SINSTESIS PROTEIN

Setiap sifat organisme dikendalikan oleh gen yang disebut dengan ekspresi gen.
Pengendalian tersebut dilakukan melalui pembentukan enzim/protein (sintesis protein) yang
berperan dalam proses metabolisme.
Sintesis Protein adalah proses pembentukan rantai polipeptida dari beberapa asam
amino yang melibatkan DNA , mRNA , tRNA , Ribosom , asam amino , beberapa enzim , dan
beberapa protein . Proses Sintesis protein dilakukan di dalam nukleus , lalu ke sitoplasma dan
ribosom .
Proses sintesis secara umum : pertama kode genetik yang memiliki fungsi tertentu
yang direplikasi dari DNA oleh RNA polimerase menjadi mRNA. DNA adalah rantai heliks
ganda memutar yang terdiri dari polinukleotida . Bentuk DNA adalah rantai double helix
memutar ke kanan . DNA merupakan polimer dari nuleotida. Satu nukleotida terdiri dari
fosfat, gula pentosa dan basa nitrogen. Ada dua basa nitrogen yang terikat dengan DNA .
Yang pertama adalah Purin yang terdiri dari basa nitrogen adenin ( A ) dan guanin ( G ) .
bagian berikutnya adalah nitrogen Pirimidin yang terdiri dari basa nitrogen sitosin dan timin.
Kode mRNA di cetak dari salah satu rantai DNA, rantai yang menjadi cetakan pembentuk
RNA tersebut dinamakan rantai DNA sense sedangkan rantai yang tidak mencetak dinamakan
rantai DNA antisense. Kodon (kode genetik) adalah deret nukleotida pada mRNA yang
terdiri atas kombinasi tiga nukleotida berurutan. Rantai RNA berbeda dengan DNA, RNA
berantai tuggal (heliks) sedangkan DNA memiliki rantai ganda (doubleheliks) . Struktur basa
RNA yang sama dengan DNA , tetapi basa nitrogen tymine ganti dengan urasil . Ada
beberapa tipe RNA yaitu:
1. RNAd (mRNA)
RNAd merupakan RNA yang urutan basanya komplementer
dengan salah satu urutan basa rantai DNA. RNAd membawa
pesan atau kode genetik (kodon) dari kromosom (di dalam
inti sel) ke ribosom (di sitoplasma).Kode genetik RNAd
tersebut kemudian menjadi cetakan utnuk menetukan
spesifitas urutan asam amino pada rantai polipeptida.RNAd
berupa rantai tunggal yang relatif panjang.

2. RNAr
RNAr merupakan komponen struktural yang utama di dalam ribosom. Setiap subunit
ribosom terdiri dari 30 46% molekul RNAr dan 70 80% protein. Sintesis protein
terjadi di atas permukaan RNA-protein kompleks, yang dikenal sebagai ribosom.
Seluruh adalah menjamin orientasi yang benar antara cetakan m-RNA dan molekul
molekul aminoasil t-RNA yang sedang diikatkan kepada cetakan. Karena ribosom
secara khusus harus mengikat m-RNA, aminoasil t-RNA yang datang masuk, dan
bagian dari rantai yang sedang tumbuh, semuanya pada orientasi stereokimiawi yang
betul. Tambahan pula, ribosom mengandung enzim-enzim tertentu yang disebut
dengan translokase, yang menyebabkan ribosom bergerak sepanjang untaian m-RNA
sewaktu sintesis protein berlangsung,
3. RNAt
RNAt merupakan RNA yang membawa asam amino satu per
satu ke ribosom. Pada salah satu ujung RNAt terdapat tiga
rangkaian basa pendek (disebut antikodon). Suatu asam amino
akan melekat pada ujung RNAt yang berseberangan dengan
ujung antikodon.Pelekatan ini merupakan cara berfungsinya
RNAt, yaitu membawa asam amino spesifik yang nantinya
berguna dalam sintesis protein yaitu pengurutan asam amino
sesuai urutan kodonnya pada RNAd.
Sekuen tRNA terdiri dari nukleotida RNA standar (A,C,G dan
U), sejumlah nukleotida yang termodifikasi. tRNA terkecil panjangnya 74 nukleotida
sedangkan terbesar jarang yang lebih dari 90 nukleotida.
ENZIM YANG MEMPENGARUHI PROSES SINTESIS PROTEIN
1. ENZIM HELIKASE
Helikase adalah enzim yang menguraikan DNA double helix dengan memecah ikatan
hidrogen di tengah-tengah untai. Ini dimulai di sebuah lokasi yang diberinama (origin)
asal replikasi, dan itu menciptakan garpu replikasi dengan memisahkan dua sisi dari
DNA induk. unzip ini dari molekul akan mengekspos basa nitrogen dari rantai asam
nukleat sehingga nukleotida baru dapat ditambahkan untuk membuat anak untai. Pada
saat helikase telah selesai tugasnya, kedua untai DNA induk akan benar-benar terpisah
dan masing-masing akan dihubungkan ke untai baru DNA anak.

2. ENZIM LIGASE
Ligase, yaitu enzim yang dapat digunakan untuk menyambung molekul DNA dengan
mensintesis ikatan fosfodiester di antara nukleotida pada ujung dua molekul DNA
berbeda, atau pada dua ujung molekul tunggal.
3. RNA POLIMERASE
RNA polimerase, yaitu enzim yang mampu mensintesis mRNA baru yang
komplementer dengan templat DNA yang telah ada sebelumnya. Beberapa teknik
yang digunakan untuk mengkaji DNA tergantung pada sintesis kopi seluruh atau
sebagian molekul DNA atau RNA yang telah ada. Enzim ini merupakan komponen
esensial PCR, sekunsing DNA, pelabelan DNA, dan banyak prosedur penting lain
dalam riset biologi molekuler.
Pengendalian pembentukan enzim/protein (sintesis protein) oleh gen dilakukan melalui dua
tahap yaitu transkripsi dan translasi.
I.

