BIOLOGI MOLEKULAR

Arnoldus Reynaldo Dipratama

Biologi molekular adalah bidang ilmu yang berkaitan dengan
mempelajari struktur kimiawi dan proses fenomena biologi
yang melibatkan unit dasar kehidupan, molekul.
Bidang biologi molekular difokuskan pada asam nukleat (DNA
dan RNA) dan protein serta bagaimana molekul ini
berinteraksi di dalam sel.
 Setiap sel menyimpan
DNA (Deoxyribonucleic acid)
§

informasi genetiknya di dalam

molekul untai ganda disebut
DNA. DNA tersusun atas
monomer (nukleotida) yang
terdiri dari dua bagian, yaitu
gula deoksiribosa dengan
gugus fosfat dan basa
nitrogen, di antaranya adenin
(A), timin (T), guanin (G),
sitosin (C).
§
Nukleotida saling berikatan
melalui ikatan fosfodiester
untuk membentuk sugar-
phosphate backbone. Pada
untaian DNA, sitosin
berikatan dengan guanin, dan
adenin berikatan dengan
timin.
 RNA (Ribonucleic acid)
§
RNA berfungsi dalam sintesis protein seluler dan menggantikan
DNA sebagai pembawa kode genetik pada beberapa virus.
§
RNA terdiri dari nukleotida ribosa (basa nitrogen yang ditambahkan
ke gula ribosa) yang dilekatkan oleh ikatan fosfodiester, membentuk
untaian dengan panjang yang bervariasi. Basa nitrogen dalam RNA
adalah adenin, guanin, sitosin, dan urasil (yang menggantikan
timin dalam DNA).
§
Terdapat beberapa tipe RNA, di antaranya adalah mRNA, tRNA, dan
rRNA.
mRNA (messenger RNA) membawa kode genetik dari DNA di dalam
nukleus menuju ribosom, tempat terjadinya translasi protein.
rRNA (ribosomal RNA) membantu dalam proses translasi mRNA
menjadi protein.
tRNA (transfer RNA) berperan dalam proses translasi, membawa
asam amino yang selanjutnya ditambahkan ke polipeptida untuk
membentuk protein.
 §
DNA cetakan: Replikasi DNA
DNA yang akan direplikasi.
Komponen
§ penting
Molekul deoksi dalam replikasi DNA
ribonukleotida:
Terdiri atas basa purin atau pirimidin, gula §
DNA primase:
deoksiribosa, dan gugus fosfat.
Mengkatalisis sintesis primer untuk replikasi DNA.
§
DNA polimerase:
§
Enzim helikase:
Mengkatalisis polimerisasi nukleotida menjadi
untaian DNA. Membuka ikatan untai DNA induk, dibantu dengan
enzim girase.
§
Single strand binding protein:
Molekul protein yang menstabilkan untaian DNA
yang sudah terbuka.
§
DNA ligase:
Menyambung fragmen-fragmen DNA.
 Replikasi DNA
1. Untai ganda DNA dibuka oleh enzim DNA
helikase (berperan sebagai untai cetakan).
Begitu untai terbuka, single strand binding
protein melekat untuk menjaga untai tetap
stabil.
2. DNA primase melekat pada untai tunggal dan
membentuk RNA primer sebagai awal
replikasi.
3. Setelah RNA primer terbentuk, DNA polimerase memanjangkan untaian DNA dari RNA primer sepanjang untai
cetakan.
4. Karena untai ganda DNA bersifat antiparalel, DNA polimerase bergerak dengan arah 5’ ke 3’ pada salah satu untai yang
searah pembukaan garpu replikasi (leading strand), sedangkan satu untai lainnya disintesis dengan arah berlawanan
(lagging strand).
5. Pada leading strand, DNA polimerase bergerak secara kontinu sehingga membentuk untai DNA baru secara utuh.
Sebaliknya, pada lagging strand, untai DNA terbentuk dalam bentuk fragmen (disebut fragmen Okazaki). Fragmen
tersebut akhirnya disambung oleh enzim DNA ligase sehingga menjadi untai yang utuh.
 
