2.

Intron dari beberapa prekursor rRNA dihilangkan secara autokatalitik dalam reaksi unik yang
dimediasi oleh molekul RNA itu sendiri. (Tidak ada aktivitas enzimatik protein yang terlibat.)

3. Intron transkrip pra-mRNA nuklir (hnRNA) disambungkan dalam reaksi dua langkah yang dilakukan
oleh partikel ribonukleoprotein kompleks yang disebut spliceosom. Tiga mekanisme eksisi intron
dibahas dalam tiga bagian berikut. Ada mekanisme eksisi intron lain, tetapi demi singkatnya mereka
tidak dibahas di sini.

tRNA PRECURSOR SPLICING: AKTIVITAS NUKLEASE DAN LIGASE YANG UNIK

Reaksi splicing prekursor telah dikerjakan secara rinci dalam ragi Saccharomyces cerevisiae. Baik sistem
splicing in vitro dan mutan splicing suhu-sensitif telah digunakan dalam membedah mekanisme splicing
tRNA di S. cerevisiae. Eksisi intron dari prekursor tRNA ragi terjadi dalam dua tahap. Pada tahap I,
endonuklease penyambungan membran-terikat nuklir membuat dua pemotongan tepat di ujung intron.
Kemudian, pada tahap II, ligase splicing bergabung dengan dua bagian tRNA untuk menghasilkan bentuk
molekul tRNA yang matang. Spesifisitas untuk reaksi-reaksi ini berada dalam fitur tiga dimensi kekal dari
prekursor tRNA, bukan dalam urutan nukleotida per se.

PEMERIKSAAN OTOKATALITIK

Tema umum dalam biologi adalah bahwa metabolisme terjadi melalui urutan reaksi enzim-katalis. Enzim
yang sangat penting ini umumnya adalah protein, kadang-kadang polipeptida tunggal dan kadang-
kadang heteromultimer kompleks. Kadang-kadang, enzim membutuhkan kofaktor nonprotein untuk
menjalankan fungsinya. Ketika ikatan kovalen diubah, biasanya diasumsikan bahwa reaksi dikatalisis
oleh enzim. Dengan demikian, penemuan 1982 oleh Thomas Cech dan rekan-rekan kerjanya bahwa
intron dalam prekursor rRNA Tetrahymena thermophila dikeluarkan tanpa keterlibatan aktivitas katalitik
protein apa pun cukup mengejutkan. Namun, sekarang jelas ditetapkan bahwa aktivitas splicing yang
mengeksisi intron dari prekursor rRNA ini adalah intrinsik untuk molekul RNA itu sendiri. Memang, Cech
dan Sidney Altman berbagi Hadiah Nobel 1989 dalam Kimia untuk penemuan RNA katalitik mereka.
Selain itu, aktivitas splicing atau autocatalytic seperti itu telah terbukti terjadi pada prekursor rRNA dari
beberapa eukariota yang lebih rendah dan dalam sejumlah besar prekursor rRNA, tRNA, dan mRNA
dalam mitokondria dan kloroplas dari banyak spesies berbeda. Dalam kasus banyak intron ini,
mekanisme splicing sendiri sama atau sangat mirip dengan yang digunakan oleh prekursor Tetrahymena
rRNA (lihat Gambar 11.21). Bagi yang lain, mekanisme splicing mirip dengan mekanisme splicing yang
diamati dengan prekursor mRNA nuklir, tetapi tanpa keterlibatan spliceosome (lihat bagian selanjutnya).

Eksisi autokatalitik intron dalam prekursor Tetrahymena rRNA dan intron tertentu lainnya tidak
memerlukan sumber energi eksternal dan tidak ada aktivitas katalitik protein. Sebaliknya, mekanisme
splicing melibatkan serangkaian transfer ikatan fosfoester, tanpa ikatan hilang atau diperoleh dalam
proses. Reaksi ini membutuhkan nukleosida guanin atau nukleotida dengan gugus 3 -OH bebas (GTP,
GDP, GMP, atau guanosin semuanya berfungsi) sebagai kofaktor plus kation monovalen dan kation
divalen. Persyaratan untuk G-3 -OH adalah mutlak; tidak ada basa lain yang dapat disubstitusi dalam
kofaktor nukleosida atau nukleotida. Intron dieksisi dengan menggunakan dua transfer ikatan
fosfoester, dan intron yang dieksisi kemudian dapat diedarkan dengan cara transfer ikatan fosfoester
lain. Reaksi-reaksi ini digambarkan dalam Gambar 11.21.
Sirkularisasi autokatalitik intron yang dieksisi menunjukkan bahwa self-plicing prekursor rRNA ini
terutama berada, jika tidak sepenuhnya, dalam struktur intron itu sendiri. Agaknya, aktivitas
autokatalitik tergantung pada struktur sekunder intron atau setidaknya struktur sekunder molekul
prekursor RNA. Struktur sekunder dari RNA penyambungan sendiri ini harus membawa gugus reaktif ke
dalam penjajaran dekat untuk memungkinkan transfer ikatan fosfoester terjadi. Karena transfer ikatan
fosfoester penyambungan sendiri berpotensi reaksi yang dapat dibalikkan, degradasi intron yang dieksisi
dengan cepat atau ekspor rRNA yang disambung ke sitoplasma dapat mendorong penyambungan ke
arah depan.

Perhatikan bahwa reaksi splicing autokatalitik bersifat intramolekul dan karenanya tidak tergantung
pada konsentrasi. Selain itu, prekursor RNA mampu membentuk pusat aktif di mana kofaktor guanosin-3
-OH mengikat. Penyambungan autokatalitik prekursor rRNA ini menunjukkan bahwa situs katalitik tidak
terbatas pada protein; Namun, tidak ada aktivitas trans katalitik seperti untuk enzim, hanya aktivitas
katalitik cis. Beberapa ilmuwan percaya bahwa penyambungan RNA autokatalitik mungkin merupakan
peninggalan dari dunia berbasis RNA awal.

