MODIFIKASI PASCA TRANSKRIPSI

RESUME

Disusun Untuk Memenuhi Tugas Matakuliah Genetika I

Yang dibina oleh Prof. Dr. H. Agr. M. Amin, M. Si

Oleh:
Kelompok 13
Off H / 2015
Ida Nurpitasari ( 150342604029 )
Siti Rayhanah (150342605454 )

FAKULTAS MATEMATIKA DAN ILMU PENGETAHUAN ALAM

UNIVERSITAS NEGERI MALANG
JURUSAN BIOLOGI
Maret 2017
 MODIFIKASI PASCA TRANSKRIPSI

Transkripsi dan Translasi Berpasangan pada Prokariotik

Pada prokaryotik, translasi molekul RNA seringkali dimulai sebelum sintesis

transkripsinya sempurna. Ini kemungkinan karena molekul-molekul mRNA keduanya
ditranskripsi dan translasikan dalam arah 5 hingga 3 dan juga dapat disebabkan oleh
tidak adanya membrane inti yang memisahkan transkripsi dan translasi sebagaimana
didalam eukariotik.

O.L. Miller, B.A. Hamkalo, dan rekan-rekannya telah mengembangkan

teknik-teknik dengan transkripsi dan translasi yang dapat divisualisasikan secara
langsung dengan menggunakan mikroskop electron. Misalnya, menunjukkan
transkripsi dan translasi berpasangan dari suatu gen di dalam E. Coli.

Transkripsi, Pemrosesan dan Transportasi RNA, dan Translasi Pada Eukariota

Pada eukarioik transkripsi dan translasi tidak dapat dipasangkan, karena

transkripsi terjadi pada nucleus dan translasi terjadi di dalam sitoplasma. Proses
transkripsi dan translasi pada eukariotik lebih kompleks daripada yang ada di dalam
prokariotik, dengan melibatkan beberapa langkah pemrosesan mRNA intermediet,
sebagaimana transport (pemindahan) dari nukleus ke sitoplasma.
mRNA dari eukariota diturunkan dari transkrip gen primer melalui beberapa
jenis pemrosesan. Ini meliputi (1) pembelahan awal mRNA besar (pra-mRNA)
menjadi molekul-molekul mRNA, (2) penambahan 7-methyl guanosine groups
(mRNA caps) ke ujung 5 dari molekul - molekul (3) penambahan kira-kira
rangkaian nukleotida adenylate sepanjang 200 nukleotida (poly-A tails) ke ujung
3 dari molekul-molekul, dan (4) pembentukan senyawa kompleks dengan protein-
protein yang spesifik. Pemecahan melibatkan konversi pre-mRNA ke mRNA
biasanya menghilangkan leader sequences, urutan dari ujung 5 berakhir pada inisiasi
translasi kodon, dan sekuen nonkodon (disebut sequen antara atau introns) yang
terletak diantara sekuen-sekuen yang berkode. Transkripsi gen secara individu
mungkin mengalami keseluruhan atau sebagian dari empat tipe proses di atas. Tidak
semua mRNAs mengandung 5, dan tidak semuanya memiliki poly A tails. Hal ini
menyulitkan untuk menentukan fungsi dari modifikasi pasca transkripsi

Sebagian besar RNAs nonribosomal disintesis di nukleus pada sel eukariotik

yang terdiri atas molekul yang berukuran besar dan ukurannya berubah-ubah (10s
200s, atau kira-kira 1000-50000 panjang nukleotida). RNA ini disebut heterogeneous
nuklear RNA atau disingkat hnRNA. Proses yang cepat dari hnRNA besar atau
molekul pre-mRNA di nukleus segera melakukan transkripsi sehingga nenghasilkan
(1) sebagian besar nonribosomal RNA disintesis pada nukleus dan (2) bentukan dari
molekul kecil mRNA yang ditransport ke sitoplasma. Sabagai tambahan, mRNA dari
beberapa virus eukariotik diketahui mengandung urutan terdepan (urutan dari ujung
5 ke translasi-inisiasi kodon dari mRNA) yang ditranskrip dari urutan DNA yang
tidak terulang dengan gen struktural.
Bukti pemrosesan pada susunan mRNA dari eukariotik adalah bahwa proses
tersebut menghasilkan gen transkripsi -globin pada tikus. Dalam hal ini, sebuah 15s
hnRNA (atau pre-mRNA; sepanjang 1200-1500 nukleotida) diproses untuk 9S
(sekitar 600 nukleotida) -globin mRNA.

