Sintesis Protein Bakteri dan Faktor Penghambatnya

Sharon Natalia Runtulalo (102017200)

Mahasiswa Fakultas Kedokteran Universitas Kristen Krida Wacana

sharon.2017fk200@civitas.ukrida.ac.id

Abstrak
Pada tingkat biokimia, sintesis protein sangatlah penting. Protein merupakan pembentuk sel,
bagian dari molekul-molekul dan enzim. Enzim yang sebagian besar terbuat dari protein
bertanggung jawab bagi pembentukan hampir semua makromolekul (molekul besar) pada sel.
Sintesis protein terjadi melalui dua tahap yaitu, proses transkripsi dan proses translasi. Proses
transkripsi merupakan proses pencetakan atau penulisan ulang DNA ke dalam mRNA. Proses
transkripsi sendiri terjadi di nukleus. Proses translasi merupakan proses penerjemahan kode
mRNA oleh tRNA ke dalam urutan asam amino. Proses translasi sendiri terjadi di dalam
sitoplasma dengan bantuan ribosom. Dalam proses transkripsi dan proses translasi sama-sama
terjadi tahap inisiasi, elongasi, dan terminasi.
Kata kunci: sintesis protein, transkripsi, translasi
Abstract
On the level of biochemistry, protein synthesis is very important. Protein is in the form of a
cell, part of the molecules and the enzymes. An enzyme that made mostly of a protein
responsible for the formation of a almost all macromolecules (large molecules) on cells.
Protein synthesis occur through two stages, the process of a transcription and the process of
the translation. The process of a transcription is a process of printing or rewrite of DNA into
messenger RNA.The process of a transcription own occurring in nucleus. The process of the
translation is the process of translating code of messenger RNA by tRNA into the sequence
of amino acids. The process of the translation own occurring in the ribosome in the cytoplasm
of with the help of the ribosome. In the process of a transcription and the process of the
translation equally happened stage initiation, an elongation, and the termination.
Keywords: protein synthesis, transcription, translation
Pendahuluan

Ekspresi gen di dalam sel memerlukan dua proses yaitu proses transkripsi dan proses
translasi. DNA mengalami transkripsi untuk menghasilkan asam ribonukleat (RNA). RNA
adalah suatu asam ribonukleat yang terdapat dalam alur informasi genetik organisme yang
berupa dogma sentral dari DNA, RNA, protein. Di dalam sel terdapat tiga jenis RNA yaitu
mRNA, tRNA dan rRNA. Ketiga jenis RNA ini berpartisipasi dalam proses translasi (sintesis
protein). RNA messenger (mRNA) membawa informasi genetik dari inti ke sitoplasma,
tempat translasi berlangsung di ribosom, struktur yang mengandung kompleks protein-RNA
ribosomal (rRNA). RNA transfer (tRNA) membawa asam amino ke ribosom, tempat asam
amino tersebut disatukan dalam ikatan peptida untuk membentuk protein.1,2
Dalam makalah ini saya akan membahas tentang bakteri borrelia burgdorferi yang
merupakan bakteri yang menyebabkan penyakit lyme yang ditularkan lewat gigitan kutu.
Kondisi ini dapat menjangkiti dan mengganggu berbagai sistem organ tubuh. Penderita
penyakit lyme dapat diberikan beberapa jenis antibiotik salah satunya yaitu erythromycin
yang termasuk dalam antibiotik kelompok makrolid. Dari penulisan makalah ini, diharapkan
para pembaca bisa memahami dan mengerti cara kerja antibiotik erythromycin yang
berfungsi menghambat sintesis protein, salah satunya menghambat sintesis protein pada
bakteri borrelia burgdorferi.

