Does Z-DNA Play a Regulatory Role?

Penemuan baru yang muncul adalah mengenai bagian DNA yang memiliki sekuen yang
mana basa purin dan pirimidinnya saling berikatan berselang-seling dan membentuk ikatan
double-helix left-banded. Bentuk ini dinamakan Z-DNA karena pola zig-zag yang dibentuk
oleh punggung gula-fosfat.

Pada umumnya, Z-DNA terjadi apabila keadaan sedang pada konsentrasi garam yang
tinggi. Ketika beberapa basa pada sekuen bentuk Z termetilasi, konformasi Z-DNA akan lebih
stabil pada konsentrasi garam yang rendah. Terdapat pembuktian bahwa Z-DNA terdapat pada
bagian interband pada kromosom kelenjar ludah raksasa pada Drosophila melanogaster dan
pada makronukleus yang aktif mentranskripsi pada protozoa Stylonychia mytilus A. hal ini
menunjukkan bahwa Z-DNA spesifik antibody berikatan dengan bagian interband dari
kromosom politen Drosohila. Petunjuk lain tentang keterlbatan Z-DNA pada ekspresi gen
adalah struktur dari protein regulator tertentu dapat berikatan dengan lef-handed double helix.
McKay dan Steitz menyatakan bahwa protein activator (CAP) katabolit akan stabil jika
berikatan dengan konformasi left-handed.

Selain itu, ketika purin-pirimidin di kompleks kan dengan protein histon, sekuen ini
akan menunjukkan transisi Z-DNA, hal ini menunjukkan bahwa sekuen Z-DNA akan stabil jika
spesifik binding site nya berikatan dengan protein dan Z-DNA tidak ditemukan di dalam
nukleosom. Indikasi dari kesensitifan nukelase junction B-DNA hingga Z-DNA menimbulkan
spekulasi bahwa junction tersebut akan berhubungan dengan nuclease-sensitive sites.
Eksperimen di desain untuk menguji kemungkinan bahwa transisi B-DNA hingga Z-DNA
dalam DNA terlibat pada regulasi ekspresi gen dan bahwa protein regulator tersebut berikatan
dan akan menstabilkan konformasi tersebut.

Chromatin Structure : Nuclease Sensitive Sites Adjacent to Active Genes

Kromosom DNA pada eukariot dikemas pada nukleosom dan sepanjang 146 basa
nukleotid DNA di inti nukleosom pun dilindungi, hal ini menimbulkan pertanyaan yaitu apakah
transkripsional aktif DNA juga dikemas? Karena RNA polymerase yang sangat luas, enzim
yang kompleks pada eukariot dan karena DNA dibatalkan selama transkripsi.

Gen aktif dan kromatin menunjukkan bahwa gen yang sedang ditranskripsi memang
dikemas ke dalam nukleosom yang menampilkan frekuensi dan jarak yang sama dengan
nukleosom yang mengandung DNA gen yang tidak ditranskripsikan. Namun, struktur
nukleosom yang mengandung gen aktif tidak identic dengan nukleosom yang mengandung gen
inaktif. Hal ini menunjukkan bahwa peningkatan sensitivitas nuclease dari transkripsional aktif
gen.

Pada tahun 1976, Groudine dan Weintraub bereksperimen mengunakan globin dan
ovalbumin cDNAs untuk mengukur jumlah globin dan urutan gen ovalbumin yang terisolasi
pada kromatin sebelum dan sesudah dicerna denga DNAse I. hasilnya, lebih dari 50 persen
sekuen DNA dari transkripsional aktif gen terdegradsi dan 10 persen terhidrolisis oleh DNAse
I. Sensitivitas nuklease pada transkripsional aktif gen bergantung pada adanya kromosom
protein nonhiston yaitu HMG14 dan HMG17. Ketika kromatin yang mengandung
transkripsional aktif gen yang diisolasi dengan konsentrasi DNAse I yang rendah, molekul
DNA membelah pada spesifik site. Beberapa hypersensitive sites ditunjukkan pada upstream
pada transkripsional aktif gen.

Hormonal control of gene expression

Signal dari beberapa kelenjar atau sel sekretori yang menstimulasi jaringan maupun sel
target untuk mengubah pola metabolismenya. Perubahan ini bergantung pada ekpresi gen.
Misalnya pada hormone peptide seperti insulin dan hormone steroid seperti estrogen dan
testosterone merupakan contoh dari komunikasi interceluler. Hormone peptide tidak bisa
memasuki sel karena ukurannya yang relative besar, efektnya akan di mediasi oleh protein
reseptor yang terletak pada membrane sel target. Sedangkan steroid hormone yang merupakan
molekul kecil akan memasuki sel melalui membrane plasma, di dalam sel target hormone ini
akan berikatan dengan protein reseptor spesifik. Protein ini berada pada sitoplasma dari sel
target.

