Nama : Albertus Agung Dias Sadiyo

NIM : 042921387
Tugas 3 PEBI4317

1. A. Jelaskan secara rinci skema tersebut!

Gen yang terdiri dari DNA dapat diaktivasi menjadi protein tertentu yang disebut dengan
ekspresi gen. Dogma sentral menjelaskan proses konversi DNA tersebut menjadi unit fungsional,
dimana setiap sel akan mengekspresikan gen yang berbeda sesuai kebutuhannya. Sekitar 5% dari DNA
berfungsi untuk mengkode protein dan sebagian sisanya berperan dalam regulasi ekspresi gen.
Ekspresi gen diawali dengan perubahan DNA menjadi RNA melalui proses transkripsi dan
diterjemahkan menjadi protein pada proses translasi. Sebagian protein yang dihasilkan berupa protein
struktural yang membentuk struktur dari organel, sementara sisanya merupakan enzim yang berperan
dalam proses katalisasi berbagai aktivitas sel. Aktivitas genetik diawali dengan proses replikasi DNA
yang berlangsung sekitar 4-8 jam. Rantai DNA heliks ganda akan dipisahkan menjadi dua rantai
tunggal DNA, kemudian terjadi proses duplikasi DNA oleh enzim DNA polimerase menghasilkan empat
rantai tunggal DNA yang komplementer. Masing-masing rantai DNA yang baru terbentuk akan
berikatan dengan rantai DNA asalnya dengan bantuan enzim DNA ligase.

Segmen cetakan DNA yang mengkode protein akan dibaca untuk menghasilkan messenger
RNA (mRNA) pada proses transkripsi. Proses transkripsi diinisiasi dengan aktivasi DNA di area
promotor oleh komplek faktor transkripsi yang terdiri dari RNA polimerase dan beberapa faktor
lainnya. Nukleotid DNA akan disalin dari arah ujung 5’ ke ujung 3’ menjadi RNA hingga terdapat
sinyal terminasi. Rantai mRNA yang baru terbentuk memiliki segmen ekson dan intron. Ekson
merupakan segmen coding yang akan ditranslasikan menjadi protein, sedangkan intron adalah
segmen noncoding yang akan dibuang pada proses splicing. Proses splicing terdiri dari pemotongan
bagian intron dan penyambungan antarbagian ekson, sehingga rantai mRNA hanya terdiri dari
segmen ekson. Rantai ekson mRNA tersebut selanjutnya akan keluar dari nukleus menuju
sitoplasma.

Proses translasi diawali dengan melekatnya mRNA pada subunit ribosomal kecil di sitoplasma.
Transfer RNA (tRNA) akan membawa antikodon yang sesuai dengan kodon pada mRNA, kemudian
diterjemahkan menjadi asam amino. Kumpulan asam amino tersebut membentuk polipeptida yang
selanjutnya membentuk protein. Hasil akhir dari ekspresi gen disebut dengan genotip, yang
menunjukkan komposisi genetik pada individu.

https://perpustakaanrsmcicendo.com/wp-content/uploads/2020/04/Genetika-Molekular-dan-
Oftalmologi.Raisha-Pratiwi-Indrawati.pdf

B. Dengan mengacu pada skema di atas, sebutkan urutan proses pembentukan protein pada tubuh
manusia dan jelaskan prosesnya secara garis besar.

