A.

Definisi Translasi

Translasi adalah proses penerjemahan urutan nukleotida yang ada pada molekul mRNA

menjadi rangkaian asam–asam amino yang menyusun suatu polipeptida atau protein. Pada

translasi hanya molekul mRNA yang ditranslasi, sedangkan rRNA dan tRNA tidak ditranslasi.

Molekul mRNA merupakan transkrip (salinan) urutan DNA yang menyusun suatu gen dalam

bentuk ORF (open reading frame, kerangka baca terbuka). Model rRNA adalah salah satu molekul

penyusun ribosom, yakni organel tempat berlangsungnya sintesis protein, sedangkan tRNA adalah

pembawa asam-asam amino yang akan disambungkan menjadi rantai polipeptida.

Suatu ORF (open reading frame, kerangka baca terbuka) dicirikan oleh :

1. Kodon inisiasi translasi, yaitu urutan ATG ( pada DNA ) atau AUG ( pada mRNA )

2. Serangkaian urutan nukleotida yang menyusun banyak kodon

3. Kodon terminasi translasi, yaitu TAA ( UAA pada mRNA ), TAG ( UAG pada mRNA ),

atau TGA ( UGA pada mRNA ).

Perlu diingat bahwa pada RNA tidak ada basa thymine ( T ) melainkan dalam bentuk uracil (U)

Kodon (kode genetik) adalah urutan nukleotida yang terdiri atas 3 nukleotida berurutan

(triplet codon) yang menyandi suatu asam amino tertentu, misalnya ATG (AUG pada mRNA)

mengkode asam amino metionin. Kodon inisiasi translasi merupakan kodon untuk asam amino

metionin yang mengawali struktur suatu polipeptida (protein) yaitu khusus pada sel eukariotik.

Translasi berlangsung di dalam ribosom yang ada di dalam sitoplasma. Ribosom disusun

oleh molekul-molekul rRNA dan beberapa macam protein. Ribosom tersusun atas dua subunit

yaitu subunit kecil dan subunit besar. Pada sel eukariotik subunit kecil berukuran 40S sedangkan

subunit besar berukuran 60S, tetapi sebagai suatu kesatuan, ribosom eukariot mempunyai

koofisien sedimentasi sebesar 80S.

 Pada sel eukariot, proses translasi baru dapat berlangsung jika proses transkripsi (sintesis

mRNA yang matang) telah selesai dilakukan. Berbeda dengan sel prokariot, dimana proses

translasi sudah dimulai sebelum proses transkripsi selesai dilakukan. Perbedaan ini disebabkan

oleh struktur sel eukariot lebih kompleks karena sudah ada pembagian ruang dan sudah ada inti

sel yang jelas. DNA genom terletak di dalam inti sel sehingga terpisah dari komponen sel yang

lain.

Ada tiga komponen penting yang harus ada dalam suatu proses translasi, yaitu :

1. mRNA (tersusun atas kode genetic)

2. Ribosom

3. tRNA bersama dengan asam amino

4. Enzim-enzim

B. Tujuan Translasi

Translasi bertujuan untuk membentuk protein dari asam-asam amino spesifik dan akan

membentuk rangkaian protein yang berbeda pula. Translasi yang umumnya dikenal sebagai

biosintesis protein adalah suatu proses pembacaan dari mRNA hasil dari transkripsi DNA hingga

perubahan dari rangkaian RNA menjadi suatu rangkaian protein dari asam-asam amino yang

spesifik yang berasal dari tRNA pada proses translasi.

C. Komponen yang berperan dalam proses translasi RNA

Bila dibandingkan dengan transkripsi, translasi merupakan proses yang lebih rumit karena

melibatkan fungsi berbagai makromolekul. Oleh karena kebanyakan di antara makromolekul ini

terdapat dalam jumlah besar di dalam sel, maka sistem translasi menjadi bagian utama mesin

metabolisme pada tiap sel. Makromolekul yang harus berperan dalam proses translasi meliputi:

1. Lebih dari 50 polipeptida serta 3 hingga 5 molekul RNA di dalam tiap ribosom.
 2. Sekurang-kurangnya 20 macam enzim aminoasil-tRNA sintetase yang akan mengaktifkan

asam amino.

3. 40 hingga 60 molekul tRNA yang berbeda.

4. Sedikitnya 9 protein terlarut yang terlibat dalam inisiasi, elongasi, dan terminasi

polipeptida.

. Ribosom

Translasi atau pada hakekatnya sintesis protein, berlangsung di dalam ribosom, suatu

struktur organel yang banyak terdapat di dalam sitoplasma. Ribosom terdiri atas dua sub unit, besar

dan kecil, yang akan menyatu selama inisiasi translasi dan terpisah ketika translasi telah selesai.

