TUGAS BIOKIMIA

SINTESA POLIPEPTIDA

Dosen Mata Kuliah :

Dr. Eti Yerizel, MS

DISUSUN OLEH :

ANNITA
1520312029

PROGRAM PASCASARJANA (S2) BIOMEDIK

FAKULTAS KEDOKTERAN UNIVERSITAS ANDALAS
2015
 BAB I
PENDAHULUAN

Emil Fisher merupakan orang yang pertama berhasil menyusun molekul protein
dengan cara menggandeng-gandengkan 15 molekul glisin dengan molekul leusin sehingga
diperoleh suatu polipeptida. Asam amino yang satu dengan asam amino yang lain
dihubungkan dengan suatu ikatan yang disebut ikatan peptida.

Hampir setiap orang tahu bawa gen yang terletak di dalam nukleus di seluruh sel
tubuh, mengatur sifat-sifat keturunan dari orangtua kepada anaknya tetapi sebagian besar
tidak menyadari bahwa gen yang sama ini juga mengatur fungsi keseharian seluruh sel tubuh.
Gen tersebut mengatur fungsi sel dengan cara menentukan zat apa yang akan disintesis
didalam sel yakni struktur, enzim, dan zat kimia seperti apa yang akan disintesis.

Setiap gen, yang merupakan sebuah asam nukleat yang disebut asam
deoksiribonukleat (DNA), secara otomatis mengatur pembentukan asam nukleat lain, yaitu
asam ribonukleat (RNA). RNA ini kemudian menyebar ke seluruh sel untuk mengatur
pembentukan sebuah protein spesifik. Karena terdapat lebih dari 3000 gen disetiap sel, maka
sejumlah besar protein sel yang berbeda dapat dibentuk.

Beberapa protein sel tersebut adalah protein struktural, yang terkait dengan berbagai
lipid dan karbohidrat, membentuk berbagai struktur organel intrasel. Namun sejauh ini,
mayoritas protein adalah enzim yang mengkatalisis berbagai reaksi kimia di dalam sel.
Sebagai contoh, enzim emningkatkan sintesis seluruh bahan kimia sel, seperti lipid, glikogen
dan adenosin trifosfat (ATP).

Potein adalah bagian dari sel makhluk hidup dan merupakan bagian terbesar tubuh
sesudah air. Seperlima bagian tubuh adalah protein, setengahnya ada dalam otot, seperlima
ada dalam tulang dan tulang rawan, sepersepuluhnya ada di dalam kulit, selebihnya ada di
dalam cairan lain dan cairan tubuh. Semua enzim, berbagai hormon, pengangkut zat zat gizi
dan darah, matriks intraselular dan sebagainya adalah protein. Di samping itu asam amino
yang membentuk protein bertindak sebagai prekursor (senyawa yang mendahului senyawa
laindalam jalur metabolisme) sebagian besar koenzim hormon, asam nukleat, dan molekul-
molekul yang esensial untuk kehidupan. Protein memiliki fungsi khas yang tidak dapat
digantikan oleh zat gizi lain, yaitu pembangun serta memelihara sel-sel dan jaringan tubuh.
 BAB II
PEMBAHASAN

A. GEN-GEN DALAM NUKLEUS SEL

Di nukleus sel, sejumlah besar gen berlekatan dari ujung ke ujung pada molekul
heliks DNA untai-ganda yang sangat panjang dan memiliki berat molekul dalam hitungan
milyaran. Molekul ini terdiri atas beberapa senyawa kimia sederhana, yang berikatan bersama
dalam sebuah pola teratur.

Ada beberapa senyawa dasar kimia yang terlibat dalam pembentukan DNA, yaitu (1)
asam fosfat, (2) suatu gula yang disebut deoksiribosa, dan (3) empat basa nitrogen (dua purin,
yaitu adenin dan guanin, dan dua molekul pirimidin, yaitu timin dan sitosin. Asam fosfat
dan deoksiribosa membentuk kedua untai heliks yang merupakan kerangka molekul DNA,
dan basa-basa nitrogen terletak di antara kedua untaian dan menghubungkan kedua untaian
tersebut.

