ASAM NUKLEAT

LAB. BIOKIMIA
FAKULTAS BIOLOGI UGM

05/30/15

Asam nukleat
Merupakan bagian organisme hidup yg
sangat penting
Membawa informasi genetika yang akan
diturunkan / ditransfer dr generasi ke
generasi. Semua informasi yg ada dlm sel
DNA
Ada 2 macam:

Asam deoksiribonukleat : AND / DNA

Asam ribonukleat : ARN / RNA

Asam nukleat mrpk polimer nukleotida yg

dihubungkan dgn ikatan fosfodiester

05/30/15

Nukleotida
Nukleotida merupakan building blocks / prekursor / dari asam nukleat
(DNA dan RNA)

Nucleotide

RNA

DNA

05/30/15

Nukleotida berbeda dengan nukleosida

karena nukleosida tdk mempunyai gugus
fosfat

Sehingga kita sering menuliskan nukleotida

sebagai
Nukleosida monofosfat
Nukleosida difosfat
Nukleosida trifosfat
Tergantung pada jumlah fosfat yg dimiliki

Deoksiribonukleotida ditulis dng tambahan

d menunjukkan adanya gugus hidroksil
pd atom C nomer 2
05/30/15

Terdiri dari 2 golongan :

Ribonukleotida
Deoksiribonukleotida

Jenis nukleotida :
Nama tergantung pada basanya
Jumlah fosfat yang dimiliki
Adenin
Guanin
Sitosin
Timin
Urasil

AMP, ADP, ATP, dAMP, dADP, dATP

GMP, GDP, GTP, dGMP, dGDP, dGTP
CMP, CDP, CTP, dCTP, dCDP, dCTP
TMP, TDP, TTP, UMP, UDP, UTP, dUMP, dUDP, dUTP

05/30/15

05/30/15

Struktur Nukleotida
Nukleotida memiliki 3 komponen utama yakni:
Gugus fosfat

Basa nitrogen

(pirimidin atau purin)

Gula pentosa
4
05/30/15

1. Basa purin dan pirimidin

Perhatikan sistem penomoran dan struktur cincin

umumnya
05/30/15

Basa utama dalam asam nukleat

Basa tersebut disingkat
dari huruf pertamannya
(A, G, C, T, U).
Purin (A, G) dimiliki oleh
RNA dan DNA

Pirimidin C terdapat pada

RNA dan DNA, tetapi
T hanya ada pada DNA, dan
U hanya ada pada RNA

05/30/15

05/30/15

10

2. Gula Ribosa
Ribosa (-D-furanose)
merupakan gula pentosa
(memiliki cincin 5 atom
karbon)
Dalam suatu nukleosida
atau nukleotida
digunakan istilah
"prime ( ) (5 atau 3)
untuk membedakan
nomer atom C yang
mengikat suatu gugus.
11

5
4

1
3

05/30/15

11

Ikatan basa pada pentosa terdapat pada karbon

1, dan fosfat pada karbon 5

Sedangkan
hidroksil
pada karbon
2 dan 3
05/30/15

12

Nukleotida mengikat basa nitrogennya

pada atom C no. 1, dgn ikatan glikosida
Gugus fosfat terikat pada gugus hidroksil
atom C no. 5
Kedua kondisi diatas, menyebabkan
nukleotida mempunyai sifat sifat:

Gugus phosphat bertindak sbg asam kuat

(pKa= 1)
Gugus amina dr basa purin dan pirimidine, dpt di
protonasi
Nukleotida mampu menyerap sinar uv dapat
diukur konsentrasinya

05/30/15

13

Ribosa vs. Deoksiribosa

Derivat penting dari
ribosa adalah 2'deoksiribosa, yakni pada
2' OH diganti dengan H.
Deoksiribosa dimiliki DNA
(deoxyribonucleic acid)
Ribosa dimiliki RNA
(ribonucleic acid).
2-OH yang diganti H
memiliki pengaruh pada
struktur jalin ganda heliks

DNA

Fig. 8-3

RNA

05/30/15

14

3. Fosfat
Nukleotida berbeda dengan
nukleosida karena
nukleosida tdk mempunyai
gugus fosfat
Sehingga kita sering
menuliskan nukleotida
sebagai
Nukleosida monofosfat
Nukleosida difosfat
Nukleosida trifosfat
Tergantung pada jumlah
fosfat yg dimiliki

Nukleosida + satu atau lebih gugus

fosforil disebut nukleotida.
05/30/15

15

Variasi pada jumlah gugus fosfat

3
Nucleoside mono-, di-, or triphosphate

Fig. 8-39
05/30/15

Fig. 8-42
RarastoetiP/FBio-UGM

05/30/15

16

16

Nukleotida pada Asam Nukleat

Basa menempel dengan ikatan pada C-1' ribosa atau
deoksiribosa
Pirimidin menempel pada pentosa via posisi N-1 cincin
pirimidin
Purin menempel melalui posisiN-9
Beberapa basa tertentu mungkin memiliki sisi
penempelan yang berbeda.

