* ASAM NUKLEAT

* Komponen asam nukleat

Ada dua macam asam nukleat, yaitu asam
deoksiribonukleat atau deoxyribonucleic acid (DNA) dan
asam ribonukleat atau ribonucleic acid (RNA).
Pada RNA gula pentosanya adalah ribosa, sedangkan pada
DNA gula pentosanya mengalami kehilangan satu atom O
pada posisi C nomor 2’ sehingga dinamakan gula 2’-
deoksiribosa
* Perbedaan struktur lainnya antara DNA dan
RNA adalah pada basa N-nya. Basa N, baik
pada DNA maupun pada RNA, mempunyai
struktur berupa cincin aromatic heterosiklik
(mengandung C dan N) dan dapat
dikelompokkan menjadi dua golongan, yaitu
purin dan pirimidin.
* sedangkan basa pirimidin hanya mempunyai
satu cincin (monosiklik). Pada DNA, dan
juga RNA, purin terdiri atas adenin A) dan
guanin (G).
* Akan tetapi, untuk pirimidin ada perbedaan
antara DNA dan RNA. Kalau pada DNA basa
pirimidin terdiri atas sitosin (C) dan timin
(T), pada RNA tidak ada timin dan sebagai
gantinya terdapat urasil (U).
* Timinberbeda dengan urasil hanya karena
adanya gugus metil pada posisi nomor 5
sehingga timin dapat juga dikatakan sebagai
5-metilurasil.
Nukleotide dan nukloesida penyusunn asam nukleat
Nukleotida merupakan  nukleosida yang gugus gula pada posisi 5’-nya 
mengikat asam fosfat (gugus fosfat) dengan ikatan ester. Nukleosida
terdiri atas pentosa ( deoksiribosa atau ribosa) yang mengikat suatu basa
(derivat purin atau pirimidin) melalui ikatan glikosida.
*Jikagula pentosanya adalah ribosa seperti halnya pada
RNA, maka nukleosidanya dapat berupa adenosin,
guanosin, sitidin, dan uridin.
*Begitu pula, nukleotidanya akan ada empat macam, yaitu
adenosin monofosfat, guanosin monofosfat, sitidin
monofosfat, dan uridin monofosfat.
* Sementara itu, jika gula pentosanya adalah deoksiribosa
seperti halnya pada DNA, maka (2’-
deoksiribo)nukleosidanya terdiri atas deoksiadenosin,
deoksiguanosin, deoksisitidin, dan deoksitimidin.
* ikatan glikosidik yang menghubungkan
gula pentosa dengan basa N, pada asam
nukleat terdapat pula ikatan kovalen
melalui gugus fosfat yang
menghubungkan antara gugus hidroksil
(OH) pada posisi 5’ gula pentosa dan
gugus hidroksil pada posisi 3’ gula
pentosa nukleotida berikutnya.
* Ikatanini dinamakan ikatan fosfodiester
karena secara kimia gugus fosfat berada
dalam bentuk diester
* ikatan fosfodiester menghubungkan gula
pada suatu nukleotida dengan gula pada
nukleotida berikutnya, maka ikatan ini
sekaligus menghubungkan kedua
nukleotida yang berurutan tersebut.
* akan terbentuk suatu rantai
polinukleotida yang masing-masing
nukleotidanya satu sama lain
dihubungkan oleh ikatan fosfodiester.
* Sekuens asam nukleat
sekuens yang meringkas sebagian besar struktur tingkat atom atas molekul
yang di-sekuensing. Sebagai contoh, sekuensing DNA akan menghasilkan
sekuens DNA yang digambarkan sebagai untaian abjad lambang
nukleotida-nukleotida penyusun DNA, yaitu "A" (nukleotida berbasa adenin),
"T" (nukleotida berbasa timin), "G" (nukleotida berbasa guanin), dan "C"
(nukleotida berbasa sitosin).
dalam penulisan sekuens asam nukleat ada kebiasaan untuk menempatkan
ujung 5’ di sebelah kiri atau ujung 3’ di sebelah kanan. Sebagai contoh, suatu
sekuens DNA dapat dituliskan 5’-ATGACCTGAAAC-3’ atau suatu sekuens RNA
dituliskan 5’-GGUCUGAAUG-3’.
Dua asam nukleat yang memiliki sekuens sama tidak berarti keduanya sama
jika pembacaan sekuens tersebut dilakukan dari arah yang berlawanan (yang
satu 5’→ 3’, sedangkan yang lain 3’→ 5’).
Struktur tangga berpilin (double helix) DNA dan Modifikasi struktur molekul
RNA
Dua orang ilmuwan, J.D.Watson dan F.H.C.Crick, mengajukan model struktur
molekul DNA yang hingga kini sangat diyakini kebenarannya dan dijadikan
dasar dalam berbagai teknik yang berkaitan dengan manipulasi DNA. ( tangga
berplilin (double helix).