GAMBAR 11.21 Diagram mekanisme self-splicing dari prekursor tetrahymena thermophila rRNA dan
sirkulasi berikutnya dari intron yang dieksisi.

PRE-mRNA SPLICING: snRNAs, snRNPs, DAN SPLICEOSOME

Intron dalam pre-mRNA nuklir dieksisi dalam dua langkah seperti intron dalam prekursor tRNA ragi dan
prekursor Tetrahymena rRNA yang dibahas dalam dua bagian sebelumnya. Namun, intron tidak dieksisi
oleh nukleasi dan ligase splicing sederhana atau autokatalitik, dan tidak ada kofaktor guanosin yang
diperlukan. Sebaliknya, splicing nuklir pre-mRNA dilakukan oleh struktur protein RNA-kompleks yang
disebut spliceosomes. Struktur ini dalam banyak hal seperti ribosom kecil. Mereka mengandung satu set
molekul RNA kecil yang disebut snRNA (RNA nuklir kecil) dan sekitar 40 protein berbeda. Dua tahap
dalam splicing premRNA nuklir diketahui (Gambar 11.22); namun, beberapa detail dari proses
penyambungan masih belum pasti.

Lima snRNA, yang disebut U1, U2, U4, U5, dan U6, terlibat dalam penyambungan nuklir pra-mRNA
sebagai komponen spliceosome. (SnRNA U3 terlokalisasi dalam nukleolus dan mungkin terlibat dalam
pembentukan ribosom.) Pada mamalia, ukuran snRNA ini berkisar dari 100 nukleotida (U6) hingga 215
nukleotida (U3). Beberapa snRNA di ragi S. cerevisiae jauh lebih besar. SnRNA ini tidak ada sebagai
molekul RNA bebas. Sebaliknya, mereka hadir dalam kompleks RNA-protein nuklir kecil yang disebut
snRNPs (ribonucleoprotein nuklir kecil). Spliceosom disusun dari empat snRNP dan faktor
penyambungan protein yang berbeda selama proses penyambungan. Masing-masing snRNAs U1, U2,
dan U5 hadir dengan sendirinya dalam partikel snRNP tertentu. snRNAs U4 dan U6 hadir bersama dalam
snRNP keempat; SnRNA U4 dan U6 mengandung dua wilayah komplementaritas antar molekul yang
didasarkan pada snRNP U4 / U6.

Masing-masing dari empat jenis partikel snRNP mengandung subset dari tujuh protein snRNP yang
dikarakterisasi dengan baik ditambah satu atau lebih protein yang unik untuk jenis partikel snRNP
tertentu.

Tahap pertama dalam splicing pra-mRNA nuklir melibatkan pembelahan di situs 5 intron splice (↓ GU-
intron) dan pembentukan ikatan fosfodiester intramolekul antara 5 karbon G di lokasi pembelahan dan
2 karbon dari residu A yang diawetkan di dekat 3 ujung intron. Tahap ini terjadi pada spliceosom lengkap
(Gambar 11.22) dan membutuhkan hidrolisis ATP. Bukti menunjukkan bahwa U1 snRNP harus mengikat
di situs 5 splice sebelum reaksi pembelahan awal. Pengenalan situs pembelahan pada ujung 5 intron
mungkin melibatkan pasangan basa antara urutan konsensus di situs ini dan urutan pelengkap di dekat 5
ujung snRNA U1. Namun, spesifisitas pengikatan setidaknya beberapa snRNPs untuk sekuens konsensus
intron melibatkan snRNA dan protein snRNP spesifik.

SnRNP kedua yang akan ditambahkan ke kompleks splicing tampaknya menjadi snRNP U2; ia mengikat
pada urutan konsensus yang mengandung residu A yang dikonservasi yang membentuk titik cabang
dalam struktur lariat intron yang disambungkan. Setelah itu, U5 snRNP mengikat pada situs 3 splice, dan
snRNP U4 / U6 ditambahkan ke kompleks untuk menghasilkan spliceosome lengkap (Gambar 11.22).
Ketika situs 5 intron splice terpotong pada langkah 1, snRNA U4 dilepaskan dari spliceosome. Pada
langkah 2 dari reaksi penyambungan, 3 lokasi sambatan intron dibelah, dan dua ekson bergabung
dengan 5 sampai 3 ikatan fosfodiester normal (Gambar 11.22). MRNA yang disambungkan sekarang siap
untuk diekspor ke sitoplasma dan terjemahan pada ribosom.
GAMBAR 11.22 Peran yang dipostulatkan dari snRNP yang mengandung snRNA dalam splicing nuklir pre-
mRNA.

Kata Kunci :

 Urutan intron nonkoding dikeluarkan dari transkrip RNA dalam nukleus sebelum dipindahkan ke
sitoplasma.
 Intron dalam prekursor tRNA dihilangkan dengan aksi bersama dari endonuklease dan ligase
splicing, sedangkan intron dalam beberapa prekursor rRNA disambungkan secara autokatalitik
— tanpa melibatkan protein katalitik.
 Intron dalam pre-mRNA nuklir dieksisi pada struktur ribonucleoprotein kompleks yang disebut
spliceosom.
 Proses eksisi intron harus tepat, dengan akurasi hingga tingkat nukleotida, untuk memastikan
bahwa kodon di ekson yang jauh dari intron dibaca dengan benar selama penerjemahan.