Ekspesi Gen Dari Gen ke Protein

Protein merupakan molekul yang membantu tubuh menjalankan fungsi secara optimal. Protein
ini sangat dibutuhkan oleh tubuh, sehingga protein harus diproduksi di dalam tubuh. Proses
pembuatan protein ini disebut sebagai sintesis protein. Protein ini berperan penting dalam tubuh
diantaranya: Transportasi zat, pembentukan enzim, kekebalan tubuh dan sebagainya.
Sedangkan ekspresi gen sendiri merupakan proses dimana informasi yang dikode di dalam gen
diterjemahkan menjadi urutan asam amino selama sintesis protein, atau bisa dimaksudkan
adanya proses DNA mengarahkan sintesis protein (atau dalam beberapa kasus hanya RNA). gen
menyediakan instruksi untuk membuat protein spesifik. Akan tetapi, gen tidak membangun
protein secara langsung. Jembatan antara DNA dan sintesis protein adalah asam nuklet RNA.
secara kimiawi RNA mirip dengan DNA, hanya saja RNA mengandung gula ribose sebagai
penggani deoksiribosa dan mengandung basa bernitrogen urasi sebagai ganti timin. Ekspresi gen
yang mengode protein mencakup dua tahap yaitu transkripsi dan translasi.
A. Prinsip dasar transkripsi dan translasi
Transkripsi adalah sintesis RNA di bawah arahan DNA, artinya transkripsi berarti proses
pembuatan Salinan mRNA (RNA duta) yang berasal dari DNA. Selain menjadi cetakan
untuk sintesis untai komplementer baru saat replikasi DNA, untai DNA juga bisa berperan
sebagai cetakan untuk merakit sekuens nukleotida RNA komplementer. Untuk gen pengode
protein, molekul RNA yang dihasilkan merupakan transkrip akurat dari instruksi pembangun
protein yang dikandung oleh gen, mirip dengan transkrip kuliah yang merupakan catatan
akurat dari nilai-nilai Anda. Seperti transkrip Anda, molekul RNA transkrip bisa dikirimkan
dalam banyak salinan. Tipe molekul RNA ini disebut RNA duta (messenger RNA, mRNA)
karena mengandung pesan genetik dari DNA ke mekanisme penyintesis protein sel.
(Transkripsi merupakan istilah umum untuk sintesis RNA jenis apa pun dengan cetakan
DNA. Dalam bab ini, Anda akan mempelajari tentang beberapa tipe lain dari RNA yang
dihasilkan melalui transkripsi).
Translasi (translation) adalah sintesis polipeptida, yang terjadi di bawah arahan mRNA.
Selama tahap ini, terjadi perubahan bahasa. Sel harus menerjemahkan alias mentranslasi
sekuens basa molekul mRNA menjadi sekuens asam amino polipeptida. Tempat translasi
adalah ribosom (ribosome), partikel-partikel kompleks yang memfasilitasi penautan teratur
asam amino menjadi rantai polipeptida.
Mekanisme dasar transkripsi dan translasi mirip pada bakteri dan eukariota, namun ada
perbedaan penting dalam aliran informasi genetik pada sel-sel. Karena bakteri tidak memiliki
nukleus, DNA-nya tidak disegregasi dari ribosom dan peralatan penyintesis protein lain.
Ketiadaan segregasi ini memungkinkan translasi mRNA dimulai saat transkripsi masih
berlangsung. Sebaliknya, dalam sel eukariot, selaput nukleus memisahkan tempat dan waktu
berlangsungnya transkripsi dan translasi. Transkripsi terjadi dalam nukleus, dan mRNA
ditranspor ke sitoplasma, tempat translasi terjadi. Namun sebelum bisa meninggalkan
nukleus, transkrip RNA eukariot dari gen pengode protein dimodifikasi dalam berbagai cara
untuk menghasilkan mRNA akhir yang fungsional. Transkripsi gen eukariot pengode protein
menghasilkan pre-mRNA, dan pemrosesan lebih lanjut menghasilkan mRNA akhir. Awal
transkrip RNA dari gen apa pun, termasuk yang mengodekan RNA yang tidak ditranslasi
menjadi protein, secara umum disebut transkrip primer (primary transcript).
 Jadi dapat disimpulkan gen memprogram sintesis protein melalui pesan-pesan genetik dalam
bentuk RNA duta. Dengan kata lain, ini diatur oleh rangkaian perintah molekular dengan
aliran terarah informasi genetik: DNA →RNA → protein. Konsep ini dinamakan dogma
sentral (central dogma) oleh Francis Crick pada tahun 1956.