05/30/15

17

Variasi pada ikatan fosfat

Pada hidrolisis RNA oleh enzim,
dihasilkan ribonukleosida 5-monofosfat atau ribonukleosida 3'monofosfat
Adenosin 3', 5'-siklik mono-fosfat
(cyclic AMP, atau cAMP) merupakan
nukleotida penting sebagai regulator
(pengatur)

cAMP
Fig. 8-6, 8-42
05/30/15

18

Fig. 8-8

DNA, yang kehilangan 2-OH, bersifat stabil pada

kondisi pH basa
05/30/15

19

Tatanama / nomenklatur nucleotide

05/30/15

20

Tatanama nukleotida

05/30/15

21

Dikenal sebagai materi genetik

Merupakan komponen kromosom
Merupakan polimer deoksiribonukleotida yg
dihubungkan dengan ikatan fosfodiester
Backbone (rangka) terdiri dr: gugus fosfat
dan gula yg saling berseling
Memiliki orientasi 5 3 jk gugus fosfat dr
C5 berikatan dgn OH C3

05/30/15

22

Didalam sel dalam

jalin ganda (double
helix)
Dimana gugus fosfat
berada di luar dan
basa nitrogennya di
dalam
Jalin ganda yg
terbentuk bersifat anti
parallel ?

05/30/15

23

Deoksiribonucleotida Paling baik untuk DNA

Gula deoksiribosa 2'dengan basa (misal, purin
- adenin atau guanin)
menempel pada posisi C-1'
disebut
deoksiribonukleosida
(misal: deoksiadenosin dan
deoksiguanosin).
Gugus fosforilat pada posisi 5'
nukleotida (misal, deoksiadenilat atau
oksiguanilat)
Deoksiribonukleotida dapat disingkat misalnya A, atau dA
(deoksiA), atau dAMP (deoksadenosin monofosfat)
05/30/15

24

Deoksi ribonukleotida utama

05/30/15

25

05/30/15

26

Karena DNA merupakan rantai ganda dan atomatom karbon mempunyai aturan diatas untuk
mengikat basa nitrogen dan gugus fosfat maka satu
rantai DNA terlihat berdiri tegak sedangkan rantai
pasangannya justru terbalik. Maka pada notasi
penulisan kode genetik DNA, ditulis 5-kode genetik3, sedangkan untuk rantai pasangannya justru
ditulis 3-kode genetik-5. Pengaturan ini disebut
konfigurasi antiparalel.
5- TCTC-3
3- AGAG -5

05/30/15

27

Jembatan fosfat

Tulang punggung Polinukleotida atau asam nukleat memiliki

residu fosfat dan pentosa.
Basa yang dimiliki analog dengan gugus rantai samping dari
asam amino; yakni bervariasi tanpa mengubah struktur ikatan
kovalen fosfodiester.
Urutan ditulis dari ujung 5' ke 3' : 5'-ATGCTAGC-3'
Pada bagian backbone adalah polianionik, dan gugus fosfat
memiliki pKa ~ 0.

Berg Fig. 1.1

05/30/15

28

Konformasi backbone (tulang

belakang) gula-fosfat
Polinukleotida memiliki rotasi tidak
terbatas,
Dengan pengecualian untuk ikatan
cincin pada gula
Kondisi ini berlawanan dengan
backbone pada peptida.
Juga, berlawanan dengan protein,
yakni spesifik, interaksinya dapat
diduga antara basa yakni selalu: A
dengan T, dan G dengan C.
Interaksi ini dapat berupa
interstrand (dalam jalin) atau
intrastrand (antara jalin) DNA.

05/30/15

29

Interaksi ikatan hidrogen menggabungkan

antara 2 basa DNA

Pasangan basa Watson-Crick

05/30/15

30

DNA di dalam sel

ditemukan 3
bntk utama
Bentuk B
Bentuk A
Bentuk Z

Perbedaanya ?

05/30/15

31

Bentuk Heliks Ganda DNA

Bentuk heliks ganda DNA yang memutar
kekanan ada 2 macam:
DNA bentuk B = B-DNA
Panjang satu putaran heliks penuh 3,4 nm, 10 nukleotida,
diameter heliks 2,0 nm, jarak tumpukan basa 0,34 nm
Merupakan struktur Watson-Crick
Bentuk ini biasa dijumpai pada sel hidup

DNA bentuk A = A-DNA

Bentuk ini lebih gemuk disbanding bentuk B terdapat 11
basa pada setiap putaran, jarak antara dua basa 0,24 nm
Terdapat pada larutan sedikit air (dehidrasi), bentuk ini juga
terdapat pada waktu transkripsi, heliks ganda DNA-RNA
05/30/15

32

Bentuk Heliks Ganda DNA (lanjt.)

