MODUL

EXPRESSION : FROM GENE TO PROTEIN

Kelompok : 2 (dua)
Anggota : Dian Sri Nurjannah (20546025)
Ovi Ofita Dela (20543012)
Lik-lik Aulia (20544002)
Eni Nuraeni (20546006)
Puspa Puspitasari (20546014)
M. Wildan Alamsyah (20544005)
Iqlima Qurrotunnada (20546010)

Topik : EXPRESSION : FROM GENE TO PROTEIN

Essencial Content Kontekstual content Representation content

Expression : from Gene To Protein Expressio  Bagaimanakah Satu gen yang salah dapat  Power Point (PPT)
n gene atau ekspresi gen yang mengodekan p menimbulkan penampilan yang mencolo  Ilustrasi (Gambar)
rotein mencakup 2 yaitu : k dari kijang albino ?  Alat peraga Board game atau Card game

 Transkripsi
 Translasi
Alasan: supaya siswa memahami tahapan da
ri transkripsi dan translasi serta mampu men
getahui proses terjadinya ekspresi gen ke pro
tein.

Seperti yang telah dipelajari bahwa sifat

yang terwariskan ditentukan oleh gen dan
bahwa sifat albinisme disebabkan oleh su
atu alel resesif dari gen pigmentasi. Disi
ni sudah mengilustrasikan poin utama dar
i materi ini bahwa DNA yang diwarisi ol
eh suatu organsime menyebabkan sifat-si
fat yang spesifik dengan cara mendikteka
n sintesis protein dan molekul RNA yang
terlibat dalam sintesis protein.

 Klon mamalia pertama, seekor domba be

rnama Dolly
 Diproduksi pada tahun 1997 memberikan
bukti lebih lanjut untuk potensi perkemba
ngan inti sel Koneksi: Kloning reproduks
i mamalia non-manusia memiliki aplikasi
dalam penelitian dasar, pertanian, dan ke
dokteran. Para ilmuwan mengkloning he
wan ternak dengan serangkaian sifat spes
ifik yang diinginkan.