Ukuran ribosom sering dinyatakan atas dasar laju pengendapannya selama sentrifugasi sebagai

satuan yang disebut satuan Svedberg (S). Pada kebanyakan prokariot ribosom mempunyai ukuran

70S, sedangkan pada eukariot biasanya sekitar 80S.

Tiap ribosom mempunyai dua tempat pengikatan tRNA, yang masing-masing

dinamakan sisi aminoasil (sisi A) dan sisi peptidil (sisi P). Molekul aminoasil-tRNA yang baru

memasuki ribosom akan terikat di sisi A, sedangkan molekul tRNA yang membawa rantai

polipeptida yang sedang diperpanjang terikat di sisi P.

Gambaran penting sintesis protein adalah bahwa proses ini berlangsung dengan arah tertentu

sebagai berikut:

1. Molekul mRNA ditranslasi dengan arah 5’à 3’, tetapi tidak dari ujung 5’ hingga ujung 3’.

2. Polipeptida disintesis dari ujung asam amino ke ujung karboksil dengan menambahkan

asam-asam amino satu demi satu ke ujung karboksil. Sebagai contoh, sintesis protein yang

mempunyai urutan NH2-Met-Pro-...-Gly-Ser-COOH pasti dimulai dengan metionin dan

diakhiri dengan serin.

KOMPONEN YANG DIBUTUHKAN UNTUK TRANSLASI

Sejumlah besar komponen dibutuhkan untuk sintesis rantai polipeptida. Komponen ini meliputi

semua asam amino yang ditemukan dalam produk akhir, mRNA yang harus ditranslasikan, tRNA

ribosom fungsional, sumber energi dan enzim, serta faktor-faktor protein yang dibutuhkan untuk

inisiasi, elongasi dan terminasi rantai polipeptida.

1. Asam amino

Semua asam amino yang akhirnya muncul di dalam protein yang berbentuk harus tersedia saat

sintesis protein. Jika satu asam amino hilang, asam amino tersebut akan tersedia dalam jumlah

terbatas di dalam sel sehingga translasi akan berhenti pada kodon yang menentukan asam amino

tersersebut.

2. RNA transfer (tRNA)

Setidaknya satu jenis tRNA spesifik dibutuhkan untuk setiap asam amino. Pada manusia

terdapat sdikitnya 50 jenis tRNA. Karena hanya ada 20 asam amino berbeda yang umumnya

dibawa oleh tRNA, beberapa asam amino mempunyai lebih dari satu molekul tRNA yang spesifik.

a. Tempat perlekatan asam amino

Setiap molekul tRNA mempunyai satu tempat perlekatan untuk setiap asam amino spesifik

di ujung 3 nya. Gugus karboksil asam amino berada dalam ikatan ester dengan gugus

3’hidroksil pada bagian ribosa adenosin nukleotida di ujung 3’tRNA. Asam amino yang

melekat pada molekul tRNA dianggap terkativasi.

b. Antikodon
 Setiap molekul tRNA juga mengandung rangkaian nukleotida tiga-basa-antikodon-yang

mengenali kodon spesifik pada mRNA. Kodon ini menentukan insersi dalam rantai peptida

asam amino.

3. Aminoasil-tRNA sintetase

Famili enzim ini dibutuhkan untuk melekatkan asam amino pada tRNA yang sesuai. Setiap

anggota famili enzim ini mengenali asam amino yang spesifik dan tRNA yang berhubungan

dengan asam amino tersebut. Karena itu, enzim-enzim ini mengimplementasikan kode genetik

karena enzim ini bertindak sebagai kamus molekular yang dapat membaca kode 3-huruf asam

nukleat dan kode 20-huruf asam amino. Setiap aminoasil-tRNA sintetase mengatalisasi reaksi dua-

tahap yang menghasilkan perlekatan kovalen gugus karboksil dari asam amino ke ujung -3’tRNA

yang sesuai. Keseluruhan reaksi ini membutuhkan ATP, yang diuraikan menjadi AMP dan Ppi.

4. RNA messenger (mRNA)

mRNA khusus yang dibutuhkan sebagai cetakan untuk sintesa rantai polipeptida yang

diinginkan harus tersedia.

5. Ribosom yang kompeten secara fungsional

Ribosom adalah kompleks protein an rRNA yang besar. Ribosom terdiri dari 2 subunit-1

besar dan 1 kecil yang ukuran relatifnya diberikan sesuai koefisien sedimen.

a. RNA Ribosom

Ribosom prokariot mengandung 3 molekul rRNA, sementara ribosom eukariotik

mengandung 4 molekul rRNA. rRNA mempunyai regio struktur sekunder luas yang

berasal dari pemasangan biassa sekuens komplementer nukelotida di bagian molekul

yang berbeda. Pembentukan regio untai-ganda di dalam molekul sebanding dengan

pembentukan yang terdapat di dalam tRNA.

 b. Protein ribosom

Protein ribosom terdapat dalam jumlah yang cukup banyak di dalam ribosom eukariotik

dibanding di dalam ribosom prokariotik. Protein ini berperan pada struktur dan fungsi

ribosom dan interaksinya dengan komponen sistem translasi lainnya.

c. Tempot A, P, dan E pada ribosom

Ribosom mempunyai 3 tempat pengikatan untuk molekul tRNA-tempat A, P dan E

yang masing-masing meluas hingga mencapai kedua subunit. Bersama-sama,

ketiganya mencakup 3 kodon di dekatnya. Selama translasi, tempat A mengikat satu

aminoasil-tRNA yang datang sesuai arahan kodon yang kini menempati tempat ini.

