BAB I

PENDAHULUAN
1.1 Latar Belakang
Protein merupakan bahan yang sangat penting bagi struktur dan fungsi sel-sel makhluk
hidup. Contohnya, protein struktural digunakan sebagai penyusun membran sel, sedangkan
protein fungsional (misalnya, enzim) digunakan sebagai biokatalisator untuk berbagai proses
sintesis dari sel. Protein tersusun atas satu atau lebih rantai polinukleotida. Polinukleotida
tersusun atas beberapa peptide. Adapun peptida tersusun atas banyak asam amino.
Sintesis protein menggunakan kombinasi berbagai jenis asam amino untuk menghasilkan
beragam jenis protein yang berbeda. Diperlukan bahan dasar berupa 20 macam asam amino,
pelaksana berupa mRNA, tRNA, dan rRNA; sumber energi berupa ATP; dikatalis oleh enzim
polimerase.
Sintesis protein terjadi di dalam sel, yaitu di dalam ribosom. Struktur dan aktivitas
protein ditentukan oleh urutan asam amino yang menyusunnya. Setiap macam protein
mempunyai urutan asam-asam amino yang spesifik.
Emil Fisher merupakan orang yang pertama berhasil menyusun molekul protein dengan
cara menggandeng-gandengkan 15 molekul glisin dengan molekul leusin sehingga diperoleh
suatu polipeptida. Asam amino yang satu dengan asam amino yang lain dihubungkan dengan
suatu ikatan yang disebut ikatan peptida.

1.2 Rumusan Masalah

1. Apa pengertian sintesis protein dan tahap-tahap sintesis protein?
2. Apa maksud dari Replikasi DNA dan proses replikasi DNA?
3. Apa yang di maksud dengan teknologi DNA serta pengaplikasiannya

1.3 Tujuan Penulisan

1. Mengetahui pengertian sintesis protein dan tahap-tahap sintesis protein.
2. Mengetahui maksud dari Replikasi DNA dan proses replikasi DNA.
3. Mengetahui maksud dari teknologi DNA serta pengaplikasiannya.

1
 BAB II
PEMBAHASAN

2.1 Pengertian dan tahap-tahap sintesis protein

Sintesis protein adalah proses dimana sel dapat mengubah asam amino menjadi polimer
rantai panjang yang disebut protein. Protein merupakan molekul yang mempunyai berbagai
fungsi di dalam sel seperti sebagai struktur sel/jaringan, cadangan energi, pergerakan,
transportasi beberapa substansi, mengkatalisa reaksi biokimia, dan melindungi terhadap
terjangkitnya penyakit. Protein tersusun dari lebih 50% dari berat kering sel. Sintesis protein
diprogram oleh DNA. Selama proses ini DNA akan diubah menjadi RNA yang kemudian
ditranslasikan menjadi protein di ribosom. Tahap-tahap sintesis protein:

1. Tahap Replikasi DNA

Pada tiap sel yang terdapat pada makhluk hidup tentunya akan mengalami pembelahan
sel, dimana biasanya pembelahan sel ini dapat terbagi berdasarkan kelipatannya, contohnya
disini adalah pembelahan 4 sel menjadi 8 sel. Akan tetapi, sebelum sel tersebut melakukan
proses pembelahan, terdapat proses penggandaan komponen yang terdapat dalam sel, salah
satunya adalah DNA. Penggandaan DNA inilah yang kemudian disebut sebagai replikasi.

Jadi, pengertian dari replikasi adalah proses sintesis DNA baru yang terjadi di dalam
nukleus sel. Pada proses replikasi DNA ini membutuhkan bantuan dari enzim helikase yang
bertugas untuk melepaskan basa dan ikatan hidrogen yang terdapat pada rangkaian DNA. Pada
saat proses replikasi berlangsung, induk DNA akan membentuk anak DNA yang memiliki
bentuk yang sama dengan induknya, dengan demikian dapat disimpulkan bahwa induk DNA
memiliki tugas untuk membentuk DNA baru.

Baltimore, Muzushima dan Temin (1970) berpendapat bahwa dari sekian banyak virus,
terdapat beberapa virus yang ternyata dapat mensintesis DNA yang berasal dari RNA dengan

2
hasil rantai tunggal. Enzim yang bertugas dalam proses sintesis tersebut dinamakan DNA
polimerase.

2. Tahap Transkripsi

Tahap transkripsi adalah tahapan dimana DNA akan membentuk RNA dengan
menguraikan kode genetik yang berasal dari DNA. Pada tahap ini akan menghasilkan 3 jenis
RNA, yaitu: mRNA, tRNA, rRNA. Tahap ini dapat berlangsung di dalam sitoplasma dengan
diawali proses pembukaan rantai ganda yang dimiliki oleh DNA dengan bantuan enzim RNA
polimerase. Rantai tunggal yang bertugas sebagai rantai sense, sedangkan rantai lain yang
berasal dari pasangan DNA dinamakan rantai anti sense. Tahap transkripsi sendiri terbagi atas
3 tahap, yaitu tahap inisiasi, elongasi dan terminasi.

Tahap Inisiasi (Permulaan)

Pada saat proses replikasi terdapat daerah yang disebut sebagai pangkal replikasi, lalu
pada proses transkripsi juga dikenal nama promoter yang merupakan wilayah DNA yang
digunakan sebagai tempat melekatnya RNA polimerase untuk melakukan transkripsi. Terdapat
proses dimana RNA kemudian akan melekat dengan promoter, kemudian promoter akan
mengikat kumpulan protein yang kemudian proses ini disebut sebagai faktor transkripsi. Dari
sini, RNA polimerase, promoter dan faktor transkripsi akan disebut sebagai kompleks inisiasi
transkripsi. Dimana selanjutnya RNA polimerase akan bertugas membuka rantai ganda yang
dimiliki oleh DNA.