Ekspesi Gen Dari Gen ke Protein

Protein merupakan molekul yang membantu tubuh menjalankan fungsi secara optimal. Protein ini sangat dibutuhkan oleh tubuh, sehingga
protein harus diproduksi di dalam tubuh. Proses pembuatan protein ini disebut sebagai sintesis protein. Protein ini berperan penting dalam tubuh
diantaranya: Transportasi zat, pembentukan enzim, kekebalan tubuh dan sebagainya.
Sedangkan ekspresi gen sendiri merupakan proses dimana informasi yang dikode di dalam gen diterjemahkan menjadi urutan asam amino
selama sintesis protein, atau bisa dimaksudkan adanya proses DNA mengarahkan sintesis protein (atau dalam beberapa kasus hanya RNA). gen
menyediakan instruksi untuk membuat protein spesifik. Akan tetapi, gen tidak membangun protein secara langsung. Jembatan antara DNA dan
sintesis protein adalah asam nuklet RNA. secara kimiawi RNA mirip dengan DNA, hanya saja RNA mengandung gula ribose sebagai penggani
deoksiribosa dan mengandung basa bernitrogen urasi sebagai ganti timin. Ekspresi gen yang mengode protein mencakup dua tahap yaitu
transkripsi dan translasi.
A. Prinsip dasar transkripsi dan translasi
Transkripsi adalah sintesis RNA di bawah arahan DNA, artinya transkripsi berarti proses pembuatan Salinan mRNA (RNA duta) yang
berasal dari DNA. Selain menjadi cetakan untuk sintesis untai komplementer baru saat replikasi DNA, untai DNA juga bisa berperan sebagai
cetakan untuk merakit sekuens nukleotida RNA komplementer. Untuk gen pengode protein, molekul RNA yang dihasilkan merupakan
transkrip akurat dari instruksi pembangun protein yang dikandung oleh gen, mirip dengan transkrip kuliah yang merupakan catatan akurat
dari nilai-nilai Anda. Seperti transkrip Anda, molekul RNA transkrip bisa dikirimkan dalam banyak salinan. Tipe molekul RNA ini disebut
RNA duta (messenger RNA, mRNA) karena mengandung pesan genetik dari DNA ke mekanisme penyintesis protein sel. (Transkripsi
merupakan istilah umum untuk sintesis RNA jenis apa pun dengan cetakan DNA. Dalam bab ini, Anda akan mempelajari tentang beberapa
tipe lain dari RNA yang dihasilkan melalui transkripsi).
Translasi (translation) adalah sintesis polipeptida, yang terjadi di bawah arahan mRNA. Selama tahap ini, terjadi perubahan bahasa. Sel harus
menerjemahkan alias mentranslasi sekuens basa molekul mRNA menjadi sekuens asam amino polipeptida. Tempat translasi adalah ribosom
(ribosome), partikel-partikel kompleks yang memfasilitasi penautan teratur asam amino menjadi rantai polipeptida.
Mekanisme dasar transkripsi dan translasi mirip pada bakteri dan eukariota, namun ada perbedaan penting dalam aliran informasi genetik
pada sel-sel. Karena bakteri tidak memiliki nukleus, DNA-nya tidak disegregasi dari ribosom dan peralatan penyintesis protein lain.
Ketiadaan segregasi ini memungkinkan translasi mRNA dimulai saat transkripsi masih berlangsung. Sebaliknya, dalam sel eukariot, selaput
nukleus memisahkan tempat dan waktu berlangsungnya transkripsi dan translasi. Transkripsi terjadi dalam nukleus, dan mRNA ditranspor ke
sitoplasma, tempat translasi terjadi. Namun sebelum bisa meninggalkan nukleus, transkrip RNA eukariot dari gen pengode protein
dimodifikasi dalam berbagai cara untuk menghasilkan mRNA akhir yang fungsional. Transkripsi gen eukariot pengode protein menghasilkan
pre-mRNA, dan pemrosesan lebih lanjut menghasilkan mRNA akhir. Awal transkrip RNA dari gen apa pun, termasuk yang mengodekan
RNA yang tidak ditranslasi menjadi protein, secara umum disebut transkrip primer (primary transcript).
 Jadi dapat disimpulkan gen memprogram sintesis protein melalui pesan-pesan genetik dalam bentuk RNA duta. Dengan kata lain, ini diatur
oleh rangkaian perintah molekular dengan aliran terarah informasi genetik: DNA →RNA → protein. Konsep ini dinamakan dogma sentral
(central dogma) oleh Francis Crick pada tahun 1956.

B. Kode genetic
 Kode genetika merupakan suatu pengkodean urutan triplet basa nitrogen DNA dan RNA pada proses sintesis protein. Suatu kode triplet basa
nitrogen akan menghasilkan suatu jenis asam amino. Urutan dan jenis asam amino di dalam sel akan menetukan jenis dan fungsi protein
yang dihasilkan.
Kodon merupakan susunan kombinasi dari tiga basa nitrogen yang terdapat pada mRNA. Karena jumlah basa nitrogen ada 4 jenis, maka
kemungkinan jumlah kodon ada sebanyak 43 atau 64 macam, artinya kemungkinan asam amino yang terbentuk ada sebnayak 64 jenis.
Jumlah asam amino yang demikian menjadi belebih mengingat jumlah asam amino di dalam sel adalah 20 jenis. Hal demikian menunjukkan
bahwa ada beberapa jenis asam amino yang mempunyai lebih dari satu macam kodon. Contohnya asam amino jenis leusin mempunyai
kodon SUU, SUS, SUA, SUG. Artinya asam amino leusin dapat digunakan dengan menggunakan keempat kodon tersebut (Suryo,2008).

