Nama : Nathanail Pramesuary Shalihah

NPM : 150510210

M.K. BIOLOGI SEL DAN

MOLEKULER Tugas Individu 1A
Guiding Questions
Topik : Central Dogma and Gene Expression

Part One

1. What is Central Dogma?

Jawab : Central dogma merupakan proses dimana DNA membuat RNA kemudian RNA
membuat protein. Proses pertama yaitu DNA melakukan replikasi atau menyalin dirinya.
Kemudian DNA membuat RNA yang dimanakan proses transkripsi dan RNA membuat
protein dimanakan translasi atau sintetis protein.

2. What are the differences between DNA and RNA?

Jawab : Perbedaan antara DNA dan RNA yang pertama adalah RNA mengandung gula
ribosa, sementara DNA mengandung gula deoksirinosa yang sedikit berbeda (sejenis
ribosa yang kekurangan satu atom hidrogen). Yang kedua adalah RNA memiliki urasil
nukleobase sedangkan DNA mengandung timin. Tidak seperti DNA kebanyakan molekul
RNA adalah untai tunggal dan dapat mengadopsi struktur tiga dimensi yang sangat
kompleks. DNA merupakan deoxyribonucleic acis dan RNA merupakan ribonucleic
acid.

3. What is the relationship between genes, proteins, and RNAs?

Jawab : Gen terdiri dari DNA dan tersusun secara linier pada kromosom. Beberapa gen
mengkode RNA struktural dan regulasi, ada semakin banyak bukti dari penelitian yang
membuat profil transkriptom sel (set lengkap semua transkrip RNA yang ada dalam sel)
bahwa ini mungkin kelas RNA terbesar yang diproduksi oleh sel eukariotik, jauh
melebihi jumlah RNA penyandi protein (mRNA), tapi 20.000.gen penyandi protein yang
biasanya ditemukan di sel hewan, dan 30.000 gen penyandi protein yang biasanya
ditemukan di sel tumbuhan, tetap memiliki dampak besar pada fungsi seluler. Gen
penyandi protein menentukan urutan asam amino, yang merupakan bahan penyusun
protein. Pada gilirannya, protein bertanggung jawab untuk mengatur hampir setiap fungsi
sel baik gen penyandi protein maupun protein yang merupakan produk gen. RNA
membuat protein dengan translasi atau sintesis protein. Jika RNA tidak melakukan
translasi maka protein tidak akan terbentuk.

4. What types of RNA that involved in transcription and translation processes?

Please explain the function of each type of RNA!

Jawab: ada tiga RNA yang terlibat dalam proses sintesis protein yaitu, mRNA,
tRNA, dan rRna.

Fungsi dari mRNA adalah membawa kode genetik dari DNA ke ribosom dan
berfungsi sebagai alat cetak dalam sintesis protein.

Fungsi dari tRNA adalah sebagai penerjemah kodon dari mRNA, dan mengikat asam
amino untuk dibawa ke ribosom.

Fungsi dari rRNA adalah berperan dalam sintetis protein.

5. What enzymes are involved in transcription and translation processes? Please

explain the function of each enzyme!
Jawab : enzym RNA polimerase yang berfungsi sebagai penyalin urutan DNA
menjadi RNA pada proses trankripsi.

6. Please explain how gene expression is regulated!

Jawab : Ekspresi gen eukariotik diatur selama transkripsi dan pemrosesan RNA, yang
terjadi di nukleus, dan selama translasi protein, yang terjadi di sitoplasma. Regulasi lebih
lanjut dapat terjadi melalui modifikasi protein pasca-translasi.
Ekspresi gen dalam sel prokariotik terjadi pada tingkat transkripsi. Ada dua jenis utama
protein yang mengontrol transkripsi prokariotik: represor dan aktivator. Represor
mengikat ke wilayah operator untuk memblokir aksi RNA polimerase

7. Protein has many general functions in the living organism, like enzymes, gene
regulatory, signals, and receptor proteins. Please describe and give examples
about them!
 Jawab: enzym merupakan satu contoh protein yang berfungsi sebagai biokatalisator
dalam reaksi kimia yang berlangsung dalam tubuh makhluk hidup, contoh enzym
amilase. Asam amino merupakan senyawa alami protein yang tersusun dari karbon,
hidrogen, oksigen, dan niktrogen, ada pula sebagian besar asam amino yang
tersusun dari sulfur, contoh : glisin, Alanin, dan Leusin.

