Anda di halaman 1dari 17

SINTESIS PROTEIN

Atikah Ridhowati / 1306392922


Prodi S-1 Teknik Kimia, Departemen Teknik Kimia, Fakultas Teknik
Universitas Indonesia, Depok
ABSTRAK
Sintesis protein merupakan proses pencetakan protein dalam sel khususnya ribosom. Protein
sendiri adalah senyawa organic yang penting hadir dalam organisme hidup. Mereka sangat
penting di hamper semua fungsi sel, meskipun protein spesifik yang terlibat dalam fungsi tertentu.
Sintesis protein digunakan untuk menunjukkan terjemahan, yang sebaliknya merupakan bagian
utama dalam proses sintesis protein. Ketika dipelajari secara rinci, sintesis protein sangat
kompleks. Proses itu sendiri dimulai dengan produksi asam amino yang berbeda, dari yang
beberapa berasal dari sumber makanan.
Kata Kunci : protein folding, translocation, intiation, elongation, termination, intein splicing
A. Pengertian Sintesis Protein
Sintesis protein adalah proses dimana asam amino secara linear diatur menjadi
protein melalui keterlibatan RNA ribosom, RNA transfer, RNA, dan berbagai enzim. Sintesis
protein adalah proses dimana sel-sel individual disusun membentuk protein. Baik asam
deoksiribonukleat (DNA) dan semua jenis asam ribonukleat (RNA) akan terlibat dalam
proses ini. Enzim dalam inti sel memulai proses sintesis protein dengan terlebih dahulu
unwinding (membuka) bagian yang diperlukan dari DNA, sehingga RNA dapat dibuat.
Bentuk RNA sebagai salinan satu sisi untai DNA, dan dikirim ke area lain dari sel untuk
membantu dalam membawa bersama-sama dari asam amino yang berbeda yang akan
membentuk protein. Sintesis protein dinamakan demikian karena protein disintesis
melalui proses mekanik dan kimia dalam sel.

Gambar 1. Pengertian Sintesis Protein


(Sumber: http://www.sridianti.com/wp-content/uploads/2014/07/Pengertian-SintesisProtein-400x239.jpg)
Setelah untai RNA telah dibuat dalam inti, disebut RNA (mRNA). mRNA keluar dari
nukleus melalui lubang kecil yang disebut pori-pori nuklir, dan bergerak ke area yang lebih
besar dari sel, yang dikenal sebagai sitoplasma. Setelah keluar dari inti, mRNA ditarik
menuju struktur yang dikenal sebagai ribosom, yang berfungsi sebagai stasiun kerja sel
untuk sintesis protein. Pada titik ini, hanya satu sub-unit ribosom yang hadir.
Saat mRNA mengikat sub-unit ribosom, memicu pendekatan lain untai RNA, disebut
RNA transfer (tRNA). Untai tRNA akan mencari tempat yang tepat untuk mengikat mRNA,
dan ketika menemukan, itu akan menempel pada mRNA, sambil memegang sebuah asam

amino pada salah satu ujungnya. Ketika ini terjadi, sub-unit lain dari ribosom tiba untuk
membentuk struktur lengkap. Saat ribosom mengelilingi helai RNA, untai lain tRNA
mendekat. Untai ini membawa asam amino lain, dan berbeda dari yang pertama. Sekali
lagi, tRNA mencari tempat yang tepat untuk mengikat mRNA.
Ketika untai kedua dari tRNA di tempat dengan asam amino, dua asam amino
mengikat bersama-sama dengan bantuan dari ribosom, serta energi sel dalam bentuk
adenosin trifosfat (ATP). Urutan ini berulang, dan rantai asam amino tumbuh lagi. Ketika
asam amino semuanya telah ditempatkan dalam urutan yang benar, rantai dilipatan ke
dalam bentuk tiga dimensi. Ketika ini terjadi, protein selesai.
Setelah protein telah berhasil dibuat, dua sub-unit ribosom terpisah, akan
bergabung lagi untuk digunakan nanti. Proses sintesis protein terjadi di berbagai ribosom
seluruh sel. Sebuah sel yang beroperasi secara efisien dapat mensintesis ratusan protein
setiap detik.
B. Peran RNA dalam Sintesis Protein
Dalam semua sel hidup, proses menerjemahkan informasi genetik dari DNA ke
protein yang melakukan sebagian besar pekerjaan dalam sel dilakukan oleh mesin
molekuler yang terbuat dari kombinasi RNA dan protein. Anehnya, itu adalah RNA, bukan
protein, yang melakukan pekerjaan penting dalam mesin pembuat-protein ini, yang disebut
ribosom. Bentuk dasar dan inti fungsional ribosom dibentuk oleh RNA. RNA telah
dipertahankan melalui lebih dari satu miliar tahun evolusi: RNA ribosom pada bakteri dan
manusia sangat mirip. Kedua RNA, disebut RNA atau mRNA, menggerakan informasi
genetik dari DNA ke ribosom. Messenger RNA menyediakan ribosom dengan cetak biru
untuk membangun protein. Asam amino adalah bahan bangunan protein. Setiap asam
amino dalam protein dikirim ke ribosom dengan jenis lain dari RNA: RNA transfer (tRNA).
Ribosom menggunakan informasi dalam messenger RNA untuk menghubungkan bersama
transfer RNA mengikat asam amino dalam urutan yang benar untuk membuat setiap jenis
yang berbeda dari protein dalam sel: sel manusia membuat hampir 100.000 jenis protein,
masing-masing dengan messenger RNA dengan urutan yang unik.
Peran sentral dari RNA dalam sintesis protein diilustrasikan oleh fakta bahwa
banyak antibiotik digunakan untuk melawan infeksi dengan mengikat RNA ribosom bakteri
dan menghambat produksi protein seluler. Hal ini untuk mencegah bakteri tumbuh.
Kesalahan dalam produksi atau urutan komponen RNA dari mesin sintesis protein juga
dapat menyebabkan penyakit pada manusia, termasuk, anemia Diamond Blackfan, yang
disebabkan oleh cacat dalam produksi ribosom, Dyskeratosis congenita, disebabkan oleh
cacat dalam struktur RNA ribosom, dan beberapa bentuk diabetes, miopati dan
ensefalopati akibat mutasi pada RNA transfer.
C. Peran DNA dalam Sintesis Protein
Peran asam deoksiribonukleat atau DNA dalam sintesis protein adalah sebagai
cetak biru. Ini adalah panduan untuk struktur protein yang diproduksi. Tanpa DNA, ribosom
dalam sel yang diberikan tidak akan tahu apa yang harus dimasukkan kedalam asam
amino. DNA memiliki fungsi yang sama pada sel prokariotik dan eukariotik, meskipun ada
perbedaan halus.
DNA adalah rantai asam nukleat dibagi menjadi dua polimer atau helai. Masingmasing berdiri memiliki satu set asam amino yang terhubung ke asam amino yang
berlawanan pada polimer lain untuk menghasilkan struktur yang terlihat seperti tangga
pembersih jendela. Urutan asam amino adalah peta genetik informasi yang memberitahu
sel bagaimana harus terstruktur dan memberitahu sel-sel bagaimana menggabungkan
untuk membentuk organisme yang lebih besar. Informasi ini digunakan secara langsung
untuk membangun komponen sel seperti asam ribonukleat (RNA) dan protein.
Kehadiran DNA dalam sintesis protein sangat penting. Sintesis protein adalah
tindakan menciptakan protein baru dalam sel. Seluruh proses terjadi di dalam ribosom,
semacam pabrik protein, dalam sel. Panduan ribosom dalam sel eukariotik dan semua
ribosom dalam sel prokariotik mensintesis protein dalam sitoplasma.