TRANSKRIPSI
Transkripsi (bahasa Inggris: transcription) adalah pembuatan RNA dengan menyalin

sebagian berkas DNA. Pengertian asli "transkripsi" adalah alih aksara atau penyalinan. yaitu
mengubah "teks" DNA menjadi RNA. Perubahan ini dilakukan dengan membentuk pasangan
basa nitrogen namun pasangan basa nitrogen Timin pada DNA digantikan dengan urasil pada
RNA.
Transkripsi berlangsung di dalam inti sel atau di dalam matriks mitokondria dan
plastida. Transkripsi dapat dipicu oleh rangsangan dari luar maupun tanpa rangsangan. Pada
proses tanpa rangsangan, transkripsi berlangsung terus-menerus (gen-gennya disebut gen
konstitutif atau "gen pengurus rumah", house-keeping genes). Sementara itu, gen yang
memerlukan rangsangan biasanya gen yang hanya diproduksi sewaktu-waktu; gennya disebut
gen regulatorik karena biasanya mengatur mekanisme khusus. Rangsangan akan
mengaktifkan bagian promoter inti, segmen gen yang berfungsi sebagai pencerap RNA
polimerase yang terletak di bagian hulu bagian yang akan disalin (disebut transcription unit),
tidak jauh dari ujung 5' gen. Promoter inti terdiri dari kotak TATA, kotak CCAAT dan kotak
GC.
Sebelum RNA polimerase dapat terikat pada promoter inti, faktor transkripsi TFIID
akan membentuk kompleks dengan kotak TATA. Inhibitor dapat mengikat pada kompleks
TFIID-TATA dan mencegah terjadinya kompleks dengan faktor transkripsi lain, namun hal ini

dapat dicegah dengan TFIIA yang membentuk kompleks DA-TATA. Setelah itu TFIIB dan
TFIIF akan turut terikat membentuk kompleks DABF-TATA. Setelah itu RNA polimerase
akan mengikat pada DABF-TATA.

1.1 KERJA RNA POLIMERASE

Kerja RNA polymerase sangan mirip dengan kerja DNA polymerase, kecuali bahwa
RNA polymerase dapat memulai sintesen rantai baru. Sebuah untai DNA berfungsi sebagi
cetakan, yang disalin dalam arah 3 ke 5. Sintesis berlangsung dalam arah 5 ke 3.
Ribonukleosida trifosfat ATP, GTP, CTP, dan UTP berfungsi sebagai precursor (perintis),
yang membentuk pasangan basa dengan nukleotida komplementer pada cetakan DNA. Fosfat
yang melekat pada gugus 5-hidroksil pada precursor membentuk ikatan ester dengan gugus
3-hidroksil diujung rantai RNA yang sedang tumbuh. Pelepasan pirofosfat dan pemutusanya
oleh pirofosfatase untuk membentuk dua fosfat inorganik menghasilkan energi yang
membantu menjalankan reaksi polimerisasi.
Karena RNA memiliki untai tunggal, mekanisme transkripsi RNA tidak serumit
seperti pada replikasi DNA. Namun, cetakan DNAmemiliki dua untai. Akibatnya, untuk
setiap gen, RNA polymerase harus mampu menentukan untai mana yang akan ditranskripsi.
Urutan dimana DNA menentukan dimana RNA polymerase akan berikatan, seberapa sering
dan seberapa kuat ia berikatan, dan diamana transkripsi gen dimulai. urutan ini dikenal
dengan istilah promotor, biasanya terletak dengan titik dimana transkripsi dimulai (starpoint).
Urutan lain, yang dilenal dengan enhancer, juga mempengaruhi frekuensi transkripsi, tetapi
mungkin terletak cukup jauh, kadang-kadang berjarak ribuan nukleotida, dari titik mulai.
1.2 JENIS RNA POLIMERASE
Sel bakteri memiliki satu RNA pilomerase yang mentranskripsi senua jenis RNA.
RNA polymerase Escherichia coli (prokariot) memiliki empat sub unit (2 1), yang
membentuk enzim inti. Enzim aktif (holoenzim) memiliki inti dan subunit kelima yang
disebut factor (sigma). Factor ini dibutuhkan untuk pengikatan polymerase ke regio spesifik
pada cetakan DNA. E.coli

memiliki sejumlah factor yang menganali factor region

promotor pada kelompok gen yang berbeda. factor primer adalah 70, suatu penandaan
yang berkautan dengan berat molekulnay 70000.
Berlainan dengan prokariot, sel eukariot memiliki tiga RNA polymerase. Polymerase I
menghasilkan sebagian besar rRNA, polymerase II menghasilkan mRNA, dan polymerase III
menghasilkan RNA kecil, misalnya tRNA dan rRNA 58. Semua RNA polymerase memiliki
mekanisme kerja yang sama. Namun, RNA polymerase menghasilkan promotor yang
berbeda.

