ABSTRAK
Sintesis protein merupakan proses pencetakan protein dalam sel khususnya ribosom. Protein
sendiri adalah senyawa organic yang penting hadir dalam organisme hidup. Mereka sangat
penting di hamper semua fungsi sel, meskipun protein spesifik yang terlibat dalam fungsi tertentu.
Sintesis protein digunakan untuk menunjukkan terjemahan, yang sebaliknya merupakan bagian
utama dalam proses sintesis protein. Ketika dipelajari secara rinci, sintesis protein sangat
kompleks. Proses itu sendiri dimulai dengan produksi asam amino yang berbeda, dari yang
beberapa berasal dari sumber makanan.
Kata Kunci : protein folding, translocation, intiation, elongation, termination, intein splicing
Sintesis protein adalah proses dimana asam amino secara linear diatur menjadi
protein melalui keterlibatan RNA ribosom, RNA transfer, RNA, dan berbagai enzim.
Sintesis protein adalah proses dimana sel-sel individual disusun membentuk protein. Baik
asam deoksiribonukleat (DNA) dan semua jenis asam ribonukleat (RNA) akan terlibat
dalam proses ini. Enzim dalam inti sel memulai proses sintesis protein dengan terlebih
dahulu unwinding (membuka) bagian yang diperlukan dari DNA, sehingga RNA dapat
dibuat. Bentuk RNA sebagai salinan satu sisi untai DNA, dan dikirim ke area lain dari sel
untuk membantu dalam membawa bersama-sama dari asam amino yang berbeda yang
akan membentuk protein. Sintesis protein dinamakan demikian karena protein “disintesis”
melalui proses mekanik dan kimia dalam sel.
Setelah untai RNA telah dibuat dalam inti, disebut RNA (mRNA). mRNA keluar dari
nukleus melalui lubang kecil yang disebut pori-pori nuklir, dan bergerak ke area yang lebih
besar dari sel, yang dikenal sebagai sitoplasma. Setelah keluar dari inti, mRNA ditarik
menuju struktur yang dikenal sebagai ribosom, yang berfungsi sebagai stasiun kerja sel
untuk sintesis protein. Pada titik ini, hanya satu sub-unit ribosom yang hadir.
Saat mRNA mengikat sub-unit ribosom, memicu pendekatan lain untai RNA,
disebut RNA transfer (tRNA). Untai tRNA akan mencari tempat yang tepat untuk mengikat
mRNA, dan ketika menemukan, itu akan menempel pada mRNA, sambil memegang
sebuah asam amino pada salah satu ujungnya. Ketika ini terjadi, sub-unit lain dari ribosom
tiba untuk membentuk struktur lengkap. Saat ribosom mengelilingi helai RNA, untai lain
tRNA mendekat. Untai ini membawa asam amino lain, dan berbeda dari yang pertama.
Sekali lagi, tRNA mencari tempat yang tepat untuk mengikat mRNA.
Ketika untai kedua dari tRNA di tempat dengan asam amino, dua asam amino
mengikat bersama-sama dengan bantuan dari ribosom, serta energi sel dalam bentuk
adenosin trifosfat (ATP). Urutan ini berulang, dan rantai asam amino tumbuh lagi. Ketika
asam amino semuanya telah ditempatkan dalam urutan yang benar, rantai dilipatan ke
dalam bentuk tiga dimensi. Ketika ini terjadi, protein selesai.
Setelah protein telah berhasil dibuat, dua sub-unit ribosom terpisah, akan
bergabung lagi untuk digunakan nanti. Proses sintesis protein terjadi di berbagai ribosom
seluruh sel. Sebuah sel yang beroperasi secara efisien dapat mensintesis ratusan protein
setiap detik.
Dalam semua sel hidup, proses menerjemahkan informasi genetik dari DNA ke
protein yang melakukan sebagian besar pekerjaan dalam sel dilakukan oleh mesin
molekuler yang terbuat dari kombinasi RNA dan protein. Anehnya, itu adalah RNA, bukan
protein, yang melakukan pekerjaan penting dalam mesin pembuat-protein ini, yang disebut
ribosom. Bentuk dasar dan inti fungsional ribosom dibentuk oleh RNA. RNA telah
dipertahankan melalui lebih dari satu miliar tahun evolusi: RNA ribosom pada bakteri dan
manusia sangat mirip. Kedua RNA, disebut RNA atau mRNA, menggerakan informasi
genetik dari DNA ke ribosom. Messenger RNA menyediakan ribosom dengan cetak biru
untuk membangun protein. Asam amino adalah bahan bangunan protein. Setiap asam
amino dalam protein dikirim ke ribosom dengan jenis lain dari RNA: RNA transfer (tRNA).