Ada banyak langkah untuk proses sintesis protein. Penggunaan DNA selama
sintesis protein berlangsung dalam tahap yang disebut sintesis asam amino pertama.
Tahap kedua disebut transkripsi, dan tahap akhir adalah di mana ribosom menerjemahkan
informasi ke dalam protein.
Sebuah protein yang disebut helikase membagi terpisah kedua polimer DNA dalam
sintesis protein. Salah satu helai akan berisi cetak biru protein sel yang dibutuhkan. Untai
ini akan disalin ke RNA (mRNA) ketika mRNA diatur sehingga terdiri dari asam amino
berlawanan dengan mereka yang hadir di bagian DNA yang disalin.
mRNA kemudian mengambil informasi ke ribosom. Ribosom akan memproses
mRNA sehingga menerjemahkan kode asam amino menggunakan kebalikan dari mereka
pada mRNA, sehingga kembali rantai akan kembali ke bentuk aslinya. Dari sini, ribosom
membuat protein.
Organisme tidak mampu mensintesis semua asam amino. Ada sekitar 20 asam
amino yang dikenal di dunia, dan manusia dapat mensintesis sekitar 12 dari mereka.
Sisanya yang tertelan melalui makanan dan kadang-kadang minum.
Sel prokariotik akan mengkonversi DNA dalam sintesis protein langsung ke mRNA.
Sel eukariotik, bagaimanapun, pertama menuliskan DNA ke RNA nuklir heterophil (hnRNA).
D. Peran Ribosom dalam Sintesis Protein
Ribosom adalah struktur dalam sel biologis, dijuluki pabrik untuk peran tunggal
mereka dalam merakit protein yang membentuk dan mendefinisikan fungsi sel. Protein
adalah senyawa kimia kompleks yang telah disebut bahan bangunan kehidupan. Rumus
instruksional yang dikodekan dalam DNA genetik (asam deoksiribonukleat) dalam inti pusat
sel. Sintesis protein adalah bidang biologi molekuler yang mempelajari proses dimana kode
DNA ditranslasi menjadi protein fungsional. Peran ribosom dalam sintesis protein sangat
penting.

Gambar 2. Diagram Ribosom


(Sumber: http://www.sridianti.com/wp-content/uploads/2013/11/diagramribosom.jpg)
Pertama, dalam proses yang disebut transkripsi, DNA membuat salinan fungsional
dari dirinya sendiri disebut RNA (asam ribonukleat). Ini secara khusus bernama messenger
RNA (mRNA) untuk fungsinya untuk memberikan instruksi kode ke ribosom. Sepanjang
jalan, RNA membuat salinan terfragmentasi sendiri bernama RNA transfer (tRNA). Salinan
ini yang dirilis untuk mengikat dengan senyawa organik bebas dalam sel yang disebut
asam amino.
Sementara itu, mRNA mengikat ribosom, yang mulai membaca informasi dalam
proses yang disebut translasi. Informasi tersebut merupakan urutan dari banyak asam
amino yang berbeda. Seperti itu sedang dibaca, kode pencocokan tRNA tertarik untuk
ribosom dan mentransfer muatan terpasang. Satu demi satu, rantai asam amino sehingga
tercipta sampai protein selesai dan sinyal mRNA dirilis dari ribosom.
Peran ribosom dalam sintesis protein ini mirip dengan jalur perakitan linier asam
amino dalam protein jadi. DNA dan RNA sendiri adalah rantai linear dari empat molekul
kimia yang disebut nukleotida adenin, sitosin, timin pada DNA atau urasil di RNA, dan
guanin disingkat A, C, T atau U, dan G masing-masing. Rantai yang sangat panjang

nukleotida ini di mRNA adalah serupa dengan rekaman ticker yang ribosom membaca dan
menerjemahkan ke dalam asam amino merupakan kode yang spesifik.
Ribosom yang mereka terbuat dari protein dan untai RNA. Mereka dapat dianggap
sebagai memiliki dua subunit fungsional, masing-masing mengikat baik pembawa pesan
atau RNA transfer. Ribosom dalam sintesis protein memulai proses perakitan ketika
bertemu dengan serangkaian spesifik nukleotida mRNA, yaitu A-U-G Disebut kodon, urutan
nukleotida UAG adalah instruksi untuk menghentikan produksi, dan ribosom dua subunit
terpisah, melepaskan protein dalam proses.
Pada langkah terakhir, ribosom dalam sintesis protein tidak terlibat sama sekali.
Dalam proses yang tidak dipahami dengan baik, rantai lurus asam amino yang membentuk
protein morphs menjadi bentuk fisik yang telah ditetapkan. Disebut protein folding, faktor
yang paling dikutip dalam menentukan bagaimana rantai memampatkan dirinya menjadi
bentuk tiga dimensi adalah: suhu, sekitar pelarut seperti air, kehadiran garam, dan daya
tarik molekul dan interaksi dari semua ikatan hidrogen protein ini.
E. Tempat Sintesis Protein
Sintesis protein adalah proses multi-langkah yang mengambil tempat di beberapa
lokasi seluler yang berbeda, termasuk inti sel dan pada ribosom. Kode genetik yang berisi
instruksi untuk sintesis protein yang terkandung dalam DNA, atau asam deoksiribonukleat,
yang disimpan dalam inti sel. DNA ditranskripsi menjadi asam ribonukleat, atau RNA,
dalam inti sebelum RNA tersebut diangkut ke sitoplasma di luar inti. Di luar inti, ribosom
adalah tempat sintesis protein ribosom dapat ditemukan di sitosol, bagian cairan seperti
sitoplasma, atau melekat pada retikulum endoplasma kasar. Sebuah proses yang dikenal
sebagai translasi, dimana transkrip RNA diterjemahkan ke protein fungsional, yang
berlangsung di ribosom.

Gambar 3. Tempat Sintesis Protein


(Sumber: http://www.sridianti.com/wp-content/uploads/2014/08/struktur-seltumbuhan-400x346.jpg)
Lokasi awal sintesis protein adalah inti. Protein sendiri tidak diproduksi dalam
jumlah besar dalam organel ini, namun transkrip RNA dari instruksi genetik untuk sintesis
protein yang diproduksi di sana. Sebuah ribosom tidak mampu menerjemahkan DNA
langsung ke protein, sehingga diperlukan langkah transkripsi perantara. Setelah transkripsi,
transkrip RNA pindah dari inti sehingga transkrip dapat diterjemahkan oleh ribosom, yang

tidak hadir dalam jumlah besar di inti. Transkripsi terjadi hampir tanpa henti dalam inti sel,
karena ada permintaan seluler yang konstan untuk lebih banyak protein.
Translasi, proses di mana sebuah untai RNA digunakan dalam pengembangan
protein, mengambil tempat di ribosom. Ribosom menghubungkan asam amino menjadi
rantai panjang. Rantai ini umumnya tidak berguna sebagai rantai linear, tetapi sifat-sifat
kimia asam amino dan lokasi mereka dalam rantai menyebabkan mereka untuk melipat
menjadi bentuk fungsional. Dalam banyak kasus, lipatan ini terjadi selama sintesis tepat
di tempat sintesis protein sementara dalam kasus lain, protein lain harus membantu
dalam proses pelipatan.
Beberapa ribosom ada dalam sitosol, atau bagian cairan seperti sitoplasma sel,
sementara yang lain ada pada struktur yang disebut retikulum endoplasma kasar. Sebuah
ribosom belum tentu terjebak secara permanen ke retikulum endoplasma ribosom teratur
menempel dan meninggalkannya. Struktur berfungsi untuk mengangkut protein tertentu,
terutama protein sekretori, untuk lokasi selular yang berbeda. Setelah meninggalkan lokasi
tempat mereka disintesis, protein yang dengan sinyal rantai yang menyebabkan mereka
untuk diarahkan ke tujuan tertentu ditandai. Tempat sintesis, maka, tidak selalu dekat
dengan tempat di mana protein tersebut benar-benar digunakan.
F. Mekanisme Sintesis Protein dalam Sel
Mekanisme Sintesis Protein dalam sel. Proses sintesis protein terjadi dalam dua
langkah utama didorong oleh enzim dalam sel. Pertama, asam deoksiribonukleat (DNA)
ditranskripsi menjadi asam ribonukleat (RNA) dengan enzim RNA polimerase. Kedua, RNA
kemudian diterjemahkan ke dalam molekul protein oleh ribosom di dalam sel. Transkripsi
DNA dan translasi RNA adalah langkah-langkah kunci dalam proses pusat biosintesis
protein.