Replikasi DNA itu secara umum terjadi dengan bantuan enzim DNA polimerase. Enzim DNA
polimerase sebenarnya memiliki banyak variasi sesuai organismenya, plus proses ini juga dibantu oleh
enzim2 lain seperti topoisomerase yang fungsinya meluruskan struktur heliks DNA, helikase yang
membuka ikatan hidrogen, RNA primase yang memasang primer RNA, dan enzim ligase yang
menyatukan potongan DNA.
Transkripsi adalah proses penyalinan (transkrip = salin = fotokopi) gen di DNA menjadi urutan kodon
mRNA (messenger RNA, atau ARNd, ARN duta) dengan bantuan enzim RNA polimerase. RNA
polimerase menyalin DNA dengan menambahkan basa komplemen di bagian DNA cetakan/antisense
sehingga huruf nukleotida akan sama dengan DNA komplemen/kode/sense. Di prokariot, mRNA bisa
langsung ditranslasi, sementara di eukariot, mRNA mengalami pemotongan bagian intron (bagian
yang tidak dikode jadi protein) menyisakan ekson (yang berisi informasi kode protein) melalui proses
yang disebut splicing. Informasi gen yang dibawa berupa kodon, 3 huruf/triplet huruf nukleotida berisi
informasi asam amino tertentu.

Tahap transkripsi sendiri dibagi menjadi 3: tahap inisiasi, elongasi dan terminasi.

Inisiasi

RNA polimerase terikat pada untaian DNA, yang disebut promoter, yang ditemukan didekat awal dari
suatu gen. Setiap gen mempunyai promoternya tersendiri. Setelah terikat, RNA polimerase
memisahkan untaian ganda DNA, menyediakan template atau cetakan untaian tunggal yang siap
untuk ditranskripsi.

Elongasi

Satu untaian DNA, untaian cetakan, bertindak sebagai cetakan untuk digunakan oleh enzim RNA
polimerase. Sambil ‘membaca’ cetakan ini, RNA polimerase membentuk molekul RNA keluar dari
nukleotida, membuat sebuah rantai yang tumbuh dari 5′ ke 3′. RNA transkripsi membawa informasi
yang sama dari untaian DNA non-template (coding).

Terminasi

Urutan ini memberikan sinyal bahwa transkripsi RNA telah selesai. Setelah ditranskripsi, RNA
polimerase melepaskan hasil transkripsi RNA.

Translasi adalah proses penerjemahan kodon2 mRNA menjadi rantai polipeptida dengan bantuan
tRNA (transfer RNA, atau ARNt) di ribosom. Awalnya mRNA menempel di rRNA dari subunit kecil
ribosom, bagian urutan nukleotida anti-Shine-Dalgarno untuk docking (bayangin colokan listrik, bagian
ini adalah lubangnya yang pas buat masuk). Kemudian tRNA akan mengenali kodon mulai (AUG) di
mRNA dan mentransfer asam amino metionin sebagai asam amino pertama di polipeptida. Ini tahap
inisiasi. Tahap elongasi adalah tahap selanjutnya, di mana sisa kodon akan diterjemahkan oleh tRNA
dan rantai polipeptida akan semakin panjang dengan asam amino yang diterjemahkan. Terakhir, tahap
terminasi adalah tahap akhir di mana ribosom tiba di kodon stop (UAA, UAG, dan UGA) yang tidak ada
tRNA nya. Polipeptida lepas dan ribosom terbuka, mRNA akan didegradasi atau ditranslasi lagi sesuai
kebutuhan. Polipeptida akan dibawa ke badan Golgi untuk dikemas menjadi protein yang sempurna.

Langkah Tanslasi melibatkan 4 tahap yaitu Aktivasi, Inisiasi, Elongasi, Terminasi dan Pengemasan.
Sintesis protein terdiri atas beberapa tahap, yaitu :

1.Aktivasi (Pengaktifan) Asam Amino.

Sebelum asam amino-asam amino mengadakan polimerisasi menjadi polipeptida, asam amino
melekat pada tRNA. Pada ujung karboksilnya, asam amino diaktifkan menjadi bentuk berenergi
tinggi. Proses pengaktifan itu penting, karena asam amino bebas tidak dapat ditambahkan langsung
pada rantai polipeptida yang sedang tumbuh. Terdapat lebih dari 20 tRNA yang berbeda. Untuk
setiap asam amino terdapat satu tRNA . Misal tRNA Leu adalah molekul tRNA yang mengikat
asam amino leusin. tRNA tersebut berbeda dalam urutan nukleotida, namun semua tRNA terlipat
menurut cara yang sama. Asam amino selalu terikat pada residu A dari urutan CCA pada ujung
3’ dari tRNA.