C. Mekanisme ekspresi gen

1. Transkripsi
Transkripsi terjadi di nukleus. Transkripsi terdiri dari tiga tahapan yaitu, inisiasi, elongasi dan terminasi
a. Komponen-Komponen Molekular Transkripsi
1) RNA duta (mRNA), pembawa informasi dari DNA ke mekanisme penyintesis protein dalam sel, ditranskripsikan dari untai cetakan
gen. Enzim yang disebut
 2) RNA polimerase (RNA polymerase), memisahkan kedua untai DNA dan menggabungkan nukleotida-nukleotida RNA saat
membentuk pasangan basa di sepanjang cetakan DNA. Seperti DNA polimerase yang berfungsi dalam replikasi DNA, RNA
polimerase dapat merakit polinukleotida hanya pada arah 5'-3'. Akan tetapi, tidak seperti DNA polimerase, RNA polimerase mampu
membuat rantai dari nol.
3) Promoter, sekuens DNA tempat RNA polimerase melekat dan menginisiasi transkripsi. Sekuens spesifik nukleotida di sepanjang
DNA menandai tempat transkripsi gen dimulai dan berakhir.
4) Terminator, pada bakteri, sekuens yang menandai akhir transkripsi. Ahli-ahli biologi molekular menyebut arah tranksripsi 'ke hilir'
(downstream) sedangkan arah yang satu lagi disebut 'ke hulu' (upstream). Istilah-istilah ini juga digunakan untuk mendeskripsikan
posisi sekuens-sekuens nukleotida dalam DNA atau RNA. Dengan demikian, sekuens promoter pada DNA disebut mengarah ke hulu
terhadap terminator.
5) Unit transkripsi, rentangan DNA yang ditranskripsi menjadi molekul RNA.

Bakteri memiliki satu jenis RNA polimerase yang tidak hanya menyintesis mRNA, namun juga berfungsi dalam sintesis protein,
misalnya RNA ribosom. Sebaliknya, eukariota memiliki setidaknya tiga tipe RNA polimerase dalam nukleus. Yang digunakan untuk
sintesis mRNA disebut RNA polimerase II. RNA polimerase yang lain mentranskripsikan molekul RNA yang tidak ditranslasikan
menjadi protein. Dalam pembahasan tentang transkripsi berikut ini, kita akan memulai dengan ciri-ciri sintesis mRNA yang dimiliki oleh
bakteri maupun eukariota, dan kemudian mendeskripsikan beberapa perbedaan penting.