Gamba 4. Proses Sintesis Protein


(Sumber: http://www.sridianti.com/wp-content/uploads/2013/08/images2.jpg)
Transkripsi adalah langkah pertama dalam proses sintesis protein, dan biasanya
diprakarsai oleh berbagai sinyal molekul dalam inti sel. Untuk memulai, enzim DNA
helikase membuka ritsleting dua untai DNA, memperlihatkan untai template, yang akan
mengkode untuk RNA yang akan ditranskripsi. Selanjutnya, enzim RNA polimerase
berikatan dengan untai cetakan, bergerak sepanjang dan mensintesiskan untai RNA
(mRNA) yang melengkapi untai DNA template. Setiap nukleotida tunggal DNA akan
mengkode untuk satu nukleotida RNA yang akan ditambahkan ke untai mRNA.
Pada sel eukariotik, mRNA biasanya akan diubah setelah dibuat. Langkah ini dalam
proses sintesis protein melibatkan penambahan tutup pada bagian depan, yang biasanya
guanin nukleotida termetilasi, dan ekor poli-adenin (ekor poli-A) ke belakang. MRNA juga

akan disambung, karena enzim dalam sel menghapus segmen mRNA yang tidak terlibat
langsung dalam coding untuk protein target. Segmen ini dikenal sebagai intron, sedangkan
segmen yang terlibat dalam coding untuk protein yang dikenal sebagai ekson.
Langkah berikutnya dalam proses sintesis protein terjemahan, di mana kode RNA
untuk asam amino tertentu. Proses ini dikatalisis di luar inti oleh ribosom, organel kecil
yang terbuat dari RNA ribosom (rRNA) dan protein. Ribosom mengikat kedua untai mRNA
dan asam amino yang akan membentuk protein akhir. Setiap set dari tiga nukleotida mRNA
akan mengkode untuk satu asam amino tertentu. Ribosom berjalan menuruni untai mRNA,
menambahkan satu asam amino pada suatu waktu, sampai mereka mencapai ekor poli-A
dan menyelesaikan translasi protein.
Kadang-kadang proses sintesis protein melibatkan langkah-langkah tambahan
setelah polipeptida telah dibuat. Protein dapat mulai melipat menjadi struktur asli, atau
paling stabil konformasi tiga dimensi, dengan interaksi hidrofobik. Karena sel adalah encer,
atau berbasis air, lingkungan, sangat polar, dan asam amino hidrofobik akan berkumpul
bersama untuk menghindari terkena lingkungan ini. Pengelompokan ke dalam residu
hidrofobik memberikan protein stabilitas lebih energik, dan membantu untuk melipat.
Sering, protein tidak dapat melipat ke dalam struktur asli mereka atas kemauan
sendiri. Dalam hal ini, mereka membutuhkan bantuan chaperonin, satu enzim protein yang
mengikat yang baru disintesis polipeptida dan melipat ke dalam bentuk yang benar.
Chaperonins dan enzim lainnya juga dapat memperbaiki terdenaturasi, gagal melipat, atau
protein lain yang rusak.
Perbedaan Sintesis Protein pada Eukariot dan Prokariot
Pada proses pre-translasi (transkripsi), produk pertama yang dihasilkan dari proses
transkripsi prokariotik dan eukariotik berbeda. Pada prokariotik, hasil dari transkripsi ialah
mRNA sedangkan pada eukariotik, hasil pertama dari proses transkripsi ialah tranksrip
primer yang kemudian akan mengalami modifikasi (mengikat 7-methyl-guanosine,
berpasangan dengan sebuah poly A tail) untuk menghasilkan hnRNA (heterophil nuclear
RNA). hnRNA akan mengalami proses splicing intron (bagian gen non-coding) via
spliceosomes untuk menghasilkan mRNA. Pada prokariotik, proses transkipsi dan translasi
dapat terjadi secara simultan serta proses regulasi sintesis protein lebih sederhana. Pada
eukariotik transkipsi terjadi di inti, dan translasi terjadi di sitoplasma dan keduanya tidak
dapat berjalan secara bersamaan. Proses regulasi sintesis protein eukariotik lebih
kompleks
Translasi dalam genetika dan biologi molekular adalah proses penerjemahan urutan
nukleotida yang ada pada molekul mRNA menjadi rangkaian asam-asam amino yang
menyusun suatu polipeptida atau protein. Translasi hanya terjadi pada molekul mRNA,
sedangkan rRNA dan tRNA tidak ditranslasi. Molekul mRNA yang merupakan salinan
urutan DNA menyusun suatu gen dalam bentuk single strand. mRNA membawa informasi
urutan asam amino.
Tahap inisiasi yaitu dimulai dengan mengikat ribosomal subunit kecil pada urutan
spesifik rantai mRNA. Ikatan tersebut berada pada urutan 5 dan 11 nukleotid pada mRNA
pada kodon AUG. Setelah itu, subunit kecil berikatan dengan molekul tRNA khusus, yang
disebut N-formil metionin (fMet), mengenali dan mengikat ke kodon inisiator. Setelah itu,
akan terjadi pengikatan dengan subunit besar, membentuk kompleks inisiasi. Inisiator pada
prokariotik dan eukariotik juga memiliki perbedaan. Pada prokariotik faktor insiasinya yaitu
IF1, IF2, dan IF3 sedangkan pada eukariotik eIF4A, eIF4E dan eIF4G .
Dengan terbentuknya kompleks inisiasi, fMet-tRNA menempati lokasi P dari
ribosom dan situs A dibiarkan kosong. Ribosom pada dasarnya terbagi menjadi subunit
kecil dan subunit besar. Pada prokariotik ribosomal berupa 70S (subunit besar 50S dan
subunit kecil 30S) sedangkan pada eukariotik ribosomal berupa 80S (subunit besar 60S
dan subunit kecil 40S) Seluruh proses inisiasi difasilitasi oleh protein ekstra, yang disebut
faktor inisiasi yang membantu dengan mengikat subunit ribosom dan tRNA ke rantai
mRNA. Selanjutnya proses seterusnya tidak ada perbedaan.
Tahap Elongasi merupakan tahap terbentuknya tRNA yang mengandung kompleksfMet di situs peptidil (P), tRNA aminoasil dengan urutan antikodon komplementer dapat

