RESUME I

SINTESIS PROTEIN

Sintesis protein merupakan pembentukan protein pada binatang dan tumbuhan, yang
memerlukan DNA, mRNA, tRNA, asam amino, ribosom, dan macam-macam enzim. Semua
protein disintesis sesuai dengan instruksi yang ada dalam urutan DNA.

Ada tida tahapan sintesis protein, yaitu Transkripsi, Pematangan (Processing) atau disebutu
juga Transferal RNA dan Translasi. Dalam transkripsi, terjadi sintesis atau pembentukan
messenger RNA sesuai dengan instruksi DNA. Pada proses pematangan mRNA yang
berjalan dalam sel inti, terjadi pembuangan bagian dari mRNA yang diberi nama intron.
Yaitu bagian mRNA yang belum matang pada manusia dan binatang yang mempunyai
vertebrata, namun tidak dijumpai pada genom mitokondriannya. Exon yang tempatnya
berurutan dengan intron dan beralternatif atau bergantian, akan bergabung setelah intron
dibuang. Enzim yang mengkatalisis proses tersebut diberi nama splicesome-enzyme.

Setelah kehilangan intron, dan bergabungnya exon maka mRNA disebut sudah matang
(mature) akan keluar dari sel inti menuju sitoplasma.

Pada translasi terjadi rangkaian asam amino yang terikat dengan ikatan peptida sesuai dengan
intruksi urutan nukleotida DNA, yang dibawa (diwakili) oleh mRNA. Proses ini terjadi dalam
ribosome.

Proses sintesis protein

Tahap atau proses sintesis protein pertama kali dipraktekkan oleh Paul Zamecnik pada tahun
1950 silam. Awal mulanya Paul menggunakan tikus sebagai bahan percobaan untuk
mengamati proses tersebut, caranya adalah dengan memasukkan asam amino radioaktif ke
dalam tubuh tikus. Hasil dari percobaan tersebut adalah ditemukannya tempat terjadinya
proses sintesis protein. Setelah melakukan percobaan tersebut, Paul kemudian melakukan
penelitian kembali bersama Mahlon dan mendapatkan kesimpulan bahwa molekul RNA
pemindah (RNA t) berperan dalam proses sintesis tersebut. Namun, pada akhirnya Francis
Crick menemukan sesuatu yang penting, yaitu RNA pemindah terlebih dahulu harus
mengenal urutan dari nukleotida untuk dapat disusun sebagai asam amino, dimana kemudian
akan dibawa oleh RNA pembawa. Secara umum sintesis protein terbagi menjadi 3 tahapan
sebagai berikut:

1. Tahap Replikasi DNA

Pada tiap sel yang terdapat pada makhluk hidup tentunya akan mengalami pembelahan sel,
dimana biasanya pembelahan sel ini dapat terbagi berdasarkan kelipatannya, contohnya disini
adalah pembelahan 4 sel menjadi 8 sel.

Akan tetapi, sebelum sel tersebut melakukan proses pembelahan, terdapat proses
penggandaan komponen yang terdapat dalam sel, salah satunya adalah DNA. Penggandaan
DNA inilah yang kemudian disebut sebagai replikasi.

Jadi, pengertian dari replikasi adalah proses sintesis DNA baru yang terjadi di dalam nukleus
sel. Pada proses replikasi DNA ini membutuhkan bantuan dari enzim helikase yang bertugas
untuk melepaskan basa dan ikatan hidrogen yang terdapat pada rangkaian DNA. Pada saat
proses replikasi berlangsung, induk DNA akan membentuk anak DNA yang memiliki bentuk
yang sama dengan induknya, dengan demikian dapat disimpulkan bahwa induk DNA
memiliki tugas untuk membentuk DNA baru. Baltimore, Muzushima dan Temin (1970)
berpendapat bahwa dari sekian banyak virus, terdapat beberapa virus yang ternyata dapat
mensintesis DNA yang berasal dari RNA dengan hasil rantai tunggal. Enzim yang bertugas
dalam proses sintesis tersebut dinamakan DNA polimerase.
2. Tahap Transkripsi

Tahap transkripsi adalah tahapan dimana DNA akan membentuk RNA dengan
menguraikan kode genetik yang berasal dari DNA. Pada tahap ini akan menghasilkan
3 jenis RNA, yaitu:

a. mRNA

b. tRNA

c. rRNA

Tahap ini dapat berlangsung di dalam sitoplasma dengan diawali proses pembukaan
rantai ganda yang dimiliki oleh DNA dengan bantuan enzim RNA polimerase.

