Sintesis protein

Sintesis protein merupakan kegiatan yang berada di pusat kehidupan, karena dalam
kehidupan harus berlangsung perawatan, pertumbuhan dan perkembangan. Untuk maksud
tersebut, molekul-molekul protein harus memiliki berbagai kemampuan yang mendukungnya.
Berbagai kelompok kemampuannya di antaranya, protein bertindak sebagai katalisator (enzim),
tranduser (pengubah bentuk energi ke bentuk lain) dalam gerakan, integrator, sinyal, dan sebagai
komponen multisubunit dari sebuah mesin protein itu sendiri. yang dinamakan mesin protein
yaitu segala komponen yang diperlukan untuk sintesis protein (Bresnicu,2003).
Protein atau polipeptida tersusun oleh komponen utamanya gugus-gugus yang dirangkai
dari asam amino. Dengan demikian berbagai jenis molekul protein berbeda dari jumlah asam
amino yang menyusun rantai, jenis asam amino yang menyusun rantai, dan struktur rantai yang
membentuk protein. Kekhasan masing-masing protein tersebut harus ada pola yang tetap. Maka
untuk sintesis protein dibutuhkan informasi mengenai pola tersebut (Bresnicu,2003).
Protein adalah polimer panjang yang tersusun atas asam-asam amino, yang seringkali
disebut sebagai residu, yang berikatan secara kovalen oleh ikatan-ikatan peptide. Secara umum
terdapat 20 an protein. Semua asam amino terionisasi secara biologis dengan sempurna, kecuali
prolin. Ikatan peptide yang menggabungkan dua asam amino yang bersebelahan saat sintesis
protei adalah sebuah ikatan kovalen yang kuat di mana atom-atom berpasangan melalui
penggunaan bersama sebuah electron. Dengan melepaskan air gugus karboksil salah satu asam
amino dihubungkan dengan gugus amino pada asam amino yang bersebelahan. Dengan demikian
masing-masing rantai polipeptida yang lengkap memiliki gugus amino tak berikatan atau bebas
disalah satu ujung dan sebuah gugus karbiksil bebas di ujung yang satunya lagi. Ujung amino
polipeptida bersesuaian dengan ujung 5 MRNA nya. Ujung karboksil polipeptida bersesuaian
dengan ujung 3 pada MRNA yang sama (Elrod,..)
Urutan linier asam amino memebentuk struktur primer protein. Sejumlah bagian dari
banyak jenis protein memiliki struktur sekunder dalam bentuk heliks alfa. Dimana gugus
karbonil yang terletak di dekat sebuah ikatan peptide membentuk ikatan hydrogen dengan sebuah
gugus amino (NH) yang terletak disalah satu sisi ikatan peptide beberapa asam amino yang
terletak agak jauh pada rantai polipeptida tersebut. Rantai protein bisa melipat balik terhadap
dirinya sendiri membentuk ikatan-ikatan internal yang lemah, maupun ikatan-ikatan disulfids
kovalen kuat yang menstabilkan struktur tersiernya menjadi sebuah pola lipatan yang tepat dan
sering kali rumit. Dua atau lebih struktur tersier bisa bergabung menjad struktur kuartener yang
fungsional (Elrod..)
Asam nukleat sangatlah berperan penting bagi proses sintesis protein. Ada dua jenis asam
nukleat yaitu DNA ( deoxyribonucleic acid ) atau asam deoksiribo nukleat dan RNA (
ribonucleic acid ) atau asam ribonukleat. DNA ditemukan pada tahun 1869 oleh seorang dokter
muda Friedrich Miescher yang mempercayai bahwa rahasia kehidupan dapat diungkapkan
melalui penelitian kimia pada sel-sel. Sel yang dipilih oleh Friedrich adalah sel yang terdapat
pada nanah untuk dipelajari nya dan ia mendapatkan sel-sel tersebut dari bekas pembalut luka
yang diperolehnya dari dari ruang bedah.Sel-sel tersebut dilarutkan nya dalam asam encer dan
dengan cara ini diperoleh nya inti sel yang masih terikat pada sejumlah protein. Kemudian
dengan menambahkan enzim pemecah protein ia dapat memperoleh inti sel saja dan dengan cara
dan dengan cara ekstraksi terhadap inti sel ini ia memperoleh suatu zat yang larut dalam basa
tetapi tidak larut dalam asam.Pada waktu itu ia belum menentukan rumus kimia untuk untuk zat
tersebut,sehingga ia menamakannya nuclein.(scribd,2012)
Sebenarnya apa yang ia peroleh dari ekstrak inti sel tersebut adalah campuran senyawa-
senyawa yang mengandung 30% DNA . Asam nukleat terdapat dalam semua sel dan memiliki
peranan yang sangat penting dalam biosintesis protein. Baik DNA maupun RNA berupa anion
dan pada umumnya terikat pada protein yang mempunyai sifat basa,misalnya DNA dalam inti sel
terikat pada histon. Senyawa gabungan antara asam nukleat dengan protein ini disebut
nukleoprotein.(scribd,2012)
Molekul asam nukleat merupakan suatu polimer seperti protein,tetapi yang menjadi
monomer bukan asam amino ,melainkan nukleotida.(scribd,2012)
Sintesis protein melibatkan DNA dan RNA yang merupakan jenis dari asam nukleat.