Tahap Pemanjangan

Ketika RNA polimerase suah membuka rantai ganda DNA, maka RNA tersebut akan
menyusun uraian nukleotida-nukleotida RNA dengan ketentuan arah 5′ ke 3′. Pada tahap ini,
RNA akan mengalami pemanjangan diri seiring dengan proses pembentukan pasangan DNA

3
dengan basa nitrogen. Pada RNA tidak memiliki yang namanya basa pirimidin timin (T), akan
tetapi memiliki urasil (U). Maka dari itu, RNA kemudian akan membentuk pasangan basa
urasil dengan bantuan adenin yang terdapat pada rantai DNA. Dalam rantai RNA terdapat 3
jenis basa, yaitu guanin, sitosin dan adenin, dimana nantinya 3 basa ini akan berpasangan
dengan basa komplemen yang sudah ditetapkan sesuai dengan aturan pasangan basa. Pada
tahap ini, adenin nantinya akan berpasangan dengan urasil, sedangkan guanin akan
berpasangan dengan sitosin.

Tahap Akhir

Setelah tahap transkripsi selesai, rantai DNA akan menyatu kembali seperti semula,
lalu RNA polimerase akan lepas dari rantai DNA. RNA yang terlepas dari DNA tersebut
kemudian akan membentuk RNA m yang baru. Di dalam sel prokariotik, RNA hasil dari
transkripsi akan berperan aktif sebagai RNA m. Akan tetapi, RNA yang dihasilkan dari
transkripsi kode akan menjadi RNA m yang akan aktif setelah melalui tahap tertentu. Dari sini
dapat disimpulkan bahwa pada rantai tunggal RNA m memiliki beberapa urutan basa nitrogen.
Tiap 3 jenis urutan dari basa nitrogen yang terdapat pada nukleotida RNA m hasil dari
transkripsi akan disebut sebagai kodon atau triplet.

3. Tahap Translasi

Translasi adalah proses menerjemahkan kode kodon yang berasal dari RNA m untuk
menjadi asam amino yang nantinya akan membentuk protein. Masing-masing urutan dari basa
nitrogen yang berbeda nantinya akan diterjemahkan menjadi asam amino yang berbeda pula.
Contohnya disini adalah asam amino fenilalanin yang merupakan terjemahan dari kodon UUU
(3 basa urasil), asam amino glisin (CGC), asam amino serin (UCA) dan asam amino triptofan

4
 (UGG). Pada tahap ini setidaknya terdapat 20 macam jenis asam amino yang
dibutuhkan untuk dapat membentuk protein yang berasal dari terjemahan kodon mRNA.
Selanjutnya, beberapa dari asam amino tersebut akan menghasilkan rantai polipeptida yang
spesifik dan nantinya akan membentuk protein yang spesifik pula. Proses translasi sendiri
terbagi atas 3 tahap :

Tahap Awal

Pada tahap awal translasi, unit kecil dari ribosom akan mengikat pada mRNA yang
sudah membawa kode genetik untuk asam amino yang akan dibuat, juga akan mengikat bagian
inisiator dari tRNA. Kemudian, molekul dari ribosom akan mengikat bersama 3 molekul
tersebut dan membentuk komplek inisiasi. Langkah selanjutnya adalah molekul dari tRNA
tersebut akan mengikat dan memindahkan asam amino dari sitoplasma ke ribosom dengan
bantuan enzim dan energi GTP ). Masing-masing ujung tRNA akan membawa 1 antikodon dan
1 asam amino. Langkah selanjutnya adalah asam amino akan diaktifkan oleh tRNA dan
menghubungkan antara kodon dan antikodon pada mRNA.

Tahap Pemanjangan

Setelah asam amino diaktifkan, maka akan dihubungkan lagi oleh ikatan peptida yang
membentuk polipeptida di ujung tRNA yang membawa asam amino. Contohnya adalah tRNA
membawa sebuah asam amino fenilalanin, dengan demikian antikodonnya akan AAA yang
kemudian akan berhubungan dengan kodon mRNA UUU. Pada proses ini, rantai polipeptida
akan memanjang, hal ini disebabkan oleh adanya menambahan dari asam amino.

Tahap Terminasi

Tahap akhir adalah ketika antikodon yang dibawa oleh tRNA bertemu dengan kodon
UAA, UGA dan UAG. Hal tersebut dikarenakan rantai polipeptida yang sudah terbentuk akan
dilepaskan dari ribosom dan diolah untuk menjadi protein yang fungsional.

Pengertian Kode Genetik

genetik ialah kode yang dibawa oleh ARN duta (ARNd) untuk disampaikan kepada
ARN transfer (ARNt). Kode genetik di bentuk sesuai dengan urutan basa dalam rantai ADN.

5
 Peran ADN selain sebagai pengendali faktor-faktor keturunan, juga mengatur
penyusunan protein yang kegiatannya di atur oleh enzim-enzim tertentu. Enzim itu sendiri
adalah protein yang bekerjanya sangat khas.
Sebagai tempat membangun protein-protein itu adalah didalam ribosom. Selanjutnya
ADN menyampaikan informasi kepada ribosom untuk sintesis protein yang di perlukan.
Adapun kode-kode perintah atau informasi yang tercermin pada urutan dan
pengulangan basa-basa nitrogen yang teratur dalam ADN dibawa oleh ARN. ARN yang
menerima perintah dari ADN segera meninggalkan inti pergi ke ribosom, tempat penyusunan
protein.

