Offering H

Kelompok 9 :
1. Mita Larasati

(140342601011)

2. Nur Fitriana

(140342601325)

A. Tiga Tipe Berbeda dari Penyambungan RNA

Penemuan intron yang bukan pengkode pada gen menimbulkan
perhatian yang besar pada mekanisme pemindahan sekuen intron selama
ekspresi gen. Berdasarkan penelitian penyambungan RNA secara in vitro,
terdapat tiga tipe khas penghilangan intron dari transkrip RNA. Tiga kelas
intron merupakan paling umum dan paling penting dari seluruh ekspresi gen
eukariot, yaitu:
1. Intron dari prekursor tRNA dihilangkan oleh reaksi pemotongan dan
penyambungan endonukleotik yang tepat yang dikatalisis oleh aktivitas
special splicing endonuclease dan ligase.
2. Intron dari prekursor rRNA Tetrahymena dipindahkan secara autokatalitik
dalam reaksi khusus yang dimediasi oleh molekul RNA itu sendiri (tidak
ada aktivitas protein enzimatik yang terlibat).
3. Intron dari transkrip nuclear pre-mRNA (hnRNA) dipindahkan dalam dua
tahap reaksi yang dilaksanakan oleh partikel ribonukleoprotein kompleks
yang disebut spliceosomes.
Sebagian besar gen mengandung bayak intron (contohnya gen 2
kolagen dari ayam mengandung lebih dari 50 intron), mendorong munculnya
pertanyaan tujuan dari penghilangan intron yang banyak tersebut. Intron lain
telah ditemukan untuk menjalani jalur alternatif dari pemotongan menyisakan
mRNAs yang menghasilkan protein berbeda (dengan kata lain, dengan
beberapa keadaan dan beberapa sekuen asam amino yang berbeda). Akhirnya,
satu intron pada gen b sitokrom dari mitokondria ragi termasuk bagian dari
sekuen pengkode untuk protein, RNA maturase, yang bertanggung jawab
untuk menghilangkan intron kedua dari transkrip gen tersebut.

B. Penyambungan Prekursor-Prekursor tRNA: Nuklease dan Ligase yang Khas

Reaksi pemotongan prekursor tRNA telah dipelajari secara rinci pada
ragi Saccharomyces cerevisiae. Sistem pemotongan secara in vitro dan
pemotongan pada mutan yang sensitif terhadap temperatur telah digunakan
dalam pemotongan mekanisme pemotongan tRNA pada S. cerevisiae.
Penghilangan intron dari prekursor tRNA ragi terjadi dalam 2 tahap. Pertama,
membran nuklear mengikat splicing endonuclease membuat dua potongan
yang tepat pada akhir dari intron. Selanjutnya, pada susunan komplek yang
biasa dari reaksi, splicing ligase ikut pertengahan kedua dari RNA untuk
menghasilkan RNA yang siap dari molekul tRNA. Pemotongan dari prekursor
tRNA menghasilkan ujung 5-OH dan 2-3 grup fosfat silik pada ujung 3.
Tahap kedua dari proses penyambungan secara nyata melibatkan 4 reaksi
terpisah
1. Reaksi pertama adalah penambahan grup fosfat pada ujung 5-OH, reaksi
ini membutuhkan aktivitas kinase dan donor fosfat (ATP)
2. Selanjutnya, grup 5 fosfat diaktivasi oleh transfer grup AMP pada
terminus dari sebuah intermediet AMP-ligase (AMP mula-mula telah
berasal dari ATP juga)
3. 2-3 fosfat siklik dibuka oleh aktivitas cyclic phosphodiesterase yang
menghasilkan 2 fosfat dan 3 hidroksil bebas
4. Reaksi penyambungan akhir terjadi melalui pemecahan nucleophilic dari
3-OH bebas pada bagian dalam 5 fosfat dengan melepas AMP.
Seluruh empat reaksi tersebut dikatalisis oleh splicing ligase. Akhirnya grup
2 fosfat (sisa dari 2-3 fosfat siklik dihasilkan oleh reaksi pemecahan semula)
dipindahkan oleh aktivitas phosphatase untuk menghasilkan molekul tRNA
dewasa
Dua tahap keseluruhan dari cara penghilangan intron tRNA nampak
terjadi pada organisme lain. Mekanisme dapat melibatkan reaksi yang sama
pada tumbuhan. Namun, pada mamalia reaksinya tidak sama. Pemotongan
masih terjadi dalam dua tahap namun reaksi penyambungan muncul secara
langsung ikut 2-3 fosfat siklik terminus ke 5-OH terminus. Rincian dari