Demikian juga untuk pemrosesan hnRNA atau pre-mRNA pada susunan

molekul mRNA yang matang yang dapat ditemukan pada beberapa gen tanskripsi
eukariot yang lain. Proses ini sering melibatkan penghilangan sekuen perantara yang
tak berkode atau intron yang berlokasi diantara sekuen-sekuen yang berkode (disebut
exon).

Translasi pada eukariotik kelihatannya sama dengan translasi prokariot

met
kecuali (1) kelompok amino metionil-tRNA (inisiasi tRNA) (2) kebanyakan
mRNA eukariotik dipelajari untuk mendata kemunculannya menjadi monogenic,
seperti hanya satu jenis polipeptida yang ditranslasi dari setiap mRNA. Pada
prokariot, beberapa mRNA adalah poligenik, yaitu dua atau lebih polipeptida yang
berbeda disintesis dari segmen-segmen yang tidak bertumpang tindih dari suatu
mRNA tunggal.
 Sintesis salah satu protein eukariotik, protein fibroin sutera, dapat di
visualisasikan melalui mikroskop elektron dengan menggunakan teknik-teknik yang
dikembangkan oleh O.L.Miller, B.A. Hamkalo. Fibroin tidak melipat pada
permukaan ribosom sebagaimana polipeptida lainnya dibawah kondisi-kondisi yang
digunakan. Sebagai akibatnya, rantai-rantai polipeptida yang baru terbentuk dengan
panjang yang semakin meningkat yang dapat terlihat menempel pada ribosom
sebagaimana satu scan dari satu ujung (ujung mRNa 5) dari polysome raksasa (yang
mengandung 50-80 ribosom; fibroin memiliki suatu berat molekuler lebih dari
200.000) hingga ke ujung lainnya.

Pemindahan Urutan Intron melalui RNA Splicing

Kebanyakan gen eukariot mengandung urutan nonkoding atau intron memisah

dari urutan pengkodean atau exons. Sebagian kecil gen eukariot seperti yeast dan
Neurospora mengandung intron nonkoding. Gen dari sebagian kecil virus prokariot
seperti E.coli bakterifag T4 dan B subtilis bakteriofag SP01 dan archebacterium
mengandung introns.

Mekanisme penyambungan harus sangat tepat sehingga menggabungkan

rangkaian exon dengan ketepatan pada nukleotida tunggal untuk memastikan bahwa
kodon-kodon di dalam daerah exon ke intron dibaca di dalam rangka pembacaan
yang benar. Keakuratan hingga ke tingkat ini nampaknya akan memerlukan sinyal-
sinyal penyambungan dengan ketepatan yang sangat besar, asumsikan rangkaian
nukleotida di dalam intron dan pada persimpangan exon-intron. Namun, di dalam
transkrip-transkrip primer gen-gen inti dari hewan yang lebih tinggi, rangkaian-
rangkaian yang hanya dengan sempurna dari intron-intron yang berbeda merupakan
rangkaian dinukleotida pada kedua ujung intron, yaitu,
Intron

Exon-GT AG exon
 Rangkaian-rangkaian yang nampak disini adalah untuk pilinan DNA yang
sama dengan transkrip RNA ( T di dalam tempat berbentuk U). Disamping itu, ada
rangkaian consensus pendek pada persimpangan (pertemuan) exon-intron. Untuk gen-
gen inti, persimpangan (pertemuan) konsensus adalah :
exon intron exon

A64 G73 G100 T100 A68 A68 G84 T 63.6Py74-87 NC65 A100 G100 N

Subskrip-subskirp numerik mengindikasikan frekuensi secara prosentase dari

basis-basis konsensus pada masing-masing posisi sehingga 100 subskrip
menunjukkan suatu basis selalu ada pada posisi itu. N mengindikasikan bahwa
sesuatu dari empat nukleotida standar dapat ada pada posisi yang diindikasikan.
Persimpangan (pertemuan) exon-intron berbeda di dalam kasus gen-gen tRNA dan
gen-gen struktural di dalam mitokondria dan kloroplas, yang menggunakan
mekanisme-mekanisme penyambungan RNA yang berbeda. Hanya satu urutan
pendek didalam intron dari gen nuclear dan selalu disebut TACTAAC box dan
urutan ini dijadikan lebih sedikit. TACTAAC box telah memunculkan pilihan yang
kuat untuk purine atau pyrimidine pada masing-masing tempat sebagai berikut ini :