Mekanisme Penyampain Kode Genetik

Setiap kode (satu kodon) terdiri atas 3 basa N yang letaknya berurutan pada ARNd.
Kodon-kodon pada ARNd tersebut harus diterjemahkan oleh ARNt, agar dapat diketahui
macam asam amino yang harus diangkutnya.
Contoh : bila kodon pada ARNd berbunyi Urasil-Urasil-Urasil (UUU) maka ARNt harus
mengangkut asam amino fenalalanin.
Apabila ADN membentuk kode genetik AUU-CCU-GAC-AGA maka polipeptida yang
dapat dibentuk tersusun dari asam-asam amino isoleusin-prolin-aspartik-arginin. Kode genetik
untuk seluruh organisme bersifat universal, artinya kode genetik suatu organisme dapat
diterjemahkan oeh organisme lain dan membentuk asam amino yang sama.
Instruksi kode genetik diperintahkan oleh DNA dalam sintesis protein. Kode genetik
ditentukan oleh urutan tiga dari empat basa nitrogen. Urutan tiga basa tersebut akan dikopi atau
disalin oleh mRNAdan akan dibawa keluar dari inti sel untuk diterjemahkan. Urutan tiga basa
nukleotida pada mRNAdi sebut kodon, akan menyandikan asam amino tertentu. Karena
jumlah asam amino yang ada adalah 20 jenis, sedangkan jumlah kemungkinan kode triplet yang
disusun dari 4 macam basa adalah 64 buah, dimungkinkan satu asam amino memiliki lebih dari
satu kodon.
Kodon AUG sebagai kodon startjuga merupakan kodon yang mengode asam amino
metionin. Kodon start merupakan tempat pertama kali dimulainya translasi mRNApada sat
sintesis protein. Sementara itu, kodon UAA, UAG, dan UGA merupakan kodon stop.

6
 Tabel kodon dan asam amino yang disandikan :

2.2 Replikasi DNA dan proses replikasi DNA

DNA adalah materi herediter di dalam sel dan dalam bentuk urutan kode dari amina
heterosiklik. Manusia memiliki biasanya 46 untai DNA, mereka dikenal sebagai kromosom.
Gen adalah daerah tertentu pada setiap kromosom yang berisi informasi turun-temurun.
Replikasi DNA dimulai di lokasi tertentu yang dikenal sebagai asal replikasi. Replikasi DNA
adalah proses di mana sebuah molekul DNA asli menghasilkan dua salinan identik DNA.
Replikasi DNA adalah proses biologis yang terjadi pada semua organisme hidup. Replikasi
DNA merupakan dasar untuk pewarisan. DNA terbuat dari dua helai dan setiap helai sel induk
bertindak sebagai template untuk produksi untai komplementer. Proses ini dikenal sebagai
replikasi semi-konservatif DNA.

Rangkaian peristiwa yang terjadi selama replikasi DNA prokariotik telah dijelaskan di bawah
ini.

Inisiasi

Pelepasan untai DNA

7
 Replikasi DNA dimulai pada lokasi spesifik disebut sebagai asal replikasi, yang
memiliki urutan tertentu yang bisa dikenali oleh protein yang disebut inisiator DnaA. Mereka
mengikat molekul DNA di tempat asal, sehingga mengendur untuk perakitan protein lain dan
enzim penting untuk replikasi DNA. Sebuah enzim yang disebut helikase direkrut ke lokasi
untuk unwinding (proses penguraian/seperti membuka resleting) heliks dalam alur tunggal.

Helikase melepaskan ikatan hidrogen antara pasangan basa, dengan cara yang
tergantung energi. Titik ini atau wilayah DNA yang sekarang dikenal sebagai garpu replikasi
(Garpu replikasi atau cabang replikasi adalah struktur yang terbentuk ketika DNA bereplikasi).
Setelah heliks yang terbuka, protein yang disebut untai tunggal mengikat protein (SSB)
mengikat daerah terbuka dan mencegah mereka untuk menempel kembali. Proses replikasi
sehingga dimulai, dan garpu replikasi dilanjutkan dalam dua arah yang berlawanan sepanjang
molekul DNA.

Sintesis Primer

Sintesis DNA Primer

Sintesis baru, untai komplementer DNA menggunakan untai yang ada sebagai template
yang dibawa oleh enzim yang dikenal sebagai DNA polimerase. Selain replikasi mereka juga
memainkan peran penting dalam perbaikan DNA dan rekombinasi.

Namun, DNA polimerase tidak dapat memulai sintesis DNA secara independen, dan
membutuhkan 3′ gugus hidroksil untuk memulai penambahan nukleotida komplementer. Ini
disediakan oleh enzim yang disebut DNA primase yang merupakan jenis DNA dependent-
RNA polimerase. Ini mensintesis bentangan pendek RNA ke untai DNA yang ada. Ini segmen
pendek disebut primer, dan terdiri dari 9-12 nukleotida. Hal ini memberikan DNA polimerase
platform yang diperlukan untuk mulai menyalin sebuah untai DNA. Setelah primer terbentuk
pada kedua untai, DNA polimerase dapat memperpanjang primer ini menjadi untai DNA baru.

8
Pembukaan resleting DNA dapat menyebabkan supercoiling (bentukan seperti spiral yang
mengganggu) di wilayah garpu berikutnya. Ini superkoil DNA dibuka oleh enzim khusus yang
disebut topoisomerase yang mengikat ke bentangan DNA depan garpu replikasi. Ini
menciptakan memotong pada untai DNA dalam rangka untuk meringankan supercoil tersebut.

Sintesis leading strand

Replikasi DNA untaian pengawal (leading strand)

DNA polimerase dapat menambahkan nukleotida baru hanya untuk ujung 3′ dari untai
yang ada, dan karenanya dapat mensintesis DNA dalam arah 5′ → 3′ saja. Tapi untai DNA
berjalan di arah yang berlawanan, dan karenanya sintesis DNA pada satu untai dapat terjadi
terus menerus. Hal ini dikenal sebagai untaian pengawal (leading strand).

Di sini, DNA polimerase III (DNA pol III) mengenali 3′ OH ujung RNA primer, dan
menambahkan nukleotida komplementer baru. Saat garpu replikasi berlangsung, nukleotida
baru ditambahkan secara terus menerus, sehingga menghasilkan untai baru.

Sintesis lagging Strand (untai tertinggal)

Pada untai berlawanan, DNA disintesis secara terputus dengan menghasilkan serangkaian
fragmen kecil dari DNA baru dalam arah 5 ‘→ 3’. Fragmen ini disebut fragmen Okazaki, yang
kemudian bergabung untuk membentuk sebuah rantai terus menerus nukleotida. Untai ini
dikenal sebagai lagging Strand (untai tertinggal) sejak proses sintesis DNA pada untai ini hasil
pada tingkat yang lebih rendah.

