Soal

1. a. Jelaskan Struktur ribosom

b. jelaskan tahap-tahap sintesis protein
Jawab;
1. a. Ribosom adalah struktur makromelekular di dalam sel yang memimpin berbagai
interaksi yang ada hubungannya di dalam sel yang memimpin berbagai intraksi yang ada
hubungan nya dengan sintesis protein. Oleh karena itu ribosom mengandung faktor-
faktor yang berfungsi sebagai enzim. Dalam menjalankan fungsinya , ribosom berderet
membentuk kelompok yang dinamakan poliribosom atau polisom, sedang banyaknya
ribosom dalam suatu polisom berhubungan erat dengan panjangnya proteinyang akan
dibuat. Misalnya untuk polipeptida dari hemoglobin digunakan lima ribosom(patner) (
Suryo, 2005: 107).
Pada sel prokariota ribosom terdapat bebas di sitosol, sedangkan pada sel eukariota
selain bebas di sitosol juga terdapat di matriks mitokondria, stroma kloroplas atau
menempel pada permukaan membrane REK. Beberapa buah ribosom terkadang
berkumpul membentuk lingkaran-lingkaran kecil disebut polisom. Ribosom terdiri dari
dua bagian yang tidak sama besar. Ribosom subunit kecil, tampilannya mirip embrio
yaitu seperti memiliki kepala dan badan yang dihubungkan dengan leher yang pendek
leher tersebut dibentuk dengan takikan (sedikit lekukan) pada satu sisi dan lekukan yang
dalam pada sisi yang lain. Badannya berbentuk batang yang membengkak. Pada subunit
kecil terdapat daerah datar pada satu sisi bagian ini menempel pada subunit besar(
Sumadi, 2007: 148).
Struktur ribosom mencerminksn fungsinya yang mempertemukan mRNA dengan
tRNA yang mengangkut asam amino. Selain situs pengikatan untuk mRNA, setiap
ribosom memiliki tiga situs pengikatan untuk tRNA. Situs P( P site, situs peptidil-
tRNA) menampung tRNA yang membawa rantai polipeptida yang sedang tumbuh,
sedangkan situs A ( A site, situs aminoasil-tRNA) menampung tRNA yang mengangkut
asam amino. Yang akan ditambahkan berikutnya ke rantai tersebut. tRNA yang telah
Tugas Biosel
Kelompok I
Nama Anggota:
Ahmad Ulul Azmi( E1A012002)
Fahrun Nisza( E1A012009)
Noviani Sri Harianti( E1A012031)
Rizky Regina Kawirian( E1A012066)
Rubiyatna Sakaroni(E1A012047)
Prodi : Pendidikan Biologi
Fakultas Keguruan Dan Ilmu Pendidikan
Universitas Mataram
2013
melepaskan muatannya meninggalkan ribosom dari situs E(exit atau E site, tempat
keluar). Ribosom menahan tRNA dan mRNA dalam posisi yang sangat berdekatan dan
menempatkan asam amino baru untuk ditambahkan ke ujung karboksil polipeptida yang
sedang tumbuh. Ribosom kemudian mengkatalisis pembentukan ikatan peptida. Sembari
bertambah panjang, polipeptida melewati terowongan keluar( exit tunnel) pada subunit
besar ribosom. Setelah selesai dibuat, polipeptida dilepaskan ke sitosol melalui
terowongan keluar. RNA ribosom merupakan penyusun utama antarmuka( inteface)
diantara kedua subunit sekaligus penusun situs A dan situs P, dan merupakan katalis
pembentukan ikatan peptida( Campbell, 2008: 367).