Manfaat DNA terletak pada kemampuannya untuk mengendalikan pembentukan

protein di dalam sel. DNA melakukanyya dengan bantuan sesuatu yang disebut kode
genetik. Yaitu saat kedua untai molekul DNA dipisahkan, maka pemisahan ini akan
memajankan basa purin dan pirimidin yang menonjol pada tiap sisi untai DNA tersebut.
Penonjolan basa-basa inilah yang membentuk kode genetik.

Kode genetik terdiri atas triplet basa yang berurutan artinya, masing-masing
ketiga basa berurutan tersebut adalah sebuah kata kode. Triplet yang berurutan tersebut
akhirnya mengatur rangkaian asam amino dalam sebuah molekul protein yang akan di
sintesis di dalam sel.
Gen (DNA)

Pembentukan RNA

Pembentukan protein

Struktur sel Enzim sel

Fungsi sel
Gambar 2-1. Skema umum yang menggambarkan pengaturan gen terhadap fungsi sel
 DNA menentukan urutan asam amino pada setiap protein yang disintesis. Sintesis
protein adalah proses pembentukan asam amino melalui kode gen yang dibuat DNA. Proses
sintesis protein adalah proses yang kompleks. Dalam proses tersebut diperlukan 20 macam
asam amino; mRNA dan tRNA sebagai pelaksana; ATP sebagai sumber energi; enzim RNA
polimerase. Secara garis besar, sintesis protein dilakukan melalui dua tahap, yaitu tahap
transkripsi dan tahap translasi.

B. PROSES TRANSKRIPSI
Karena DNA terletak dalam nukleus sel, dan sebagian besar fungsi sel dilakukan
dalam sitoplasma, harus tersedia beberapa cara bagi gen DNA nukleus untuk mengatur reaksi
kimia sitoplasma. Hal ini dicapai melalui perantaraan jenis asam nukleat lain, RNA, yang
pembentukannya diatur oleh DNA nukleus. Proses ini disebut transkripsi. RNA selanjutnya
berdifusi dari nukleus melalui poi-pori nukleus ke dalam ruang sitoplasma, tempat RNA
mengatur sintesis protein.

Transkripsi merupakan sintesis RNA berdasarkan arahan DNA. Kedua asam nukleat
menggunakan bahasa yang sama, dan informasinya tinggal ditranskripsi (disalin) dari satu
molekul ke molekul yang lain. Persis sebagaimana untai DNA menyediakan suatu cetakan
untuk sintesis untai komplementer baru selama replikasi DNA, transkripsi ini menyediakan
suatu cetakan untuk penyusunan nukleotida RNA. Molekul RNA yang dihasilkan merupakan
transkrip penuh dari instruksi-instruksi pembangun protein dari gen itu. Jenis molekul RNA
ini disebut mRNA (messenger RNA), karena molekul ini membawa pesan dari DNA ke
peralatan pensintesis protein dari sel tersebut.

Gambar 2.1. Peran transkripsi dan translasi dalam aliran transformasi genetik
 mRNA ditranskripsi dari untai cetakan suatu gen. Enzim yang disebut RNA
polimerase membuka pilinan kedua untai DNA sehingga terpisah dan mengaitkannya
bersama-sama nukleotida RNA pada saat nukleotida-nukleotida ini membentuk pasangan
basa disepanjang cetakan DNA. Urutan nukleotida spesifik di sepanjang DNA menandai di
mana transkripsi suatu gen dimulai dan diakhiri. Rentangan DNA yang ditranskripsi menjadi
molekul RNA disebut unit transkripsi.

Gambar 2.2. Tahapan transkripsi

Ketiga tahapan transkripsi ialah inisiasi (permulaan), elongasi (pemanjangan), dan

terminasi (pengakhiran) rantai DNA.

