M.K.

BIOLOGI SEL DAN MOLEKULER

Nama : Nayla Kharomah Zulfanisa

NPM : 150510230068

Tugas Individu 1A Concept Map

Topik : Central Dogma and Gene Expression

Part One

1. What is Central Dogma?

Dogma sentral merupakan kejadian yang diatur untuk menguraikan struktur DNA hingga
bisa memenuhi semua fungsi yang diinginkan sesuai dengan materi genetik. Mudahnya, hal
ini merupakan sebuah proses perubahan gen dari DNA menjadi RNA atau RNA menjadi
protein. Dogma sentral biologi molekuler menjelaskan mengenai proses perubahan gen dari
DNA menjadi RNA, dan RNA menjadi protein. Dogma ini menjelaskan bagaimana proses
pembacaan materi genetik menjadi protein yang berperan di setiap tahap metabolisme di
dalam tubuh suatu organisme.

2. What are the differences between DNA and RNA?

• Bagian pentosa RNA adalah ribosa, sedangkan bagian pentosa DNA adalah
dioksiribosa
• Bentuk molekul RNA berupa rantai tunggal yang terlipat, sehingga menyerupai rantai
ganda, bentuk molekul DNA adalah heliks ganda,
• RNA mengandung basa adenin, guanin dan sitosin seperti DNA tetapi tidak
mengandung timin, sebagai gantinya RNA mengandung urasil
• Jumlah guanin dalam molekul RNA tidak perlu sama dengan sitosin,demikian pula
jumlah adenin, tidak perlu sama dengan uras
Poedjiati, Anna. 1994.Dasar-Dasar Biokimia. Jakarta: Universitas Indonesia

3. What is the relationship between genes, proteins, and RNAs?

• Gen merupakan unit terkecil materi genetik dan terdapat dalam setiap lokus yang khas
pada kromosom, yang terdiri atas sepenggal DNA yang menentukan sifat individu
melalui pembentukan polipeptida.
• Protein merupakan makromolekul yang terbentuk dari asam amino yang tersusun dari
atom nitrogen, karbon, dan oksigen. Beberaoa jenis asam amino yang mengandung
sulfur (mentionin, sistin dan sistein) yang dihubungkan oleh ikatan peptide.
 • RNAs merupakan asam nukleat rantai tunggal yang merupakan hasil trankripsi dari
DNA. Molekul RNA inilah yang kemudian ditranslasi menjadi asam amino sebagai
penyusun protein. RNA berperan dalam proses sintesis protein, namun pada virus
tertentu RNA juga berfungsi untuk membawa informasi genetik. Ekstraksi RNA
adalah proses untuk mengekstraksi/memurnikan RNA dari sampel.
Hubungan anatara gen, protein, dan RNA yaitu saling berkaitan dalam
proses pembentukan protein (dogma sentral). Proses yang menyebabkan perubahan
genetik dari DNA menjadi protein.

4. What types of RNA that involved in transcription and translation processes? Please
explain the function of each type of RNA!

• RNA duta (mRNA) : penghubung DNA dengan protein dan membawa pesan berupa
informasi genetik dari DNA untuk membentuk protein.
Fungsi membawa kode genetik dari DNA berupa triplet basa yang ada pada RNA
duta, atau yang disebut kodon.
• RNA ribosom (rRNA) : RNA terbanyak, sekitar 83% dari RNA yang dikandung oleh
suatu sel dan banyak terdapat di dalam ribosom Fungsi sebagai tempat pembentukan
protein
• RNA transfer (tRNA) : Berfungsi sebagai menterjemahkan kodon yang terdapat pada
RNA-d menjadi satu jenis asam amino serta mengangkut asam amino ke permukaan
ribosom pada saat translasi.

5. What enzymes are involved in transcription and translation processes? Please explain
the function of each enzyme!

• Enzim yang paling utama terlibat pada proses transkripsi dan translasi yaitu RNA
polimerase. Enzim ini membaca dan mereplikasi kode genetik DNA menjadi molekul
RNA. Dua helai DNA dimasukkan ke dalam enzim RNA polimerase, yang kemudian
menghasilkan molekul RNA sebagai salinan kode genetik. Lalu pada proses translasi
molekul RNA yang dihasilkan dari transkripsi dipindahkan ke sitoplasma, ribosom
berperan sebagai enzim pembaca yang menerjemahkan informasi RNA menjadi rantai
polipeptida atau protein, serta aktivitas utama enzim RNA polimerase adalah
menambahkan residu-residu ribonukleotida untuk membentuk rantai RNA.