Enzim khusus yaitu aminoasil-tRNA sintetase menggabungkan tiap asam amino dengan
tRNA yang sesuai. Setiap asam amino mempunyai enzim sintesis tertentu satu enzim melekatkan
glisin ke tRNA Gli, enzim yang lain melekatkan alanin ke tRNA Ala dan seterusnya.

2. Pembentukan Kompleks Insiasi Antara mRNA dan sub unit Ribososm dan Inisiasi Rantai
Polipeptida (Pemrakarsa)

Susunan bacaan yang digunakan diletakkan pada waktu satu ribosom bertemu dengan mRNA
membentuk satu komplek inisiasi. Kompleks berkumpul di tempat yang tepat pada mRNA yaitu
di tempat rantai polipeptida akan mulai (kodon mulai). Proses inisiasi dikatalis oleh protein:
faktor-faktor inisiasi. Ribosom di pasang pada rantai mRNA sebagai dua sub unit yang terpisah. Sub
unit kecil dipasang terlebih dahulu pada mRNA. Sebelum mRNA diikat oleh sub unit kecil, satu
molekul inisiator yang membawa asam amino metionin dan mengenal kodon mulai (“start codon”)
AUG ditambahkan pada sub unit kecil. Sub unit kecil berikatan pada daerah mRNA dan sintesis
protein akan dimulai dengan memasang insiator tRNA pada kodon melalui AUG. Setelah proses inisiasi
selesai, semua faktor-faktor inisiasi yang berhubungan dengan sub unit kecil dilepaskan, sub unit besar
berikatan dengan sub unit kecil. Suatu ribosom memiliki dua tempat berikatan (“binding site”)
berbeda untuk molekul tRNA yaitu:

1) Satu tempat untuk menahan tRNA yang berhubungan dengan ujung rantai polipeptida yang sedang
tumbuh yaitu P-site.

2) Satu tempat untuk menahan molekul tRNA yang akan datang (baru) yang memuat satu asam
amino yaitu A-site

Molekul tRNA inisiator ditempatkan pada “P-site” (“peptidyl-tRNA binding site” tempat berikatan
peptidil tRNA) dari ribosom. Sintesis satu rantai protein dimulai dengan terikatnya aminoasil-tRNA
kedua pada “A-Site” (“aminoacyl binding site”: tempat berikatan aminoacyl). tRNA inisiator selalu
membawa asam amino metionin (eukariot) semua protein yang baru dibuat memiliki metionin
sebagai residu pada asam amino terminal.

3. Pemanjangan Rantai Polipeptida (Elongasi) Asam amino ditambahkan pada ujung karboksil
terminal (terakhir) suatu rantai polipeptida yang sedang tumbuh.

Dasar reaksi sintesis protein adalah pembentukan ikatan peptida antara gugus karboksil pada ujung
rantai polipeptida yang sedang tumbuh dengan satu gugus amino bebas suatu asam amino. Rantai
protein disintesis secara bertahap dari ujung amino terminal ke ujung karboksil terminal. Proses
pemanjangan rantai polipeptida pada satu ribosom dapat dianggap sebagai suatu daur dengan tiga
langkah.

Langkah 1 : Satu molekul aminoasil tRNA menjadi terikat pada A-Site yang kosong (berdekatan dengan
P-site yang berisi) denganmembentuk pasangan basa dengan tiga nukleotida mRNA yang terdedah
pada A-site.