a. Inisiasi (permulaan)
Daerah DNA dimana RNA polymerase melekat dan mengawali transkripsi disebut
dengan promoter. RNA polymerase mempunyai struktur pelengkap yang cocok, yang dapat
mengenali promoter tersebut, dan kemudian melekat padanya. Promoter merupakan suatu
titik awal transkripsi. Di samping menentukan si mana transkripsi dimulai, promoter ini juga
menentukan yang mana dari kedua untai heliks DNA yang digunakan sebagai cetakan. Ketika
emzim polymerase terikat pada DNA promoter, kedua untai DNA menyiapkan diri,
kemudian proses transkripsi dimulai. Langkah ini adalah langkah yang penting untuk
mengawali pembentukan molekul RNA.
 b. Elongasi (pemanjangan)
Saat enzim RNA polymerase bergerak disepanjang unit transkripsi DNA, enzim
tersebut terus membuka double helix DNA. Kira-kira terdapat 10-20 basa DNA yang
berpasangan dengan nukleotida RNA yang terbentuk. Kemudian, RNA polymerase
menambahkan nukleotida ke ujung 3 dari molekul RNA yang sedang tumbuh. Banyaknya
molekul polymerase yang secara simultan mentranskripsi gen tunggal akan meningkatkan
jumlah molekul mRNA dan membantu suatu sel membuat protein dalam jumlah yang lebih
besar.

c. Terminasi (penghentian)
Transkripsi berlangsung sampai RNA polymerase mentranskripsi urutan DNA yang
disebut terminator, yaitu suatu urutan DNA yang berfungsi sebagai penghenti.
Transkripsi DNA akan menghasilkan RNA-d (RNA-duta). Dalam organisme eukariota,
RNA-d tidak langsung dapat berfungsi dalam sintesis polipeptida -atau protein, karena masih
mengandung segmen-segmen yang tidak berfungsi disebut intron. Sedangkan segmen-
segmen yang berfungsi untuk proses sintesis protein disebut ekson.

Didalam nucleus akan terjadi pematangan atau pemasakan RNA-d, yaitu dengan jalan
melepaskan segmen-segmen intron dan merangkaikan segmen-segmen ekson. Gabungan
segmen-segmen ekson membentuk satu rangkai RNA-d yang mengandung sejumlah kodon
untuk penyusunan polipeptida. Rantai RNA-d dikenal sebagai sistron.

Kode yang terdapat pada untai DNA akhirnya dihantarkan dalam bentuk
komplementer ke rantai RNA. Basa nukleotida ribosa selalu bergabung dengan basa
deoksiribosa dalam kombinasi berikut ini:
Basa DNA Basa RNA
Guanin ................................................. Sitosin
Sitosin ................................................. Guanin
Adenin .................................................. Urasil
Timin .................................................. Adenin

Ada 3 jenis RNA yang berbeda, dan masing-masing memainkan peranan yang tidak
saling bergantung dan berbeda seluruhnya pada pembentukan protein.

1. RNA messenger - Kodon

mRNA membawa kode genetic ke sitoplasma untuk mengatur tipe protein yang
dibentuk. Molekul mRNA merupakan untai tunggal RNA yang panjang, tersuspensi di dalam
sitoplasma. Molekul-molekul ini terdiri atas beberapa ratus sampai beberapa ribu nukleotida
RNA dalam untai yang tidak berpasangan, dan mengandung kodon yang tepat melengkapi
kode triplet dari gen DNA.

Tabel 2.1. Kamus kode genetik

Sebagian besar asam amino diwakili oleh lebih dari satu kodon; juga, satu kodon
mewakili sinyal awal pembentukan molekul protein dan tiga kodon mewakili stop
pembentukan molekul protein.

2. RNA transfer Antikodon

Gambar 2.3. Struktur RNA transfer

 tRNA mengangkut asam amino aktif ke ribosom untuk digunakan dalam perakitan
molekul protein. Masing-masing jenis tRNA bergabung secara soesifik dengan 1 dari 20
asam amino yang digabungkan menjadi protein. tRNA kemudian bertindak sebagai suatu
pengangkut (carrier) untuk mengangkut jenis asam amino spesifiknya ke ribosom, tempat
molekul protein dibentuk. Dalam ribosom, setiap jenis tRNA akan mengenali suatu kodon
tertentu dari mRNA dan oleh karenanya, akan menghantarkan asam amino yang sesuai
ketempat yang sesuai di dalam rantai molekul protein yang baru dibentuk.

