(RPP)
Mata Pelajaran
: Biologi
Nama :
Jimmi A. Mamahit
Kelas/ Semester
: XII
NIM
12 310 321
Pertemuan
: 1
Alokasi Waktu
: 1 15 menit
Standar Kompetensi : Memahami Mekanisme Sintesis Protein Pada Sel Prokariot dan Eukariot
Kompetensi Dasar
Tujuan
Indikator
II
Menjelaskan proses Transkripsi yang terjadi pada Sel Prokariot dan Eukariot
Menjelaskan proses Translasi yang terjadi pada Sel Prokariot dan Eukariot
Materi Ajar
Sintesis Protein
Protein baru akan disintesis atau dibuat oleh perangkat lain yang berada di dalam
tubuh dengan satu pengawasan utama. Peoses membuat protein baru yang akan digunakan
untuk memperbaiki sel-sel tubuh yang rusak atau penambahan sel-sel tubuh tersebut
dinamakan dengan sintesis protein. Karena tubuh manusia dan hewan merupakan kumpulan
dari bermilyar-milyar sel, maka pembuatan tersebut terjadi di dalam sel.
Protein atau polipeptida merupakan rangkaian Asam Amino. Polipeptida terbentuk
berdasarkan urutan basa pada gen (DNA), Maka DNA itulah yang bertanggung jawab
menentukkan cetak biru kehidupan. Polipeptida dibentuk berdasarkan perintah DNA. DNA
akan menyampaikan informasi genetik menggunakan kode kode genetik untuk fotosintesis
protein. Sintesis polipeptida dipengaruhi oleh meteri genetik DNA dan RNA. Ada 2 tahap
sintesis protein, yaitu transkripsi dan translasi.
A. Transkripsi
Pada organisme eukariot (memiliki inti sel), DNA terdapat pada kromosom, artinya
bahwa DNA berada si dalam inti sel. DNA akan tetap berada di dalam sel, sedangkan protein
dibuat di dalam sitoplasma. DNA tidak ikut berperan secara langsung dalam pembuatan
protein, tetapi pita double helix DNA sangat berperan penting dalam terbentuknya RNA duta.
Transkripsi adalah proses pembentukan molekul RNA dari DNA. Proses transkripsi
memerlukan kerja sekelompok enzim yang disebut dengan RNA polimerase. Untuk memulai
proses ini, dibutuhkan adanya sinyal atau tanda yang berupa gen tertentu. Gen yang menjadi
tanda itu adalah kodon AUG. Tempat mulainya transkripsi ini disebut hulu, atau dikodekan
dengan bentuk 5`. Proses dimulainya transkripsi dikenal dengan istilah inisiasi. Pada
pengakhiran proses transkripsi, ada daerah yang disebut hilir yang sering ditandai dengan
bentuk 3`. Proses diakhirinya transkripsi dikenal dengan istilah terminasi. Proses transkripsi
selalu berjalan dari hulu ke hilir, artinya selalu berjalan menurut arah 5` ke 3`.
Sudah kita ketahui bahwa DNA memiliki dua untai atau dua pita. Pada proses
transkripsi, hanya satu untai saja yang berfungsi sebagai pencetak RNA. Pita DNA yang
mencetak RNA duta ini dikenal dengan istilah DNA sens. Pita DNA komplementer
(pelengkap) lainnya yang tidak mencetak RNA duta disebut DNA antisens().
Proses antara inisiasi dan terminasi adalah proses pemanjangan atau dikenal dengan
proses elongasi. Pita RNA duta dengan pita DNA memiliki panjang yang berbeda. Untaian
RNA lebih pedek dari pada untaian DNA. Di dalam satu untai DNA double helix bisa terjadi
beberapa proses transkripsi yang menghasilkan beberapa untai RNA duta.
