PEMBAHASAN
Asam nukleat adalah suatu polimer nukleotida yang berperan dalam penyimpanan serta
pemindahan informasi genetik (polinukleotida). Asam nukleat terdiri dari Asam
deoksiribonukleat (DNA) dan Asam ribonukleat (RNA).
a. Komponen Penyusun Asam Nukleat
1. Basa Nitrogen Heterosiklik
Basa nitrogen heterosiklik yang merupakan penyusun asam nukleat adalah turunan Purina dan
pirimidina.
Purina dan turunannya
Purina atau purin adalah senyawa heterosiklik majemuk yang mempunyai lingkar pirimidina dan
imidazol yang berimit. Turunan purina yang merupakan penyusun asam nukleat adalah adenine
atau 6-aminopurina dan guanine atau 2-amino-6-oksipurina.
3. Fosfat Penyusun
Fosfat penyusun asam nukleat adalah asam fosfat atau asam ortofosfat. Fosfat ini berupa kristal
berbentuk orto-rombik, tak stabil dan melebur pada suhu 42,350C. Fosfat ini tergolong asam
lemah atau sedang dan bervalensi tiga jenis garam natrium. Garam natrium tersebut dapat
terbentuk pada suhu kamar yaitu, Natrium fosfat Na3PO4, Natrium hidrogen fosfat Na2HPO4, dan
Natrium dihidrogen fosfat NaH2PO4.
b. Nukleotida dan Nukleosida
Suatu basa yang terikat pada satu gugus gula disebut nukleosida, sedangkan nukleotida
adalah satu nukleosida yang berikatan dengan gugus fosfat. Di dalam molekul DNA atau RNA,
nukleotida berikatan dengan nukleotida yang lain melalui ikatan fosfodiester.
Basa purin dan pirimidin tidak berikatan secara kovalen satu sama lain. Oleh karena itu,
suatu polinukleotida tersusun atas kerangka gula-fosfat yang berselang seling dan mempunyai
ujung 5-P dan 3-OH. Monomer nukleotida dapat berikatan satu sama lain melalui ikatan
fosfodiester antara -OH di atom C nomor 3nya dengan gugus fosfat dari nukleotida berikutnya.
Kedua ujung poli- atau oligonukleotida yang dihasilkan menyisakan gugus fosfat di atom karbon
nomor 5' nukleotida pertama dan gugus hidroksil di atom karbon nomor 3' nukleotida terakhir.
c. DNA
DNA (deoxyribonucleic acid) atau asam deoksiribosa nukleat (ADN) merupakan tempat
penyimpanan informasi genetik. Pada tahun 1953, Frances Crick dan James Watson menemukan
model molekul DNA sebagai suatu struktur heliks beruntai ganda, atau yang lebih dikenal
dengan heliks ganda Watson-Crick. DNA merupakan makromolekul polinukleotida yang
tersusun atas polimer nukleotida yang berulang-ulang, tersusun rangkap, membentuk DNA haliks
ganda dan berpilin ke kanan.
Setiap nukleotida terdiri dari tiga gugus molekul, yaitu:
Gula 5 karbon (2-deoksiribosa)
Basa nitrogen yang terdiri golongan purin yaitu adenin (Adenin = A) dan guanin (guanini = G),
Model tangga berpilin menggambarkan struktur molekul DNA sebagai dua rantai
polinukleotida yang saling memilin membentuk spiral dengan arah pilinan ke kanan. Fosfat dan
gula pada masing-masing rantai menghadap ke arah luar sumbu pilinan, sedangkan basa N
menghadap ke arah dalam sumbu pilinan dengan susunan yang sangat khas sebagai pasangan
pasangan basa antara kedua rantai.
Dalam hal ini, basa A pada satu rantai akan berpasangan dengan basa T pada rantai lainnya,
sedangkan basa G berpasangan dengan basa C. Pasangan-pasangan basa ini dihubungkan
oleh ikatan hidrogen yang lemah (nonkovalen). Basa A dan T dihubungkan oleh ikatan hidrogen
rangkap dua, sedangkan basa G dan C dihubungkan oleh ikatan hidrogen rangkap tiga. Adanya
ikatan hidrogen tersebut menjadikan kedua rantai polinukleotida terikat satu sama lain dan saling
komplementer. Artinya, begitu sekuens basa pada salah satu rantai diketahui, maka sekuens pada
rantai yang lainnya dapat ditentukan.
