DNA Ligase

Wa Ode Sri Rizki 20517034, Diah Miftahul Aini 20517042.

Biokimia, FMIPA, Institut Teknologi Bandung. Bandung, Indonesia.

Pendahuluan
Enzim ligase adalah enzim yang Struktur DNA ligase
mengkatalisis reaksi yang membentuk
ikatan C-C, C-S, C-O, dan C-N.
Pembentukan ikatan fosfodiester adalah
suatu proses yang membutuhkan energi.
Daya pendorong untuk reakso-reakdi yang
dikatalisis ligase pada umumnya adaalah
pelepasan energi. gugus fosforil dari ATP.
DNA Ligase merupakan enzim yang
diperlukan oleh sel untuk replikasi dan
perbaikan DNA. Nama sistematik DNA
ligase adalah poly (deoxyribonucleotide)-
3'-hydroxyl:5'-phospho-poly
(deoxyribonucleotide) ligase (ATP).
Gambar 1. Struktur T7 DNA ligase
Enzim ini mengkatalisis pembentukan
ikatan kovalen fosfodiester pada single
strand DNA yang menyambungkan gugus
3’ hidroksi dengan gugus 5’ fosfat.
Berdasarkan IUBMB DNA Ligase
mempunyai EC Number yaitu EC 6.5.1.1.
Kelas enzim ini adalah ligase yang
ditunjukan oleh angka 6, angka 5
menunjukan sub-sub kelas dari enzim yaitu
enzim ini mengkatalisis pembentukan
fosfodiester, angka 1 menunjukan sub sub
kelas yaitu ATP sebagai kofaktor dan angka
1 terakhir adalah nomor seri enzim. DNA
ligase ini ditemukan pada manusia (Human
Gambar 2. Residu Asam amino pada T7
DNA ligase) dengan berat molekul 100 kDa,
DNA ligase
bacteriophage T7 dengan berat molekul 41
kDa, ditemukan juga pada virus penyebab DNA ligase terdiri dari 2 domain (Gambar
demam di Afrika dengan berat molekul 45 1) yaitu domain 1 yang berwarna hijau
kDa (Subramanya,1996). merupakan N terminal dan domain 2 yang
berwarna merah merupakan C terminal. C
terminal ini juga disebut OB site. Domain 1
(residu2:240) terdiri dari tiga antiparallel β-
sheet yang dihubungkan oleh enam α-
helix. Pada domain 1 ini terdapat sisi
pengikatan ATP (kofaktor) yang terletak
pada di kantong bawah β-sheet yang
pertama (ATP berwarna biru). Pelipatan
dari domain 2 (residu 241:349) terdiri dari
antiparallel β-sheet yang bengkok yang
dikelilingi oleh α-helix disepanjang
pelipatannya. Diantara kedua domain ini
terdapat celah yang merupakan sisi
pengikatan DNA (substrat). Struktur α-
helix dan β-sheet ini juga dihubungkan
oleh loop. Loop ini terletak di residu (121-
127) dan (307-316), dan beberapa di C
terminal (30-359) (Subramanya, 1996).
Sisi Pengikatan ATP
Gambar 3. Sisi Pengikatan ATP
Pengikatan ATP distabilkan oleh sejumlah
interaksi dengan protein. Residu yang
berperan penting adalah Lys-34, terletak
dekat dengan gugus α-fosfat pada ATP.
Residu ini terikat secara kovalen dengan
AMP pada tahap pertama reaksi katalisis
enzim. Interaksi antara ATP dan enzim
dapat dilihat pada Gambar 3. Cincin ribose
membentuk ikatan hidrogen dengan gugus
samping Arg-39, Arg-55, dan Glu-93. Fosfat
kontak dengan Lys-232, Lys-238, Lys-34.
Residu Lys-34 merupakan residu katalitik
karena berinteraksi secara kovalen. Ekor
trifosfat terekspos ke luar dari pengikatan
ATP menghadap ke area permukaan
enzim. Cincin Adenin (basa nitrogen pada
ATP) membuat sejumlah interaksi polar
dengan protein. Yang menarik disini adalah
interaksi pada gugus 6-amino di cincin
adenin berinteraksi dengan gugus utama
Ile-33 dan ugus samping Glu-32 yang