mengikat mRNA melalui situs akseptor. Pengikatan ini dibantu oleh faktor-faktor
pemanjangan yang bergantung pada energi dari hidrolisis GTP. tRNA membawa rantai
asam amino pada situs P dan tRNA yang mengandung asam amino tunggal di situs A,
kemudian terjadi rantai asam amino. Penambahan ini terjadi melalui pembentukan ikatan
peptida, ikatan nitrogen-karbon yang terbentuk antara subunit asam amino untuk
membentuk rantai polipeptida yang dibantu enzim transferase peptidil. Ikatan peptida yang
terjadi antara gugus karboksil merupakan ujung dalam rantai peptida yang terletak di lokasi
P dan gugus amina pada asam amino dalam kelompok A. Akibatnya, rantai peptida
bergeser ke situs A, dengan asam amino asli pada situs A sebagai ujung rantai. tRNA di
situs A menjadi RNA peptidil, dan bergeser ke situs P. Sementara itu, ribosom bergerak ke
arah 3 sepanjang mRNA didorong oleh faktor-faktor pemanjangan. Ketika situs A terbuka
kembali sehingga tRNA aminoasil berikutnya menghasilkan rantai asam amino peptida.
proses berulang-ulang tersebut menciptakan sebuah rantai polipeptida di situs P ribosom.
Sebuah ribosom tunggal dapat menerjemahkan 60 nukleotida per detik. Kecepatan ini bisa
jauh ditambah ketika menghubungkan ribosom untuk membentuk polyribosomes.
Pre-Translasi
Pada proses pre-translasi, terjadi proses trankripsi RNA. Proses transkripsi, sesuai
namanya merupakan proses pencetakan atau penulisan ulang DNA ke dalam mRNA.
Proses ini terjadi di dalam nukleus. Pada tahap ini, setiap basa nitrogen DNA dikodekan ke
dalam basa nitrogen RNA. Tahap transkripsi dapat dibagi lagi menjadi tiga tahap, yaitu
iniasi, elongasi, dan terminasi.
Tahap inisiasi diawali oleh melekatnya enzim RNA polimerase pada pita DNA pada
titik awal. Pita DNA akan terbuka, akibatnya basa nitrogen pada pita tersebut menjadi
bebas. Basa nitrogen pada salah satu pita tersebut akan menjadi cetakan mRNA. Pita DNA
ini disebut juga pita bermakna atau sense. Adapun pita yang tidak ditranskripsi disebut pita
tak bermakna atau antisense. Enzim RNA polimerase mulai menyintesis RNA dari titik awal
pita.
Pada tahap elongasi, Enzim RNA polimerase akan terus membentuk mRNA hingga
terbentuk pita mRNA. Pita mRNA ini akan terus memanjang.
Pada tahap terminasi, enzim RNA polimerase sampai pada tempat pemberhentian
(terminal site) DNA, transkripsi akan terhenti. Setelah itu, mRNA dibebaskan dan RNA
polimerase terlepas dari DNA. DNA akan kembali seperti bentuknya semula. Hasil dari
transkripsi, yakni mRNA selanjutnya akan keluar dari inti sel melalui membran inti menuju
sitoplasma.
Pengikatan Aminoasil
Translasi berlangsung dalam tiga tahapan: pengawalan, pemanjangan, dan
pengakhiran. Namun sebelum tahap pengawalan, diperlukan persiapan energetik, oleh
karena pembentukan ikatan peptida antara gugus amino dari suatu asam amino dengan
gugus karboksil dari asam amino lain terhalangi oleh rintangan termodinamika.
Rintangan energetik ini harus dipecahkan dengan cara mengatifkan gugus karboksil
dari asam amino prekursor. Dalam proses ini, gugus karboksil asam amino dipautkan ke
gugus 3'- atau 2'-hidroksil dari unit ribosa yang berada di ujung 3' tRNA. Senyawa antara
teraktivasi ini disebut aminoasil-tRNA.
Selain alasan rintangan energi, pembentukan aminoasil-tRNA diperlukan karena
asam amino itu sendiri tidak dapat mengenal kodon dalam mRNA. tRNA kemudian
menjadi molekul adaptor. Aktivasi asam amino dan pengikatan ke tRNA dipercepat oleh
aminoasil-tRNA sintetase, atau disebut juga enzim pengaktif. Paling tidak terdapat satu
enzim pengatif tertentu untuk setiap asam amino. Mereka berbeda dalam hal ukuran dan
struktur subunit.
Langka pertama reaksi pengatifan adalah pembentukan aminoasil-adenilat dari
asam amino dan ATP. Hasil dari reaksi ini adalah terikatnya gugus karboksil asam amino
dengan gugus fosfat AMP, sehingga dikenal juga dengan nama aminoasil-AMP.

Langka selanjutnya adalah pemindahan gugus aminoasil dari aminoasil-AMP ke


suatu molekul tRNA membentuk aminoasil-tRNA, suatu senyawa antara teraktivasi dalam
biosintesis protein. Terkadang asam amino yang terikat pada tRNA berada pada ujung 2',
terkadang pada ujung 3' gula ribosa tRNA tetapi asam amino teraktivasi dapat berpindah
dengan cepat diantara kedua posisi ini.
Pembentukan aminoasil tRNA mengkonsumsi energi yang disediakan oleh
pemutusan dua ikatan fosfat berenergi tinggi dari molekul tunggal ATP ke AMP ditambah 2
Pi. Yang satu dikonsumsi dalam pembentukan ikatan ester aminoasil-tRNA, yang lain
dipakai untuk menyetir reaksi selanjutnya. Energisasi aminoasil-tRNA melalui hidrolisis
pirofosfat membuat reaksinya bersifat tidak dapat balik (Irreversible).
Pada proses elongasi terdapat aminoacyl-tRNA yang merupakan jenis tRNA yang
terikat pada suatu asam amino. Aminoacyl-tRNA bersamaan dengan elongation faktor
mengantar asam amino yang hendak disusun menjadi polypeptide menuju ke ribosome.
Aminoacyl-tRNA terbentuk dari esterifikasi asam amino tertentu yang spesifik dan
kemudian akan berikatan dengan tRNA dengan bantuan enzim Aminoacyl-tRNA
synthetase.
Aminoacyl-tRNA terbentuk melalui dua tahap. Tahap pertama ialah adenylation
asam amino, yang membentuk aminoacyl-AMP:
amino acid + ATP aminoacyl-AMP + PPi
Tahap Kedua, residu asam amino ditransfer ke tRNA:
aminoacyl-AMP + tRNA aminoacyl-tRNA + AMP
Reaksi bersih aminoasilasi ialah :
amino acid + ATP + tRNA aminoacyl-tRNA + AMP + PPi
Proses aminoasilasi menjamin bahwa asam amino yang tepat diikatkan ke tRNA
yang tepat. Suatu aminoasiltRNA sintetase memiliki ketepatan untuk tRNAnya. Hasil dari
interaksi yang ekstensif antara keduanya, meliputi sekitar 25 nm2 luas permukaan, dan
melibatkan lengan penerima dan loop antikodon tRNA, seperti halnya individu nukleotida
pada lengan D dan TC. Apabila interaksi enzim dan asam amino kurang ekstensif maka
asam amino lebih kecil daripada tRNA dan merupakan masalah yang lebih besar untuk
spesifisitasnya karena beberapa asam amino strukturnya serupa. Kesalahan dapat terjadi
pada tingkat yang rendah untuk kebanyakan asam amino tetapi kemungkinan sekitar satu
aminoasilasi dalam 80 untuk pasangan yang sulit seperti isoleusin dan valin. Pada
umumnya kesalahan tersebut dikoreksi oleh aminoasiltRNA sintetase itu sendiri
Polisom
Polisom / Polyribosome ialah kumpulan ribosom yang membentuk rantai dalam pola
spiral atau terpilin. Polisom memiliki fungsi untuk mengadakan proses sintesis protein yang
lebih kompleks sehingga dapat meningkatkan jumlah produksi protein. Bagian 5' 7methylguanosine cap dan 3' poly(A) tail pada mRNA eukariotik membantu kinerja polisom
dalam mensintesis protein. Polyribosomes dapat dijumpai dengan tiga bentuk : bentuk
bebas, cytoskeletal bound, and membrane bound.
Translasi Biasa
Gambar 5. Translasi secara umum

(Sumber : hyperphysics.phy-astr.gsu.edu)
Bagian utama kedua dari proses sintesis protein adalah translasi. Bertentangan
dengan transkripsi yang terjadi dalam inti, translasi berlangsung dalam sitoplasma sel.
Bagian ini dimulai segera setelah mRNA ditranskripsi memasuki sitoplasma. Ribosom hadir
dalam sitoplasma segera melekat pada mRNA pada situs tertentu, yang disebut kodon
start. Proses translasi dibagi menjadi tiga yaitu :

Inisiasi

Gambar 6. Inisiasi Prokariotik

Gambar 7. Inisiasi Eukariotik

(Sumber : en.wikibooks.org)

(Sumber : en.wikibooks.org)