6. Please explain how gene expression is regulated!

Ekspresi gen adalah urutan nukleotida di dalam gen sepanjang DNA menentukan protein,
yang akan dihasilkan oleh organisme. Langkah pertama dalam ekspresi gen adalah transkripsi
DNA menjadi RNA. Molekul RNA sama dengan DNA kecuali pada: • Gugusan gula adalah
ribose.
• RNA biasanya tidak berantau ganda meskipun dapat meliputi dirinya sendiri jika
terjadi komplementaris dan beberapa virus RNA berantai ganda.
 Tiga kelas RNA utama merupakan RNA messenger (mRNA), RNA transfer (tRNA), RNA
ribosomal (rRNA). mRNA diterjemahkan menjadi protein. tRNA terlibat dalam transfer asam
amino ke dalam protein, rrna termuat dalam ribosom yang terlibat dalam sintesis protein.

7. Protein has many general functions in the living organism, like enzymes, gene
regulation, signals, and receptor proteins. Please describe and give examples of them!

• Enzim adalah biokatalisator organik yang dihasilkan organisme hidup di dalam

protoplasma, yang terdiri atas protein atau suatu senyawa yang berikatan dengan
protein.
Contoh : enzim tripsin memecah protein menjadi asam amino.
• Regulasi gen adalah istilah informal yang digunakan untuk menggambarkan setiap
mekanismeyang digunakan oleh sel untuk menambah atau mengurangi produksi
produk gen tertentu (protein atauRNA). Sel dapat memodifikasi pola ekspresi gen
mereka untuk memicu jalur perkembangan,menanggapi rangsangan lingkungan, atau
beradaptasi dengan sumber makanan baru. Semua titikekspresi gen dapat diatur. Ini
termasuk transkripsi, pemrosesan RNA dan transportasi, translasi danmodifikasi
pascatranslasi protein, dan degradasi mRNA. Contoh : alpha amylase inhibator
• Sinyal adalah proses penyampaian informasi dari luar sel sampai ke dalam inti sel
melewati protein-protein yang bekerja secara berantai.
Contoh : reseptor absisat mengatur penutupan stomata dan dormansi biji.
• Protein reseptor adalah protein yang terletak pada permukaan sel atau di dalam sel
yang berfungsi sebagai penerima sinyal kimia. Sinyal ini dapat berasal dari hormon,
neurotransmitter, atau molekul lainnya. Ketika sinyal tersebut diterima oleh reseptor,
maka akan terjadi perubahan pada aktivitas seluler yang terkait dengan fungsi reseptor
tersebut.
Contoh : reseptor fgf (faktor pertumbuhan fibroblast).

8. How do the transcription and translation processes determine plant growth and
development?
Transkripsi dan translasi merupakan proses penting dalam mengatur pertumbuhan serta
perkembangan tanaman.

• Transkripsi adalah proses sintesis RNA dengan template gen-gen yang terdapat dalam
untai DNA. Proses transkripsi berlangsung di dalam nukleus pada sel-sel eukariotik,
atau di dalam sitoplasma pada sel-sel prokariotik
• Translasi adalah suatu proses protein yang disintesis oleh ribosom di sitoplasma. serta
proses penterjemahan mRNA yang dihasilkan pada proses transkripsi di nukleus untuk
menghasilkan polypeptida.
 Proses tersebut sangat penting dalam pertumbuhan serta perkembangan tanaman.

Part Two

Please define the words :

1. Nucleotide :
Nukleotida merupakan unit dasar dari asam nukleat seperti DNA dan RNA.
Nukleotida adalah sekelompok zat biokimia yang di dalamnya terdapat struktur molekul purin
atau basa pirimidin, gula ribosa atau 2-deoksiribosa dan satu atau lebih gugus fosfat.
Nukleotida berfungsi sebagai pengkodean dan penerjemahan informasi genetik, kontribusi
terhadap metabolisme energi, partisipasi dalam struktur koenzim, pengatur pematangan
limfosit, aktivasi dan peningkatan fagositosis dan makrofag serta meningkatkan respons.