Kodon ini menentukan asam amino berikutnya yang akan ditambahkan ke dalam rantai

polipeptida yang sedang tumbuh. Tempat P kodon ditempati oleh peptidil-tRNA. tRNA

ini membawa rantai asam amino yang telah disintesis. Tempat E di isi oleh tRNA

kosong yang akan keluar dari ribosom.

d. Lokasi ribosom dalam sel

Di dalam sel eukariotik, ribosom terdapat”bebas” dalam sitosol atau berada berdekatan

dengan retikulum endoplasma.

6. Faktor protein

Faktor inisiasi, elegasi dan terminasi (pelepasan) dibutuhkan untuk sintesis peptida.

Beberapa faktor protein ini melaksanakan fungsi katalis, sementara faktor lainnya

menstabilkan pengangkat sintesis.

7. ATP dan GTP dibutuhkan sebagai sumber energy

Pemutusan empat ikatan berenergi tinggi dibutuhkan untuk penambahan satu asam amino

ke dalam rantai polipeptida yang sedang tumbuh

 D. Tahap – Tahap Translasi Pada Sel Eukariotik

1. Inisiasi Sel Eukariotik

Ada beberapa perbedaan tahapan dalam hal proses iniasi translasi antara prokariot dan

eukariot. Pada eukariot, kodon inisiasi adalah metionin (bukan formil metionin seperti pada

prokariot) tetapi tRNA yang melakukan inisiasi berbeda dari tRNA yang menambahkan metionin

pada bagian dalam polipeptida. Molekul tRNA inisiator disebut tRNAiMet. selain itu, pada

eukariot tidak ada sekuens Shine-delgarno seperti yang ada pada prokariot. Fungsi sekuens inu,

yang akan menuntun ribosom untuk menemukan kodon inisasi. Dilakukan oleh struktur tudung

(cap) berupa metil guanosin.

Ribosom bersama-sama dengan tRNAiMet dapat menemukan kodon awal dengan cara

berikatan dengan ujung 5’ (cap), kemudian melakukan pelarikan (scanning) transkip ke arah hilir

( dengan arah 5’ => 3 ‘) sampai menemukan kodon awal (AUG). Menurut model scanning tersebut,

ribosom memulai translasi pada waktu menjumpai sekuens AUG yang pertama kali. Meskipun

demikiaan, penelitian pada 699 mRNA eukariot menunjukkan bahwa sekitar 5-10% AUG yang

pertama bukanlah kodon inisiasi. Pada kasus semacam ini, ribosom akan melewati satu atau dua

AUG sebelum melakukan inisiasi translasi. Sekuens AUG yang dikenali sebagai codon inisiasi

adalah sekuens yang terletak pada sekuens konsensus CCRCCAUGG (R : adalah purin :A atau

G). Pengenalan sukens AUG sebagai kodon inisiasi banyak ditentukan oleh tRNA Met. Perubahan

antikodon pada tRNA Met menyebabkan dikenalinya kodon lain sebagai kodon inisiasi.

Pada eukariot, faktor inisiasi translasi yang diperlukan adalah eIF – 1, -2, -3, -5, dan – 6

(huruf e adalah singkatan dari eukariot) . faktor eIF-3 mengubah subunit kecil ribosom eukariot

(40S) menjadi suatu bentuk yang siap untuk menerima amioasli – tRNA pertama. Setelah amino
– asli tRNA yang pertama melekat, dengan bantuan eIF-2, terbentuklah kompleks 40S.

Selanjutnya, dengan bantuan eIF-4, mRNA melekat ke kompleks 43S membentuk kompleks 40S.

Akhirnya , faktor eIF -5 membantu subunit besar (60S) untuk melekat pada kompleks 40S

sehingga dihasilkan komplek 80S yang siap untuk melakukan translasi MRNA. Faktor eIF-6

adalah suatu faktor anti asosiasi yang mencegah subunit 60S untuk berasosiasi dengan subunit 40S

sebelum terbentuk kompleks inisiasi. Faktor eIF – 4F adalah suatu faktor yang melekat pada

struktur tudung pada ujung 5. Faktor ini terdiri atas 3 bagian, yaitu eIF-4F, eIF-4A, dan eIF – 4G.