Pada tahap ini terdapat rantai tunggal yang bertugas sebagai rantai sense, sedangkan
rantai lain yang berasal dari pasangan DNA dinamakan rantai anti sense. Tahap
transkripsi sendiri terbagi atas 3 tahap, yaitu tahap inisiasi, elongasi dan terminasi.

Tahap Inisiasi (Permulaan)

Pada saat proses replikasi terdapat daerah yang disebut sebagai pangkal replikasi, lalu
pada proses transkripsi juga dikenal nama promoter yang merupakan wilayah DNA
yang digunakan sebagai tempat melekatnya RNA polimerase untuk melakukan
transkripsi. Terdapat proses dimana RNA kemudian akan melekat dengan promoter,
kemudian promoter akan mengikat kumpulan protein yang kemudian proses ini
disebut sebagai faktor transkripsi. Dari sini, RNA polimerase, promoter dan faktor
transkripsi akan disebut sebagai kompleks inisiasi transkripsi. Dimana selanjutnya
RNA polimerase akan bertugas membuka rantai ganda yang dimiliki oleh DNA.

Tahap Pemanjangan

Ketika RNA polimerase suah membuka rantai ganda DNA, maka RNA tersebut akan
menyusun uraian nukleotida-nukleotida RNA dengan ketentuan arah 5′ ke 3′. Pada
tahap ini, RNA akan mengalami pemanjangan diri seiring dengan proses
pembentukan pasangan DNA dengan basa nitrogen. Pada RNA tidak memiliki yang
namanya basa pirimidin timin (T), akan tetapi memiliki urasil (U). Maka dari itu,
RNA kemudian akan membentuk pasangan basa urasil dengan bantuan adenin yang
terdapat pada rantai DNA. Dalam rantai RNA terdapat 3 jenis basa, yaitu guanin,
 sitosin dan adenin, dimana nantinya 3 basa ini akan berpasangan dengan basa
komplemen yang sudah ditetapkan sesuai dengan aturan pasangan basa. Pada tahap
ini, adenin nantinya akan berpasangan dengan urasil, sedangkan guanin akan
berpasangan dengan sitosin.

Tahap Akhir

Setelah tahap transkripsi selesai, rantai DNA akan menyatu kembali seperti semula,
lalu RNA polimerase akan lepas dari rantai DNA. RNA yang terlepas dari DNA
tersebut kemudian akan membentuk RNA m yang baru.

Di dalam sel prokariotik, RNA hasil dari transkripsi akan berperan aktif sebagai RNA
m. Akan tetapi, RNA yang dihasilkan dari transkripsi kode akan menjadi RNA m
yang akan aktif setelah melalui tahap tertentu. Dari sini dapat disimpulkan bahwa
pada rantai tunggal RNA m memiliki beberapa urutan basa nitrogen. Tiap 3 jenis
urutan dari basa nitrogen yang terdapat pada nukleotida RNA m hasil dari transkripsi
akan disebut sebagai kodon atau triplet.

