Proses Transkrip Pasca-Transkripsi

Pemotongan dan penyambungan RNA ( splicing )

Pada eukaryot banyak terdapat gen yang organisasinya tersusun atas akson dan intron,
meskipun tidak semua gen eukaryot mempunyai intron. Pada awalnya, gen yang terdiri atas
ekson dan intron yang ditranskipsi menghasilkan pre-mRNA (transkripsi primer, primary
transcpt ) karena masih mengandung sekuensi intro. Pada tahapan selanjutnya intron akan
dipotong dari pre-mRNA dan ekson-ekson yang ada selanjutnya disambung menjadi mRNA
yang matang ( mature mRNA ). Proses pemotongan intron dan penyambungan kembali
ekson-ekson disebut sebagai proses penyambungan RNA ( RNA splicing ). Transkripsi
mRNA yang sudah matang inilah yang selanjutnya akan ditranslasi.
Proses splicing RNA adalah proses yang sangat akurat. Akurasi proses pemotong dan
penyambungan ditentukan oleh suatu urutan nukleotida yang dikenal sebagai splicing signals.
Sejauh ini nukleotida lestari yang ditemukan pada beberapa intron yang berbeda yang
diketahui adalah dua nukleotida pada ujung intron, yaitu :
Ekson-GU..............AG-ekson
Selain urutan tersebut juga ada urutan kosensus pada bagian pertemuan antara ekson dan
intron. Pada gen-gen yang ada dalam nukleus, urutan konsesusnya adalah sebagai berikut :
A64 G73 G100 U68 A68 A68 G84 U63...............Gpy74-87 n C65 A100 G100 n
Angka-angka menunjukkan persentase frekuensi nukleotida pada tiap posisi, jika angkanya
100 berarti basa tersebut selalu berada pada posisi tersebut. N dan py menyatakan nukleotida
apa pun atau basa pirimidin yang mungkin ada pada posisi tersebut. Urutan nukleutida pada
bagian pertemuan ekson-intron tersebut berbeda untuk gen tRNA dan gen struktural pada
mitokondria dan kloroplas karena adanya perbedaan dalam hal mekanisme pemotonganpenyambungan RNA-nya. Pada gen-gen yang ada dalam nukleus hanya ada dalam urutan
nukleotida lestari. (conserved ) yang pendek yaitu tactaac, yang terletak sekitar 30 pasangan
basa di sebelah hulu dari sisi 3 penyambungan. Residu adenine pada posisi keenam kotak
tactaac adalah residu yang lestari dan mempunyai peranan sangat penting dalam proses
pemotongan-penyambungan intron-ekson. Secara umum dapat disebut bahwa sekuens intron
pada gen-gen dalam nukleus bersifat acak, kecuali sekuens dinukleutida gt dan ac serta kotak
tactaac. Intron pada gen-gen dalam inti sel. Sekuens konsensus pada daerah perbatasan antara
ekson-intron pada prekursor mRNA khamir telah diketahui dengan urutan sebagai berikut :

5 GUAUGU intron - UACUAAC pyAG 3

Dari beberapa penelitian diketahui bahwa sinyal untuk pemotongan intron dan
penyambungan ekson ( splicing signals ) pada prekursor mRNA gen-gen pada nukleus sangat
seragam, yaitu kedua basa intron pertama hampir selalu mengandung gu dan dua basa
terakhir hampir selalu mengandung ag. Selain itu, keseluruhan sekuens konsensus sangat
penting untuk pemotongan intron dan penyambungan ekson secara tepat. Mutasi pada
sekuens konsensus dapat mengakibatkan splicing yang abdnormal. Sifat lestari ujung 5 dan
3 pada posisi pemotongan-penyambungan serta kotak tactaac menunjukan bahwa hal ini
mempunyai fungsi sangat pen ting dalam ekspresi genetik. Mutasi pada bagian tersebut dapat
menyebabkan perubahan fenotip pada banyak jasad eukaryot. Sebagai contoh, mutasi pada
daerah ini seringkali bertanggung jawab dalam pemunculan penyakit menurun pada manusia,
misalnya kelainan hemoglobin.
Penelitian menunjukan bahwa proses pemotongan intron dan transkrip RNA terdiri atas tiga
tipe yang bebeda yaitu :
1. Intron pada prekursor tRNA dipotong dengan menggunakan endonuklease secara
tepat diikuti oleh reaksi ligasi ( penyambungan ) menggunakan enzim ligase.
2. Intron pada beberapa prekursor rRNA dihilangkan dengan mekanisme auto katalitik
melalui reaksi unik yang melibatkan molekul RNA itu sendiri dan tidak melibatkan
aktivitas enzim.
3. Intron pada pre-mRNA dipotong dengan mekanisme reaksi dua-langkah yang
dilakukan oleh partikel ribonukleoprotein yang disebut spliceosome.
Mekanisme splicing prekursor mRNA inti sel
Proses splicing menghasilkan suatu struktur cabang yang disebut dengan lariat karena
bentuknya seperti tali laso. Pada tahap pertama, gugus 2-oh nukleotida adenine yang ada
dalam intron menyerang ikatan fosfodiester yang menghubungkan ekson 1 dengan intron. Hal
ini menyebabkan terputusnya ikatan ekson 1 dengan intron sehingga dihasilkan ekson 1 yang
bebas dan struktur lariat yang merupakan gabungan antara intron dengan ekson 2. Struktur
lariat tersebut mempunyai ujung 5 gu yang berikatan dengan titik percabangan melalui
ikatan fosfodiester antara intron dengan ekson 2, menghasilkan struktur intron berbentuk
lariat dan ekson 1/ ekson 2 yang bersambungan. Penyambungan antara ekson 1 dan ekson 2
diperantai oleh gugus fosfat pada ujung 5 ekson 2.