Bersama sama dengan eIF- 4E, eIF-3 dan poly[A] – binding protein, faktor eIF-4G menarik

subunit 40S ke mRNA sehingga menstimulasi inisiasi translasi.

Eukariot yang mempunyai situs pengikatan ribosom, maka pengikatan awal subunit kecil

ribosom terjadi pada ujung 5′ mRNA dan kemudian melakukan pergeseran posisi (scanning)

sampai mencapai kodon inisiasi. Proses ini memerlukan banyak faktor inisiasi dan beberapa faktor

inisiasi ini masih belum diketahui fungsinya.

a. Tahap pertama meliputi pembentukan kompleks pre‐inisiasi (pre‐initiation complex).

Struktur ini terdiri dari subunit 40S ribosom, ‘ternary complex' yang tersusun dari faktor

inisiasi eIF‐2 yang terikat tRNAMet inisiator, molekul GTP, dan tiga faktor eIF‐1, eIF‐1A,

eIF‐3. Seperti pada bakteria, tRNA inisiator ini tidak mengenali kodon internal 5′‐AUG‐3′.

Berbeda dengan bacteria, tRNA inisiator eukariot diaminoasetilasi dengan metionin

normal, bukan oleh N‐formilmetionin.

b. Kompleks pre‐inisiasi selanjutnya bergabung dengan ujung 5′ the mRNA. Tahap ini

memerlukan kompleks pengikatan tudung (cap binding complex), kadang‐kadang disebut

eIF‐4F, yang terdiri dari faktor inisiasi eIF‐4A, eIF‐4E dan eIF‐4G. Faktor inisiasi eIF‐4G

berfungsi sebagai jembatan antara eIF‐4E (yang terikat pada tudung) dan eIF‐3 (yang
 terikat pada kompleks pre‐inisiasi) (Hentze, 1997). Hasil dari tahap ini adalah kompleks

pre‐inisiasi menjadi terikat pada daerah ujung 5′ mRNA. Pengikatan ini juga dipengaruhi

oleh ekor poli (A) ujung 3′ mRNA. Interaksi ini diduga dimediasi oleh protein PADP

(polyadenylate‐binding protein), yang terikat pada ekor poli (A).

c. Setelah kompleks pre‐inisiasi mengikat ujung mRNA, kompleks ini sekarang disebut

kompleks inisiasi (initiation complex), harus menggeserkan posisinya (scanning)

sepanjang mRNA sampai mencapai kodon inisiasi. Daerah yang harus dipindai (scanning)

ini, disebut daerah leader mRNA eukariotik, panjangnya dapat beberapa puluh, atau

bahkan ratusan nukleotida dan seringkali mengandung daerah yang membentuk struktur

tusuk konde (hairpins) dan struktur pasangan basa lain. Ada dugaan, struktur tersebut

dihilangkan oleh kombinasi faktor inisisiasi eIF‐4A dan eIF‐4B. Faktor inisiasi eIF‐4A,

dan mungkin juga eIF‐4B, mempunyai aktivitas helikase yang dapat memutuskan ikatan

basa intramolekuler mRNAhas sehingga dapat melapangkan jalan kompleks inisiasi.

Kodon inisiasi, yang biasanya 5′‐AUG‐3′ pada eukariot, dapat dikenali sebab urutan ini

terdapat dalam urutan konsensus pendek, 5′‐ACCAUGG‐3′, yang dikenal sebagai

konsensus Koza (Kozak consensus).

d. Ketika kompleks inisiasi telah menduduki kodon inisiasi, subunit besar ribosom akan

mengikat kompleks inisiasi ini. Seperti pada bakteria, tahap ini memerlukan hidrolisis GTP

dan pelepasan faktor‐faktor inisiasi. Faktor inisiasi terakhir yang terlibat pada tahap ini

adalah eIF‐5 (yang membantu pelepasan faktor‐faktor inisiasi lain) dan eIF‐6 (yang

bergabung dengan subunit besar yang tidak terikat dan mencegah untuk menempel pada

subunit kecil di dalam sitoplasma).

2. Elongasi Sel Eukariotik

 Proses pemanjangan polipeptida disebut sebagai proses elongation yang secara umum

mempunyai mekanisme yang serupa pada prokariot dan eukariot. Proses pemanjangan terjadi

dalam tiga tahapan, yaitu :

1) Pengikatan aminoasil – tRNA pada sisi A yang ada diribosom

2) Pemindahan rantai polipeptida yang tumbuh dari tRNA yang ada pada sisi P ke arah sisi A

dengan membentuk ikatan peptida, dan

3) Translokasi ribosom sepanjang mRNA ke posisi kodon selanjutnya yang ada disisi A

Didalam kompleks ribosom, molekul fMet- tRNA Met menempati sisi P(peptidid). Sisi lain

pada ribosom, yaitu sis A (aminoasli), masih kosong pada saat awal sintesis protein. Molekul

tRNA pertama tersebut (fMet- tRNA Met ), berikatan dengan kodon AUG (atau GUG) pada mRNA

melalui antikodon nya. Tahap selanjutnya adalah penyisipan aminoasil –tRNA pada sisi A. Macam

tRNA (serta asam amino yang dibawa) yang masuk pada sisi A tersebut tergantung pada kodon

yang terletak pada sisa A. Penyisipan aminoasil – tRNA yang masuk ke posisi A tersebut dilakukan

oleh suatu protein yang disebut faktor pemanjangan Tu( elongation factor Tu, EF-Tu). Penyisipan

ini dibantu dengan proses hidrolisis GTP menjadi GDP.