proses dari pemotongan precursor tRNA pada sel mamalia masih belum secara
jelas
C. Penyambungan Autokatalitik dari Prekursor Rrna Tetrahymena
Pokok umum dalam biologi adalah bahwa metabolisme terjadi
melalui sekuen dari reaksi katalisis oleh enzim. Lebih dari itu, seluruh enzim
yang penting ini secara umum merupakan protein, walaupun kadang-kadang
berupa polipeptida tunggal dan kadang-kadang heteromultimer komplek, yang
membutuhkan kofaktor non protein untuk melaksanakan fungsinya. Ketika
ikatan kovalen berubah (dipindahkan, ditransfer, atau dibentuk), kita menduga
bahwa reaksi tersebut dikatalisis oleh enzim. Dengan demikian, penemuan
bahwa intron pada prekursor rRNA dari Tetrahymena thermophile dihilangkan
tanpa keterlibatan dari protein lain cukup mengejutkan para biologis. Akan
tetapi, sekarang ditetapkan dengan jelas bahwa aktivitas pemotongan yang
menghilangkan intron dari prekursor rRNA adalah intrinsik dari molekul
RNA itu sendiri. Selain itu, pemotongan sendiri atau aktivitas autokatalitik
telah ditunjukkan terjadi pada prekursor rRNA dari beberapa eukariot rendah
dan sejumlah besar prekursor rRNA, tRNA, dan mRNA pada mitokondria dan
kloroplas dari beberapa spesies berbeda. Pada sebagian besar kasus dari intron
ini (disebut kelompok I intron) pada molekul prekursor RNA, mekanisme
pemotongan sendiri adalah sama atau mirip dengan prekursor rRNA
Tetrahymena yang akan dideskripsikan senjutnya. Untuk lainnya (disebut
kelompok II intron), mekanisme pemotongan sendiri mirip dengan mekanisme
pemotongan yang diamati dengan prekursor mRNA nuclear kecuali bahwa hal
tersebut tidak membutuhkan aktivitas spliceosome
Penghilangan autokatalitik dari intron pada precursor rRNA
Tetrahymena (dan kelompok I intron lainnya) tidak membutuhkan sumber
energi dari luar (tanpa ATP dan sebagainya) dan tanpa protein. Malahan,
melibatkan serangkaian transfer ikatan fosfoester, dengan tanpa ikatan yang
hilang atau penambahan pada proses ini. Reaksi melibatkan nukleosida atau
nukleotida guanine dengan kelompok 3-OH bebas. (GTP, GDP, GMP, atau
guanosin seluruhnya bekerja) sebagai kofaktor dengan kation monovalen dan

kation divalen. Kebutuhan terhadap G-3-OH adalah mutlak, tidak ada

komponen pokok lain yang dapat digantikan pada kofaktor nukleosida dan
nukleotida. Intron dihilangkan dengan jalan transfer 2 ikatan fosfodiester, dan
intron yang hilang dapat membentuk sikular dengan jalan transfer ikatan
fosfodister lain. Sirkularisasi autokatalitik dari penghilangan intron memberi
kesan bahwa pemotongan sendiri prokursor rRNA ini terletak secara primer
dalam struktur intron itu sendiri. Kiranya, aktivitas autokatalitik tergantung
pada aktivitas sekunder dari intron atau sedikitnya struktur sekunder dari
molekul precursor RNA. Struktur sekunder dari pemotongan sendiri RNAs
harus membawa grup reaktif sekitar juxtaposisi untuk mengizinkan transfer
ikatan fosfoester terjadi. Sejak pemotongan sendiri transfer ikatan fosfoester
berpotensi

reaksinya

berlangsung

reversibel,

degradasi

cepat

dari

penghilangan intron atau ekspor dari pemotongan rRNAs ke sitoplasma dapat

mengendalikan pemotongan didepannya
Poin

utama

dari

reaksi

pemotongan

autokatalitik

adalah

intramolekular di alam, dan demikian tanpa bergantung konsentrasi. Selain itu,

precursor RNA mampu membentuk pusat aktif pada ikatan kofaktor guanosin3-OH. Tempat katalitik tidak membatasi protein, tetapi catatan juga bahwa
tidak ada aktivitas katalitik trans sebagai enzim, hanya aktivitas katalitik cis.
D. Penyambungan pre-mRNA: snRNAs, snRNPs, dan Spliceosome
Intron pada nuclear precursor mRNA (nuclear pre-mRNAs)
dihilangkan dalam dua tahap seperti intron pada pre-tRNAs ragi dan prerRNAs Tetrahymena. Intron tidak dihilangkan dengan pemotongan nuclease
dan ligase sederhana atau secara autokatalitik. Malahan, pemotongan nuclear
pre-mRNA dilaksanakan oleh struktur RNA atau protein komplek yang
disebut spliceosome. Spliceosome ini berada dalam jalur yang berbeda seperti
ribosom kecil. Spliceosome mengandung kumpulan molekul RNA kecil yang
disebut snRNAs (small nuclear RNAs) dan kumpulan protein yang masih
belum dikenal secara lengkap. Dua tahap dari pemotongan pre-mRNA nuclear
telah diketahui, namun beberapa rincian dari proses pemotongan masih belum
diketahui