9
 sintesis lagging Strand

Di sini, primase menambahkan primer di beberapa tempat sepanjang untai terbuka. DNA pol
III memperpanjang primer dengan menambahkan nukleotida baru, dan jatuh ketika bertemu
fragmen yang terbentuk sebelumnya. Dengan demikian, perlu untuk melepaskan untai DNA,
lalu bergeser lebih lanjut kebagian atas untuk memulai perluasan primer RNA lain. Sebuah
penjepit geser memegang DNA di tempatnya ketika bergerak melalui proses replikasi.

Penghapusan Primer

Meskipun untai DNA baru telah disintesis primer RNA hadir pada untai baru terbentuk harus
digantikan oleh DNA. Kegiatan ini dilakukan oleh enzim DNA polimerase I (DNA pol I). Ini
khusus menghilangkan primer RNA melalui ‘5→ 3’ aktivitas eksonuklease nya, dan
menggantikan mereka dengan deoksiribonukleotida baru dengan 5 ‘→ 3’ aktivitas polimerase
DNA.

menghilangkan primer RNA

Ligasi

Setelah penghapusan primer selesai untai tertinggal masih mengandung celah antara fragmen
Okazaki berdekatan. Enzim ligase mengidentifikasi dan menyumbat celah tersebut dengan
menciptakan ikatan fosfodiester antara 5 ‘fosfat dan 3’ gugus hidroksil fragmen yang
berdekatan.

10
Ligasi

Terminasi (pemutusan)

Replikasi ini terhenti di lokasi terminasi khusus yang terdiri dari urutan nukleotida yang unik.
Urutan ini diidentifikasi oleh protein khusus yang disebut tus yang mengikat ke situs tersebut,
sehingga secara fisik menghalangi jalur helikase. Ketika helikase bertemu protein tus itu jatuh
bersama dengan untai tunggal protein pengikat terdekat.

2.3 Teknologi DNA dan Aplikasiannya

Teknologi DNA rekombinan telah mungkinkan bagi kita untuk: mengisolasi DNA dari
berbagai organisme, menggabungkan DNA yang berasal dari organisme yang berbeda
sehingga terbentuk DNA rekombinan, memasukkan DNA rekombinan ke dalam sel organisme
prokariot maupun eukariot hingga DNA rekombinan dapat berepilkasi dan bahkan dapat
diekspresikan. Jadi, Teknologi DNA Rekombinan merupakan kumpulan teknik atau metoda
yang digunakan untuk mengkombinasikan gen-gen di dalam tabung reaksi. Teknik-teknik
tersebut meliputi: - Teknik untuk mengisolasi DNA.

- Teknik untuk memotong DNA.

- Teknik untuk menggabung atau menyambung DNA.

- Teknik untuk memasukkan DNA ke dalam sel hidup.

11
 Sejak jaman dahulu kala, nenek moyang kita telah mengenal beraneka ragam mahluk
hidup. Beragamnya mahluk hidup memberikan kemungkinan bagi manusia untuk memilih
sesuai dengan yang dikehendakinya. Para pendahulu kita juga telah memahami bahwa sifat-
sifat organisme itu diturunkan kepada keturunannya (zuriat). Adanya keragaman telah
memberikan andil bagi nenek moyang kita untuk memilih jenis mahluk hidup yang sifat-
sifatnya sesuai dengan yang diinginkan. Jenis dengan sifat yang dinginkan tersebut kemudian
dikembangbiakkan atau di dibudidayakan.

Perkembangan ilmu pengetahuan terutama ilmu tentang pewarisan sifat (Ilmu

Genetika) yang dipelopori oleh Gregor Mendel telah mendorong manusia untuk membuat
kombinasi baru dari sifat-sifat yang diinginkan. Upaya untuk mendapatkan kombinasi baru dari
sifat yang diinginkan dilakukan dengan membuat persilangan-persilangan (breeding) antar
berbagai tanaman maupun hewan. Persilangan tersebut menghasilkan organisme hibrid.
Misalnya, jagung hibrida, kelapa hibrida, anggrek hibrida, dan hibrida-hibrida lainnya.
Tanaman maupun hewan hibrida mempunyai genom yang berbeda dengan genom tetuanya.
Jadi, persilangan (breeding) merupakan salah satu cara untuk merubah genom suatu organisme.

Dengan telah ditemukannya DNA sebagai bahan gen, manusiapun berupaya untuk
mendapatkan kombinasi sifat-sifat baru suatu mahluk hidup dengan cara melakukan perubahan
langsung pada DNA genomnya. Usaha untuk mengubah DNA genom secara langsung ini
disebut dengan istilah Rekayasa Genetika atau Genetic Engineering. Dalam upaya melakukan
rekayasa genetika, manusia menggunakan teknologi DNA rekombinan.

Dasar teknologi DNA rekombinan

Teknologi DNA rekombinan berdasarkan pada mekanisme yang terdapat pada bakteri.
Hasil Percobaan Lederberg dan Tatum (1946) menunjukkan bahwa bakteri mempunyai
mekanisme seksual. Mekanisme seksual pada bakteri ini menyebabkan terbentuknya
kombinasi gen-gen yang berasal dari dua sel yang berbeda. Mekanisme seksual pada bakteri
ini merupakan pertukaran DNA atau gen dari satu sel ke sel lainnya. Jadi mekanisme seksual
pada bakteri ini tidak bersifat reproduktif (tidak menghasilkan anak atau zuriat). Transfer DNA
atau perpindahan DNA ke dalam bakteri dapat melalui tiga cara yaitu konjugasi, transformasi,
dan transduksi

12
 Konjugasi

merupakan perpindahan DNA dari satu sel (sel donor) ke dalam sel bakteri lainnya (sel
resipien) melalui kontak fisik antara kedua sel. Sel donor (sel jantan) memasukkan sebagian
DNA-nya ke dalam sel resipien (sel betina). Transfer DNA ini melalui pili seks yang dimiliki
oleh sel jantan. Sel betina tidak memiliki pili seks. DNA dari sel jantan berpindah kedalam sel
betina secara reflikatif. Oleh karena itu, setelah proses konjugasi selesai, sel jantan tidak
kehilangan DNA. Setelah konjugasi selesai kedua sel berpisah kembali dan jumlah sel tidak
bertambah (setelah konjugasi tidak dihasilkan anak sel). Oleh karena itu, proses konjugasi ini
disebut juga sebagai proses atau mekanisme seksual yang tidak reproduktif.