Penelitian pada khamir menunjukan bahwa spilicing berlangsung didalam suatu partikel
berurutan 40s yang disebut sebagai spliceosome. Partikel tersebut mempunyai peranan sangat
penting dalam splicing karena pre-mRNA yang mengalami mutasi A menjadi C.
Pada titik percabangan tidak dapat mengalami splicing. Hal itu disebabkan RNA semacam ini
tidak mampu membuat struktur spliceosome. Selain partikel spliceosome, faktor lain juga
berperan penting dalam splicing adalh molekul RNA berukuran kecil yang disebut small
nuclear RNA ( snRNA ) yang berasosiasi dengan suatu protein membentuk kompleks small
ribonuclear proteins ( snrnp, dibaca snurp ). Kompleks tersebut dapat dipasangkan
dipisahkan dengan elektroforesis gel menghasilkan partikel-partikel individual yangb disebut
u1, u2, u4, u5 dan u6.
Mekanisme splicing secara autokatalik
Mekanisme ini terjadi pada prekursor rRNA tanpa melibatkan enzim. Lebih jauh telah
diketahui pula bahwa mekanisme semacam ini juga terjadi pada pemotongan intron prekursor
rRNA, tRNA, mRNA yang ada pada mitokondria dan kloroplas banyak spesies, misalnya
pemotongan intron gen 26s rRNA dan tetrahymena. Mekanisme splicing autokatalitik tidak
memerlukan energi maupun enzim tetapi melibatkan reaksi transfer ikatan fosfoester tanpa
ada ikatan yang hilang. Proses pemotongan intron secara autokatalitik dapat dibedakan
menjadi dua yaitu pada gen-gen yang mengandung intron grup i dam intron grup ii.
Pada intro grup i ( misalnya 26s rrn pada tetrahymena ), proses splicing melibatkan
penambahan nukleotida guanine pada ujung 5 intron. Guanine tersebut adalah nukleotida
yang berasal dari luar, bukan bagian integral intron seperti yang diamati pada splicing
menggunakan spliceosome. Pada tahap pertama, nukleotida guanine menyerang nukleotida
adenine pada ujung 5 intron dan melepaskan ekson 1. Pada tahap kedua, ekson 1 menyerang
ekson 2 sekaligus melakukan penyambungan ekson 1 dan ekson 2 serta melepaskan intron
berbentuk linier. Selanjutnya, dengan proses yang berbeda, intron linier dipotong
nukleotidanya sebanyak 19 nukleotida dari ujung 5.
Mekanisme splicing precursor tRNA
Mekanisme splicing precursor tRNA pada sacchromyces cerevisiaemalaui du tahapan. Dalam
tahapan pertama, enzim yang disebut splicing edonuklease (tRNA endonucleasse) yang
terikat pada memberan nucleus melakukan dua pemotongan secra tepat pada kedua ujung
intrn. Selanjutnya pada tahap ke dua suatu enzim yang disebut splicing ligase (RNA ligase)
menyambung kedua bagian tRNA sehigga dihasilkan molekul tRNA yng sedah matang.

