadi perantara antara pengikatan polimerase dan insiasi transkripsi.
Setelah faktor transkripsi tertentu diikat pada promoter barulah RNA polimerase
mengikatkan diri pada promoter tersebut. Susunan yang lengkap antara faktor
transkripsi dan RNA polimerase yang mengikatkan diri pada promoter disebut
kompleks inisiasi transkripsi. Begitu polimerase terikat kuat pada DNA promoter,
kedua untai DNA mengulur dan enzim mulai mentranskripsi untai cetakannya.

Gambar 4. Inisiasi Transkripsi pada Promoter Eukariotik

5
2. Elongasi
Saat RNA bergerak di sepanjang DNA, RNA terus membuka pilinan heliks-
ganda. RNA polymerase menambahkan nukleotida ke ujung 3’ dari molekul RNA
yang sedang tumbuh begitu enzim itu berlanjut di sepanjang heliks-ganda tersebut.
Pada saat sintesis RNA berlangsung, heliks-ganda DNA terbentuk kembali dan
molekul RNA akan lepas dari cetakan DNA-nya. Transkripsi berlanjut pada laju
kira-kira 60 nukleotida per detik pada eukariota.
3. Terminasi
Transkripsi berlangsung sampai RNA polimerase mentranskripsi urutan DNA
yang disebut terminator. Terminator yang ditranskripsi berfungsi sebagai sinyal
terminasi yang sesungguhnya. Pada sel prokariotik, transkripsi biasanya berhenti
tepat pada akhir sinyal terminasi. Sebaliknya, pada sel eukariota polymerase ini
terus melewati sinyal terminasi, suatu urutan AAUAAA di dalam pra-mRNA. Pada
titik yang lebih jauh kira-kira 10-35 nukleotida, pra-mRNA ini dipotong hingga
terlepas dari enzim tersebut. Tempat pemotongan pada RNA juga merupakan
tempat untuk penambahan ekor poli(A)−salah satu langkah pemrosesan RNA.

Gambar 5. Tahapan Transkripsi

Sebelum pesan genetiknya sampai di sitoplasma, enzim-enzim dalam nukleus

eukariotik memodifikasi pra-mRNA. Kedua ujung transkrip primer biasanya
diganti. Ujung 5’ merupakan ujung yang pertama dibuat selama transkripsi, segera
ditutup dengan bentuk nukleotida guanin (G) yang termodifikasi. Ujung 5’ ini
berfungsi untuk melindungi mRNA dari perombakan oleh enzim hidrolitik dab
setelah mRNA mencapai sitoplasma, ujung 5’ ini berfungsi sebagai penanda
“lekatkan di sini” untuk ribosom. Ujung 3’ juga dimodifikasi sebelum pesannya
meninggalkan nukleus. Pada ujung 3’ ini suatu enzim menambahkan ekor poli(A)

6
yang terdiri atas 30 hingga 200 nukleotida adenin. Seperti tutup 5’, Ekor poli(A) ini
menghambat degradasi RNA dan membantu ribosom melekat padanya. Ekor
poli(A) ini juga tmempermudah keluarnya mRNA dari nukleus.