Informasi yang diterjemahkan dari DNA ke RNA adalah basa nitrogennya. Jika pada
untai DNA sens terdapat basa nitrogen adenin(A), maka pada rantai RNA duta akan
diterjemahkan sebagai basa nitrogen urasil(U). Jika pada untai DNA sens terdapat basa
nitrogen guanin(G), maka pada untai RNA duta akan diartikan sebagai basa nitrogen
sitosin(S). Hal ini berlaku sebaliknya. Untai inisiasi pada DNA-pun akan diterjemahkan
menjadi untai terminasi pada RNA duta, dan sebaliknya.
RNA duta yang telah selesai dicetak (dalam arti telah selesai menerima informasi
genetik dari DNA) akan meninggalkan DNA, keluar dari inti sel melalui pori-pori membran
inti sel menuju sitoplasma untuk melanjutkan proses translasi.
Ada 3 macam RNA hasil transkripsi DNA, yaitu mRNA, tRNA dan rRNA. Molekul
tRNA dan rRNA nantinya tidak memasuki tahap translasi, melainkan tetap dalam bentuk RNA
karena molekul yang digunakan adalah RNA itu sendiri (Yuwono, 2008).
Di dalam proses transkripsi, terdapat beberapa komponen yang terlibat yaitu :
1) urutan DNA yang akan ditranskripsi,
2) enzim RNA polimerase,
3) faktor-faktor transkripsi,
4) prekursor untuk sintesis RNA (Yuwono, 2008).
Pada eukariot proses transkripsi dan translasi tidak terjadi secara bersamaan, karena
transkripsi terjadi pada inti sedangkan translasi terjadi pada sitoplasma. Berbeda dengan
proses transkripsi dan translasi pada prokariot yang dapat terjadi secara bersamaan. Proses
transkripsi dan translasi pada eukariot lebih kompleks daripada prokariot. mRNA pada
eukariot berasal dari transkrip gen primer yang melalui beberapa tipe proses, antara lain:
1 Pembelahan sebagian besar mRNA prekursor (pre-mRNAs) menjadi molekul mRNA yang
lebih kecil.
2 Penambahan kelompok 7-methyl guanosin (mRNA caps) pada ujung 5 molekul.
3 Penambahan kira-kira 200 nukleotida panjang yang merupakan urutan nukleotida adenilet
(poly-A tails) pada ujung 3 molekul.
4 Melengkapi formasi atau susunan dengan protein yang spesifik.
Tiga macam RNA polimerase mengenali urutan promoter yang berbeda; dan
membutuhkan perangkat protein yang berbeda (disebut faktor transkripsi atau
transcription factor). Berikut penjelasan dari ketiga RNA polimerase yang bekerja pada
eukariot.
RNA Polimerase I
Dalam Gardner (1991), dijelaskan bahwa RNA polimerase I terletak pada nukleolus dan
mengkatalis pembentukan rRNA
RNA Polimerase II
Masih dalam Gardner dkk (1991), dijelaskan bahwa RNA polimerasi II mentranskripsikan
sebagian besar gen-gen struktural inti. RNA polimerase II ini bertanggungjawab pada
pembentukan pra-mRNA.
RNA Polimerase III
RNA polmerase III, sebagaimana RNA polimerase II, tidak berada di nukleolus, melainkan di
nukleoplasma. RNA polimerase III ini mentranskripsikan gen-gen untuk inti kecil RNAs dan
tRNAs. Tempt pelekatannya berada di antara gen-gen tersebut (Gardner dkk, 1991).
Sedikit telah disinggung di atas bahwa pada eukariot transkripsi terjadi tidak
bersamaan dengan translasi. Dengan adanya membran inti, pada eukariot dapat dibedakan
tempat terjadinya transkripsi dan translasi, transkripsi terjadi di dalam inti sedang translasi
terjadi di sitoplasma. Waktunya pun tidak dapat terjadi secara bersamaan, sebab sebelum
dapat melakukan translasi, harus merampungkan terlebih dahulu proses transkripsi. Proses
transkripsi dan translasi pada eukariotpun lebih kompleks daripada prokariot (Gardner, dkk.