Ribosom menggunakan informasi dalam messenger RNA untuk menghubungkan bersama
transfer RNA mengikat asam amino dalam urutan yang benar untuk membuat setiap jenis
yang berbeda dari protein dalam sel: sel manusia membuat hampir 100.000 jenis protein,
masing-masing dengan messenger RNA dengan urutan yang unik.
Peran sentral dari RNA dalam sintesis protein diilustrasikan oleh fakta bahwa
banyak antibiotik digunakan untuk melawan infeksi dengan mengikat RNA ribosom bakteri
dan menghambat produksi protein seluler. Hal ini untuk mencegah bakteri tumbuh.
Kesalahan dalam produksi atau urutan komponen RNA dari mesin sintesis protein juga
dapat menyebabkan penyakit pada manusia, termasuk, anemia Diamond Blackfan, yang
disebabkan oleh cacat dalam produksi ribosom, Dyskeratosis congenita, disebabkan oleh
cacat dalam struktur RNA ribosom, dan beberapa bentuk diabetes, miopati dan
ensefalopati akibat mutasi pada RNA transfer.
Peran asam deoksiribonukleat atau DNA dalam sintesis protein adalah sebagai
cetak biru. Ini adalah panduan untuk struktur protein yang diproduksi. Tanpa DNA, ribosom
dalam sel yang diberikan tidak akan tahu apa yang harus dimasukkan kedalam asam
amino. DNA memiliki fungsi yang sama pada sel prokariotik dan eukariotik, meskipun ada
perbedaan halus.
DNA adalah rantai asam nukleat dibagi menjadi dua polimer atau helai. Masing-
masing berdiri memiliki satu set asam amino yang terhubung ke asam amino yang
berlawanan pada polimer lain untuk menghasilkan struktur yang terlihat seperti tangga
pembersih jendela. Urutan asam amino adalah peta genetik informasi yang memberitahu
sel bagaimana harus terstruktur dan memberitahu sel-sel bagaimana menggabungkan
untuk membentuk organisme yang lebih besar. Informasi ini digunakan secara langsung
untuk membangun komponen sel seperti asam ribonukleat (RNA) dan protein.
Kehadiran DNA dalam sintesis protein sangat penting. Sintesis protein adalah
tindakan menciptakan protein baru dalam sel. Seluruh proses terjadi di dalam ribosom,
semacam pabrik protein, dalam sel. Panduan ribosom dalam sel eukariotik dan semua
ribosom dalam sel prokariotik mensintesis protein dalam sitoplasma.
Ada banyak langkah untuk proses sintesis protein. Penggunaan DNA selama
sintesis protein berlangsung dalam tahap yang disebut sintesis asam amino pertama.
Tahap kedua disebut transkripsi, dan tahap akhir adalah di mana ribosom menerjemahkan
informasi ke dalam protein.
Sebuah protein yang disebut helikase membagi terpisah kedua polimer DNA dalam
sintesis protein. Salah satu helai akan berisi cetak biru protein sel yang dibutuhkan. Untai
ini akan disalin ke RNA (mRNA) ketika mRNA diatur sehingga terdiri dari asam amino
berlawanan dengan mereka yang hadir di bagian DNA yang disalin.
mRNA kemudian mengambil informasi ke ribosom. Ribosom akan memproses
mRNA sehingga menerjemahkan kode asam amino menggunakan kebalikan dari mereka
pada mRNA, sehingga kembali rantai akan kembali ke bentuk aslinya. Dari sini, ribosom
membuat protein.
Organisme tidak mampu mensintesis semua asam amino. Ada sekitar 20 asam
amino yang dikenal di dunia, dan manusia dapat mensintesis sekitar 12 dari mereka.
Sisanya yang tertelan melalui makanan dan kadang-kadang minum.
Sel prokariotik akan mengkonversi DNA dalam sintesis protein langsung ke mRNA.
Sel eukariotik, bagaimanapun, pertama menuliskan DNA ke RNA nuklir heterophil
(hnRNA).
