Enzim ligase/sintase

ligase (dari bahasa Latin kata kerja ligre - "untuk mengikat"

atau "untuk lem bersama-sama") adalah sebuah enzim yang
dapat mengkatalisis bergabung dengan dua molekul besar
dengan membentuk baru ikatan kimia , biasanya dengan disertai
hidrolisis kelompok kimia kecil tergantung pada salah satu
molekul yang lebih besar.
Ligase merupakan proses memasukan sekuens DNA yang
mengandung gen yang diinginkan ke dalam DNA genom. Ligase
menghasilkan produk yang disebut dengan DNA rekombinan.
ligase merupakan enzim yang dapat mengkatalisis pembentukan
ikatan fosfodiester antara ujung 5-fosfat dan 3-hidroksil yang
digunakan saat proses ligasi pada DNA yang mengalami
pemotongan dengan enzim restriksi sebelumnya.
 Nomor kode enzim(E.C)
seperti : EC 6.8.1.3 (asil KoA sintetase)
Dimana ;
6=Ligase (kelas)
8=Membentuk ikatan C-S ( subkelas)
1=Asam tiol ligase (sub-sub kelas)
3=Asam Ko-A ( membentuk AMP)
 KLASIFIKASI ENZIM LIGASE
Ligases dapat diklasifikasikan lebih lanjut ke dalam enam subclass:
1. EC 6,1 termasuk ligases digunakan untuk membentuk ikatan
karbon-oksigen
2. EC 6,2 termasuk ligases digunakan untuk membentuk ikatan
karbon-belerang
3. EC 6,3 termasuk ligases digunakan untuk membentuk ikatan
karbon-nitrogen (termasuk sintetase argininosuccinate )
4. EC 6,4 termasuk ligases digunakan untuk membentuk ikatan
karbon-karbon
5. EC 6,5 termasuk ligases digunakan untuk membentuk fosfat
ester obligasi
6. EC 6,6 termasuk ligases digunakan untuk membentuk ikatan
logam nitrogen
 Mekanisme Kerja Enzim Ligase
Mekanisme DNA ligase dimulai dari hidrolisis
kofaktor, yaitu NAD+ atau ATP dan menghasilkan
kompleks enzim-adenylate AMP yang berikatan kovalen
dengan grup -amino residu lysin pada sisi aktif dengan
melepaskan pyrofosfat inorganik (PPi), jika kofaktor
berupa ATP; atau nicotinamide mononucleotide (NMN),
jika kofaktor berupa NAD+. Kemudian sebagian AMP
akan berpindah dari sisi aktif lysin ke ujung bebas 5-
fosfat yang berada pada nick utas DNA. Pada akhirnya,
iktan fosfodiester akan terbentuk antara ujung 3-OH
yang berada di ujung nick dengan 5-fosfat dan
melepaskan AMP dan enzim adenylate.
 Karakteristik
Enzim ini disebut enzim ligase, yang mempunyai
karakteristik :
Berupa rantai polipeptida tunggal BM 77000
Memerlukan gugus OH pada ujung 3 bebas dan gugus
fosfat pada ujung 5 rantai yang lain, pembentukan
ikatan fosfodiester ini berupa reaksi endergoni (butuh
tenaga)
Menyambung 2 mol rantai DNA yang merupakan
bagian dari DNA double helix (tidak dapat
menyambung 2 mol rantai tunggal)
Struktur kimia Koenzim A
 Kelebihan dari enzim Koenzim A
Mentransfer asam lemak dari sitoplasma ke
mitokondria untuk oksidasi.
dapat mengkonversi oksaloasetat untuk sitrat, yang
merupakan langkah pertama dari siklus dalam
respirasi selular aerobik.
 Kekurangan dari Koenzim A
Bila produksi berlebihan maka mengakibatkan :
Peradangan pada selaput paru-paru dan jantung
Mual
Diare
Ruam dan gatal-gatal pada kulit