Ribosom utuh memiliki koefisien sedimentasi 80s untuk eukariot dan 70s untuk bacteria,
dan masing-masing dapat dipecah / dibagi dalam komponennya lebih kecil Masing-masing
ribosom meliputi 2 subunit, pada prokariot subunit ini 60s dan 40s. Pada bakteria adalah 50s
dan 30s, dengan catatan koefisien sedimentasi tidak additive karena hal terebut tergantung
pada bentuk seperti halnya masa.
a. Subunit terbesar berisi 3 rRNAs pada eukariot ( 285, 5.85 dan 55 rRNAs ) tapi hanya
ada 2 pada bacteria ( 235 dan 53 rRNAs ). Pada bacteria eukariot sepadan dengan 5.8
rRNA termuat dalam 23 rRNA.
b. Subunit ribosom mengandung rRNA tunggal pada kedua tipe organisme, masing-
masing sebuah 18s rRNA pada eukariot
Fungsi serta aktivitas lainnya dari ribosom dan subunitnya adalah sebagai berikut:
a. Bersatunya dan memisahnya subunit ribosom:
Kaempfer ( 1968, 1969) dapat menujukkan adanya siklur ribosom polisom pada
bakru E. Coli dan klamir (Saccharomyces cerevisiase) . dua subunit ribosom (suunit
30Sdan subunit 50S)mengadakan penukaran pada ujung-ujung polisom. Subunit ribosom
yang lepas akan berkumpul dan membentuk kumpul dan membentuk kumpulan subunit
ribosom bebas.
b. Fungsi subunit 30s
Subunnit 30S menjadi tempat meleekatnya ARNd pad ribosom.ARNd melekat
dengan subunit 30S dengan menggunakan kodon yang pertam (AUG) dan membentuk
komplek permulaan .subunit 30S mengandung 3 faktor yang ddisebut IF1, IF2, dan IF3,
masing-masing mempunyai peranan penting selama permulaan sintesis protein.
c. Fungsi subunit 50S
Pembentukan ratai polipeptida berlangsung di dalam subunit 50S . subunit 50S
diperkirakan mempunyai dua sisi untuk mengikat ARNp yang masuk, yaitu sisis A
(sisi amino asli ARNp) dan sisisP (sisi peptidil ARNp) . ARNp yang membawa asam
amino itu dileaskan di sisi P , maka ARNp keluar dari subunit 50S melalui sisi yang
berlawanan . tetapi W.D . tansfied (1969) memperkirakan adanya tiga sisi dalam ribosom
, yaitu adanya tambahan sisiE (exit) . melalui sis ini ARNp melepaskan diri dari
polipeptida , ARNp dan ribosom.
d. Terbentuknya poliribosom
Pada makhluk hidup tingkat tinggi biasanya pita tunggal ARNp mlalui beberapa
ribosom dan merangkainya menjadi poliribosom atau polisom.