2. Deoxyribonucleic acid :
DNA (Deoxyribonucleic Acid) merupakan suatu substansi yang berisi petunjuk
genetik untuk membentuk protein atau berisi informasi genetik yang dapat diturunkan dari
generasi ke generasi berikutnya. Terdapat sedikitnya empat proses yang harus dilalui oleh
suatu molekul sehingga dapat dikatakan sebagai bahan genetik.

3. Ribonucleic acid :
RNA merupakan asam nukleat rantai tunggal yang merupakan hasil trankripsi dari
DNA. Molekul RNA inilah yang kemudian ditranslasi menjadi asam amino sebagai penyusun
protein. RNA berperan dalam proses sintesis protein, namun pada virus tertentu RNA juga
berfungsi untuk membawa informasi genetik. Ekstraksi RNA adalah proses untuk
mengekstraksi/memurnikan RNA dari sampel.

4. Amino acid :
Asam amino adalah unit terkecil dari protein. Asam amino dalam tubuh digunakan
untuk pembentukan protein dalam bentuk polipeptida. Asam amino juga diperlukan untuk
pembentukan nukleotida dan asam nukleat, selain itu sejumlah kecil asam amino digunakan
untuk penentuan neutrotransmiter, hormon nonpolipeptida dan hormon polipeptida, seperti
hormon insulin dan glukagon (Fardiaz D & Fardiaz S 1987).

5. Chromosome :

Kromosom adalah struktur berbentuk benang atau batang yang terdapat dalam inti sel
organisme eukariotik. Mereka terbuat dari DNA (asam deoksiribonukleat) dan protein.
Kromosom mengandung informasi genetik yang membawa petunjuk untuk pengembangan,
pertumbuhan, dan fungsi organisme. Struktur kromosom sangat kompleks dan terdiri dari
beberapa komponen utama yaitu DNA, histone protein, sentromer, dan lengan kromatid. Serta
kromosom memiliki fungsi utama dalam pewarisan genetic dan regulasi ekspresi genetik
sebagai pewaris genetik dan regulasi ekspresi genetik.

6. Genes :
Gen merupakan bagian dari kromosom yang berfungsi sebagai pembawa sifat. Suatu
alternatif gen yang menjelaskan adanya variasi pada pewarisan suatu sifat disebut dengan alel
(gen yang memiliki lokus yang sama). Alel terbentuk karena adanya variasi pada urutan basa
nitrogen akibat peristiwa mutasi. Serta suatu unit fungsional dasar hereditas yang merupakan
titik fokal dalam ilmu genetika modern. Pada semua cabang-cabang ilmu genetika, gen
merupakan benang merah yang mempersatukan keberagaman dalam pelaksanaan percobaan.

7. Protein :

Protein merupakan suatu komponen bahan makanan yang sangat penting bagi tubuh, karena
berfungsi sebagai zat pembangun dan pengatur berbagai fungsi dalam tubuh. Protein
merupakan makromolekul yang terbentuk dari asam amino yang tersusun dari atom nitrogen,
karbon, hidrogen dan oksigen, beberapa jenis asam amino yang mengandung sulfur
(metionin, sistin dan sistein) yang dihubungkan oleh ikatan peptida (Budiyanto, 2002).

Protein mempunyai sifat yang mudah mengalami perubahan dan kerusakan akibat perlakuan
fisik maupun kimia. Perlakuan fisik atau kimia terhadap bahan pangan mulai dari penanganan
awal, pengolahan, penyimpanan dan akhirnya sampai pada konsumen kerap menyebabkan
terjadinya kerusakan nilai gizi, khususnya protein.

8. Genome :
Genom merupakan set lengkap informasi genetik dalam makluk hidup. Material ini
menyimpan semua informasi yang dibutuhkan organisme untuk berfungsi atau
melangsungkan hidup. Genom disimpan dalam bentuk berupa molekul panjang DNA yang
disebut dengan kromosom. Terdapat daerah-daerah pengkode RNA dan protein di dalam
DNA, bagian DNA ini disebut dengan gen. Genom juga mengandung daerah bukan pengkode
(non-coding) yang berperan untuk regulasi ekspresi gen seperti promoter, enhencer, dan
intron (Goldman and Landweber, 2016).