Py80 N Py80 Py87 Pu75 A100 Py95

Adenine sisa dari posisi enam dalam TACTAAC box secara komplet dan
diketahui untuk menentukan petunjuk dari reaksi pemisahan. Penggulangan urutan
dari intron ke gen pada mitokondria dan kloroplas mengandung urutan sederhana
yang berbeda dari gen nuclear tersebut.

Tiga Tipe Tertentu dari RNA Splicing

Penemuan intron-intron nonpengkodean di dalam gen-gen menstimulus
ketertarikan yang kuat di dalam mekanisme-mekanisme dengan rangkaian intron
yang dibuang selama ekspresi gen. Hanya sebagaimana sistem-sistem transkripsi dan
translasi secara in vitro bersifat instrumental di dalam menguraikan proses-proses itu.
Ada tiga tipe tertentu dari penghapusan intron dari transkripsi RNA yaitu sebagai
berikut:

1. Intron- intron dari prekusor tRNA ditandai dengan pembelahan

endonukleolitik yang tepat dan reaksi-reaksi ligase yang dikatalis melalui
pemotongan endonukelase khusus dan aktivitas ligase.
2. Intron-intron dari prekusor rRNA Tetrahymena dihilangkan secara otomatis di
dalam suatu reaksi unik yang dimediasikan oleh molekul RNA itu sendiri
(tidak ada aktivitas enzimatis protein yang dilibatkan).
3. Intron-intron dari transkrip-transkrip pre-mRNA (hnRNA) inti disambungkan
di dalam rekasi dua langkah yang dilaksanakan oleh partikel-partikel
ribonukleoprotein kompleks yang disebut spliceosome.
Splicing Prekursor tRNA : ( Nuklease yang unik dan Ligase )
Reaksi pemisahan prekursor tRNA telah dikerjakan secara terinci pada
cendawan Sacchararomyces cerevisiae. Sistem penyambungan secara in vitro dan
penyambungan yang sensitif terhadap suhu telah digunakan di dalam pemotongan
mekanisme penyambungan tRNA di dalam S. cerevisiae. Pemindahan intron-intron
dari prekursor tRNA pada cendawan terjadi dalam dua tahapan. Pertama, suatu
endonuklease penyambung yang terikat pada membran inti menjadikan dua
potongan secara tepat pada ujung-ujung intron. Kemudian di dalam suatu perangkat
yang secara wajar kompleks dari reaksi-reaksi, suatu ligase penyambung
menggabungkan dua pembagi tRNA yang menghasilkan bentuk matang dari molekul
tRNA. Kekhususan dari reaksi-reaksi ini tetap ada di dalam tampilan struktural tiga
dimensi yang diawetkan dari prekursor tRNA, bukan di dalam rangkaian nukleutida
itu sendiri.
Pembelahan prekursor tRNA menghasilkan termini 5-OH dan kelompok
phospat cyclic 2-3 pada termini 3. Tahap II dari ligasi sebenarnya menyangkut
empat reaksi yang terpisah. (1) Reaksi pertama adalah penambahan kelompok
phospat pada terminus 5- OH; reaksi ini membutuhkan aktivitas kinase dan donor
phospat (ATP). (2) kemudian, kelompok phospat 5 diaktifkan dengan mentransfer
salah satu kelompok AMP ke terminus dari sebuah ligase AMP lanjutan (AMP
sebenarnya telah diambil dari ATP juga). (3) Phospate cyclic 2-3 dibuka oleh
aktivitas phosphodiesterase cyclic yang menghasilkan phospate 2 dan hidroxil 3
bebas. (4) reaksi ligasi terakhr terjadi melalui pemecahan nucleophilic pada 3-OH
bebas pada interior phospate 5 dengan melepaskan AMP. Semua reaksi tersebut
dikatalisasikan dengan pemotongan ligase. Akhirnya, kelompok phospate 2 (berasal
dari phospate cyclic 2-3 yang dihasilkjan oleh reaksi pembelahan sesungguhnya)
dihilangkan oleh aktvitas phospate untuk menghasilkan molekul tRNA dewasa.