1991).
Gambar : Transkripsi - RNA dibuat dari untai DNA. Tahap elongasi merupakan tahap
perpajangan ratai RNA dari untai DNA templat atau pita sense.
B. Translasi
Pada proses ini, RNA duta telah keluar dari inti sel. Sekali RNA duta keluar dari inti
sel dan telah berada dalam sitoplasma, maka RNA duta akan bergabung dengan satu atau lebih
ribosom yang memungkinkan asam-asam amino disusun menjadi rantai polipeptida sesuai
dengan kode genetik yang diamanahkan pada rantai RNA duta. Jadi proses translasi
merupakan proses pemindahan informasi genetik dari RNA ke protein.
Proses translasi dibantu dengan bantuan molekul-molekul perantara lain yang terdapat
di dalam sitoplasma, yaitu RNA transfer atau RNA pemindah. RNA pemindah berfungsi untuk
mengikat asam amino pada satu ujungnya, sedangkan ujung yang lain mampu untuk mengenal
kodon RNA duta untuk tempat melekatnya asam amino yang dia ikat.
Asam amino-asam amino yang terdapat di dalam sitoplasma akan diikat oleh RNA
pemindah. Pengikatan ini dibantu dengan menggunakan energi yang berupa ATP(adenin
tripospat). ATP berfungsi untuk mengaktifkan asam amino agar siap untuk diangkut ke subunit
ribosom.
dibutuhkan oleh sel. Sub unit besar dan subunit kecil akan bersatu kembali jika akan
dilakukan proses sintesis kembali.
Berikut merupakan gambar proses sintesis protein yang meliputi transkripsi dan translasi
sampai terbentuk polipeptida yang berupa rantai.
Kode Genetik
Penetapan triplet kodon pada mRNA sebagai pembawa informasi genetik atau kode
genetik yang akan menyandi pembentukan suatu asam amino tertentu berawal dari pemikiran
bahwa macam basa nitrogen jauh lebih sedikit daripada macam asam amino. Basa nitrogen
pada mRNA hanya ada empat macam, sedangkan asam amino ada 20 macam. Oleh karena itu,
jelas tidak mungkin tiap asam amino disandi oleh satu basa. Begitu juga, kombinasi dua basa
hanya akan menghasilkan 42 atau 16 macam duplet, masih lebih sedikit daripada macam
amino yang ada. Kombinasi tiga basa akan menghasilkan 4 3 atau 64 triplet, melebihi jumlah
macam asam amino. Dalam hal ini, satu macam asam amino dapat disandi oleh lebih dari satu
macam triplet kodon.
Bukti bahwa kode genetik berupa triplet kodon diperoleh dari hasil penelitian F.H.C.
Crick dan kawan-kawannya yang mempelajari mutasi pada lokus rIIB bakteriofag T4. Mutasi
tersebut diinduksi oleh proflavin, suatu molekul yang dapat menyisip di sela-sela pasangan
basa nitrogen sehingga kesalahan replikasi DNA dapat terjadi sewaktu-waktu, menghasilkan
DNA yang kelebihan atau kekurangan satu pasangan basa. Hal ini akan menyebabkan
perubahan rangka baca (reading frame), yaitu urutan pembacaan basa-basa nitrogen untuk
diterjemahkan menjadi urutan asam amino tertentu. Mutasi yang disebabkan oleh perubahan
rangka bacaakibat kelebihan atau kekurangan pasangan basa disebut sebagai mutasi rangka.
