HIBRIDISAS

I DNA
KELOMPOK 2
 Our Team

Putri Mustika N

192210101008
Melati Ihza Safara P Namira Aprily K.P

182210101117 192210101011
 Our Team

Alifa Putri Heryani

192210101044
Vioni Sabrina Nisak Putri Rochmantika

192210101014 192210101049
Our Team!

Syafira Dwi S Akira Briliana S

192210101063 192210101120

Khozaimah Rizky Elvira Eka Berliana

W D
192210101121 192210101125
 What is
Hibridisasi
DNA
 Hibridisasi DNA

Pada dua untai DNA disatukan oleh ikatan hidrogen pada setiap pasangan
basa nukleotidanya. Ikatan ini bisa dipisahkan dengan menaikkan suhu pada
medium DNA. Jika suhu diturunkan maka ikatan hidrogen pada pasangan basa
nukleotida tersebut akan terbentuk kembalidan DNA kembaliutuh.
Apabila pada sebuah medium ditempatkan dua segmen DNA yang sama
maka ketika suhu dinaikkan dan diturunkan kembali maka diantara beberapa
DNA yang terbentuk akan terbentuk juga DNA dengan kedua untai DNA
berasal dari spesies atau individu lain. Gabungan kedua untai DNA
yangberbedainidinamakan Dengan DNA hibrid
 Tujuan Hibridisasi DNA!

04 Investigasi 01
lingkungan

Penilaian pada
perawatan Tes diagnosis
medis mutasi
Memonitor
ekspresi gen

03
(urutan gen)
02
 05 Mendeteksi
organisme atau
agen berbahaya

Skiring untuk target

yang diketahui
berperan dalam
penyakit
06
 Metode
Hibridisasi
DNA
 Techniques &
methods of DNA
Hybridization

DNA memiliki untai ganda, apabila

suhu dinaikkan maka untai ganda
tersebut akan terlepas, sehingga
menjadi untai tunggal (Denaturasi).
Ketika suhu diturunkan, maka untai
tunggal tersebut bisa kembali
membentuk untai ganda
(Renaturasi).
 Techniques
& methods
Teknik hibridisasi DNA
menggunakan fragmen
berlabel yang disebut “Probe
DNA” untai tunggal untuk
mendeteksi urutan asam
nukleat tertentu yang memiliki
komposisi asam nukleat
pelengkap pada probe.
What is Probe Labelling of DNA
DNA? Probes
• Radioactive labeling:
menampilkan sinyal dengan
Probe
radioaktivitas
Labelling • Non radioactive labeling:
menampilkan sinyal dengan
pelabelan antigen, pengikatan
Urutan berlabel antibodi, enzim, aplikasi
substrat
yang ditentukan
untuk mencari
campuran asam
nukleat untuk
molekul yang
mengandung urutan
The Southern Blot
The Southern
Blots
Transfer ke
Digesti DNA
Membran Filter
Dengan enzim restriksi Dengan aliran kapiler buffer
dengan kekuatan ionik
tinggi

Fraksinasi
Dengan elektroforesis gel
agarosa
 Bagaimanakah proses hibridisasi DNA?

Proses
i b r idisa
h —AUDIENCE

si DNA
PROSES ANALISIS ASAM NUKLEAT
DENGAN HIBRIDISASI DNA
A Tranducing
signal
1
3
2

Preparasi
DNA
Denaturasi DNA
2019

Identifikasi
1. Preparasi
DNA

Hibridisasi DNA merupakan metode analisa yang membutuhkan isolat DNA pada
prosesnya. Isolat DNA dapat diperoleh dari berbagai metode isolasi DNA
 Preparasi Asam Nukleat
Probe

Probe merupakan fragmen DNA atau RNA dengan panjang variabel

yang dapat diberi label radioaktif atau berlabel fluoresensi. Kemudian dapat
digunakan dalam sampel DNA atau RNA untuk mendeteksi keberadaan zat
nukleotida yang melengkapi urutan dalam penyelidikan.

DNA : Dari kloning sel atau PCR. Probe beruntai ganda. Pelabelan dengan
DNA polymerase yang disintesis dari rantai DNA.
RNA : berasal dari transkripsi DNA . Probe beruntai tunggal. Pelabelan
dengan transkripsi “run-off”
Oligonucleotide : Berasal dari sintesis kimia, beruntai tunggal. Pelabelan
dengan “end labelling” yaitu dengan memasukkan atom 32p atau kelompok
berlabel lain pada ujung 5”
2. Proses Pemisahan

Proses pemisahan DNA:

● Denaturasi pada DNA mengakibatkan
ikatan pada DNA terpotong sehingga
membentuk pita tunggal DNA.
Denaturasi DNA dapat dilakukan pada
larutan maupun subtrat solid.
Proses Pengenalan DNA Target :
DNA probe dapat bereaksi sangat kuat dengan molekul target,
maka ketika pita tunggal DNA di hibridisasi , DNA probe akan
langsung berikatan dengan kuat
3. Tranduksi Sinyal
Sampel DNA target yang dikenali oleh probe DNA selanjutnya terjadi
transduksi kemudian menghasilkan visualisasi sinyal yang ditangkap oleh
device.