Gambar 6. Penambahan Tutup 5’ dan Ekor Poli(A) RNA

Panjang rata-rata unit transkripsi di sepanjang moleku DNA eukariotik adalah

8000 nukleotida. Akan tetapi, hanya 1200 nukleotida untuk mengkode protein yang
ukuran rata-rata asam aminonya 400. Dengan demiakian, sebagian besar gen
eukariotik dan transkrip RNA-nya memiliki rentangan nukleotida yang bukan-
pengkode, ini disebut intron. Sedangkan daerah lain disebut ekson, yaitu daerah
yang akan ditranslasi menjasi asam amino. RNA polimerase mentranskripsi intron
maupun ekson dari DNA. Intron dipotong dan ekson bergabung menjadi satu untuk
membentuk suatu molekul mRNA dengan urutan pengkode yang kontinu.
Sinyal-sinyal untuk penyambungan RNA merupakan urutan nukleotida pendek
pada ujung-ujung intron. Partikel yang disebut ribonukleoprotein nukleus kecil
(snRNP), mengenali tempat-tempat penyambungan ini. Beberapa snRNP yang
berbeda akan bergabung dengan protein tambahan membentuk spliosom.
Spoliosom ini berinteraksi dengan tempat-tempat penyambungan pada unjung
intron. Spliosom ini terpotong pada titik-titik spesifik untuk melepas intronnya dan
bergabung Bersama kedua ekson yang mengapit intron tersebut. Penyambungan
ekson juga dapat terjadi tanpa melibatkan spliosom, tetapi melibatkan peran enzim
katalitik, yaitu ribozim.

7
 Gambar 7. Penyambungan RNA

Gambar 8. Peran snRNPdan Spliosom dalam Penyambungan mRNA

C. Translasi
Translasi merupakan sintesis polipeptida yang sesungguhnya, yang terjadi
berdasarkan arahan mRNA. mRNA menerjemahkan (mentranslasi) urutan basa
molekul mRNA ke dalam urutan asam amino polipeptida. Proses translasi ini terjadi
di ribosom. Dalam proses translasi suatu sel menginterpretasi suatu pesan genetik
dan membentuk protein yang sesuai. Pesan tersebut berupa serangkaian kodon di
sepanjang mRNA, interpreternya adalah RNA transfer (tRNA). Fungsi tRNA
adalah mentrasfer asam-asam amino dari sitoplasma ke ribosom. Ribosom
menambahkan setiap asam amino yang dibawa tRNA kecujung rantai polipeptida
yang sedang tumbuh.

8
 Gambar 9. Proses Translasi

Molekul tRNA ditranskripsi dari cetakan DNA. Pada sel eukariotik tRNA
dibuat di dalam nukleus dan harus diangkut dari nukleus ke sitoplasma, tempat
terjadinya translasi. Setiap molekul tRNA digunakan berulang kali untuk
mengambil desain asam aminonya dalam sitosol, kemudian menyimpan muatannya
ini di ribosom, dan meninggalkan ribosom untuk mengambil muatan lainnya.
Molekul tRNA terdiri atas untai tunggal RNA yang panjangnya 80 nukleotida.
Untai RNA melipat ke belakang terhadap dirinya sendiri membentuk molekul
dengan struktur tiga dimensi yang diperkuat oleh interaksi antara bagian-bagian
yang berbeda dari rantai nukleotida. Basa-basa nukleotida di daerah tertentu dari
untai tRNA membentuk ikatan hidrogen dengan basa-basa komplementer dari
daerah lain.

9
 Gambar 10. Struktur tRNA

Pengikatan kodon-antikodon merupakan bagian kedua dari tahap pengenalan

yang dibutuhkan untuk translasi suatu pesan genetik. Pengikatan ini didahului
dengan pemasangan yang benar antara tRNA dengan asam amino. tRNA yang
mengikatkan diri pada kodon mRNA yang menentukan asam amio tertentu, harus
membawa hanya asam amino tersebut ke ribosom. Tiap asam amino digabungkan
dengan tRNA yang sesuai oleh suatu enzim spesifikyang disebut sintetase tRNA-
aminoasil. Enzim sintetase ini mengkatalisis penempelan kovalen dari asam amino
pada tRNA-nya dalam suatu proses yang digerakkan oleh hidrolisis ATP. tRNA
aminoasil yang dihasilkan dilepaskan dari enzim tersebut dan membawa asam
aminonya ke rantai polipeptida yang sedang tumbuh didalam ribosom.