DNA adalah asam deoksiribonukleat atau deoxiribonukleat acid, DNA berperan sebagai
pembawa informasi genetic pada semua organisme selain beberapa jenis virus. Struktur heliks
ganda molekul molekul panjang. Tulang punggung heliks tersusun atas 2 rantai unit gula (S)-
fosfat (P) yang berselang seling. Gula tersebut adalah pentose yang disebut deoksiribosa. Gugus
fosfat menghubungkan gula-gula yang bersebelahan dengan tautan fosfodiester dari posisi 3
salah satu gula ke posisi 5 gula yang satunya lagi. Terdapat 4 macam basa organic yang
membentuk perpasangan (anak tangga yang spiral) tersebut yaitu adenosine, sitosin, guanine, dan
timin yang dilambangkan secara berturut-turut A, C, G, dan T. Keempatnya diklasifikasikan
dalam dua kelompok yaitu purin dan pirimidin. Purin hanya berpasangan dengan pirimidin dan
sebaliknya. Sehingga menghasilkan heliks ganda yang simetris. Sebuah ikatan hydrogen yang
terbentuk di antara atom hydrogen donor positif yang terikat secara kovalen. Adenine dengan
timin berikatan dengan dua ikatan hydrogen, guanine dengan sitosin berpasangan dengan tiga
ikatan hydrogen. Sebuah kompleks basa-gula disebut sebagai sebuah nukleosida yang jika
ditambahkan fosfat disebut nukleotida. Dengan demikian DNA adalah suatu polimer panjang
(yaitu sebuah makromolekul ynag tersusun atas sejumlah sub unit yang serupa dan identik,
disebut monomer, yang berikatan secara kovalen) yang tersusun atas ribuan pasangan basa
nukleotida (Elrod,..).
RNA atau yang biasa disebut asam ribonukleat ini berfungsi dalam sintesis protein,
berperan dalam kapasitasnya sebagai pembawa peasan yang membawa informasi berupa
instruksi-instruksi yang dikodekan oleh DNA, menuju situs-situs sintesis protein di ribosom
dalam sel. Bentuk RNA dinamakan RNA messenger (MRNA) yang digunakan sebagai cetakan
template. Ribosom mengandung sebuah kelas khusus yang RNA yang disebut RNA ribosomal
(RRNA) yang menyusun sebagian besar RNA seluler dan yang ketiga adalah RNA transfer
(TRNA). Melekat ke asam-asam amino dan saat sintesis protein membawa molekul-molekul
tersebut ke posisi yang tepat beasa asam amino yang lainya dengan menggunakan kompleks
MRNA-ribosom sebagai cetakan template (Elrod,..).
DNA dan RNA memiliki perbedaan
asam deoksiribonukleat asam ribonukleat
Beruntai ganda Beruntai tunggal
Mengandung gula-gula deeoksiribosa Mengandung gula-gula ribosa
Mengandung adenosine, sitosin, guanine, dan
timin. A berpasangan dengan T, G berpasangan
dengan C
Mengandung pirimidin urasil, bukannya timin.
U berpasangan dengan A
Molekulnya panjang Molekul-molekulnya jauh lebih pendek
Sumber (Elrod,..).
Sintesis protein melalui dua tahap yaitu transkripsi dan translasi
Transkripsi
Transkripsi DNA menjadi molekul RNA melalui sebuah proses yang di bantu
oleh enzim RNA polymerase. Enzim itu melekat ke DNA pada sekuens nukleotida
spesifik yang disebut promoter. Promotor terletak didepan gen yang hendak di
translasikan. Sejumlah enzim menstimulasi pembukaan puntiran DNA local, dan hal itu
memungkinkan RNA polymerase memulai transkripsi dari salah satu untai DNA. Dalam
sebuah gen, hanya satu untai DNA yang di transkripsikan menjadi mRNA. Untai DNA
tersebut dinamakan untai anticoding atau antisense, untai DNA yang tidak
ditranskripsikan disebut anti pengkode atau anti sense. Sejumlah gen lain pada molekul
DNA yang sama mungkin menggunakan untai lain sebagai cetakan bagi sintesis RNA.