Setiap tRNA juga memiliki spesifisitas terhadap kodon tertentu dalam mRNA. Kode
spesifik dalam tRNA yang memungkinkannya mengenali kodon tertentu, merupakan suatu
triplet basa nukleotida dan disebut sebagai antikodon. Selama pembentukan molekul protein,
basa antikodon berikatan secara longgar oleh hydrogen yang berikatan dengan basa kodon
pada mRNA. Asam amino yang berurutan disusun satu persatu disepanjang rantai mRNA,
sehingga membentuk suatu rangkaian asam amino yang sesuai di dalam molekul protein yang
baru terbentuk.

3. RNA ribosom

rRNA bersama dengan kira-kira 75 protein yang berbeda, membentuk ribosom, yakni
struktur fisik dan kimia tempat perakitan molekul protein yang sesungguhnya. Sisa ribosom
lain merupakan protein lain, yang mencakup kira-kira 75% jenis protein yang merupakan
protein structural dan enzim yang diperlukan pada pembentukan molekul-molekul protein.

rRNA selalu bekerja bersama dengan 2 jenis RNA yang lain: tRNA yang
menghantarkan asam amino ke ribosom untuk digabungkan ke dalam molekul protein yang
sedang dibentuk, sedangkan mRNA menyediakan informasi yang dibutuhkan untuk
mengurutkan asam amino dalam urutan yang sebenarnya, agar setiap jenis protein spesifik
dapat terbentuk.

Setelah rRNA dibentuk, rRNA akan berkumpul di dalam nucleolus. rRNA secara
khusus diolah di dalam nucleolus, tempat rRNA berikatan dengan protein ribosom untuk
membentuk produk pengendapan granular yang merupakan subunit primordial ribosom.
Subunit-subunit ini kemudian dilepaskan dari selubung nucleolus dan dihantarkan melalui
pori-pori besar selubung nucleolus hampir ke seluruh bagian sitoplasma. Setelah subunit
masuk ke sitoplasma, subunit tersebut dipakai untuk membentuk ribosom fungsional yang
matang. Oleh karena itu, protein terbentuk di dalam sitplasma sel, dan bukan dalam nukleus
sel, karena nukleus tidak mengandung ribosom yang matang.

C. PROSES TRANSLASI
Translasi merupakan sintesis polipeptida yang sesungguhnya, yang terjadi
berdasarkan arahan mRNA. Selama tahapan ini terdapat perubahan bahasa: Sel tersebut harus
mentranslasi (menerjemahkan) urutan basa molekul mRNA ke dalam urutan asam amino
polipeptida. Tempat-tempat translasi ini ialah ribosom, partikel kompleks yang memfasilitasi
perangkaian secara teratur asam amino menjadi rantai polipeptida.

Dalam proses translasi, suatu sel menginterpretasikan suatu pesan genetic dan
membentuk polipeptida yang sesuai. Pesan yang diterjemahkan berupa serangkaian kodon
disepanjang molekul RNA-d, sedangkan penerjmeahnya adalah RNA-t. RNA-t mentransfer
asam-asam amino dari sitoplasma ke ribosom. Asam amino dalam proses sintesis protein
perlu di aktivasi terlebih dahulu oleh ATP. Aktivasi ini berlangsung dengan bantuan enzim
aminoasil RNA-t sintetase.

Kita dapat membagi translasi, sintesis rantai polipeptida, menjadi 3 tahap (sama
seperti pada transkripsi): inisiasi, elongasi dan terminasi. Semua tahapan ini memerlukan
faktor-faktor protein yang membantu mRNA, tRNA, dan ribosom selama proses translasi.
Untuk inisiasi dan elongasi rantai dibutuhkan sejumlah energi. Energi ini disediakan oleh
GTP (guanosin triphosfate), satu molekul yang mirip dengan ATP.

a. Inisiasi

Gamabr 2.4. Inisiasi Translasi

 Tahap inisiasi dari translasi membawa bersama-sama mRNA, sebuah tRNA yang
memuat asam amino pertama dari polipeptida, dan dua subunit ribosom. Subunit ribosom
kecil yang mengikat diri pada mRNA dan tRNA inisiator khusus. Subunit ribosom kecil
melekat pada segmen leader pada ujung 5 (upstream) dari mRNA. Pada arah downstream
dari mRNA terdapat kodon inisiasi, AUG, yang memberikan sinyal dimulainya proses
translasi. tRNA inisiator, yang membawa asam amino metionin, melekat pada kodon inisiasi.