I.3 TRANSKRIPSI GEN BAKTERI

Pengikatan RNA polimerase ke regio promotor pada DNA menyebabkan untai-untai
DNA terbuka dan terpisah di dalam suatu regio yang panjangnya sekitar 10-20 nukleotida.
Sewaktu polimerase melakukan transkripsi DNA, regio heliks yang belum ditranskripsi terus
terpisah, sementara regio cetakan DNA yang telah ditranskripsi kembali bergabung dengan
pasangannya. Faktor sima dibebaskan sewaktu rantai RNA yang sedang tumbuh mencapai
panjang sekitar 10 nukleotida. Reaksi pemanjangan terus berlangsung sampai RNA
polimerase menjumpai sinyal terminasi (penghentian) transkripsi. Salah satu jenis sinyal
terminasi terdiri dari pembentukan lengkung tajam di transkrip, mendahului sejumlah residu
U. Jenis kedua mekanisme terminasi meliputi pengikatan satu protein, faktor rho, yang
menyebabkan pelepasan transkrip RNA dari cetakan.
Sistron adalah regio pada DNA yang mengkode sebuah protein. Pada bakteri, mRNA
biasanya dibentuk dari sebuah operon sebagai suatu transkrip polisistronik (transkrip yang
mengandung informasi untuk menghasilkan sejumlah protein yang berbeda). Tropanskrip
polisistronik ditranslasikan selagi mengalami transkripsi. Transkrip ini tidak mengalami
modifikasi atau pemangkasan, dan tidak mengandung intron (regio di dalam urutan pengkode
pada transkrip yang dikeluarkan sebelum translasi berlangsung). Beberapa protein yang
berbeda dihasilkan selama translasi transkrip polisistronik, satu untuk masing-masing sistron.
Pada prokariot, rRNA dihasilkan sebagai sebuah transkrip yang panjang yang
mengalami proses pemutusan untuk menghasilkan rRNA 16S, 23S, dan 5S. tRNA juga
berasal dari pemutusan transkrip yang lebih besar. Salah satu enzim pemutus, RNase P
mengandung sebuah molekul RNA yang mengkatalisis reaksi pemutusan.
1.4 TRANSKRIPSI GEN EUKARIOTIK
Proses transkripsi pada eukariotik dan prokariotik serupa. RNA polimerase berikatan
dengan kompleks faktor transkripsi di regio promotor, heliks terurai di dalam regio dekat titik
mulai (startpoint) transkripsi, terjadi pemisahan untai DNA, sintesis transkrip dimulai, lalu
transkrip RNA memanjang, menyalin cetakan DNA. Untai DNA memisah sewaktu
polimerase mendekat dan bersatu kembali setelah polimerase lewat. Perbedaan utama adalah
bahwa eukariot memiliki mekanisme yang lebih rumit untuk mengolah transkrip, terutama
prekursor mRNA. Eukariot juga memiliki tiga polimerase, sedangkan prokariot memiliki satu
polimerase.

Perbedaan lain mencakup kenyataan bahwa mRNA eukariotik biasanya memiliki

informasi pengkode hanya untuk satu protein dan bahwa RNA eukariotik mengalami
transkripsi di inti lalu bermigrasi ke sitoplasma di mana proses translasi berlangsung.
1.5 PROSES TRANSKRIPSI
Secara garis besar transkripsi berlangsung dalam empat tahap, yaitu pengenalan
promoter, inisiasi, elongasi, dan teminasi. Masing-masing tahap akan dijelaskan secara
singkat sebagai berikut.

a. Inisiasi
Setelah mengalami pengikatan di promoter, RNA polimerase akan terikat pada suatu
tempat di dekat promoter, yang dinamakan tempat awal polimerisasi atau tapak inisiasi
(initiation site). Tempat ini sering dinyatakan sebagai posisi +1 untuk gen yang akan
ditranskripsi. Nukleosida trifosfat pertama akan diletakkan di tapak inisiasi dan sintesis RNA
pun segera dimulai.
Inisiasi transkripsi tidak harus menunggu selesainya transkripsi sebelumnya. Hal ini
karena begitu RNA polimerase telah melakukan pemanjangan 50 hingga 60 nukleotida,
promoter dapat mengikat RNA polimerase yang lain. Pada gen-gen yang ditranskripsi dengan
cepat reinisiasi transkripsi dapat terjadi berulang-ulang sehingga gen tersebut akan
terselubungi oleh sejumlah molekul RNA dengan tingkat penyelesaian yang berbeda-beda.

b. Elongasi

Pengikatan enzim RNA polimerase beserta kofaktor-kofaktornya pada untai DNA

cetakan membentuk kompleks transkripsi dan Selama sintesis RNA berlangsung kompleks
transkripsi akan bergeser di sepanjang molekul DNA cetakan sehingga nukleotida demi
nukleotida akan ditambahkan kepada untai RNA yang sedang diperpanjang pada ujung 3
nya. Sehingga terjadi proses pemanjangan (elongasi) RNA yang berlangsung dari arah 5 ke
3, sementara RNA polimerasenya sendiri bergerak dari arah 3 ke 5 di sepanjang untai DNA
cetakan.

c. Terminasi
Berakhirnya polimerisasi RNA ditandai oleh disosiasi kompleks transkripsi atau
terlepasnya enzim RNA polimerase beserta kofaktor-kofaktornya dari untai DNA cetakan.
Begitu pula halnya dengan molekul RNA hasil sintesis. Hal ini terjadi ketika RNA polimerase
mencapai urutan basa tertentu yang disebut dengan terminator. Terminasi transkripsi dapat
terjadi oleh dua macam sebab, yaitu terminasi yang hanya bergantung kepada urutan basa
cetakan (disebut terminasi diri) dan terminasi yang memerlukan kehadiran suatu protein
khusus (protein rho). Di antara keduanya terminasi diri lebih umum dijumpai. Terminasi diri
terjadi pada urutan basa palindrom yang diikuti oleh beberapa adenin (A). Urutan palindrom
adalah urutan yang sama jika dibaca dari dua arah yang berlawanan. Oleh karena urutan
palindom ini biasanya diselingi oleh beberapa basa tertentu, maka molekul RNA yang
dihasilkan akan mempunyai ujung terminasi berbentuk batang dan kala (loop).

1.6 HASIL

Hasil transkripsi adalah berkas RNA yang masih "mentah" yang disebut mRNA primer. Di
dalamnya terdapat fragmen berkas untuk protein yang mengatur dan membantu sintesis
protein (translasi) selain fragmen untuk dilanjutkan dalam translasi sendiri, ditambah dengan
bagian yang nantinya akan dipotong (intron). Berkas RNA ini selanjutnya akan mengalami
proses yang disebut sebagai proses pascatranskripsi (post-transcriptional process).
I.7 PROSES PASCA TRANSKRIPSI

a. Pemotongan dan penyambungan RNA ( splicing )

