Nama : Wa Ode Sri Rizki

NIM : 10512040

Tugas Resume Struktur Tiga Dimensi Protein

Struktur tiga dimensi protein dibagi menjadi empat bagian
A. Struktur primer
Struktur primer yaitu struktur yang melibatkan ikatan kovalen. Struktur ini mengandung kode
genetik (urutan DNA). Makna dari urutan asam amino ialah mengenai algoritma struktur tiga dimensi
(misalnya: protease dan hemoglobin). Misalnya dalam DNA, jika urutan DNAnya berbeda maka akan
dikenali sebagai protein asing. Dan kemudian akan dipotong oleh enzim protease . Dalam hal ini,
bentuk protein dan hemoglobin tidak berubah-ubah. Bentuk tiga dimensi merupakan bentuk yang
stabil. Kestabilan tersebut harus memenuhi hukum termodinamika dan kinetika.

Struktur Ikatan peptida

Panjang ikatan antara atom C dan atom N tidak sama. Hal ini dikarenakan adanya efek resonansi,
Efek resonansi dapat menyebabkan atomnya seperti berada pada bidang yang sama dan dapat pula
membatasi rotasinya. Selain itu, pada gambar kedua dapat dilihat bahwa atom C berada di golongan
dua dalam hibridisasi yaitu s dan p.
Perputaran bidang rantai polipeptida (sudut dihedral)
Rotasi yang diperbolehkan dalam memutar rantai polipeptida hanya disekitar ikatan NC dan C
C=O. Ada dua jenis sudut putaran ikatan, yaitu:
1. . Untuk melihat sudut tersebut digunakan atom yang memiliki ikatan NC dengan residu
C
i
, N
i+1
, C
i+1
, C
i+1.
Jika putarannya searah jarum jam, maka sudutnya bernilai positif. Tetapi
jika putarannya berlawanan arah jarum jam maka sudutnya bernilai negatif.
2. . Untuk melihat sudut tersebut digunakan atom yang memiliki ikatan CC=O dengan
residu N
i+1
, C
i+1
, C
i+1
, N
i+2.
Jika putarannya searah jarum jam, maka sudutnya bernilai positif.
Tetapi jika putarannya berlawanan arah jarum jam maka sudutnya bernilai negatif. Dalam hal
ini, minimal terdapat tiga residu.
Berikut merupakan contoh dari sudut dihedral :

Akibat sudut putaran
Ramachandran plot digunakan untuk memutar ikatan peptida agar tidak sterik. Selain itu,
untuk mengetahui rotasi yang diperbolehkan atau tidak. Berikut merupakan contoh dari
Ramachandran plot:

Ramachandran plot dibagi menjadi dua zona, yaitu:
1. Zona Gelap
Disekitar zona gelap biasanya tidak ada masalah. Zona ini paling banyak ditemui pada
struktur protein. Di zona ini tidak terjadi tabrakan sterik karena adanya ikatan peptida.
2. Zona putih
Disekitar zona putih biasanya banyak terjadi ada masalah. Di zona ini sering terjadi tabrakan
sterik.
Konformasi Ikatan peptida
Ikatan peptida yang memiliki carbon rangkap biasanya dapat mengurangi jumlah konformasi.
Pada Ramachandran plot, struktur -helix kanan dan -sheet parallel berada di kuadran 2 dan 3.
Berikut merupakan contoh konformasi ikatan peptida :

Konformasi ikatan peptida lebih banyak disukai pada keadaan trans karena lebih stabil dan
akan terhindar dari masalah sterik. Dalam menentukan konformasi cis atau trans dapat dilihat dari
C-nya. Namun jika ada asam amino prolin dan glisin ditengah rantai polipeptida maka, konformasi
yang lebih disukai ialah cis. Seperti pada cuplikan dibawah

Konformasi cis lebih disukai untuk rantai polipeptida yang ditengah rantainya terdapat asam amino
prolin atau glisin disebabkan karena gugus sampingnya. Gugus samping dari prolin langsung
mengikat pada gugus aminonya (-NH
3
) sehingga menyebabkan terjadinya belokan pada rantai
polipeptida. Begitupun dengan asam amino glisin yang gugus sampingnya merupakan atom H. Dalam
hal ini, konformasi cis sangat berguna untuk menghindari tabrakan sterik.