Akan tetapi dalam sebuah gen, RNA poimerase tidak melompat-lompat dari satu untai
DNA ke untai lainya untuk mentranskripsikan molekul RNA. Terminasi atau proses
pengakhiran proses transkripsi terjadi ketika untai RNA polymerase bertemu dengan
sekuens nukleotida terminator di ujung sebuah gen structural. Pada sejumlah gen bakteri,
suatu protein aksesoros berikatan dengan sekuens terminator dan karenanya membantu
dalam hal menjelaskan RNA polymerase dari DNA. Mekanisme terrminasi transkripsi
pada eukariota masih belum di ketahui (Elrod,..)..
Pada sel-sel eukariotik, transkrip mRNAprimer diproses sebelum di lepaskan dari
nucleus sebagai molekul-molekul mRNAmatang. Pada awalnya, kebanyakan transkrip
primer di proses eukariotik (premRNA) adalah mozaik dari daerah-daerah pengkode
(ekson) dan daerah-daerah yang bukan pengkode (intron). Sebelum MRNA
meninggalkan nucleus untuk menjadi MRNA sitoplasmik yang matang, daerah-daerah
bukan pengkode harus disingkirkan secara cepat dan tepat, dan ekson-ekson harus di
sambungkan. Sebagai tambahan sebuah nukleotida yang tidak biasa (disebut cap atau
topi) diletakkan ke ujung 5, sedangkan serangkaian nukleotida adenine diletakkan
keujung 3 mrna. Akan tetapi,pada sel-sel prokariotik, tidak ada membrane nucleus, dan
tidak terjadi pemrosesan MRNA, kecuali pada arkaebakteri, gen-gen bakteri tidak
mengandung intron. Denagn demikian, bakteri dapat memulai translasi MRNS menjadi
protein walaupun MRNA belum selesai ditranskripsikan (Elrod,..).

Translasi
Dalam langkah kedua sintesis protein ribosom dan kompleks TRNA-metionin
(disebut metionil TRNA bermuatan) melekat di ujung 5 molekul MRNA start atau
kodon ionisasi (AUG) pertama dan mulai mentranslasikan sekuaens ribonukleotidanya
menjadi sekuens asam amino protein. Ribosom terdiri atas 3 molekul RRNA berbeda dan
sekitar 50 protein berbeda. Masing-masing asam amino dikodekan oleh setidaknya satu
molekul TRNA. Karena kode genetic sangat berdegenerasi, sebenarnya dalam sintesis
protein terlibat jauh lebih banyak dari 20 TRNA. Masing-masing asam amino menjadi
dilekatkan atau dimuatkan (pada ujung karboksilnya_ ke ujung 3 jenis TRNA nya
sendiri oleh suatu enzim yang disebut amino asil sintase. Dengan demikian, ada
setidaknya 20 sintetase berbeda yang terisi disebut teraktivasi atau bermuatan.
Lengkungan basa-basa yang tak berpasangan didekat bagian tengah TRNA mengangkut
sebuah triplet basa-basa bersebelahan, disebut antikodon. Bagian-bagian lain TRNA
diduga membentuk pasangan-pasangan basa komplementer dengan RRNA ribosom
selama sintesis protein atau berperan sebagai situs-situs pengenalan bagi amino asil
sintetase spesifik (Elrod,..).
Translasi protein diawali oleh kodon start 5 AUG 3, yang menspesifikasikan
asam amino metionin . terdapat dua situs ribosom bagi TRNA teraktivasi; situs peptidil
(situs P) dan situs amino asil (situs A). Situs P akan dimasuki oleh TRNA bermuatan
metion yang menjadi penginisiasi translasi. Anti kodon 3UAC 5, RTRNA berpasangan
dengan kodon 5AUG 3komplementer pada MRNA. Ribosom berperan penting dalam
mengatur reaktan dalam urutan yang sesuai selama translasi. Situs A dimasuki oleh
TRNA bermuatan yang kedua (missal, yang m=dimuati oleh treonin), lagi-lagi melalui
perpasangan basa kodon anti kodon yang spesifik . sebuah ikatan peptida diantara dua
asam amino bersebelahan melalui kerja suatu bagian enzimatik ribosom yang disebut
peptidil transferase. Pada bakteri tampaknya RNA ribosomlah yang bertanggung jawab
bagi pembentukan peptide (Elrod,..).