Pada eukaryot banyak terdapat gen yang organisasinya tersusun atas akson dan intron,
meskipun tidak semua gen eukaryot mempunyai intron. Pada awalnya, gen yang terdiri atas
ekson dan intron yang ditranskipsi menghasilkan pre-mRNA (transkripsi primer, primary
transcpt ) karena masih mengandung sekuensi intro. Pada tahapan selanjutnya intron akan
dipotong dari pre-mRNA dan ekson-ekson yang ada selanjutnya disambung menjadi mRNA
yang matang ( mature mRNA ). Proses pemotongan intron dan penyambungan kembali
ekson-ekson disebut sebagai proses penyambungan RNA ( RNA splicing ). Transkripsi
mRNA yang sudah matang inilah yang selanjutnya akan ditranslasi.
Proses splicing RNA adalah proses yang sangat akurat. Akurasi proses pemotong dan
penyambungan ditentukan oleh suatu urutan nukleotida yang dikenal sebagai splicing signals.
Sejauh ini nukleotida lestari yang ditemukan pada beberapa intron yang berbeda yang
diketahui adalah dua nukleotida pada ujung intron, yaitu :
Ekson-GU..............AG-ekson
Selain urutan tersebut juga ada urutan kosensus pada bagian pertemuan antara ekson dan
intron. Pada gen-gen yang ada dalam nukleus, urutan konsesusnya adalah sebagai berikut :

A64 G73 G100 U68 A68 A68 G84 U63...............Gpy74-87 n C65 A100 G100 n
Angka-angka menunjukkan persentase frekuensi nukleotida pada tiap posisi, jika angkanya
100 berarti basa tersebut selalu berada pada posisi tersebut. N dan py menyatakan nukleotida
apa pun atau basa pirimidin yang mungkin ada pada posisi tersebut. Urutan nukleutida pada
bagian pertemuan ekson-intron tersebut berbeda untuk gen tRNA dan gen struktural pada
mitokondria dan kloroplas karena adanya perbedaan dalam hal mekanisme pemotonganpenyambungan RNA-nya. Pada gen-gen yang ada dalam nukleus hanya ada dalam urutan
nukleotida lestari. (conserved ) yang pendek yaitu tactaac, yang terletak sekitar 30 pasangan
basa di sebelah hulu dari sisi 3 penyambungan. Residu adenine pada posisi keenam kotak
tactaac adalah residu yang lestari dan mempunyai peranan sangat penting dalam proses
pemotongan-penyambungan intron-ekson. Secara umum dapat disebut bahwa sekuens intron
pada gen-gen dalam nukleus bersifat acak, kecuali sekuens dinukleutida gt dan ac serta kotak
tactaac. Intron pada gen-gen dalam inti sel. Sekuens konsensus pada daerah perbatasan antara
ekson-intron pada prekursor mRNA khamir telah diketahui dengan urutan sebagai berikut :
5 GUAUGU intron - UACUAAC pyAG 3
Dari beberapa penelitian diketahui bahwa sinyal untuk pemotongan intron dan
penyambungan ekson ( splicing signals ) pada prekursor mRNA gen-gen pada nukleus sangat
seragam, yaitu kedua basa intron pertama hampir selalu mengandung gu dan dua basa
terakhir hampir selalu mengandung ag. Selain itu, keseluruhan sekuens konsensus sangat
penting untuk pemotongan intron dan penyambungan ekson secara tepat. Mutasi pada
sekuens konsensus dapat mengakibatkan splicing yang abdnormal. Sifat lestari ujung 5 dan
3 pada posisi pemotongan-penyambungan serta kotak tactaac menunjukan bahwa hal ini
mempunyai fungsi sangat pen ting dalam ekspresi genetik. Mutasi pada bagian tersebut dapat
menyebabkan perubahan fenotip pada banyak jasad eukaryot. Sebagai contoh, mutasi pada
daerah ini seringkali bertanggung jawab dalam pemunculan penyakit menurun pada manusia,
misalnya kelainan hemoglobin.
Penelitian menunjukan bahwa proses pemotongan intron dan transkrip RNA terdiri atas tiga
tipe yang bebeda yaitu :
1. Intron pada prekursor tRNA dipotong dengan menggunakan endonuklease secara
tepat diikuti oleh reaksi ligasi ( penyambungan ) menggunakan enzim ligase.

2. Intron pada beberapa prekursor rRNA dihilangkan dengan mekanisme auto katalitik
melalui reaksi unik yang melibatkan molekul RNA itu sendiri dan tidak melibatkan
aktivitas enzim.
3. Intron pada pre-mRNA dipotong dengan mekanisme reaksi dua-langkah yang
dilakukan oleh partikel ribonukleoprotein yang disebut spliceosome.
II.

TRANSLASI
Translasi adalah proses penterjemahan informasi genetik yang ada pada mRNA

kedalam rantai polipeptida/protein. Informasi genetik pada mRNA berupa rangkaian basa
atau kodon, akan diterjemahkan menjadi rangkaian asam amino pada rantai polipeptida
Protein dibentuk melalui proses yang disebut translasi. Proses ini terjadi di ribosom
dan dipandu oleh mRNA. Pesan genetik yang terkode dalam DNA mula-mula ditranskripsi
menjadi mRNA, dan urutan nukleotida mRNA kemudian menentukan urutan asam amino
pada protein.
Bagian mRNA yang menentukan urutan asam amino protein dibaca dalam kodon, yaitu
rangkaian yang terdiri dari tiga nukleotida. Inisiasi suatu rantai polipeptida dimulai dengan
kodon AUG yang menentukan asam amino metionin. Kodon pada mRNA dibaca secara
berurutan (sekuensial) dalam arah 5 ke 3 dan dimulai dengan 5-AUG yang menentukan
kumpulan kerangkabacaan dan diakhiri dengan kodon terminasi-3 (atau kodon stop) (UAG,
UGA, atau UAA). Protein dibentuk dari terminal-N menuju ke terminal-C.
tRNA membawa asam amino ke tempat sintesis protein di ribosom. Pembentukan
pasangan basa antara antikodon tRNA dan kodon mRNA memastikan bahwa asam amino
yang dibawa oleh tRNA disisipkan ke dalam rantai polipeptida yang sedang tumbuh di
tempat yang tepat.
Pengikatan metionil-tRNA inisial (awal) ke mRNA dan ribosom disebut inisiasi dan
melibatkan protein sitosol yang dikenal sebagai faktor inisiasi (FI) dan GTP. Setelah inisiasi,
rantai polipeptida memanjang. Pemanjangan ini terdiri dari tiga langkah : (a) penambahan
sebuah aminoasil tRNA ke tempat dimana molekul tersebut berikatan dan membentuk
pasangan basa dengan kodon kedua pada mRNA, (b) pembentukan sebuah ikatan peptida
antara asam amino pertama dan kedua, dan (c) translokasi, pergerakan mRNA relatif terhadap
ribosom, sehingga sebuah aminoasil tRNA dapat berikatan dengan kodon ketiga mRNA dan
ke ribosom.
Ketiga langkah pemanjangan ini diulang sampai terjadi pengikatan kodon terminasi
dengan tempat pada ribosom dimana aminoasil tRNA berikunya seharusnya melekat. Yang