3. Tahap Translasi

Translasi adalah proses menerjemahkan kode kodon yang berasal dari RNA m untuk
menjadi asam amino yang nantinya akan membentuk protein. Masing-masing urutan
dari basa nitrogen yang berbeda nantinya akan diterjemahkan menjadi asam amino
yang berbeda pula. Contohnya disini adalah asam amino fenilalanin yang merupakan
terjemahan dari kodon UUU (3 basa urasil), asam amino glisin (CGC), asam amino
serin (UCA) dan asam amino triptofan (UGG). Pada tahap ini setidaknya terdapat 20
macam jenis asam amino yang dibutuhkan untuk dapat membentuk protein yang
berasal dari terjemahan kodon mRNA. Selanjutnya, beberapa dari asam amino
tersebut akan menghasilkan rantai polipeptida yang spesifik dan nantinya akan
membentuk protein yang spesifik pula. Proses translasi sendiri terbagi atas 3 tahap :

Tahap Awal

Pada tahap awal translasi, unit kecil dari ribosom akan mengikat pada mRNA yang
sudah membawa kode genetik untuk asam amino yang akan dibuat, juga akan
mengikat bagian inisiator dari tRNA. Kemudian, molekul dari ribosom akan mengikat
bersama 3 molekul tersebut dan membentuk komplek inisiasi. Langkah selanjutnya
adalah molekul dari tRNA tersebut akan mengikat dan memindahkan asam amino dari
sitoplasma ke ribosom dengan bantuan enzim dan energi GTP. Masing-masing ujung
tRNA akan membawa 1 antikodon dan 1 asam amino. Langkah selanjutnya adalah
asam amino akan diaktifkan oleh tRNA dan menghubungkan antara kodon dan
antikodon pada mRNA.

Tahap Pemanjangan

Setelah asam amino diaktifkan, maka akan dihubungkan lagi oleh ikatan peptida yang
membentuk polipeptida di ujung tRNA yang membawa asam amino. Contohnya
adalah tRNA membawa sebuah asam amino fenilalanin, dengan demikian
antikodonnya akan AAA yang kemudian akan berhubungan dengan kodon mRNA
UUU. Pada proses ini, rantai polipeptida akan memanjang, hal ini disebabkan oleh
adanya menambahan dari asam amino.

Tahap Terminasi

Tahap akhir adalah ketika antikodon yang dibawa oleh tRNA bertemu dengan kodon
UAA, UGA dan UAG. Hal tersebut dikarenakan rantai polipeptida yang sudah
terbentuk akan dilepaskan dari ribosom dan diolah untuk menjadi protein yang
fungsional.
 RESUME II

TRANSKRIPSI ADA PROKARIOTIK DAN EUKARIOTIK

A. Mekanisme Transkripsi Pada Prokariotik

Transkripsi pada dasarnya adalah proses penyalinan urutan nukleotida yang

terdapat pada molekul DNA. Dalam proses transkripsi, hanya salah satu untaian DNA
yang disalin menjadi urutan nukleotida RNA (transkip RNA). Urutan nukleotida pada
transkrip RNA bersifat komplemeter dengan urutan DNA cetakan (DNA template), tetapi
identik dengan urutan nukleotida DNA pada untaian pengkode (coding DNA
strand/nontemplate strand). Hal ini dapat digambarkan dengan skema sederhana berikut
ini: 5’-ATG GTC CTT TAC TTG TCT GTA TTT -3’ Untaian DNA pengkode dan 3’-
TAC CAG GAA ATG AAC AGA CAT AAA -5’ Untaian DNA cetakan.
Pada prokaryot, transkripsi dimulai dengan penempelan RNA polimerase
holoenzim pada bagian promoter suatu gen. Pada awal penempelan, RNA polimerase
masih belum terikat secara kuat dan struktur promoter masih dalam keadaan tertutup
(closed promoter complex). Selanjutnya, RNA polimerase akan terikat secara kuat dan
ikatan hydrogen molekul DNA pada bagian promoter mulai terbuka (membentuk struktur
open promoter complex). Pada prokaryot, RNA polimerase menempel secara langsung
pada DNA di daerah promoter tanpa melalui suatu ikatan dengan protein lain. Dalam
proses penempelan promoter tersebut, subunit σ berperan dalam menemukan bagian
promoter suatu gen sehingga RNA polimerase dapat menempel. Diduga, proses
pengenalan suatu promoter oleh RNA polimerase diawali dengan penempelan enzim
tersebut secara tidak spesifik pada molekul DNA. Selanjutnya, RNA polimerase akan
mencari bagian DNA yang mempunyai struktur khas suatu promoter. Struktur khas
tersebut berupa suatu kelompok ikatan hydrogen anatara kedua untaian DNA pada posisi -
35 dan -10. kecepatan suatu polimerase dalam menemukan promoter diperkirakan
mencapai 1.000 pasangan basa per detik.
Pada ada prokariot, translasi molekul mRNA sering kali dimulai sebelum proses
transkripsi usai. Hal ini disebabkan molekul mRNA disintesis dan ditranslasi pada jarak
5’-3’dan juga dapat disebabkan karena tidak adanya membran inti yang memisahkan
transkripsi dengan translasi seperti pada eukariot.
 Pada prokariot, translasi terjadi sebelum transkripsi sepenuhnya dirampungkan.
Hal ini dimungkinkan karena pada prokariot molekul mRNA di translasikan berdasarkan
arah dari ujung 5` ke ujung 3`. Selain dari itu, pada prokariot tidak terdapat membran inti,
sehingga tidak ada yang memisahkan transkripsi dan translasi (sebagaimana yang terjadi
pada eukariot) sehingga translasi dapat segera dilakukan.