Setelah sisi P dan A terisi, maka tahap selanjutnya adalah pembentukan ikatan peptodil

yang dikatalisis oleh enzim peptidil transferase. Molekul fMet- tRNA Met , yang ada pada sisi P

hanya berisi tRNA yang ksoong, sedangkan sisi A berisi dipeptidil –TrNA. Selanjutnya terjadi

proses translokasi yaitu pemindahan dipeptidil –tRNA dari sisi A ke sisi P, sedangkan molekul

tRNA kosong yang tadinya menempati sisi P ditranslokasi ke sisi E (exit). Pada proses translokasi

ini mRNA bergerak sepanjang tiga nukleotida sehingga kodon berikuitnya terletak pada posisi A

untuk menunggu masuknya aminoasil – tRNA berikutnya. Proses translokasi memerlukan GTP
dan faktor pemanjangan G ( elongation factor G, EF-G). Skema proses pemanjangan polipeptida

dapat dilihat pada gambar 123.

Proses pemanjangan polipeptida berlangsung sangat cepat. Pada E.Coli ketiga tahapan

proses untuk menambahkan satu asam amino ke polipeptida yangs edasng tumbuh memerlukan

waktu sekitar 0,05 detik. Dengan demikian sintesi polipeptida yang terdiri atas 300 asam amino

hanya memerlukan waktu sekitar 25 detik.

Ribosom membaca kodon – kodon pada mRNA dari ujung 5’ => 3’. Hasil proses translasi

adalah molekul polipeptida yang mempunyai ujung amino dan ujung karboksil. Ujung amino

adalah ujung pertama kali disinetsi dan merupakan hasilm penerjemahan kodon yang terletak pada

ujung 5’ pada mRNA , sedangkan ujung yang terakhir disintesi adalah gugus karboksil. Ujung

karboiksil merupakan hasil penerjemahan kodon yang terletak pada ujung 3’ pada mRNA . oleh

karena itu, sintesis protein berl;angsung dari ujung amino ke ujung karbiksil.

Translasi akan berakhir pada waktu salah satu dari ketiga kodon terminasi (UAA, UGA,

UAG) yang ada pada mRNA mencapai posisi A pada ribosom. Dalam keadaan normal tidak ada

aminoasil –tRNA yang membawa asam amino sesuai dengan ketiga kodon tersebut. Oleh karena

itu jika ribosom mencapai salah satu dari ketiga kodon terminasi tersebut, maka proses translasi

berakhir. Pada E.coli , ketiga sinyal penghentian proses translasi tersebut dikenali oleh sutau

protein, yang disebut release factor (RF), misalnya RF1 yang mengenali kodon UAA atau UAG,

atau RF2 yang mengenali kodon UAA atau UGA. Sebaliknya , pada eukariot hanya ada satu

release factor yaitu eRF, yang mengenali ketiga kodon terminasi tersebut. Penempelan protein RF

pada kolon terminasi tersebut mengaktifkan enzim peptidil tranferase yang menghidrolisis ikatan

antara polipeptida dengan tRNA pada sisi P dan menyebabkan tRNA yang kososng tersebut

selanjutnya mengalami translokasi ke sis E. Polipeptida yang sudah dipotong dari tRNA tersebut
 selanjutnya lepas dari ribosom. Setelah itu , sub unit 30S dan sub unit 50S akan terdisosiasi

sehingga dapat digunakan untuk proses sintesis protein berikut nya. Secara umum proses translasi

pada eukariotik berlangsung dengan mekanisme serupa dengan yang terjadi pada prokarotik.

Proses pemanjangan polipeptida dapat dihambat oleh suatu antibiotik yang disebut

puromisin. Antibiotik ini mempunyai struktur yang mirip dengan suatu aminoasil-tRNA sehingga

dapat melekat pada sisi A ribosom. Jika puromisin melekat pada sisi A, maka selanjutnya

antibiotik itu dapat membentuk ikan peptida dengan peptida yang ada pada sisi P dan

menghasilkan peptidil puromisin. Peptidil puromisin tidak dapat melekat kuat pada ribosom

sehingga akhirnya terlepas. Hal itu menyebabkan terjadinya terminasi translasi secara prematur.