Gambar 11. Sintetase tRNA-aminoasil Menggabungkan Asam Amino Spesifik ke tRNA

10
 Ribosom memudahkan pemasangan yang spesifik antara antikodon tRNA
dengan kodon mRNA selama sintesis protein. Ribosom tersusun dari subunit kecil
dan subunit besar, subunit tersebut dibangun oleh protein-protein dan molekul RNA
yang disebut RNA ribosom. Pada eukariotik, subunit tersebut disintesis di nucleus.
Gen RNA ribosom pada DNA kromosomal ditranskripsi dan RNA tersebut diproses
dan disusun dengan protein-protein yang diambil dari sitoplasma. Sub unit ribosom
yang dihasilkan kemudian diekspor melaui pori-pori nukleus ke sitoplasma.
Subunit besar dan kecil bergabung untuk membentuk ribosom fungsional ketika
kedua subunit tersebut terikat pada molekul mRNA.

Gambar 12. Anatomi Ribosom

Proses translasi terdiri dari tiga tahapan, yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi.
Ketiga tahapan ini membutuhkan sejumlah energi. Energi ini dihasilkan oleh GTP
(guanin triphosphate), suatu molekul yang mirip dengan ATP.
1. Inisiasi
Tahap inisiasi dari translasi terjadi dengan adanya mRNA, sebuah tRNA yang
memuat asam amino pertama dari polipeptida, dan dua sub unit ribosom. Subunit
ribosom kecil mengikatkan diri pada mRNA dan tRNA inisiator khusus. Sub unit
ribosom kecil melekat pada tempat tertentu di ujung 5` dari mRNA. Pada arah
downstream dari mRNA terdapat kodon inisiasi AUG, yang memberikan sinyal
proses translasi dimulai. tRNA inisiator yang membawa asam amino metionin
melekat pada kodon inisiasi.

11
 Penyatuan mRNA, tRNA inisiator, dan sub unit ribosom kecil diikuti oleh
perlekatan subunit ribosom besar menyempurnakan kompleks inisiasi translasi.
Faktor inisiasi, yang merupakan suatu protein, dibutuhkan untuk membawa semua
komponen tersebut secara bersama-sama. Saat proses inisiasi selesai, tRNA
inisiator berada di P ribosom, dan tempat A pada ribosom siap untuk tRNA
aminoasil berikutnya.

Gambar 13. Inisiasi Translasi

2. Elongasi
Pada tahap ini asam amino ditambahkan satu per satu pada asam amino pertama.
Tiap penambahan melibatkan faktor elongasi dan terjadi dalam tiga siklus, yaitu
pengenalan kodon, pembentukan ikatan peptida, dan translokasi.
a. Pengenalan Kodon
Kodon mRNA pada tempat A di ribosom membentuk ikatan hydrogen dengan
anticodon tRNA yang baru masuk. tRNA tersebut membawa asam amino. Faktor
elongasi membawa tRNA ke tempat A.
b. Pembentukan Ikatan Peptida
Molekul rRNA dari subunit ribosom besar yang berfungsi sebagai ribozim,
mengkatalisis pembentukan ikatan peptide yang menggabungkan polipeptida dari
tempat P ke asam amino yang baru satang ke tempat A. polipeptida selanjtnya
memisahkan diri dari tRNA dan asam amino pada ujung karboksilnya berikatan
dengan asam amino yang dibawa oleh tRNA di tempat A.
c. Translokasi
tRNA di tempat A terikat pada polipeptida yang sedang tumbuh
ditranslokasikan ke tempat P. saat berpindah tempat antikodonnya tetap berikatan

12
pada hydrogen pada kodon mRNA. Sementara itu tRNA di tempat P bergerak ke
tempat E, dan dari tempat ini keluar ribosom.

Gambar 14. Siklus Elongasi Translasi

3. Terminasi
Terminasi merupakan tahap akhir translasi. Ketika suatu ribosom mencapai
suatu kodon terminasi pada untai mRNA, tempat A pada ribosom itu menerima
suatu protein yang disebut faktor pelepas sebagai ganti tRNA. Faktor pelepas
menghidrolisis ikatan antara tRNA di dalam tempat P dan asam amino terakhir dan
rantai polipeptida. Polipeptida ini kemudian dilepaskan dari ribosom. Elongasi
berlanjut hingga kodon stop mencapai ribosom. Triplet basa kodon stop adalah
UAA, UAG, dan UGA. Kodon stop tidak mengkode suatu asam amino melainkan
bertindak sebagai sinyal untuk menghentikan translasi.