 Electrochemical devices
 Optical devices
 Mass-sensitive devices
4. Indentifikasi

Visualisasi hasil hibridisasi:

Dilakukan pada ruang gelap >> di ekspos dengan sinar X pada
film khusus >> dilakukan pencucian film pada umumnya
Hasil film dianalisa menggunakan box lampu
 Prinsip Prinsip dari Strategi Hibridisasi adalah terjadinya

r idi sas pasnangan secara tepat antara dua untai

Hib
i —SOMEONE FAMOUS
Komponen Utama Strategi
Hibridisasi
DNA Target
DNA Pelacak

Deteksi Sinyal
Tahapan Strategi Hibridisasi
Terjadinya pasangan
secara tepat antara dua Pencucian untuk menghilangkan
untai DNA yang kelebihan pelacak yang tidak
komplemen menempel pada DNA target yang
spesifik
02 04

01 03
Penambahan DNA pelacak untai tunggal Deteksi adanya hibrid
yang telah berlabel pada kondisi tertentu antara DNA target dan
(suhu dan konsentrasi ion) supaya terjadi pelacak
pasangan antara DNA target dan
pelacak;
Strategi Hibridisasi
 Aplikasi hibridisasi DNA (Teknik Blot Southern) dapat
dimanfaatkan dalam bidang kesehatan maupun
i
Aplikas
rekayasa genetika.

isa si Southern
Hibr id
Hybridization
DNA
Aplikasi Hibridisasi DNA

1 2
Fingerprint Deteksi patogen
pada tanaman

3 4
Deteksi Penyakit Analisis
Genetik Mikroarray
DNA
Fingerprint
DNA Fingerprint adalah
teknik biologi molekuler
penanda genetik yang
digunakan untuk
pengujian terhadap
materi profil DNA.
Tahapan Kerja

Denaturasi Analisis “Southern blot”

Pemotongan
DNA dengan bantuan “probe”
DNA dengan
Double strand genetik radioaktif, untuk
enzim
→Single strand melakukan reaksi hibridisasi
restriksi
dengan DNA yang diteliti.
2 4

1 3 5
Potongan DNA Tahap blotting,
diurutkan berdasarkan (DNA yang
panjangnya. diperoleh,
(DNA dimasukan ke diterapkan pada
dalam gel agarose, lembaran kertas
“Electrophoresis gel” nitrosellulosa.
 Deteksi Patogen
pada Tanaman
Penggunaan pelacak DNA untuk
mendeteksi Papaya ringspot virus
(penyebab penyakit bercak
bercincin pada tanaman pepaya).
Komplementasi antara pelacak DNA
dan DNA target akan terjadi jika
pelacak DNA memiliki urutan basa
yang saling komplemen, suhu tepat,
dan waktu hibridisasi yang optimum.

Klon DNA yang mengandung sisipan gen

HCPro PRSV dapat digunakan sebagai
pelacak DNA dalam metode nucleic acid dot
blot hybridization untuk mendeteksi infeksi
PRSV pada tanaman pepaya.
Deteksi Penyakit
Genetik
Teknik PCR-hibridisasi dot blot dengan pelacak
oligonukleotida bertanda 32P adalah metode yang
cepat, spesifik, dan sensitif untuk mendeteksi adanya
mutasi gen katG M. tuberculosis yang berkaitan
dengan resistensinya terhadap isoniazid.
 Dot dan Slot Blot Perbedaan antara prosedur dot dan
Hybridization slot blot terletak pada cara campuran
asam nukleat ditiupkan ke membran.
dalam dot blotting asam nukleat
Hibridisasi dot dan slot blot adalah
diberi noda sebagai bercak
informatif untuk mengukur
melingkar, sedangkan pada slot
kelimpahan RNA atau DNA tertentu
blotting asam nukleatnya dititik
dalam campuran asam nukleat yang
menjadi slot persegi panjang
diekstraksi dengan dot blot atau
hibridisasi slot blot tanpa pencernaan
dan elektroforesis sebelumnya.
 Analisis Mikroarray

DNA microarray adalah teknologi yang

digunakan untuk melihat urutan sekuens
asam nukleat yang berada pada lokasi
tertentu dan dapat digunakan untuk
menganalisis beribu-ribu sampel pada
waktu yang bersamaan. Microarray telah digunakan dalam berbagai
bidang baik biologi molekuler, farmakologi
dan kesehatan khususnya kanker.
Tahapan Kerja

Scanning dengan
Mempersiapkan
menggunakan laser dan
sampel dan
data yang diperoleh
meletakannya pada
dikumpulkan serta
permukaan padat
dianalisa.
2

3
1
”
Dilakukan teknik
hibridisasi
THANK YOU
DO YOU HAVE
ANY
QUESTIONS?