Ribosom adalah struktur dalam sel biologis, dijuluki “pabrik” untuk peran tunggal
mereka dalam merakit protein yang membentuk dan mendefinisikan fungsi sel. Protein
adalah senyawa kimia kompleks yang telah disebut “bahan bangunan kehidupan.” Rumus
instruksional yang dikodekan dalam DNA genetik (asam deoksiribonukleat) dalam inti pusat
sel. Sintesis protein adalah bidang biologi molekuler yang mempelajari proses dimana kode
DNA ditranslasi menjadi protein fungsional. Peran ribosom dalam sintesis protein sangat
penting.
Pertama, dalam proses yang disebut transkripsi, DNA membuat salinan fungsional
dari dirinya sendiri disebut RNA (asam ribonukleat). Ini secara khusus bernama messenger
RNA (mRNA) untuk fungsinya untuk memberikan instruksi kode ke ribosom. Sepanjang
jalan, RNA membuat salinan terfragmentasi sendiri bernama RNA transfer (tRNA). Salinan
ini yang dirilis untuk mengikat dengan senyawa organik bebas dalam sel yang disebut
asam amino.
Sementara itu, mRNA mengikat ribosom, yang mulai “membaca” informasi dalam
proses yang disebut translasi. Informasi tersebut merupakan urutan dari banyak asam
amino yang berbeda. Seperti itu sedang dibaca, kode pencocokan tRNA tertarik untuk
ribosom dan mentransfer muatan terpasang. Satu demi satu, rantai asam amino sehingga
tercipta sampai protein selesai dan sinyal mRNA dirilis dari ribosom.
Peran ribosom dalam sintesis protein ini mirip dengan jalur perakitan linier asam
amino dalam protein jadi. DNA dan RNA sendiri adalah rantai linear dari empat molekul
kimia yang disebut nukleotida – adenin, sitosin, timin pada DNA atau urasil di RNA, dan
guanin – disingkat A, C, T atau U, dan G masing-masing. Rantai yang sangat panjang
nukleotida ini di mRNA adalah serupa dengan rekaman ticker yang ribosom membaca dan
menerjemahkan ke dalam asam amino merupakan kode yang spesifik.
Ribosom yang mereka terbuat dari protein dan untai RNA. Mereka dapat dianggap
sebagai memiliki dua subunit fungsional, masing-masing mengikat baik pembawa pesan
atau RNA transfer. Ribosom dalam sintesis protein memulai proses perakitan ketika
bertemu dengan serangkaian spesifik nukleotida mRNA, yaitu A-U-G Disebut kodon, urutan
nukleotida UAG adalah instruksi untuk menghentikan produksi, dan ribosom dua subunit
terpisah, melepaskan protein dalam proses.
Pada langkah terakhir, ribosom dalam sintesis protein tidak terlibat sama sekali.
Dalam proses yang tidak dipahami dengan baik, rantai lurus asam amino yang membentuk
protein morphs menjadi bentuk fisik yang telah ditetapkan. Disebut protein folding, faktor
yang paling dikutip dalam menentukan bagaimana rantai memampatkan dirinya menjadi
bentuk tiga dimensi adalah: suhu, sekitar pelarut seperti air, kehadiran garam, dan daya
tarik molekul dan interaksi dari semua ikatan hidrogen protein ini.
Lokasi awal sintesis protein adalah inti. Protein sendiri tidak diproduksi dalam
jumlah besar dalam organel ini, namun transkrip RNA dari instruksi genetik untuk sintesis
protein yang diproduksi di sana. Sebuah ribosom tidak mampu menerjemahkan DNA
langsung ke protein, sehingga diperlukan langkah transkripsi perantara. Setelah transkripsi,
transkrip RNA pindah dari inti sehingga transkrip dapat diterjemahkan oleh ribosom, yang
tidak hadir dalam jumlah besar di inti. Transkripsi terjadi hampir tanpa henti dalam inti sel,
karena ada permintaan seluler yang konstan untuk lebih banyak protein.
Translasi, proses di mana sebuah untai RNA digunakan dalam pengembangan
protein, mengambil tempat di ribosom. Ribosom menghubungkan asam amino menjadi
rantai panjang. Rantai ini umumnya tidak berguna sebagai rantai linear, tetapi sifat-sifat
kimia asam amino dan lokasi mereka dalam rantai menyebabkan mereka untuk melipat
menjadi bentuk fungsional. Dalam banyak kasus, lipatan ini terjadi selama sintesis – tepat
di tempat sintesis protein – sementara dalam kasus lain, protein lain harus membantu
dalam proses pelipatan.