Langkah 2 : Ujung karboksil rantai polipeptida dilepaskan dari tRNA pada P-site dan dihubungkan
oleh ikatan peptida kepada asam amino yang terikat kepada tRNA pada A-site. Reaksi ini
dikatalisis oleh peptidil transferase enzim yang terikat erat pada ribosom.
Langkah 3 : Peptidil-tRNA baru pada A site dipindahkan ke P-site pada waktu ribosom pindah tempat
tiga nukleotida sepanjang mRNA. A-site yang kosong bebas menerima aminoacyl-tRNA yang baru.

Dalam sebagian besar sel, sintesis protein menggunakan lebih banyak energi dari pada proses
biosintesis lainnya. Untuk membuat tiap ikatan peptida diperlukan empat ikatan fosfat berenergi
tinggi :

- dua ikatan fosfat berenergi tinggi diperlukan pada sintesis aminoasil-tRNA

- satu ikatan fosfat berenergi tinggi diperlukan pada pelekatan aminoasil-tRNA pada langkah
1
- satu ikatan fosfat berenergi tinggi pada perpindahan ribosom dalam langkah 3.

4. Terminasi dan Pembebasan Rantai Polipeptida Serta Disosiasi Kompleks mRNA – ribosom.

Suatu rantai protein dilepaskan kalau satu dari tiga kodon berhenti dicapai. Tiga Kodon (UAA,
UAG atau UGA) pada mRNA adalah kodon berhenti yang mengakhiri (terminasi) translasi. Suatu
protein: faktor lepas (“release factor”) langsung berikatan pada kodon berhenti di A-site dari ribosom.
Pengikatan faktor lepas mengganggu aktivitas enzim peptidil transferase sehigga enzim tersebut
mengkatalisis penambahan satu molekul air dan bukan gugus amino suatu asam amino ke peptidil-
tRNA. Akibatnya, ujung karboksil rantai polipeptida yang sedang tumbuh dilepaskan dari pelekatannya
pada tRNA. Rantai protein yang lengkap dilepaskan ke dalam sitoplasma sel

C. Jika fungsi DNA terganggu, apa yang akan terjadi pada proses pembentukan suatu enzim?

Bila fungsi DNA terganggu dalam pembentukan Enzim maka Enzim tidak akan pernah terbentuk
sehingga metabolisme tidak dapar dilanjutkan. Keadaan ini disebut blok metabolisme. Artinya, blok
metabolisme akan terjadi apabila individu tidak memiliki gen karena adanya gen yang mengalami
mutasi.

2. A. Jelaskan hubungan antara reaksi terang dan reaksi gelap!

Reaksi Terang

Pada saat reaksi terang, terjadi proses penangkapan energi cahaya (foton) oleh pigmen
klorofil yang terdapat di dalam tumbuhan. Pigmen klorofil terletak di dalam organel kloroplas, yaitu
di dalam membrane tilakoid. Reaksi terang akan menghasilkan ATP (adenosin tri fosfat) dan NADPH
(nikotinamida adenin dinukleotida fosfat) sebagai produk akhir yang akan digunakan lebih lanjut di
dalam reaksi gelap. Penangkapan energi cahaya pada reaksi terang melibatkan dua sistem cahaya
(fotosistem) yaitu fotosistem 1 dan fotosistem 2.