Transkripsi Pada Prokariot

1). Pada prokariot, gen terdiri atas 3 bagian utama : daerah pengendali (promoter); bagian
struktural dan terminator. Promoter merupakan bagian gen yang berperanan dlm
mengendalikan proses transkripsi dan terletak pada ujung 5’. Promoter pd prokariot
juga terdiri atas operator. Bagian Struktural adalah bagian gen yang terletak disebelah
hilir (downstream) dari promoter. Bagian inilah yg mengandung urutan DNA spesifik
(kode-kode genetik) yg akan ditranskripsi. Terminator adalah bagian gen yg terletak
disebelah hilir dari bagian struktural yg berperanan dlm pengakhiran (terminasi)
proses transkripsi. Fungsi terminator adalah memberikan sinyal pd enzim RNA
polimerase agar menghentikan proses transkripsi. Proses terminasi transkripsi pd
prokariot dpt dikelompokkan menjadi 2 kelas, yaitu terminasi yg ditentukan oleh
urutan nukleotida tertentu (rho-independent) dan diatur oleh suatu protein (faktor
rho) atau disebut rho-dependent.
2). Gen pada prokariot diorganisasikan dalam struktur operon. Contoh : operon lac
(operon yg mengendalikan kemampuan metabolisme laktosa pada bakteri Escherichia
coli). Adanya sistim operon karena satu promotor mengendalikan seluruh gen
struktural.
3). Saat ditranskripsi, operon lac menghasilkan satu mRNA yg membawa kode-kode
genetik untuk 3 macam polipeptida yg berbeda : mRNA polisistronik, artinya dalam
satu transkrip dapat terkandung lebih dari satu rangkaian kodon (sistron) untuk
polipeptida yang berbeda. Dengan demikian, masing-masing polipeptida akan
ditranslasi secara independen dari satu untaian mRNA yg sama.
4). Ciri utama gen struktural pd prokariot adalah mulai dari sekuens inisiasi translasi
(ATG) sampai kodon terakhir sebelum titik akhir translasi (kodon STOP yaitu
TAA/TAG/TGA) akan diterjemahkan menjadi rangkaian asam amino. Jadi, jika gen
struktural terdiri atas 900 nukleotida maka gen tersebut akan mengkode 300 asam
amino karena satu asam amino dikode oleh tiga sekuens nukleotida yang berurutan.
 Jadi, pada prokariot tidak ada intron (sekuens penyisip) kecuali pada beberapa archaea
tertentu.
5). Pada prokariot, RNA polimerase menempel secara langsung pada DNA di daerah
promoter tanpa melalui suatu ikatan dengan protein lain (yang membedakan dengan
eukariot)
6). Pada prokariot, proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir secara serentak,
artinya sebelum transkripsi selesai dilakukan, translasi sudah dpt dimulai.
7). Urutan nukleotida RNA hasil sintesis adalah urutan nukleotida komplementer dengan
cetakannya. Misal : urutan ATG pada DNA, maka hasil transkripsinya adalah UAC.
Molekul DNA yg ditranskripsi adalah untai ganda, namun yang berperanan sebagai
cetakan, hanya salah satu untaiannya
8). Tahapan transkripsi pada prokariot meliputi:
• Inisiasi transkripsi (terbentuk gelembung transkripsi),
• Pemanjangan
• Terminasi (tergantung faktor rho dan tidak tergantung faktor rho)