Hal ini adalah salah satu contoh aktifasi enzim ribozim. Ikatan amino asil yang
menghubungkan metionin denagn TRNA nya patah ketika ikatan peptidanya terbentuk.
Metionil TRNA yang kini tak bermuatan di situs P pun terlepas. Ribosom bergeser atau
bertranslokasi sejauh tiga kali nukleotida di sepanjang MRNA menuju ke posisi kodon
terbuka baru yang berada di situs A yang kosong. Sambil menggerakan TRNA bermuatan
thr ( yang kini melekat ke sebuah peptide) dari situs A ke situs P. Situs A dimasuki oleh
TRNA ketiga misalnya yang dimuati fenilalanin , kemudian terbentuk ikatan peptide
diantara asam amino kedua dan ketiga. TRNA kedua keluar dari situs P, translokasi
ribosom di sepanjang MRNA menampakan kodon berikutnya bagi arginin di situs A
sambil menggeser TRNA bermuatan phe (yang kini membawa tri peptida) dari situs A
kesitus P. dan demikian seterusnya. Akhirnya system tersebut mencapai satu atau lebih
kodon nonsense atau kodon stop (UAA,UAG atau UGA) sehingga ramtai polipeptida
dilepaskan TRNA terakhir, TRNA terakhir dilepaskan dari ribosom, dan ribosom
dilepaskan dari MRNA. Dengan demikian, ujung 5 MRNA sama dengan ujung amino
rantai polipeptida , ujung 3 MRNA sama dengan ujung karboksil rantai polipeptiida.
Kemudian, faktor pembebas (Releasing Factor = RF) yaitu protein dalam sitoplasma
muncul dan membebaskan rangkaian asam amino atau polipeptida yang terbentuk untuk
diproses menjadi protein. Sementara ribosom mengalami pelepasan menjadi subunit
besar dan kecil, kemudian kembali ke sitosol untuk memulai translasi berikutnya
(Elrod,..).



Ekspresi Gen dan Sintesis Protein
Mekanisme molekuler dari pewarisan melibatkan proses yang dikenal sebagai
replikasi, di mana untai DNA induk berfungsi sebagai cetakan untuk sintesis salinan
DNA. Setelah replikasi DNA, sel membelah dan salinan DNA ini diwariskan ke sel-sel
anak (Marks, 2000).
Ekspresi gen di dalam sel memerlukan dua proses, transkripsi dan translasi. DNA
mengalami transkripsi untuk menghasilkan asam ribonukleat (RNA). Dihasilkan tiga
bentuk utama RNA dari transkripsi DNA dan kemudian ketiganya berpartisipasi dalam
proses translasi (sintesis protein). Selama translasi, urutan basa pada mRNA dibaca tiga-
tiga (setiap set yang terdiri dari tiga basa terdapat sebuah kodon). Urutan kodon pada
mRNA menentukan urutan asam amino pada protein (Marks, 2000).
Protein ikut serta menentukan struktur sel, dan berfungsi sebagai enzim, yang
menentukan reaksi yang berlangsung di dalam sel. Karena itu, dengan menghasilkan
protein, gen menetukan penampakan dan perilaku sel dan, akibatnya menentukan
penampakan dan perilaku organisme (Marks, 2000).
Sintesis Protein Pada Prokariotik
Sintesis protein pada sel prokariotik terjadi secara sederhana. Proses transkripsi
dan translasi terjadi secara simultan. Sel prokariotik hanya memiliki satu tipe RNA
polimerase yang mensintesis tidak saja dRNA tetapi juga tipe RNA lain yang berfungsi
dalam sintesis protein. Dalam prokariota RNA polimerase secara khusus mengenali dan
mengikatkan dirinya dengan promotornya. Pada sel prokariotik transkripsi biasanya
berhenti tepat pada akhir sinyal terminasi, yaitu ketika polimerase mencapai titik tersebut
(polimerase melepas RNA dan DNA).

Nb: tinggal menambahi gambar yang diperlukan
Merubah tulisan TRNA,MRNA,RRNA dengan benar
Tabel kodon
DAFTAR PUSTAKA
Dawn B Marks, Allan D Marks, Collen M Smith. 2006. Biokimia Kedokteran Dasar . EGC,
Jakarta. 143-160.
Stephen D Bresnicu.2003. Intisari Biologi. Hipokrates, Jakarta. 39 hal
Anna Poedjiadi, F.M TitinSupriyanti. Dasar-DasarBiokimia. 1994. Jakarta :UIPress.
Elrod, Susan., Stansfield, William D. (). Teori dan Soal-soal Genetika. Erlangga. Jakarta.