Sintesis Protein
Sintesis protein adalah pembentukan rantai polipeptida dari asam-asam amino melalui
ikatan peptida. Sintesis protein dibagi menjadi dua tahap yaitu transkripsi dan translasi,
dimana masing-masing tahap terdiri dari tiga langkah yaitu inisiasi, elongasi, dan
terminasi. Tahapan sintesis protein pada sel prokariotik tidak terputus dan bersambung,
artinya tahap translasi dapat dilakukan meskipun tahap transkripsi belum selesai. Hal ini
dikarenakan sel prokariotik tidak memiliki inti sel sehingga tahap transkripsi dan translasi
dilakukan di sitoplasma. Sedangkan Tahapan sintesis protein pada sel eukariotik sama dengan
sel prokariotik yaitu terdiri dari tahap transkripsi dan tahap translasi. Perbedaanya pada sel
eukariotik, transkripsi terjadi di inti sel dan translasi terjadi di sitoplasma tepatnya di
ribosom. Selain itu, dalam tahap transkripsi terdapat pemrosesan mRNA sebelum keluar ke
sitoplasma.3

Gambar 1. Bagan Sintesis Protein4

Proses Transkripsi
Dogma sentral genetika molekuler menerangkan bahwa informasi yang terdapat pada
DNA akan digunakan untuk menghasilkan molekul RNA melalui suatu proses yang disebut
transkripsi.5 Transkripsi memerlukan enzim RNA polimerase, trifosfat ribonukleosida yang
tepat (ATP, GTP, CTP, dan UTP) dan cetakan DNA. DNA mentranskripsi kode genetiknya
pada pembentukan RNA, yakni kode-kode yang merupakan rumusan urutan asam amino dari
protein yang akan disintesis. Ketika melakukan transkripsi, suatu segmen dari “double helix”
DNA terbuka. Segmen DNA ini adalah gen yang akan diekspresikan. Salah satu rantai DNA
yang telah terbuka melakukan transkripsi. Rantai DNA ini disebut antisense strand. Rantai
pasangannya yang sudah terbuka tidak mengalami transkripsi, disebut sense strand. Proses
transkripsi berjalan sebagai berikut, enzim RNA polimerase melekatkan diri pada bagian
khusus dari molekul DNA dan membuka spiral ganda. Kemudian, kedua rantai yang tadinya
membentuk double helix terpisah pada ikatan atom H yang menghubungkan kedua basa N.
RNA polimerase kini bergerak melalui antisense strand dari arah 3’→ 5’, sambil memasang
ribonukleotida (terdapat di medium sekitarnya dalam bentuk trifosfat, misalnya ATP) pada
rantai RNA yang sedang terbentuk, dengan urutan basa N yang komplementer dengan urutan
basa N pada rantai antisense strand dari DNA. Dengan demikian, setiap C pada DNA yang
ditranskripsi akan disisipkan G ke rantai mRNA, setiap G pada DNA disisipkan C ke rantai
mRNA, setiap A pada DNA disisipkan U ke rantai mRNA, dan setiap T pada DNA
disisipkan A pada RNA. mRNA keluar dari intimenuju sitoplasma, tepatnya di ribosom.
Selanjutnya, mRNA terikat oleh RNA ribosom, pada saat ini proses translasi dimulai. tRNA
(RNA transfer) membawa asam amino yang sesuai dengan kode genetik yang dibawa oleh
mRNA.6 Dalam proses transkripsi melalui 3 tahapan yaitu, tahap inisiasi, elongasi, dan
terminasi.
 Gambar 2. Tahapan Transkripsi7