b. Sintesis Protein
Ekspresi gen ( gene expression) adalah proses DNA mengarahkan sintesis protein(
Atau dalam beberapa kasus, hanya RNA). Ekspresi gen yang mengodekan protein mencakup
dua tahap: trankripsi dan translasi.Gen menyediakan instruksi untuk membuat protein
spesifik. Akan tetapi, gen tidak membangun protein secara langsung. Jembatan antara DNA
dan sintesis protein adalah asam nukleat RNA. RNA secara mirip secara kimiawi dengan
DNA, hanya saja RNA mengandung gula ribosa sebagai pengganti deoksiribosa dan
mengandung basa bernitrogen urasil sebagai pengganti timin. Dengan demikian, setiap
nukleutida disepanjang untai DNA mengandung A, G, C, atau T sebagai basanya, sedangkan
setiap nukleotida disepanjang untai RNA mengandung A,G, C, atau U sebagai basanya.
Molekul RNA biasanya terdiri atas satu untai tunggal. Asam nukleat maupun protein
merupakan polimer dengan sekuens-sekuens spesifik monomer yang menyampaikan
informasi,. Dalam DNA atau RNA, monomer adalah keempat tipe nukleotida, yang berbeda
dalam kandungan basa nitrogen.
gen umumnya memiliki panjang yang mencapai ratusan atau ribuan nukleotida;
masing-masing mengandung sekunens basa spesifik. Setiap polipetida dari suatu protein juga
mengandung monomer-monomer tabg tertata dalam urutan linear tertentu( struktur primer
protein), namun monomer-monomernya merupakan asam amino. Dengan demikian, asam
nukleat dan protein mengandung informasi tertulis dalam dua bahasa kimiawi yang berbeda.
Ini membutuhkan dua tahap utama dari DNA ke protein, trankripsi dan translasi.
Transkripsi ( transkription) adalah sintesis RNA dibawah arahan DNA. Keduanya
mengggunakan bahasa yang sama sehingga informasi dari DNA disalin dari satu molekul ke
molekul yang lain( basa T pada DNA disalin menjadi basa U pada RNA). Untai tunggal
DNA bertindak sebagai template untuk penyusunan sekuens nukleotida RNA ( seperti pada
proses replikasi DNA, perbedaannya pada replikasi DNA yang disusun oleh template induk
adalah sekuens nukleotida DNA). Bagi gen pengkode protein, molekul RNA tersebut
merupakan transkrip dari instruksi penysun protein dari gen( RNA ini dapat dihasilkan dalam
jumlah yang banyak melalui proses transkripsi). Tipe molekul RNA semacam ini disebut
messenger RNA(mRNA) karena molekul ini membawa pesan genetik dari DNA menuju
mesin pensintesa protein dalam sel.( transkripsi merupakan istilah umum untuk sintesis
berbagai tipe RNA dari template DNA dan ada berbagai tipe RNA yang dihasilkan melalui
transkripsi)
Translasi ( translation) adalah sintesis polipetida, yang terjadi dibawah arahan
mRNA. Selama tahap ini terjadi perubahan bahasa. Sel harus menerjemahkan/ mentranslasi
sekuens basa molekul mRNA menjadi sekuens asam amino polipetida. Tempat Translasi
adalah ribosom( ribosome), partikel-partikel kompleks yang memfasilitasi penautan teratur
asam amino menjadi rantai polipeptida.
Mekanisme dasar transkripsi dan translasi mrip pada bakteri dan eukariota, namun ada
perbedaan penting dalam aliran informasi genetik pada sel-sel. Karena bakteri tidak memiliki
nukleus, DNAnya disegregasi dari ribosom dan peralatan penyintesis protein lain. Transkripsi
terjadi dalam nukleus, dan mRNA ditranspor ke sitoplasma, tempat translasi terjadi. Namun
sebelum meninggalkan nukleus, transkrip RNA eukariot dari gen pengkode protein
dimodifikasi dalam berbagai cara untuk menghasilkan mRNA akhir dan fungsional.
Transkripsi gen eukariot pengode protein menghasilkan pre-mRNA, dan pemrosesan lebih
lanjut menghasilkan mRNA akhir. Awal transkrip RNA dari gen apapun, termasuk yang
mengodekan RNA yang tidak ditranslasi menjadi protein, secara umum disebut transkrip
primer ( primary transcript)

Kode genetik
Kodon: Triplet BASA
Triplet basa nukleotida merupakan unit terkecil dengan panjang seragam yang dapat
mengodekan semua asam amino. Jika setiap susuna dari tiga basa berurutan dapat
menspesifikasikan satu asam amino, akan terdapat 64( artinya 4
3
) kata kode yang mungkin
lebih dari cukup menspesifikasikan semua asam amino. Beberapa percobaan telah
memverifikasi bahwa aliran informasi dari gen ke protein didasarkan pada kode triplet(
triplet code): intstruksi-instruksi genetik untuk rantai polipetida ditulis dalam DNA sebagai
rangkaian kata tiga nukleotida yang tidak tumpang tindih. Misalnya , triplet basa AGT
diposisi tertentu seuntai DNA menghasilkan penempatan asam amino serin pada posisi yang
bersesuain dari polipetida yang sedang dibuat.
Selama transkripsi, gen menentukan sekuens basa-basa disepanjang molekul mRNA.
Untuk setiap gen, hanya satu dari kedua dari untai cetakan ( template strand) karena
menyediakan pola, atau cetakan, untuk sekuens nukleotida-nukleotida dalam transkrip RNA.
Molekul mRNA komplementer, bukan identik, dengan cetakan DNA karena basa-basa RNA
rakit pada cetakan berdasarkan aturan perpasangan basa. Perpasangan serupa dengan yang
terbentuk saat replikasi DNA, hanya saja U pengganti untuk T pada RNA, berpasangan
dengan A, dan nukleotida mRNA mengandung ribosa bukan deoksiribosa. Seperti untai baru
DNA, molekul RNA disintesis dengan arah antiparalel terhadap untai cetakan DNA.
Misalnya triplet basa ACC pada DNA( ditulis sebagai 3-ACC-5) menjadi cetakan untuk 5-
UGG-3 pada molekul mRNA. Triplet basa mRNA disebut kodon(codon) , dan biasanya
ditulis dengan arah 5->3. Pada contoh kita, UGG merupakan kodon untuk asama amino
triptofan. Istilah kodon juga digunakan untuk triplet basa disepanjang untai bukan cetakan(
non template).