Oleh karena basa bisiklik selalu berpasangan dengan basa monosiklik, maka jarak antara
kedua rantai polinukleotida di sepanjang molekul DNA akan selalu tetap. Dengan perkataan lain,
kedua rantai tersebut sejajar. Akan tetapi, jika rantai yang satu dibaca dari arah 5 ke 3, maka
rantai pasangannya dibaca dari arah 3 ke 5. Jadi, kedua rantai tersebut sejajar tetapi berlawanan
arah (antiparalel).
Replikasi DNA
Replikasi adalah peristiwa sintesis DNA. Saat suatu sel membelah secara mitosis, tiap-tiap
sel hasil pembelahan mengandung DNA penuh dan identik seperti induknya. Dengan demikian,
DNA harus secara tepat direplikasi sebelum pembelahan dimulai. Replikasi DNA dapat terjadi
dengan adanya sintesis rantai nukleotida baru dari rantai nukleotida lama. Proses komplementasi
pasangan basa menghasilkan suatu molekul DNA baru yang sama dengan molekul DNA lama
sebagai cetakan.
Kemungkinan terjadinya replikasi dapat melalui tiga model, yaitu :
1. Model pertama adalah model konservatif, yaitu dua rantai DNA lama tetap tidak berubah,
berfungsi sebagai cetakan untuk dua dua rantai DNA baru.
2. Model kedua disebut model semikonservatif, yaitu dua rantai DNA lama terpisah dan rantai baru
disintesis dengan prinsip komplementasi pada masing-masing rantai DNA lama tersebut.
3. Model ketiga adalah model dispersif, yaitu beberapa bagian dari kedua rantai DNA lama
digunakan sebgai cetakan untuk sintesis rantai DNA baru.
Gambaran replikasi yang terjadi terhadap DNA :
Dari ketiga model replikasi tersebut, model semikonservatif merupakan model yang tepat
untuk proses replikasi DNA. Replikasi DNA semikonservatif ini berlaku bagi organisme
prokariot maupun eukariot. Perbedaan replikasi antara organisme prokariot dengan eukariot
adalah dalam hal jenis dan jumlah enzim yang terlibat, serta kecepatan dan kompleksitas replkasi
DNA. Pada organisme eukariot, peristiwa replikasi terjadi sebelum pembelahan mitosis, tepatnya
pada fase sintesis dalam siklus pembelahan sel.
d. RNA
RNA ( ribonucleic acid ) atau asam ribonukleat merupakan makromolekul yang berfungsi
sebagai penyimpan dan penyalur informasi genetik. RNA sebagai penyimpan informasi genetik
misalnya pada materi genetik virus, terutama golongan retrovirus. RNA sebagai penyalur
informasi genetik misalnya pada proses translasi untuk sintesis protein. RNA juga dapat
berfungsi sebagai enzim ( ribozim ) yang dapat mengkalis formasi RNA-nya sendiri atau
molekul RNA lain. RNA merupakan rantai tunggal polinukleotida.
Setiap ribonukleotida terdiri dari tiga gugus molekul, yaitu :
5 karbon
Basa nitrogen yang terdiri dari golongan purin (yang sama dengan DNA) dan golongan pirimidin
yang berbeda yaitu sitosin (C) dan Urasil (U)
Gugus fosfat
Purin dan pirimidin yang berkaitan dengan ribosa membentuk suatu molekul yang
dinamakan nukleosida atau ribonukleosida, yang merupakan prekursor dasar untuk sintesis
DNA. Ribonukleosida yang berkaitan dengan gugus fosfat membentuk suatu nukleotida atau
ribonukleotida. RNA merupakan hasil transkripsi dari suatu fragmen DNA, sehingga RNA
merupakan polimer yang jauh lebih pendek dibandingkan DNA.
Tipe RNA
RNAd merupakan RNA yang urutan basanya komplementer dengan salah satu urutan
basa rantai DNA. RNAd membawa pesan atau kode genetik (kodon) dari kromosom (di dalam
inti sel) ke ribosom (di sitoplasma). Kode genetik RNAd tersebut kemudian menjadi cetakan
utnuk menetukan spesifitas urutan asam amino pada rantai polipeptida. RNAd berupa rantai
tunggal yang relatif panjang.
RNAr
RNAr merupakan komponen struktural yang utama di dalam ribosom. Setiap subunit
ribosom terdiri dari 30 46% molekul RNAr dan 70 80% protein.
RNAt
RNAt merupakan RNA yang membawa asam amino satu per satu ke ribosom. Pada salah
satu ujung RNAt terdapat tiga rangkaian basa pendek ( disebut antikodon ). Suatu asam amino
akan melekat pada ujung RNAt yang berseberangan dengan ujung antikodon. Pelekatan ini
merupakan cara berfungsinya RNAt, yaitu membawa asam amino spesifik yang nantinya
berguna dalam sintesis protein yaitu pengurutan asam amino sesuai urutan kodonnya pada
RNAd.
