1.

Yang mana dari DNA pilin ganda berikut lebih sulit untuk dipisahkan menjadi untai DNA
tunggal dengan perlakuan panas yang memutuskan ikatan hydrogen? Jelaskan pilihan
Anda.
A. GGCGTACCAGCGCAT
CCGCATGGTCGCGTA
B. ATACGATTTACGAGA
TATGCTAAATGCTCT
Jawaban :
A. GGCGTACCAGCGCAT
CCGCATGGTCGCGTA
DNA yang paling sulit diurai adalah DNA yang memiliki paling banyak jumlah Guanin
(G) dan sitosin (C). Hal ini karena ikatan hidrogen yang menghubungkan guanin dan
sitosin adalah rangkap 3 dibanding adenin dan timin yaitu rangkap 2.
2. Sebuah diagram kromosom linear ditunjukan sebagai berikut. Ujung dari masing-masing
untai dilabeli sebagai A, B, C, atau D. Ujung mana yang tidak dapat direplikasi oleh DNA
Polimerase? Mengapa tidak bisa?
5' AB3'
3' CD5'
Jawaban :
3' CD5'
Karena jika reaksi replikasi DNA dari arah 3' sampai 5' terjadi, saat pemanjangan atau
elongasi DNA, maka ujung dari 5' berupa gugus firofosfat. Saat terjadi kesalahan, maka
nukleotida yang salah akan dibuang dan ujungnya adalah berupa gugus monofosfat.
Gugus monofosfat ini harus disambung dengan ujung -OH dan dNTP, namun gugus
monofosfat ini tidak memiliki cukup energi untuk membentuk ikatan fosfodiester,
sehingga setelah proses pembuangan nukleotida oleh eksonuklease dari DNA
polimerase, maka proses elongasi akan berhenti seketika. Sedangkan replikasi DNA
dari arah 5' sampai 3', pada saat nukleotida yang salah dibuang, maka ujung 3' akan
tersisa gugus -OH. Hal ini masih memungkinkan dNTP yang memiliki gugus trifosfat
untuk masuk dan bereaksi membentuk ikatan fosfodiester.

3. Deskirpsikan peristiwa penting dalam tahap transkripsi gen bakteri. Protein apa saja yang
berperan penting dalam masing-masing tahap?
Jawaban :
Proses transkripsi pada bakteri (prokariot) terdiri dari tahap inisiasi, elongasi
(polimerisasi), dan terminasi. Pada tahap inisiasi, RNA polimerase bersama-sama subunit
σ (disebut holoenzim) mengikat daerah promotor dengan kuat dan memisahkan untai
ganda DNA agar inisiasi transkripsi dapat terjadi. Kemudian dilanjutkan dengan tahap
elongasi, dimana rantai RNA disintesis, subunit σ terlepas dari RNA polimerase (RNA
polimerase tanpa subunit σ disebut core enzyme) dan transkripsi berlangsung terus
sampai mencapai suatu daerah pada akhir gen yang disebut terminator. Urutan terminator
menandai tempat akhir transkripsi (akhir suatu gen). Pada E. Coli, terdapat dua
mekanisme terminasi yaitu: adanya protein ρ (rho) yang membantu melepaskan RNA
 atau terminasi tanpa bantuan protein ρ (rho-independen) dimana pada daerah terminator
membentuk seperti loop.
Protein yang berperan pada masing-masing tahap adalah protein kompleks enzim RNA
polimerase, yang disebut juga holoenzim RNA polimerase, terbentuk dari inti enzim
RNA polimerase yang berikatan dengan suatu protein yang disebut faktor sigma (σ).
Faktor sigma (σ) inilah yang membantu pengenalan sekuens promoter oleh kompleks
enzim RNA polimerase. Selain itu ada juga protein ρ (rho) yang membantu melepaskan
RNA pada tahap terminasi.

4. Pada eukariot, tipe modifikasi seperti apa yang terjadi pada pre-mRNA? Jelaskan.
Jawaban :
Tipe modifikasi yang terjadi pada pre-mRNA eukariot adalah Transkrip mRNA yang
mengandung intron. Proses penghilangan intron terjadi di dalam nukleus dan disebut
dengan splicing. Transkrip bebas intron ini berfungsi sebagai mRNA yang kemudian
ditranslasi menjadi protein. mRNA eukariot juga mengalami modifikasi pada kedua
ujungnya. Pada ujung 5’ ditambahkan beberapa residu guanilat yang termodifikasi yang
disebut 5’cap (5’kepala) Sementara ujung disebut 3’ tail (3’ ekor) dipotong dan
ditambahkan 80-250 residu adenilat untuk membentuk ekor poli-A.

5. Jelaskan peran fungsional dari sisi A, P, dan E selama Translasi.

Jawaban :
Protein disintesis oleh ribosom di sitoplasma dalam suatu proses yang disebut translasi.
Di dalam ribosom diketahui terdapat 3 bagian yang memiliki fungsi tersendiri,
yaitu bagian A (aminoacyl site), bagian P ( peptidil site), dan bagian E (exit site). Situs A
merupakan tempat pengikatan tRNA yang membawa asam amino yang akan ditambahkan
pada rantai polipeptida, bagian/situs P merupakan tempat pengikatan tRNA yang
membawa rantai polipeptida yang sedang tumbuh sedangkan situs E merupakan tempat
keluarnya tRNA yang sudah terdeasilisasi.

6. Apa perbedaan antara gen konstitutif dan gen teregulasi?

Jawaban :
Gen konstitutif adalah gen yang diekspresikan secara terus menerus di dalam sel dan
menghasilkan produknya sepanjang waktu dengan kecepatan yang konstan sedangkan
gen teregulasi adalah gen yang diekspresikan secara terkendali dan tergantung dengan
keadaan lingkungan.