Saat translasi, sekuens kodon di sepanjang molekul mRNA diterjemahkan, atau ditranslasi
menjadi sekuens asam amino yang menyusun rantai polipeptida. Kodon dibaca oleh
mekanisme dengan arah 5->3 di sepanjang mRNA. Setiap kodon menspesifikasikan mana
diantara ke-20 asam amino yang diunkorporasikan ke dalam posisi yang sesuai disepanjang
polipeptida.

1. TRANSKRIPSI
Komponen-komponen molekular transkripsi
RNA duta, pembawa informasi dari DNA ke mekanisme penyintesis protein dalam
sel. Ditranskripsikan dari untai cetakan gen. Enzim yang disebut RNA polimerase(
RNA polymerase) memisahkan kedua untai DNA dan menggabungkan nukleotida-
nukelotida RNA saat membentuk pasangan basa disepanjang cetakan DNA. Sekuens
spesifik nukleotida disepanjang DNA menandai tempat transkripsi gen dimulai dan
berakhir. Sekuens DNA tempat RNA polimerase melekat dan menginisiasi transkripsi
dikenal sebagai promoter. pada bakteri, sekuens yang menandai akhir transkripsi
disebut terminator. Ahli-ahli biologi molekular menyebut arah transkripsi kehilir (
downstream) sedangkan arah yang satu lagi disebut hulu(upstream). Istilah-istilah ini
juga digunakan untuk medeskripsikan posisi sekuens-sekuens nukleotida dalam DNA
atau RNA. Dengan demikian, sekuens promoter pada DNA disebut mengarah ke hulu
terhadap termintor. Rentangan DNA yang ditranskripsi menjadi molekul RNA disebut
unit transkripsi( transcrption unit).
Bakteri memiliki satu jenis RNA polimerase yang tidak hanya menyintesis
mRNA, namun juga berfungsi dalam sintesis protein. Misalnya RNA ribosom.
Sebaliknya, eukariota memiliki setidaknya tiga tipe RNA polimerase dalam nukleus.
Yang digunakan untuk sintesis mRNA disebut RNA polimerase II.
Tahap-Tahap Transkripsi
a. Pengikatan RNA polimerase dan Inisiasi transkripsi
Promoter suatu gen mencakup titik mulai transkripsi ( nukleotida tempat
dimulainya sintesis RNA) dan umumnya membentang dari beberapa lusin
pasangan basa yang menuju kehilir dari titik mulai. Selain berperan sebagai situs
pengikatan untuk RNA polimerase dan menetukan dimana transkripsi dimulai,
promoter menentukan manakah diantara kedua untai heliks DNA yang digunakan
sebagai cetakan.
Beberapa bagian tertentu dari promoter sangat penting untuk pengikatan untuk
pengikatan RNA polimerase. Pada bakteri, RNA polimerase sendiri secara
spesifik mengenali dan berikatan dengan promoter. pada eukariota, sekelompok
protein yang disebut faktor transkripsi( trancription factor) memediasi
pengikatan RNA polimerase dan inisiasi transkrisi. RNA polimerase II dapat
berikatan dengan promoter. keseluruhan kompleks faktor transkripsi dan RNA
polimerase II terikat ke promoter disebut kompleks inisiasi transkripsi(
transcription initation compleks). Kotak TATA(TATA box) berperan dalam
pembentukan kompleks insiasi pada promotor eukariot.
b. Pemanjangan untai RNA
Ketika RNA polimerase bergerak disepanjang DNA, enzim tersebut terus
membuka puntiran heliks ganda, mengekspos sekitar 10-20 basa DNA dalam satu
waktu untuk perpasangan dengan nukleotida RNA. RNA polimerase
menambahkan nukleotida ke ujung 3 RNA yang sedang tumbuh Sambil terus
menyusuri heliks ganda. Setelah gelombang sintesis RNA yang maju ini, molekul
RNA baru akan melepaskan diri dari cetakan DNA-nya, dan heliks ganda DNA
terbentuk kembali.
c. Terminasi transkripsi
Mekanisme transkripsi berbeda pada bakteri dan eukariota. Pada bakteri,
transkripsi berlanjut melalui suatu sekuens terminator pada DNA. Terminator
yang ditranskripsi( suatu sekuens RNA) berfungsi sebagai sinyal terminasi,
menyebabkan polimerase melepaskan diri dari DNA dan melepaskan transkrip,
yang bisa digunakan langsung sebagai mRNA. Pada eukariota, RNA polimerase II
mentranskripsikan sekuens pada DNA yang disebut sekuens sinyal poliadenilasi,
yang mengodekann suatu sinyal poliadenilasi (AAUAAA) pada pre-mRNA.
Kemudian , pada suatu titik kira-kira 10-35 nukleotida yang mengarah ke hilir dari
sinyal AAUAAA, protein-protein berasosiasi dengan transkrip RNA yang sedang
tumbuh memotong bagian itu hingga terlepas dar polimerase, dan pre-mRNA pun
terlepas. Akan tetapi, polimerase terus mentranskripsikan DNA sebanyak ratusan
nukleotida setelah tempat pre-mRNA dilepaskan.