Mekanisme inilahyang menyebabkan puromisin dapat membunuh bakteri dan sel lainnya.

Antibiotik lainnya yang menghambat translasi dengan cara berikatan pada ribosom adalah

streptomisin, kloramfenikol, tetrasiklin, eritromisin dan cycholeximide.

3. Terminasi Sel Eukariotik

Tahap terminasi merupakan tahap akhir dari proses translasi. Terminasi merupakan proses

pelepasan protein yang baru disintesis.

a. Ketika suatu ribosom mencapai suatu kodon terminasi pada untai mRNA, tempat A pada

ribosom itu menerima suatu protein yang disebut factor pelepas sebagai ganti tRNA

b. Faktor pelepas menghidrolisis ikatan antara tRNA di dalam tempat P dan asam amino terakhir

dan rantai polipeptida. Polipeptida ini kemudian dilepaskan dari ribosom

c. Kedua subunit ribosom dan komponen penyusun yang lain terdisosiasi

Pada proses translasi mRNA eukariota berumur lebih panjang (jam) dibanding mRNA

prokariota (menit). Pada ujung 5’ mRNA eukariota ditambahkan ‘tudung’ yaitu 7-metilguanosin.
Fungsi tudung ini adalah untuk efisiensi translasi. mRNA eukariota mempunyai urutan pengenal

5’-ACCAUGG disekitar kodon inisiasi AUG. Urutan ini disebut urutan Kozak (Marilyn Kozak).

Pada prosesnya tidak memerlukan amino acid formylmethionine pada waktu inisiasi, tetapi kodon

startnya tetap AUG, sehingga tRNA awal adalah tRNA-met. Faktor protein untuk inisiasi, elongasi

dan terminasi sama dengan pada prokariota, tetapi jumlah yang diperlukan lebih banyak. Pada

eukariota mempunyai RE (Retikulum Endoplasma). Struktur RE memungkinkan ribosom

menyalurkan proein yang baru disintesis ke dalam saluran yang ada pada RE. Lain halnya dengan

prokariot yang tidak mempunyai ER.

Translasi akan berakhir pada waktu salah satu dari ketiga kodon terminasi (UAA, UGA,

UAG) yang ada pada mRNA mencapai posisi A pada ribosom. Pada E. coli ketiga sinyal

penghentian proses translasi tersebut dikenali oleh suatu protein yang disebut release factor (RF).

Penempelan RF pada kodon terminasi tersebut mengaktifkan enzim peptidil transferase yang

menghidrolisis ikatan antara polipeptida dng tRNA pada sisi P dan menyebabkan tRNA yang

kosong mengalami translokasi ke sisi E (exit). Setelah proses translasi berakhir, proses selanjutnya

adalah protein tersebut akan diekspresikan oleh tubuh kita dalam bentuk fenotip.

E. Tahap – Tahap Translasi Pada Sel Prokariotik

Proses translasi berlangsung melalui tiga tahapan yaitu; inisiasi, elongasi dan terminasi.

Sebelum inisiasi translasi dilakukan, diperlukan molekul tRNA (aminoasil tRNA) yang berfungsi

membawa asam amino spesifik. Oleh karena itu ada sekitar 20 macam tRNA yang masing masing

membawa asam amino spesifik, karena di alam ada sekitar 20 asam amino yang menyusun protein

alami. Masing-masing asam amino dikaitkan pada tRNA yang spesifik melalui proses yang disebut

tRNA charging (penambahan muatan berupa asam amino).

 Semua tRNA mempunya 3 basa yang sama pada ujung 3’ yaitu CCA dan penambahan muatan

asam amino dilakukan pada residu adenosin (A). Asam amino dikaitkan pada tRNA melalui ikatan

ester antara gugus karboksilnya dan gugus hidroksil 2’atau 3’ yang ada pada adenosin paling

ujung. Reaksi pengikatan tersebut dilakukan oleh enzim aminoasil tRNA sintase melalui dua

tahapan reaksi. Reaksi pertama adalah aktivitas asam amino dengan menggunakan ATP sebagai

sumber energi dan mneghasilkan aminoasil AMP. Selanjutnya energi pada aminoasil AMP (yang

berupa AMP) digunakan untuk memindahkan gugus asam amino ke tRNA sehingga dihasilkan

aminoasil tRNA.

Selain pengikatan asam amino pada tRNA, tahapan pra-inisiasi lainnya adalah diasosiasi

ribosom menjadi dua sub unit, yaitu subunit besar dan sub unti kecil, karena pembentukan

kompleks insiasi berlangsung pada sub unit kecil. Pada E.Coli, pemisahan ribosom menjadi dua

sub unit dibantu oleh dua faktor inisiasi (Initiation Factor, IF). Sebenarnya faktor

inisiasi E.Coli ada tiga (IF-1, IF-2 dan IF-3) namun yang terlibat dalam diasosiasi ribosom hanya

IF-1 dan IF-3. Dalam hal ini, IF-1 mendorong terjadinya diasosiasi ribosom sedangkan IF-3

mengikat sub unit kecil untuk mencegah supaya subunit tersebut tidak berasosiasi kembali dengan

subunit besar.