B. Struktur Sekunder
Struktur sekunder merupakan struktur yang memanfaatkan ikatan hidrogen pada rantai polipeptida.
Struktur Sekunder protein dibagi menjadi tiga bagian yaitu:
-helix
Struktur -helix merupakan struktur reguler akibat ikatan hidrogen antar R
1
R
1+4
. Memiliki
jarak satu residu dengan residu yang lainnya sekitar 5,4 Amstrong dengan 1 putaran sebanyak 3,6
residu. Berikut merupakan cuplikan dari struktur -helix

Ikatan hidrogen berperan sebagai donor atau akseptor di ikatan peptida. Yang bertindak
sebagai akseptor ialah gugus C=O dan yang bertindak sebagai donor ialah gugus N-H. Secara
stereokimia, -helix putar kanan karena memiliki konformasi L. Gugus R pada -helix menghadap
keluar agar dapat berinteraksi dengan gugus R yang lain sehingga ikatannya stabil. Merupakan
struktur dipol searah. Misalnya pada gugus C=O yang dipolnya mengarah kebawah karena atom O
lebih elektronegatif dari atom C. Begitupun dengan gugus N-H yang dipolnya mengarah kebawah
karena atom N lebih elektronegatif dari atom H. Orientasi gugus R pada -helix ialah anti parallel.
Gugus amino pembentuk helix yang kuat ialah gugus Methionine (M), Alanine (A), Leusin (L),
Glutamate (E), dan Lisin (K). Karena glutamat merupakan gugus pembentuk kuat dalam -helix,
maka glutamat lebih banyak dari aspartat. Dalam struktur helix, terdapat beberapa pola ikatan
hidrogen yang dapat berinteraksi. Berikut cuplikannya

Dalam hal ini, struktur -helix memiliki beberapa faktor pelemah, diantaranya:
1. Adanya gangguan elektrostatik yang menyebabkan bertemunya muatan yang sama seperti muatan
+ bertemu dengan muatan +.
2. Adanya gugus amino prolin dan glisin ditengah rantai polipeptida
3. Jika orientasi gugus R-nya merupakan dipol parallel yang menyebabkan tidak terbentuknya ikatan
ionik.
4. Karena terlalu besarnya ukuran asam amino yang menyebabkan tabrakan sterik.
-sheet
Struktur -sheet berada di kuadran 2 pada Ramachandran plot. Disusun oleh orientasi trans.
Orientasi dipolnya keatas dan kebawah sehingga dipolnya bersifat netral. Ada yang orientasinya
parallel dan anti parallel. Tidak adanya keteraturan hidrogen yang menyebabkan strukturnya sukar
terbentuk. Berikut merupakan uraian dari orientasi -sheet :
1. Anti paralllel
Dalam orientasi anti parallel, gugus R dan H harus mendekat. Selain itu gugus R-nya
harus menghadap keluar atau orientasinya sama. Namun memiliki konsekuensi yaitu tidak
dapat berdampingan dan terjadi tolak menolak elektrostatik. Berikut merupakan cuplikan
strukturnya:

2. Parallel
Dalam orientasi parallel, ikatan hidrogennya akan membentuk sudut. Selain itu, orientasi
gugus R-nya harus sama. Berikut merupakan cuplikan dari orientasi parallel


Orientasi parallel ataupun anti parallel dapat digunakan karena bukan dipol.
-Turn
Struktur yang dapat dibentuk dari 4 residu asam amino dinamakan -Turn. Ikatan hidrogen
dapat terbentuk pada residu ke 1 dan residu 4. Berikut cuplikan -Turn

Ada pula struktur yang dapat dibentuk dari 3 residu asam amino dinamakan -Turn. Berikut
cuplikan -Turn


C. Struktur Tersier
Struktur tersier merupakan struktur yang terbentuk dari pengemasan struktur sekunder dari
protein. Memiliki orientasi -sheet parallel dan -helix. Dalam plot marchandran, struktur ini berada
di kuadran 3. Gugus R merupakan gugus penstabilnya. -sheet yang memiliki bentuk lembaran
cenderung membentuk struktur berlapis dengan -heliks atau -sheet lainnya. Bentuk silinder dari -
heliks memungkinkan struktur sekunder ini untuk menancap di pusat interior protein. Berikut
merupakan orientasi struktur tersier
semua -helix semua -sheet