B. Kode genetic
Kode genetika merupakan suatu pengkodean urutan triplet basa nitrogen DNA dan RNA
pada proses sintesis protein. Suatu kode triplet basa nitrogen akan menghasilkan suatu jenis
asam amino. Urutan dan jenis asam amino di dalam sel akan menetukan jenis dan fungsi
protein yang dihasilkan.
Kodon merupakan susunan kombinasi dari tiga basa nitrogen yang terdapat pada mRNA.
Karena jumlah basa nitrogen ada 4 jenis, maka kemungkinan jumlah kodon ada sebanyak 43
atau 64 macam, artinya kemungkinan asam amino yang terbentuk ada sebnayak 64 jenis.
Jumlah asam amino yang demikian menjadi belebih mengingat jumlah asam amino di dalam
sel adalah 20 jenis. Hal demikian menunjukkan bahwa ada beberapa jenis asam amino yang
mempunyai lebih dari satu macam kodon. Contohnya asam amino jenis leusin mempunyai
kodon SUU, SUS, SUA, SUG. Artinya asam amino leusin dapat digunakan dengan
menggunakan keempat kodon tersebut (Suryo,2008).
C. Mekanisme ekspresi gen
1. Transkripsi
Transkripsi terjadi di nukleus. Transkripsi terdiri dari tiga tahapan yaitu, inisiasi, elongasi
dan terminasi
a. Komponen-Komponen Molekular Transkripsi
1) RNA duta (mRNA), pembawa informasi dari DNA ke mekanisme penyintesis
protein dalam sel, ditranskripsikan dari untai cetakan gen. Enzim yang disebut
2) RNA polimerase (RNA polymerase), memisahkan kedua untai DNA dan
menggabungkan nukleotida-nukleotida RNA saat membentuk pasangan basa di
sepanjang cetakan DNA. Seperti DNA polimerase yang berfungsi dalam replikasi
DNA, RNA polimerase dapat merakit polinukleotida hanya pada arah 5'-3'. Akan
tetapi, tidak seperti DNA polimerase, RNA polimerase mampu membuat rantai dari
nol.
3) Promoter, sekuens DNA tempat RNA polimerase melekat dan menginisiasi
transkripsi. Sekuens spesifik nukleotida di sepanjang DNA menandai tempat
transkripsi gen dimulai dan berakhir.
4) Terminator, pada bakteri, sekuens yang menandai akhir transkripsi. Ahli-ahli
biologi molekular menyebut arah tranksripsi 'ke hilir' (downstream) sedangkan arah
yang satu lagi disebut 'ke hulu' (upstream). Istilah-istilah ini juga digunakan untuk
mendeskripsikan posisi sekuens-sekuens nukleotida dalam DNA atau RNA. Dengan
demikian, sekuens promoter pada DNA disebut mengarah ke hulu terhadap
terminator.
5) Unit transkripsi, rentangan DNA yang ditranskripsi menjadi molekul RNA.

Bakteri memiliki satu jenis RNA polimerase yang tidak hanya menyintesis mRNA,
namun juga berfungsi dalam sintesis protein, misalnya RNA ribosom. Sebaliknya,
eukariota memiliki setidaknya tiga tipe RNA polimerase dalam nukleus. Yang digunakan
untuk sintesis mRNA disebut RNA polimerase II. RNA polimerase yang lain
mentranskripsikan molekul RNA yang tidak ditranslasikan menjadi protein. Dalam
pembahasan tentang transkripsi berikut ini, kita akan memulai dengan ciri-ciri sintesis
 mRNA yang dimiliki oleh bakteri maupun eukariota, dan kemudian mendeskripsikan
beberapa perbedaan penting.

b. Proses transkripsi
Saat terjadi transkripsi DNA yang terkandung dalam nucleus akan dihampiri oleh RNA
polymerase, Inisiasi terjadi pada saat RNA polymerase melekat pada promotor gen.
RNA polymerase akan membentuk mRNA melalui untai cetakan DNA (DNA template),
pada fase ini Adenin pada DNA akan berpasangan dengan Urasil pada mRNA, Timin
pada DNA akan berpasangan dengan Adenin pada mRNA, Guanin pada DNA akan
berpasangan dengan Sitosin pada mRNA dan Sitosin pada DNA akan berpasangan
dengan Guanin.
RNA polymerase akan mengarahkan pembacaan dari arah 5’ ke arah 3’, proses ini
disebut Elongasi. Proses transkripsi ini akan berakhir saat RNA polymerase sampai pada
daerah terminator. mRNA yang terbentuk mengandung urutan tiga basa nitrogen yang
dikenal dengan kodon. Kodon akan meninggalkan nucleus melalui pori-pori nucleus
menuju sitoplasma untuk memulai translasi. Proses ini dinamakan Terminasi.