Beberapa ribosom ada dalam sitosol, atau bagian cairan seperti sitoplasma sel,
sementara yang lain ada pada struktur yang disebut retikulum endoplasma kasar. Sebuah
ribosom belum tentu terjebak secara permanen ke retikulum endoplasma – ribosom teratur
menempel dan meninggalkannya. Struktur berfungsi untuk mengangkut protein tertentu,
terutama protein sekretori, untuk lokasi selular yang berbeda. Setelah meninggalkan lokasi
tempat mereka disintesis, protein yang dengan sinyal rantai yang menyebabkan mereka
untuk diarahkan ke tujuan tertentu ditandai. Tempat sintesis, maka, tidak selalu dekat
dengan tempat di mana protein tersebut benar-benar digunakan.
Mekanisme Sintesis Protein dalam sel. Proses sintesis protein terjadi dalam dua
langkah utama didorong oleh enzim dalam sel. Pertama, asam deoksiribonukleat (DNA)
ditranskripsi menjadi asam ribonukleat (RNA) dengan enzim RNA polimerase. Kedua, RNA
kemudian diterjemahkan ke dalam molekul protein oleh ribosom di dalam sel. Transkripsi
DNA dan translasi RNA adalah langkah-langkah kunci dalam proses pusat biosintesis
protein.
Transkripsi adalah langkah pertama dalam proses sintesis protein, dan biasanya
diprakarsai oleh berbagai sinyal molekul dalam inti sel. Untuk memulai, enzim DNA
helikase membuka ritsleting dua untai DNA, memperlihatkan untai template, yang akan
mengkode untuk RNA yang akan ditranskripsi. Selanjutnya, enzim RNA polimerase
berikatan dengan untai cetakan, bergerak sepanjang dan mensintesiskan untai RNA
(mRNA) yang melengkapi untai DNA template. Setiap nukleotida tunggal DNA akan
mengkode untuk satu nukleotida RNA yang akan ditambahkan ke untai mRNA.
Pada sel eukariotik, mRNA biasanya akan diubah setelah dibuat. Langkah ini dalam
proses sintesis protein melibatkan penambahan tutup pada bagian depan, yang biasanya
guanin nukleotida termetilasi, dan ekor poli-adenin (ekor poli-A) ke belakang. MRNA juga
akan disambung, karena enzim dalam sel menghapus segmen mRNA yang tidak terlibat
langsung dalam coding untuk protein target. Segmen ini dikenal sebagai intron, sedangkan
segmen yang terlibat dalam coding untuk protein yang dikenal sebagai ekson.
Langkah berikutnya dalam proses sintesis protein terjemahan, di mana kode RNA
untuk asam amino tertentu. Proses ini dikatalisis di luar inti oleh ribosom, organel kecil
yang terbuat dari RNA ribosom (rRNA) dan protein. Ribosom mengikat kedua untai mRNA
dan asam amino yang akan membentuk protein akhir. Setiap set dari tiga nukleotida mRNA
akan mengkode untuk satu asam amino tertentu. Ribosom berjalan menuruni untai mRNA,
menambahkan satu asam amino pada suatu waktu, sampai mereka mencapai ekor poli-A
dan menyelesaikan translasi protein.
Kadang-kadang proses sintesis protein melibatkan langkah-langkah tambahan
setelah polipeptida telah dibuat. Protein dapat mulai melipat menjadi struktur asli, atau
paling stabil konformasi tiga dimensi, dengan interaksi hidrofobik. Karena sel adalah encer,
atau berbasis air, lingkungan, sangat polar, dan asam amino hidrofobik akan berkumpul
bersama untuk menghindari terkena lingkungan ini. Pengelompokan ke dalam residu
hidrofobik memberikan protein stabilitas lebih energik, dan membantu untuk melipat.
Sering, protein tidak dapat melipat ke dalam struktur asli mereka atas kemauan
sendiri. Dalam hal ini, mereka membutuhkan bantuan chaperonin, satu enzim protein yang
mengikat yang baru disintesis polipeptida dan melipat ke dalam bentuk yang benar.
Chaperonins dan enzim lainnya juga dapat memperbaiki terdenaturasi, gagal melipat, atau
protein lain yang rusak.
