A.

Plasmid and Episome

Plasmid merupakan ekstrakromosomal DNA yang terdapat pada bakteri. Plasmid
juga dapat dikatakan sebagai DNA independen karena kemampuannya yang dapat
replikasi sendiri tanpa harus menempel pada sel inang. Plasmid memiliki 3 kategori
yaitu :
a. F plasmid (Fertility plasmid) yaitu yang mensintesis F pili pada permukaan
bakteri pendonor. Apabila bakteri ada yang memiliki F pili ini akan mampu untuk
melekatkannya dengan bakteri resipien yang selanjutnya dapat terjadi proses
konjugasi. F faktor terdiri dari dua keadaan, yang pertama adalah kondisi
autonomous yang memiliki kemampuan untuk mereplikasi dirinya sendiri. Dan
yang kedua adalah kondisi fusi (memadukan), yang artinya plasmid menyisipkan
dirinya ke kromosom bakteri lalu mereplikasi diri.
b. R plasmid yaitu plasmid yang memiliki kemampuan resisten terhadap antibiotik.
c. Col plasmid yaitu plasmid yang mengkode protein terhadap bakteri E. coli yang
terlalu sensitif terhadap sel.

Pada tahun In 1958 François Jacob and Elie Wollman mengakui bahwa F plasmid
lebih sesuai dengan episom. Episom merupakan DNA transkromosomal yang dapat
mereplikasi dirinya sendiri ataupun dengan menyisipkan plasmid kedalam kromosom
sel inang. Kemampuan untuk menyisipkan dirinya ke dalam sel inang disebabkan oleh
adanya sequen pendek DNA yang disebut dengan element IS. Elemen IS ini memiliki
sifat transposable, artinya dapat berpindah dari satu kromosom ke kromosom yang
lainnya.

B. Transposable Elements
Transposable merupakan sekuens DNA yang dapat berpindah tempat dari satu
lokasi ke lokasi lain di dalam genom. Eleme transposable dibagi menjadi dua kelas
yaitu berdasarkan pada bagaimana cara berpindah dari satu tempat ke tempat lain,
yang pertama ditemukan pada prokariot dan eukariot, elemen transposable yang
bergerak sebagai segmen DNA. Serta yang kedua hanya ditemukan pada eukariot
yang berhubungan dengan retrovirus dan bergerak melalui RNA. Elemen transposable
ini akan menyisipkan dirinya ke dalam lokasi kromosom yang baru yang tidak
memiliki sequen yang homogen.
1. Transposable pada bakteri
Memiliki tiga tipe utama yaitu elemen IS, transposon komposit dan Tn3
Famili. Ketiga tipe ini memiliki ukuran dan karakteristik yang berbeda. IS
merupakan elemen yang paling sederhana, mengandung gen yang dapat
mengkode protein yang dapat melakukan trasposisi.
a. Elemen IS
Merupakan salah satu elemen yang paling sederhana. Elemen IS
mengandung gen yang menyebabkan elemen bergerak dan menyisipkan
dirinya ke lokasi baru pada genom. Peristiwa transposisi pada elemen IS
memerlukan enzim yang dikode oleh elemen IS yang disebut sebagai
transposase. Transposase ini mengenali sequen IR untuk memulai peristiwa
transposisi.ketika elemen IS masuk ke dalam kromosom atau plasmid, mereka
membuat salinan dari sequen DNA di tempat penyisipan tersebut dan terus
melakukan pembelahan berkali kali.