menjelaskan kespesifikan dari ATP sebagai
kofaktor dalam DNA ligase (Subramanya,
1996).
Mekanisme Katalisis DNA ligase
Gambar 4. Mekanisme katalisis DNA Ligase
Enzim DNA ligase mengkatalisis
pembentukan ikatan kovalen fosfodiester
pada single strand DNA yang
menyambungkan gugus 3’ hidroxy dengan
gugus 5’ fosfat pada nick site DNA. Ikatan
kovalen fosfodiester terbentuk dalam 3
tahap. Langkah petama pembentukan
ikatan fosfodiester yang dikatalisis oleh
DNA ligase adalah ATP sebagai kofaktor
terkunci di dalam sisi aktif enzim dimana
gugus α-amino dari residu Lys-238 pada
Enteriobacteria phage T7 menyerang atom
α-fosfat dari ATP untuk membentuk
intermediet AMP-NH2-ligase dan
melepaskan anion firofosfat (PPi). Pada
langkah kedua, Residu adenylyl dari
intermediet AMP-NH2-ligase ditransfer ke
gugus 5’ fosfat dari rantai donor DNA
menghasilkan bentuk aktif AMP-activated
5’ fosfat pada nick site DNA. Langkah
terakhir adalah ugus 3’ hidroksi dari
fragmen acceptor DNA berfungsi sebagai
nucleofil yang akan menyerang atom fosfat
dari AMP-activated gugus 5’ fosfat
sehinggga terbentuklah ikatan kovalen
fosfodiester pada break site DNA dan AMP
lepas. Penentu laju pada mekanisme reaksi
ini terdapat pada reaksi kedua yaitu pada
saat pembentukan AMP-activated
(Pawlowska, 2016).
Inhibitor Spesifik
Gambar 4. (a) ATP, (b) dATP, (c) β,γ-hypo
ATP, (d) ATPαS, (e) dATPαS, (f) β,γ-hypo
ATPαS (Pawlowska, 2016).
Inhibitor spesifik ini menyamai bentuk dari
kofaktor yaitu ATP. Pengaruh yang
dihasilkan ketika inhibitor ini masuk ke
enzim yaitu tidak terbentuk ikatan
fosfodiester sehingga jenis inhibisinya
adalah kompetitif.
Inhibitor Tidak Spesifik
Gambar 5. EDTA dan kompleks Mg-EDTA
Inhibitor ini tidak menyerang sisi katalitik
tetapi menyerang sisi lainnya. Jika melihat
mekanisme katalisis DNA ligase. Enzim ini
tidak langsung menyerang substrat tetapi
menyerang bagian kofaktor yaitu ATP.
Dalam hal ini ATP bias dikatakan sebagai
substrat. ATP memerlukan penstabil untuk
menjalankan mekanisme katalitiknya yaitu
dengan adanya ion Mg2+. Ion Mg2+
berfungsi untuk meningkatkan aktivitas
enzim. Ketika Ion Mg2 diikat oleh EDTA
maka akan terbentuk ikatan kovalen
koordinasi MgEDTA sehingga kemampuan
ligase akan menjadi rendah.
Aplikasi DNA ligase
DNA ligase digunakan oleh sel dalam
proses replikasi. Dalam proses
replikasitersebut terjadi pemutusan ikatan
hidrogen dari doble strand menjadi single
strand. Setelah terputus menjadi single
strand terdapat masing-masing untai
single DNA dari 5’ ke 3’. DNA ligase
diperlukan untuk menyambungkan setiap
fragmen okazaki. DNA ligase digunakan
sebagai alat pada in vitro DNA dan kloning.
Human DNA ligase sebagai biomarker yang
potensial untuk perbaikan DNA yang
abnormal dengan cara menonaktifkan gen
penyebab kanker dan dapat digunakan
dalam pengobatan kemoterapi kanker.
Human DNA ligase merupakan target obat
untuk pengobatan kemoterapi kanker,
didasarkan pada potensiasi efek anti-
neoplastik (menghambat pembentukan
jaringan baru) yang merusak DNA dengan
menghambat perbaikan DNA pada sel
tumor. Proses tersebut memungkinkan
menurunkan dosis dengan obat yang
merusak DNA, sehingga menghindari efek
off target (Shuman, 2009).