Pada proses pre-translasi (transkripsi), produk pertama yang dihasilkan dari proses
transkripsi prokariotik dan eukariotik berbeda. Pada prokariotik, hasil dari transkripsi ialah
mRNA sedangkan pada eukariotik, hasil pertama dari proses transkripsi ialah tranksrip
primer yang kemudian akan mengalami modifikasi (mengikat 7-methyl-guanosine,
berpasangan dengan sebuah poly A tail) untuk menghasilkan hnRNA (heterophil nuclear
RNA). hnRNA akan mengalami proses splicing intron (bagian gen non-coding) via
spliceosomes untuk menghasilkan mRNA. Pada prokariotik, proses transkipsi dan translasi
dapat terjadi secara simultan serta proses regulasi sintesis protein lebih sederhana. Pada
eukariotik transkipsi terjadi di inti, dan translasi terjadi di sitoplasma dan keduanya tidak
dapat berjalan secara bersamaan. Proses regulasi sintesis protein eukariotik lebih
kompleks
Translasi dalam genetika dan biologi molekular adalah proses penerjemahan urutan
nukleotida yang ada pada molekul mRNA menjadi rangkaian asam-asam amino yang
menyusun suatu polipeptida atau protein. Translasi hanya terjadi pada molekul mRNA,
sedangkan rRNA dan tRNA tidak ditranslasi. Molekul mRNA yang merupakan salinan
urutan DNA menyusun suatu gen dalam bentuk single strand. mRNA membawa informasi
urutan asam amino.
Tahap inisiasi yaitu dimulai dengan mengikat ribosomal subunit kecil pada urutan
spesifik rantai mRNA. Ikatan tersebut berada pada urutan 5 dan 11 nukleotid pada mRNA
pada kodon AUG. Setelah itu, subunit kecil berikatan dengan molekul tRNA khusus, yang
disebut N-formil metionin (fMet), mengenali dan mengikat ke kodon inisiator. Setelah itu,
akan terjadi pengikatan dengan subunit besar, membentuk kompleks inisiasi. Inisiator pada
prokariotik dan eukariotik juga memiliki perbedaan. Pada prokariotik faktor insiasinya yaitu
IF1, IF2, dan IF3 sedangkan pada eukariotik eIF4A, eIF4E dan eIF4G .
Dengan terbentuknya kompleks inisiasi, fMet-tRNA menempati lokasi P dari
ribosom dan situs A dibiarkan kosong. Ribosom pada dasarnya terbagi menjadi subunit
kecil dan subunit besar. Pada prokariotik ribosomal berupa 70S (subunit besar 50S dan
subunit kecil 30S) sedangkan pada eukariotik ribosomal berupa 80S (subunit besar 60S
dan subunit kecil 40S) Seluruh proses inisiasi difasilitasi oleh protein ekstra, yang disebut
faktor inisiasi yang membantu dengan mengikat subunit ribosom dan tRNA ke rantai
mRNA. Selanjutnya proses seterusnya tidak ada perbedaan.
Tahap Elongasi merupakan tahap terbentuknya tRNA yang mengandung kompleks-
fMet di situs peptidil (P), tRNA aminoasil dengan urutan antikodon komplementer dapat
mengikat mRNA melalui situs akseptor. Pengikatan ini dibantu oleh faktor-faktor
pemanjangan yang bergantung pada energi dari hidrolisis GTP. tRNA membawa rantai
asam amino pada situs P dan tRNA yang mengandung asam amino tunggal di situs A,
kemudian terjadi rantai asam amino. Penambahan ini terjadi melalui pembentukan ikatan
peptida, ikatan nitrogen-karbon yang terbentuk antara subunit asam amino untuk
membentuk rantai polipeptida yang dibantu enzim transferase peptidil. Ikatan peptida yang
terjadi antara gugus karboksil merupakan ujung dalam rantai peptida yang terletak di lokasi
P dan gugus amina pada asam amino dalam kelompok A. Akibatnya, rantai peptida
bergeser ke situs A, dengan asam amino asli pada situs A sebagai ujung rantai. tRNA di
situs A menjadi RNA peptidil, dan bergeser ke situs P. Sementara itu, ribosom bergerak ke
arah 3’ sepanjang mRNA didorong oleh faktor-faktor pemanjangan. Ketika situs A terbuka
kembali sehingga tRNA aminoasil berikutnya menghasilkan rantai asam amino peptida.
proses berulang-ulang tersebut menciptakan sebuah rantai polipeptida di situs P ribosom.
Sebuah ribosom tunggal dapat menerjemahkan 60 nukleotida per detik. Kecepatan ini bisa
jauh ditambah ketika menghubungkan ribosom untuk membentuk polyribosomes.
Pre-Translasi
Pada proses pre-translasi, terjadi proses trankripsi RNA. Proses transkripsi, sesuai
namanya merupakan proses pencetakan atau penulisan ulang DNA ke dalam mRNA.
