Nama : Talitha Zakia

NPM : 2206203010007

RINGKASAN STRUKTUR RIBOSOM

DAN MEKANISME SINTESIS PROTEIN
A. Struktur Ribosom

Ribosom adalah mesin makromolekul raksasa terdiri dari dua pertiga RNA dan sepertiga
protein menurut beratnya. RNA ribosom (rRNA) disintesis di dalam nukleolus inti sel dan
diekspor serta difungsikan di sitoplasma. Protein ribosom umumnya kecil dan bersifat basa.
Peran utama protein ribosom tampaknya membantu melipat dan menstabilkan inti RNA,
memungkinkan perubahan konformasi rRNA yang diperlukan untuk RNA ini untuk
mengkatalisis sintesis protein yang efisien.

RNA Ribosom (rRNA) melipat menjadi banyak heliks berpasangan, dengan

membandingkan urutan rRNA dari banyak spesies berbeda. Heliks-heliks ini dan loop-loop
(simpul lengkung) perantaranya membentuk struktur yang kompak.
 Ribosom terdiri dari subunit kecil dan subunit besar yang mengikat bersama
selama translasi mRNA. Setiap subunit mencakup satu atau lebih molekul RNA ribosom
(rRNA) dan banyak protein berbeda. Ukuran subunit dan rRNA ini secara tradisional
diberikan dalam satuan S (Svedburg), koefisien sedimentasi diukur dalam ultracentri gagal.
Meskipun semua ribosom berasal dari nenek moyang yang sama dan memiliki mekanisme
aksi yang serupa, strukturnya berbeda. Ribosom mamalia memiliki RNA yang lebih besar
dan lebih banyak protein daripada ribosom prokariotik dan mitokondria.

RNA ribosom merupakan inti struktural dari setiap subunit ribosom (Gbr. 12.7).
18S rRNA dari subunit kecil ribosom mamalia mengandung sekitar 1900 nukleotida, yang
sebagian besar terlipat menjadi heliks berpasangan basa. Subunit besar ribosom mamalia
mencakup tiga RNA: 28S rRNA yang terdiri dari sekitar 5.000 nukleotida, 5.8S rRNA
dari 156 nukleotida, dan 5S rRNA dari 121 nukleotida. rRNA melipat menjadi banyak
heliks berpasangan berbasis, seperti yang diperkirakan pertama kali dengan
membandingkan urutan rRNA dari banyak spesies berbeda (Gbr. 12.6). Heliks-heliks ini
dan loop-loop perantaranya membentuk struktur yang kompak.
 Meskipun rRNA prokariotik berbeda dalam ukuran dan urutan dari rRNA
eukariotik, mereka melipat dengan cara yang sama. Banyak fitur rRNA telah dilestarikan
selama evolusi, termasuk permukaan di mana subunit berinteraksi, situs untuk mengikat
tRNA, mRNA, dan kofaktor protein, dan nukleotida yang terlibat dengan pembentukan
ikatan peptida. Decoding mRNA dan sintesis polipeptida terjadi di rongga antara subunit.
Permukaan rongga ini umumnya bebas dari protein, jadi (luar biasa) rRNA—bukan protein
—sebagian besar bertanggung jawab atas pengikatan mRNA, pengikatan tRNA, dan
katalisis pembentukan ikatan peptida. tRNA bergerak secara berurutan melalui tiga situs
bersama oleh dua subunit: situs A (aa-tRNA), situs P (untuk peptidil-tRNA), dan situs E
(untuk keluar). Rantai polipeptida yang tumbuh keluar dalam terowongan yang melewati
inti RNA dari subunit besar. Sintesis dan perakitan ribosom ragi membutuhkan partisipasi
ketiga RNA polimerase, 75 RNA nukleolus kecil (snoRNA), dan lebih dari 200 faktor
protein, selain 80 protein ribosom dan 4 rRNA yang ada dalam ribosom dewasa. RNA
prekursor dibelah dan dimodifikasi untuk membentuk rRNA. Faktor perakitan yang terdiri
dari snoRNA dan banyak protein kemudian mengatur perakitan bertahap rRNA dan
protein ribosom ke dalam subunit kecil dan besar dan memandu ekspornya dari nukleus
ke sitoplasma.