Tahap inisiasi (permulaan) dikenal dengan promoter yaitu daerah DNA sebagai
tempat melekatnya RNA polimerase untuk memulai transkripsi. RNA polimerase melekat
atau berikatan dengan promoter, setelah promoter berikatan dengan kumpulan protein yang
disebut faktor transkripsi. Kumpulan antara promoter, RNA polimerase, dan faktor
transkripsi ini disebut kompleks inisiasi transkripsi. Selanjutnya, RNA polimerase membuka
rantai ganda DNA.7
Setelah membuka pilinan rantai ganda DNA, RNA polimerase ini kemudian
menyusun untaian nukleotida-nukleotida RNA dengan arah 5 ́ ke 3’. Pada tahap elongasi
(pemanjangan) ini, RNA mengalami pertumbuhan memanjang seiring dengan pembentukan
pasangan basa nitrogen DNA. Pembentukan RNA analog dengan pembentukan pasangan
basa nitrogen pada replikasi. Pada RNA tidak terdapat basa pirimidin timin (T), melainkan
urasil (U). Oleh karena itu, RNA akan membentuk pasangan basa urasil dengan adenin pada
rantai DNA. Tiga macam basa yang lain, yaitu adenin, guanin, dan sitosin dari DNA akan
berpasangan dengan basa komplemennya masing-masing sesuai dengan pengaturan
pemasangan basa. Adenin berpasangan dengan urasil dan guanin dengan sitosin.7
 Penyusunan untaian nukleotida RNA yang telah dimulai dari daerah promoter
berakhir di daerah terminasi (pengakhiran). Setelah transkripsi selesai, rantai DNA menyatu
kembali seperti semula dan RNA polimerase segera terlepas dari DNA. Akhirnya, RNA
terlepas dan terbentuklah mRNA yang baru. Pada sel prokariotik, RNA hasil transkripsi dari
DNA, langsung berperan sebagai mRNA. Sementara itu, RNA hasil transkripsi gen pengkode
protein pada sel eukariotik, akan menjadi mRNA yang fungsional (aktif) setelah melalui
proses tertentu terlebih dahulu. Dengan demikian, pada rantai tunggal mRNA terdapat
beberapa urutan basa nitrogen yang merupakan komplemen (pasangan) dari pesan genetik
(urutan basa nitrogen) DNA. Setiap tiga macam urutan basa nitrogen pada nukleotida mRNA
hasil transkripsi ini disebut sebagai triplet atau kodon.7

Proses Translasi
Informasi yang terdapat pada sebagian RNA digunakan untuk menghasilkan protein
melalui suatu proses yang disebut translasi. Translasi dikatalisis oleh berbagai enzim yang
bergabung dengan ribosom.4 Dalam proses translasi protein di ribosom, proses pembentukan
ikatan peptida terjadi dengan penggabungan gugus amin dari asam amino yang masih terikat
ke tRNA ke gugus karboksil dari asam amino yang sudah terikat di ribosom. Proses translasi
di ribosom dengan demikian menghasilkan untaian polipeptida dengan gugus amin bebas di
ujung depan dan gugus karboksil di ujung belakang. Oleh sebab itu, berdasarkan arah proses
translasi protein, ujung N menempati nomor urut pertama (nomor 1). Kedua gugus terminal
ini bisa terionisasi sesuai dengan muatannya (NH3+ atau COO-), bergantung pada PH
lingkungannya.8 Dalam proses transkripsi melalui 3 tahapan yaitu, tahap inisiasi, elongasi,
dan terminasi.
 Gambar 3. Tahap Inisiasi Translasi7

Ribosom sub unit kecil mengikatkan diri pada mRNA yang telah membawa sandi
bagi asam amino yang akan dibuat, serta mengikat pada bagian inisiator tRNA. Selanjutnya,
molekul besar ribosom juga ikut terikat bersama ketiga molekul tersebut membentuk
kompleks inisiasi. Molekul-molekul tRNA mengikat dan memindahkan asam amino dari
sitoplasma menuju ribosom dengan menggunakan energi GTP dan enzim. Bagian ujung
tRNA yang satu membawa antikodon, berupa triplet basa nitrogen. Sementara, ujung yang
lain membawa satu jenis asam amino dari sitoplasma. Kemudian, asam amino tertentu
tersebut diaktifkan oleh tRNA tertentu pula dengan menghubungkan antikodon dan kodon
(pengode asam amino) pada mRNA. Kodon pemula pada proses translasi adalah AUG, yang
akan mengkode pembentukan asam amino metionin. Oleh karena itu, antikodon tRNA yang
akan berpasangan dengan kodon pemula adalah UAC. tRNA tersebut membawa asam amino
metionin pada sisi pembawa asam aminonya.7
 Gambar 4. Tahap Elongasi Translasi7