Pemotongan Autokatalis pada Prekursor rRNA Tetrahymena

Pembelahan autokatalisis pada intron dalam prekursor rRNA Tetrahymena

(dan selain kelompok intron I) tidak membutuhkan sumber energi eksternal (tanpa
ATP, dan lain-lain) dan tanpa protein. Hal ini membutuhkan rangkaian dari transfer
ikatan phosphoester dengan tanpa pengurangan atau penambahan ikatan dalam
proses. Reaksi tersebut membutuhkan nukleosida atau guanin atau nukleotida dengan
kelompok 3-OH bebas (GTP, GDP, GM atau guanosine semua perlakuan) sebagai
faktor pendukung ditambah kation monovalent dan kation divalent. Kebutuhan akan
G-3-OH adalah pasti, tidak ada basa lain yang dapat ditukarkan dalam nukleusida
atau kofaktor nukleotida. Intron dipotong dengan menunjukkan dua transfer ikatan
phosphoester, dan intron yang telah dipotong tersebut kemudian diedarkan dengan
benar pada sebuah transfer ikatan phosphoester yang lain. Sirkulasi autokatalisis dari
intron yang telah dipotong mennunjukan bahwa self-splicing dari prekursor rRNA
tersebut terletak secara primer atau dengan struktur intron itu sendiri. Kemungkinan,
aktivitas autokatalisis tergantung pada struktur sekunder dari intron atau pada sedikit
struktur sekunder molekul prekursor RNA. Struktur sekunder dari self-splicing RNA
tersebut harus membawa kelompok reaktif dalam penutupan juxtaposisi untuk
melakukan transfer ikatan phosphoester yang terjadi. Karena self-splicing transfer
ikatan phosphoester merupakan reaksi yang terbalik, penurunan secara tepat intron
yang dipotong atau pengeluaran rRNA yang telah dipotong ke sitoplasma dapat
dilakukan di luar jalur.
 Gambar. Diagram mekanisme pada penyambungan sendiri pada precursor rRNA
Tetrahymena thermophile dan sirkulasi selanjutnya pada pemotongan intron.
Titik utamanya adalah bahwa reaksi pemotongan autokatalisis adalah
intramolekuler dalam sifat dan, dengan demikian tidak tergantung pada konsentrasi.
Selain itu, prekursor RNA mampu dalam membentuk pusat aktif dimana kofaktor
guanosine 3-OH terikat. Jadi, tempat katalisis tidak terbatas pada protein, tetapi juga
perlu dicatat bahwa disana tidak ada aktivitas trans katalisis seperti untuk enzim,
yang ada hanya aktivitas cis katalisis.

Pemotongan Pre-mRNA : snRNAs, snRNPs, dan Spliceosome

Intron dalam prekursor mRNA nuklear (pre-mRNA nuclear) dipotong dalam

dua tahap seperti intron pada ragi pre-tRNA dan pre-rRNA Tetrahymena yang telah
dibahas dalam dua bagian terdahulu. Meskipun begitu, intron tidak dibelah oleh
splicing nuklease sederhana dan ligase atau secara autokatalisis. Sebagai gantinya,
pemotongan inti pre-mRNA dilakukan dengan struktur protein/RNA kompleks yang
disebut spliceosome. Spliseosome seperti ribosom kecil. Mereka berisi sejumlah kecil
molekul RNA yang disebut snRNA (small nucelar RNA) dan sejumlah protein yang
masih tidak lengkap didefinisikan. Dua tahap dalam pemotongan pre-mRNA telah
diketahui, meskipun begitu beberapa rincian dari proses pemotongan masih tidak
dapat ditentukan.

Lima snRNA yang disebut U1, U2, U4, U5, dan U6 berpengaruh dalam
pemotongan pre-mRNA nuclear sebagai kompenen dari spliseosome. ( snRNA U3
ditempatkan didalam nucleolus dan kemungkinan berada dalam formasi ribosom).
Dalam mamalia jarak snRNA berukuran dari 100 nukleutida (U6) sampai 215
nukleutida (U3). Beberapa snRNA pada ragi S. cerevisiae lebih besar. SnRNA
tersebut tidak ada sebagai molekul RNA bebas. Malahan, mereka ada di dalam
sebagian kecil RNA nuclear protein kompleks yang disebut snRNP (small nuclear
riconucleoprotein)..