9. Gene expression :
Ekspresi gen adalah proses penggunaan informasi genetik yang tersimpan di dalam
gen untuk mensintesis senyawa-senyawa produk gen. Senyawa-senyawa produk gen ini
umumnya adalah protein, namun ada juga berupa senyawasenyawa RNA fungsional yang
tidak merupakan kode untuk protein, misalnya tRNA (transfer RNA), rRNA (ribosomal
RNA), dan snRNA (small-nuclear RNA). Untuk mengekspresikan informasi genetik yang
dimilikinya, sel melakukan berbagai proses, antara lain penyalinan informasi genetik dari
DNA ke mRNA (messenger RNA, RNA pembawa pesan), proses ini disebut transkripsi, dan
kemudian diikuti dengan penerjemahan informasi genetik yang terdapat dalam molekul
mRNA menjadi protein, proses ini disebut translasi. Dengan cara ini sifat genetik diturunkan
dari satu generasi ke generasi berikutnya.

10. Replication origins :

Asal replikasi adalah lokasi genom tertentu di lingkungan seluler yang menyimpan
cetak biru genetic suatu organisme. Inisiasi replikasi melibatkan pelepasan heliks DNA pada
asal-usul ini, yang difasilitasi oleh enzim helicase. Pada sel eukariotik, dalam sekali proses
replikasi akan terbentuk banyak sekali asal replikasi karena DNA eukariotik sangat panjang.

11. Lagging strand :

Rantai diskontinu atau ’lagging strand’ adalah rantai yang sintesis 5’→3’-nya berlangsung
berlawanan dengan arah pergerakan fork replikasi.

12. Leading strand :

Rantai yang disintesis secara kontinu atau ’leading strand’ adalah rantai yang sintesis
5’→3’nya berlangsung dengan arah yang sama dengan pergerakan fork replikasi.

13. Okazaki fragments :

Jika kedua rantai disintesis secara kontinu selama fork replikasi bergerak, salah satu rantai
akan mengalami sintesis dengan arah 3’→5’. Masalah ini dijelaskan oleh Reiji Okazaki pada
tahun 1960. Fragmen okazaki adalah satu rantai DNA baru yang disintesis dalam bentuk
potongan-potongan pendek. Panjangnya berkisar antara ratusan sampai ribuan nukleotida,
tergantung pada tipe sel. Fragmen okazaki kemudian disambungkan oleh enzim DNA ligase.

14. Transcription :
Transkripsi adalah proses sintesis RNA dengan template gen-gen yang terdapat dalam
untai DNA. Proses transkripsi berlangsung di dalam nukleus pada sel-sel eukariotik, atau di
dalam sitoplasma pada sel-sel prokariotik. Transkripsi dari setiap gen akan menghasilkan
RNA untai tunggal yang sekuensnya merupakan komplemen dari sekuens nukleotida pada
salah satu untai DNA untai ganda. Enzim utama yang berperan pada proses transkripsi adalah
RNA polimerase, serta aktivitas utama enzim RNA polimerase adalah menambahkan residu-
residu ribonukleotida untuk membentuk rantai RNA.

15. Translation :
Translasi adalah suatu proses protein yang disintesis oleh ribosom di sitoplasma serta
proses penterjemahan mRNA yang dihasilkan pada proses transkripsi di nukeus untuk
menghasilkan polypeptida. Sebanyak tiga rangkaian nukloetida (kodon) akan diterjemahkan
guna mendapatkan satu asam amino. Dikarenakn hanya ada empat kemungkinan nukleotida
(A, G, S atau U) dalam setiap tiga pasangan kodon sehingga terdapat 4x4x4=64 kombinasi
atau kodon.

16. RNA polymerase :

RNA polimerase adalah enzim yang dapat mensintesis RNA baru dari cetakan RNA.
Replikasi RNA terjadi pada beberapa jenis virus RNA, seperti virus influenza, virus corona,
dan virus HIV. Virus RNA ini menggunakan replikasi RNA untuk menghasilkan banyak
salinan genomnya dalam sel inang.