Denaturasi kimia
Sejumlah bahan kimia diketahui dapat menyebabkan denaturasi asam nukleat pada pH
netral. Contoh yang paling dikenal adalah urea (CO(NH 2)2) dan formamid (COHNH2). Pada
konsentrasi yang relatif tinggi, senyawa-senyawa tersebut dapat merusak ikatan hidrogen.
Artinya, stabilitas struktur sekunder asam nukleat menjadi berkurang dan rantai ganda
mengalami denaturasi.
Viskositas
DNA kromosom dikatakan mempunyai nisbah aksial yang sangat tinggi karena
diameternya hanya sekitar 2 nm, tetapi panjangnya dapat mencapai beberapa sentimeter. Dengan
demikian, DNA tersebut berbentuk tipis memanjang. Selain itu, DNA merupakan molekul yang
relatif kaku sehingga larutan DNA akan mempunyai viskositas yang tinggi. Karena sifatnya
itulah molekul DNA menjadi sangat rentan terhadap fragmentasi fisik. Hal ini menimbulkan
masalah tersendiri ketika kita hendak melakukan isolasi DNA yang utuh.
Kerapatan apung
Analisis dan pemurnian DNA dapat dilakukan sesuai dengan kerapatan apung (bouyant
density)-nya. Di dalam larutan yang mengandung garam pekat dengan berat molekul tinggi,
misalnya sesium klorid (CsCl) 8M, DNA mempunyai kerapatan yang sama dengan larutan
tersebut, yakni sekitar 1,7 g/cm3. Jika larutan ini disentrifugasi dengan kecepatan yang sangat
tinggi, maka garam CsCl yang pekat akan bermigrasi ke dasar tabung dengan
membentuk gradien kerapatan. Begitu juga, sampel DNA akan bermigrasi menuju posisi gradien
yang sesuai dengan kerapatannya. Teknik ini dikenal sebagai sentrifugasi seimbang dalam
tingkat kerapatan (equilibrium density gradient centrifugation) atau sentrifugasi isopiknik.
Oleh karena dengan teknik sentrifugasi tersebut pelet RNA akan berada di dasar tabung
dan protein akan mengapung, maka DNA dapat dimurnikan baik dari RNA maupun dari protein.
Selain itu, teknik tersebut juga berguna untuk keperluan analisis DNA karena kerapatan apung
DNA () merupakan fungsi linier bagi kandungan GC-nya. Dalam hal ini, = 1,66 + 0,098%
(G + C).
DAFTAR PUSTAKA
http://books.google.co.id/books?
id=7Lauz8HpOVAC&pg=PA307&dq=asam+nukleat&hl=en&sa=X&ei=SnCPUarOCMbNrQfa0
ICoBQ&sqi=2&redir_esc=y#v=onepage&q=asam%20nukleat&f=false
http://biopsi2007.blogspot.com/2010/10/dna-dan-rna.html
http://biomol.wordpress.com/bahan-ajar/asam-nukleat/
http://books.google.co.id/books?
id=zosAg6HQAF4C&pg=PA29&dq=asam+nukleat&hl=en&sa=X&ei=wnKPUd7_JsunrgexyIG
YCA&redir_esc=y#v=onepage&q=asam%20nukleat&f=false
Diposkan oleh Rina Lutfia Alfisyahrin di 6/15/2013 12.26.00 PM
Kirimkan Ini lewat EmailBlogThis!Berbagi ke TwitterBerbagi ke FacebookBagikan ke Pinterest
Reaksi:
1 komentar:
1.
Balas
About Me
Blog Archive
2015 (1)
2013 (6)
o Juni (3)
o April (3)
2012 (12)
2011 (23)
METABOLISME ASAM NUKLEAT
Metabolisme adalah semua reaksi kimia yang terjadi di dalam organisme, termasuk
yang terjadi di tingkat selular. Secara umum, metabolisme memiliki dua arah lintasan
reaksi kimia organik. Sedangkan untuk katabolisme itu sendiri yaitu reaksi yang
mengurai molekul senyawa organik untuk mendapatkan energi. Dan anabolisme
merupakan reaksi yang merangkai senyawa organik dari molekul-molekul tertentu,
untuk diserap oleh sel tubuh.