Penterjemahan mRNA ke dalam rantai polipeptida tidak dimulai dari ujung '5 mRNA.
Pada bakteri, translasi hampir selalu dimulai dari 25 nt kearah hilir ujung 5' mRNA. Dalam
setiap mRNA dapat disintesis lebih dari unit rantai polipeptida. mRNA yang mengkode dua
atau lebih polipeptida ini disebut polisistron (polycistron). Menariknya bahwa setiap protein
yang dikode baik itu oleh monosistron dan polisistron memiliki isyarat "mulai" dan "berhenti"
pada mRNA. Isyarat-isyarat ini mendefinisikan pengawalan dan pengakhiran setiap rantai
polipeptida yang dikode.
Hampir semua ujung amino protein yang ditranslasi mRNA. Jenis asam amino awal
yanf diinisiasi ialah metionin, dan biasanya termodifikasi. Metionin termodifikasi ini disebut
formilmetionin (fMet). Dalam kenyataannya, sintesis protein pada bakteri dimulai dengan
fMet, yang dibawah oleh tRNA inisiator disingkat tRNAf yang berbeda dengan tRNA yang
membawa metionin normal (disingkat tRNA m). Pembentukan tRNAf dan tRNAm dipercepat
oleh aminoasil-tRNA sintetase yang sama, tetapi enzim khusus memformilat gugus amina
metionin yang diikat oleh tRNAf dari N10 -formiltetrahidrofolat.
Suatu studi terhadap urutan nukleotida daerah yang terproteksi aksi ribonuklease
kompleks mRNA ribosom pada saat inisiasi ditemukan kodon AUG (atau GUG) yang
sangat terkosenservasi (Gambar 30-28, L. Stryer) serta daerah kaya purin ~10 nt ke arah
hulu AUG. Daerah kaya purin ini (disebut urutan Shine-Dagarno) ternyata sebagai tempat
berpasangan antara daerah kaya purin di daerah inisiator suatu mRNA dengan ujung 3'
16S rRNA. Daerah pembentukan pasangan kaya purin dan ujung 3' 16S rRNA ini berkisar
3 - 9 nt (nukleotida). Dengan demikian ada dua interaksi yang menentukan dimana
sintesis protein dimulai: perpasangan basa-basa mRNA dengan ujung 3' 16S rRNA, dan
perpasangan kodon inisiator (AUG, atau GUG) di mRNA dengan antikodon tRNA f. Namun
demikian, konsentrasi Mg2+ yang tinggi dalam campuran reaksi in vitro dapat
mengakibatkan inisiasi tidak spesifik. Dalam hal demikian, kebutuhan isyarat kodon "mulai"
sering tidak dipenuhi.
Pembentukan kompleks inisiasi diawali dengan penggabungan mRNA dan
formilmetionin-tRNAf dalam ribosom. Dalam penggabungan ini terlibat tiga faktor inisiasi
(IF1, IF2 dan IF3). Subunit 30S ribosom pertama membentuk kompleks dengan ketiga
faktor ini. Pengikatan GTP ke IF2 memampukan mRNA dan tRNA inisiator bergabung
sambil melepaskan IF3. FMet-tRNAf dikenal oleh IF2 dan pelepasan IF3 membolehkan
subunit 50S bergabung dalam kompleks. Hidrolisis GTP yang terikat pada IF2 pada saat
bergabungnya subunit 50S kedalam kompleks berakibat pelepasan IF1 dan IF2. Hasilnya
adalah kompleks inisiasi 70S. Jadi faktor-faktor inisiasi hanya berhubungan dengan
pembentukan kompleks inisiasi. Mereka tidak menjadi bagian dari ribosom 70S dan
mereka tidak mengambil bagian dalam tahap pemanjangan.
Selain faktor-faktor inisasi, protein-protein yang disebut L7 dan L12 subunit 50S
berpartisipasi dalam hidrolisis GTP dan menghasilkan kompleks inisiasi produktif. Kedua
protein ini identik kecuali ujung terminus L7 terasetilasi. Tetramer L7/L12 berasosiasi
dengan 50S seperti tancapan jari tangan. Kedua protein ini juga berpartisipasi dalam
hidrolisis GTP selama tahapan elongasi sintesis protein.

Elongasi

Setelah proses inisiasi selesai, proses selanjutnya adalah penerjemahan kodon


triplet dan penempelan asam amino sehingga membentuk rantai. Penerjemahan kode ini
akan diikuti pengikatan asam amino sesuai kodon oleh tRNA yang kemudian dibawa ke
kompleks ribosom dan digabungkan dengan asam amino yang sudah ada sebelumnya.
Proses tersebut akan berlangsung sampai munculnya kodon terminasi (UAA, UAG, atau
UGA).
Tahap pemanjangan sintesis protein dimulai dengan masuknya suatu aminoasil
tRNA ke dalam lokasi A ribosom. Jenis aminoasil-tRNA yang masuk bergantung kepada
kodon di mRNA yang berposisi di lokasi A. Aminoasil-tRNA yang komplementer dikirim ke
lokasi A oleh protein-protein yang disebut faktor-faktor pemanjangan (elongation factors),
atau EF-Tu. EF-Tu, seperti juga IF2, mengandung nukleotida guanil terikat dan suatu siklis
antara bentuk-bentuk GTP dan GDP. Setelah EF-Tu menempatkan aminoasil-tRNA di
lokasi A, GTP dihidrolisis. Bentuk GDP EF-TU lalu melepaskan diri dari kompleks ribosom.
Faktor elongasi kedua, yang disebut EF-Ts bergabung dengan kompleks EF-Tu dan
menginduksi pelepasan GDP. Akhirnya, GTP mengikat EF-Tu, dan secara bersamaan EFTs dilepas. Bentuk GTP EF-Tu ini lalu siap mengambil kembali aminoasil-tRNA yang lain,
dan mengirimkannya ke lokasi A ribosom. Perlu dicatat bahwa EF-Tu tidak mengikat fMettRNAf. Sehingga, tRNA inisiator ini tidak dikirim ke lokasi A ribosom. Sebaliknya, MettRNAm, seperti juga dengan aminoasil-tRNA yang lain, dapat berikatan dengan EF-Tu.
Penemuan ini sejalan dengan fakta bahwa kodon AUG tidak dibaca oleh tRNA inisiator.
Sebaliknya, IF2 mengenal fMet-tRNAf dan bukan tRNA yang lain.
Kepatuhan informasi genetik yang diterjemahkan kemudian bergantung kepada
kebenaran aminoasil-tRNA yang dikirim ke lokasi A disaat ikatan peptida dibentuk. Untuk itu
harus terjadi pencarian cermat (scrutinization) aminoasil-tRNA yang datang ke lokasi A
untuk memastikan bahwa antikodonnya bercocokan dengan kodon mRNA di lokasi A.
Proses ini dapat berlangsung dengan hasil coba-gagal (trial and error). Pencarian cermat
ini difasilitasi oleh konformasi struktur tiga dimensi EF-TU yang bertanggung-jawab pada
interaksi kodon-antikodon. Ikatan peptida tidak akan terbentuk sampai EF-Tu dilepas dari
aminoasil-tRNA. Pelepasan ini membutuhkan GTP yang terikat dengan EF-Tu dihidrolisis
membentuk GDP. Terdapat selang yang sangat singkat antara hidrolisis GTP ke GDP
dengan pelepasan EF-Tu-GDP dari kompleks ribosom. Aminoasil-tRNA yang tidak tepat
biasanya meninggalkan ribosom selama interval singkat ini. Sewaktu GTP di EF-TU
dihidrolisis, maka terjadi perubahan konformasi EF-Tu, dan mengubah konteks interaksi
kodon-antikodon.
Aminoasil-tRNA yang benar terikat kuat dengan mRNA baik sebelum atau setelah
hidrolisis GTP EF-Tu. Aminoasil-tRNA yang tidak sesuai tidak terikat kuat pada dua
keadaan ini, sehingga pencarian cermat berlangsung dua kali dalam dua cara yang
berbeda untuk mencapai derajat akurasi yang lebih tinggi. Walaupun demikian, masih juga
mengalami kesalahan penerjemahan sekitar 10-4 untuk tiap asam amino.
Pembentukan ikatan peptida dipercepat oleh suatu enzim bagian dari subunit 50S,
peptidil transferase. Reaksi tersebut akan berlangsung apabilah EF-Tu keluar dari
kompleks dan telah terbentuknya kompleks aminoasil-tRNA yang menempati lokasi A
ribosom, fMet-tRNA di lokasi P. Peptidil transferase memindahkan formilmetionin teraktivasi
dari fMet-tRNAf di lokasi P ke gugus amino aminoasil-tRNA di lokasi A, dan membentuk
dipeptidil-tRNA. Akibat aktivasi oleh ATP dalam pembentukan aminoasil-tRNA, maka
serangan gugus amino pada ikatan ester membentuk ikatan peptida adalah reaksi yang
secara termodinamik dapat berlangsung.
Pembentukan ikatan peptida lalu diikuti oleh translokasi. tRNA yang tidak lagi
bermuatan asam amino meninggalkan lokasi P, peptidil-tRNA bergerak dari lokasi A ke
lokasi P, dan mRNA bergerak dengan jarak 3 nukleotida. Hasilnya, kodon yang baru berada
di posisi A dan siap dibaca oleh aminoasil-tRNA yang berkunjung ke tempat itu.
Translokasi membutuhkan faktor pemanjangan ketiga yaitu EF-G atau disebut juga
translokase. EF-G, seperti juga IF2 dan EF-Tu, berdaur diantara bentuk GTP dan GDP.
Bentuk GTP menyetir translokasi. Hidrolisis GTP melepaskan EF-G dari ribosom. Lokasi A
menjadi kosong, siap mengikat aminoasil-tRNA yang berkunjung, dan memulai daur
pemanjangan berikutnya.
o Pembentukkan ikatan peptida