Gambar 15. Proses Terminasi Translasi

13
 Suatu ribosom tunggal rata-rata dapat membuat polipeptida dalam waktu satu
menit. Secara khusus mRNA tunggal digunakan untuk membuat banyak transkrip
dari suatu polipeptida secra simultan, sementara ribosom mentranslasi pesan pada
waktu yang bersamaan. Ketika ribosom bergerak melewati kodon inisiasi, ribosom
kedua dapat melekat pada mRNA, oleh karena itu beberapa ribososm dapat
mengikutinya di sepanjang mRNA yang sama. Deretan ribosom ini disebut dengan
poliribosom. Selama dan sesudah proses sintesinya, rantai polipeptida menggulung
dan melipat membentuk protein fungsional dengan konformasi yang spesifik, yaitu
suatu molekul tiga dimensi dengan struktur sekunder dan tersier. Suatu gen
menentukan struktur primer yang kemudian akan menentukan konformasi.
Sintesis protein dapat dilihat dengan jelas pada mikrograf electron, di sini dapat
terlihat poliribosom, ribososm bebas dan terikat. Ribosom bebas tersuspensi di
dalam sitosol, menyintesis protein yang larut dalam sitososl, dan juga berfungsi di
sana. Sementara, ribosom terikat melekat pada sis sitosolik reticulum endoplasma,
ribosom inilah yang menyintesis protein endomembrane (selubung nucleus, RE,
apparatus golgi, lisosom, vakuola, dan membrane plasma) dan protein-protein yang
disekresikan dari sel, seperti insulin.
Polipeptida protein yang ditujukan untuk system endomembrane atau untuk
sekresi ditandai oleh peptide sinyal yang mengarahkan protein ke RE. peptide
sinyal ini merupakan suatu urutan yang terdiri dari sekitar 20 asam aminodi dekat
atau di ujung amino dari polipeptida. Peptide sinyal dikenali ketika muncul dari
ribosom oleh kompleks RNA protein yang disebut, partikel pengenal sinyal.
Partikel ini berfungsi sebagai adaptor yang membawa ribosom ke protein reseptor
yang dibentuk menjadi membrane RE. Sintesis polipeptida terus berlanjut di sana.
Polipeptida yang sedang tumbuh ini meliuk melewati membrane menuju ruang
sisternal melalui pori protein. Sisa dari polipeptida yang sudah selesai dibentuk ini
akan menjadi dua kemungkinang. Pertama, menjadi protein secretor yang akan
dilepaskan menuju larutan di dalam ruang sisternal. Kedua, menjadi protein
membrane yang akan tetaptertanam sebagian dalam membrane RE.

14
 Gambar 16. Mekanisme sinyal untuk mengarahkan protein ke RE

Gambar 17. Ringkasan Transkripsi dan Translasi dalam Sel Eukariotik

15
 BAB III
PENUTUP

A. Kesimpulan
1. Sintesis protein terdiri dari dua proses, yaitu proses transkripsi dan translasi.
Masing-masing proses ini terjadi dalam tiga tahapan, yaitu inisisasi, elongasi,
dan terminasi.
2. Pada proses transkripsi, RNA ditranskripsi melalui cetakan DNA dengan
mRNA yang berperan sebagai pembawa pesan. Proses transkripsi terjadi di
nucleus.
3. Pada proses translasi, mRNA keluar dari nucleus menuju ribosom untuk
menyampaikan pesan genetic yang dibawanya dan akan diterjemahkan oleh
tRNA untuk membentuk protein yang sesuai.

16