Penyatuan mRNA, tRNA inisiator, dan subunit ribosom kecil diikuti oleh perlekatan
subunit ribosom besar, menyempurnakan kompleks inisiasi translasi. Protein yang disebut
faktor inisiasi dibutuhkan untuk membawa semua komponen tersebut bersama-sama. Sel
juga mengeluarkan energi dalam bentuk molekul GTP untuk membentuk kompleks inisiasi.
Saat penyelesaian proses inisiasi, tRNA inisiator berada pada tempat P dari ribosom, dan
tempat A yang kosong siap untuk tRNA aminoasil berikutnya. Sintesis polipeptida dimulai
pada ujung aminonya.

b. Elongasi

Gambar 2.5. Elongasi Translasi

Pada tahap elongasi dari translasi, asam-asam amino ditambahkan satu persatu pada
asam amino pertama. Tiap penambahan melibatkan partisipasi beberapa protein yang disebut
faktor elongasi dan terjadi dalam siklus 3 tahap:
 1) Pengenalan Kodon.
Kodon mRNA pada tempat A dari ribosom membentuk ikatan
hidrogen dengan antikodon molekul tRNA yang baru masuk yang membawa
asam amino yang tepat. Faktor elongasi membawa tRNA ketempat A.
Langkah ini membutuhkan hidrolis GTP.

2) Pembentukan Ikatan Peptida

Molekul rRNA dari subunit ribosom besar, berfungsi sebagai ribozim,
mengkatalisis pembentukan ikatan peptida yang menggabungkan polipeptida
yang memanjang dari tempat P ke asam amino yang baru tiba ditempat A.
Pada tahap ini, polipeptida memisahkan diri dari tRNA tempat perlekatannya
semula, dan asam amino pada ujung karboksilnya berikatan dengan asam
amino yang dibawa oleh tRNA di tempat A.

3) Translokasi
tRNA ditempat A, secara terikat pada polipetida yang sedang tumbuh,
ditranslokasikan ke tempat P. Saat RNA berpindah tempat, antikodonnya tetap
berikatan dengan hidrogen pada kodon mRNA; mRNA bergerak bersama-
sama dengan antikodon ini dan membawa kodon berikutnya untuk ditranslasi
pada tempat A. Sementara itu, tRNA yang tadinya berada ada tempat P
bergerak ke tempat E dan dari tempat ini keluar dari ribosom. Langkah
translokasi membutuhkan energi yang disediakan oleh hidrolisis GTP. mRNA
bergerak melalui ribosom ke satu arah saja. Ribosom dan mRNA bergerak
relatif satu sama lain, dengan arah yang sama, kodon demi kodon. Siklus
elongasi menghabiskan waktu kurang dari 1/10 detik dan terus diulang saat
tiap asam amino ditambahkan pada rantai hingga polipeptidanya lengkap.

c. Terminasi

Gambar 2.6. Terminasi Translasi

 Tahap akhir translasi adalah terminasi. Elongasi berlanjut hingga kodon stop
mencapai tempat A di ribosom. Triplet basa yang istimewa ini (UAA, UAG dan UGA) tidak
mengkode suatu asam amino melainkan bertindak sebagai sinyal untuk menghentikan
translasi. Suatu protein ynag disebut sebagai faktor pelepas (release factor) langsung
mengikatkan diri pada kodon stop di tempat A. Faktor pelepas ini menyebabkan penambahan
molekul air, bukan asam amino, pada rantai polipeptida. Reaksi ini menghidrolisis
polipeptida yang sudah selesai ini dari tRNA yang berada di tempat P melepaskan polipeptida
dari ribosom. Sisa penyusunan translasi kemudian terpisah-pisah.

Selama proses dan sesudah sintesisnya, satu rantai polipeptida mulai menggulung dan
melipat secara spontan, membentuk protein fungsional dengan konfirmasi yang spesifik: satu
molekul tiga dimensi dengan struktur sekunder dan tersier. Suatu gen menentukan struktur
primer dan struktur primer ini kemudian akan menetukan konformasi.