melekat bukan tRNA bermuatan, tetapi faktor pelepasan (release factor), sehingga protein
yang telah lengkap terlepas dari ribosom.
Pelipatan polipeptida menjadi konfigurasi tiga dimensi terjadi sewaktu polipeptida
sedang ditranslasi. Proses ini melibatkan protein yang dikenal sebagai chaperone.
Modifikasi residu asam amino dalam suatu protein dapat terjadi selama atau setelah translasi
dan mungkin melibatkan pembentukan ikatan disulfida, glikosilasi (penambahan gugus
karbohidrat), fosforilasi, pemutusan ikatan peptida, dan jenis perubahan lain.
Sebagian protein disintesis di ribosomsitosol dan dilepaskan ke dalam sitisol. Protein
lain disalurkan ke dalam organel, misalnya mitokondria. Proein yang dipersiapkan untuk
lisosom, untuk penggabungan di dalam membran sel, atau untuk disekresikan keluar sel
disintesis dalam ribosom yang melekat pada retikulum endoplasma kasar (RER). Protein ini
dipindahkan dari RER ke kompleks golgi, tempat protein ini mengalami modifikasi dan
diarahkan ke lokasi akhir.
2.1 KODE GENETIK
Transkripsi, pemindahan pesan genetik dari DNA ke RNA, didasarkan pada konsep
pembentukan pasangan basa yang agak sederhana. Translasi, pemindahan pesan genetik dari
bahasa nukleotida asam nuklea menjadi bahasa asam amino protein, melibatkan mekanisme
yang lebih rumit, tetapi juga menggunakan pembentukan pasangan basa sebagai lankah
kunci.
Pada akhir tahun 1950-an dan awal 1960-an, para ahli biologi molekular yang
berusaha menguraikan proses translasi menemukan dua masalah. Pertama mengenai
penguraian isi kode hubungan antara bahasa asam nukleat dan bahasa asam protein, dan
kedua meliputi penentuan mekanisme molekular bagaimana translasi antara kedua basa ini
terjadi.
Terdapat 20 asam amino yang digabung menjadi protein dan pleh karena itu, terdapat
20 karakter dalam abjad protein. Abjad asam nukleat hanya memiliki empat karakter,
sesuai dengan empat nukleotida mRNA (A, G, C, dan U). Para ahli pembaca kode biologi
molekular menyadari apabila dua nukleotida merupakan kode untuk satu asam amino, hanya
42 atau 16 asam amino yang dapat ditentukan. Di pihak lain, apabila empat nukleotida
merupakan kode untuk satu asam amino, dapat ditentukan jauh lebih banyak asam amino (4 4
atau 256) dari yang sebenarnya terdapat pada protein. Oleh karena itu, jumlah nukleotida
yang mengkode sebuah asam amino kemungkinan besar berjumlah tiga, yang menghasilkan
43 atau 64 kemunkinan kombinasi atau kodon, lebih daripada yang dibutuhkan, tetapi tidak
terlalu berlebihan.

2.2 PEMBENTUKAN AMINOASIL-tRNA

Sebuah tRNA yang mengandung asam amino yang terikat secara kovalen ke ujun
3nya disebuat aminoasil-tRNA. Aminoasil-tRNA diberi nama untuk asam amino dan tRNA
yang membawa asam amino (misal alanil-tRNA). tRNA tertentu mengenali hanya kodon start
AUG yang mengawali sintesis protein dan bukan kodon AUG lain yang menentukan insersi
metionin ke dalam rantai polipeptida.
Asam amino melekat ke tRNA mereka oleh enzim yang sangat spesifik yang dikenal
sebagai aminoasil tRNA sintetase. Terdapat dua puluh sintetase yang berlainan, satu sitetase
untuk masing-masing asam amino. Setiap sintetase mengenali asam amino tertentu dan
semua tRNA yang mengikat asam amino tersebut.
Reaksi yang dikatalisis oleh aminoasil-tRNA sintetase berlangsung dalam dua
langkah. Langkah pertama, asam amino diaktifkan dengan cara bereaksi dengan ATP untuk
membentuk kompleks enzim/aminoasil-AMP dan pirofosfat. Pirofosfat diuraikan oleh

pirofosfatase, sehingga reaksi menjadi lebih cepat karena salah satu produk dikeluarkan. Pada
langkah kedua, asam amino yang telah diaktifkan dipindahkan ke gugus 2-hidroksil atau 3hidroksil urutan CCA di ujung 3 tRNA, dan AMP dibebaskan.
Sebuah tRNA yang membawa sebuah asam amino (aminoasil-tRNA) dikatakan
bermuatan. Energi dalam ikatan aminoasil-tRNA kemudian digunakan dalam pembentukan
ikatan peptida selama proses sintesis protein.

