MODIFIKASI PASCA TRANSKRIPSI

RESUME

Untuk Memenuhi Tugas Matakuliah Genetika 1

Yang dibina oleh Prof. Dr. agr. H. Moh. Amin, S.Pd, M.Si dan Andik Wijayanto, S.Si, M.Si

Oleh :

Kelompok 14 / Offering I

Ghalia Nowafi (150342607224)

Badrul Munir A. (150342607243)

UNIVERSITAS NEGERI MALANG

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

JURUSAN BIOLOGI

Maret 2017
Coupled Transcription and Translation in Prokaryotes

Pada Prokariot molekul mRNA ditranskripsi dan ditranslasi dapat terjadi secara bersamaan
karena, transkripsi dan translasi dimulai dari ujung 5' ke 3' dan tidak memiliki membran inti
sehingga tidak ada yang memisahkan transkripsi dan translasi seperti pada eukatiot, sehingga
translasi dari molekul mRNA sering dimulai sebelum transkripsi berakhir. Pasangan antara
transkripsi dan translasi memfasilitasi sangat cepat dan efisien "turn-on” dan “turn-off” dari
ekspresi gen yang diamati pada prokariot. Genom pada prokariot sangat kecil dibanding eukariot
sehingga transkripsi harus berlangsung cepat demi efisiensi waktu.

Proses transkripsi dan translasi pada prokariot dapat dilihat dari penelitian O. L Miller B.
A. Hamkalo, dkk yang menggunakan mikroskop electron yang menggunakan E.coli.

Transcription, RNA Processing and Transport and Translation in Eukaryotes

Transkripsi dan translasi pada eukariotik tidak terjadi secara bersamaan. Translasi akan
dimulai setelah transkripsi telah selesai. Trankripsi dan translasi terjadi pada tempat berbeda.
Transkripsi terjadi di nucleus sedangkan translasi terjadi di sitoplasma.

Proses mRNA dari derivate gen primer :

1. Pembelahan precursor mRNA (pre-mRNA) menjadi molekul mRNA yang lebih kecil
dengan diikuti oleh leader sequence dan menghapuskan intron.

2. Penambahan secara enzimatik 7-metil guanosin (mRNA caps) pada ujung 5’

 3. Penambahan 200 basa nukleotida pada sequen yang banyak adenine (poly-A-Tails) pada
ujung 3’ dari molekul

4. Pembentukan suatu komplek dengan protein spesifik

Proses secara cepat dari molekul besar hnRNA atau pre mRNA di dalam nucleus setelah
proses transkripsi meghasilkan :

1. Sebagian besar RNA nonribosomal disintesis di dalam inti menjadi cepat terdegradasi
2. Molekul mRNA yang lebih kecil ditransport ke sitoplasma
Translasi pada eukariot analog dengan translasi pada prokariot, kecuali :

1. Asam amino metionil tRNA (menginisiasi tRNA) tidak terbentuk

2. mRNA eukariot monogenik, sehingga hanya satu spesies polipeptida ditranslasi dari setiap
mRNA.
3. mRNA prokariot poligenik, sehingga dua atau lebih polipeptida berbeda diseintesis dari
segmen nonoverlapping dari mRNA tunggal.
Removal of Intron Sequences by RNA Splicing

Sebagian besar gen sel eukariot mengandung lebih banyak daerah nonkodon (intron) yang
memisahkan daerah kodon (exons). Exon harus bergabung dengan nukleotida tunggal dan kodon
tersebut harus diterjemahkan dengan tepat. Ada satu urutan pendek yang mengandung intron, yaitu
“TACTAAC box”. Sisa adenin pada urutan ke-6 pada “TACTAAC box” mempunyai peranan
penting dalam proses penyambungan RNA seperti pra-mRNA mengiris: snRNAs, snRNPs, dan
spliceosome

Three Distinct Types of RNA Splicing

Terdapat 3 tipe pemotongan intron pada proses transkripsi RNA, yaitu:

 Intron precursor tRNA dipotong tepat saat pembelahan inti dan reaksi ligasi yang dikatalisis
oleh enzim endonuklease.
 Intron pada Tetrahymena precursor rRNA dipindah ke reaksi spesifik dan molekul RNA itu
yang berfungsi sebagai medianya.
 Intron dari hnRNA digabungkan melalui dua tahap reaksi yang dipengaruhi kompleks partikel
ribonukleoprotein yang disebut “spliceosomes”.
Banyak gen mengandung sejumlah besar intron (mis., Gen coliagen ayam α2 mengandung
lebih dari 50 intron), yang mengarah ke pertanyaan dari urutan beberapa intron dihapus. Untuk
gen tertentu yang telah dipelajari, intron dieksisi dalam disukai, tapi tidak tetap, agar. intron
lainnya telah ditemukan untuk menjalani jalur alternatif splicing mengarah ke mRNA yang
menghasilkan protein yang berbeda (yaitu, dengan beberapa umum dan beberapa urutan asam
amino yang berbeda). Akhirnya, salah satu intron pada gen sitokrom b mitokondria ragi termasuk
bagian dari urutan coding untuk protein, sebuah "RNA maturase", yang bertanggung jawab dalam
pemotongan intron kedua dari gen transkrip. Hal ini menunjukkan mekanisme yang menarik untuk
mengatur ekspresi gen pada tingkat pengolahan intron.

Splicing tRNA Precursors: Unique Nucleas and Ligase

Reaksi pemotongan tRNA prekusor telah dilakukan penelitian secara mendetail pada yeast
Saccharomyces cerevisiae. Kedunya, antara sistem pemotongan in vitro dan pemotongan mutan
dengan sensifitas suhu telah digunakan dalam peristiwa mekanisme penggabungan tRNA. Proses
pemotongan precursor tRNA terjadi dalam dua tahap, yaitu ikatan membran nuclear
menggabungkan endonuklease dan menjadikan potongan tersebut tepat pada ujung intron. Adanya
suatu reaksi kompleks, ligase menggabungkan 2 bagian tRNA, sehingga dihasilkan molekul tRNA
utuh. Hampir seluruh organisme memiliki mekanisme pemotongan intron yang sama. Mekanisme
pemotongan intron pada sel mamalia sedikit berbeda dengan sel yang lain. Tahap kedua
melibatkan pengikatan ujung-ujung ekson yang baru saja terbentuk untuk menghasilkan struktur
tiga dimensi yang stabil lagi. Proses penggabungan ini sebenarnya melibatkan tiga reaksi yang
berbeda, dan semuanya dikatalis oleh 90.000 dalton splicing ligase. Enzim ini terdiri dari
phosphodiesterease, kinase, dan ligase yang semuanya akan mengkatalis dari seluruh proses dalam
tahap dua ini.

Autocatalytic Splicing of Tetrahymena rRNA Precursor.