SnRNA U1, U2 dan U5 berada dalam tiga partikel snRNP yang berbeda.
Masing-masing mengandung snRNA tunggal. SnRNA U4 dan snRNA U6
mengandung dua daerah komplementeritas intramolekuler yang mungkin merupakan
basa yang berhubungan dengan snRNP U4/ U6. Masing-masing dari keempat jenis
partikel snRNP mengandung subset dari tujuh snRNP protein yang telah
dikarakterisasikan ditambah satu atau lebih protein yang digabungkan dengan jenis-
jenis tertentu dari partikel snRNP. Semua keempat snRNP kompleks tersebut
ditunjukkan dalam spliceosome tertutup. Meskipun begitu komposisi protein yang
tepat dari spliceosome utuh masih tidak dibentuk.

Langkah yang pertama yaitu pada pemotongan pre-mRNA nuklear termasuk

pemotongan pada daerah 5 intron dan formasi dari suatu phosphodiester
intramolekul antara karbon 5 dari G pada daerah pemotongan dan 2 karbon dari sisa
A yang diawetkan mendekati ujung 3 dari intron. Langkah ini terjadi pada
spliceosome yang lengkap dan memerlukan hidrolisis ATP. Bukti tersebut
menunjukkan bahwa U1 snRNP harus mengikat pada situs penyambungan 5 sebelum
reaksi pembelahan awal. Pengenalan situs pembelahan pada ujung 5 dari intron
kemungkinan melibatkan pembentukan pasangan dasar diantara rangkaian consensus
pada situs ini dan suatu rangkaian komplementer mendekati terminus 5 dari snRNA
U1. Namun, kekhususan dari ikatan dari paling tiak beberapa snRNP ke rangkaian
konsensus intron melibatkan protein snRNA dan juga snRNP khusus; sehingga,
pembentukan pasangan dasar diantara rangkaian consensus intron 5 dan rangkaian
komplementer di dalam snRNA U1 dapat memberikan hanya sebagian dari
kekhususan untuk pengikatan fungsional dari snRNP U1 kepada molekul pra-mRNA.

SnRNPA kedua untuk ditambahkan kepada senyawa kompleks pengikat

nampak menjadi snRNP U2 yang mengikat pada rangkaian konsensus yang
mengandung 100 persen residu A yang dikonservasikan membentuk titik percabangan
di dalam struktur tali penjerat dari intron yang disambungkan. Sesudah itu, snRNP
U5 mengikat pada situs penyambungan 3, dan snRNP U4/U6 yang ditambahkan
senyawa kompleks untuk menghasilkan splicesome yang lengkap. Ketika situs
penyambungan intron 5 dibelah di dalam langkah 1, snRNA U4 dilepaskan dari
splicesome ( paling tidak secara in vitro). Didalam langkah 2 dari reaksi
penyambungan tersebut, situs penyambungan 3 dari intron dibelah, dan kedua exon
digabungkan melalui suatu smbungan fosfodiester 5 hingga 3 secara normal. mRNA
yang disambungkan sekarang siap untuk mengekspor ke sitoplasma dan translasi
pada ribosom.
Pertanyaan :
1. Sebutkan dan jelaskan macam-macam intron dari penghapusan intron dari
transkripsi RNA !
Ada tiga tipe tertentu dari penghapusan intron dari transkripsi RNA yaitu
sebagai berikut:

1. Intron- intron dari prekusor tRNA ditandai dengan pembelahan

endonukleolitik yang tepat dan reaksi-reaksi ligase yang dikatalis melalui
pemotongan endonukelase khusus dan aktivitas ligase.
2. Intron-intron dari prekusor rRNA Tetrahymena dihilangkan secara otomatis di
dalam suatu reaksi unik yang dimediasikan oleh molekul RNA itu sendiri
(tidak ada aktivitas enzimatis protein yang dilibatkan).
3. Intron-intron dari transkrip-transkrip pre-mRNA (hnRNA) inti disambungkan
di dalam rekasi dua langkah yang dilaksanakan oleh partikel-partikel
ribonukleoprotein kompleks yang disebut spliceosome.
2.