2.3 PROSES TRANSLASI

Translasi suatu protein terdiri dari tiga langkah : inisiasi, pemanjangan (elongasi),
penghentian (terminasi). Translasi berawal dengan pembentukan kompleks inisiasi.
Kemudian terjadi sintesis polipeptida melalui serangkaian langkah pemanjangan yang
diulang-ulang sewaktu masing-masing asam amino ditambahkan ke rantai polipeptida yang
tumbuh. Terjadi penghentian sintesis di tempat dimana mRNA mengandung kodon stop,
dalam kerangka, dan rantai polipeptida yang telah lengkap tersebut dilepaskan.
a. Inisiasi Translasi
Pada eukariotik inisiasi translasi terdiri dari pembentukan kompleks yang terdiri dari
metionil-tRNA, mRNA, dan sebuah ribosom. Metionil tRNA mula-mula membentuk
kompleks dengan suatu faktor inisiasi [faktor inisiasi eukariotik (eIF2)] dan GTP. Kompleks
ini kemudian mengikat sup unit ribosom kecil (40S). Cap pada ujung 5 mRNA mengikat
faktor inisiasi (eIF4) yang dikenal sebagai cap binding protein (CBP). Kemudian beberapa
eIF ikut bergabung, dan mRNA kemudian berikatan dengan kompleks 40S-metionil-tRNA.
Dalam suatu reaksi yang memerlukan hidrolisis ATP, sup unit ribosom kecil melakukan Scan
terhadap mRNA sampai kodon AUG pertama ditemukan. eIF lain terikat, GTP mengalami
hidrolisis, dan faktor inisiasi dibebaskan, dan sup unit ribosom besar (60S) terikat. Ribosom
sekarang menjadi lengkap. Ribosom ini mengandung sup unti kecil dan sup unit besar.
Terdapat 2 tempat pengikatan untuk tRNA, yang dikenal sebagai tempat P (peptidil) dan A
(aminoasil), pada ribosom. Selama inisiasi metionil tRNA berikatan dengan tempat P.
Proses inisiasi pada prokariot dan eukariota berbeda. Pada bakteri, metionil tRNA
yang sedang dalam proses inisiasi mengalami formilasi, menghasilkan formil-metionil-tRNA
yang ikut serta dalam pembentukan kompleks inisiasi. Pada prokariot diperlukan hanya tiga
IF untuk menghasilkan kompleks ini, sedangkan eukariota mempunyai selusin atau lebih eIF.

Ribosom juga berbeda ukurannya. Prokariot memiliki ribosom 70S, yang terdiri dari subunit
30S dan 50S, sedangkan memiliki ribosom 80S, yang terdiri dari subunit 40S dan 60S.
mRNA bakteri tidak memiliki cap. Identifikasi triplet AUG untuk inisiasi pada prokariot
terjadi sebagai konsekuensi pengikatan sebuah urutan (yang dikenal sebagai urutan ShineDalgarno) pada mRNA dengan urutan komplementer dengan ujung 3 rRNA 16S pada
subunit ribosom kecil.

Perbedaan Antara Eukariot Dan Prokariot Dalam Inisiasi Sintesis Protein

Inisiasi
Pengikatan mRNA ke sub unit

Prokariotik
Urutan Shine-Dalgarno

Eukariotik
Cap di ujung 5 mRNA

ribosom kecil

hulu pada AUG yang

berikatan dengan eIF dan

mengalami inisiasi

sup unit ribosom kecil

berikatan dengan urutan

40S. Dilakukan Scan

komplementer pada rRNA

terhadap mRNA untuk

16S.

menemukan AUG yang

Formil-metionin
IF (3)
70S (sup unit 30S dan

pertama.
Metionin
eIF (12 atau lebih)
80S (40S dan 60S)

Asam amino pertama

Faktor Inisiasi (IF)
Ribosom

50S)

b. Pemanjangan Rantai Polipeptida

Setelah kompleks inisiasi terbentuk terjadi penambahan masing-masing asam amino
ke rantai polipeptida yang terdiri dari pengikatan aminoasil-tRNA ke tempat A pada ribosom,
pembentukan ikatan peptida, dan translokasi peptidil-tRNA ke tempat P. Peptidil-tRNA
mengandung rantai polipeptida yang sedang tumbuh.

Perbedaan Antara Eukariot Dan Prokariot Dalam Pemanjangan Rantai Polipeptida

Inisiasi
Faktor pemanjangan pertama
Faktor yang berperan dalam

Prokariotik
EF-Tu
EF-Ts

Eukariotik
EF1
EF

EF-G

EF2

pembaharuan faktor
pemanjangan pertama
Faktor pemanjangan kedua

c. Penghentian Translasi (Terminasi)

Tiga langkah pemanjangan diulang sampai kodon terminal (stop) bergerak ke tempat
A pada ribosom. Karena di dalam sel secara normal tidak ada tRNA dengan antikodon yang
dapat membentuk pasangan basa dengan kodon stop, yang berikatan dengan ribosom adalah
faktor pelepasan (release factor), menyebabkan peptidiltransferase melakukan hidrolisis

terhadap ikatan antara rantai peptida dan tRNA. Polipeptida yang baru disintesis dilepaskan
dari ribosom, yang terurai menjadi subunitnya asing-masing, membebaskan mRNA.

2.4 PENGIKATAN AMINOASIL-TRNA KE TEMPAT A

Apabila met-tRNA atau peptidil-tRNA berikatan dengan tempat P, kodon mRNA di
tempat A menentukan aminoasil tRNA mana yang akan berikatan di tempat itu. Suatu
aminoasil-tRNA akan terikat apabila antikodonnya bersifat antiparalel dan komplementer
dengan kodon mRNA. Sebelum terikat ke mRNA, aminoasil-tRNA mula-mula berikatan
dengan GTP dan suatu faktor pemanjangan eF1 pada eukariota dan EF-Tu pada prokariot.
Sewaktu aminoasil-tRNA berikatan dengan tempat A, GTP mengalami hidrolisis, membentuk
GDP.
Kompleks GDP dan faktor pemanjangan (eF1 atau EF-Tu) kemudian berikatan
dengan faktor lain (EF1 pada eukariota dan EF-Ts pada prokariot), sehingga GDP dapat
dibebaskan. Kompleks kemudian mengikat GTP, dan eukariotik atau Ts prokariot terlepas,
meninggalkan faktor pemanjangan (eF1 pada eukariota dan EF-Tu pada prokariot) terikat
ke GTP, siap untuk daur pemanjangan berikutnya.
2.5 PEMBENTUKAN IKATAN PEPTIDA
Pada putaran pertama pemanjangan (atau peptidil-tRNA pada putaran berikutnya),
aminoasil-tRNA di tempat A sekarang membentuk ikatan peptida dengan metionil-tRNA di
tempat P. Peptidiltransferase, yang bukan merupakan protein tetapi rRNA subunit ribosom
besar, mengkatalis pembentukan peptida. tRNA di tempat A sekarang mengandung rantai
polipeptida yang sedang tumbuh, dan tRNA di tempat P tidak bermuatan (yaitu tidak lagi
mengandung asam amino)
2.6 TRANSLOKASI
Translokasi melibatkan faktor pemanjangan lain (EF2 pada eukariot dan EF-G pada
prokariot) yang membentuk kompleks dengan GTP dan berikatan dengan ribosom,
menyebabkan perubahan konformasi yang menggerakkan mRNA dan tRNA (yang
membentuk pasangan basa dengannya) yang berkenaan dengan ribosom. tRNA yang tidak
bermuatan bergerak dari tempat P ke suatu tempat yang dikenal sebagai tempat E (exit, jalan
keluar). Dari tempat ini tRNA tersebut dilepaskan. Peptidil-tRNA bergerak dari tempat P ke
tempat A ditempati oleh kodon berikutnya pada mRNA. Selama translokasi, GTP mengalami
hidrolisis menjadi GDP, yang dilepaskan dari ribosom bersama faktor pemanjangan.