Model tangga berpilin menggambarkan struktur molekul DNA sebagai dua
rantai polinukleotida yang saling memilin membentuk spiral dengan arah
pilinan ke kanan.
Fosfat dan gula pada masing-masing rantai menghadap ke arah luar sumbu
pilinan, sedangkan basa N menghadap ke arah dalam sumbu pilinan dengan
susunan yang sangat khas sebagai pasangan - pasangan basa antara kedua
rantai.
Dalam hal ini, basa A pada satu rantai akan berpasangan dengan basa T pada
rantai lainnya, sedangkan basa G berpasangan dengan basa C. Pasangan-
pasangan basa ini dihubungkan oleh ikatan hidrogen yang lemah
(nonkovalen). Basa A dan T dihubungkan oleh ikatan hydrogen rangkap dua,
sedangkan basa G dan C dihubungkan oleh ikatan hidro( terikat satu sama
lain dan saling komplementer.)
* Berbeda, molekul RNA pada umumnya
berupa untai tunggal sehingga tidak
memiliki struktur tangga berpilin.
* terjadi akibat terbentuknya ikatan
hidrogen di dalam untai tunggal itu
sendiri (intramolekuler).
* Dengan adanya modifikasi struktur
molekul RNA, kita mengenal tiga
macam RNA, yaitu RNA duta atau
messenger RNA (mRNA)(pembawa
pesan/kode2 gentika) , RNA pemindah
atau transfer RNA (tRNA)(, dan RNA
ribosomal (rRNA)( pembawa asam
amino sesuai dngn kode gentika.
* Struktur mRNA dikatakan sebagai
struktur primer, sedangkan struktur
tRNA dan rRNA dikatakan sebagai
struktur sekunder. Perbedaan di antara
ketiga struktur molekul RNA tersebut
berkaitan dengan perbedaan fungsinya
masing-masing.
* Sifat-sifat Fisika-Kimia Asam Nukleat
Beberapa sifat fisika-kimia asam nukleat :
a. Stabilitas asam nukleat
stabilitas struktur asam nukleat terletak pada interaksi penempatan(stacking
interactions) antara pasangan- pasangan basa. Permukaan basa yang
bersifathidrofobik menyebabkan molekul- molekul air dikeluarkan dari sela-
sela perpasangan basa sehingga perpasangan tersebut menjadi sangan kuat.
b. Pengaruh asam
Di dalam asam pekat dan suhu tinggi, misalnya HClO4 dengan suhu lebih dari
100ºC, asam nukleat akan mengalami hidrolisis sempurna menjadi komponen 21
komponennya. Namun, di dalam asam mineral yang lebih encer, hanya ikatan
glikosidik antara gula dan basa purin saja yang putus sehingga asam nukleat
dikatakan bersifat apurinik.
c. Pengaruh alkali
Pengaruh alkali terhadap asam nukleat mengakibatkan terjadinya perubahan status
tautomerik basa. Sebagai contoh, peningkatan pH akan menyebabkan perubahan
struktur guanin dari bentuk keto menjadi bentuk enolat karena molekul tersebut
kehilangan sebuah proton. Selanjutnya, perubahan ini akan menyebabkan
terputusnya sejumlah ikatan hidrogen sehingga pada akhirnya rantai ganda DNA
mengalami denaturasi.
d. Denaturasi kimia
Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam
nukleat pada pH netral. Contoh yang paling dikenal adalah urea
(CO(NH2)2) dan formamid (COHNH2). Pada konsentrasi yang relatif tinggi,
senyawa-senyawa tersebut dapat merusak ikatan hidrogen. Artinya,
stabilitas struktur sekunder asam nukleat menjadi berkurang dan rantai
ganda mengalami denaturasi.
e.Viksokositas
DNA yang mengalami kekakuan
f. Kerapatan apung
Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan kerapatan
apung (bouyant density)-nya. Di dalam larutan yang mengandung garam
pekat dengan berat 22 molekul tinggi, misalnya sesium klorid (CsCl) 8M,
DNA mempunyai kerapatan yang sama dengan larutan tersebut, yakni
sekitar 1,7 g/cm3. Jika larutan ini disentrifugasi dengan kecepatan yang
sangat tinggi, maka garam CsCl yang pekat akan bermigrasi ke dasar
tabung dengan membentuk gradien kerapatan.
* sentrifugasiseimbang dalam tingkat kerapatan (equilibrium
density gradient centrifugation) atau sentrifugasi isopiknik.
* Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan
berada di dasar tabung dan protein akan mengapung, maka DNA
dapat dimurnikan baik dari RNA maupun dari protein. Selain itu,
teknik tersebut juga berguna untuk keperluan analisis DNA
karena kerapatan apung DNA (ρ) merupakan fungsi linier bagi
kandungan GC-nya. Dalam hal ini, ρ = 1,66 + 0,098% (G + C).