Sintesis peptida dilakukan dengan menggabungkan gugus karboksil


salah satu asam amino dengan gugus amina dari asam amino yang lain.
Sintesis peptida dimulai dari C-terminus (gugus karboksil) ke N-terminus (gugus
amin). Dua molekul asam amino dapat saling berikatan membentuk ikatan
kovalen melalui suatu ikatan amida yang disebut dengan ikatan peptida. Ikatan
kovalen ini terjadi antara gugus karboksilat dari satu asam amino dengan gugus
amino dari molekul asam amino lainnya dengan melepas molekul air. Tiga
molekul asam amino dapat bergabung membentuk dua ikatan peptida, begitu
seterusnya sehingga dapat membentuk rantai polipeptida.
Translokasi
Translokasi merupakan salah satu tahapan yang penting dalam jalur
sekresi protein, khususnya pada organisme eukariot. Translokasi suatu protein
melewati membran lipid seperti RE secara umum diarahkan oleh peptida sinyal
yang terdapat pada ujung N-terminal protein, yang kemudian dipotong oleh
suatu enzim saat sintesis protein sedang berlangsung atau setelah sintesis
protein selesai. Struktur primer peptida sinyal setiap protein jarang sekali sama,
namun pada umumnya terdiri dari beberapa bagian yaitu : N-terminal yang
bermuatan positif, daerah pusat hidrofobik, dan sisi pemotongan yang dapat
dikenali oleh enzim signal peptidase. Hidrofobisitas peptida sinyal diduga
memainkan peran penting dalam translokasi protein dengan cara berinteraksi
dengan membran lipid atau dengan beberapa komponen sel lainnya.
Proses translokasi protein dari ribosom ke lumen RE yang diarahkan
oleh peptide sinyal dibantu oleh suatu partikel pengenal peptida sinyal yang
disebut Signal Recognition Particles. Hidrofobisitas peptida sinyal diduga
memainkan peran dalam interaksi peptida sinyal dengan SRP. Jika peptida
sinyal cukup hidrofobik tetapi tidak terlalu panjang, peptida sinyal dapat dikenali
oleh SRP ketika peptida sinyal baru disintesis dan keluar dari ribosom. RP yang
mengikat peptida sinyal kemudian akan dikenali oleh reseptor-SRP (SR) yang
terdapat pada membran RE. Jadi SRP dan SR berperan dalam memediasi
proses pentargetan ko-translasi dari protein membran dan protein sekresi pada
semua jenis sel. Baik SRP maupun SR keduanya memiliki domain untuk
mengikat Guanosine Tri Phosphate (GTP). Kompleks SRPSR yang
berinteraksi dengan adanya GTP berperan dalam mentargetkan RibosomeNascent Chain complex (RNC) ke aparatus translokasi protein yang terdapat
dipermukaan membran yang disebut translokon. Sehingga SRP dan SR
berperan sebagai molekul match-makers yang mengantarkan RNC yang
mensintesis protein tertentu ke translokon.

Terminasi

Proses elongasi akan diakhiri saat terbacanya rangkaian kodon UAA, UAG, atau
UGA. Kodon-kodon tersebut bukan pengkode asam amino, merupakan kodon yang
memerintahkan untuk penghentian sintesis protein. Faktor pelepas akan menempel pada
ribosom setelah pembacaan kodon stop. Faktor pelepas tersebut menyebabkan
terlepasnya mRNA dari ribosom, selanjutnya diikuti dengan pemisahan subunit besar dan
kecil ribosom. Hasil dari proses sintesis protein adalah rantai primer protein (rantai
polipeptida) yang masih belum fungsional. Untuk menjadi fungsional, protein harus
dimodifikasi di badan golgi sesuai kebutuhan sel.
o Binding of release factor
Pada proses terminasi, biasanya terdapat sebuah release factor, yaitu
sebuah protein yang berperan dalam terminasi proses translasi dengan
mendeteksi stop kodon dalam mRNA sequences. Pada proses translasi, hampir
semua kodon dikenali oleh aminoacyl-tRNA karena aa-tRNA terikat pada asam
amino tertentu yang koresponden terhadap antikodonnya. Dalam kode genetic,
terdapat stop kodon untuk mRNA sequences, yaitu UAG ("amber"), UAA
("ochre"), dan UGA ("opal" atau "umber"). Walaupun ketiga kodon ini sama
seperti kodon lainnya, tetapi aa-tRNA tidak dapat mendekode kodon-kodon

tersebut.Sebuah protein yaitu Release factor akan hadir untuk menterminasi


proses sintesis protein bila menemukan stop kodon.
Faktor pelepas menghentikan translasi dan menghidrolisis ikatan antara
asam amino terakhir pada rantai polipeptida baru dan tRNA-nya
Pada proses terminasi translasi prokariotik, terdapat 3 release factors,
yaitu : RF1, RF2, dan RF3.
RF1 mengenal kodon terminasi UAA and UAG
RF2 mengenal UAA and UGA
RF3 ialah GTP-binding protein yang mengarahkan dissociation of
RF1/RF2 setelah pelepasan peptide
Sepeti prokariotik, Pada proses terminasi translasi eukariotik melibatkan
2 release factors: eRF1 dan eRF3.
eRF1 mengenal ketiga kode stop kodon.
eRF3 ialah ribosome-dependent GTPase yang membantu eRF1
melepaskan polipeptida yang telah sempurna
Post Translasi
Setelah protein yang disintesis oleh ribosome dengan bantuan translasi mRNA
membentuk rantai polipeptida. Rantai-rantai polipeptida ini mengalami post translational
modification (PTM) sebelum menjadi produk protein yang matang. Dalam proses post
translational ini, rantai polipeptida yang hanya terdiri dari asam-asam amino berbeda
ditambahkan gugus fungsi seperti asetat, phosphate, karbohidrat, lipid, dan lain-lain untuk
memberikan fungsi khusus terhadap protein tersebut. Tanpa tugas yang jelas dan spesifik,
setiap protein sel akan melakukan pekerjaan-pekerjaan yang mungkin bertabrakan dan
tidak efisien. Oleh sebab itu, protein yang disintesis oleh kompleks ribosom di sitosol harus
mengalami pemrosesaan menuju spesifitas fungsi dan lokasi. Spesifitas fungsi
berlangsung melalui pematangan protein seperti pelipatan struktur benar tiga dimensi, dan
modifikasi kovalen. Spesifitas lokasi dicapai melalui mekanisme penyasaran ke tempat
dimana ia harus melakukan kerja. Baik spesifitas fungsi dan penyasaran berlangsung
dalam koridor perintah genetik yang dikandung oleh setiap protein. Kebutuhan penyasaran
dan pematangan protein sangatlah nyata pada sel-sel eukariotik, sehingga harus
terintegrasi dengan diferensiasi sel itu sendiri.
Seingkali tipetipe pemrosesan berbeda terjadi bersamasama, yaitu polipeptida
dipotong, dimodifikasi dan/atau splicing, serta dilipat pada waktu yang sama untuk
membentuk konformasi tiga dimensi yang benar. Selain itu, proses pemotongan atau
modifikasi kimiawi dapat juga terjadi setelah protein dilipat, proses ini mungkin sebagai
bagian mekanisme pengaturan yang mengkonversi pelipatan protein inaktif menjadi bentuk
yang aktif.
o Protein Folding