17. Promoter :
Promoter adalah bagian dari DNA yang merupakan tempat RNA polimerase
menempel dan menginisiasi transkripsi, menentukan waktu, tingkat dan tempat ekspresi gen.
Dengan demikian, tingkat ekspresi gen imunogenik yang digunakan sebagai vaksin sangat
ditentukan oleh promoter yang mengendalikannya.

18. Terminator or stop site :

Terminator merupakan suatu urutan RNA yang berfungsi sebagai sinyal terminasi
(pengakhiran) transkripsi. Pada bakteri, ada dua macam terminator yaitu terminator yang
tidak bergantung pada protein rho (ρ) (rho-independent terminator) dan terminator yang
tergantung pada protein rho (rho-dependent terminator).

19. Intron :

Intron adalah sebagian besar gen eukariotik dan transkrip RNAnya memiliki rentang
nukleotida bukan pengkode atau daerah yang tidak ditranslasi.

20. Exon :

Ekson adalah daerah yang berselang-seling antara sekuens yang mengkode suatu urutan
spesifik atau segmen pengkode gen.

21. RNA Splicing :

RNA splicing adalah proses pada fase pasca transkripsi yaitu pemotongan dan
penyambungan RNA. Proses splicing sangat penting karena apabila intron tidak dipotong
maka gen tidak dapat membentuk protein yang berfungsi.

22. Anticodon :

Antikodon merupakan rantai DNA yang mengalami transkripsi, di mana rantai antikodon
merupakan rantai yang membentuk tRNA.

23. Codon :
 Kodon merupakan kumpulan tiga nukleotida m-RNA. Kodon merepresentasikan asam
amino yang akan dibentuk berdasarkan basa-basa yang terdapat di dalam kodon tersebut. Hal
ini berarti kodon akan tersusun dari kombinasi tiga basa A, U, G, dan/atau C.

DAFTAR PUSTAKA
Elvira Sri dkk. (2018). PROFIL PROTEIN BERBASIS SDS-PAGE ULAT SAGU
(RHYNCHOPHORUS FERRUGINESUS) HASIL PEMANGGANGAN DENGAN OVEN DAN
MICROWAVE. Universitas Muhammadiyah Semarang, Indonesia.

Gaffar Shabari. (2007). BUKU AJAR BIOTEKNOLOGI MOLEKUL. Universitas

Padjajaran.

Ikawati, Z. (2018). Farmakologi molekuler: target aksi obat dan mekanisme

molekulernya. UGM PRESS.
Madukubah Fariani dkk. (2018). Identifikasi Miskonsepsi Siswa pada Konsep
Substansi Genetik dengan Menggunakan Three Tier Test di Kelas XII Sekolah Menengah
Atas. Universitas Negeri Makassar.

Malik, A. (2005). RNA Therapeutic, Pendekatan Baru dalam Terapi Gen. Majalah
Ilmu Kefarmasian, 2(2), 1.
Materi Genetik Disusun Oleh Trisia Lusiana Amir, A., & Biomed, M. (2018).

MODUL Biologi Molekuler (FBM).

Mustika Andri dkk. (2020). BIOLOGI MOLEKULER. Jakarta.

Sari, M. I. (2007). Pengaturan ekspresi gen.

Sinaga, E. (2010). Biologi Molekuler Regulasi Ekspresi Gen.

Susanto, A.H. Genetika, Graha Ilmu, Yogyakarta. 2011.

Suprayitno, E., & Sulistiyati

Stalis N Ethica (2019). PENGANTAR BIOINFORMATIKA UNTUK MAHASISWA

LABORATORIUM MEDIS. ISBN 978-623-02-0370-1

Poedjiati, Anna. 1994. Dasar-Dasar Biokimia. Jakarta: Universitas Indonesia.

UMSU. (2023, 18 Desember). Pengertian Kromosom: Struktur, Fungsi, dan Peran

dalam Pewarisan Genetik. Diakses pada 4 Maret 2024,
https://umsu.ac.id/berita/pengertiankromosom-struktur-fungsi-dan-peran-dalam-
pewarisangenetik/
 Universitas Gadjah Mada. (2020, 4 Oktober). Ekstraksi RNA-sintesis cDNA-PCR.
Diakses pada 4 Maret 2024, https://lab-anat.fk.ugm.ac.id/2020/10/04/ekstraksi-
rnasintesiscdna-pcr/