MODIFIKASI PASCA TRANSKRIPSI PADA EUKARIOT

Penghapusan Sekuen Intron dengan Penyambungan RNA

Kebanyakan gen pada eukariot tingkat tinggi mengandung sekuen noncoding (intron)
dan sekuen coding (exon). Beberapa gen eukariot seperti ragi dan Neurospora mengandung
intron noncoding. Karena adanya “split” atau “mosaic”, yaitu pemisahan sekuen coding oleh
sekuen noncoding, sehingga transkrip primer nantinya akan mengandung sekuen yang berisi
gen dan sekuen noncoding yang disambungkan selama proses.

Proses penyambungan haruslah tepat, proses tersebut harus ikut serta dengan sekuen
exon secara akurat menuju nukleotid untuk menjamin agar jarak kodon pada exon dan intron
dapat dibaca dengan urutan yang benar. Exon dan intron akan membentuk junction atau
ikatan yang berbeda yang disebabkan oleh gen tRNA dan gen struktural pada mitokondria
dan kloroplas yang mana penggunaan dari kedua gen tersebut berbeda pada mekanisme
penyambungan RNA. Hanya ada satu sekuen pendek yang dipelihara dalam intron pada gen
nukleus yang disebut “TACTAAC” box dan “TACTAAC” box menunjukkan pilihan antara
purin dan primidin pada setiap tempat. Residu adenin pada posisi ke 6 “TACTAAC” box
berperan dalam reaksi penyambungan.

Tiga Tipe Berbeda dari Penyambungan RNA

Penemuan intron noncoding pada gen menstimulasi adanya ketertarikan pada

mekanisme tentang bagaimana penghapusan sekuen intron selama ekspresi gen. Berdasarkan
eksperimen yang telah dilakukan, ditemukan tiga tipe berbeda pada pengeluaran intron dari
transkripsi RNA :

1. Intron dari prekursor tRNA dipotong dengan tepat pada pembelahan endonukleotida
dan reaksi ligasi dikatalisis oleh aktifitas penyambungan endonuklease dan ligase.
2. Intron dari prekursor rRNA Tetrahymena dihapus secara autokatalitik pada reaksi
unik mediasi oleh molekul rRNA itu sendiri
3. Intron dari transkrip nukleus pre-mRNA disambung dalama reaksi dua tahap yang
dibawa oleh partikel kompleks ribonukleoprotein yang disebut “spliceosomes”

Beberapa gen mengandung banyak intron sehingga mendorong munculnya pertanyaan

tentang apakah tujuan dari penghilangan intron yang banyak tersebut. Intron lain telah
ditemukan untuk menjalani jalur alternatif dari pemotongan menyisakan mRNAs yang
menghasilkan protein berbeda. Akhirnya, satu intron pada gen b sitokrom dari mitokondria
ragi termasuk bagian dari sekuen pengkode untuk protein, “RNA maturase”, yang
bertanggung jawab untuk menghilangkan intron kedua dari transkrip gen tersebut.

Penyambungan tRNA prekursor : Nukleus dan Ligase

Intron dari tRNA prekursor ragi memiliki tahapan. Tahap pertama adalah
penyambungan membran nukleus dengan membuat dua potongan yang tepat pada akhir
intron. Kemudian penyambungan ligase diikuti dengan dua balve tRNA untuk memproduksi
bentuk matang dari molekul tRNA. Tahap kedua pada proses ligasi melibatkan 4 reaksi
terpisah.

Secara keseluruhan, Dua tahap dari cara penghilangan intron tRNA nampak terjadi
pada organisme lain. Mekanisme dapat melibatkan reaksi yang sama pada tumbuhan. Namun,
pada mamalia reaksinya tidak sama. Pemotongan masih terjadi dalam dua tahap namun reaksi
penyambungan muncul secara langsung ikut 2’-3’ fosfat siklik terminus ke 5’-OH terminus.
Rincian dari proses dari pemotongan prekursor tRNA pada sel mamalia masih belum secara
jelas.