Lima snRNAs yaitu U1, U2, U4, U5, dan U6 terlibat dalam
pemotongan pre-mRNA nuclear sebagai komponen dari spliceosome (snRNA
U3 terdapat dalam nukleolus dan kemungkinan terlibat dalam pembentukan
ribosom). Pada mamalia, rentangan ukuran snRNAs dari 100 nukleotida (U6)
sampai 215 nukleotida (U3). Beberapa snRNAs pada ragi S. cerevisiae lebih
besar. snRNAs ini tidak ada sebagai molekul RNA bebas. Malahan, terdapat
sebagai kompleks RNA-protein nuclear kecil yang disebut snRNPs (small
nuclear ribonucleoprotein). Karakteristik dari snRNPs telah difasilitasi oleh
penemuan bahwa beberapa pasien dengan penyakit yang disebut sistemik
lupus erythematosus menghasilkan antibodi yang bereaksi dengan protein
snRNPs. Antibodi ini disebut dengan autoantibodi karena bereaksi dengan
protein milik pasien (self protein), secara normal, hanya antibodi yang
bereaksi dengan protein asing akan diproduksi oleh oleh sistem imun.
Antibodi ini dapat digunakan untuk mempercepat snRNPs, dengan demikian
antibodi dapat memfasilitasi dengan baik pemurnian dari snRNPs untuk
pembelajaran strukturan dan fungsional
snRNAs U1, U2, dan U5 dihadirkan dalam tiga partikel snRNP
berbeda, masing-masing mengandung snRNA tunggal. snRNAs U4 dan U6
dihadirkan bersama dalam snRNP keempat, snRNAs U4 dan U6 mengandung
dua bagian dari komplemen intramolekuler yang kemungkinan adalah dasar
pasangan pada snRNP U4/U6. Masing-masing empat tipe dari partikel snRNP
mengandung kumpulan pokok dari tujuh karakteristik protein snRNP dengan
satu atau lebih protein khusus sampai tipe partikular dari partikel snRNP.
Seluruh empat kompleks snRNP ditampilkan dalam spliceosome yang
diisolasi
Tahap pertama dalam pemotongan pre-mRNA nuclear melibatkan
pemecahan pada 5 intron splice site (

GT-intron) dan susunan dari ikatan

fosfodiester intramolekular antara 5 karbon dari G pada pemecahan tempat

dan 2 karbon dari residu A dihemat dekat akhir 3 dari intron. Tahap ini
terjadi pada spliceosome dan membutuhkan hidrolisis ATP. Bukti-bukti
menunjukkan bahwa U1 snRNP harus terikat pada tempat pemotongan 5
sebelumnya sebagai inisial reaksi pemecahan. Pengenalan dari tempat

pemecahan pada akhir 5 dari intron kemungkinan melibatkan pasangan dasar

antara sekuen konsensus pada tempat ini dan sekuen komplemen dekat ujung
5 dari snRNA U1. Namun, kekhususan dari ikatan pada pada kurang dari
beberapa snRNPs ke sekuen consensus intron melibatkan snRNAs dan protein
snRNP spesifik, selanjutnya pasangan dasar antara intron sekuen konsesnsus
5 dan sekuen komplementer pada snRNA dapat menyediakan hanya satu
bagian dari pengkhususan untuk ikatan fungsional dari U1 snRNP ke molekul
pre-mRNA
snRNP kedua ditambahkan untuk memotong komplek, muncul untuk
menjadi U2snRNP, yang terikat pada sekuen konsensus yang mengandung 100
persen penghematan residu A yang membentuk titik percabangan pada
struktur lariat dari intron yang terpotong. Setelah itu, U5 snRNP terikat pada
tempat pemotongan 3, dan U4/U6 snRNP ditambahkan pada komplek untuk
menghasilkan spliceosome yang lengkap. Ketika tempat pemotongan 5 intron
dipotong pada tahap pertama, U4 snRNA dkeluarkan dari spliceosome (secara
in vitro). Pada tahap 2 dari reaksi pemotongan, tempat pemotongan 3 dari
intron dipecah, dan dua exon disambung oleh ikatan fosfodiester normal 5 ke
3. mRNA yang telah terpotong sekarang siap untuk dikeluarkan ke sitoplasma
dan menjalani translasi oleh ribosom.

Soal dan Jawaban

1. Bagaimanakah struktur gen mitokondria dan kloroplas sehubungan dengan
proses penyambungan RNA?
Jawab:
Pada umumnya struktur penghubung exon-intron pada gen mitokondria
dan

kloroplas

berbeda

dengan

gen

lainnya,

sehingga

proses

penyambungan RNA juga berbeda. Mitokondria dan kloroplas hanya

memiliki satu urutan pendek yang mengandung intron. Urutan tersebut
dikenal dengan TACTAAC box. Sisa adenin pada urutan ke-6 pada
TACTAAC

box

penyambungan RNA.

mempunyai

peranan

penting

dalam

proses

2. Bagaimanakah mekanisme splicing precursor tRNA pada Sacchromyces

cerevisiae?
Jawab :
Mekanisme splicing precursor tRNA pada Sacchromyces cerevisiae
melalaui dua tahapan. Dalam tahapan pertama, enzim yang disebut
splicing edonuklease (tRNA endonucleasse) yang terikat pada memberan
nucleus melakukan dua pemotongan secra tepat pada kedua ujung intrn.
Selanjutnya pada tahap ke dua suatu enzim yang disebut splicing ligase
(RNA ligase) menyambung kedua bagian tRNA sehigga dihasilkan
molekul tRNA yng sedah matang.