Fotosistem merupakan molekul protein kompleks yang tertanam di dalam membran tilakoid.
Klorofil yang terdapat di dalam fotosistem I (PS I) akan menyerap foton (energi cahaya) dengan
maksimal panjang gelombang 700 nm sedangkan klorofil pada fotosistem II (PS II) akan menyerap
maksimal panjang gelombang cahaya 680 nm. Pada mulanya, foton akan diserap oleh klorofil di PS II.
Ketika foton diserap oleh 1 klorofil, energi yang diperoleh dilepaskan ke pigmen berikutnya (1) dan
akhirnya sampai di pusat reaksi (2) yang menyebabkan elektron di dalam PS II menjadi tereksitasi
(berubah menjadi energi yang lebih tinggi). Elektron tersebut menjadi tidak stabil dan akan ditangkap
oleh PS II lain yang menyebabkan PS II yang kehilangan elektron menjadi bermuatan positif. Elektron
yang hilang diganti dengan cara pemecahan molekul air (3) yang akan menghasilkan produk
sampingan berupa O2 (oksigen) dan elektron H+. oksigen akan dilepas ke udara sedangkan elektron
H+ akan digunakan di dalam PS I. Melalui rantai elektron transpor, tiap elektron yang tereksitasi akan
ditransfer ke PS I (4). Elektron tersebut akan menyediakan energy untuk pembentukan ATP. Foton
yang diserap oleh PS 1 akan mengeksitasi elektron yang selanjutnya akan ditangkap oleh aseptor
elektron (5). Elektron selanjutnya dibawa ke NADP reduktase untuk mereduksi NADP+ menjadi NADPH
(6).

Reaksi Gelap

Produk akhir dari reaksi terang yang berupa ATP dan NADPH akan digunakan di dalam reaksi
gelap yang berlangsung di dalam stroma. Reaksi ini juga disebut dengan siklus calvin yang merupakan
proses reduksi CO2 menjadi (CH2O)6 (karbohidrat). Selain ATP dan NADPH dari reaksi terang, reaksi
ini membutuhkan molekul CO2.

Siklus calvin dimulai dengan penggabungan senyawa CO2 dengan senyawa gula berantai
karbon 5 (RuBP-ribulosa bifosfat) menghasilkan 2 senyawa 3-PGA (forfogliserat) yang masing-masing
berantai karbon 3 (1). 6 senyawa 3-PGA diubah menjadi 6 senyawa G3P (gliseraldehid 3 fosfat) dengan
bantuan 6 ATP dan 6 NADPH (2). 5 senyawa G3P akan mengalami siklus berulang membentuk RuBP
dan diubah kembali menjadi 3-PGA dan seterusnya (4), sedangkan 1 senyawa G3P akan diubah
menjadi glukosa (C6H12O6) dan senyawa lainnya. Glukosa maupun senyawa lainnya akan digunakan
sebagai sumber energi bagi tumbuhan.

B. Jelaskan peran tilakoid pada proses fotosintesis

Tilakoid adalah sebuah struktur membran yang terkait pada lembaran yang menjadi sebagai
sebuah tempat reaksi fotosintesis terang pada kloroplas dan cyanobacteria. Tilakoid juga adalah suatu
lokasi yang di dalamnya terkandung klorofil yang biasa digunakan untuk menyerap cahaya dan juga
untuk reaksi biokimia.

Reaksi yang dilakukan di tilakoid meliputi fotolisis air, rantai transpor elektron, dan sintesis ATP.

Pigmen fotosintesis (misalnya, klorofil) tertanam ke dalam membran tilakoid, menjadikannya

tempat reaksi bergantung cahaya dalam fotosintesis. Bentuk kumparan yang ditumpuk dari grana
memberi kloroplas rasio luas permukaan terhadap volume yang tinggi, membantu efisiensi
fotosintesis.

Lumen tilakoid digunakan untuk fotofosforilasi selama fotosintesis. Reaksi yang bergantung
pada cahaya di membran memompa proton ke dalam lumen, menurunkan pH menjadi 4. Sebaliknya,
pH stroma adalah 8.