Berawal tahun 1868 Friedrich Miescher (1844-1895) adalah orang yang mengawali
pengetahuan mengenai kimia dan inti sel. Pada tahun 1868, di laboratorium Hoppe-
Syler di Tubingen, beliau memilih sel yang terdapat pada nanah bekas pembalut luka,
kemudian sel-sel tersebut dilarutkan dalam asam encer dan dengan cara ini diperoleh
inti sel yang masih terikat pada sejumlah protein. Dengan menambahkan enzim
pemecah protein ia dapat memperoleh inti sel saja dan dengan cara ekstraksi terhadap
inti sel diperoleh suatu zat yang larut dalam basa tetapi tidak larut dalam asam.
kemudian zat ini dinamakan nuclein sekarang dikenal dengan nama nucleoprotein.
Selanjutnya dibuktikan bahwa asam nukleat merupakan salah satu senyawa
pembentuk sel dan jaringan normal.
Ada dua jenis asam nukleat yaitu DNA ( deoxyribonucleic acid ) atau
asamdeoksiribonukleat dan RNA (ribonucleic acid) atau asam ribonukleat. DNA oleh
seorang dokter muda Friedrich Miescher yang mempercayai bahwa rahasiakehidupan
dapat diungkapkan melalui penelitian kimia pada sel-sel.Sel yang dipilih oleh Friedrich
adalah sel yang terdapat pada nanah untuk dipelajari nyadan ia mendapatkan sel-sel
tersebut dari bekas pembalut luka yang diperolehnya dari dari ruang bedah.
Asam nukleat terdapat dalam semua sel dan memiliki peranan yang sangat penting
dalam biosintesis protein. Baik DNA maupun RNA berupa anion dan pada umumnya
terikatpada protein yang mempunyai sifat basa, misalnya DNA dalam inti sel terikat
padahiston. Senyawa gabungan antara asam nukleat dengan protein ini disebut
nukleoprotein. Molekul asam nukleat merupakan suatu polimer seperti protein, tetapi
yang menjadi monomer bukan asam amino, melainkan nukleotida.
Asam Nukleat
Asam nukleat adalah biopolymer yang berbobot molekul tinggi dengan unit
monomernya mononukleotida. Asam nukleat terdapat pada semua sel hidup dan
bertugas untuk menyimpan dan mentransfer genetik, kemudian menerjemahkan
informasi ini secara tepat untuk mensintesis protein yang khas bagi masing-masing sel.
Asam nukleat, jika unit-unit pembangunnya deoksiribonukleotida , disebut asam
deoksiribonukleotida (DNA) dan jika terdiri- dari unit-unit ribonukleaotida disebut asam
ribonukleaotida (RNA).
Asam Nukleat juga merupakan senyawa majemuk yang dibuat dari banyak
nukleotida. Bila nukleotida mengandung ribose, maka asam nukleat yang terjadi adalah
RNA (Ribnucleic acid = asam ribonukleat) yang berguna dalam sintesis protein. Bila
nukleotida mengandung deoksiribosa, maka asam nukleat yang terjadi adalah DNA
(Deoxyribonucleic acid = asam deoksiribonukleat) yang merupakan bahan utama
pementukan inti sel. Dalam asam nukleat terdapat 4 basa nitrogen yang berbeda yaitu
2 purin dan 2 primidin. Baik dalm RNA maupun DNA purin selalu adenine dan guanine.
Dalam RNA primidin selalu sitosin dan urasil, dalam DNA primidin selalu sitosin dan
timin.
Asam-asam nukleat terdapat pada jaringan tubuh sebagai nukleoprotein, yaitu
gabungan antara asam nukleat dengan protein. Untuk memperoleh asam nukleat dari
jaringan-jaringan tersebut, dapat dilakukan ekstraksi terhadap nukleoprotein terlebih
dahulu menggunakan larutan garam IM. Setelah nukleoprotein terlarut, dapat diuraikan
atau dipecah menjadi protein-protein dan asam nukleat dengan menambah asam-asam
lemah atau alkali secara hati-hati, atau dengan menambah NaCl hingga jenuh akan
mengendapkan protein.
Cara lain untuk memisahkan asam nukleat dari protein ialah menggunakan enzim
pemecah protein, misal tripsin. Ekstraksi terhadap jaringan-jaringan dengan asam
triklorasetat, dapat pula memisahkan asam nukleat. Denaturasi protein dalam
campuran dengan asam nukleat itu dapat pula menyebabkan terjadinya denaturasi
asam nukleat itu sendiri. Oleh karena asam nukleat itumengandung pentosa, maka bila
dipanasi dengan asam sulfat akan terbentuk furfural. Furfural ini akan memberikan
warna merah dengan anilina asetat atau warna kuning dengan p-bromfenilhidrazina.
Apabila dipanasi dengan difenilamina dalam suasana asam, DNA akan memberikan
warna biru. Pada dasarnya reaksi-reaksi warna untuk ribosa dan deoksiribosa dapat
digunakan untuk keperluan identifikasi asam nukleat.