Proses ini terjadi di dalam nukleus. Pada tahap ini, setiap basa nitrogen DNA dikodekan ke
dalam basa nitrogen RNA. Tahap transkripsi dapat dibagi lagi menjadi tiga tahap, yaitu
iniasi, elongasi, dan terminasi.
Tahap inisiasi diawali oleh melekatnya enzim RNA polimerase pada pita DNA pada
titik awal. Pita DNA akan terbuka, akibatnya basa nitrogen pada pita tersebut menjadi
bebas. Basa nitrogen pada salah satu pita tersebut akan menjadi cetakan mRNA. Pita DNA
ini disebut juga pita bermakna atau sense. Adapun pita yang tidak ditranskripsi disebut pita
tak bermakna atau antisense. Enzim RNA polimerase mulai menyintesis RNA dari titik awal
pita.
Pada tahap elongasi, Enzim RNA polimerase akan terus membentuk mRNA hingga
terbentuk pita mRNA. Pita mRNA ini akan terus memanjang.
Pada tahap terminasi, enzim RNA polimerase sampai pada tempat pemberhentian
(terminal site) DNA, transkripsi akan terhenti. Setelah itu, mRNA dibebaskan dan RNA
polimerase terlepas dari DNA. DNA akan kembali seperti bentuknya semula. Hasil dari
transkripsi, yakni mRNA selanjutnya akan keluar dari inti sel melalui membran inti menuju
sitoplasma.
Pengikatan Aminoasil
Polisom
Polisom / Polyribosome ialah kumpulan ribosom yang membentuk rantai dalam pola
spiral atau terpilin. Polisom memiliki fungsi untuk mengadakan proses sintesis protein yang
lebih kompleks sehingga dapat meningkatkan jumlah produksi protein. Bagian 5' 7-
methylguanosine cap dan 3' poly(A) tail pada mRNA eukariotik membantu kinerja polisom
dalam mensintesis protein. Polyribosomes dapat dijumpai dengan tiga bentuk : bentuk
bebas, cytoskeletal bound, and membrane bound.
Translasi Biasa
Gambar 5. Translasi secara umum
(Sumber : hyperphysics.phy-astr.gsu.edu)
Bagian utama kedua dari proses sintesis protein adalah translasi. Bertentangan
dengan transkripsi yang terjadi dalam inti, translasi berlangsung dalam sitoplasma sel.
Bagian ini dimulai segera setelah mRNA ditranskripsi memasuki sitoplasma. Ribosom hadir
dalam sitoplasma segera melekat pada mRNA pada situs tertentu, yang disebut kodon
start. Proses translasi dibagi menjadi tiga yaitu :
Inisiasi
Penterjemahan mRNA ke dalam rantai polipeptida tidak dimulai dari ujung '5 mRNA.
Pada bakteri, translasi hampir selalu dimulai dari 25 nt kearah hilir ujung 5' mRNA. Dalam
setiap mRNA dapat disintesis lebih dari unit rantai polipeptida. mRNA yang mengkode dua
atau lebih polipeptida ini disebut polisistron (polycistron). Menariknya bahwa setiap protein
yang dikode baik itu oleh monosistron dan polisistron memiliki isyarat "mulai" dan "berhenti"
pada mRNA. Isyarat-isyarat ini mendefinisikan pengawalan dan pengakhiran setiap rantai
polipeptida yang dikode.
Hampir semua ujung amino protein yang ditranslasi mRNA. Jenis asam amino awal
yanf diinisiasi ialah metionin, dan biasanya termodifikasi. Metionin termodifikasi ini disebut
formilmetionin (fMet). Dalam kenyataannya, sintesis protein pada bakteri dimulai dengan
fMet, yang dibawah oleh tRNA inisiator disingkat tRNA f yang berbeda dengan tRNA yang
membawa metionin normal (disingkat tRNA m). Pembentukan tRNAf dan tRNAm dipercepat
oleh aminoasil-tRNA sintetase yang sama, tetapi enzim khusus memformilat gugus amina
metionin yang diikat oleh tRNAf dari N10 -formiltetrahidrofolat.