2. Translasi
Setelah tahap transkripsi selesai, Mrna akan berpindah ke sitoplasma yang merupakan
tempat ditemukannya ribosom. mRNA berperan sebagai cetakan yang mengandung urutan
tiga jenis basa nitrogen (kodon) untuk pembuatan protein. Sehingga translasi ini berarti
proses penerjemahan mRNA yang kemudian akan dibentuk menjadi protein.
Ribosom pada sitoplasma ini akan memfalisitasi perpasangan spesifik anticodon tRNA
dengan kodon mRNA selama sintesis protein. Adapun aturan pemasangan basa nitrogen ini
yaitu A pada mRNA akan berikatan dengan U pada tRNA, U pada mRNA akan berikatan
dengan A pada tRNA, C pada mRNA akan berikatan dengan G tRNA dan G pada mRNA
akan berikatan dengan C tRNA. Translasi ini juga memiliki tiga tahapan yaitu, inisiasi,
elongasi dan terminasi.
Tahap Inisiasi dimulai saat ribosom subunit kecil terikat pada mRNA, ribosom akan
bergerak dari arah 5’ sampai ke arah 3’. Ketika sudah menemukan kodon A-U-G, Trna yang
membawa asam amino metionin dan anticodon U-A-C akan melekat pada mRNA, ribosom
subunit besar akan datang dan terikat pada ribosom subunit kecil untuk melengkapi proses
inisiasi. Ribosom subunit besar memiliki tiga daerah, yaitu daerah A (Aceptor side), daerah
P (peptidyl side), dan daerah E (Exit side).

Model skematik yang menunjukkan situs pengikatan. Ribosom memiliki sebuah

situs pengikatan mRNA dan tiga situs pengikatan tRNA, dikenal sebagai situs A, P,
dan E. Ribosom skematik ini akan muncul pada diagram-diagram setelah ini.

Model skematik dengan mRNA dan tRNA. tRNA muat ke dalam situs pengikatan
ketika antikodon berpasangan basa dengan kodon mRNA. Situs P memegang tRNA
yang melekat ke polipeptida yang sedang tumbuh. Situs A memegang tRNA yang
membawa asam amino berikutnya yang akan ditambahkan ke rantai polipeptida.
tRNA yang telah melepaskan muatannya dilepaskan dari situs E.
2. Subunit ribosom kecil berkatan dengan
sebuah molekul mRNA. Pada sel bakteri,
situs pengikatan mRNA pada subunit ini
mengenali sebuah sekuens nukleotida
spesifik pada mRNA yang terletak tepat
ke arah hulu kodon mulai tRNA inisiator,
dengan antikodon UAC, berpasangan
basa dengan kodon mulai, AUG. RNA ini
mengangkut asam amino metionin
(Met).
1. Kedatangan subunit ribosom besar
melengkapi kompleks inisiasi. Protein-
protein yang disebut faktor inisiasi (tidak
ditunjukkan) diperlukan untuk
menyatukan semua komponen GTP
menyediakan energi untuk perakitan.
tRNA inisiator berada pada situs P. Situs
A tersedia untuk tRNA yang membawa
asam amino berikutnya.

Saat terjadi Elongasi, asam amino yang lain akan dibawa pada rantai mRNA oleh RNA
transfer dengan membawa anticodon. Untuk dapat mengetahui jenis asam amino apa yang
dapat mengkode kodon maka dapat dilihat pada data table triplet kodon pada poin B kode
genetik. Asam amino yang baru dibentuk akan memasuki daerah A, ikatan peptide akan
terbentuk diantara kedua asam amino pada daerah P, ribosom akan berpindah ke triplet
kodon lain yang ada di mRNA sehingga tRNA yang sudah melepas asam aminonya akan
berada di daerah E dan bersiap untuk keluar. Daerah A bersiap untuk ditempati tRNA yang
baru, siklus akan terus berulang hingga tahap terminasi.
Terminasi terjadi saat salah satu dari tiga stop kodon berada di daerah A, kodon akan dikenal
oleh protein yang disebut Release factor. Saat Realease factor memasuki daerah A, polipeptida
akan release dari ribosom, ribosom akan terpisah dan bersiap untuk melakukan translasi yang
baru. Polipeptida tersebut yang dikenal sebagai protein.