Beberapa mekanisme splicing yang dijelaskan adalah mekanisme cis splicing yaitu proses
splicing yng melibatkan dua ekson atau lebih yang ada pada gen yang sma. Penelitian pada
triphanosoma, protozoa yang memiliki alatgerak flagella, menunjukkan ada mekanisme
splicing alteRNAtive yang disebut trans-splicing . Pada trans-splicing ekson-ekson yang
digabungkan erasal dari gen yang sama, bahkan dapat berasal dari kromosom yang berbeda.
Penelitian yang lebih lanjut pada jasad ini menunjukkan bahwa semua mRNA mempunyai 35
nukliotida awal (leader), disebut sebagai splicid leader(sl), tetapi gen-gen yang mengkode
mRNA tersebut tidak mempunyai urutan komplementer ke 35 nukleotida awal. Gen yang
mengkode sl tersebut diketahui berulang sekitar 200 kali pada genon tripanosoma. Gen
tersebut hanya mengkode sl ditambah 100 nukleotida yang tersambung pada sl melalui
skekuen splising. Consensus pada ujung 5. Dengan demikian gen mini tersebut tersusun
ekson sl yang pendek dan ujung 5 suatu intron.
Poliadenilasi mRNA
Transkrip mRNA pada eukariot juga mengalami pemprosesan dalam bentuk penambahan
polia (ranntai amp). Pada ujung 3 sepanjang kurang lebih 200-250 nukletida. Penambahan
polia semacam ini tidak terjadi pada rRNA maupun tRNA. Rantai polia tersebut ditambahkan
pasca transkripsi karena tidak ada bagia gen yang mengkode rangkaian a atau t semacam ini.
Penambahan tersebut dilakukan dengan menggunakan aktivitas enzim poli(a) polimease yang
ada di dalam nucleus. Sebagai besar mRNA mengandung polia kecuali mRNA histon.
Penambahan polia pada ujung 3 meningkatkan stabilitas mRNA sehingga mRNA memiliki
umur yang leih panjang dibandingkan mRNA yang tidak memiliki polia. Selain itu juga ada
bukti yang mununjukkan bahwa keberadaan poli a meningkatkan efisies=nsi translasi mRNA
semacam itu. Diketahui ada suatu protein, yaitupoli(a) bindng protein i., yang menenpel pada
polia sehingga meningkatkan eisiensi translasi. Bukti lain juga menegaskan bahwa mRNA
yang mempunyai polia, mempunyai kemungkinan yang lebih tinggi untuk mengikat ribosom
sehingga dapat meningkatkan efisiensi translasi dibndingkan mRNA yang tidak mengalami
poliadenilasi. Poliadenilasi dlakukan pada prekusor mRNA bahkan sebulum terjadi termnasi
transkripsi. Hal tersebut dlakukan dengan cra memoton prekusor mRNA pada bagian yang
nantinya akan menjadi bagian mRNA yang matang, kemudian dilanjutkan dengan
penambhan polia paa ujung 3 yang terbuka. Bagian mRNA yang isentesis setelah
poliadenilasi selanjutnya akan didegradasi.
Tempat dilakukannya poliadenilasi dicirikan oleh suatu sinyal poliadenilasi pada gen
mamalia. Sinyal tersebut terdri aas rankaian nukleotida aataaa yang diikuti oleh sekitas 20

tida yang kaya kakn residu gt serta diikuti oleh motif yang kaya akan t. Transkrip mRNA
pada tanaman dan khamir juga mengalami poliadenilasi tetapi sinya poliadenilasinya berbeda
dari yang ada pada mamalia karena ada variase pada sekuens aataaa. Pada khamir jarang
sekali ada moif aataaa yang ditemukan.
Penambahan tudung (cap) pada mRNA
Pada mRNA eukariot mengalami meilasi (penambahan gugus metal) yang sebagian besar
terakumulasi pada ujung 5 mRNA. Struktur ini kemudian dikenal sebagai tudung mRNA
(mRNA cap). Pada perkembangan selanjutnya, tudung mRNA tersebut merupakan molekul 7
metilguanosin (m7g). Tudug mRNA tersebut disintesis dalam beberapa tahap. Pertama,
enzim RNA triposphatase memotong gugus fosfat pada ujung pre-mRNA, kemudian nzim
guanilil transferase menambahkan gnp. Selanjutnya, enzim metal transferase melakukan
metilasi tudung guanosin pada n7 dan gugus 2-o metal pada nukleotida pada ujung tudung
tersebut. Proses penambahan tudung tersebut berlagsung pada tahapan awal transkripsi
sebulum transkrip mencapai panjang 30 nukleotida.
Tudung mRNA memiliki empat macam fungsi yaitu :
1. melindungi mRNA dari degradasi,
2. meningkatkan efisiensi translasi mRNA,
3. meningkatkn pengangkutan mRNA dari nucleus ke sitoplasme,
4. meningkatkan efisiensi proses splicing mRNA.
Tudung m7g berikatan dengan mRNA melalui ikatan trifosfat dan hal ini diperkirakan untuk
melindungi mRNA dari serangan RNAse yang tidak dapat memotong ikatan triphosphat.
Tudung tersebut juga meningkatkan efisiensi translasi karena ribosom dapat mengakses
mRNA melalui suatu protein yang menempel pada tudung. Dengan demikian, jika tida ada
tudung, maka proein yang melekat pada tudung tidak dapat menempel. Hal itu akhirnya
mengurangi kemungkinan ribosom untuk menempel dan melakukan translasi.
Pemrosesan rRNA dan tRNA
Molekul rRNA yang dihasilkan pada prokariot maupun eukariot pada awlnya berupa
prekosor yang erukuran leih anjang dari molekul yang matang. Sebagai contoh, pada
mamalia, dihasilkan prekuso rRNA yang berukuran 45s yang sesungguhnya terdiri atas
ukurang yang lebih kecil yaitu 28 s, 18s, dan 5,8s. Nukleotida diantara unit-unit kecil tersebut
harus dipotong (diproses) untuk menghasilkan unit-unit fungsional yang lebih kecil. Perlu
diperhaikan bahwa pemrosesan prekusor rRNA yang dimaksud disini buknlah splicing,