Transformasi

merupakan pengambilan DNA oleh bakteri dari lingkungan di sekelilingnya. Ingat:

Griffith (1928), Avery dkk (1944). Sel bakteri dapat mengambil DNA yang ada di lingkungan
sekitarnya. DNA yang berada di sekitar bakteri (DNA asing) dapat berupa potongan DNA atau
fragmen DNA yang berasal dari sel bakteri lainnya atau dari organisme lainnya. Masuknya
DNA dari lingkungan ke dalam sel bakteri ini dapat terjadi secara alami.

Transduksi

adalah cara pemindahan DNA dari satu sel ke dalam sel lainnya melalui perantaraan
fage. Beberapa jenis virus berkembang biak di dalam sel bakteri. Virus-virus yang inangnya
adalah bakteri seringkali disebut bakteriofage atau fage. Pada waktu fage menginfeksi bakteri,
fage memasukkan DNA-nya ke dalam bakteri. DNA fage ini kemudian bereplikasi di dalam
sel bakteri atau berintegrasi dengan kromosom bakteri (ingat siklus hidup fage: siklus litik dan
siklus lisogenik).

DNA yang masuk ke dalam sel bakteri selanjutnya dapat ber-integrasi dengan DNA atau
kromosom bakteri sehingga terbentuk kromosom rekombinan.

13
Perangkat tekologi DNA rekombinan

Enzim restriksi

Pada tahun 1960, Werner Arber & Hamilton Smith menemukan enzim dari mikroba
yang dapat memotong DNA utas ganda. Enzim tersebut sekarang dikenal dengan nama enzim
restriksi atau endonuklease restriksi. Enzim tersebut mengenal dan memotong DNA pada
sekuens spesifik yang panjangnya 4 sampai dengan 6 pasang basa. Enzim tersebut sekarang
dikenal dengan nama enzim restriksi atau enzim endonuklease restriksi. Secara alami, bakteri
menghasilkan enzim restriksi untuk menghancurkan DNA fage yang menginfeksinya (yang
masuk kedalam sel bakteri)
Sampai saat ini sudah banyak jenis enzim restriksi yang telah ditemukan dan diisolasi
dari berbagai spesies bakteri. Nama setiap enzim restriksi diawali dengan tiga huruf yang
menyatakan nama bakteri yang menghasilkan enzim tersebut.Setiap enzim restriksi mengenal
sekuens dan situs pemotongan yang khas. Enzim restriksi memotong DNA bukan pada
sembarang tempat, tetapi memotong DNA pada bagian tertentu. Bagian pada DNA yang
dikenai aksi pemotongan oleh enzim restriksi ini dinamakan sekuens pengenal. Suatu sekuens
pengenal adalah urutan nukleotida (urutan basa) tertentu yang dikenal oleh enzim restriksi
sebagai tempat atau bagian yang akan dipotongnya. Salah satu contoh enzim restriksi ini adalah
enzim EcoRI yang telah diisolasi pertama kali oleh Herbert Boyer pada tahun 1969 dari bakteri
Escherichia coli. Enzim
EcoRI memotong DNA pada bagian yang urutan basanya adalah GAATTC (sekuens
pengenal bagi EcoRI adalah GAATTC). Di dalam sekuens pengenal tersebut, enzim EcoRI
memotongnya tidak pada sembarang situs tetapi hanya memotong pada bagian atau situs antara
G dan A.
Pada DNA utas ganda, sekuens GAATTC ini akan berpasangan dengan sekuens yang
sama tetapi berlawanan arah. Enzim EcoRI ini memotong setiap utas dari utas ganda tersebut
pada bagian antara G dan A. Sebagai akibatnya, potongan-potongan atau fragmen-fragmen
DNA utas ganda yang dihasilkan akan memiliki ujung berutas tunggal. Ujung seperi ini yang
dikenal dengan istilah sticky ends atau cohesive ends.
Enzim DNA ligase
Pada tahun 1972, David Jackson, Robert Simon, dan Paul Berg melaporkan bahwa
mereka berhasil membuat molekul DNA rekombinan. Mereka berhasil menggabungkan
fragmen-fragmen DNA dengan

14
cara memasangkan (anneal) ujung sticky ends dari satu fragmen dengan ujung sticky
endsfragmen lainnya, kemudian menyambungkan kedua ujung fragmen-fragmen tersebut
secara kovalen dengan menggunakan enzim DNA ligase. Keberhasilan membuat DNA
rekombinan ini terjadi tidak lama setelah enzim restriksi ditemukan dan diisolasi pertama kali
dari E.coli oleh Herbert Boyer yaitu pada tahun 1969.
Plasmid
Pada umumnya bakteri mempunyai satu kromosom. Kromosom bakteri berupa DNA
sirkular atau DNA yang berbentuk lingkaran. Disamping memiliki satu kromosom, berbagai
jenis bakteri juga memiliki DNA sirkular lainnya yang ukurannya jauh lebih kecil dari pada
DNA kromosomnya. DNA sirkuler selain kromosom yang terdapat pada bakteri dinamakan
plasmid. Jadi, plasmid merupakan DNA bakteri yang terpisah dari kromosom bakteri. Plasmid
dapat bereplikasi sendiri. Plasmid juga mengandung berbagai gen. Jenis, jumlah jenis, dan
jumlah tiap jenis (copy) plasmid bervariasi antar sel. Bahkan antar sel dalam satu spesies
bakteri
Plasmid mulai digunakan sebagai vektor untuk mengklonkan gen tidak lama setelah
David Jackson, Robert Simon, dan Paul Berg berhasil membuat molekul DNA rekombinan itu
pada tahun 1972. Dalam hal ini, plasmid digunakan sebagai pembawa fragmen DNA asing.
Dengan kata lain, plasmid dikombinasikan dengan DNA asing. Plasmid rekombinan yang
pertama kali berhasil bereplikasi di dalam sel bakteri adalah plasmid pSC101 yang telah
dikonstruksi oleh Stanley Cohen dan Herbert Boyer (SC=Stanley Cohen).