Pentosa yang berasal dari DNA ialah deoksiribosa dan yang berasal dari RNA ialah
ribose. Adapun basa purin dan basa pirimidin yang berasal dari DNA ialah
adenin,sitosin dan timin. Dari RNA akan diperoleh adenin, guanin, sitosin dan urasil.
Nukleosida terbentuk dari basa purin atau pirimidin dengan ribose atau deoksiribosa.
Basa purin atau pirimidin terikat padapentosa oleh ikatan glikosidik,yaitu pada atom
karbon nomor 1. Guanosin adalah suatu nukleosida yang terbentuk dari guanin dengan
ribosa. Pada pengikatan glikosidik ini sebuah molekul air yang dihasilkan terjadi dari
atom hidrogen pada atom N-9 dari basa purin dengan gugus OH pada atom C-1 dari
pentosa. Untuk basa pirimidin,gugus OH pada atom C-1 berikatandengan atom H pada
atom N-1
Fungsi Asam Nukleat
DNA mengandung gen, informasi yang mengatur sintesis protein dan RNA. DNA
mengandung bagian-bagian yang menentukan pengaturan ekspresi gen (promoter,
operator, dll.). Ribosomal RNA (rRNA) merupakan komponen dari ribosom, mesin
biologis pembuat protein Messenger RNAs (mRNA) merupakan bahan pembawa
informasi genetik dari gen ke ribosom. Transfer RNAs (tRNAs) merupakan bahan yang
menterjemahkan informasi dalam mRNA menjadi urutan asam amino RNAs memiliki
fungsi-fungsi yang lain, di antaranya fungsi-fungsi katalis Asam nukleat merupakan
molekul raksasa yang memiliki fungsi khusus yaitu, menyimpan informasi genetik dan
menerunkannya kepada keturunanya. Susunan asam nukleat yang menentukan
apakah mahluk itu menjadi hewan , tumbuhan, maupun manusia. Begitu pula susunan
dalam sel, apakah sel itu menjadi sel otot maupun sel darah.
Beberapa fungsi penting asam nukleat adalah menyimpan, menstransmisi, dan
mentranslasi informasi genetik; dan reaksi-reaksi informasi energi; koenzim pembawa
energi; zat gula, senyawa amino dan biomolekul lainnya; koenzim reaksi oksidasi
reduksi.
Sintesis RNA dan DNA
Sintesis RNA
Sintesis RNA biasanya dikatalisis oleh enzim DNA-RNA polymerase menggunakan
sebagai template, sebuah proses yang dikenal sebagai transkripsi. Inisiasi transkripsi
dimulai dengan pengikatan enzim ke urutan promotor dalam DNA (biasanya ditemukan
"upstream" dari gen).
DNA helix ganda dibatalkan oleh aktivitas helikase enzim. Enzim kemudian berlanjut
sepanjang untai template dalam arah 3 'to 5', mensintesiskan molekul RNA
komplementer dengan elongasi terjadi di 5 'ke 3' arah. Urutan DNA juga menentukan
dimana berakhirnya sintesis RNA akan terjadi. RNA sering dimodifikasi oleh enzim
setelah transkripsi. Misalnya, poli dan topi 5 'ditambahkan ke mRNA eukariotik intron
pra-dan dikeluarkan oleh spliceosome.
Ada juga sejumlah polimerase RNA RNA-tergantung yang menggunakan RNA
sebagai template mereka untuk sintesis untai baru RNA. Sebagai contoh, sejumlah
virus RNA (seperti virus polio) menggunakan jenis enzim untuk mereplikasi materi
genetic mereka. Juga, RNA-dependent RNA polimerase merupakan bagian dari jalur
interferensi RNA di banyak organisme.
Transkripsi merupakan sintesis RNA dari salah satu rantai DNA, yaitu rantai cetakan
atau sense, sedangkan rantai komplemennya disebut rantai antisense. Rentangan DNA
yang ditranskripsi menjadi molekul RNA disebut unit transkripsi. Informasi dari DNA
untuk sintesis protein dibawa oleh mRNA. RNA dihasilkan dari aktifitas enzim RNA
polimerase. Enzim polimerasi membuka pilinan kedua rantai DNA hingga terpisah dan
merangkaikan nukleotida RNA. Enzim RNA polymerase merangkai nukleotida-
nukleotida RNA dari arah 5 ke 3, saat terjadi perpasangan basa di sepanjang
cetakan DNA. Urutan nukleotida spesifik di sepanjang cetakan DNA. Urutan nukleotida
spesifik di sepanjang DNA menandai dimana transkripsi suatu gen dimulai dan diakhiri.