Semua / Semua +

Ada beberapa interaksi yang menyusun struktur tersier, yaitu:
1. Ikatan hidrogen polar tidak bermuatan. Ikatan ini terdapat pada gugus amino serin dan
glutamin.
2. Ikatan kovalen koordinasi. Pada ikatannya ini biasanya terdapat ligan yang akan menempel.
Terdapat pada atom N yang menempel pada asam amino lisin.
3. Ikatan disulfida. Ikatan ini biasanya terjadi pada asam amino yang memiliki gugus S seperti
sistein dan metionin.
4. Interaksi nonpolar yang menyebabkan adanya interaksi hidrofobik atau ikatan van der waals.
Dalam pengemasan struktur sekunder, yang menjadi gaya dorong ialah interaksi hidrofobik
yang terjadi antar gugus nonpolar dari rantai samping polipeptida sebagai upaya untuk
meminimalisasi kontak dengan molekul air.
Struktur tersier dibagi menjadi dua bagian yaitu :
1. Exterior
Bagian ini merupakan bagian yang memiliki kontak langsung dengan lingkungan dan pelarut.
Fungsi dari bagian ini ialah menjaga keutuhan struktur protein dan memiliki kepekaan
terhadap ligan atau substrat. Bagian ini merupakan bagian terpenting dalam struktur tersier
protein.
2. Interior
Bagian ini merupakan bagian penguat pada protein. Adanya interaksi hidrofobik.
Interaksi permukaan protein memiliki residu polar. Residu polar dibagi menjadi dua bagian
yaitu:
1. Residu polar bermuatan
Residu ini akan stabil jika membentuk ikatan ionik
2. Residu polar tidak bermuatan
Residu ini akan stabil jika membentuk ikatan hidrogen , ikatan disulfida, ikatan kovalen
koordinasi, dan lain-lain.
Motif merupakan lipatan atau substruktur yang berulang dari struktur protein. Motif ini
tersusun dari kombinasi -helix dan -sheet. Ada beberapa motif dalam struktur tersier protein,
diantaranya:
1. Motif Greek key (4 -sheet)











2. Motif Jellyroll (6 -sheet)










Masalah loop pada -sheet paralel
1. Koneksi pada rantai beta antiparalel dapat dilakukan dengan loop yang relatif sederhana,
tetapi pada rantai beta paralel lebih kompleks karena konektor harus berubah arah dua
kali.
2. Masalah loop pada rantai beta paralel biasanya diatasi dengan menyisipkan rantai alpha-
heliks diantara kedua rantai beta paralel, membentuk motif --.
Berikut merupakan cuplikan uraian diatas



Struktur protein tidak boleh kaku karena substrat tidak dapat masuk. Interaksi protein paling
stabil pada struktur tersier ialah interaksi non-kovalen karena dapat dikembalikan ke bentuk semula.
Pada struktur ini, penstabil permukaan protein adalah molekul air.
Asam amino terbagi menjadi dua bagian yaitu :
1. Hidrofil (bagian polar)
2. Hidrofob (bagian non-polar)
Ketika bagian hidrofob menyatu dengan molekul air maka strukturnya dinamakan struktur
Clathrate.Agar bagian hidrofob tersolvasi oleh air, maka harus ada ikatan despersi london. Setelah itu,
residu protein yang berikatan dengan air akan mengalami penurunan entropi dan penurunan entalpi.
Dalam hal ini, penurunan entalpi dapat mengakibatkan energi potensial menjadi turun. Keuntungan
dari turunnya entalpi ialah rekasi menjadi stabil. Contoh : dalam pembentukan ikatan H
2
O
(g)

H
2
O
(l)
.
Menurut hukum termodinamika, perubahan entalpi dan perubahan entropi dimuat dalam
energi bebas dengan rumus : G = H-TS < 0 agar reaksi yang terjadi spontan. Agar G<0 maka
H-nya harus kecil dan T-nya harus kecil. Jika H dan TS keduanya bernilai positif, maka suhunya
harus dinaikkan. Seperti halnya proses pelarutan, dengan menggunakan hukum termodinamika diatas,
maka gaya dorong dari reaksi pelarutannya ialah entropi. Dilihat dari entalpinya, reaksi pelarutan
dapat bernilai positif ataupun negatif.