Transposon
Transposon atau elemen loncat mula-mula ditemukan oleh Barbara McClintock. Untuk
sampai pada penemuan tentang adanya transposon, Barbara McClintock mempelajari
penyebab terjadinya variasi warna biji jagung. Seperti yang pernah anda pelajari sebelumnya
bahwa biji jagung terbentuk sebagai hasil dari pembuahan ganda (dua pembuahan). Satu
pembuahan menghasilkan zigot yang kemudian berkembang menjadi embrio yang tersimpan
dalam biji jagung. Satu pembuahan lainnya menghasilkan endosperma. Endosperma inilah
yang kita lihat penampilannya (yang nampak sebagai biji jagung). Endosperma ini merupakan
bagian terbesar dari biji dan merupakan bagian penyimpan makanan. Endosperma inilah yang
kita gunakan kandungan karbohidratnya untuk makanan kita maupun makanan ternak.

transposon adalah DNA yang dengan sendirinya dapat berpindah-pindah tempat atau
berpindah posisinya. Transposon dapat berpindah-pindah tempatnya pada satu molekul DNA

15
atau pada satu krosom. Transposon juga dapat pindah dari satu molekul DNA ke molekul DNA
lainnya atau pindah dari satu kromosom ke kromosom lainnya. Karena memiliki kemampuan
untuk berpindah tempat dengan sendirinya maka sering kali transposon disebut juga dengan
nama elemen loncat. Transposon dapat ditemukan pada berbagai jenis tanaman, cendawan, dan
bakteri. Jenis transposon bermacam-macam berdasarkan ukuran atau panjangnya, gen-gen
yang dikandungnya, dan cara berpindahnya.

Pustaka genom
Salah satu cara yang digunakan untuk mempelajari genom suatu organisme adalah
dengan menggunakan pendekatan Shot-Gun. Dengan pendekatan ini, DNA total dipotong
menggunakan enzim restriksi. Oleh karena jumlah potongannya sangat banyak maka sangatlah
sulit untuk mempelajari setiap potongan tersebut dalam waktu yang bersamaan. Oleh karena
itu, potongan-potongan tersebut perlu untuk disimpan lebih dulu sebelum mendapatkan
gilirannya untuk dipelajari. Untuk menyimpan potongan atau fragmen DNA genom digunakan
Pustaka Genom. Pustaka genom merupakan koleksi berbagai klon bakteri yang berisi plasmid
rekombinan maupun koleksi klon fage yang mengandung DNA rekombinan

Di dalam pustaka genom ini, setiap plasmid rekombinan atau setiap DNA fage
rekombinan membawa salah satu potongan atau fragmen DNA genom yang dipelajari. Setiap
klon bakteri membawa satu plasmid rekombinan sedangkan setiap klon fage membawa satu
DNA fage rekombinan. Kumpulan klon-klon bakteri yang membawa plasmid rekombinan ini
dinamakan Pustaka Plasmid, sedangkan kumpulan fage rekombinan dinamakan Pustaka Fage.
Jadi Pustaka Genom dapat berupa Pustaka Plasmid dan/atau Pustaka Fage.

Enzim transkripsi balik

Enzim transkriptase-balik (reverse-transcriptase) adalah enzim yang secara alami

digunakan oleh retrovirus untuk membuat copy DNA berdasarkan RNA-nya. Enzim
transkriptase-balik ditemukan oleh Howard Temin dan David Baltimore secara terpisah pada
tahun 1970 tidak lama setelah penemuan enzim restriksi. Enzim transkriptase-balik ini
kemudian digunakan untuk mengkonstruksi copy DNA yang disebut cDNA (complementary
DNA) dengan menggunakan RNA sebagai cetakannya. Dengan demikian gen atau bagian dari
gen dapat disintesis berdasarkan mRNA. Proses sintesis DNA dengan cara ini merupakan
kebalikan dari pada proses transkripsi. Oleh karena itu dinamakan transkripsi-balik.

16
 Pelacak DNA atau RNA

Pelacak atau probe asam nukleat digunakan untuk mengidentifikasi gen atau fragmen
yang spesifik. Edwin M Southern, pada tahun 1975, telah mempublikasikan prosedur untuk
mendeteksi fragmen DNA yang spesifik. Prosedur ini dikenal dengan nama teknik Southern
Blotting. Dengan teknik ini, gen tertentu dapat diisolasi dari campuran fragmen DNA yang
kompleks.

Probeatau pelacak yang digunakan untuk mengidentifikasi fragmen DNA spesifik

merupakan asam nukleat pendek, berutas tunggal (RNA atau DNA berutas tunggal) dan diberi
label radioaktif atau non radioaktif. Bila dicampurkan dengan fragmen-fragmen DNA,
rangkaian basa yang ada pada probe tersebut akan berpasangan dengan rangkaian basa
komplementer yang ada pada fragmen DNA. Dengan kata lain bahwa fragmen DNA yang akan
tertempeli probe adalah fragmen DNA yang mengandung urutan basa yang komplementer
dengan urutan basa pada probe.