Gambar 1
(Sumber : Snustad, D. P., Simmons, M, J. 2012. Principle of Genetics 6th
Edition. United States of America: John Wiley & Sons, Inc)

Ketika elemen IS bergabung dengan kromosom maka akan menyebabkan

mutasi (seperti delesi atau inversi DNA) yang dapat mengganggu pengkodean
gen maupun regulasi gen itu sendiri.
 b. Komposit Transposon
Komposit Transposon terbentuk ketika dua elemen IS saling
berdekatan. Daerah di antara dua elemen yang mengapit akan berpindah
apabila elemen tersebu saling berinteraksi. Contoh dari komposit transposon
ini adalah Tn9, Tn5, Tn10. Pada Tn9, elemen IS yang mengapit berada pada
orientasi yang sama berkenaan satu sama lain, sedangkan pada Tn5 dan Tn10,
orientasinya terbalik. Komposit transposon ini tidak selalu identik, misal pada
Tn5, elemen di sebelah kanan (IS50R) mampu menghasilkan transposase
namun elemen di sebelah kiri (IS50L) tidak. Perbedaan ini disebabkan oleh
sebuah perubahan pada pasangan nukleotida tunggal yang mencegah IS50L
dari pengkodean transposase aktif.

Gambar 2

(Sumber : Russel, J. P. 2010. iGenetics: a molecular approach 3rd ed. San Fransisco.
Pearson Education, Inc.)

c. Elemen Tn3
Tn3 merupakan transposon replikasi yang memanfaatkan dua enzim
yang berbeda yaitu transposase dan resolvase. Transposase mengkatalisis
penyisipan dari transposon ke situs baru, dan resolvase adalah enzim yang
terlibat dalam kejadian rekombinasi tertentu terkait dengan transposisi.
Sehingga proses yang terjadi adalah, yang pertama yaitu transposase
menyebabkan fusi antara dua plasmid yang satu membawa Tn3 (sebagai donor
plasmid) dan yang lain tidak membawa
apa-apa. Struktur ini disebut kointegrasi,
dan selama pembentukan kointegrasi, Tn3
replikasi dan salinan lainnya menyisipkan
ke plasmid yang telah berfusi tadi.
Selanjutnya, Resolvase yang dihasilkan
oleh gen tnpR menyelesaikan kointegrasi
dengan mediasi rekombinasi antara dua
elemen Tn3. Kemudian donor dan
resipien plasmid berpisah dan sama-sama
mengandung potongan Tn3.

Gambar 3.

(Sumber : Snustad, D. P., Simmons, M, J. 2012. Principle of Genetics 6th

Edition. United States of America: John Wiley & Sons, Inc)
 Permata Windra Deasmara

160342606241/off G

Question and Answer

1. Bagaimana mekanisme transposisi pada tumbuhan?

Mekanisme transposisi pada elemen transposable tanaman hampir mirip dengan
mekanisme pada elemen IS maupun transposon pada bakteri. Elemen transposable
mengikat target sehingga dapat menduplikasi target DNA pada panjang tertentu. Pada
beberapa famili tumbuhan terdapat elemen autonomous dan nonautonomous. Yang
mana pada elemen autonomous dapat melakukan transposisi secara langsung, namun
elemen nonautonomous harus diaktivasi oleh elemen autonomous pada genome yang
sama. Umumnya, elemen nonautonomous ini merupakan turunan dari elemen
autonomous yang berasal dari delesi maupun perubahan sequence tertentu.
(Sumber : Russel, J. P. 2010. iGenetics: a molecular approach 3rd ed. San Fransisco.
Pearson Education, Inc.)
2. Bagaimana perbedaan antara elemen Ac dan Ds pada jagung?
Elemen Ac/Ds merupakan transposable elemen pada jagung. Ac berfungsi secara
autonomous yang mampu mengkode transposase sehingga transposisi dapat terjadi.
Sedangkan elemen Ds merupakan elemen yang berasal dari turunan elemen Ac yang
akibat perisitwa delesi dari sequen internal. Elemen Ds mampu merusak kromosom
pada biji jagung dengan bantuan aktivasi dari elemen Ac, oleh karena itu elemen
Ac/Ds disebut sebagai transposable element karena mampu berpindah dari satu
genom ke genom lain.
(Sumber : Snustad, D. P., Simmons, M, J. 2012. Principle of Genetics 6th Edition.
United States of America: John Wiley & Sons, Inc)