Gambar proses transkripsi


Sel eukariot memodifikasi RNA setelah transkripsi, enzim-enzim dalam nukleus eukariot
memodifikasi mRNA dengan cara-cara spesifik sebelum pesan genetik dikirim ke sitoplasma.
Selama pemrosesan RNA( RNA processing)ini, kedua ujung transkrip primer diubah.

Pengubahan ujung-ujung mRNA
Ujung-ujung molekul pre-mRNA dimodifikasi dengan cara ujung 5 disintesis terlebih
dahulu, dan menerima tudung 5(5cap),bentuk termodifikasi dari nukleotida guanim(G) yang
ditambahka ke ujung 5 setelah transkripsi 20-40 nukleotida pertama. Ujung 3 molekul pre
mRNA juga dimodifikasi sebelum mRNA keluar dari nukleus. Pada ujung 3, sejenis
enzim menambahkan lagi 50-250 nukleotida adenin(A), membentuk ekor poli-A( poly-A
tail). Tudung 5dan ekor poli-A memiliki fungsi. Pertama , keduanya tampak memfasilitasi
ekspor mRNA matang dari nukleus. Kedua, tudung 5dan ekor poli-A membantu melindungi
mRNA dari degradasi oleh enzim0enzim hidrolitik. Ketiga, keduanya membantu ribosom
melekat ke ujung 5mRNA setelah mRNA mencapai sitoplasma



Gen terpisah-pisah dan penyambungan DNA
pembuangan beberapa bagian besar molekul RNA hasil sinthesis awal-kerja potong-
tempel yang disebut penyambungan RNA(RNA splicing). Sekuens nukleotida DNA yang
mengodekan polipeptida eukariot biasanya tidak berkesinambungan, melainkan terpisah-
pisah menjadi menjadi beberapa segmen. Segmen bukan pengode dari asam nukleat yang
terletak diantara wilayah-wilayah pengode disebut sekuens penyela( intervening sequence)
atau intron. Wilayah-wilayah yang lain disebut ekson(exon), karena mereka akhirnya
diekspresikan, biasnya dengan cara ditranslasikan menjadi sekuens asam amino. Dalam
pembuatan transkrip primer dari suatu gen, RNA polimerase II mentranskripsikan intron
maupun ekson dari DNA, namun molekul mRNA yang memasuki sitoplasma merupakan
versi yang telah diringkas. Intron dipotong dan dibuang dari molekul, sedangkan ekson
digabung-gabungkan, memmbentuk molekul mRNA dengan sekuens pengode tak terputus,
proses ini disebut penyambungan RNA( RNA splicing).


2. TRANSLASI
Komponen-komponen molekular translasi
RNA transfer( transfer RNA.tRNA) berfungsi mentranfer asam amino dari
kumpulan asam amino disitoplasma ke ribosom. Pada ujung lain tRNA terdapat suatu
triplet nukleotida yang disebut antikodon , yang berpasangan basa dengan kodon
komplementer pada mRNA. serta Ribosom.