Ribosom
berperan
menyatukan mRNA dan tRNA untuk mensintesis polipeptida. Pasangan basa antara kodon
mRNA dan antikodon tRNA memastikan bahwa urutan polipeptida yang disintesis adalah
yang ditentukan oleh urutan kodon dalam mRNA yang sesuai. Di dalam ribosom terdapat 3
bagian yang memiliki fungsi tersendiri, yaitu bagian E (exit site), bagian P (peptidil site), dan
bagian A (aminoacyl site).

 situs E merupakan tempat keluarnya tRNA yang sudah terdeasilisasi.

 situs P merupakan tempat pengikatan tRNA yang membawa rantai polipeptida yang
sedang tumbuh.

 situs A merupakan tempat pengikatan tRNA yang membawa asam amino yang akan
ditambahkan pada rantai polipeptida
  Ribosom bebas adalah ribosom
yang terdapat di sitoplasma.
 Ribosom terikat adalah ribosom
yang melekat pada Retikulum
Endoplasma

Mekanisme Sintesis Protein

Tahapan sintesis protein terdiri dari dua proses, yakni transkripsi dan translasi. Pada sel
eukariotik, transkripsi terjadi di dalam nukleus, sementara translasi terjadi di ribosom yang
terdapat pada sitoplasma. Kedua proses ini dapat diringkas menjadi DNA → RNA → Protein.
Asam amino diperlukan untuk melakukan tahapan sintesis protein. Serangkaian proses biokimia,
sebagian asam amino dapat diproduksi oleh tubuh dari sumber karbon seperti glukosa. Sebagian
asam amino lainnya dapat diperoleh dari makanan yang di konsumsi.

1. Transkripsi
Transkripsi merupakan proses pembentukan molekul RNA dengan menggunakan
DNA sebagai cetakannya. Tidak semua bagian DNA akan ditranskripsikan, tetapi hanya
bagian tertentu saja. Bagian tertentu tersebut disebut dengan gen. Keseluruhan DNA baik
gen maupun sekuensi DNA bukan penyandi (non coding) yang dikandung oleh suatu
organisme disebut dengan genom.
Ruas DNA yang akan ditranskripsikan dibatasi oleh promoter dan terminator.
Hanya satu dari dua utas DNA yang digunakan sebagai cetakan sintesis RNA. Utas DNA
yang digunakan sebagai cetakan bagi sintesis RNA disebut dengan utas cetakan
 (template), sedangkan utas DNA lainnya disebut dengan utas pendamping. Walaupun
hanya satu utas yang berfungsi sebagai cetakan, tetapi tidak selalu utas yang sama
digunakan sebagai utas cetakan sepanjang molekul DNA di dalam genom suatu
organisme. Jadi, pada satu gen, utas yang satu digunakan sebagai cetakan, tetapi pada gen
lainnya, kemungkinan utas yang lain digunakan sebagai cetakan.

Gambar 2. Siklus transkripsi

Proses transkripsi menghasilkan tiga jenis RNA, yaitu:

1. RNA duta (mRNA/messenger RNA), merupakan asam nukleat yang berbentuk pita
tunggal dan merupakan RNA terbesar atau terpanjang yang bertindak sebagai pola
cetakan pembentuk polipeptida. Fungsi utama mRNA adalah membawa kode-kode
genetik dari DNA ke ribosom. mRNA juga berfungsi sebagai cetakan dalam sintesis
protein.
2. RNA transfer (tRNA/transfer RNA), merupakan RNA terpendek yang bertindak
sebagai penerjemah kodon dari mRNA. Selain itu, tRNA berfungsi mengikat asam-
asam amino yang akan disusun menjadi protein dan mengangkutnya ke ribosom. Pada
tRNA terdapat bagian yang berhubungan dengan kodon yang disebut antikodon dan
bagian yang berfungsi sebagai pengikat asam amino
3. RNA ribosomal (rRNA/ribosomal RNA), merupakan RNA dengan jumlah terbanyak
dan penyusun ribosom. RNA ini berupa pita tunggal, tidak bercabang, dan fleksibel.
Lebih dari 80% RNA merupakan rRNA. Fungsi rRNA sampai sekarang masih belum
banyak diketahui, tetapi diduga memiliki peranan penting dalam proses sintesis
protein.
Ketiga jenis RNA ini berperan dalam proses translasi. Hanya mRNA yang akan diterjemahkan
ke dalam protein. tRNA berperan sebagai molekul pembawa asam amino yang akan dirangkai
menjadi polipeptida sesuai dengan sandi yang terdapat pada mRNA. rRNA berfungsi sebagai
salah satu molekul penyusun ribosom.