Mekanisme Transkripsi Pada Eukariot

Tanskripsi terjadi di dalam inti sedang translasi terjadi di sitoplasma. Pada eukariot
proses transkripsi dan translasi tidak terjadi secara bersamaan, karena transkripsi terjadi pada
inti sedangkan translasi terjadi pada sitoplasma. Berbeda dengan proses transkripsi dan
translasi pada prokariot yang dapat terjadi secara bersamaan. Proses transkripsi dan translasi
pada eukariot lebih kompleks daripada prokariot. mRNA pada eukariot berasal dari transkrip
gen primer yang melalui beberapa tipe proses, antara lain:

1). Pembelahan sebagian besar mRNA prekursor (pre-mRNAs) menjadi molekul mRNA
yang lebih kecil.
2). Penambahan kelompok 7-methyl guanosin (mRNA “caps”) pada ujung 5’ molekul.
3). Penambahan kira-kira 200 nukleotida panjang yang merupakan urutan nukleotida
adenilet (“poly-A tails”) pada ujung 3’ molekul.
4). Melengkapi formasi atau susunan dengan protein yang spesifik. Pembelahan termasuk
dalam konversi pre-mRNAs menjadi mRNAs yang sering kali diikuti pemindahan
leader sequences (urutan dari ujung 5’ sampai kodon inisiasi translasi) dan noncoding
sequences (intervening sequences or introns yang berada di antara coding sequences).
Masing-masing gen transkrip dapat melakukan beberapa atau seluruh tipe proses
 tersebut. Tidak semua mRNA mengandung 5’cap dan tidak semuanya mengandung
poly-A. Sebagian besar RNAs nonribosom yang disintesis dalam nukleus sel eukariot
mengandung sebagian besar molekul yang berbeda ukurannya. RNA ini disebut RNA
inti heterogen (hnRNA).

Proses cepat pada hnRNA besar atau molekul pre-RNA dalam nukleus terjadi setelah
hasil transkripsi jelas kelihatan dalam:
1). Sebagian besar RNA nonribosom yang disintesis dalam nukleus menurun dengan
cepat
2). Susunan molekul mRNA yang lebih kecil dipindahkan menuju sitoplasma.

Translasi pada eukariot dianalogkan dengan translasi pada prokariot kecuali:

1). Kelompok protein dari methyonil-dRNAi Afet tidak dibentuk
2). Sebagian besar mRNA eukariot dipelajari untuk memperoleh monogenik.