. Tipe pemotongan ini biasa terjadi pada rRNA prekusor pada beberapa ekuariota rendah
dan pada sebagian besar rRNA, tRNA, dan mRNA prekusor di dalam mitokondria dan kloroplas
dari berbagai spesies yang berbeda. Proses. Pemotongan secara autokatalisis pada intron dalam
precursor rRNA Tetrahymena tidak membutuhkan tenaga eksternal dan protein, namun
membutuhkan transfer phospphodiester untuk memotong intron. Intron yang telah dipotong akan
dipindah ke ikatan phosphodiuester yang lain. Aktivitas autokatalisis ini tergantung pada struktur
intron atau struktur sekunder dari precursor tRNA. Jadi pemotongan intron terjadi karena dua
transfer ikatan fosfodiester dan potongan tersebut dapat menjadi rantai sirkuler dengan tranfer
ikatan fosfodiester yang lain. Jadi autocatalytic splicing ini terjadi reaksi intramolekuler secara
alami. RNA prekusor dapat membentuk pusat aktif dimana guanosin-3 OH menjadi ikatan
kofaktor. Daerah katalitik ini tidak membatasi protein, namun di dalam proses ini tidak terjadi
aktifitas ktalitik trans yang melibatkan enzim, dan hanya terjadi aktivitas katalitik cis yang tidak
perlu melibatkan enzim.
Pre-mRNA Splicing : snRNAs, snRNPs, and The Spliceosome
Proses ini terjadi melalui dua tahap pemotongan intron dari nuklear pre-mRNA. Proses ini
terjadi pada spliceosome yang merupakan potongan pre-mRNA yang dibawa keluar oleh
RNA/protein kompleks (ribosom kecil). Langkah pertama, sebuah potongan yang tepat akan
terjadi pada ujung 5’ intron, dan sambungan 2’-5’ fosfodiester terbentuk diantara posisi karbo 5’
dari daerah perpotongan dan karbon 2’ dari residu di dekat ujung 3’ intron. Tahap ini terjadi pada
spliceosom komplek dan memerlukan hidrolisis ATP. Exon satu akan menahan tempat dengan
komponan spliceosomnya. Pada langkah kedua, dua exon akan bergabung dengan ikatan 3’-5’
normal fosfodiester, dan intron yang baru akan terlepas. Pemotongan snRNA yang mengandung
snRNP pada pre-RNA terjadi dalam dua tahap. Dua tahap pada jalur pemotongan dan ikatan antara
U1 snRNP pada ujung 5’ intron. Interaksi yang lebih spesifik dari U2, U5, dan U4/U6 snRNP
kompleks ditetapkan pada daerah tertantu. Namun, interaksinya menunjukkan data yang konsisten.
Pertanyaan

1. Mengapa proses translasi pada prokariot dapat dimulai meskipun proses transkripsi belum
selesai ?
2. Bagaimana perbedaan translasi pada prokariot dan eukariot ?
3. Bagaimana proses pemotongan intron dari nukleor pre-mRNA ?
4. Bagaimana proses pemotongan prekusor tRNA ?
Jawaban

1. Pada Prokariot molekul mRNA ditranskripsi dan ditranslasi dapat terjadi secara bersamaan
karena, transkripsi dan translasi dimulai dari ujung 5' ke 3' dan tidak memiliki membran
inti sehingga tidak ada yang memisahkan transkripsi dan translasi seperti pada eukatiot,
sehingga translasi dari molekul mRNA sering dimulai sebelum transkripsi berakhir.
2. Translasi pada eukariot sebenarnya analog dengan translasi pada prokariot, kecuali :
1. Asam amino metionil tRNA (menginisiasi tRNA) tidak terbentuk
2. mRNA eukariot monogenik, sehingga hanya satu spesies polipeptida ditranslasi dari
setiap mRNA.
3. mRNA prokariot poligenik, sehingga dua atau lebih polipeptida berbeda diseintesis
dari segmen nonoverlapping dari mRNA tunggal.
3. Langkah pertama, sebuah potongan yang tepat akan terjadi pada ujung 5’ intron, dan
sambungan 2’-5’ fosfodiester terbentuk diantara posisi karbo 5’ dari daerah perpotongan
dan karbon 2’ dari residu di dekat ujung 3’ intron. Tahap ini terjadi pada spliceosom
komplek dan memerlukan hidrolisis ATP. Exon satu akan menahan tempat dengan
komponan spliceosomnya. Pada langkah kedua, dua exon akan bergabung dengan ikatan
3’-5’ normal fosfodiester, dan intron yang baru akan terlepas. Pemotongan snRNA yang
mengandung snRNP pada pre-RNA terjadi dalam dua tahap.
4. Proses pemotongan precursor tRNA terjadi dalam dua tahap, yaitu ikatan membran nuclear
menggabungkan endonuklease dan menjadikan potongan tersebut tepat pada ujung intron.
Adanya suatu reaksi kompleks, ligase menggabungkan 2 bagian tRNA, sehingga
dihasilkan molekul tRNA utuh. Tahap kedua melibatkan pengikatan ujung-ujung ekson
yang baru saja terbentuk untuk menghasilkan struktur tiga dimensi yang stabil lagi.