Sintesis protein adalah proses pembuatan protein yang
SINTESIS berlangsung di nukleus dan ribosom yang diatur oleh DNA dan
RNA.
PROTEIN 
Tahap sintesis protein adalah transkripsi dan translasi.
Transkripsi adalah proses di mana DNA disalin (ditranskripsikan) menjadi Transkripsi
mRNA, yang akan membawa informasi untuk sintesis protein. Terdapat tiga
tahapan transkripsi, yaitu inisiasi, elongasi, dan terminasi.

INISIASI ELONGASI TERMINASI

RNA polimerase mengikat pada
sekuen DNA (promoter) untuk
membuka untai DNA,
menyediakan cetakan untai
tunggal yang diperlukan untuk
transkripsi.
Menggunakan DNA cetakan, RNA
polimerase membentuk molekul RNA
baru melalui pemasangan basa.
Transkrip RNA membawa informasi
yang sama dengan untai non-template
(coding) DNA, tetapi mengandung basa
urasil (U), bukan timin (T).
Proses transkripsi akan berakhir ketika
RNA polimerase telah mentranskripsi
sekuen DNA yang disebut sebagai
terminator dan transkrip akan terlepas
dari RNA polimerase.
 Translasi
Translasi adalah proses penerjemahan urutan nukleotida dalam mRNA
menjadi urutan asam amino dari rantai polipeptida. Tahapan translasi
meliputi inisiasi, elongasi, dan terminasi.

1. INISIASI
§
Ribosom, mRNA, dan initiator tRNA dibutuhkan dalam translasi,
membentuk kompleks inisiasi.
§
Proses inisiasi dimulai ketika tRNA yang membawa metionin menempel
pada subunit ribosomal kecil dan mengikat pada mRNA. Kompleks
inisiasi akan berikatan pada start codon (biasanya AUG).
§
Setelah kompleks inisiasi melekat pada start codon, subunit ribosom
besar akan menempel dengan kompleks tersebut. Subunit ribosom besar
memiliki 3 area, yaitu A (amino acid), P (polypeptide), dan E (exit).
 Translasi
2. ELONGASI
§
Tahap di mana rantai polipeptida (asam amino) diperpanjang. Selama
elongasi, tRNA akan bergerak melewati area A, P, dan E pada ribosom.
§
tRNA yang membawa asam amino berikutnya akan berikatan pada area
A kemudian berpindah ke area P untuk mengikatkan asam amino
dengan asam amino selanjutnya. Ikatan antara asam amino pertama dan
kedua terbentuk melalui aktivitas peptidyl transferase. Selanjutnya, tRNA
berpindah ke area E untuk dilepaskan ke sitoplasma dan membawa asam
amino lain.

3. TERMINASI
§
Proses berulang sampai semua kodon pada mRNA sudah dibaca oleh
molekul tRNA dan asam amino yang diikat tRNA sudah berikatan
bersama dalam rantai polipeptida. Proses akan berhenti ketika bertemu
stop codon (UAA, UAG, dan UGA). Terminasi dibantu oleh release factor.
 Kode Genetik

Terdapat total 64 macam kodon untuk

asam amino, satu di antaranya adalah
kodon start (AUG, yaitu metionin) dan tiga
di antaranya adalah kodon stop (UAA, UAG,
dan UGA).
Protein adalah polimer asam-asam amino (polipeptida) yang memiliki
beberapa fungsi, di antaranya:
Protein
§
Katalisator reaksi biokimia dalam sel, diperankan oleh enzim
(endonuklease restriksi, enzim ligase, DNA polimerase, dan lain-lain)
§
Berperan dalam sistem pergerakan yang terkoordinasi, misalnya dalam
kontraksi otot, pergerakan kromosom menuju kutub-kutub sel selama
mitosis, dan pergeraan flagela bakteri.
§
Pengatur ekspresi genetik. Proses replikasi DNA, transkripsi, dan translasi
diatur oleh bermacam-macam protein, baik enzim atau protein regulator.