Transkripsi pada eukariot

1). Gen eukariot dibedakan 3 kelas yaitu: Gen kelas I meliputi gen-gen yg mengkode
18SrRNA, 28SrRNA dan 5,8SrRNA (ditranskripsi oleh RNA polimerase I); Pada gen
kelas I terdapat dua macam promoter yaitu promoter antara (spacer promoter) dan
promoter utama. Gen kelas II : meliputi semua gen yg mengkode protein dan bbrp
RNA berukuran kecil yg terdpt di dlm nukleus (ditranskripsi oleh RNA polimerase
II); Promoter gen kelas II terdiri atas 4 elemen yaitu sekuens pemulai (initiator) yg
terletak pd daerah inisiasi transkripsi, elemen hilir (downstream) yg terletak disebelah
hilir dari titik awal transkripsi, kotak TATA dan suatu elemen hulu (upstream) Gen
kelas III : meliputi gen-gen yg mengkode tRNA, 5S rRNA dan bbrp RNA kecil yg
ada di dlm nukleus (ditranskripsi oleh RNA polimerase III). Sebagian besar gen kelas
III merupakan suatu cluster dan berulang
2). Tidak dikenal adanya sistim operon karena satu promotor mengendalikan seluruh gen
struktural.
3). Gen pada eukariot bersifat monosistronik artinya satu transkrip yg dihasilkan hanya
mengkode satu macam produk ekspresi (satu mRNA hanya membawa satu macam
rangkaian kodon untuk satu macam polipeptida).
4). Pada gen struktural eukariot, keberadaan intron merupakan hal yang sering dijumpai
meskipun tidak semua gen eukariot mengandung intron.
5). Mekanisme transkripsi pada eukariot pada dasarnya menyerupai mekanisme pada
prokariot. Proses transkripsi diawali (diinisiasi) oleh proses penempelan faktor-faktor
transkripsi dan kompleks enzim RNA polimerase pd daerah promoter. RNA
polimerase eukariot tidak menempel secara langsung pada DNA di daerah promoter,
melainkan melalui perantaraan protein-protein lain, yg disebut faktor transkripsi
(transcription factor = TF). TF dibedakan 2, yaitu : (1) TF umum dan (2) TF yg
khusus untuk suatu gen. TF umum dalam mengarahkan RNA polimerase II ke
promoter adalah TFIIA, TFIIB, TFIID, TFIIE, TFIIF, TFIIH, TFIIJ.
6). Pada eukariot, proses transkripsi dan translasi tidak berlangsung secara serentak.
Transkripsi berlangsung di dalam nukleus , sedangkan translasi berlangsung di dlm
sitoplasma (ribosom). Dengan demikian, ada jeda waktu antara transkripsi dengan
translasi, yg disebut sebagai fase pasca-transkripsi.
Pada fase ini, terjadi proses :
 Pemotongan dan penyambungan RNA (RNA-splicing);
 Poliadenilasi (penambahan gugus poli-A pada ujung 3’mRNA);
 Penambahan tudung (cap) pada ujung 5’ mRNA dan
 Penyuntingan mRNA
7). Gen eukariot mempunyai struktur berselang-seling antara sekuens yang mengkode
suatu urutan spesifik (ekson) dan sekuens yg tidak mengkode urutan spesifik (intron).
 RESUME III

Replikasi DNA

DNA pda umumnya terdapat didalam kromosom dan kromosom terdapat di dalam
inti sel. Seperti diketahui sel yang membelahselalu di dahului oleh pembelahan inti sel.
Berarti kromosom itu membelah, demikian pula molekul DNA. Watson dan Crick
mengetahui bahwa sekali urutan neuloktida tertentu terbentuk pada salah satu pita dari
“double helix” maka urutan nekleotida pada pita komplementernya (pasangannya) dapat
diketahui. Misalnya saja salah satu pita dari “double helix” terbaca sebagai
5’...SAATASTAGA...3’ maka pita pasangannya terbaca sebagai 3’
...GTTATGATST...5’. oleh karen aitu Watson dan Cric berpendpat bahwa apabila dua
pita dari “double helix” tertentu melalui suatu proses dapat dilepas berpilinnya dan
kemudian dibiarkan dalam larutan yang mengandung nukleotida, maka tiap pita tadi dapat
berlaku sebagai contoh untuk terbentuknya pita polinukleotida baru. Proses
berlipatgandanya molekul DNA disebut replikasi DNAkan pengamatan beberapa ahli
dikenal beberapa hipotesa mengenai repliksi DNA, yaitu

1. Semikonservatif.
“Double Helix”dari molekul DNA yang lama membuka dengan perantaraan
enzim, kemudian disamping tiap pita yang lama dibentuk pita DNA baru. Cra
ini sesuai dengan pendapat Watson dn Crick
2. Konsrvatif.
Molekul DNA yang lama tetap, artinya double helix tidak membuka.
Disamping molekul DNA yang lama dibentuk molekul DNA baru.
3. Dispersif
Molekul DNA putus menjadi beberapa bagian dan untuk potongan-potongan
itu dibentuk DNA baru (Suryo,2016).
 Contoh gambar replikasi DNA

Referensi

Poedjiadi,Anna.2006.Dasar-Dasar Biokimia.Jakarta : Universitas Indonesia