MAKALAH BIOTEKNOLOGI

HIBRIDISASI DNA

KELOMPOK 2
Disusun oleh :
1. Yesika Yuristi Mahardika (152210101008)
2. Dwipa Noor Maulina Ulfa (152210101009)
3. Dindha Pratiwi Setyaningrum (152210101010)
4. Ulfi Mawadatur Rohmah (152210101011)
5. Diana Hanifya Sutipno (152210101012)
6. Elif (152210101013)

FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS JEMBER
2017
 KATA PENGANTAR

Puji syukur kehadirat Tuhan Yang Maha Esa, karena berkat limpahan
karuniaNya, penulis dapat menyelesaikan makalah mata kuliah bioteknologi
dengan judul Hibridisasi DNA .
Penulis juga mengucapkan banyak terima kasih kepada semua pihak yang
telah membantu dalam pengerjaan makalah ini.
Penulis juga menyadari banyak kekurangan yang terdapat pada makalah
ini, oleh karena itu penulis mengharapkan kritik yang membangun agar penulis
dapat berbuat lebih banyak di kemudian hari. Semoga makalah ini berguna bagi
penulis pada khususnya dan pembaca pada umumnya.

Jember, 25 Februari 2017

Penulis

2|HIBRIDISASI DNA
 DAFTAR ISI

3|HIBRIDISASI DNA
 BAB I
PENDAHULUAN

1. 1 Latar Belakang
Pengambilan topik hibridisasi DNA dilatar belakangi oleh pentingnya
gen yang merupakan bagian dari genom yang membawa sifat suatu
organisme dalam melakukan riset biologi molekuler dan pengembangan
bioteknologi. Usaha untuk memahami ataupun memodifikasi berbagai
proses biologi pada tingkat molekuler, diperlukan gen-gen yang terlibat di
dalam proses tersebut, termasuk informasi yang terkait dengan gen-gen
tersebut. Identifikasi dan karakterisasi gen seringkali dibutuhkan dalam
berbagai percobaan molekuler antara lain isolasi, kloning ataupun
mempelajari ekspresinya. Untuk itu pelacak spesifik gen diperlukan untuk
mengidentifikasi keberadaannya maupun ekspresinya dengan cara yang
mudah dan akurat.

1. 2 Rumusan Masalah
1. Bagaimana pengertian dari Hibridisasi DNA?
2. Apakah tujuan dilakukannya Hibridisasi DNA?
3. Bagaimanakah proses Hibridisasi DNA?
4. Apa beda teknik Hibridisasi DNA dengan teknik yang lain?
5. Bagaimana hasil dari metode Hibridisasi DNA?
6. Bagaimanakah aplikasi Hibridisasi DNA dalam kesehatan?

1. 3 Tujuan
1. Dapat mengetahui pengertian dari Hibridisasi DNA
2. Mengetahui tujuan dilakukannya Hibridisasi DNA
3. Mengetahui proses Hibridisasi DNA
4. Mengetahui beda teknik Hibridisasi DNA dengan teknik yang lain
5. Mengetahui hasil dari metode Hibridisasi DNA
6. Mengetahui aplikasi Hibridisasi DNA dalam kesehatan

4|HIBRIDISASI DNA
 BAB II

PEMBAHASAN

2.1. Pengertian Hibridisasi DNA

Dalam biologi molekular, hibridisasi adalah pembentukan ikatan dupleks

stabil antara dua rangkaian nukleotida yang saling komplementer melalu
perpasangan basa N. Hibridisasi dapat menunjukkan suatu keseragaman
sekuens.Pasangan DNADNA, DNARNA, atau RNARNA dapat terbentuk
melalui proses ini.
Hibridisasi adalah proses menggabungkan dua DNA atau RNA molekul untai
tunggal komplementer dan memungkinkan mereka untuk membentuk sebuah
molekul untai ganda tunggal melalui basis pasangan. Dalam pembalikan dari
proses ini, DNA untai ganda (atau RNA, atau/DNARNA) molekul dapat
dipanaskan untuk memecahkan dasar pasangan dan memisahkan dua helai.
Hibridisasi adalah bagian dari banyak teknik laboratorium penting seperti
polymerase chain reaction dan Southern blotting.
Hibridisasi DNA adalah teknik yang sangat peka untuk menganalisis atau
menentukan karakter suatu fragmen DNA. Hibridisasi DNA didasari berdasarkan
pembentukan dupleks dua untai asam nukleat yang komplemen.Hibridisasi DNA

5|HIBRIDISASI DNA
umumnya mengacu pada teknik biologi molekuler yang mengukur tingkat
kesamaan genetik antara tingkat urutan DNA. Hal ini biasanya digunakan untuk
menentukan jarak genetik antara dua organisme. Ini telah digunakan secara luas
dalam filogeni dan taksonomi.
Hibridisasi DNA juga merupakan sekelompok prosedur laboratorium, dimana
satu untai polinukleotida tunggal menarik dan mengikat untai komplementer yang
homolog.HibridisasiDNADNA (Hibridisasi Southern) terbentukdalam Southern
blottingsedangkanhibridisasi DNARNA (Hibridisasi Northern)
terbentukdalam Northern blotting.