2.7 PENGATURAN DI TINGKAT TRANSLASI

Sebagian besar kontrol translasional eukariotik mempengaruhi sintesis protein. Faktor
inisiasi untuk translasi, terutama faktor inisiasi eukariotik 2 (eIF2), merupakan pusat
mekanisme pengatur ini. Kerja eIF2 dapat dihambat oleh fosforilasi.
Retikulosit, yang tidak memiliki inti dan oleh karena itu, tidak memiliki DNA untuk
transkrirpsi, harus mengatur sintesis globin di tingkat translasi. Globin dihasilkan apabila
kadar hem di dalam sel tinggi, tetapi tidak dihasilkan apabila kadar hem tersebut rendah. Hem
bekerja dengan mencegah fosforilasi eIF2. Kinase yang menyebabkan fosforilasi eIF2 berada
dalam keadaan inaktif apabila berikatan dengan hem. Dengan demikian, apabila kadar hem
tinggi, eIF2 tidak mengalami fosforilasi dan oleh karena itu, aktif menyebabkan inisiasi
sintesis globin. Sewaktu kadar hem di dalam sel menurun, eIF2 mengalami fosforilasi dan
menjadi tidak aktif.
2.8 PENGOLAHAN PROTEIN PASCATRANSALASI
Sewaktu dibantu ribosom, rantai polipeptida bergerak melalui suatu terowongan
dalam ribosom. Terowongan ini dapat memuat sekitar 30 residu asam amino. Seiring dengan
polimerisasi rantai, residu asam amino di ujung terminal-N mulai keluar dari daerah yang
terlindung di dalam ribosom ini lalu mengalami pelipatan membentuk konformasi tiga
dimensi polipeptida.
Protein berikatan dengan polipeptida nascent (yaitu polipeptida yang sedang dalam
proses sintesis) dan memperantarai proses pelipatan tersebut. Mediator ini disebut chaperone
karena mencegah terjadinya interaksi yang tidak sesuai. Pemebentukan ikatan disufida antara
residu sintein juga berperan membentuk struktur tiga dimensi polipeptida.
Enzim dapat bekerja pada polipeptida nascent dan memodifikasi residu tertentu.
Metionin terminal-N biasanya dikeluarkan oleh protese. Juga dapat terjadi pemutusan
terhadap residu lainya.
Residu asam amino dapat mengalami modifikasi dengan penambahan berbagai jenis
gugus fungsional. Asam amino terminal-N kadang-kadang menagalami asetilasi. Ke residu
lisin dapat ditambahkan gugus metil. Resido prolin dan lisin dapat mengalami modifikasi
yang penting, terutama untuk fungsi protein yang terlibat dalam pembekuan darah. Dapat
dilakukan penambahan asam lemak, yang memenbentuk regio hidrofobik untuk merekatkan

protein ke membran. Dapat dilakukan pemindahan sebuah gugus ADPR dan NAD ke protein
teretentu. Penambahan dan pengeluaran gugus fosfat (yang berikatan secara kovaalen dengan
residu serin, treonin, dan tirosin) berfungsi untuk mengubah aktivitas banyak protein (misal
enzim pada sintesis dan penguraian glikogen). Glikosilasi, penambahan gugus karbohidrat,
merupakan modifikasi yang terutama terjadi pada protein yang akan disekresikan atau
digabungkan ke membran.
INHIBITOR SINTESIS PROTEIN
Banyak ditemukan senyawa yang berfungsi sebagai antibiotik dengan menghambat
sintesis protein. Proses translasi pada ribosom bakteri dan pada ribosom sitoplasma sel
eukariotik memiliki banyak persamaan, tetapi terdapat sejumlah perbedaan samar. Banyak
antibiotik yang bekerja pada langkah-langkah di tempat perbedaan tersebut berada. Oleh
karena itu, senyawa ini dapat digunakan secara selektif untuk mencegah sintesis protein
bakteri dan menghambat proliferasi bakteri, tanpa efek atau dengan efek minimal pada sel
manusia. Namun, senyawa ini harus digunakan dengan hati-hati, karena sebagian antibiotik
mempengaruhi mitokondria manusia, yang memiliki sistem sintesis protein serupa dengan
yang terdapat pada bakteri. Masalah lain dengan obat ini adalah bahwa bakteri dapat menjadi
resisten terhadap kerja antibiotik. Mutasi pada gen yang mengkode protein atau RNA
ribosom bakteri dapat menyebabkan resistensi. Resistensi juga timbul apabila bakteri
menyerap plasmid yang membawa gen untuk inaktivasi antibiotik. Karena penggunaan
antibiotik yang luas dan sering sembarangan, dengan cepat muncul galur bakteri yang
resisten terhadap semua antibiotik yang ada.
Setiap langkah utama pada sintesis protein dapat dihambat oleh antibiotik.
Streptomisin menghambat inisiasi dengan cara mengikat tiga protein dan mungkin rRNA
16S pada subunit ribosom 30S bakteri. Terjadi penimbunan kompleks inisiasi yang abnormal,
yang dikenal sebagai monosom streptomisin. Streptomisin juga dapat menyebabkan
kesalahan pembacaan mRNA, sehingga terjaidi penggabungan asam amino yang salah ke
rantai polipeptida yang sudah diinisiasi.
Tetrasiklin berikatan dengan subunit ribosom 30S bakteri dan mencegah aminoasiltRNA berikatan dengan tempat A pada ribosom. Efek obat ini bersifat reversibel, sehingga
apabila obat dikeluarkan bakteri dapat memulihkan sintesis protein dan pertumbuhannya,
sehingga infeksi kembali bangkit. Selain itu, tetrasiklin kurang begitu baik diserap oleh usus