Folding protein
Folding protein merupakan suatu proses menyembunyikan residu yang bersifat non-polar dari
molekul air. Interaksi hidrofobik merupakan gaya dorong utama dalam folding protein yang
terjadi antar gugus non-polar dari rantai samping polipeptida sebagai upaya meminimalisasi
kontak dengan molekul air. Dalam interaksi hidrofobik, yang menjadi gaya dorong utamanya
ialah entropi. Adanya ikatan hidrogen sangat berpengaruh dalam proses ini karena ikatan
hidrogen dapat meniadakan sifat polar dari peptida. Contoh : Atom H ( yang memiliki dipol
positif) yang terikat pada atom N akan berinteraksi dengan atom O ( yang memiliki dipol
negatif) yang terikat pada atom C akan berinteraksi membentuk ikatan hidrogen. Dalam hal
ini, adanya muatan positif dan negatif diperbolehkan. Namun muatannya harus saling
menetralkan satu sama lain. Agar tujuan folding tercapai, maka:
1. Struktur harus dibuat kompak sehingga meminimisasi luas permukaan hidrofobik yang
terekspos ke pelarut.
2. Memaksimalkan jumlah ikatan hidrogen dalam interior protein. Pembentukan struktur
sekunder -heliks dan -sheet akan memaksimalkan jumlah ikatan hidrogen.
Domain
Domain merupakan protein dengan jumlah >200 residu yang memiliki unit globular yang
independen. Berikut merupakan cuplikan dari unit

Contohnya ialah DNA polimerase yang memiliki tiga domain (Domain mempolimerkan,
domain memperbaiki kesalahan, dan domain mendegradasi).
Denaturasi Protein
Denaturasi protein merupakan proses hilangnya struktur dan fungsi dari protein. Protein
memiliki 3 kategori yaitu:
1. Mesofilik protein yaitu protein yang masih stabil bila diberi pemanasan <50
0
C.
2. Termofilik medium yaitu protein yang stabil bila diberi pemanasan antara 50
0
C-80
0
C.
3. Termofilik hiper yaitu protein yang stabil bila diberi pemanasan >80
0
C. Protein ini tidak
akan mengalami denaturasi.
Ada beberapa faktor yang dapat menyebabkan protein menjadi terdenaturasi, yaitu:
1. Adanya adsorpsi (biasanya melekat pada permukaan gelas).
2. Adanya pemberian suhu yang tinggi
3. Adanya tekanan yang tinggi
4. Adanya pengaruh perubahan pH yang signifikan.
5. Adanya denaturan
Ada beberapa zat yang bertindak sebagai denaturan, diantaranya:
1. Urea merupakan zat yang dapat berkompetisi dengan ikatan peptioda karena strukturnya
hampir mirip.
2. Detergen merupakan zat yang memiliki muatan positif dan muatan negatif sehingga dapat
bertindak sebagai denaturan.
Dalam denaturasi protein, sebuah penelitian dari Afinson pada tahun 1957
memperlihatkan bahwa RNAse A dapat didenaturasi dan direnaturasi kembali menjadi
struktur native. Berikut cuplikannya :

Protein ini hanya dapat didenaturasi dengan -mercaptoethanol. Namun saat direnaturasi
kembali, strukturnya kembali pada keadaan awal. Hal yang menyebabkan protein ini
kembali stabil ialah karena adanya 4 ikatan peptida.
D. Struktur Kuartener
Struktur ini terdiri dari 2 atau 3 subunit. Tujuan pembentukan struktur ini ialah menciptakan
bentuk folding yang baru dan dapat digunakan secara fungsional. Dalam struktur ini, antar subunit
harus saling berikatan atau kooperatif. Kooperatif dibagi menjadi dua bagian:
1. Kooperatif positif
2. kooperatif negatif
Keuntungan struktur ini :
1. Kestabilan
Penggabungan dengan struktur tersier lainnya menghindari interaksi dengan air sehingga
interaksi hidrofobik terjadi.
2. Efisiensi genetik artinya terjadi pada satu gen yang sama.
3. Gabungan sisi katalitik artinya enzim dapat bekerja secara bersama-sama.
4. Kooperatif artinya struktur tersier satu dengan yang lainnya harus dapat berikan dan dapat
digunakan secara fungsional.
Berikut merupakan struktur kuartener

Supramolekul merupakan gabungan beberapa protein dengan beberapa subunit. Berikut
merupakan cuplikan supramolekul