1. Inisiasi Sel Prokariotik

Tahap pertama dalam proses translasi pada prokariot adalah penggabungan mRNA, subunit 30S

dan formilmetionil tRNAf (fMet-tRNA) membentuk kompleks inisiasi 30S. Pembentukan

kompleks ini memerlukan GTP (guanosis tripospat) dan beberapa protein yang disebut faktor

inisiasi (IF). IF-3 secara sendirian dapat berikatan dengan 30S, tetapi ikatan tersebut distabilkan

oleh IF-1 dan IF-2. Ketiga faktor inisiasi tersebut berikatan dengan subunit 30S secara berdekatan
pada daerah dekat ujung 3’ 16S rRNA. Setelah ketiganya berikatan, mRNA dan amino asil tRNA

yang pertama akan bergabung dengan rangkaian tersebut secara acak. Pada prokariot, asam amino

pertama yang digabungkan adalah N-Formil metionin (fMet). Selain itu juga diketahui bahwa

pada E.Coli ada dua macam tRNA yang dapat membawa metionin, yaitu tRNAfMet yang dapat

membawa metionin tetapi metionin tidak diformulasi, dan tRNAfMet yang membawa metionin

yang dapat diformulasi. Molekul tRNAfMet inilah yang berperanan dalam inisiasi translasi. Dalam

proses inisiasi, IF-3 berperanan terutama dalam pengikatan mRNA pada ribosom 30S, sedangkan

IF-2 berperanan dalam mengikatkan fMet-tRNAfMet pada kompleks inisiasi 30S. Dalam proses

pengikatan tersebut juga diperlukan GTP tetapi GTP tersebut tidak dihidrolisis. Kompleks inisiasi

30S yang lengkap terdiri atas ribosom ditambah masing-masing satu molekul fMet-tRNAfMet ,

GTP, IF-1, IF-2 dan IF-3.

Ikatan antara subunit 30S dengan kodon inisiasi pada mRNA ditentukan oleh pasangan basa

antara sekuens yang disebut sekuens yang disebut sekuens Shine-Dalgaro (SD) dengan sekuens

komplementer pada ujung 3’ 16S rRNA. Sekuens SD (AGGAGG) terletak disebalah hulu kodon

inisiasi dan sekuens inilah yang dikenal sebagai tempat pengikatan ribosom (ribosom binding

site). Perlu diingat bahwa gen-gen pada prokariot umumnya diorganisasikan secara polisistronik.

Masing-masing gen mempunyai kodon inisiasi translasi dan tempat pengikatan ribosom sendiri

sehingga ribosom berikatan dengan bagian inisiasi pada masing-masing gen dalam polisistron.

Setelah kompleks inisiasi 30S terbentuk, selanjutnya subunit 50S bergabung dan membentuk

kompleks inisiasi 70S. Pada pembentukan kompleks ini, IF-1 dan IF-3 terlepas dari kompleks.

Pebentukan kompleks ini digunkan dilakukan dengan menggunakan energi hasil hidrolisis GTP

yang terjadi pada waktu IF-2 terlepas dari kompleks. Hidrolisis GTP tersebut tidak mendorong

pengikatan ribosom subunit 50S, melainkan mendorong pelepasan IF-2 yang dapat menghambat
pembentukan kompleks inisiasi 30S yang lain. Setelah tahapan ini, terbentuk kompleks inisiasi

70S yang siap melakukan proses pemanjangan (elongasi) polipeptida.

Secara garis besar,tahapan inisiasi translasi pada prokariot adalah sebagai berikut:

a. Diasosiasi ribosom 70S menjadi subunit 50S dan 30S dengan menggunkan

faktor IF-1

b. Pengikatan IF-3 pada subunit 30S

c. Pengitan IF-1, IF-2 dan GTP bersama-sama dengan IF-3.

d. Pengikatan mRNA dan fMet-tRNAfMet untuk membentuk kompleks inisiasi

30S

pengikatan subunit 50S, IF-1 dan IF-3 terlepas

e. IF-2 terlepas dari kompleks bersamaan dengan hidrolisis GTP sehingga

terbentuk kompleks inisiasi 70S yang siap melakukan proses pemanjangan

polipeptida.

2. Elongasi Sel Prokariotik

Proses pemanjangan polypeptida pada eukariota dan prokariota mempunyai mekanisme

yang sama. Pada tahap elongasi terjadi penempelan sub unit besar pada sub unit kecil

menghasilkan dua tempat yang terpisah yaitu :

a. Tempat pertama adalah tempat P (peptidil) yang ditempati oleh tRNA-Nformil

metionin.

b. Tempat kedua adalah tempat A (aminoasil) yang terletak pada kodon ke dua dan

kosong.