D. Perbedaan mekanisme ekspresi gen pada prokariotik dan eukariotik

1. Transkripsi
Promoter suatu gen mencakup titik mulai transkripsi (nukleotida tempat dimulainya sintesis
RNA) dan umumnya membentang dari beberapa lusin pasangan basa yang menuju ke hilir
dari titik mulai. Selain berperan sebagai situs pengikatan untuk RNA polimerase dan
menentukan di mana transkripsi dimulai, promoter menentukan manakah di antara kedua
untai heliks DNA yang digunakan sebagai cetakan.
Beberapa bagian tertentu dari promoter sangat penting untuk pengikatan RNA polimerase.
Pada bakteri, polimerase sendiri secara spesifik mengenali dan berikatan dengan promoter.
Pada eukariota, sekelompok protein yang disebut faktor transkripsi (transcription factor)
memediasi pengikatan RNA polimerase dan inisiasi transkripsi. DNA kromosom eukariot
membentuk kompleks dengan histon dan protein-protein lain sebagai kromatin. Setelah
faktor-faktor transkripsi tertentu melekat ke promoter, RNA polimerase II dapat berikatan
dengan promoter. Keseluruhan kompleks faktor transkripsi dan RNA polimerase II yang
terikat ke promoter disebut kompleks inisiasi transkripsi (trancription initiation complex).
faktor transkripsi dan suatu sekuens DNA promoter yang sangat penting, disebut kotak
TATA (TATA box), dalam pembentukan kompleks inisasi pada promoter eukariot.
Interaksi antara RNA polimerase II dan faktor-faktor transkripsi pada eukariota merupakan
contoh nilai penting interaksi protein-protein dalam mengontrol transkripsi eukariota. Begitu
polimerase melekat erat ke DNA promoter, kedua untai DNA membuka di tempat itu, dan
enzim mulai mentranskripsi untai cetakan.
Sel eukariot memodifikasi RNA setelah transkripsi. Enzim-enzim dalam nukleus eukariot
memodifikasi pre- mRNA dengan cara-cara yang spesifik sebelum pesan genetik dikirimkan
ke sitoplasma. Selama pemrosesan RNA (RNA processing) ini, kedua ujung transkrip primer
diubah. Selain itu, pada sebagian besar kasus, bagian- bagian interior tertentu dari molekul
RNA akan dipangkas dan bagian-bagian yang tersisa disatukan. Modifikasi ini menghasilkan
molekul mRNA yang siap untuk translasi.
 Kriteria Eukariota Prokariota (bakteri)
Factor transkripsi Memiliki satu set promotor Tidak ada, RNA polymerase
yang utama yaitu kotak secara spesifik mengenali dan
TATA. berikatan dengan promotor
Lokasi Nucleus Sitoplasma
Hasil Pre-mRNA RNA matang
Modifikasi RNA Ada, saat penambahan Tidak ada
tudung 5’ splicing dan
penambahan ekor poli-A
Jumlah mRNA yang Bisa lebih dari 1 1
dihasilkan
Jumlah protein yang dikode Hanya 1 Bisa lebih dari 1
mRNA
Tahapan terminasi Beberapa nukleotida setelah Ketika ada terminator maka
terminator sampai sekitar 100 langsung diakhiri
nukleotida (ada protein yang
melepaskan RNA polymerase
dari DNA)

2. Translasi
Translasi pada prokariotik terjadi sebelum transkripsi sepenuhnya di selesaikan. Hal ini
dimungkinkan karena pada prokariotik molekul mRNA di translasikan berdasarkan arah dari
ujung 5' ke ujung 3. Selain dari itu, pada prokariotik tidak terdapat membran inti, sehingga
tidak ada yang memisahkan transkripsi dan translasi (sebagaimana yang terjadi pada
eukariot) sehingga translasi dapat segera dilakukan (Yuwono, 2005)

Translasi pada eukariotik terjadi tidak bersamaan dengan translasi. Dengan adanya membran
inti, pada eukariot dapat dibedakan tempat terjadinya transkripsi dan translasi, transkripsi
terjadi di dalam inti sedang translasi terjadi di sitoplasma. Waktunya pun tidak dapat terjadi
secara bersamaan, sebab sebelum dapat melakukan translasi, harus merampungkan terlebih
dahulu proses transkripsi. Proses transkripsi dan translasi pada eukariotpun lebih kompleks
daripada prokariot (Yuwono, 2005).