Jika mutan (hasil mutasi) rangka baca yang diinduksi oleh proflavin ditumbuhkan pada
medium yang mengandung proflavin, akan diperoleh beberapa fag tipe liar sehingga mutasi
seolah-olah dapat dipulihkan atau terjadi mutasi balik (reverse mutation). Pada awalnya
mutasi balik diduga karena kelebihan pasangan basa dibuang dari rangka baca yang salah
sehingga rangka baca tersebut telah diperbaiki menjadi seperti semula. Namun, karena mutasi
bersifat acak, maka mekanisme semacam itu kecil sekali kemungkinannya untuk terjadi dan
dugaan tersebut nampaknya tidak benar. Crick dan kawan-kawannya menjelaskan bahwa
mutasi balik disebabkan oleh hilangnya (delesi) satu pasangan basa lain yang letaknya tidak
terlalu jauh dari pasangan basa yang menyisip (adisi). Rangka baca yang baru ini akan
menghasilkan urutan asam amino yang masih sama fungsinya dengan urutan sebelum terjadi
mutasi. Dengan perkataan lain, mutasi balik terjadi karena efek mutasi awal akibat
penambahan basa ditekan oleh mutasi kedua akibat pengurangan basa sehingga mutasi yang
kedua ini disebut juga sebagai mutasi penekan (suppressor mutation).
Tabel. Kode genetik
Protein rIIB
pada
T4
mempunyai bagianbagian
yang di dalamnya
dapat
terjadi
perubahan
urutan
asam
amino.
Perubahan
ini dapat berpengaruh
atau tidak
berpengaruh terhadap
fungsi
proteinnya. Jika dua
strain
mutan T4 yang satu
sama lain
mengalami
mutasi
berbeda di
dalam bagian protein
rIIB
disilangkan melalui
infeksi
campuran pada suatu
inang,
maka T4 tipe liar akan diperoleh sebagai hasil rekombinasi genetik antara kedua tempat mutasi
yang berbeda itu. Akan tetapi, ketika kedua strain mutan rIIB yang disilangkan merupakan
strain-strain yang diseleksi secara acak (tidak harus mengalami mutasi yang berbeda), ternyata
tidak selalu diperoleh tipe liar. Hasil ini menunjukkan bahwa strain-strain mutan dapat dibagi
menjadi dua kelompok, yaitu strain + dan strain -. Dalam hal ini, strain + tidak harus selalu
mutan adisi, dan strain tidak harus selalu mutan delesi. Namun, sekali kita menggunakan
tanda + untuk mutan adisi berarti strain + adalah mutan adisi. Begitu pula sebaliknya, sekali
kita gunakan tanda + untuk mutan delesi berarti strain + adalah mutan delesi.
Persilangan antara strain + dan strain hanya menghasilkan rekombinasi berupa
fenotipe tipe liar, sedangkan persilangan antara sesama + atau sesama tidak pernah
menghasilkan tipe liar. Hal ini karena persilangan sesama + atau sesama akan menyebabkan
adisi atau delesi ganda sehingga selalu menghasilkan fenotipe mutan. Sementara itu,
persilangan antara starin + dan akan menyebabkan terjadinya mutasi penekan (adisi ditekan
oleh delesi atau delesi ditekan oleh adisi) atau hanya menghasilkan mutasi pada urutan asam
amino yang tidak berpengaruh terhadap fungsi protein sehingga diperoleh fenotipe tipe liar.
Oleh karena persilangan sesama + atau sesama tidak pernah menghasilkan tipe liar,
kode genetik jelas tidak mungkin terdiri atas dua basa. Seandainya, kode genetik berupa
duplet, maka akan terjadi pemulihan rangka baca hasil persilangan tersebut. Kenyataannya
tidak demikian. Pemulihan rangka baca akibat mutasi penekan justru terjadi apabila
persilangan dilakukan antara strain + dan strain -.
Apabila kode genetik berupa triplet, maka persilangan teoretis sesama + atau sesama
akan menghasilkan fenotipe mutan, sesuai dengan hasil kenyataannya. Namun, rekombinasi
antara tiga + atau tiga akan menghasilkan tipe liar. Hal ini memperlihatkan bahwa kode
genetik terdiri atas tiga basa.
1. Jika kode genetik berupa duplet, hasil persilangan teoretis tidak sesuai dengan kenyataan yang
diperoleh.