Gambar 3. DNA ditranskripsi menjadi RNA oleh RNA polimerase

Proses transkripsi dikatalisis oleh enzim transkriptase atau RNA polimerase. Pada
organisme prokariot seperti E. coli, hanya terdapat satu jenis RNA polimerase untuk
mengkatalisis sintesis semua jenis RNA. Pada organisme eukariot, terdapat tiga jenis RNA
polimerase, yaitu:
1. RNA polimerase I yang berfungsi untuk mengkatalisis pembentukan rRNA
2. RNA polimerase II yang berfungsi dalam sintesis tRNA dan beberapa molekul rRNA,
dan
3. RNA polimerase III yang berfungsi untuk mengkatalisis proses sintesis mRNA

Enzim RNA polimerase lengkap atau yang disebut holoenzim tersusun dari enzim inti dan faktor
transkripsi. Enzim inti tersusun dari dua subunit. Proses transkripsi mempunyai beberapa
karakteristik yaitu bahwa proses sintesis mempunyai arah dari 5’P ke 3’OH, berlangsung secara
anti paralel bila dibandingkan dengan utas cetakannya, dan mengikuti aturan chargaff atau basa-
basanya berpasangan secara komplementer.

Transkripsi (sintesis RNA) dilakukan melalui beberapa tahapan yaitu:

1. Faktor-faktor pengendali transkripsi menempel di bagian promoter, misalnya RNA
polimerase (Inisiasi)
 2. Pembentukan kompleks promotor terbuka (open promoter complex). Tidak seperti
replikasi di mana DNA benar-benar dibuka, pada transkripsi pilinan DNA dibuka namun
masih tetap di dalam RNA polimerase
3. RNA polimerase membaca DNA cetakan (template) dan mulai melakukan pengikatan
nukleotida yang komplementer (Elongasi)
4. Setelah pemanjangan untaian RNA, diikuti dengan terminasi yang ditandai dengan
lepasnya RNA polimerase dari DNA yang ditranskripsi (Terminasi)

Walaupun tahapan-tahapan yang terjadi sama antara eukariot maupun prokariot, namun ada
perbedaan fundamental dalam hal struktur gen, faktor-faktor pengendali, mekanisme serta
regulasi. Meskipun ada perbedaan, namun secara umum pola mekanisme sintesis RNA serupa.
Baik pada eukariot maupun prokariot, prinsip yang harus di pegang adalah:
1. Prekursor untuk sintesis RNA ada 4 macam ribonukleotida: 5′-trifosfat ATP,GTP, CTP,
dan UTP (tidak ada timin pada RNA)
2. Reaksi polimerisasi atau pemanjangan RNA sama dengan replikasi DNA yaitu dengan
arah 5′3′
3. Urutan nukleotida RNA hasil sintesis ditentukan oleh urutan DNA template
4. Untai DNA yang berperan sebagai cetakan hanya salah satu untai
5. Hasil transkripsi berupa molekul RNA untai tunggal

Gambar 4. Perbedaan proses sintesis protein pada eukariot dan prokariot

Faktor-faktor pengendali transkripsi, salah satunya adalah Faktor Transkripsi. Terdapat

lebih dari 50 protein berbeda dari faktor transkripsi berikatan pada situs promoter, umumnya
pada sisi 5’ dari gen yang akan ditranskrip. Kemudian, enzim RNA polimerase berikatan ke
kompleks dari Faktor Transkripsi, bekerja sama untuk membuka DNA. RNA polimerase bekerja
dengan membaca template dengan arah 3′→5′, namun sintesis mRNA adalah dari 5′→3’. RNA
polimerase berjalan sepanjang template DNA, membangun ribonukleotida yang disuplai dari
bentuk trifosfat dengan prinsip pasangan basa. Ketika bertemu G, maka pada RNA dimasukkan
C, G-C, T-A, A-U (U, dari uridine triphosphate, UTP). Tidak ada T pada RNA. Ketika
transkripsi selesai, transkrip (mRNA) dilepaskan dari polimerase dan polimerae lepas dari DNA.

2. Translasi

Translasi adalah proses penerjemahan urutan nukleotida yang ada pada molekul mRNA
menjadi rangkaian asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau protein. RNA yang
ditranslasi adalah mRNA, sedangkan tRNA dan rRNA tidak ditranslasi. Molekul rRNA adalah
salah atau molekul penyusun ribosom yaitu organel tempat berlangsungnya sintesis protein,
sedangkan tRNA adalah pembawa asam-asam amino yang akan disambungkan menjadi rantai
polipeptida. Translasi berlangsung di dalam ribosom, ribosom disusun oleh molekul-molekul
rRNA dan beberapa macam protein.