2.2 Tujuan Hibridisasi DNA

Hibridisasi DNA sangat diperlukan dalam pengembangan teknologi,
khususnya teknologi kesehatan, karena aplikasi dari hibridisasi DNA tersebut
dapat diterapkan pada :

1. Mencari informasi letak suatu fragmen DNA dalam genom

2. Analisis transkripsi dan regulasi DNA
3. Deteksi penyakit genetik dan sidik jari DNA

2.3 Proses Hibridisasi DNA

Prinsip dari strategi hibridisasi adalah terjadinya pasangan secara tepat
antara dua untai DNA yang komplemen. Komponen utama dari strategi hibridisasi
ada tiga, diantaranya DNA pelacak, DNA target, dan deteksi sinyal.
Tahapan dari strategi hibridisasi, diantaranya :

Terjadinya pasangan secara tepat antara dua untai DNA yang komplemen

Penambahan DNA pelacak untai tunggal yang telah berlabel pada kondisi
tertentu (suhu dan konsentrasi ion) supaya terjadi pasangan antara DNA
target dan pelacak

6|HIBRIDISASI DNA
 Pencucian untuk menghilangkan kelebihan pelacak yang tidak menempel
pada DNA target yang spesifik

Deteksi adanya hibrid antara DNA target dan pelacak

7|HIBRIDISASI DNA
 Teknik hibridisasi meliputi dua proses, yaitu proses denaturasi atau
pemisahan dua rantai asam nukleat yang komplementer dari proses renaturasi atau
perpaduan kembali dua rantai asam nukleat. Proses denaturasi biasanya dilakukan
dengan cara pemanasan DNA untuk memecah ikatan hidrogen yang terdapat di
antara pasangan basa sehingga rantai asam nukleat akan terpisah. Proses ini
kemudian diikuti dengan proses renaturasi dengan cara pendinginan.
Pengujian sel bakteri pembawa rekombinan, gen-gen target, level mRNA,
hasil pemotongan ER (RFLP) dan uji lainnya yang menggunakan teknik
hibridisasi, membutuhkan proses denaturasi dan fragmen asam nukleat yang tidak
diketahui dan memfiksasi fragmen tersebut pada bahan solid seperti filter
nitroselulosa. Untuk pengujian dengan hibridisasi diperlukan suatu probe asam
nukleat yang komplementer dicampurkan dengan fragmen asam nukleat yang
terdapat pada bahan solid tersebut pada kondisi yang mendukung terjadinya
hibridisasi. Proses hibridisasi dapat juga dilakukan dalam larutan (bukan bahan
solid). Baik DNA yang hendak didiagnosis (target) maupun probe dimasukkan
dalam larutan buffer. Kedua DNA tersebut bebas bergerak dan proses
hibridisasinya berlangsung 5-10 kali lebih cepat daripada di bahan solid. Keadaan
tersebut sangat penting dalam aplikasi kebanyakan diagnostic mikrobiologi yang
memiliki konsentrasi DNA target sangat sedikit dan membutuhkan waktu
diagnosis lebih cepat. Probe dapat juga dibuat dari oligonukleotida (biasanya
terdiri dari 30-40 nukleotida) yang dibuat secara sintetik.Oligonukleotida tersebut
dapat berupa fragmen DNA rantai tunggal atau fragmen RNA yang dilabel.
Proses hibridisasi dan visualisasi diawali dengan transfer DNA dari gel
agarosekenilon berpori atau membrane nitroselulosa. Transfer DNA disebut
Southern blotting, mengacu kepada nama penemu teknik tersebut yaitu E.M.
Southern (1975). Pada metode ini mula-mula gel didenaturasi dengan larutan
dasar dan diletakkan pada suatunampan.Selanjutnya di atas gel hasil elektroforesis
diletakkan nilon berpori atau membrane nitroselulosa, kemudian di atasnya diberi
pemberat. Semua fragment hasil pemotongan dengan enzim restriksi yang pada
awalnya berada pada gel akan ditransfer secara kapiler ke membrane tersebut
dalam bentuk untai tunggal. Pola fragmen akan sama dengan yang berada pada