2. Jika kode genetik berupa triplet, hasil persilangan teoretis sesuai dengan kenyataan yang
diperoleh.
Sifat-sifat kode genetik
Kode genetik mempunyai sifat-sifat yang akan dijelaskan sebagai berikut.
III
1.
Kode genetik bersifat universal. Artinya, kode genetik berlaku sama hampir di setiap spesies
organisme.
2.
Kode genetik bersifat degenerate atau redundant, yaitu bahwa satu macam asam amino dapat
disandi oleh lebih dari satu triplet kodon. Sebagai contoh, treonin dapat disandi oleh ACU,
ACC, ACA, dan ACG. Sifat ini erat kaitannya dengan sifat wobble basa ketiga, yang artinya
bahwa basa ketiga dapat berubah-ubah tanpa selalu disertai perubahan macam asam amino
yang disandinya. Diketahuinya sifat wobble bermula dari penemuan basa inosin (I) sebagai
basa pertama pada antikodon tRNAala ragi, yang ternyata dapat berpasangan dengan basa A,
U, atau pun C. Dengan demikian, satu antikodon pada tRNA dapat mengenali lebih dari satu
macam kodon pada mRNA.
3.
Oleh karena tiap kodon terdiri atas tiga buah basa, maka tiap urutan basa mRNA, atau berarti
juga DNA, mempunyai tiga rangka baca yang berbeda (open reading frame). Di samping
itu, di dalam suatu segmen tertentu pada DNA dapat terjadi transkripsi dan translasi urutan
basa dengan panjang yang berbeda. Dengan perkataan lain, suatu segmen DNA dapat terdiri
atas lebih dari sebuah gen yang saling tumpang tindih (overlapping). Sebagai contoh,
bakteriofag X174 mempunyai sebuah untai tunggal DNA yang panjangnya lebih kurang
hanya 5000 basa. Seandainya dari urutan basa ini hanya digunakan sebuah rangka baca, maka
akan terdapat sekitar 1700 asam amino yang dapat disintesis. Kemudian, jika sebuah molekul
protein rata-rata tersusun dari 400 asam amino, maka dari sekitar 1700 asam amino tersebut
hanya akan terbentuk 4 hingga 5 buah molekul protein. Padahal kenyataannya, bakteriofag
X174 mempunyai 11 protein yang secara keseluruhan terdiri atas 2300 asam amino. Dengan
demikian, jelaslah bahwa dari urutan basa DNA yang ada tidak hanya digunakan sebuah
rangka baca, dan urutan basa yang diekspresikan (gen) dapat tumpang tindih satu sama lain
: Scientific
2. Metode
: Ceramah
3. Media
: Proyektor - LCD
IV Langkah-Langkah Pembelajaran
Kegiatan Pembelajaran
Aktivitas Guru
Tatap Muka
Aktivitas Siswa
Pertemuan 1
(1 15 menit)
A. Kegiatan awal
Apersepsi
(2 menit)
sebelumnya
Siswa menjawab :
Kulit, kuku, rambut yang ada
pada manusia itu akibat adanya
proses pembentukan protein atau
disebut sebagai protein struktural
yang membangun tubuh agar
berjalan sesuai fungsinya.
(10 menit)
Siswa menjawab :
Sel eukariot : Proses Transkripsi
terjadi di inti sel, sedangkan
proses translasi berlangsung di
sitoplasma (di luar inti sel).
Sel prokariot : Proses transkripsi
Siswa menjawab :
untuk cetakan RNA yaitu
arah 3 ke 5
Siswa menjawab :
-Inisiasi
-Elongasi
-Terminasi
Siswa menjawab :
sintesis protein
Siswa menjawab
Siswa menjawab :
(kodon stop) ?
polypeptide.
dihasilkan ?
Siswa menjawab :
Asn = asparagin
Gln = glutamin
Leu = leusin
Ser = serin
Cys = sistein
C. Kegiatan akhir
(3 menit)
translasi).