Kodon adalah urutan nukleotida yang terdiri dari 3 nukloetida berurutan sehingga sering
disebut sebagai triplet codon yang menyandi suatu asam amino tertentu. mRNA merupakan
rangkaian kodon yang akan dibaca oleh ribosom. Kodon pada mRNA akan berpasangan dengan
antikodon yang ada pada tRNA. Setiap tRNA mempunyai antikodon yang spesifik. Translasi
berlangsung mulai dari kodon awal sampai kodon akhir. Hubungan antara kodon dengan asam
amino diatur melalui sandi genetik. Dalam proses translasi ini hanya ada satu kodon awal yaitu
AUG yang menyandi asam amino metionin dan tiga kodon akhir yaitu UAA, UAG, dan UGA.
 Prokariot, translasi sudah dimulai sebelum proses transkripsi (sintesis mRNA) selesai
dilakukan. Dengan demikian proses transkripsi dan translasi berlangsung hampir serempak.
Sebaliknya, pada eukariot proses translasi baru dapat berlangsung jika proses transkripsi (sintesis
mRNA yang matang) sudah selesai dilakukan. Proses transkripsi pada eukariot berlangsung di
dalam inti sel, sedangkan translasi berlangsung dalam ribosom yang ada di dalam sitoplasma.
Setelah sintesis mRNA selesai, selanjuttnya mRNA keluar dari inti sel menuju sitoplasma untuk
bergabung dengan ribosom.

Seperti pada proses transkripsi, proses translasi dapat dibagi ke dalam tiga tahap, yaitu: inisiasi,
elongasi, dan terminasi.
a) Inisiasi
Tujuan dari inisiasi adalah untuk menyatukan inisiator tRNA yang membawa metionin
(atau N-formylmethionine, fMet, pada Bakteri) dan kodon inisiator AUG dari mRNA di tempat
yang sesuai pada ribosom. Pertama, kedua RNA membentuk kompleks terner pada subunit kecil,
yang kemudian berasosiasi dengan subunit besar untuk membentuk ribosom 70S pada Bakteri
dan ribosom 80S pada eukariot.

Tahapan Inisiasi :

1. Transfer RNA ( tRNA ) membawa asam amino dari sitoplasma ke ribosom .

2. Serangkaian tiga basa yang berdekatan dalam molekul mRNA mengkode asam amino
tertentu yang disebut kodon .

3. Di awali dengan kodon start maka tRNA yang membawa anti kodon yang akan
berpasangan dengan kodon strart akan menyatu

4. Ribosom akan menempel dan tRNA yang pertama menempati situs p yang datang akan
membawa asam amino yang pertama yaitu (metionin) karena asam AUG terjemahan
asam metionin

b) Elongasi
 Mekanisme elongasi pada organisme eukariot mirip dengan mekanisme elongasi pada
organisme prokariot. Pada proses elongasi terjadi pengikatan aminoasil-tRNA/aa-tRNA pada sisi
A (aminoasil) yang ada di ribosom. Dilanjutkan dengan pemindahan rantai polipeptida dari
tRNA yang ada pada sisi P (peptidil) ke arah sisi A dengan membentuk ikatan peptida.
Kemudian terjadi translokasi ribosom sepanjang mRNA ke posisi kodon selanjutnya yang ada di
sisi A.

Tahapan Elongasi :

• tRNA yang membawa asam amino metionin Menempati situs P

• tRNA yang datang akan menempati situs A akan membaea asam amino yang berbeda

• Anti kodon pada tRNA UUU dan kodon pada mRNA AAA ketika ini berpasangan maka
proses elongasi akan terjadi

• metionin yang sebelumnya di bawa oleh tRNA akan pindah dan berikatan dengan asam
amino yang kedua

• Trna inisiator akan pindah ke situs e dan kemudian akan keluar

• Sehingga membentuk 2 asam amino

• Proses ini akan berulang

c) Terminasi

• Proses ini akan terhenti ketita pada kodon mRNA sudah ada kodon stop
• UAA menandakan proses translasi berhenti
• Yang akan datang selanjutnya bukaN tRNA akan tetapi satu molekul yang strukturnya
sama yaitu reales faktor
• Dengan adanya release faktor pada sub besar ribosom maka ribosom akan terurai
• Dengan begitu sub unit kecil akan berpisah , mRNA akan lepas sub unit besar juga akan
lepas
• Polipeptida yan akan membentuk protein.