Transkripsi terdiri dari 3 tahap yaitu: inisiasi (permulaan), elongasi (pemanjangan),
terminasi (pengakhiran) rantai mRNA.
1. Inisiasi
Daerah DNA di mana RNA polimerase melekat dan mengawali transkripsi disebut
sebagai promoter. Suatu promoter menentukan di mana transkripsi dimulai, juga
menentukan yang mana dari kedua untai heliks DNA yang digunakan sebagai cetakan.
2. Elongasi
Saat RNA bergerak di sepanjang DNA, RNA membuka pilinan heliks ganda DNA,
sehingga terbentuklah molekul RNA yang akan lepas dari cetakan DNAnya.
3. Terminasi
Transkripsi berlangsung sampai RNA polimerase mentranskripsi urutan DNA yang
disebut terminator. Terminator yang ditranskripsi merupakan suatu urutan RNA yang
berfungsi sebagai sinyal terminasi yang sesungguhnya. Pada sel prokariotik, transkripsi
biasanya berhenti tepat pada akhir sinyal terminasi; yaitu, polimerase mencapai titik
terminasi sambil melepas RNA dan DNA. Sebaliknya, pada sel eukariotik polimerase
terus melewati sinyal terminasi, suatu urutan AAUAAA di dalam mRNA. Pada titik yang
lebih jauh kira-kira 10 hingga 35 nukleotida, mRNA ini dipotong hingga terlepas dari
enzim tersebut.
Sintesis DNA
Sintesis DNA disini dimaksud adalah replikasi DNA yaitu proses perbanyakan
bahan genetic. Pengkopian rangkaian molekul bahan genetik( DNA atau RNA)
sehingga dihasilkan molekul anakan yang sangat identik.
Model replikasi DNA secara semikonservatif menunjukkan bahwa DNA anakan
terdiri atas pasangan untaian DNA induk dan untaian DNA hasil sintesis baru.
Model ini memberikan gambaran bahwa untaian DNA induk berperanan sebagai
cetakan (template) bagi pembentukan untaian DNA baru. Model ini memberikan
gambaran bahwa untaian DNA induk berperanan sebagai cetakan (template) bagi
pembentukan untaian DNA baru.
Komponen utama Replikasi, adalah sebagai berikut :
1. DNA cetakan, yaitu molekul DNA atau RNA yang akan direplikasi.
2. Molekul deoksiribonukleotida, yaitu dATP, dTTP, dCTP, dan dGTp.
Deoksiribonukleotida terdiri atas tiga komponen yaitu: (i) basa purin atau pirimidin,(ii)
gula 5-karbon( deoksiribosa) dan (iii) gugus fosfat.
3. Enzim DNA polimerase, yaitu enzim utama yang mengkatalisi proses polimerisasi
nukleotida menjadi untaian DNA.
4. Enzim primase, yaitu enzim yang mengkatalisis sintesis primer untuk memulai replikasi
DNA.
5. Enzim pembuka ikatan untaian DNA induk, yaitu enzim helikase dan enzim lain yang
membantu proses tersebut yaitu enzim girase.
6. Molekul protein yang menstabilkan untaian DNA yang sudah terbuka,yaitu protein
7. SSB (single strand binding protein).
8. Enzim DNA ligase, yaitu suatu enzim yang berfungsi untuk menyambung
fragmenfragmen DNA.
Sintesis untaian DNA baru yang searah dengan pembukaan garpu replikasi
dapat berlangsung tanpa terputus (sintesis secara kontinu). Untaian DNA yang
disintesis secara kontinu semacam ini disebut sebagai untaian DNA awal (leading
strand). Sintesis untaian DNA baru yang searah dengan pembukaan garpu replikasi
dapat berlangsung tanpa terputus (sintesis secara kontinu). Untaian DNA yang
disintesis secara kontinu semacam ini disebut sebagai untaian DNA awal (leading
strand).
Pada untaian DNA awal, polimerisasi DNA berlangsung secara kontinu sehingga
molekul DNA baru yang disintesis merupakan satu unit. Pada untaian DNA awal,
polimerisasi DNA berlangsung secara kontinu sehingga molekul DNA baru yang
disintesis merupakan satu unit. Fragmen-fragmen DNA pendek yang disintesis tersebut
disebut fragmen Okazaki, karena fenomena sintesis DNA secara diskontinu tersebut
pertama kali iungkapkan oleh Reiji Okazaki pada tahun 1968.
Translasi
Translasi adalah proses penerjemah urutan nucleotida yang ada pada molekul
mRNA menjadi rangkaian asam-asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau
protein. Hanya molekul mRNA yang ditranslasi, sedangkan rRNA dan tRNA tidak
ditranslasi. Molekul mRNA merupakan transkrip (salinan) urutan DNA yang menyusun
suatu gen dalam bentuk ORF (open reading frame, kerangka baca terbuka).