Gambar 8. Protein Folding


(Sumber : www.nature.com)

Protein, seperti halnya DNA, merupakan suatu polimer yang mengalami


denaturasi dan kemudian disintesis di ribosom yang kemudian membentuk
asam amino linear dan tidak bercabang. Protein folding ini termasuk dalam
struktur sekunder protein, di mana pada struktur ini terdapat struktur dua
dimensi protein sehingga dapat terjadi lipatan (folding) yang beraturan seperti helix, -sheet, turn dan random karena adanya ikatan hidrogen di antara gugusgugus polar dari asam amino dalam rantai protein tersebut. Protein yang
merupakan rangkaian dari asam-asam amino ini harus mengalami pelipatan
(folding) untuk dapat mencapai struktur aslinya, karena protein hanya dapat
berfungsi jika mempunyai struktur asli tersebut. Proses pelipatan dibantu oleh
sebuah protein disebut chaperon
Pelipatan protein di dalam sel merupakan proses kompleks yang
membutuhkan bantuan molekul lain dan energi. Proses pelipatan dimulai dari
rantai polipeptida yang baru terbentuk di ribosom yang berbentuk sangat tak
beraturan (random coil state) sebelum proses pelipatan. Selain itu, konsentrasi
makromolekul dalam sitosol, yang termasuk di dalamnya ribosom, asam nukleat
dan protein lain sangat tinggi. Dalam keadaan ini, residu asam amino hidrofobik
dari polipeptida naik ke permukaan dan proses pelipatan dari intermediet dapat
berlangsung secara tidak tepat dapat mengakibatkan terjadinya misfolding dan
agregasi sebelum sintesis selesai. Kegagalan suatu protein dalam proses
folding protein (misfolding) ini dapat menyebabkan malfungsi berbagai sistem
biologis yang dapat menimbulkan berbagai penyakit, seperti Alzheimer,
parkinson, katarak dan kanker.

Tidak semua pelipatan protein terjadi secara spontan. Protein berukuran


kecil, seperti ribonuclease, dapat melipat secara spontan ketika denaturan
(urea) dihilangkan Namun, protein berukuran besar tidak dapat melipat secara
spontan. Dua faktor yang mencegah pelipatan spontan protein besar, yaitu:
pertama, kecenderungan membentuk agragrat tidak terlarut ketika denaturan
dihilangkan; kedua, protein cenderung melakukan jalur pelipatan yang tidak
tepat.
Cleavage proteolotik
Cleavage proteolotik ialah pemotongan protein oleh protease ini dapat
membuang segmensegmen dari satu atau kedua ujung polipeptida. Hasil
pemotongan dapat berupa fragmen protein aktif yang lebih pendekf atau
menjadi fragmenfragmen protein yang seluruh atau beberapa fragmen protein
aktif.
Proteolisis polipeptida sering terjadi selama atau setelah translasi dalam
sintesis protein pada berbagai protein. Pada tahap ini biasa terjadi pemindahan
N-terminal methionine, sinyal peptida, dan/atau konversi dari protein non-aktif
atau non-fungsional menjadi protein aktif. Bentuk awal dari protein aktif yang
dibentuk dan memiliki gugus fungsional disebut proprotein, dan proproteins
disintesis untuk pertama kali dalam bentuk preproprotein. Misalnya, albumin
pertama disintesis sebagai preproalbumin dan berisi uncleaved peptide signal.
Preproalbumin selanjutnya akan membentuk proalbumin setelah peptida sinyal

dibelah, dan proses lebih lanjut untuk menghapus N-terminal propeptide 6residu menghasilkan bentuk matang dari protein tersebut.
Methonine inisiasi (dalam prokariota ialah fMet) dapat dihapus selama
terjemahan dari protein yang baru terbentuk. Untuk E. coli, fMet secara efisien
dihapus jika residu kedua adalah kecil dan tidak bermuatan. Proses akan tidak
efisien jika residu kedua besar dan bermuatan positif atau negatif. Pada
prokariota dan eukariota, residu N-terminal dapat menentukan waktu paruh
protein sesuai dengan N-end rule. Protein yang ditargentkan menuju organel
tertentu memiliki N terminal yang mengandung sinyal peptide yang
menghantarkan protein ke tujuannya. Sinyal peptide tersebut dihilangkan
dengan proteolisis setelah melalui membrane. Beberapa hormone pada sel
eukariotik disintesis sebagai polyprotein yang membutuhkan cleacage
proteolytic untuk dipecah menjadi rantai-rantai polipeptida yang lebih pendek.
Pemotongan proteolitik mempunyai dua fungsi pada pemrosesan paska
translasi, yaitu:
1. Digunakan untuk membuang potongan pendek dari ujung daerah N
dan atau C dari polipeptida, meninggalkan suatu molekul tunggal
yang pendek yang melipat menjadi protein yang aktif
2. Digunakan untuk memotong poliprotein menjadi bagianbagian
dengan semua atau beberapa diantaranya adalah potein yang aktif.
o Modifikasi kimia
Tanpa tugas yang jelas dan spesifik, setiap protein sel akan melakukan
pekerjaan-pekerjaan yang mungkin bertabrakan dan tidak efisien. Oleh sebab
itu, protein yang disintesis oleh kompleks ribosom di sitosol harus mengalami
pemrosesaan menuju spesifitas fungsi dan lokasi.
Spesifitas fungsi berlangsung melalui pematangan protein seperti
pelipatan struktur benar tiga dimensi, dan modifikasi kovalen. Spesifitas lokasi
dicapai melalui mekanisme penyasaran ke tempat dimana ia harus melakukan
kerja. Baik spesifitas fungsi dan penyasaran berlangsung dalam koridor perintah
genetik yang dikandung oleh setiap protein. Kebutuhan penyasaran dan
pematangan protein sangatlah nyata pada sel-sel eukariotik, sehingga harus
terintegrasi dengan diferensiasi sel itu sendiri. Tipe modifikasi kimia yang paling
sederhana melibatkan penambahan gugus kimia kecil (misalnya suatu asetil,
metal atau gugus fosfat) ke rantai sisi asam amino, atau gugus karboksil dari
ujung asam amino pada polipeptida. Lebih dari 150 asam amino yang
termodifikasi telah didokumentasikan pada protein yang berbeda, dengan setiap
modifikasi dilakukan dengan cara yang sangat khusus, asam amino yang sama
dimodifikasi dengan cara yang sama dalam setiap kopi protein.
Fosforilasi
Fosforilasi adalah penambahan gugus fosfat dan merupakan hal penting
dalam terjadinya proses signaling. Fosforilasi menyebabkan perubahan konformasi
dan membuat protein menjadi lebih hidrofilik. Fosforilasi penting untuk interaksi
protein dengan protein lainnya, dan juga dalam degradasi protein.
Salah satu jalur fosforilasi yang terjadi pada protein polyQ diinisiasi oleh
beberapa neutrophin dan sinyal dari growth factor. Dari beberapa growth factor
yang berperan, insulin-like growth factor 1(IGF-1) adalah substansi yang paling
berpengaruh didalam proses neuroprotektif, sehingga polyQ tidak akan bersifat
neurotoxic. Ikatan neurotrophic factor dengan IGF-1 dengan reseptornya, akan
mengaktifkan dua jalur signaling yaitu, mitogen-activated protein kinase (MAPK)
dan phosphatidyl-inositol 3-kinase/Akt pathways. Kegagalan signaling dari salah
satu neurotrophic atau growth factor, berhubungan dengan insiden terjadinya spinal
and bulbar muscular atrophy (SBMA) and Huntingtons disease (HD) (5).Walaupun
bukan sebagai penyebab langsung manifestasi penyakit tersebut, namun kegagalan
signaling ini memiliki peran penting dalam progresifitas penyakit.
PolyQ huntingtin (htt), androgen receptor (AR) and ataxin 1 adalah substrat
yang penting dalam jalur Akt. Fosforilasi polyQ htt terjadi pada serine 421 akan
menurunkan formasi inclusion boddies dan mengurangi neurotoksisitas pada