Berdasarkan mekanisme bakteri, perangkat bakteri, dan beberapa teknik diatas, DNA
rekombinan dapat dibuat paling tidak melalui tiga pendekatan, yaitu:

1) Mengestraksi DNA total suatu organisme, memotong DNA total menjadi

fragmen-fragmen, memilih fragmen yang dikendaki, mengklonkan fragmen
yang telah terpilih,

2) Mengestraksi DNA total suatu organisme, memotong DNA total menjadi

fragmen-fragmen, mengklonkan semua fragmen DNA pada vektor yang
sesuai, menguji setiap klon untuk mendapatkan gen yang diinginkan,

3) Sintesis gen atau fragmen DNA yang diinginkan secara langsung dan
mengklonkan gen atau fragmen DNA hasil sintesis.

Aplikasi teknologi DNA

Bidang Industri
Teknologi rekayasa genetika dalam bidang industri lebih banyak diaplikasikan dalam
industri farmasi untuk menciptakan banyak produk farmasi yang sebagian besar merupakan
protein. Protein tertentu yang pada kondisi alaminya hanya dapat diproduksi dalam jumlah

17
sedikit atau hanya dapat diproduksi oleh organisme tertentu dapat dihasilkan dalam jumlah
banyak dan cepat dengan cara mentransfer gen tertentu ke mikrobia seperti bakteri, virus, fungi,
dan jenis sel lainnya yang dapat dikultur. Keuntungan penggunaan mikrobia sebagai penghasil
produk dalam industri yaitu mikrobia dapat dikulturkan dengan cepat dalam lahan kecil untuk
menghasilkan produk dalam jumlah banyak dan waktu yang singkat.
Secara prinsipnya, mikrobia dimodifikasi dengan dua cara. Cara yang pertama adalah
dengan menyisipkan gen tertentu yang pada awalnya tidak dimiliki mikrobia tersebut, sehingga
mikrobia tersebut menjadi memiliki kemampuan untuk mensintesis protein yang dikode oleh
gen asing tersebut. Cara yang kedua adalah dengan memasukkan promoter dan sekuen kontrol
gen lain yang sangat aktif ke dalam DNA vektor, sehingga mikrobia mampu mensintesis
produk yang diinginkan dalam jumlah yang lebih banyak (meningkatkan ekspresi gen).
Produk-produk industri farmasi yang dihasilkan melalui rekayasa genetik pada mikrobia ini
antara lain hormon-hormon terapis, enzim, antibiotik, dan vaksin.

Hormon dan protein terapis

Salah satu penyakit yang banyak diderita masyarakat modern adalah diabetes tipe I,
yaitu penyakit dimana tubuh tidak dapat mensintesis hormon insulin dalam jumlah cukup untuk
pengaturan kadar gula darah. Karena ketidakmampuan tubuh untuk mensintesis, maka satu-
satunya cara pengobatan adalah dengan menginjeksikan sumber insulin dari luar tubuh, yaitu
menggunakan insulin dari ternak seperti babi ataupun dari cadaver.
Penggunaan insulin dari cadaver dan hewan menimbulkan banyak masalah. Selain
jumlahnya yang terlalu sedikit untuk mengobati banyak penderita diabetes tipe I, insulin dari
hewan juga berpotensi untuk menimbulkan reaksi alergik karena ketidakcocokan struktur
insulin tersebut. Karena masalah yang ada, produksi insulin kemudian dialihkan ke cara lain,
yaitu dengan merekayasa mikrobia agar dapat menghasilkan insulin manusia.
Mikrobia yang digunakan untuk mensintesis insulin manusia adalah Escherichia coli.
Pertama-tama gen pada manusia yang mengkode insulin dan kloning vektor pUC19 dipotong
menggunakan enzim restriksi SalI menghasilkan sticky ends pada daerah gen LacZ pada
plasmid. Kemudian fragmen DNA yang membawa gen insulin dan vektor disambungkan
menggunakan enzim ligase, menghasilkan sejumlah plasmid rekombinan dan juga plasmid
yang gagal terekombinasi. Plasmid kemudian diintegrasikan kedalam sel E. coli melalui proses
transformasi dan kemudian dikulturkan. Proses seleksi transforman kemudian dilakukan
dengan melihat ekpresi gen resistensi antibiotik dan gen LacZ untuk menentukan transforman
yang mana yang sukses menerima plasmid rekombinan. Koloni transforman rekombinan

18
kemudian dikulturkan untuk memproduksi insulin yang akan diekspresikan oleh gen insulin
manusia yang telah disisipkan (Pommerville, 2010). Hormon insulin manusia sintesis, yang
sebagai produk farmasi dinamai dengan Humulin, mulai dipasarkan oleh perusahaan farmasi
Eli Lilly sejak tahun 1982.

Antibiotik dan Vaksin

Produk farmasi lain yang dihasilkan melalui rekayasa genetik adalah berbagai macam
antibiotik yang digunakan sebagai pencegahan dan pengobatan penyakit-penyakit yang
disebabkan oleh infeksi mikrobia. Berbeda dengan rekayasa genetik untuk mensintesis hormon
dan protein terapis yang dilakukan dengan cara menyisipkan gen tertentu yang kemudian akan
diekspresikan oleh expression host, antibiotik memang merupakan produk sampingan dari
mikroba secara alami. Rekayasa genetik dilakukan dengan cara menyisipkan promoter dan
sekuen kontrol gen yang sangat aktif sehingga jumlah produk yang diinginkan dapat
ditingkatkan.
Fungi Acremonium chrysogenum adalah mikrobia yang digunakan dalam industri
antibiotik penicillin N dan cephalosporin. Kedua antibiotik ini merupakan produk yang
dibentuk dari reaksi yang dikatalisis oleh enzim bifungsional DAOC ekpandase-hidroksilase
dan DAC asetiltransferase. Kedua enzim ini dikode oleh gen cefEF dan cefG yang kemudian
diamplifikasi dan diperkuat ekspresinya dengan menggunakan promoter aktif sehingga dapat
menghasilkan produk yang lebih banyak hingga 50% (Hofrichter, 2010).