8. How do the transcription and translation processes determine plant growth and
development?
Jawab : karena proses transkripsi dan translasi merupakan proses penyalinan kode
genetik atau pembawa sifat pada makhluk hidup maka pertumbuhan dan perkembangan
juga akan dipengaruhi. Karena adanya gen yang resesif dan dominan yang dibawa oleh
DNA.

Part Two

1. The nucleotide sequence of one DNA strand of a DNA double

helix is : 5’- GGATTTCCCAAATTC-3’ What is the sequence of
the complementary strand?

Jawab: Untai komplementer dari 5’-GGATTTCCCAAATTC-3’

merupakan 3’-CCTAAAGGGTTTAAG-5’

2. Use the genetic code to identify the following nucleotide sequences : (a) 5’-
AGA-GGA- GAU-3’ ; (b) 5’-ACA-CCC-ACU-3’ ; (c) 5’-GGG-AAA-UUU-
3’.

Jawab : a) 5’-AGA-GGA-GAU-3’ (Arginin-Glysin-Asparigin)

b) 5’-ACA-CCC-ACU-3’ (Threonine-Prolin-Threonine)

c) 5’-GGG-AAA-UUU-3’ (Glisin-Lynin-Fenilalanine)
Part Three

Please define the words :

1. Nucleotide : merupakan bagian dasar dari DNA dan RNA, merupakan kelompok
zatbiokimia yang memiliki struktur molekul purin atau basa primidin, gula ribosa
atau 2-deoksiribosa dan satu atau lebih gugus fosfat. Nukleotida juga merupakan
konstituen asam nukleat (DNA dan RNA) yang menyimpan dan mengirimkan
informasi genetik (A.D. Kay, T. Vrede, in Encyclopedia of ecology, 2008
Evolutionary and Biochemical Aspects).

2. Deoxyribonucleic acid : merupakan makromolekuler berupa benang yang sangat

panjang dan sejumlah besar terbentu dari deoksiribonukleotida. Masing-masing
tersusun dari satu gula, satu basa, dan satu gugur fosfat.

3. Ribonucleic acid : terbuat dari rantai panjang nukleotida masing-masing nukleotida

dari gugus fosfat gula ribosa dan basa nukleotida. RNA berperan dalam proses
sintetis protein untuk membuat protein.

4. Amino acid : merupakan senyawa alami yang terdiri dari gugus fungsi amina dan
asam karboksilat yang teriat pada atom karbon yang sama. Asam amino juga
merupakan molekul yang mengandung gugus asam arboksilat dan rantai samping
yang spesifik untuk setiap asam amino.

5. Chromosome : merupakan pembawa sifat keturunan atau pembawa materi genetik

yang berbentuk seperti benang-benang halus.

6. Genes : adalah bagian paling dasar yang membawa sifat untuk diwariskan dan berada
dalam DNA.

7. Protein : berasal dari kata protos atau proteos yang artinya utama merupakan polimer
yang berasal dari asam amino, dimana merupakan hasil translasi atau sintesis protein
oleh RNA. Asam amino akan dihubungkan dengan asam amino yang lain dan
 membentuk ikatan peptida.

8. Genome : merupakan rangkaian kompleks DNA dari suatu organisme yang termasuk
gen di dalamnya. Genom memiliki ukuran sejumlah total DNA yang terkandung
dalam satu salinan lengkap genom. Lalu genom juga mengandung semua informasi
yang diperlukan untuk membentuk dan menjalankan fungsi organisme.

9. Gene expression : merupakan proses mengubah kode-kode informasi menjadi

protein-protein yang beroprasi di dalam sel. Hal ini terdiri dari proses transkripsi dan
translasi.

10. Replication origins : merupakan titik awal (replikasi dimulai), asal replikasi atau
replication origin adalah urutan DNA dimana replikasi dimulai pada kromosom,
plasmid, atau virus. Untuk DNA kecil termasuk plasmid bakteri dan virus kecil, satu
asal replika sudah cukup. Jika DNA besar maka asal replikasinya banyak dan
replikasi DNA dimulai pada semua titik awal. Jika semua replika harus dilanjutkan
dari satu asal, akan memakan waktu terlalu lama untuk mereplikasi seluruh massa
DNA.

11. Lagging strand : merupakan untaian DNA yang terletak bersebrangan dengan leading
strand yang disintesis dalam segmen yang bernama fragmen okizaki.