Struktur ganda DNA yang memutar kekiri
disebut bentuk Z = Z-DNA
Bentuk ini lebih langsing dibandingkan dengan bentuk A
maupun bentuk B-DNA, jarak antara dua basa yang
tertumpuk 0,38 nm dan terdapat 12 basa setiap putaran
Fungsinya belum diketahui
Bentuk ini dijumpai baik pada sel prokariotik maupun
eukariotik

05/30/15

33

seperti halnya protein, asam nukleat juga

mempunyai struktur primer, sekunder dan
tersier
asam nukleat mempunyai arah sense
- Mempunyai individualitas ditentukan dari
urutan basa nitrogennya disebut sebagai
struktur primer
- Informasi genetik ada pada struktur primer
A

P
P
5

P
5

P
5

P
5

ACGTC

3
OH
5

05/30/15

34

Struktur sekunder

Double helix
Watson n Crick menjawab struktur 3D DNA
dgn X-ray diffraction pattern : hsl penelitian
Rosalind Franklin
Mampu menyimpulkan bahwa :

mempunyai struktur double helix

dengan 10 basa setiap putaran
putaran 360,
basa Nitrogen A-T , G C
cekukan mayor and minor
double helix memutar ke kanan
self replication
05/30/15

35

RNA

05/30/15

36

05/30/15

37

4 molekul utama RNA adalah:

1. ribosom RNA (rRNA).
-Merupakan bagian integral dari ribosom yang
merupakan tempat sintesis protein.
-80% dari total RNA selular
2. transfer RNA (tRNA)
-Membawa AA yang sesuai ke ribosom untuk
membentuk rantai peptida selama sintesis protein
-Panjangnya hanya 73-95 nukleotida
-15% dari total RNA selular
3. messenger RNA (mRNA)
-mesesenger yang membawa informasi dari DNA ke
ribosom.
-3% dari total RNA sellular
4. small RNA (sRNA)
-Mempunyai aktivitas katalitik atau berkontribusi pada
aktivitas katalitik protein
05/30/15

38

-Berdasarkan fungsinya, mRNA berperan sebagai

pembawa kode genetik dari DNA untuk membentuk
rangkaian polipeptida
(protein), sehingga RNA
berperan penting sebagai perantara yang mengubah
informasi genetik menjadi protein fungsional.
- Virus yang hanya memiliki materi genetik berupa
RNA, setelah menginfeksi sel, mampu mengubah RNA
menjadi
DNA
dengan
bantuan
enzim
reverse
transkriptase. Selanjutnya DNA virus akan bergabung
dengan DNA sel inang dan mampu membentuk
virus-virus baru.

05/30/15

39

RNA adalah single strand tapi

sering mempunyai struktur
sekunder komplek seperti
hair pin

05/30/15

40

 Ikatan kovalen fosfodiester yang menghungkan nukleotida satu dengan lainnya

05/30/15

41

 Ikatan hidrogen (nonkovalen) yang menghubungkan basa nitrogen dari

nukleotida pasangannya

05/30/15

42

 Denaturasi dan renaturasi adalah lepas dan kembalinya jalin DNA karena
putus dan sambungnya ikatan hidrogen yang menghubungkan pasangan basa
nitrogen dari dua jalin DNA

05/30/15

43

Dalam kondisi normal (kondisi fisiologis) DNA relatif stabil

Kadang menjadi tidak stabil krn proses2 replikasi, transkripsi
05/30/15

44

Disosiasi double helix DNA denaturasi

apabila DNA dipanaskan diatas melting
temperaturnya (Tm) maka double helix akan
terbuka
Tm tergantung pada rasio (G+C)/(A+T)
G/C content dapat dihitung dengan (G+C) / (Total
Basa N) x 100%

05/30/15

45

APLIKASI

05/30/15

46

 Replikasi DNA adalah sintesis DNA baru yang melibatkan enzim polimerase
DNA dan berbagai enzim maupun protein lainnya

05/30/15

47

 Transkripsi adalah sintesis RNA yang berdasarkan urutan nukleotida DNA

template (cetakan) yang melibatkan enzim polimerase RNA

05/30/15

48

 Pemotongan DNA kromosom dengan enzin endonuklease restriksi pada

berbagai tempat

05/30/15

49

 Pemisahan potongan DNA dilakukan dengan teknik elektroforesis gel agarosa.

Dasar dari teknik ini adalah dalam medan listrik DNA yang bermuatan negatif
(karena adanya gugus fosfat) akan bergerak menuju elektroda positif dan
kecepatannya sesuai dengan panjang pendeknya potongan DNA

05/30/15

50

 Hasil potongan DNA dengan enzin endonuklease restriksi tertentu pada suatu
gen marker dapat digunakan sebagai sidik jari DNA untuk menunjukkan
hubungan kekerabatan

05/30/15

51

 Proses transfer gen pada hewan dapat dilakukan pada perkembangan awal
sel telur yang telah dibuahi dengan menggunakan jarum mikroinjeksi.
Selanjutnya, sel telur tersebut dipindahkan ke induk yang siap mengandung
embrionya. Tikus transgenik dapat diuji dengan melihat adanya gen baru yang
disisipkan pada saat perkembangan awal sel telur yang dibuahi.

05/30/15

52

Hasil rekayasa (manipulasi) genetik dapat menciptakan hewan transgenik yang

unggul, atau kloning hewan yang identik dengan induknya.
Mencit transgenik yang mengandung gen pembawa
hormon pertumbuhan tikus.

Dolly adalah domba hasil kloning

yang identik dengan induknya

05/30/15

53