Terdapat 4 struktur protein:

1. Primer: susunan linier asam-asam amino sepanjang rantai polipeptida.
2. Sekunder: pola pelipatan bagian polipeptida ke dalam struktur teratur,
misalnya α helix and the β pleated sheet.
3. Tersier: pelipatan bagian α helix and the β pleated sheet serta semua
interaksi nonkovalen.
4. Kuartener: interaksi nonkovalen yang mengikat beberapa rantai
polipeptida ke dalam satu molekul tunggal protein, misalnya hemoglobin.
 Interaksi Molekular
Terdapat dua interaksi molekular, yaitu interaksi kovalen dan nonkovalen.
§
Interaksi kovalen: interaksi antaratom yang terikat secara kovalen.
Ikatan kovalen adalah ikatan yang ada di antara atom-atom yang menyusun suatu molekul, misalnya
antara atom H dan C pada molekul CH4.
§
Interaksi nonkovalen: interaksi antaratom yang tidak terikat secara kovalen. Ikatan nonkovalen tidak sekuat ikatan
kovalen,
tapi memiliki peran untuk menstabilkan struktur makromolekul dalam sel.
Contohnya adalah ikatan hidrogen, ikatan ionik, dan interaksi hidrofobik.
Ikatan Hidrogen Ikatan Ionik Interaksi Hidrofobik
Interaksi lemah antara suatu Ikatan antaratom yang terjadi Interaksi antara molekul yang
atom elektronegatif (atom karena adanya muatan pada larut dalam air. Interaksi ini
akseptor) dengan atom hidrogen atom-atom yang berinteraksi. menyebabkan pelipatan protein
yang terikat secara kovalen pada Contohnya adalah asam amino dan pembentukan membran sel.
atom yang lain (atom donor). aspartat dan glutamat
Contohnya adalah adenin bermuatan negatif, sedangkan
dengan timin, guanin dengan lisin, histidin, dan arginin
sitosin. bermuatan positif.
 Metode dalam Biologi Molekular

Beberapa metode yang digunakan dalam biologi molekular adalah spektrofotometri, elektroforesis,
PCR, dan western blotting.

1. Spektrofotometri UV-Vis digunakan untuk menguji kuantitatif DNA atau RNA. Pita ganda DNA
atau RNA dapat menyerap cahaya UV pada 260 nm.
2. Elektroforesis gel agarosa digunakan untuk mengidentifikasi, memisahkan, dan mempurifikasi
fragmen DNA. Migrasi elektroforesis DNA melalui gel agarosa dipengaruhi oleh faktor ukuran dan
konformasi molekul DNA, konsentrasi agarosa, arus listrik, dan suhu.
3. PCR digunakan untuk mengamplifikasi DNA, meliputi proses denaturasi, annealing, dan ekstensi
oleh enzim DNA polimerase. Umumnya berlangsung sebanyak 30-35 siklus.
4. Elektroforesis gel poliakrilamida digunakan untuk memisahkan sampel protein.
5. Western blotting adalah istilah yang dipakai untuk proses transfer dan imunodeteksi protein pada
gel yang bertujuan untuk mengetahui keberadaan dan berat molekul protein sampel dalam suatu
campuran, membandingkan reaksi silang antar protein, dan mempelajari modifikasi protein
selama sintesis.
KUIS
1. Sebutkan basa nitrogen yang dimiliki oleh DNA dan RNA!
2. Apa fungsi dari enzim helikase dalam proses replikasi DNA?
3. Apa yang dimaksud dengan proses transkripsi?
4. Metode apa yang digunakan untuk memisahkan sampel
protein?
THANK YOU