12. Leading strand : merupakan untaian DNA pengawal yang disintesis dengan arah 5-3
secara berkesinambungan. Perbedaan dengan lagging strand yaitu untaian yang
dibawa merupakan untaian DNA putus-putus atau lag, sedangkan untaian yang
dibawa oleh leading strand membawa untaian berkesinambungan.

13. Okazaki fragments : merupakan DNA pendek berbentuk fragmen bagian-bagian

dalam proses replikasi pada untaian DNA lambat atau lagging strand 3-5.

14. Transcription : merupakan proses membuat salinan RNA dari urutan gen. Salinan ini,
yang disebut molekul messenger RNA (mRNA), meninggalkan inti sel dan
 memasuki sitoplasma, di mana ia mengarahkan sintesis protein, yang dikodekannya.

15. Translation : merupakan proses menerjemahkan urutan molekul messenger RNA

(mRNA) ke urutan asam amino selama sintesis protein. Kode genetik
menggambarkan hubungan antara urutan pasangan basa dalam gen dan urutan asam
amino yang sesuai yang dikodekannya. Dalam sitoplasma sel, ribosom membaca
urutan mRNA dalam kelompok tiga basa untuk merakit protein.

16. RNA polymerase : merupakan sebuah enzym yang berperan dalam menyalin urutan
DNA menjadi urutan RNA selama proses transkripsi.

17. Promoter : merupakan bagian dari DNA yang diperlukan untuk mengaktifkan atau
menonaktifkan gen. Urutan promotor adalam elemen pengatur ekspresi gen.

18. Terminator or stop site :merupakan urutan asam nukleat yang menyebabkan aktivitas
RNA polimeraseberhenti beraktivitas. Hal ini menandakan akhir dari gen. Oleh
karena itu, transkripsi terhenti.

19. Intron : adalah bagian dari gen yang tidak mengkode asam amino. Dalam sel
tumbuhan dan hewan sebagian besar urutan gen dipecah oleh satu atau lebih intron.
Bagian dalam gen yang tidak diekspresikan dalam protein karena berada di antara
ekson.

20. Exon : merupakan bagian bagian dari urutan gen yang diekspresikan dalam protan.

21. RNA Splicing :(Ms. Jurica, G.A. Roybal. In Encyclopedia of Biologica; Chemistry
(second edition) 2013).

22. Anticodon : merupakan urutan trinukleotida yang melengkapi kodon yang sesuai
dalam urutan messenger RNA (mRNA). Antikodon ditemukan di salah satu ujung
molekul RNA transfer (tRNA).
23. Codon : merupakan urutan tiga nukleotida DNA atau RNA yang sesuai dengan asam
amino tertentu atau sinyal berhenti selama sintesis protein. Kemudian kodon juga
merupakan urutan trinukleotida DNA atau RNA yang sesuai dengan asam amino
tertentu. Kode genetik menggambarkan hubungan antara urutan basa DNA (A, C, G,
dan T) dalam gen dan urutan protein yang sesuai yang dikodekannya. Sel membaca
urutan gen dalam kelompok tiga basa. Ada 64 kodon yang berbeda: 61 menentukan
asam amino sedangkan tiga sisanya digunakan sebagai sinyal stop.
Penugasan :

- Mahasiswa menjawab pertanyaan-pertanyaan di atas dengan jelas dan benar, serta

menggunakan Bahasa Indonesia yang baik dan benar.
- Apabila jawaban yang ditulis merupakan hasil mengutip dari buku/artikel
jurnal/sumber lainnya, maka harus mencantumkan sumber pustaka untuk setiap
kutipan yang digunakan dan menambahkan Daftar Pustaka.
- Hanya boleh mengutip dari buku/artikel jurnal/website institusi resmi dan bukan
dari blog pribadi atau Wikipedia.
- Format pelaporan tugas : kertas ukuran A4, spasi 1.5, font Times New Roman 12 pt,
margin setiap sisi 2.5 cm.
- Tugas yang diunggah dalam format PDF, dengan format nama file : Kelas#-
Tugas1A-Nama#- NPM#
- Batas pengumpulan tugas adalah 3 Maret 2022 jam 17:00 WIB, dikumpulkan
dalam folder

Tugas Individu 1A pada GC/Live Unpad masing-masing kelas.

- Bila ada yang belum jelas, dapat menghubungi dosen kelas masing-masing.