7. Diskusikan titik umum control regulasi gen eukariot. Gambarkan jika perlu.
Jawaban :
Regulasi ekspresi gen eukariotik dapat berlangsung di berbagai tahap aliran informasi
genetik, mulai dari DNA sampai protein. Sebuah sel dapat mengendalikan protein yang
dibuatnya dengan jalan mengatur kapan dan berapa sering sebuah gen ditranskripsikan
(kontrol transkripsi), mengatur bagaimana mRNA hasil transkripsi dipotong atau diproses
(kontrol prosesing mRNA), menentukan mRNA mana yang akan diekspor dari nukleus ke
sitosol (kontrol lokalisasi dan transport RNA), secara selektif mendegradasi molekul
mrna tertentu (kontrol degradasi RNA), memilih mRNA mana yang ditranslasikan oleh
ribosom (kontrol translasi), dan secara selektif mengaktivasi atau mendeaktivasi protein
 setelah disintesis (kontrol aktivitas protein). Namun demikian, sama seperti pada sel-sel
prokaritik, regulasi utama ekspresi gen eukariotik adalah kontrol pada tahap inisiasi
transkripsi.

8. Sebuah mutasi titik terjadi di tengah sekuen pengkode sebuah gen. Tipe mutasi yang
mana diam, missense, nonsense, dan frameshift yang paling mungkin merusak fungsi
protein dan mana yang paling tidak mungkin?
Jawaban :
 Mutasi silent atau mutasi diam adalah perubahan kodon yang tidak menyebabkan
berubahnya asam amino. Hal ini berarti perubahan basa-basa nukleotida DNA tidak
berpengaruh pada struktur dan fungsi protein.
 Mutasi missense adalah ketika substitusi basa menghasilkan kodon yang menentukan
asam amino yang berbeda dan karenanya mengarah ke urutan polipeptida yang
berbeda. Tergantung pada jenis substitusi asam amino, mutasi ini bersifat konservatif
dan nonkonservatif. Misalnya, jika struktur dan sifat asam amino tersubstitusi sangat
mirip dengan asam amino asli, mutasi dikatakan konservatif dan kemungkinan besar
akan memiliki sedikit pengaruh pada struktur/fungsi protein yang dihasilkan. Jika
substitusi mengarah ke asam amino dengan struktur dan sifat yang sangat berbeda,
mutasi bersifat non-konservatif dan mungkin akan merusak struktur / fungsi protein
yang dihasilkan
 Mutasi non-sense adalah mutasi tanpa arti dimana mutasinya mengubah kodon asam
amino menjadi kodon stop. Mutasi Non-sense alih-alih mengganti satu asam amino
dengan asam amino lainnya, urutan DNA yang diubah memberi sinyal sebelum
waktunya untuk berhenti memprduksi protein. Jenis mutasi ini menghasilkan protein
pendek yang dapat berfungsi atau tidak berfungsi sama sekali.
 Mutasi frameshift adalah penambahan atau hilangnya basa DNA mengubah kerangka
pembacaan gen. Bingkai bacaan terdiri dari kelompok-kelompok 3 basa yang masing-
masing kode untuk satu asam amino. Mutasi frameshift menggeser pengelompokan
basa ini dan mengubah kode untuk asam amino. Protein yang dihasilkan biasanya
tidak berfungsi.

9. RNA diisolasi dari empat tipe sel yang berbeda dan ditandai dengan untai DNA yang
telah dilabeli dari sebuah gen terkloning yang disebut gen X. Hasilnya ditunjukkan
sebagai berikut.

Jalur 1: Sel otot; Jalur 2: Sel Hati; Jalur 3: Sel Limpa; Jalur 4: Sel Saraf
Jelaskan hasil dari eksperimen ini.
Jawaban :

10. Apa itu organisme transgenik? Deskripsikan tiga contoh.

Jawaban :
Organisme transgenik merupakan organisme yang material genetikanya telah
dimodifikasi menggunakan metode rekayasa genetik, organisme yang mengandung gen
dari organisme lain. Gen yang ditransfer dapat berasal dari jenis (spesies) lain seperti
bakteri, virus, hewan, atau tumbuhan lain. organisme yang material genetikanya telah
dimodifikasi menggunakan metode rekayasa genetik.
Contoh organisme Transgenik:
1. Mikroorganisme transgenik. Ini adalah ragi, jamur dan bakteri, umumnya digunakan
dalam memperoleh bahan medis dan makanan yang sangat penting. Sebelum teknik
tersebut ditemukan, misalnya, produksi insulin untuk penggunaan manusia sangat
sulit dan mahal; tetapi berkat manipulasi genetik, ini dapat diperoleh dari bakteri yang
genomnya telah dimanipulasi untuk memasukkan gen protein manusia.
2. Hewan transgenik. Hewan transgenik biasanya ditujukan untuk penggunaan
laboratorium, baik untuk memahami dinamika genetik kehidupan, atau untuk
mendapatkan protein manusia atau makanan transgenik. Misalnya, setelah
mempelajari hormon pertumbuhan tikus dan mengelola untuk memanipulasinya untuk
mendapatkan spesimen yang lebih besar, ternak dengan massa lebih besar dan
pertumbuhan lebih cepat dapat dihasilkan, untuk memberi makan industri daging
lebih efisien atau menghasilkan sapi dengan kapasitas lebih besar generator susu,
untuk industri susu.
3. Tanaman transgenik. Tanaman transgenik biasanya tanaman pangan, dan telah
dimodifikasi untuk memaksimalkan produksi buah mereka, untuk melawan
lingkungan yang lebih ekstrim atau produk pestisida yang sebelumnya merusak
mereka. Banyak dari spesies transgenik ini dipanen untuk industri biofuel.