Proses ini mengalami tiga tahap yaitu :

1) Pengikatan aminoasil – tRNA pada sisi A yang ada di ribosom

Proses elongasi terjadi saat tRNA dengan antikodon dan asam amino yang tepat masuk ke

tempat A. Akibatnya kedua tempat di ribosom terisi, lalu terjadi ikatan peptide antara kedua asam

amino. Ikatan tRNA dengan Nformil metionin lalu lepas, sehingga kedua asam amino yang

berangkai berada pada tempat A. Ribosom kemudian bergeser sehingga asam amino-asam amino-

tRNA berada pada tempat P dan tempat A menjadi kosong. Selanjutnya tRNA dengan antikodon

yang tepat dengan kodon ketiga akan masuk ke tempat A, dan proses berlanjut seperti sebelumnya.

2) Pemindahan rantai polipeptida yang tumbuh dari tRNA yang ada pada sisi P kearah sisi A

dengan membentuk ikatan peptide

tRNA yang membawa asam amino yang salah akan ditolak memasuki situs A. EF‐Tu

merupakan protein G yang mengikat molekul GTP, suatu molekul sumber energi. Pada eukariot,

faktor elongasi yang setara dengan EF‐Tu adalah eEF‐1, yang merupakan kompleks yang terdiri

dari empat subunit: eEF‐1a, eEF‐1b, eEF‐1d and eEF‐1g

3) Translokasi ribosom sepanjang mRNA ke posisi kodon selanjutnya yang ada di sisi A.

Translokasi (translocation) yang meliputi tiga kejadian secara bersamaan yaitu:

 Ribosom bergeser sepanjang tiga nukleotida (satu kodon), kodon berikutnya memasuki

situsA

 tRNA dipeptida bergeser menempati situs P.

 tRNA deasetilasi (yang tidak mengikat asam amino) bergeser memasuki situs E (exit

site) pada bakteria atau langsung meninggalkan ribosom pada eukariot.

Translokasi membutuhkan energi yang diperoleh dari hidrolisis molekul GTP dan dimediasi oleh

EF‐Gpada bakteria dan eEF‐2 pada eukariot. Jadi dengan terjadinya proses elongasi ini

menyebabkan susunan asam amino menjadi lengkap sesuai dengan cetakannya, banyaknya asam

amino yang dibentuk sesuai dengan jumlah kodon pada informasi genetik di mRNA

3. Terminasi Sel Prokariotik

Tahap terminasi merupakan tahap akhir dari proses translasi. Terminasi merupakan proses

pelepasan protein yang baru disintesis.

a. Ketika suatu ribosom mencapai suatu kodon terminasi pada untai mRNA, tempat A pada

ribosom itu menerima suatu protein yang disebut factor pelepas sebagai ganti tRNA

b. Faktor pelepas menghidrolisis ikatan antara tRNA di dalam tempat P dan asam amino

terakhir dan rantai polipeptida. Polipeptida ini kemudian dilepaskan dari ribosom

c. Kedua subunit ribosom dan komponen penyusun yang lain terdisosiasi

Pada proses translasi mRNA eukariota berumur lebih panjang (jam) dibanding mRNA

prokariota (menit). Pada eukariota mempunyai RE (Retikulum Endoplasma).

Struktur RE memungkinkan ribosom menyalurkan proein yang baru disintesis ke dalam saluran

yang ada pada RE. Lain halnya dengan prokariot yang tidak mempunyai ER.

Translasi akan berakhir pada waktu salah satu dari ketiga kodon terminasi (UAA, UGA,

UAG) yang ada pada mRNA mencapai posisi A pada ribosom. Pada E. coli ketiga sinyal

penghentian proses translasi tersebut dikenali oleh suatu protein yang disebut release factor (RF).

Penempelan RF pada kodon terminasi tersebut mengaktifkan enzim peptidil transferase yang

menghidrolisis ikatan antara polipeptida dng tRNA pada sisi P dan menyebabkan tRNA yang
kosong mengalami translokasi ke sisi E (exit). Setelah proses translasi berakhir, proses selanjutnya

adalah protein tersebut akan diekspresikan oleh tubuh kita dalam bentuk fenotip

Soal Essay

Elogansi merupakan proses pemanjangan polipeptida yang secara umum mempunyai mekanisme

yang serupa pada prokariot dan eukariot.Proses tersebut terjadi 3 tahapan, sebutkan!

Jawab :

1. Pengikatan aminoasil-tRNA pada sisi A yang ada di Ribosom

2. Pemindahan rantai polipeptida yang tumbuh dari tRNA yang ada pada sisi P ke arah sisi A

dengan membentuk ikatan peptida

3. Translokasi ribosom sepanjang mRNA ke posisi kodon selanjutnya yang ada di sisi A