Siswa menjelaskan kembali
perbedaan sintesis protein
(transkripsi-translasi) pada sel
sel prokariot dan sel eukariot.
Bahan/ Sumber
- Buku Biologi kelas XII. Dyah Aryulina, dkk. 2004. Esis, PT. Erlangga Jakarta.
- Buku Biologi Kelas XII. Pratiwi, D. A, Maryati Sri, dkk. 2007. PT. Erlangga Jakarta.
VI
Penilaian
Uji kompetensi tertulis :
Pilihan Ganda ! e c b d a d b
6
7
1
2
Asam ribonukleat dibentuk dari sebuah DNA beupa rantai sense di inti sel. Tahap ini merupakan
tahap... .
a deviasi
b duplikasi
c translasi
d replikasi
e transkripsi
Produk yang dihasilkan dalam sintesis protein adalah..
a Materi Genetik
b Lipid
c Asam Amino
d Nukleotida
e DNA dan RNA
Secara garis besar langkah pembuatan/pencetakan protein terjadi melalui 2 tahap yaitu.
a replikasi dan sintesis
b transkripsi dan translasi
c translasi dan replikasi E.sintesis dan translasi
d sintesis dan replikasi
e replikasi dan transkripsi
Berikut ini merupakan peristiwa yang terjadi pada saat sintesa protein antara lain:
1 Asam amino berderet sesuai urutan kode genetika
2 RNAt, mengikat asam-asam amino
3 DNA mentraskrip RNAm
4 terbentuk rantai polipeptida
5 RNAm menuju ke ribosom
Urutan yang benar selama proses sintesa protein adalah .......
a 31245
b 32514
c 32541
d 35124
e 35214
Pada kodon apa translasi dimulai (kodon start) dan pada kodon apa translasi berhenti (kodon
stop).....
a AUG dan UAA
c. CAU dan UGA
e. UUA dan UAG
b UGG dan AUG
d. UAA dan UUG
Tempat terjadinya translasi pada proses sintesis protein adalah.....
a. retikulum endoplasma
c. mitokondria
e. plastida
b. Badan golgi
d. ribosom
RNA yang berfungsi mengangkut asam amino guna dirangkai menjadi polipeptida adalah...
a RNAr
c. DNA
e. Sense
b RNAt
d. RNAd
Essay !
Jelaskan perbadaan sintesis protein pada sel prokariot dan sel eukariot !
Jelaskan apa fungsi dari fenotipik !
e
c
b
4. d
5. a
6. d
7. b
Jawaban Essay
1
Pada prokariotik, proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir secara serentak, artinya
bahwa sebelum transkripsi selesai dilakukan, translasi sudah dapat dimulai. Hal ini dapat
terajadi karena pada prokariotik tidak ada hambatan struktural sel karena semua komponen
transkripsi dan translasi terletak pada ruangan sitoplasma yang sama. Sebaliknya, pada
eukariotik, transkripsi berlangsung di dalam nukleus sedangkan translasi beralangsung di
dalam sitoplasma. Dengan demikian translasi baru dapat dijalankan jika proses transkripsi
sudah selesai dilakukan.
Fungsi dasar pertama DNA adalah sebagai fungsi genotipik yang artinya DNA bertugas dalam
pewarisan sifat keturunan atau sebagai informasi genetic, yang kedua yang harus dijalankan
oleh DNA sebagai materi genetik adalah fungsi fenotipik. Artinya, DNA harus mampu
mengatur pertumbuhan dan diferensiasi individu organisme sehingga dihasilkan suatu
fenotipe tertentu. Fungsi ini dilaksanakan melalui ekspresi gen, yang tahap pertamanya
adalah proses transkripsi, yaitu perubahan urutan basa molekul DNA menjadi urutan basa
molekul RNA. Dengan perkataan lain, transkripsi merupakan proses sintesis RNA
menggunakan salah satu untai molekul DNA sebagai cetakan (templat)nya.