Activation of Transcription by Steroid Hormone

Studi autodiografi menunjukkan bahwa kompleks protein reseptor hormon diakumulasi

dalam inti sel target dan mengaktifkan transkripsi dari gen spresifik atau sekumpulan gen.
kompleks protein reseptor hormone mengaktivasi transkripsi dengan berikatan dengan sekuen
DNA yang spesifik atau dengan berinteraksi dengan protein kromosom non histon yang
spesifiksehingga akan menstimulasi transkripsi. Kompleks protein reseptor hormone ini
berfungsi sebagai regulator positif atau activator. Bukti menunjukkan bahwa protein
kromosom non histon daapt mengontrol transkripsi. Histon disintesis seperti DNA selama fase
S. ketika kromatin dari fase S disintesis, biston mRNA pun disintesis. Ketika kromatin pada
fase G1, tidak ada histon mRNA yang disintesis. Ketika nonhiston di hilangkan dari fase G1
dan diganti dengan nonhiston dari fase S, maka histon mRNA akan disintesis. Hal ini
menunjukkan bahwa protein nonhiston pada kromatin menentukan apakah gen yang mengkode
transkripsi histon.

Glucocorticoid Hormones Act via Enhancer Elements

Mamalia memproduksi hormone steroid dalam jumlah yang besar sehingga

menginduksi perubahan metabolism pada sel dari beberapa jaringan. Hormone steroid akan
memberikan efek yang berbeda pada sel yang berbeda. Spesifik hormone steroid seperti
glucocorticoid dan estrogen menunjukkan untuk mengaktifkan gen target tertentu dengan
regulasi cis-acting. Sekuen cis-acting ini biasa dianamakan sebagai enhancer. Efek dari
hormone glucocorticoid ini dianalisis dengan menggunakan hormone sintesis yang disebut
dengan dexamenthasome. Awalnya, hormone glucocorticoid berikatan dengan proein reseptor
pada sitoplasma sel target, lalu diakumulasi di nucleus sel dan berikaan dengan DNA spesifik
yang disebut dengan Glucocorticoid Response Elements (GREs).

Jika pada suatu keadaan terdapat hormone tersebut, protein reseptor akan bergabung
dengan protein sitoplasma dan memiliki afinitas yang rendah untuk DNA, hal ini untuk
mencegah protein reseptor untuk membentuk dimer yang akan menyebabkan terbentuknya
konformasi alosterik pada protein reseptor sehingga tidak lagi berikatan dengan protein
sitoplasma. Kompleks reseptor hormone glucocorticoid yang berikatan dengan sekuen GRE
akan menstimulasi transkripsi pada gen target. Ikatan reseptor hormone glucocorticoid dengan
enhancer akan menyebabkan promotor terbuka dan memfasilitasi RNA polymerase untuk
loading dan transkripsi.

Ecdysone and Chromosome “Puffs” in Flies

Pada kromosom raksasa kelejar ludah pada Drosophila melanogaster, pita kromosom
individu mengalami perubahan morfologi yang mencolok pada waktu tertentu selama
perkembangannya. Masing-masing pita membesar menjadi struktur pewarnaan yang kurang
padat yang disebut “puff”. Selama perkembangan lalarm hormone steroid ecdison akan
dilepaskan dan memicu pengelupasan kulit serangga. Ecdison ini menginduksi pola yang
diinduksi dari puffing berurutan demonstrasi meyakinkan dari efek hormon steroid pada
ekspresi gen. Selama perkembangan awal larva Drosophila melanogaster, puff yang ada
sebelum kemunduran perawatan ekdison dan jumlah kecil pada puff yang terbentuk dalam
menit setelah perlakuan. Dengan mengunakan inhibitor protein synthesis seperti
cycloheximide, pembentukan puffs “terkahir” telah terbukti membutuhkan sintesis protein
setelah perlakuan ecdyson, namun, puffs “pertama” terbentuk pada ketidak adaan dari
posttreatment sintesis protein.

Regulation by Alternate Pathways of Transcript Splicing

Regulasi transkripsional sangat berperan penting dalam mengontrol perkembangan

pada eukariot. Rergulasi terjadi oleh perubahan stabilitas transkrip, oleh transpor diferensial
mneuju sitoplasma dan dengan translasi diferensial dari proses transkripsi. Selain itu ada pula
regulasi ekspresi gen dengan jalu alternative dari transkrip splicing primer. Contohnya adalah
pada gen tropomiosin pada Drosophila dan vertebrata. Tropomiosin adalah protein yang
menengahi interaksi antara aktin dan troponin dan membantu kontraksi otot. Pada jaringan
yang berbeda, jaringan yang berbeda, baik otot maupun non otot dicirikan oleh adanya isoform
tropomiosin yang berbeda. Ternyata banyak dari isoform ini dihasilkan dari gen yang sama
dengan splicing alternatif.

Pertanyaan :

1. Bagaimana mekanisme ekspresi gen yang di aktivasi oleh hormone glucocorticoid?

Jawab : ketika keadaan tidak adanya hormone, reseptor glucocorticoid membentuk
kompleks protein Hsp90 dan tetap berada di sitoplasma. Sedangkan ketika hormone
tersedia, hormone berikatan dengan protein reseptor dan kompleks tersebut memasuki
nucleus melalui celah pada pelindung inti, kemudian kompleks reseptor hormone
berikatan dengan GRE di dalam enhancer dekat dngan gen target dan mengaktifkan
promoter pada gen target.

2. Jelaskan mengenai “enhancer” serta perbedaan dasar dengan promoter!

Jawab : enhancer merupakan elemen dari regulator gen yang mampu meningkatkan
transkripsi. Yang membedakan enhancer dengan promoter adalah, enhancers dapat
berperan pada jarak yang lebih panjang, enhancer berfungsi baik pada orientasi, normal
atau inverted. Serta enhancer dapat berfungsi dengan baik dimanapun posisinya berada,
baik di upstream, downstream, maupun di dalam intron