Tahap pengaktifan asam amino terjadi kodon demi kodon sehingga dihasilkan asam
amino satu demi satu. Asam-asam amino yang telah diaktifkan oleh kerja tRNA sebelumnya,
dihubungkan melalui ikatan peptida membentuk polipeptida pada ujung tRNA pembawa
asam amino. Misalnya, tRNA membawa asam amino fenilalanin, maka anticodon berupa
AAA kemudian berhubungan dengan kodon mRNA UUU. Fenilalanin tersebut dihubungkan
dengan metionin membentuk peptida. Melalui proses elongasi, rantai polipeptida yang sedang
tumbuh tersebut semakin panjang akibat penambahan asam amino.7

Gambar 5. Tahap Terminasi Translasi7

Proses translasi berhenti setelah antikodon yang dibawa tRNA bertemu dengan kodon
UAA, UAG, atau UGA. Dengan demikian, rantai polipeptida yang telah terbentuk akan
dilepaskan dari ribosom dan diolah membentuk protein fungsional.7
Faktor Penghambat Bakteri
Antibakteri adalah zat yang dapat menghambat pertumbuhan. Dalam
penggolongannya antibakteri dikenal dengan antiseptik dan antibiotik. Berbeda dengan
antibiotik yang tidak merugikan sel-sel jaringan manusia, daya kerja antiseptik tidak
membedakan antara mikroorganisme dan jaringan tubuh. Namun pada dosis normal praktis
tidak bersifat merangsang kulit. Antibiotik adalah zat-zat kimia yang dihasilkan oleh bakteri
dan fungi, yang memiliki khasiat mematikan atau menghambat pertumbuhan kuman. Obat
yang digunakan untuk menghambat pertumbuhan bakteri penyebab infeksi pada manusia dan
harus memiliki toksisitas selektif yang tinggi. Berdasarkan mekanisme kerjanya, antibiotik
yang berfungsi menghambat sintesis protein sel bakteri terdiri dari tetrasiklin, kloramfenikol,
dan erythromycin. Erythromycin adalah golongan antibiotik makrolida. Antibiotik makrolida
merupakan suatu golongan obat anti mikroba yang menghambat sintesis protein mikroba.
Makrolida adalah suatu golongan senyawa yang  berkaitan erat dan ditandai oleh sebuah
cincin lakton makrosiklik (biasanya mengandung 14 atau 16 atom), tempat gula-gula deoksi
melekat. Struktur umum erythromycin diperlihatkan dengan cincin makroid dan gula
desosamin dan kladinosa. Obat ini kurang larut dalam air (0,1%), tetapi mudah larut dalam
pelarut organic. Larutan relatif stabil pada 20˚C dan pada pH asam. Erythromycin biasanya
dibuat dalam  bentuk ester dan garam.9

Gambar 6. Struktur Senyawa Obat Eritromisin (C37H67NO13)10

Dalam mengatasi infeksi, erythromycin bekerja dengan cara membunuh bakteri penyebab
infeksi tersebut. Erythromycin dapat digunakan untuk mengobati berbagai jenis infeksi
bakteri akut, seperti infeksi kulit, mata, telinga, saluran kemih, dan pernapasan. Obat ini juga
dapat digunakan untuk mencegah kambuhnya serangan demam rematik pada pasien yang
memiliki reaksi alergi terhadap antibiotik sulfa dan penisilin. Obat ini dapat dikonsumsi oleh
orang dewasa maupun anak-anak.9
Untuk pertumbuhan, sel bakteri perlu mensintesis berbagai protein. Sintesis protein
berlangsung di dalam ribosom, dengan bantuan mRNA dan tRNA. Pada bakteri, ribosom
terdiri atas dua sub unit yang berdasarkan konstanta sedimentasi dinyatakan sebagai ribosom
30S dan 50S. Untuk berfungsi pada sintesis protein, kedua komponen ini akan bersatu pada
pangkal rantai mRNA menjadi ribosom 70S. Salah satu penghambatan sintesis protein yaitu
dengan antibiotik erythromycin. Antibiotik erythromycin dapat menghambat sintesis protein
bakteri pada saat telah berdifusi ke dalam sel yaitu senyawa tersebut berikatan dengan
komponen sel ribosom 50 S bakteri dekat tempat kloramfenikol terikat yang kemudian
membentuk kompleks pada tahap inisiasi (tahap awal sintesis protein), sehingga
menstimulasi translasi yang salah dan menyebabkan kode pada mRNA salah dibaca oleh
tRNA pada saat sintesis protein. Akibatnya, terjadi penyimpangan dalam ribosom yang
mengakibatkan sintesis protein dilanjutkan dengan pasangan yang tidak tepat dan akhirnya
mengganggu pembentukan protein. Kemampuan senyawa antimikroba dalam menghambat
pertumbuhan bakteri dipengaruhi oleh kestabilan terhadap protein, lipid, garam dan tingkat
keasaman (pH) dalam medium pertumbuhan.3,10,11