Tahap tahap translasi
a. Asosiasi ribosom dan inisiasi translasi
Tahap inisiasi dari translasi menyatukan mRNA, tRNA yang membawa asam
amino peertama dari polipeptida, dan kedua unit ribosom. Pertama subunit
ribosom kecil berikatan dengan mRNA sekaligus tRNA inisiator spsifik, yang
menyangkut asam amino metionin. Pada bakteri, subunit kecil dapat mengikat
kedua molekul tersebut ke dalam urutan mana saja. Subunit kecil bakteri
berikatan dengan mRNA pada sekuens RNA spesifik yang terletak tepat
dibagian hlu dari kodon mulai, AUG. Pada eukariota, subunit kecil, yang telah
berikatan dengan tRNA inisiator, berikatan dengan tudung 5 mRNA dan
kemudian bergerak, atau memindai, ke arah hilir di sepanjang mRNA hingga
mencapai kodon mulai, dan tRNA inisiator membentuk ikatan hidrogen
dengan kodon tersebut. Pada bakteri maupun eukariota, kodon tersebut. Pada
bakteri maupun eukariota, kodon mulai memberi sinya-sinyal agar translasi
dimulai. Ini penting karena menetapkan bingkai pembacaan kodon untuk
mRNA.
Penggabungan mRNA, tRNA inisiator, dan sub unit ribosom kecil diikuti oleh
pelekatan subunit ribosom besar, sehingga kompleks inisiasi
translasi(translation iniation complex) pun lengkap. Protein-protein yang
disebut faktor inisiasi (initition factors) diperlukan untuk menyatukan semua
komponen ini. Sel juga menggunakan energi dalam bentuk molekul GTP
untuk membentuk kompleks inisiasi. Saat proses inisiasi selesai, tRNA
inisiator berada pada situs P ribosom, dan situs A yang kosong siap untuk
tRNA aminoasil berikutnya.
b. Pemanjangan rantai polipeptida

Dalam tahap pemanjangan dari translasi, asam aminoditambahkan satu persatu ke
asam amino sebenarnya. Setiap penambahan melibatkan keikutsertaan beberapa
protein yang disebut faktor pemanjangan (elongation factors) dan terjadi dalam
siklus berlangkah tiga yang dideskripsikan dalam gambar . Energi digunakan pada
langkah pertama dan ketiga. Pengenalan kodon membutuhkan hidrolisis satu
molekul GTP, yang meningkatkan akurasi dan efisiensi dari langkah ini. Satu lagi
GTP dihidrolisis untuk menyediakan energy bagi langkah translokasi. mRNA
digerakkan melalui ribosom ke satu arah saja, ujung 5' terlebih dahulu. Ini sama
dengan ribosom yang bergerak dengan arah 5'->3' pada mRNA
c. Terminasi translasi
Tahap terakhir dari trnslasi adalah pengakhiran atau terminasi. Pemanjangan
berlanjut sampai kodon stop pada mRNA mencapai situs A dari ribosom
.tripplet basa UAG, UAA, dan UGA tidak mengodokan asam amino,
melainkan bekerja sebagai sinyal faktor pelepasa (relase factor) berikatan
langssung dengan kodon stop di situs A. Faktoe pelepasan menyebabkan
penambahan molekul air, sebagai pengganti asam amino , ikatan antara
polipeptida . reaksi ini memutus (menghidrosis ) ikatan anatara polipeptida
yang sudah selsai dengan tRNA di situr P, sehingga melepaskan polipeptida
melalui terowongan keluar pada subunit besar ribosom. Sisa rakitan tranlasi
kemudian terlepas dalam proses multilangkah, dibantu oleh faktor-faktor
protein lain. Penguraian rakitan tranlasi membutuhkan hidrolisis dua melekul
GTP(Campbell,2008:355-367)
DAFTAR PUSTAKA
Campbell. 2008. Biologi Edisi Kedelapan Jilid 1. Jakarta : Erlangga.
Maarianti, Sumadi aditya. 2007. Biologi sel. Yogyakarta: graha ilmu.
Suryo. 2005. Genetika Strata 1. Yogyakarta: UGM Press.