dan konsentrasinya dapat meningkat di dalam isi usus sehingga terjadi perubahan flora
saluran cerna. Karena obat ini telah lama digunakan untuk mengobati infeksi pada manusia
dan sebagai bahan tambahan dalam makanan hewan, untuk mencegah infeksi pada hewan,
manusia telah sering terpajan oleh tetrasiklin. Akibatnya, timbul galur bakteri yang resisten
terhadap tetrasiklin.

Kloramfenikol berikatan dengan subunit ribosom 50S bakteri dan mencegah

pengikatan bagian asam amino pada aminoasil-tRNA, sehingga kerja peptidiltransferase
terhambat secara efektif. Antibiotik ini digunakan hanya untuk infeksi tertentu yang sangat
serius, misalnya meningitis dan demam tifoid. Kloramfenikol mudah masuk ke dalam
mitokondria manusia tempat obat ini menghambat sintesis protein. Pada penderita yang
diobati oleh kloramfenikol, sel sumsum tulang dapat gagal berkembang, dan penggunaan
antibiotik ini telah dikaitkan dengan timbulnya diskrasia darah yang fatal, termasuk anemia
aplastik.
Eritromisin berikatan dengan subunit ribosom 50S bakteri dekat tempat
kloramfenikol terikat. Eritromisin mencegah langkah translokasi, pergerakan peptidil-tRNA
dari tempat A ke tempat P pada ribosom. Karena efek sampingnya lebih ringan dan lebih
cepat reversibel dibandingkan dengan banyak antibiotik lain, eritromisin sering digunakan
untuk mengobati infeksi pada individu yang alergi terhadap penisilin, suatu antibiotik yang
menghambat sintesis dinding bakteri.

Inhibitor sintesis protein pada prokariot

Antbiotik

Cara Kerja

Streptomisin

Berikatan dengan subunit ribosom 30S prokariot, sehingga

mencegahpembentukan kompleks inisiasi. Obat ini juga menyebabkan
kesalahan pembacaan mRNA.

Tetrasiklin

Berikatan dengan subunit ribosom 30S dan menghambat pengikatan

aminoasil-tRNA ke tempat A.

Kloramfenikol

Berikatan dengan subunit ribosom 50S dan menghambat

peptidiltransferase.

Eritromisin

Berikatan dengan subunit ribosom 50S dan mencegah translokasi.

2.9 PERBEDAAN EUKARIOTIK DAN PROKARIOTIK

1. Eukariotik memiliki inti yang nyata karena lapisan inti dengan membran, sedangkan
prokariot belum ada inti semua materi selesai dalam sitoplasm.
2. Eukariotik memiliki DNA yang lebih kompleks karena itu berisi sepasang alkali
nukleotid sedangkan prokariotik lebih sederhana, lebih sederhana yang berisi
sepasang nukleotid.
3. Eukariotik memiliki lebih dari satu kromosom sedangkan prokariotik memiliki
kromosom tunggal.
4. Eukariotik memiliki intron dan ekstron, sedangkan prokariot hanya ekson.
5. Eucariotic tidak memiliki operon, procariotic memiliki operon.
6. Transkripsi eukariotik itu terjadi dalam inti ada dua tahap dalam waktu yang berbeda
dan tempat, procariotic itu terjadi di sitoplasma di dalamnya satu tahap.
7. Transkripsi dalam eukariotik lebih kompleks daripada di prokariot karena akses dari
RNA polimerase dengan DNA lebih lemah. Hal ini terjadi karena DNA terpadu
dikemas dengan protein Histon
8. Pengaturan protein dalam eukayotic lebih kompleks daripada di prokariot

2.10 FAKTOR SINTESIS PROTEIN

1. pengembangan jaringan
Masa di mana pengembangan jaringan dengan cepat terjadi seperti masa embrio dan
menginginkan hamil untuk lebih banyak protein .
2. kualitas protein
Kebutuhan protein dipengaruhi oleh makanan . Tidak memiliki rekomendasi khusus
bagi manusia yang konsumsi protein hewani dan protein nabati . Itu protein hewani
tidak konsumsi dianjurkan untuk mengkonsumsi protein nabati , untuk kebutuhan
asam amino .
3. protein cerna
Ketersediaan asam amino dipengaruhi oleh makanan yang dimakan. Ikatan kimia Hot
themperature dipengaruhi antara gula dan asam amino bentuk terikat sehingga tidak
bisa dicerna. Kecernaan dan penyerapan dipengaruhi oleh makanan jarak waktu .
4. Kandungan energi dari makanan
Jumlah karbohidrat harus dipenuhi . Untuk konten energi terpenuhi akan memerlukan
untuk bentuk jaringan . Karbohidrat juga mendukung sintesis protein dengan
merangsang pelepasan insulin .
5. Status Kesehatan
Dapatkah peningkatan kebutuhan energi karena meningkatnya katabolisme . Setelah
pembedahan atau trauma , asam amino yang diperlukan untuk pembentukan jaringan
penyembuhan luka dan produksi .

MAKALAH BIOKIMIA
SINTESIS PROTEIN

DISUSUN OLEH
1. HESTI LOKANINGRUM

(13308141042)

2. RIZKY WULANDARI

(13308144007)

3. YUNIAR KURNIA WIDASARI (13308144009)

4. AFRIZAL HARIS

(13308144014)

5. UMIARTI WIJAYANTI

(09308144023)

KELOMPOK 3
BIOLOGI E

JURUSAN PENDIDIKAN BIOLOGI

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM
UNIVERSITAS NEGERI YOGYAKARTA
2014