Molekul rRNA adalah salah satu molekul penyusun ribosom, yakni organel
tempat berlangsungnya sintesis protein, tRNA adalah pembawa asam-asam amino
yang akan disambungkan menjadi rantai polipeptida.
Dalam proses translasi, rangkaian nukleotida pada mRNA akan dibaca tiap tiga
nukleotida sebagai satu kodon untuk satu asam amino, dan pembacaan dimulai dari
urutan kodon metionin (ATG pada DNA atau AUG pada RNA).
Proses Translasi
Dalam proses translasi, setiap kodon berpasangan dengan antikodon yang sesuai yang
terdapat pada molekul tRNA. Sebagai contoh, kodon metionin (AUG) mempunyai
komplemennya dalam bentuk antikodon UAC yang terdapat pada tRNAMet. Pada
waktu tRNA yang membawa asam amino diikat ke dalam sisi A pada ribosom, maka
bagian antikodonnya berpasangan dengan kodon yang sesuai yang ada pada sisi A
tersebut. Oleh karena itu, suatu kodon akan menentukan asam amino yang
disambungkan ke dalam polipeptida yang sedang disintesis di dalam ribosom.
Sebelum inisiasi translasi di lakukan, diperlukan molekul tRNA (aminoasil
tRNA) yang berfungsi membawa asam amino spesifik.
Inisiasi translasi (eukariyot)
Kodon inisiasi adalah metionin
Molekul tRNA inisiator disebut sebagai tRNA
Ribosom bersama-sama dengan tRNA dapat menemukan kodon awal dengan cara
berikatan dengan ujung 5' (tudung), kemudian melakukan pelarikan (scanning) transkrip
ke arah hilir (dengan arah 5' 3') sampai menemukankodon awal (AUG).
Menurut model scanning tersebut, ribosom memulai translasi pada waktu menjumpai
sekuens AUG yang pertama kali
Pemanjangan polipeptida
Proses pemanjangan polipeptida disebut sebagai proses elongation yang secara
umum mempunyai mekanisme yang serupa pada prokaryot dan eukaryot.
Proses pemanjangan terjadi dalam tiga tahapan, yaitu: (1) pengikatan aminoasil-tRNA
pada sisi A yang ada di ribosom,( 2) pemindahan rantai polipeptida yang tumbuh dari
tRNA yang ada pada sisi P ke arah sisi A dengan membentuk ikatan peptida, dan (3)
translokasi ribosom sepanjang mRNA ke posisi kodon selanjutnya yang ada di sisi A.
Terminasi
Translasi akan berakhir pada waktu salah satu dari ketiga kodon terminasi (UAA, UGA,
UAG) yang ada pada mRNA mencapai posisi A pada ribosom.
Dalam keadaan normal tidak ada aminoasil-tRNA yang membawa asam amino sesuai
dengan ketiga kodon tersebut.
Oleh karena itu, jika ribosom mencapai salah satu dari ketiga kodon terminasi tersebut,
maka proses translasi berakhir
Basa purin dan pirimidin ditemukan di dalam nukleotida dan dalam asam nukleat.
Basa-basa tersebut dibentuk de novo oleh jalur yang menggunakan asam amino
sebagai precursor dan menghasilkan nukleotida. Sebagian besar sintesis de novo
terjadi di hati, dan
basa bernitrogen serta nukleosida kemudian diangkut ke jaringan lain oleh sel darah
merah. Otak juga membentuk nukleotida dalam jumlah yang bermakna.
Biosintesis purin dan pirimidin diatur dan dikoordinasikan dengan ketat oleh
mekanisme umpan-balik yang menjamin agar waktu dan jumlah produksikedua zat
tersebut selalu sesuai dengan kebutuhan fisiologisnya yang bervariasi. Penyakit genetic
metabolism purin mencakup gout, sindrom Lesch-Nyhan, defisiensi adenosine
deaminase dan difisiensi purin nukleotida fosforilase. Sebaliknya, selain asiduria orotat,
hanya sedikit kelainan katabolisme pirimidin yang secara klinis bermakna.