Penyambungan Autokatalitik dari Prekursor rRNA Tetrahymena

Enzim adalah merupakan suatu protein yang berperan untuk mengkatalis terjadinya
proses metabolisme. Intron pada prekursor rRNA dari Tetrahymena thermophile dapat hilang
tanpa adanya bantuan enzim. Pemotongan tersebut disebabkan oleh molekul RNA itu sendiri,
proses ini disebut sebagai aktifitas autokatalitik. Aktifitas autokatalitik terjadi pada prekursor
rRNA, tRNA, dan mRNA pada eukariotik terletak pada mitokondria dan kloroplas. Intron
(intron kelompok I) perkusor molekul RNA yang melakukan penyambungan sendiri tanpa
bantuan katalisator yang mekanismenya sama dengan perkusor rRNA Tetrahymena.
Pemotongan autokatalitik intron dalam perkusor rRNA Tetrahymena tidak memerlukan
energi eksternal seperti ATP dan protein. Namun reaksi ini memerlukan guanin nukleosida.
Pemotongan intron dilakukan dengan mentransfer 2 ikatan fosfodiester, intron yang telah
terlepas juga dapat membentuk ikatan fosfodiester lain. Autokatalitik ini tergantung dari
struktur sekunder dari intron atau struktur sekunder dari perkusor molekul RNA.
Kata kunci dari penyambungan reaksi intramolekuler secara autokatalitik terjadi tanpa
tergantung dari konsentrasi protein maupun enzim, hanya aktifitas cis katalis. Perkusor RNA
̍
akan mampu aktif dimana terdapat guanosin- OH pada ujung 3 ̉ . menjadi kofaktor untuk
binding (mengikat).
Penyambungan pre-mRNA: snRNAs, snRNPs, dan Spliceosome
Pemotongan perkusor mRNA (pre-mRNAs) terjadi dalam dua tahap seperti intron
dalam yeast dan Tetrahymena. Pemotongan perkusor mRNA ini akan dibawa oleh komplek
struktur RNA atau protein yang disebut spliceosome. Spliceosome ini kecil seperti ribosom.
Spleceosome ini mengandung molekul RNA kecil yang disebut snRNAS (small nuclear
RNAs) dan protein.
Kelima snRNAS disebut U1, U2, U4, U5 dan U6 termasuk pre-mRNA termasuk
komponen penyambung spliceosom. snRNAs ini tidak terdapat dalam molekur RNA bebas,
tetapi terdapat dalam snRNPs (small nuclear ribo nucleoproteins). Tahap awal pemotongan
pre mRNA dimulai ketika terjadi pemecahan pada 5’ intron splice site dan susunan ikatan
fosfodiester intramolekular antara 5 karbon dari G pada pemecahan serta 2’ karbon dari
residu A yang berada diujung intron 3’. Tahap tersebut memtuhkan hidrolisis ATP.
snRNP kemudian ditambahkan untuk penyambungan komplek menjadi U2 snRNP
dengan mengikat sekuen konsensus yang mengandung 100 % residu A. Setelah itu U5
snRNP mengikat ujung 3̍ sisi persambungan. Dan U4/U6 snRNP menjadi tempat spleciosom
lengkap. Ketika intron ujung 5’ sisi persambungan pecah pada tahap 1. U4 snRNA terbentuk
dari dari spliceosom. Intinya pada tahap 2 reaksi penyambungan, ujung 3’ sisi
penyambungan intron membelah, kemudian dua exon bergabung dengan normal pada ujung
5’ hingga ujung 3’ ikatan fosfodiester. mRNA yang telah terpotong sekarang siap untuk
dikeluarkan ke sitoplasma dan menjalani translasi oleh ribosom.

Question & Answer

Nina Bunga Anggraini
160342606206
1. Mengapa pada penyambungan intron perkusor rRNA pada Tetrahymena tidak
memerlukan energi dari luar baik enzim maupun protein ?
Jawab : Karena pada proses tersebut terjadi transfer ikatan fosfoester, yaitu suatu proses yang
melibatkan nukleosida atau nukleotida guanine dengan kelompok 3’-OH bebas. GTP, GDP,
GMP, serta guanosin merupakan kovaktor dengan kation monovalen dan kation divalen yang
dapat digunakan dalam proses pemotongan intron, komponen tersebutlah yang dapat
menggantikan peranan protein, ATP maupun enzim. Intinya Autokatalitik ini tergantung dari
struktur sekunder dari intron atau struktur sekunder dari perkusor molekul RNA.

2. Mengapa untuk mengidentifikasi terjadinya reaksi pembelahan (cleavage) U1 snRNP

harus mengikat ujung 5’ ?
Jawab : karena apabila U1 snRNP tidak terikat pada tempat pemotongan maka tidak bisa
terjadi reaksi pemecahan. Karena, pengenalan dari tempat pemecahan pada akhir 5’ dari
intron kemungkinan melibatkan pasangan dasar antara sekuen konsensus pada tempat ini dan
sekuen komplemen dekat ujung 5’ dari snRNA U1. Namun, kekhususan dari ikatan pada
pada kurang dari beberapa snRNPs ke sekuen consensus intron melibatkan snRNAs dan
protein snRNP spesifik, selanjutnya pasangan dasar antara intron sekuen konsesnsus 5’ dan
sekuen komplementer pada snRNA dapat menyediakan hanya satu bagian dari pengkhususan
untuk ikatan fungsional dari U1 snRNP ke molekul pre-mRNA

Maulidya Nur A P

160342606259 / offering G

Pertanyaan :
 1. Mengapa aktivitas autokatalisis tergantung pada struktur intron atau struktur sekunder
dari precursor tRNA?
2. Apakah yang dimaksud dengan Splicesome dan bagaimana karakteristiknya?

Jawaban :

1. Struktur sekunder dari pemotongan sendiri RNAs harus membawa grup reaktif sekitar
juxtaposisi untuk mengizinkan transfer ikatan fosfoester terjadi. Sejak pemotongan
sendiri transfer ikatan fosfoester berpotensi reaksinya berlangsung reversibel,
degradasi cepat dari penghilangan intron atau ekspor dari pemotongan rRNAs ke
sitoplasma dapat mengendalikan pemotongan didepannya.
2. Spliceosome merupakan suatu struktur protein yang dapat memotong intron.
Spliceosome mengandung suatu molekul RNA yang disebut snRNAs (small nuclear
RNAs) dan kumpulan protein yang masih belum dikenal secara lengkap.
Menurut pendapat lain, pada branchpoint sequence akan displicing oleh snRNA
(small nuclear RNA) yang akan berasosiasi dengan suatu protein membentuk
kompleks protein small ribonuclear proteins (snRNPs, dibaca “snurp”) yang terdiri
dari U1,U2, U4, U5, dan U6 Snurp U1 akan mengenali dan mengikat ujung 5′ dari
intron; snurp U2 akan mengikat branchpoint sequence; snurp U2AF (U2 accesore
factor) akan mengikat ujung 3′; dan snurp U4/U6 akan mengikat snurp U2 dan U6
(Gambar 3). Kompleks antara snRNPs dengan pre-mRNA akan membentuk suatu
kompleks yang dinamakan spilceosome. Spliceosome tersebut akan membentuk
gulungan (loop) pada intron dan selanjutnya intron dipotong dari pre-mRNA dalam
bentuk lariat atau seperti tali laso.