b. Proses transkripsi
Saat terjadi transkripsi DNA yang terkandung dalam nucleus akan dihampiri oleh RNA polymerase, Inisiasi terjadi pada saat RNA
polymerase melekat pada promotor gen. RNA polymerase akan membentuk mRNA melalui untai cetakan DNA (DNA template), pada
fase ini Adenin pada DNA akan berpasangan dengan Urasil pada mRNA, Timin pada DNA akan berpasangan dengan Adenin pada
mRNA, Guanin pada DNA akan berpasangan dengan Sitosin pada mRNA dan Sitosin pada DNA akan berpasangan dengan Guanin.
RNA polymerase akan mengarahkan pembacaan dari arah 5’ ke arah 3’, proses ini disebut Elongasi. Proses transkripsi ini akan berakhir
saat RNA polymerase sampai pada daerah terminator. mRNA yang terbentuk mengandung urutan tiga basa nitrogen yang dikenal dengan
kodon. Kodon akan meninggalkan nucleus melalui pori-pori nucleus menuju sitoplasma untuk memulai translasi. Proses ini dinamakan
Terminasi.
2. Translasi
a. Komponen komponen molekuler translasi
1) Kodon, merupakan untaian asam nukleat yang terdiri dari tiga nukleotida berurutan pada Mrna
2) Antikodon, merupakan triple nukleotida yang terdapat pada ujung lain tRNA
3) tRNA berfungsi untuk membaca asam amino yang dibutuhkan dengan cara melekatkan diri pada mRNA, lalu mengantarnya kedalam
ribosom
4) Ribosom, merupakan organel sel yang berperan sebagai tempat yang memfasilitasi perpasangan spesifik anticodon tRNA dengan
kodon mRNA
b. Proses translasi
Setelah tahap transkripsi selesai, Mrna akan berpindah ke sitoplasma yang merupakan tempat ditemukannya ribosom. mRNA berperan
sebagai cetakan yang mengandung urutan tiga jenis basa nitrogen (kodon) untuk pembuatan protein. Sehingga translasi ini berarti proses
penerjemahan mRNA yang kemudian akan dibentuk menjadi protein.
Ribosom pada sitoplasma ini akan memfalisitasi perpasangan spesifik anticodon tRNA dengan kodon mRNA selama sintesis protein.
Adapun aturan pemasangan basa nitrogen ini yaitu A pada mRNA akan berikatan dengan U pada tRNA, U pada mRNA akan berikatan
dengan A pada tRNA, C pada mRNA akan berikatan dengan G tRNA dan G pada mRNA akan berikatan dengan C tRNA. Translasi ini juga
memiliki tiga tahapan yaitu, inisiasi, elongasi dan terminasi.
Tahap Inisiasi dimulai saat ribosom subunit kecil terikat pada mRNA, ribosom akan bergerak dari arah 5’ sampai ke arah 3’. Ketika sudah
menemukan kodon A-U-G, Trna yang membawa asam amino metionin dan anticodon U-A-C akan melekat pada mRNA, ribosom subunit
besar akan datang dan terikat pada ribosom subunit kecil untuk melengkapi proses inisiasi. Ribosom subunit besar memiliki tiga daerah,
yaitu daerah A (Aceptor side), daerah P (peptidyl side), dan daerah E (Exit side).
 Model skematik yang menunjukkan situs pengikatan. Ribosom memiliki sebuah sit
us pengikatan mRNA dan tiga situs pengikatan tRNA, dikenal sebagai situs A, P, dan
E. Ribosom skematik ini akan muncul pada diagram-diagram setelah ini.
1. Subunit ribosom kecil berkatan dengan sebuah molekul mR
NA. Pada sel bakteri, situs pengikatan mRNA pada subunit ini
mengenali sebuah sekuens nukleotida spesifik pada mRNA yan
2. Kedatangan subunit ribosom besar melengkapi kompleks inisi
g terletak tepat ke arah hulu kodon mulai tRNA inisiator, deng
asi. Protein-protein yang disebut faktor inisiasi (tidak ditunjukka
an antikodon UAC, berpasangan basa dengan kodon mulai, AU
n) diperlukan untuk menyatukan semua komponen GTP menyed
G. RNA ini mengangkut asam amino metionin (Met).
iakan energi untuk perakitan. tRNA inisiator berada pada situs P.
Situs A tersedia untuk tRNA yang membawa asam amino berikut
nya.

Model skematik dengan mRNA dan tRNA. tRNA muat ke dalam situs pengikatan ke
tika antikodon berpasangan basa dengan kodon mRNA. Situs P memegang tRNA ya
ng melekat ke polipeptida yang sedang tumbuh. Situs A memegang tRNA yang me
mbawa asam amino berikutnya yang akan ditambahkan ke rantai polipeptida. tRN
A yang telah melepaskan muatannya dilepaskan dari situs E.
 Saat terjadi Elongasi, asam amino yang lain akan dibawa pada rantai mRNA oleh RNA transfer dengan membawa anticodon. Untuk dapat
mengetahui jenis asam amino apa yang dapat mengkode kodon maka dapat dilihat pada data table triplet kodon pada poin B kode genetik.
Asam amino yang baru dibentuk akan memasuki daerah A, ikatan peptide akan terbentuk diantara kedua asam amino pada daerah P, ribosom
akan berpindah ke triplet kodon lain yang ada di mRNA sehingga tRNA yang sudah melepas asam aminonya akan berada di daerah E dan
bersiap untuk keluar. Daerah A bersiap untuk ditempati tRNA yang baru, siklus akan terus berulang hingga tahap terminasi.