Langkah tambahan (modifikasi pasca translasi) mungkin dibutuhkan sebelum protein

dapat mulai melakukan tugas khususnya di dalam sel. Asam amino-asam amino tertentu
dapat dimodifikasi secara kimiawi dengan pengikatangula, lipid, gugus fosfat atau
penambahan-penambahan lain. Enzim-enzim dapat memindahkan satu atau lebih asam amino
dari ujung leading (amino) rantai polipeptida. Pada beberapa kasus, rantai polipeptida tunggal
dapat membelah secara enzimatik menjadi dua atau lebih potongan. Contohnya, protein
insulin pertema kali disintesis sebagai rantai polipeptida tunggal tetapi menjadi aktif hanya
setelah suatu enzim menghilangkan bagian tengah dari rantai tersebut, membuaprotei terdiri
dari dua rantai peptida yang terhubungkan oleh jembatan disulfida. Pada kasus lain, dua atau
lebih polipeptida yang disintesis secara terpisah dapat bergabung untuk menjadi subunit-
subunit protein yang mempunyai struktur kuarterner.

Pematangan Protein
Polipeptida yang dibentuk kemudian diproses menjadi protein. Pematangan gugus
glukosa terjadi pada lumen RE kasar dan dilakukan pematangan terakhir didalam badan
golgi, yang akhirnya dikeluarkan dari sel dengan terbungkus dalam vakuola.

Ekspresi Gen
Rantai polipeptida lepas dari tRNA dan dibawa keluar ribosom, dan dimodifikasi
di badan Golgi untuk diubah menjadi enzim, hormon, protein struktural, atau organel
baru, sebagai ekspresi gen. Walaupun sintesis protein berlangsung secara cermat dan teratur,
kesalahan tetap saja dapat terjadi. Misalnya dalam proses penerjemahan kode kode genetik.
Hal ini dapat menyebabkan asam amino yang dipesannya juga keliru sehingga protein dan
enzim yang disintesis juga salah. Peristiwa ini disebut dengan mutasi.
 BAB III
PENUTUP

Suatu gen biasanya merupakan daerah DNA yang mengkode polipeptida, tetapi
beberapa gen memiliki molekul RNA sebagai produk akhirnya. Transkripsi dan translasi
merupakan dua proses utama yang menghubungkan gen ke protein. Saat menjelang proses
transkripsi berjalan, biasanya didahului signal dari luar akan kebutuhan suatu protein atau
molekul lain yang dibutuhkan untuk proses pertumbuhan, perkembangan, metabolisme, dan
fungsi lain di tingkat sel maupun jaringan.

Baik asam nukleat maupun protein merupakan polimer informasional dengan urutan
monomer linier masing-masing adalah nukleotida dan asam amino. Transkripsi merupakan
transfer informasi nukleotida-nukleotida DNA ke RNA, sementara translasi merupakan
transfer informasional dari urutan nukleotida dalam RNA ke urutan asam amino dalam suatu
polipeptida.

Unit tiga-nukleotida dalam DNA ditranskripsi menjadi triplet nukleotida mRNA yang
disebut kodon. Dari 64 kodon, 61 mengkode untuk asam amino, dengan banyak sinonim.
Beberapa kodon merupakan sinyal start dan stop untuk pesan genetik. RNA lebih serbaguna
daripada DNA karena RNA melakukan peran struktural, informasional dan katalitik.

Dalam suatu sel eukariota, selubung nukleusnya memisahkan transkripsi dari

translasi; pemrosesan RNA yang ekstensif terjadi dalam nukleus.
 DAFTAR PUSTAKA

Campbell, Neil A. 2002. BIOLOGI Edisi Kelima Jilid 1. Jakarta: Erlangga

Guyton AC, Hall JE. 2008. Buku Ajar FISIOLOGI KEDOKTERAN Edisi 11. Jakarta: EGC Medical
Publisher

Murray RK, Granner DK, Rodwell VW. 2009. Biokimia Harper Edisi 27. Jakarta: EGC Medical
Publisher

Poedjiadi A, Supriyanti T. 2005. Dasar-Dasar Biokimia. Jakarta: UI-Press

WWW.en.wikipedia.org/wiki/protein-biosynthesis.