Suatu studi terhadap urutan nukleotida daerah yang terproteksi aksi ribonuklease
kompleks mRNA ribosom pada saat inisiasi ditemukan kodon AUG (atau GUG) yang
sangat terkosenservasi (Gambar 30-28, L. Stryer) serta daerah kaya purin ~10 nt ke arah
hulu AUG. Daerah kaya purin ini (disebut urutan Shine-Dagarno) ternyata sebagai tempat
berpasangan antara daerah kaya purin di daerah inisiator suatu mRNA dengan ujung 3'
16S rRNA. Daerah pembentukan pasangan kaya purin dan ujung 3' 16S rRNA ini berkisar
3 - 9 nt (nukleotida). Dengan demikian ada dua interaksi yang menentukan dimana
sintesis protein dimulai: perpasangan basa-basa mRNA dengan ujung 3' 16S rRNA, dan
perpasangan kodon inisiator (AUG, atau GUG) di mRNA dengan antikodon tRNA f. Namun
demikian, konsentrasi Mg2+ yang tinggi dalam campuran reaksi in vitro dapat
mengakibatkan inisiasi tidak spesifik. Dalam hal demikian, kebutuhan isyarat kodon "mulai"
sering tidak dipenuhi.
Pembentukan kompleks inisiasi diawali dengan penggabungan mRNA dan
formilmetionin-tRNAf dalam ribosom. Dalam penggabungan ini terlibat tiga faktor inisiasi
(IF1, IF2 dan IF3). Subunit 30S ribosom pertama membentuk kompleks dengan ketiga
faktor ini. Pengikatan GTP ke IF2 memampukan mRNA dan tRNA inisiator bergabung
sambil melepaskan IF3. FMet-tRNAf dikenal oleh IF2 dan pelepasan IF3 membolehkan
subunit 50S bergabung dalam kompleks. Hidrolisis GTP yang terikat pada IF2 pada saat
bergabungnya subunit 50S kedalam kompleks berakibat pelepasan IF1 dan IF2. Hasilnya
adalah kompleks inisiasi 70S. Jadi faktor-faktor inisiasi hanya berhubungan dengan
pembentukan kompleks inisiasi. Mereka tidak menjadi bagian dari ribosom 70S dan
mereka tidak mengambil bagian dalam tahap pemanjangan.
Selain faktor-faktor inisasi, protein-protein yang disebut L7 dan L12 subunit 50S
berpartisipasi dalam hidrolisis GTP dan menghasilkan kompleks inisiasi produktif. Kedua
protein ini identik kecuali ujung terminus L7 terasetilasi. Tetramer L7/L12 berasosiasi
dengan 50S seperti tancapan jari tangan. Kedua protein ini juga berpartisipasi dalam
hidrolisis GTP selama tahapan elongasi sintesis protein.
Elongasi
Terminasi
Proses elongasi akan diakhiri saat terbacanya rangkaian kodon UAA, UAG, atau
UGA. Kodon-kodon tersebut bukan pengkode asam amino, merupakan kodon yang
memerintahkan untuk penghentian sintesis protein. Faktor pelepas akan menempel pada
ribosom setelah pembacaan kodon stop. Faktor pelepas tersebut menyebabkan
terlepasnya mRNA dari ribosom, selanjutnya diikuti dengan pemisahan subunit besar dan
kecil ribosom. Hasil dari proses sintesis protein adalah rantai primer protein (rantai
polipeptida) yang masih belum fungsional. Untuk menjadi fungsional, protein harus
dimodifikasi di badan golgi sesuai kebutuhan sel.
o Binding of release factor
Pada proses terminasi, biasanya terdapat sebuah release factor, yaitu
sebuah protein yang berperan dalam terminasi proses translasi dengan
mendeteksi stop kodon dalam mRNA sequences. Pada proses translasi, hampir
semua kodon dikenali oleh aminoacyl-tRNA karena aa-tRNA terikat pada asam
amino tertentu yang koresponden terhadap antikodonnya. Dalam kode genetic,
terdapat stop kodon untuk mRNA sequences, yaitu UAG ("amber"), UAA
("ochre"), dan UGA ("opal" atau "umber"). Walaupun ketiga kodon ini sama
seperti kodon lainnya, tetapi aa-tRNA tidak dapat mendekode kodon-kodon
tersebut.Sebuah protein yaitu Release factor akan hadir untuk menterminasi
proses sintesis protein bila menemukan stop kodon.
Faktor pelepas menghentikan translasi dan menghidrolisis ikatan antara
asam amino terakhir pada rantai polipeptida baru dan tRNA-nya
Pada proses terminasi translasi prokariotik, terdapat 3 release factors,
yaitu : RF1, RF2, dan RF3.