penderita Huntington Disease. Pada Huntington disease sudah ditemukan enam


tempat lainnya untuk fosforilasi, yaitu serine 536, 1181 , 1201, 2076, 2653 and 2657
. Dari beberapa jenis tempat ini, serine 1181 dan 1201adalah tempat fosforilasi oleh
CDK5. CDK5 juga diketahui melakukan fosforilasi didaerah serine 434. Fosforilasi di
kedua tempat ini diketahui menurunkan toksisitas dari protein polyQ. (6,7).
Fosforilasi PolyQ (androgen receptor)AR yang terjadi pada serines 215 dan
792, akan menyebabkan berkurangnya ikatan ligand an menurunkan toksisitas
pada penyakit SMBA. Beberapa penelitian telah membuktikan beberapa lokasi
fosforilasi dari polyQ AR, diantaranya serines 16, 83, 96, 258, 310,426, 516 dan 651
(8).
Fosforilasi dari polyQ AR oleh MAPK pada serine 516 berhubungan dengan
peningkatan toksisitas pada penyakit SMBA, namun fosforilasi pada serines 426
dan 516, akan mengakibatkan fenomena yang berlawanan, yaitu penurunan
toksisitas. Fosforilasi yang terjadi pada polyQ AR didapatkan juga pada tyrosine 269
dan 365, menghasilkan peningkatan transaktivasi AR dan proliferasi androgen
independent kanker prostat, namun tidak diketahui hubungannya terhadap sel-sel
saraf, apakah bersifat toksik atau tidak .Jika fosforilasi pada htt dan AR
menimbulkan efek neuroprotektif, fosforilasi dari ataxin 1 pada serine 776 akan
meningkatkan stabilisasi polyQ dan pembentukan inclusion boddies (9).
Sulfonasi
Sulfonasi atau lebih dikenal sebagai Tyrosine Sulfonasi ialah modifikasi post
translasional di mana gugus sulfat menempel pada residu tyrosine pada suatu
molekul protein. Protein yang telah disekresi dan bagian ekstraseluler dari
membrane protein yang melewati badan golgi biasanya tersulfonasi. Sulfonasi
hanya terdapat pada sel hewan dan tumbuhan, sedangkan pada prokariotik dan
ragi tidak terjadi sulfonasi.
Sulfonasi sendiri berfungsi untuk memperkuat interaksi antara molekulmolekul protein. Reaksi sulfonasi dikatalisir oleh katalis tyrosylprotein
sulfotransferase (TPST) yang terdapat pada badan golgi.
Isoprenyl
Isoprenilasi ialah sebuah proses penambahan molekul hidrofobik ke dalam
suatu protein. Gugus fungsi prenyl yang menempel pada protein ialah (3-methylbut-2-en-1-yl). Gugus isoprenyl sendiri sangat berguna terutama pada pengikatan
protein-protein melalui specialized prenyl-binding domains.
Glikosilasi
Glikosilasi merupakan salah satu modifikasi protein setelah sintesis protein
selesai. Glikosilasi terjadi dengan cara penambahan komponen gula pada suatu
protein menjadi glikoprotein. Glikosilasi penting untuk penanda protein-protein
ekstraseluler. Misalnya glikoprotein dapat dikenali dengan baik karena adanya
protein pengenal glikoprotein yang dinamakan lektin, yang berasal dari biji kacangkacangan.
Tipe modifikasi yang lebih kompleks adalah glikolisasi, penempelan sisi rantai
karbohidrat besar ke polipeptida . Ada dua tipe umum glikolisasi, :
Glikolisasi terpaut O adalah penempelan sisi rantai gula lewat gugus hidroksil
suatu serin atau asama amino threonin. Glikoliasai terpaut N melibatkan
penempelan melalui gugus amino pada sisi rantai aspargin.
Lipidasi
Lipidasi ialah sebuah proses penambahan gugus lipid pada suatu protein
menjadi lipoprotein. Lipoprotein sendiri berfungsi untuk mengatur keluar masuknya
air ke dalam jaringan sel makhluk hidup. Selain itu, proses lipidasi dapat
membentuk berbagai senyawa dalam tubuh seperti enzim, adhesion, antigen
maupun toksin.
Metilasi
Metilasi merupakan penambahan gugus metil pada residu asam amino
dengan bantuan katalis/enzim metilase. Biasanya proses metilasi banyak
ditemukan pada aspartat dan lisin. Fungsi dari metilasi ialah regulasi ekspresi gen,
regulasi fungsi protein, dan proses RNA.

Intein splicing
Intein adalah urutan penyela pada beberapa protein, mirip intron pada
mRNA. Intein harus dibuang(splicing) dan exteins disambung menjadi protein
aktif.
Intein splicing adalah reaksi intramolekuler dari suatu protein di mana
segmen internal dari protein (intein) dihilangkan dari suatu rantai polipeptida
dengan ligasi eksternal protein C-terminal dan N-terminal (disebut extein).
Bagian perpotongan dari intein splicing biasanya berada pada daerah cysteine
atau serine, di mana merupakan asam amino yang mengandung sisi
nucleophilic. Reaksi intein splicing tidak membutuhkan kofaktor ataupun sumber
energy seperti ATP atau GTP. Biasanya, proses splicing ini dikaitkan dengan
pre-mRNA splicing.
Tipe tipe intein splicing dikategorikan menjadi empat kelas, yaitu : maxiintein splicing, mini-intein splicing, trans-splicing intein, dan alanine intein
splicing. Maxi-intein splicing memiliki bagian splicing di terminal N dan C yang
mengandung endonuclease domain. Sedangkan mini-intein splicing memiliki
kesamaan dengan Maxi-intein splicing di terminal N dan C, tetapi tidak memiliki
endonuclease domain. Trans-splicing intein ialah intein yang terpisah di mana
terbagi dalam N-termini dan C-termini. Alaine inteins splicing memiliki splicing
junction pada bagian alanine, bukan cystine atau serine.

RINGKASAN
Sintesis protein (bahasa inggris: protein synthesis) yang disebut juga biosintesis protein
adalah proses pembentukan partikel protein dalam bahasan biologi molekuler yang didalamnya
melibatkan sistesis RNA yang dipengaruhi oleh DNA. Dalam proses sintesis protein, molekul DNA
adalah sumber pengkodean asam nukleat untuk menjadi asam amino yang menyusun protein
tetapi tidak terlibat secara langsung dalam prosesnya. Molekul DNA pada suatu sel ditranskripsi
menjadi molekul RNA. Molekul RNA inilah yang ditranslasi menjadi asam amino sebagai penyusun
protein. Dengan demikian molekul RNA lah yang terlibat secara langsung dalam proses sintesis
protein. Hubungan antara molekul DNA, RNA, dan asam amino dalam proses pembentukan
protein dikenal dengan istilah "Dogma sentral biologi yang dijabarkan dengan rangkaian proses
DNA membuat DNA dan RNA, RNA membuat protein, yang dinyatakan dalam persamaan DNA >>
RNA >> Protein. Seperti kebanyakan dogma, terdapat pengecualian pada proses pembentukan
protein berdasarkan bukti-bukti yang ditemukan setelahnya, sehingga dogma ini akhirnya disebut
sebagai aturan.
DAFTAR PUSTAKA
Anonim (2013) Pelipatan Protein : Sisi Gelap Protein. [online]. Tersedia pada :
http://himamia.mipa.uns.ac.id/2013/05/15/pelipatan-protein-sisi-gelap-protein/ (diakses
Sabtu, 14 Maret 2015).
Berg,J.M., Tymoczko,J.L., dan Stryer,L. (2002) Biochemistry, 5th Edition. New York : W.H.
Freeman.
Permana, D. (2013) Peptida Sinyal, Faktor Penting dalam Translokasi Protein. [online]. Tersedia
pada : http://blog.sivitas.lipi.go.id/blog.cgi?isiblog&1286417631&&&1036006740&
&1369273651&dani017& (diakses Sabtu, 14 Maret 2015).