Selamat bekerja dan tetap semangat

 Daftar Pustaka

Nurhayati, B., & Darmawati, S. (2017). Biologi Sel dan Molekuler. Pusat Pendidikan
Sumber Daya Manusia Kesehatan Badan Pengembangan Dan Pemberdayaan Sumber Daya
Manusia Kesehatan.
Morange, M. The Central Dogma of molecular biology. Reson 14, 236–247 (2009).
https://doi.org/10.1007/s12045-009-0024-6
Shapiro, J. A. (2009). Revisiting the Central Dogma in the 21st Century. Annals of the
new york academy of science. https://doi.org/10.1111/j.1749-6632.2009.04990.x
Witarto, A. B., & Sajidan. (2010). BIOINFORMATIKA: TREND DAN PROSPEK
DALAM PENGEMBANGAN KEILMUAN BIOLOGI. Proceeding Biology Education
Conference, vol.7, No. 1. https://jurnal.uns.ac.id/prosbi/article/view/5950/5334
Korbinian Liebl, Tomas Drsata, Filip Lankas, Jan Lipfert, Martin Zacharias,
Explaining the striking difference in twist-stretch coupling between DNA and RNA: A
comparative molecular dynamics analysis, Nucleic Acids Research, Volume 43, Issue 21, 2
December 2015, Pages 10143–10156, https://doi.org/10.1093/nar/gkv1028
Marihito, R., Chungdinata, S., Nazareth, T., & Pinontoan, B. (2017). IDENTIFIKASI
PERUBAHAN STRUKTUR DNA TERHADAP PEMBENTUKAN SEL KANKER
MENGGUNAKAN DEKOMPOSISI GRAF. Jurnal Ilmiah Sains, Vol. 17 No. 2, 153-160.
Santangelo, T., Artsimovitch, I. Termination and antitermination: RNA polymerase
runs a stop sign. Nat Rev Microbiol 9, 319–329 (2011). https://doi.org/10.1038/nrmicro2560
https://ejournal.unsrat.ac.id/index.php/JIS/article/viewFile/17368/17570
https://bio.libretexts.org/Bookshelves/Microbiology/Book
%3A_Microbiology_(Boundless)/7%3A_Microbial_Genetics/
7.09%3A_Eukaryotic_Genetics/7.9B%3A_The_Relationship_Between_Genes_and_Proteins
https://reader.elsevier.com/reader/sd/pii/S1534580715006577?
token=962EB299ED91BE7AC83789AEF7EA2817530118F6CCB5F62F7C199F7723839AD
EA184DE9524D430C519B83D6A3DCB04B6&originRegion=eu-west-
1&originCreation=20220302131826
http://staffnew.uny.ac.id/upload/132058092/pendidikan/modul-3-strukturdan-fungsi-
dna-dan-rna1.pdf
https://www.sciencedirect.com/book/9780123736284/gas-chromatography-and-mass-
spectrometry
https://www.google.com/amp/s/www.sehatq.com/artikel/apa-itu-genom-dan-dna/amp
 https://www.sciencedirect.com/book/9780124160026/animal-biotechnology
http://wolfson.huji.ac.il/expression/vector/origin.html#:~:text=origin%20of
%20replication&text=An%20origin%20of%20replication%20is,a%20single%20origin%20is
%20sufficient
https://www.genome.gov/genetics-glossary/Transcription
https://bmcsystbiol.biomedcentral.com/articles/10.1186/1752-0509-8-
25#:~:text=mRNA%20translation%20is%20a%20ubiquitous,is%20transcribed%20to%20the
%20mRNA
https://www.nature.com/scitable/definition/rna-polymerase-106/
https://www.genome.gov/genetics-glossary/Intron
https://www.sciencedirect.com/topics/neuroscience/rna-splicing
https://www.genome.gov/genetics-glossary/Anticodon#:~:text=An%20anticodon
%20is%20a%20trinucleotide,transfer%20RNA%20(tRNA)%20molecule
https://www.nature.com/scitable/definition/codon-155/
https://www.genome.gov/genetics-glossary/Codon
https://www.genome.gov/genetics-glossary/Translation
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK558999/#:~:text=The%20primary
%20function%20of%20RNA,RNA%20involved%20in%20protein%20synthesis
https://opentextbc.ca/biology2eopenstax/chapter/prokaryotic-gene-regulation/
#:~:text=The%20regulation%20of%20gene%20expression,the%20action%20of%20RNA
%20polymerase
https://courses.lumenlearning.com/suny-wmopen-biology1/chapter/regulation-of-
gene-expression/#:~:text=Eukaryotic%20gene%20expression%20is%20regulated%20during
%20transcription%20and%20RNA%20processing,post%2Dtranslational%20modifications
%20of%20proteins