RF1 mengenal kodon terminasi UAA and UAG
RF2 mengenal UAA and UGA
RF3 ialah GTP-binding protein yang mengarahkan dissociation of
RF1/RF2 setelah pelepasan peptide
Sepeti prokariotik, Pada proses terminasi translasi eukariotik melibatkan
2 release factors: eRF1 dan eRF3.
eRF1 mengenal ketiga kode stop kodon.
eRF3 ialah ribosome-dependent GTPase yang membantu eRF1
melepaskan polipeptida yang telah sempurna
Post Translasi
Setelah protein yang disintesis oleh ribosome dengan bantuan translasi mRNA
membentuk rantai polipeptida. Rantai-rantai polipeptida ini mengalami post translational
modification (PTM) sebelum menjadi produk protein yang matang. Dalam proses post
translational ini, rantai polipeptida yang hanya terdiri dari asam-asam amino berbeda
ditambahkan gugus fungsi seperti asetat, phosphate, karbohidrat, lipid, dan lain-lain untuk
memberikan fungsi khusus terhadap protein tersebut. Tanpa tugas yang jelas dan spesifik,
setiap protein sel akan melakukan pekerjaan-pekerjaan yang mungkin bertabrakan dan
tidak efisien. Oleh sebab itu, protein yang disintesis oleh kompleks ribosom di sitosol harus
mengalami pemrosesaan menuju spesifitas fungsi dan lokasi. Spesifitas fungsi
berlangsung melalui pematangan protein seperti pelipatan struktur benar tiga dimensi, dan
modifikasi kovalen. Spesifitas lokasi dicapai melalui mekanisme penyasaran ke tempat
dimana ia harus melakukan kerja. Baik spesifitas fungsi dan penyasaran berlangsung
dalam koridor perintah genetik yang dikandung oleh setiap protein. Kebutuhan penyasaran
dan pematangan protein sangatlah nyata pada sel-sel eukariotik, sehingga harus
terintegrasi dengan diferensiasi sel itu sendiri.
Seingkali tipe‐tipe pemrosesan berbeda terjadi bersama‐sama, yaitu polipeptida
dipotong, dimodifikasi dan/atau splicing, serta dilipat pada waktu yang sama untuk
membentuk konformasi tiga dimensi yang benar. Selain itu, proses pemotongan atau
modifikasi kimiawi dapat juga terjadi setelah protein dilipat, proses ini mungkin sebagai
bagian mekanisme pengaturan yang mengkonversi pelipatan protein inaktif menjadi bentuk
yang aktif.
o Protein Folding
RINGKASAN
Sintesis protein (bahasa inggris: protein synthesis) yang disebut juga biosintesis protein
adalah proses pembentukan partikel protein dalam bahasan biologi molekuler yang didalamnya
melibatkan sistesis RNA yang dipengaruhi oleh DNA. Dalam proses sintesis protein, molekul DNA
adalah sumber pengkodean asam nukleat untuk menjadi asam amino yang menyusun protein
tetapi tidak terlibat secara langsung dalam prosesnya. Molekul DNA pada suatu sel ditranskripsi
menjadi molekul RNA. Molekul RNA inilah yang ditranslasi menjadi asam amino sebagai penyusun
protein. Dengan demikian molekul RNA lah yang terlibat secara langsung dalam proses sintesis
protein. Hubungan antara molekul DNA, RNA, dan asam amino dalam proses pembentukan
protein dikenal dengan istilah "Dogma sentral biologi” yang dijabarkan dengan rangkaian proses
DNA membuat DNA dan RNA, RNA membuat protein, yang dinyatakan dalam persamaan DNA >>
RNA >> Protein. Seperti kebanyakan dogma, terdapat pengecualian pada proses pembentukan
protein berdasarkan bukti-bukti yang ditemukan setelahnya, sehingga dogma ini akhirnya disebut
sebagai aturan.
DAFTAR PUSTAKA
Anonim (2013) Pelipatan Protein : Sisi Gelap Protein. [online]. Tersedia pada :
http://himamia.mipa.uns.ac.id/2013/05/15/pelipatan-protein-sisi-gelap-protein/ (diakses
Sabtu, 14 Maret 2015).
Berg,J.M., Tymoczko,J.L., dan Stryer,L. (2002) Biochemistry, 5th Edition. New York : W.H.
Freeman.
Permana, D. (2013) Peptida Sinyal, Faktor Penting dalam Translokasi Protein. [online]. Tersedia
pada : http://blog.sivitas.lipi.go.id/blog.cgi?isiblog&1286417631&&&1036006740&
&1369273651&dani017& (diakses Sabtu, 14 Maret 2015).