Jaringan tubuh dapat menyintesis purin dan pirimidin dari zat-zat antara
amfibolik. Asam nukleat dan nukleotida yang dimakan yang karenanya bersifat
nonesensial secara dietetik diuraikan disaluran cerna menjadi mononukleotida sehingga
dapat diserap atau diubah menjadi basa purin dan pirimidin. Basa purin kemudian
dioksidasi menjadi asam urat yang dapat diabsorpsi atau diubah menjadi basa purin
atau pirimidin. Basa purin kemudian dioksidasi menjadi asam urat yang akan diabsorbsi
maupun diekskresikan dalam urine. Jika hanya sedikit atau tidak ada purin/pirimidin
dalam makanan untuk dijadikan asam nukleat jaringan, senyawa yang disuntikkan
dapat digunakan untuk membentuk asam nukleat. Oleh kaena itu, penggbungan
[3H]timidin (senyawa yang disuntikkan) menjadi DNA ini dapat digunakan untuk
mengukur laju sintesis DNA.
Gambar 1. Biosintesis purin. A. Reaksi dalam jalur biosintesis. B. Asal atom pada basa
purin . RR = ribonukleotida reduktase; FH4 = tetrahiddrofosfat.
Dalam reaksi pertama jalur, PRPP bereaksi dengan glutamin membentuk
fosforibosilamin (Gbr 2). reaksi ini, yang menghasilkan nitrogen 9 cincin purin,
dikatalisis oleh PRPP glutamil amidotransferase, suatu enzim yang dihambat oleh tiga
produk jalur, IMP, AMP, dan GMP. Ketiga nukleosida ini juga menghambat sintesis
PRPP sehingga memperlambat produksi nukleotida purin dengan menurunkan kadar
substrat PRPP.
Dalam reaksi kedua, keseluruhan gugus glisin ditambahkan ke prekursor yang sedang
tumbuh. Glisin menyediakan karbon 4 dan 5 serta nitrogen 7 pada cincin purin (Gbr. 3).
Kemudian, karbon 8 disediakan oleh metenil tetrahidrofolat, nitrogen 3 oleh glutamin,
karbon 6 oleh CO2, nitrogen 1 oleh aspartat, dan karbon 2 oleh formil tetrahidrofolat.
Gambar 1.1 memperlihatkan sumber masing-masing atom cincin purin.
Gambar 3 penggabungan gglisin ke dalam precursor purin.
Gambar 2 Langkah pertama dalam biosintesis purin. Basa purin dibentuk pada gugus ribose. Produk
jalur ini (IMP, MP, dan GMP) menghambat reaksi. ketersediaan substrat PRPP adalah penentu kecepatan
reaksi ini.
Nukleotida purin pertama yang dibentuk oleh jalur ini adalah inosin monofosfat (IMP).
Nukleotida ini mengandung basa hipoxantin yang disatukan oleh ikatan N- glikosidat
dari nitrogen 9 cincin purin ke karbon 1 pada ribosa (Gbr.4)
IMP berfungsi sebagai titik cabang, serta nukleotida adenin dan guanin dibentuk dari
IMP (lihat Gbr.1). Adenosin monofosfat (AMP) berasal dari IMP melalui penambahan
sebuah gugus amino dari aspartat ke karbon 6 cincin purin dalam reaksi yang
memerlukan GTP. Guanosin monofosfat (GMP) berasal dari IMP melalui pemindahan
sebuah gugus amino dari amida glutamin ke karbon 2 cincin purin. Dalam hal ini, reaksi
membutuhkan ATP. AMP dan GMP masing-masing menghambat pembentukannya
sendiri dari IMP.
AMP dan GMP dapat mengalami fosforilase ke tingkat difosfat dan trifosfat dan
digunakan untuk proses yang memerlukan energi di dalam sel. Purin nukleosida
trifosfat juga digunakan sebagai prekursor untuk sintesis RNA (lihat gambar 1).
Untuk sintesis DNA, gugus ribosa harus direduksi menjadi deoksiribosa (Gbr. 5).
reduksi ini terjadi di tingkat dinukleotida dan dikatalisis oleh ribonukleotida reduktase,
yang memerlukan protein tioreduksin. Deoksiribonukleosida difosfat dapat mengalami
fosforilase ke tingkat trifosfat dan kemudian digunakan sebagai prekursor untuk sintesis
DNA (lihat gambar 1).
Gambar 5 Reduksi ribose menjadi deosiribosa. reduksi berlangsung ditingkat nukleosida difosfat.
Ribonukleosida difosfat (NDP) dibah menjadi deoksiribunokleosida difosfat (dNDP). Tioridoksin dioksidasi
menjadi suatu disulfide, yang harusdireduksi agar reaksi tetap dapat menghasilkan dNDP. N = basa
nitrogen, biasanya adenine, guanine dan sitosin.
gbr. 6 penguraian baa purin. reaksi-reaksi yang dihambat oleh alopurinol ditandai. terdapat bentuk xantin
oksidase yang kedua yang menggunakan NAD+menghasilkan O2 sebagai akseptor electron.