Fotolisis Air

Langkah pertama adalah fotolisis air, yang terjadi di situs lumen membran tilakoid. Energi dari
cahaya digunakan untuk mengurangi atau memisahkan air. Reaksi ini menghasilkan elektron yang
dibutuhkan untuk rantai transpor elektron, proton yang dipompa ke dalam lumen untuk menghasilkan
gradien proton, dan oksigen. Meskipun oksigen diperlukan untuk respirasi sel, gas yang dihasilkan oleh
reaksi ini dikembalikan ke atmosfer.
Rantai Pengangkut Elektron

Elektron dari fotolisis menuju ke fotosistem rantai transpor elektron. Fotosistem berisi
kompleks antena yang menggunakan klorofil dan pigmen terkait untuk mengumpulkan cahaya pada
berbagai panjang gelombang. Fotosistem I menggunakan cahaya untuk mengurangi NADP + untuk
menghasilkan NADPH dan H + . Fotosistem II menggunakan cahaya untuk mengoksidasi air untuk
menghasilkan oksigen molekuler (O 2 ), elektron (e - ), dan proton (H + ). Elektron mereduksi NADP +
menjadi NADPH di kedua sistem.

Sintesis ATP

ATP dihasilkan dari Fotosistem I dan Fotosistem II. Tilakoid mensintesis ATP menggunakan
sintase ATP enzim yang mirip dengan ATPase mitokondria. Enzim tersebut terintegrasi ke dalam
membran tilakoid. Porsi CF1 dari molekul sintase meluas ke stroma, di mana ATP mendukung reaksi
fotosintesis yang tidak bergantung cahaya.

Lumen tilakoid mengandung protein yang digunakan untuk pemrosesan protein, fotosintesis,
metabolisme, reaksi redoks, dan pertahanan. Protein plastosianin adalah protein transpor elektron
yang mengangkut elektron dari protein sitokrom ke Fotosistem I. Kompleks sitokrom b6f adalah
bagian dari rantai transpor elektron yang memompa proton pasangan ke dalam lumen tilakoid dengan
transfer elektron. Kompleks sitokrom terletak di antara Fotosistem I dan Fotosistem II.

Apa yang terjadi jika tilakoid pada kloroplas mengalami kerusakan.

Akibat dari peristiwa tersebut adalah terganggunya proses penyerapan cahaya. Penyerapan cahaya
ini disebabkan karena tilakoid itu berfungsi sebagai tempat penyerapan cahaya, sehingga apabila
tercampur dengan stroma, maka akan terganggu penyerapan cahaya.

C. Mengapa siklus Calvin disebut reaksi gelap?

Karena reaksi gelap adalah reaksi fotosintesis yang terjadi pada stroma kloroplas. Reaksi gelap seperti
namanya, tidak membutuhkan cahaya dalam prosesnya, dan tentunya tidak menggunakan pigmen
klorofil juga. Karena klorofil merupakan pigmen yang menangkap cahaya. Reaksi gelap menggunakan
ATP dan NADH hasil reaksi terang merupakan sumber energi untuk reaksi gelap. Reaksi gelap memiliki
jalur reaksi yang disebut sebagai siklus Calvin. Pada siklus Calvin, NADPH dan karbon dioksida bereaksi
menghasilkan karbohidrat dalam bentuk gula.

Apa yang terjadi jika siklus Calvin mengalami gangguan?

Pengaruh intensitas cahaya terhadap pertumbuhan generatif berhubungan dengan tingkat

fotosintesis yaitu sumber energi bagi proses pembuangan yang juga melalui mekanisme hormon
tanaman. Kekurangan cahaya matahari akan meyebabkan proses fotosintesis terganggu, sehingga
proses proses pembentukan organ vegetativ dan generatif terganggu, akibatnya tanmana
menunjukkan gejala etiolasi. Etiolasi merupakan pertumbuhan dari tanaman yang begitu cepat ketika
tanaman tersebut diletakkan di tempat yang gelap atau tempat-tempat yang kekurangan cahaya
matahari.

Sumber : BMP PEBI4317 MODUL 9

https://adhityowicaksono.wordpress.com/2019/09/22/dogma-sentral-biologi-molekuler-dan-
ekstensinya-dari-kondisi-sekarang/
https://perpustakaanrsmcicendo.com/wp-content/uploads/2020/04/Genetika-Molekular-dan-
Oftalmologi.Raisha-Pratiwi-Indrawati.pdf