Bidang Agrikultur
Pemanfaatan teknologi rekayasa genetik di bidang agrikultur bertujuan untuk
meningkatkan produksi hasil pertanian maupun peternakan untuk memenuhi peningkatan
kebutuhan manusia akan bahan makanan. Dalam bidang pertanian, mikrobia digunakan
sebagai agen untuk mengklon gen dan mentransferkan gen tersebut melalui vektor plasmid ke
sel tumbuhan untuk menciptakan tumbuhan transgenik. Pada bidang peternakan mikrobia
digunakan sebagai expression host untuk menghasilkan hormon tertentu yang diperlukan untuk
meningkatkan produksi ternak.
Bidang pertanian
Peningkatan kualitas dan kuantitas tanaman dapat dilakukan dengan merekayasa bahan
genetik tanaman tersebut sehingga memiliki sifat-sifat khusus yang sebelumnya tidak dimiliki
oleh tanaman tersebut. Berdasarkan perubahan sifat tersebut, tanaman transgenik terbagi atas
tiga generasi. Generasi pertama adalah tanaman transgenik yang resisten terhadap herbisida

19
dan serangan serangga. Generasi kedua adalah tanaman transgenik yang ditingkatkan
kandungan nutrisinya. Generasi ketiga adalah tanaman transgenik yang dapat menghasilkan
zat-zat biopharmaceutical
Aplikasi teknologi DNA rekombinan di bidang pertanian berkembang pesat dengan
dimungkinkannya transfer gen asing ke dalam tanaman dengan bantuan bakteri Agrobacterium
tumefaciens. Melalui cara ini telah berhasil diperoleh sejumlah tanaman transgenik seperti
tomat dan tembakau dengan sifat-sifat yang diinginkan, misalnya perlambatan kematangan
buah dan resistensi terhadap hama dan penyakit tertentu.
Penemuan ternak transgenik yang paling menggegerkan dunia adalah ketika
keberhasilan kloning domba Dolly diumumkan pada tanggal 23 Februari 1997.

Perkebunan, kehutanan, dan florikultur.

Perkebunan kelapa sawit transgenik dengan minyak sawit yang kadar karotennya lebih
tinggi saat ini mulai dirintis pengembangannya. Begitu pula, telah dikembangkan perkebunan
karet transgenik dengan kadar protein lateks yang lebih tinggi dan perkebunan kapas
transgenik yang mampu menghasilkan serat kapas berwarna yang lebih kuat. Di bidang
kehutanan telah dikembangkan tanaman jati transgenik, yang memiliki struktur kayu lebih
baik. Sementara itu, di bidang florikultur antara lain telah diperoleh tanaman anggrek
transgenik dengan masa kesegaran bunga yang lama. Demikian pula, telah dapat dihasilkan
beberapa jenis tanaman bunga transgenik lainnya dengan warna bunga yang diinginkan dan
masa kesegaran bunga yang lebih panjang.

Lingkungan.

Rekayasa genetika ternyata sangat berpotensi untuk diaplikasikan dalam upaya

penyelamatan keanekaragaman hayati, bahkan dalam bioremidiasi lingkungan yang sudah
terlanjur rusak. Dewasa ini berbagai strain bakteri yang dapat digunakan untuk membersihkan
lingkungan dari bermacam-macam faktor pencemaran telah ditemukan dan diproduksi dalam
skala industri. Sebagai contoh, sejumlah pantai di salah satu negara industri dilaporkan telah
tercemari oleh metilmerkuri yang bersifat racun keras baik bagi hewan maupun manusia
meskipun dalam konsentrasi yang kecil sekali. Detoksifikasi logam air raksa (merkuri) organik
ini dilakukan menggunakan tanaman Arabidopsis thaliana transgenik yang membawa gen
bakteri tertentu yang dapat menghasilkan produk untuk mendetoksifikasi air raksa.

20
 BAB III
PENUTUP

3.1 Kesimpulan

Sintesis protein adalah proses dimana sel dapat mengubah asam amino menjadi
polimer rantai panjang yang disebut protein. Protein merupakan molekul yang
mempunyai berbagai fungsi di dalam sel seperti sebagai struktur sel/jaringan,
cadangan energi, pergerakan, transportasi beberapa substansi, mengkatalisa reaksi
biokimia, dan melindungi terhadap terjangkitnya penyakit. Replikasi adalah proses
duplikasi DNA secara akurat . Replikasi terjadi dengan proses semikonservatif
karena semua DNA double helix. Transkripsi merupakan sintesis RNA berdasarkan
arahan DNA. Translasi merupakan sintesis polipeptida yang sesungguhnya, yang
trejadi berdasarkan arahan mRNA. Teknologi DNA rekombinan atau rekayasa
genetika telah melahirkan revolusi baru dalam berbagai bidang kehidupan manusia,
yang dikenal sebagai revolusi gen. Produk teknologi tersebut berupa organisme
transgenik atau organisme hasil modifikasi genetik (OHMG).

21
 DAFTAR PUSTAKA

Campbell, Neil A. 2010. BIOLOGI Edisi Kedelapan Jilid 1. Jakarta: Erlangga.

Kimball, John W. 1992. BIOLOGI. Jakarta: Erlangga.
Tjahjoleksono, Aris.2014.Teknologi DNA Rekombinan.Bogor:Institut Pertanian Bogor.
https://jurnal-ipa.blogspot.com/2016/08/pewarisan-sifat.html

http://dinanonblok.blogspot.com/2014/03/makalah-sintesis-protein.html

https://usaha321.net/pengertian-dan-proses-replikasi-dna.html

https://www.sridianti.com/tahap-proses-replikasi-dna-7-langkah.html

http://web.ipb.ac.id/~tpb/files/materi/genetika/dnarekombinan/dnarekombinan.htm

https://masmull.wordpress.com/2016/05/13/kumpulan-makalah-dan-bahasan-tentang-biologi/

22
23