Gambar 7. Mekanisme Kerja Antibiotik pada Sel Bakteri11

Kesimpulan
 Antibiotik erythromycin yang termasuk golongan antibiotik makrolida bisa
menghambat sintesis protein pada bakteri. Karena saat antibiotik erythromycin ini telah
berdifusi ke dalam sel yaitu dengan berikatan dengan komponen sel ribosom 50 S bakteri
dan kemudian membentuk kompleks pada tahap inisiasi (tahap awal sintesis protein),
sehingga menstimulasi translasi yang salah dan menyebabkan kode pada mRNA salah dibaca
oleh tRNA pada saat sintesis protein. Akibatnya, terjadi penyimpangan dalam ribosom yang
mengakibatkan sintesis protein dilanjutkan dengan pasangan yang tidak tepat dan akhirnya
mengganggu pembentukan protein.

Daftar Pustaka

1. Malik A. RNA therapeutic pendekatan baru dalam terapi gen. Majalah Ilmu
Kefarmasian Agustus 2008;2(2):51-61
2. Marks DB, Marks AD, Smith CM. Biokimia kedokteran dasar. Jakarta:ECG;2009
3. Fadhilla R. Aktivitas antimakroba ekstrak tumbuhan lumut hati (marchantia paleacea)
terhadap bakteri patogen dan pembusuk makanan. Bogor:Lembaga Penerbit Institut
Pertanian Bogor;2010
4. Firmansyah R, Mawardi A, Riandi MU. Mudah dan aktif belajar biologi. Bandung:PT
Setia Purna Inves;2008
5. Stansfield W, Cano R, Colome J. Biologi molekuler dan sel. Jakarta:Penerbit
Erlangga;2009
6. Sumbono A. Biokimia pangan dasar. Yogyakarta:Deepublish;2016
Diunduh dari https://books.google.co.id/books?
id=sM4oDwAAQBAJ&dq=proses+transkripsi&hl=id&source=gbs_navlinks_s
Jumat, 19 Januari 2018 pukul 23:53
7. Marsenda PH, Akmal A, Ningtyas SC, Lahmudin A, Anggraini D. Dasar-dasar
bioteknologi “struktur serta fungsi dna dan protein”. Jambi:Lembaga Penerbit
Fakultas Keguruan dan Ilmu Pendidikan;2014
8. Thenawidjaja M, Ismaya WT, Retnoningrum DS. Protein serial biokimia mudah dan
menggugah. Jakarta:Gramedia Widiasarana;2017
9. Rostinawati T. aktivitas antibakteri ekstrak etanol bunga rosella (hibiscus sabdariffa l)
terhadap escherichia coli, salmonella typhi dan staphylococcus aureus dengan metode
difusi agar. Jatinangor:Lembaga Penerbit Fakultas Farmasi Universitas
Padjajaran;2009
10. Widyastuti DR. Eritromisin. Banjarbaru:Lembaga Penerbit Fakultas Farmasi
Universitas Lambung Mangkurat;2014
11. Parhusip A. Kajian mekanisme antibakteri ekstrak andaliman terhadap bakteri
patogen pangan. Bogor:Lembaga Penerbit Institut Pertanian Bogor;2009