Terminasi terjadi saat salah satu dari tiga stop kodon berada di daerah A, kodon akan dikenal oleh protein yang disebut Release factor. Saat
Realease factor memasuki daerah A, polipeptida akan release dari ribosom, ribosom akan terpisah dan bersiap untuk melakukan translasi yang
baru. Polipeptida tersebut yang dikenal sebagai protein.
D. Perbedaan mekanisme ekspresi gen pada prokariotik dan eukariotik
1. Transkripsi
Promoter suatu gen mencakup titik mulai transkripsi (nukleotida tempat dimulainya sintesis RNA) dan umumnya membentang dari beberapa
lusin pasangan basa yang menuju ke hilir dari titik mulai. Selain berperan sebagai situs pengikatan untuk RNA polimerase dan menentukan
di mana transkripsi dimulai, promoter menentukan manakah di antara kedua untai heliks DNA yang digunakan sebagai cetakan.
Beberapa bagian tertentu dari promoter sangat penting untuk pengikatan RNA polimerase. Pada bakteri, polimerase sendiri secara spesifik
mengenali dan berikatan dengan promoter. Pada eukariota, sekelompok protein yang disebut faktor transkripsi (transcription factor)
memediasi pengikatan RNA polimerase dan inisiasi transkripsi. DNA kromosom eukariot membentuk kompleks dengan histon dan protein-
protein lain sebagai kromatin. Setelah faktor-faktor transkripsi tertentu melekat ke promoter, RNA polimerase II dapat berikatan dengan
promoter. Keseluruhan kompleks faktor transkripsi dan RNA polimerase II yang terikat ke promoter disebut kompleks inisiasi transkripsi
(trancription initiation complex). faktor transkripsi dan suatu sekuens DNA promoter yang sangat penting, disebut kotak TATA (TATA box),
dalam pembentukan kompleks inisasi pada promoter eukariot.
Interaksi antara RNA polimerase II dan faktor-faktor transkripsi pada eukariota merupakan contoh nilai penting interaksi protein-protein
dalam mengontrol transkripsi eukariota. Begitu polimerase melekat erat ke DNA promoter, kedua untai DNA membuka di tempat itu, dan
enzim mulai mentranskripsi untai cetakan.
Sel eukariot memodifikasi RNA setelah transkripsi. Enzim-enzim dalam nukleus eukariot memodifikasi pre- mRNA dengan cara-cara
yang spesifik sebelum pesan genetik dikirimkan ke sitoplasma. Selama pemrosesan RNA (RNA processing) ini, kedua ujung transkrip
primer diubah. Selain itu, pada sebagian besar kasus, bagian- bagian interior tertentu dari molekul RNA akan dipangkas dan bagian-bagian
yang tersisa disatukan. Modifikasi ini menghasilkan molekul mRNA yang siap untuk translasi.
 Kriteria Eukariota Prokariota (bakteri)
Factor transkripsi Memiliki satu set promotor Tidak ada, RNA polymerase
yang utama yaitu kotak secara spesifik mengenali dan
TATA. berikatan dengan promotor
Lokasi Nucleus Sitoplasma
Hasil Pre-mRNA RNA matang
Modifikasi RNA Ada, saat penambahan Tidak ada
tudung 5’ splicing dan
penambahan ekor poli-A
Jumlah mRNA yang Bisa lebih dari 1 1
dihasilkan
Jumlah protein yang dikode Hanya 1 Bisa lebih dari 1
mRNA
Tahapan terminasi Beberapa nukleotida setelah Ketika ada terminator maka
terminator sampai sekitar 100 langsung diakhiri
nukleotida (ada protein yang
melepaskan RNA polymerase
dari DNA)

2. Translasi
Translasi pada prokariotik terjadi sebelum transkripsi sepenuhnya di selesaikan. Hal ini dimungkinkan karena pada prokariotik molekul
mRNA di translasikan berdasarkan arah dari ujung 5' ke ujung 3. Selain dari itu, pada prokariotik tidak terdapat membran inti, sehingga tidak
ada yang memisahkan transkripsi dan translasi (sebagaimana yang terjadi pada eukariot) sehingga translasi dapat segera dilakukan (Yuwono,
2005)

Translasi pada eukariotik terjadi tidak bersamaan dengan translasi. Dengan adanya membran inti, pada eukariot dapat dibedakan tempat
terjadinya transkripsi dan translasi, transkripsi terjadi di dalam inti sedang translasi terjadi di sitoplasma. Waktunya pun tidak dapat terjadi
secara bersamaan, sebab sebelum dapat melakukan translasi, harus merampungkan terlebih dahulu proses transkripsi. Proses transkripsi dan
translasi pada eukariotpun lebih kompleks daripada prokariot (Yuwono, 2005).