karena splicing adalah proses pemotongan intron yang ada di dalam struktur inteRNAl
transkrip dan diikuti oleh penyambungan ekson. Pada pemrosesan prekusor rRNA semacam
ini idak ada penyambungan kembali molekulmolekul rRNA yang sudah dipotong karena
masing-masing unit yang dihailkan adalah unit independen.
Selain rRNA, molekul tRNA juga disintesis juga disintesis dalam dibentuk prekusor. Pada
prokariot, prekusor tersebut dapat terdiri atas satu tRNA atau lebih, atau kadang bercampur
dengan rRNA. Untuk memotong prekusor yang terdiri atas lebih dari satu tRNA atau
campuran tRNA danrRNA pada prokariot diperlukan aktifitas enzim RNAse iii. Setelah
dipotong , tRNA masih mengandung beberapa nukleotida pada ujung 5 maupun 3.
Demikian pla pada eukariot, ujung5 dan 3 pada prekusor tRNA mengandung beberapa
nukleotida. Nukleotida tambahan yang ada pada ujung 5 pada prekusor tRNA prokariot
maupun eukariot akan dipotong oleh enzim RNAse p, sedangkan ujung 3nya akan diproses
dengan enzim RNAse d., RNAse bn, RNAse t, RNAse ph, RNAse ii, dan polinukleotida
osforilase (PNPase).
Penyuntingan RNA
Selain fenomena trans-splicing, pada tripanosoma juga terdapat mekanisme pasca transkripsi
lain yang aneh yang disebut sebagai penyuntingan RNA (RNA editing). Pada perkembangan
selanjutnya diketahi bahwa sekuen mRNA sitokrom oksidase ii (coii) pada tripanosoma
ternyata tidak sesuai dengan sekuens gen yang mengkodenya. Sekuens mRNA coii diketahui
mengandung 4 nukleotida yang tidak terdapat pada gen coii yang ada di dalam kinetoplast
(semacam mitokondria yang mengandung dua dna lingkar yang terikat bersama menjadi
struktur catanane). Ketiadaan keempat nukleotida tersebut pada gen coii nampaknya dapat
menyebabkan terjadinya mutasi pergeseran pola baca (framehift) yang dapat menyebabkan
gen menjadi tidak ktif. Meskipun demikian, mRNA yang dihasilkan ternyata mengandung
empat nukleotida tersebut sehingga tidak terjadi pergeseran pola baca. Rob banne
berkesimpulan bahwa mRNA tripanosoma tersebut dikopi dari suatu gen yang tidak lengkap,
disebut sebgai cryptogene, kemudian disun ting lagi dengan menambahkan empat nukleotida
yang kesemuanya adalah urdine.
Penelitian-penelitian berikutnya membuktian bahwa penyuntingan mRNA memang
fenomena umum pada tripanosoma. Bahkan, beberapa mRNA isunting secara sangat
ekstensif, misalnya sukuens mRNA coii trypanosoma brucei sepanjang 731 nukleotiga
mengandung 407 uridine (u) yang ditambahkan melalui proses penyuntingan. Selain
penambahan, penyuntingan pada mRNA coii juga menghilangkan 19 uridine yang dikod.

Fenomena penyuntingan tersebut diketahui selalu terjadi pada ujung 3 dn tidak ada pada
ujung 5 dengan orientasi 3 ke 5. Penyuntingan tersebut diketahui dilakukan oleh suatu
molekul RNA yang disebut sebagai guide RNA (gRNA). Molekul gRNA tersebut
berhibidisasi dengan baigian mRNA yang tidak di edit dn menyediakan nukleotida a dan g
sebagai cetakan untuk penggabungan nukleotida u yang tidak ada pada mRNA. Kadangkadang gRNA tidak mempunyai a atau g yang dapat berpasangan dengan u pada mRNA
sehingga nukleotida tersebut dihilangkan menggunakan enzim eksoniklease.