8|HIBRIDISASI DNA
gel.
Untuk identifikasi bakteri atau sel inang yang membawa plasmid
rekombinan juga dilakukan hibridisasi dengan menggunakan membrane
nitrosellulosa yang meiliki ukuran dan bentuk sesuai dengan petridish yang
digunakan.Membran ditempel ke medium LB yang telah ditumbuhi koloni
bakteri, kemudian membrane diambil dan petri berisi koloni bakteri diinkubasi
lagi untuk ditumbuhkan kembali.Kemudian membrane diinkubasi bersama probe
DNA Bila antara probe dan DNA target merupakan komplemen maka akan terjadi
hibridisasi. Bila probe yang digunakan dilabeli maka selanjutnya dupleks yang
terjadi dapat dideteksi.
Bila kondisi hibridisasi yang digunakan mempunyai stringency yang tinggi
(highly stringent), maka tidak akan terjadi hibridisasi dengan DNA yang
mempunyai kekerabatan yang jauh atau non homolog. Jadi probe DNA akan
mengenali hanya sekuen yang komplemen dan secara ideal homolog diantara
beribu-ribu atau bahkan berjuta-juta fragmen yang bermigrasi sepanjang gel.
Fragmen yang diinginkan dapat dideteksi setelah dilakukan pemaparan membran
yang telah mengalami hibridisasi pada film. Ada berbagai cara untuk memperoleh
dari melabel probe asam nukleat. Sebuah gen dan agen penyakit yang akan
dideteksi harus dimurnikan terlebihdahulu, kemudian dilabel apakahdengan
radioisotope seperti 32P atau dengan substansi non-radioisotop. Walaupun
substansi non-radioisotop dan dapat disimpan dalam waktu yang lebih
lama.Sensitifitas uji diagnostic menggunakan probe yang dilabel dengan non-
radio isotop dapat ditingkatkan dengan penggunaan PCR. Substansi non-
radioisotop yang paling sering digunakansebagai label adalah biotin
dandigoxigenin.

2.4. Perbedaan teknik Hibridisasi DNA dengan metode lain

Hibridisasi DNA adalah molekul DNA untai tunggal mengenali dan

secara khusus mengikat untai DNA komplementer dalam campuran untai DNA
lainnya. Dengan untai tunggal DNA target terikat dengan dukungan membran
kemudian DNA probe ditandai dengan substansi detektor yang ditambahkan dan

9|HIBRIDISASI DNA
DNA probe berpasangan dengan komplimentari target DNA dan kemudian
sekuen dari nukleotida dalam DNA target dapat diidentifikasi.
Southern Blotting merupakan proses perpindahan fragmen DNA yang
terpisah secara elektroforesis dari gel ke membrane. Southern Blot sebagai
metode umum yang digunakan untuk identifikasi fragmen DNA yang
berkomplementer untuk mengetahui sekuens DNA. Ini memungkinkan untuk
dilakukan pembandingan antara genom organism tertentu dengan probe. Sehingga
dapat memberikan keterangan apakah organism tersebut memiliki gen tertentu
dan menyediakan informasi tentang pengaturan dan pemetaan daerah pemotongan
dari gen tersebut. Teknik ini dapat diketahui panjang gen yang ada di dalam suatu
organisme.
Sedangkan Metoda lain adalah Western blot dan Northern blot
memiliki prinsip kerja yang sama dengan Southern Blotting.Western
Blotting melibatkan identifikasi protein. Berguna untuk memahami fungsi asam
nukleat terutama selama manipulasi gen. Sedangkan pada Northen Blotting yang
membedakanya itu sampel yang digunakan, yaitu RNA. Northern Blotting
merupakan teknik yang digunakan dalam penelitian biologi molekuler untuk
mempelajari ekspresi gen dengan deteksi RNA (mRNA atau terisolasi) dalam
sampel.
Dot Blot adalah metode penempelan protein atau asam nukleat secara
langsung pada membran..Dot blot merupakan modifikasi dari Sourthen
Blotting dan Northen Blotting Untuk Koloni dan Plak Blotting digunakan
mengidentifikasi dan pemurnian dari koloni. Sedangkan elektroforesis adalah
memisahkan molekul-molekul bermuatan listrik berdasarkan atas ukuran (berat
molekul) dan muatan listriknya. Khusus untuk DNA, pemisahan tidak didasarkan
atas perbedaan muatan listriknya, tetapi menurut ukuran dan konformasi atau
struktur fisik molekulnya. Gel yang biasa digunakan adalah agarosa dan
poliakrilamid.

10 | H I B R I D I S A S I D N A
2.5. Hasil dari Metode Hibridisasi DNA

Pembentukan molekul DNA hibrida yang mengandung untai DNA dari

dua spesies yang berbeda. Jumlah urutan komplementer yang sama dalam dua
untai merupakan indikasi dari tingkat keterkaitan spesies.

2.6 Aplikasi Hibridisasi DNA di bidang kesehatan

Hibridisasi DNA sangat diperlukan dalam pengembangan tekhnologi,

khususnya tekhnologi kesehatan, karena aplikasi dari hibridisasi DNA tersebut
dapat diterapkan untuk:

1. Mencari informasi letak suatu fragmen DNA dalam genom

2. Analisis transkripsi dan regulasi DNA
3. Deteksi peyakit genetik dan sidik jari DNA
4. Mempelajari pola ekspresi dari jenis tertentu molekul RNA sebagai
perbandingan relatif antara sel sampel yang berbeda dari RNA

11 | H I B R I D I S A S I D N A
12 | H I B R I D I S A S I D N A
BAB III
PENUTUP

3.1 Kesimpulan

13 | H I B R I D I S A S I D N A
 DAFTAR PUSTAKA

14 | H I B R I D I S A S I D N A